####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS262_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS262_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 67 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 38 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 21 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 27 107 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 105 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 29 100 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 35 107 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 47 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 71 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 18 105 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 50 81 114 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 48 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 35 110 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 11 96 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 61 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 49 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 49 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 50 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 44 107 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 10 63 86 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 16 61 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 74 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.81 82.96 93.33 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.35 0.54 0.68 0.74 0.79 0.88 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 GDT RMS_ALL_AT 0.98 0.97 0.95 0.96 0.96 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: D 262 D 262 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.527 0 0.059 0.059 1.015 82.273 82.273 - LGA K 166 K 166 0.833 0 0.060 0.129 0.999 81.818 81.818 0.999 LGA W 167 W 167 0.839 0 0.041 0.171 1.072 77.727 88.442 0.450 LGA I 168 I 168 1.245 0 0.179 0.746 4.416 65.909 46.591 4.416 LGA S 169 S 169 1.387 0 0.101 0.202 4.241 62.727 45.758 4.241 LGA G 170 G 170 1.349 0 0.134 0.134 1.349 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 1.140 0 0.132 1.315 4.519 73.636 58.182 1.382 LGA A 172 A 172 0.707 0 0.040 0.036 0.883 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.380 0 0.000 0.317 1.075 95.455 92.468 1.075 LGA Y 174 Y 174 0.628 0 0.044 0.198 0.820 81.818 84.848 0.421 LGA G 175 G 175 0.580 0 0.055 0.055 0.580 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.353 0 0.021 0.088 0.419 100.000 100.000 0.341 LGA Q 177 Q 177 0.616 0 0.050 0.275 1.146 86.364 82.020 0.740 LGA L 178 L 178 0.552 0 0.059 0.117 1.203 90.909 82.273 1.101 LGA N 179 N 179 1.170 0 0.132 0.749 4.868 59.091 36.818 4.868 LGA K 180 K 180 4.317 0 0.292 0.994 13.941 13.182 5.859 13.941 LGA K 181 K 181 1.140 0 0.334 0.968 7.524 77.727 39.596 7.524 LGA T 182 T 182 0.891 0 0.037 1.076 3.289 77.727 68.052 3.289 LGA S 183 S 183 1.027 0 0.216 0.202 1.442 73.636 70.909 1.395 LGA K 184 K 184 1.377 0 0.045 0.770 2.385 65.909 61.010 2.385 LGA L 185 L 185 0.599 0 0.066 0.082 0.656 81.818 81.818 0.628 LGA D 186 D 186 0.071 0 0.051 0.119 0.541 100.000 97.727 0.380 LGA P 187 P 187 0.474 0 0.000 0.371 1.307 86.818 87.273 0.878 LGA V 188 V 188 0.913 0 0.000 0.023 1.040 81.818 79.481 0.993 LGA E 189 E 189 0.828 0 0.014 0.388 1.838 81.818 76.566 1.838 LGA D 190 D 190 0.760 0 0.000 0.285 1.487 81.818 79.773 1.487 LGA E 191 E 191 0.602 0 0.043 0.134 1.147 90.909 84.040 1.147 LGA A 192 A 192 0.364 0 0.000 0.019 0.410 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.457 0 0.039 0.682 3.093 100.000 75.758 3.077 LGA V 194 V 194 0.428 0 0.034 0.071 0.615 100.000 94.805 0.615 LGA V 195 V 195 0.123 0 0.000 0.047 0.254 100.000 100.000 0.084 LGA Q 196 Q 196 0.310 0 0.042 0.276 1.427 100.000 88.485 1.427 LGA L 197 L 197 0.353 0 0.015 0.057 0.391 100.000 100.000 0.370 LGA I 198 I 198 0.269 0 0.087 0.106 0.448 100.000 100.000 0.309 LGA F 199 F 199 0.327 0 0.039 0.083 0.489 100.000 100.000 0.470 LGA N 200 N 200 0.477 0 0.043 0.700 1.893 95.455 87.273 1.086 LGA I 201 I 201 0.485 0 0.037 0.053 0.515 100.000 97.727 0.498 LGA F 202 F 202 0.332 0 0.000 0.075 0.451 100.000 100.000 0.410 LGA L 203 L 203 0.412 0 0.000 0.080 0.541 100.000 95.455 0.541 LGA N 204 N 204 0.416 0 0.047 0.180 1.173 100.000 89.091 1.173 LGA G 205 G 205 0.411 0 0.053 0.053 0.493 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.429 0 0.040 0.079 0.901 95.455 88.636 0.901 LGA N 207 N 207 0.555 0 0.046 0.155 0.835 86.364 84.091 0.809 LGA G 208 G 208 0.998 0 0.000 0.000 1.394 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.244 0 0.042 0.752 2.992 65.455 57.172 2.992 LGA D 210 D 210 1.131 0 0.062 0.797 2.656 69.545 62.727 2.656 LGA Y 211 Y 211 1.397 0 0.067 0.537 1.504 61.818 64.242 1.372 LGA S 212 S 212 2.243 0 0.682 0.797 6.251 43.182 29.697 6.251 LGA Y 213 Y 213 2.766 0 0.131 1.441 14.772 42.273 14.242 14.772 LGA A 215 A 215 0.424 0 0.178 0.185 1.598 100.000 90.182 - LGA I 216 I 216 0.384 0 0.015 0.180 0.618 100.000 95.455 0.618 LGA A 217 A 217 0.305 0 0.023 0.038 0.398 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.329 0 0.045 0.067 0.807 100.000 96.970 0.807 LGA H 219 H 219 0.345 0 0.041 0.067 0.686 100.000 94.545 0.641 LGA L 220 L 220 0.416 0 0.018 0.103 0.489 100.000 100.000 0.309 LGA T 221 T 221 0.475 0 0.004 0.057 0.711 90.909 89.610 0.454 LGA N 222 N 222 0.712 0 0.040 0.089 0.967 81.818 84.091 0.643 LGA L 223 L 223 0.890 0 0.047 0.050 1.185 77.727 77.727 0.825 LGA Q 224 Q 224 0.690 0 0.086 0.845 3.809 81.818 63.030 3.809 LGA I 225 I 225 0.611 0 0.028 0.096 0.708 81.818 86.364 0.472 LGA P 226 P 226 0.481 0 0.045 0.049 0.765 95.455 89.610 0.740 LGA T 227 T 227 0.299 0 0.030 0.187 0.596 95.455 92.208 0.487 LGA P 228 P 228 0.627 0 0.081 0.085 0.763 81.818 81.818 0.763 LGA S 229 S 229 0.939 0 0.049 0.068 1.190 81.818 76.364 1.020 LGA G 230 G 230 0.552 0 0.053 0.053 0.563 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.381 0 0.078 0.695 1.951 90.909 82.424 1.951 LGA K 232 K 232 0.534 0 0.085 0.937 4.380 81.818 60.202 4.380 LGA R 233 R 233 0.589 0 0.025 1.404 8.947 86.364 44.463 8.947 LGA W 234 W 234 0.282 0 0.063 0.112 0.678 95.455 97.403 0.446 LGA N 235 N 235 0.383 0 0.053 0.478 1.040 95.455 91.136 1.040 LGA Q 236 Q 236 0.455 0 0.042 0.790 3.901 90.909 70.909 1.139 LGA Y 237 Y 237 0.919 0 0.031 1.660 10.191 81.818 35.758 10.191 LGA T 238 T 238 0.563 0 0.018 0.288 0.749 90.909 87.013 0.749 LGA I 239 I 239 0.312 0 0.031 0.088 0.454 100.000 100.000 0.264 LGA K 240 K 240 0.490 0 0.069 0.652 4.312 100.000 75.758 4.312 LGA A 241 A 241 0.534 0 0.030 0.035 0.722 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.451 0 0.030 0.048 1.038 100.000 88.864 1.038 LGA L 243 L 243 0.263 0 0.000 0.107 0.402 100.000 100.000 0.389 LGA Q 244 Q 244 0.385 0 0.017 0.339 1.571 95.455 82.828 1.377 LGA N 245 N 245 0.601 0 0.108 0.213 1.131 81.818 79.773 1.131 LGA E 246 E 246 0.271 0 0.057 0.558 2.391 100.000 82.424 2.063 LGA V 247 V 247 0.208 0 0.051 0.071 0.227 100.000 100.000 0.116 LGA Y 248 Y 248 0.269 0 0.000 0.048 0.766 100.000 89.394 0.766 LGA I 249 I 249 0.260 0 0.117 0.146 0.778 95.455 97.727 0.396 LGA G 250 G 250 0.136 0 0.034 0.034 0.211 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.186 0 0.043 0.046 0.321 100.000 100.000 0.321 LGA V 252 V 252 0.091 0 0.028 0.078 0.454 100.000 100.000 0.327 LGA K 253 K 253 0.437 0 0.019 0.269 0.658 100.000 93.939 0.408 LGA Y 254 Y 254 0.450 0 0.044 0.353 2.149 90.909 76.212 2.149 LGA K 255 K 255 0.734 0 0.034 0.140 1.414 86.364 82.020 1.414 LGA V 256 V 256 0.736 0 0.034 0.083 1.200 81.818 77.143 0.994 LGA R 257 R 257 1.004 0 0.032 1.117 5.096 65.455 46.116 3.722 LGA E 258 E 258 1.170 0 0.035 0.899 4.206 61.818 46.869 4.206 LGA K 259 K 259 1.574 0 0.000 0.088 2.398 61.818 50.101 2.398 LGA T 260 T 260 1.113 0 0.038 0.100 1.801 61.818 68.052 1.042 LGA K 261 K 261 1.778 0 0.098 0.924 7.570 48.636 31.717 7.570 LGA D 262 D 262 1.563 0 0.049 0.865 4.194 54.545 44.318 4.194 LGA G 263 G 263 2.047 0 0.043 0.043 2.394 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.827 0 0.000 0.527 2.163 54.545 52.727 1.200 LGA R 265 R 265 1.757 0 0.058 1.053 3.813 50.909 46.116 3.813 LGA T 266 T 266 1.357 0 0.057 0.142 1.448 65.455 65.455 1.250 LGA I 267 I 267 1.084 0 0.011 0.112 1.497 73.636 69.545 1.497 LGA R 268 R 268 0.450 0 0.000 0.988 2.554 86.364 77.851 2.384 LGA P 269 P 269 0.820 0 0.054 0.332 1.041 81.818 82.078 0.548 LGA E 270 E 270 0.683 0 0.014 0.826 3.633 81.818 62.020 3.037 LGA K 271 K 271 0.712 0 0.046 0.742 5.132 81.818 51.717 4.958 LGA E 272 E 272 0.540 0 0.077 0.224 0.620 86.364 87.879 0.620 LGA Q 273 Q 273 0.118 0 0.045 0.090 0.950 100.000 95.960 0.454 LGA I 274 I 274 0.266 0 0.066 0.075 0.620 100.000 95.455 0.540 LGA V 275 V 275 0.130 0 0.038 0.067 0.441 100.000 100.000 0.179 LGA V 276 V 276 0.203 0 0.000 0.051 0.218 100.000 100.000 0.162 LGA Q 277 Q 277 0.213 0 0.027 0.651 3.161 100.000 77.172 3.161 LGA D 278 D 278 0.319 0 0.055 0.298 0.792 95.455 93.182 0.785 LGA A 279 A 279 0.222 0 0.072 0.078 0.571 95.455 96.364 - LGA H 280 H 280 0.438 0 0.039 0.323 1.007 95.455 85.818 0.505 LGA A 281 A 281 0.788 0 0.000 0.026 1.106 81.818 78.545 - LGA P 282 P 282 0.480 0 0.052 0.075 0.940 86.364 87.013 0.533 LGA I 283 I 283 0.329 0 0.088 0.122 0.800 95.455 93.182 0.601 LGA I 284 I 284 0.300 0 0.026 0.042 0.317 100.000 100.000 0.286 LGA D 285 D 285 0.437 0 0.029 1.016 3.978 100.000 71.136 3.978 LGA K 286 K 286 0.408 0 0.029 0.262 1.708 100.000 86.869 1.708 LGA E 287 E 287 0.659 0 0.051 0.712 3.455 81.818 62.020 3.455 LGA Q 288 Q 288 0.705 0 0.000 0.658 2.166 81.818 69.899 1.597 LGA F 289 F 289 0.407 0 0.052 0.133 0.593 100.000 95.041 0.583 LGA Q 290 Q 290 0.312 0 0.032 1.213 3.937 100.000 69.697 3.937 LGA Q 291 Q 291 0.338 0 0.000 0.200 0.810 100.000 93.939 0.810 LGA S 292 S 292 0.315 0 0.053 0.134 0.396 100.000 100.000 0.396 LGA Q 293 Q 293 0.233 0 0.037 0.230 0.794 100.000 97.980 0.794 LGA V 294 V 294 0.301 0 0.039 0.055 0.563 100.000 94.805 0.519 LGA K 295 K 295 0.483 0 0.031 0.202 0.599 95.455 97.980 0.324 LGA I 296 I 296 0.460 0 0.028 0.078 0.718 90.909 93.182 0.326 LGA A 297 A 297 0.472 0 0.120 0.140 0.982 90.909 92.727 - LGA N 298 N 298 1.266 0 0.076 0.774 2.868 53.182 48.864 2.318 LGA K 299 K 299 3.661 0 0.400 1.005 12.974 25.909 11.717 12.974 LGA V 300 V 300 2.343 0 0.068 0.063 4.185 30.455 21.299 3.718 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.952 0.934 1.955 85.192 78.415 62.261 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.95 94.815 97.706 12.835 LGA_LOCAL RMSD: 0.952 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.952 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.952 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.054234 * X + -0.939575 * Y + -0.338019 * Z + 153.638550 Y_new = 0.618862 * X + -0.297290 * Y + 0.727068 * Z + 151.014648 Z_new = -0.783625 * X + -0.169755 * Y + 0.597591 * Z + 143.328247 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.658208 0.900480 -0.276775 [DEG: 95.0083 51.5937 -15.8580 ] ZXZ: -2.706411 0.930303 -1.784128 [DEG: -155.0659 53.3025 -102.2230 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS262_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS262_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.95 97.706 0.95 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS262_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.360 186.561 153.663 1.00 86.79 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.691 187.257 154.762 1.00 86.79 C ATOM 1347 C GLY 165 151.200 187.033 154.827 1.00 86.79 C ATOM 1348 O GLY 165 150.498 187.656 155.622 1.00 86.79 O ATOM 1349 N LYS 166 150.666 186.148 153.971 1.00 87.81 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.263 185.784 153.946 1.00 87.81 C ATOM 1351 CB LYS 166 148.895 185.089 152.616 1.00 87.81 C ATOM 1352 CG LYS 166 149.006 186.050 151.421 1.00 87.81 C ATOM 1353 CD LYS 166 148.879 185.342 150.061 1.00 87.81 C ATOM 1354 CE LYS 166 148.807 186.335 148.890 1.00 87.81 C ATOM 1355 NZ LYS 166 148.971 185.636 147.598 1.00 87.81 N ATOM 1356 C LYS 166 148.807 184.959 155.153 1.00 87.81 C ATOM 1357 O LYS 166 149.554 184.173 155.741 1.00 87.81 O ATOM 1358 N TRP 167 147.536 185.143 155.549 1.00 89.70 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.913 184.477 156.672 1.00 89.70 C ATOM 1360 CB TRP 167 145.928 185.450 157.371 1.00 89.70 C ATOM 1361 CG TRP 167 145.290 184.943 158.654 1.00 89.70 C ATOM 1362 CD1 TRP 167 144.105 184.279 158.823 1.00 89.70 C ATOM 1363 NE1 TRP 167 143.891 184.009 160.157 1.00 89.70 N ATOM 1364 CE2 TRP 167 144.966 184.484 160.875 1.00 89.70 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.869 185.079 159.964 1.00 89.70 C ATOM 1366 CE3 TRP 167 147.063 185.652 160.398 1.00 89.70 C ATOM 1367 CZ3 TRP 167 147.343 185.618 161.772 1.00 89.70 C ATOM 1368 CZ2 TRP 167 145.248 184.448 162.236 1.00 89.70 C ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.450 185.025 162.676 1.00 89.70 C ATOM 1370 C TRP 167 146.194 183.205 156.212 1.00 89.70 C ATOM 1371 O TRP 167 145.371 183.218 155.292 1.00 89.70 O ATOM 1372 N ILE 168 146.528 182.061 156.841 1.00 84.97 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.096 180.736 156.399 1.00 84.97 C ATOM 1374 CB ILE 168 147.331 179.858 156.206 1.00 84.97 C ATOM 1375 CG2 ILE 168 146.961 178.392 155.889 1.00 84.97 C ATOM 1376 CG1 ILE 168 148.232 180.436 155.092 1.00 84.97 C ATOM 1377 CD1 ILE 168 149.671 179.952 155.223 1.00 84.97 C ATOM 1378 C ILE 168 145.182 180.090 157.435 1.00 84.97 C ATOM 1379 O ILE 168 144.243 179.358 157.116 1.00 84.97 O ATOM 1380 N SER 169 145.447 180.360 158.726 1.00 82.35 N ATOM 1381 CA SER 169 144.658 179.990 159.892 1.00 82.35 C ATOM 1382 CB SER 169 145.285 180.567 161.183 1.00 82.35 C ATOM 1383 OG SER 169 146.692 180.321 161.192 1.00 82.35 O ATOM 1384 C SER 169 143.172 180.350 159.876 1.00 82.35 C ATOM 1385 O SER 169 142.664 181.028 158.980 1.00 82.35 O ATOM 1386 N GLY 170 142.428 179.890 160.913 1.00 79.00 N ATOM 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ATOM 2095 CB GLU 258 154.279 170.334 164.780 1.00 80.14 C ATOM 2096 CG GLU 258 155.273 169.918 165.896 1.00 80.14 C ATOM 2097 CD GLU 258 156.455 169.083 165.402 1.00 80.14 C ATOM 2098 OE1 GLU 258 157.361 168.795 166.233 1.00 80.14 O ATOM 2099 OE2 GLU 258 156.509 168.687 164.208 1.00 80.14 O ATOM 2100 C GLU 258 152.195 170.290 166.184 1.00 80.14 C ATOM 2101 O GLU 258 152.168 170.488 167.401 1.00 80.14 O ATOM 2102 N LYS 259 151.460 169.313 165.620 1.00 78.33 N ATOM 2103 CA LYS 259 150.680 168.361 166.387 1.00 78.33 C ATOM 2104 CB LYS 259 149.227 168.274 165.865 1.00 78.33 C ATOM 2105 CG LYS 259 148.310 167.373 166.707 1.00 78.33 C ATOM 2106 CD LYS 259 146.870 167.342 166.161 1.00 78.33 C ATOM 2107 CE LYS 259 145.946 166.393 166.939 1.00 78.33 C ATOM 2108 NZ LYS 259 144.587 166.372 166.344 1.00 78.33 N ATOM 2109 C LYS 259 151.357 166.997 166.328 1.00 78.33 C ATOM 2110 O LYS 259 151.683 166.477 165.257 1.00 78.33 O ATOM 2111 N THR 260 151.624 166.393 167.498 1.00 75.74 N ATOM 2112 CA THR 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ATOM 2164 C THR 266 154.756 172.389 169.809 1.00 83.31 C ATOM 2165 O THR 266 154.366 172.556 168.655 1.00 83.31 O ATOM 2166 N ILE 267 155.687 173.207 170.344 1.00 84.43 N ATOM 2167 CA ILE 267 156.239 174.355 169.636 1.00 84.43 C ATOM 2168 CB ILE 267 156.545 175.520 170.585 1.00 84.43 C ATOM 2169 CG2 ILE 267 157.014 176.747 169.768 1.00 84.43 C ATOM 2170 CG1 ILE 267 155.300 175.869 171.444 1.00 84.43 C ATOM 2171 CD1 ILE 267 155.549 176.966 172.490 1.00 84.43 C ATOM 2172 C ILE 267 157.486 173.941 168.856 1.00 84.43 C ATOM 2173 O ILE 267 158.412 173.329 169.396 1.00 84.43 O ATOM 2174 N ARG 268 157.534 174.241 167.541 1.00 84.74 N ATOM 2175 CA ARG 268 158.680 173.995 166.682 1.00 84.74 C ATOM 2176 CB ARG 268 158.319 174.280 165.204 1.00 84.74 C ATOM 2177 CG ARG 268 157.213 173.381 164.615 1.00 84.74 C ATOM 2178 CD ARG 268 156.853 173.844 163.201 1.00 84.74 C ATOM 2179 NE ARG 268 155.738 173.014 162.648 1.00 84.74 N ATOM 2180 CZ ARG 268 155.886 172.136 161.651 1.00 84.74 C ATOM 2181 NH1 ARG 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C VAL 300 156.081 190.906 189.627 1.00 61.85 C ATOM 2441 O VAL 300 155.240 191.812 189.579 1.00 61.85 O TER END