####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS241_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS241_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 71 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 75 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 59 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 13 78 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 73 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 46 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 31 48 64 106 122 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 19 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 78 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 35 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 22 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 57 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 54 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 13 99 120 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 31 57 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 10 18 41 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 64 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 59 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 19 104 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 3 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 6 87 108 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 82.96 91.85 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.52 0.63 0.73 0.77 0.86 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.95 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.638 0 0.027 0.027 0.728 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.622 0 0.055 0.229 1.940 81.818 74.747 1.940 LGA W 167 W 167 0.436 0 0.064 0.104 0.735 90.909 92.208 0.561 LGA I 168 I 168 0.760 0 0.020 1.145 3.768 82.273 63.409 3.768 LGA S 169 S 169 1.384 0 0.152 0.516 4.731 66.818 47.879 4.731 LGA G 170 G 170 0.705 0 0.212 0.212 1.151 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.746 0 0.014 1.321 4.119 90.909 68.864 1.040 LGA A 172 A 172 0.323 0 0.047 0.057 0.488 100.000 100.000 - LGA P 173 P 173 0.435 0 0.000 0.063 0.903 100.000 92.208 0.903 LGA Y 174 Y 174 0.417 0 0.039 0.165 0.849 90.909 84.848 0.849 LGA G 175 G 175 0.221 0 0.066 0.066 0.221 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.177 0 0.039 0.144 0.344 100.000 100.000 0.139 LGA Q 177 Q 177 0.424 0 0.013 1.121 4.855 100.000 69.091 1.003 LGA L 178 L 178 0.301 0 0.079 0.098 0.811 95.455 95.455 0.811 LGA N 179 N 179 1.013 0 0.177 0.615 4.434 66.818 42.500 4.434 LGA K 180 K 180 4.172 0 0.295 0.969 13.967 16.364 7.273 13.967 LGA K 181 K 181 1.227 0 0.356 0.996 7.614 77.727 39.596 7.614 LGA T 182 T 182 0.573 0 0.054 1.103 3.360 81.818 68.052 3.360 LGA S 183 S 183 0.891 0 0.130 0.119 1.175 82.273 76.667 1.024 LGA K 184 K 184 0.972 0 0.059 0.813 2.479 73.636 69.697 2.479 LGA L 185 L 185 0.464 0 0.065 0.074 0.556 95.455 97.727 0.441 LGA D 186 D 186 0.079 0 0.059 0.087 0.604 100.000 95.455 0.604 LGA P 187 P 187 0.422 0 0.025 0.070 0.991 90.909 89.610 0.630 LGA V 188 V 188 0.599 0 0.000 0.024 0.666 81.818 81.818 0.666 LGA E 189 E 189 0.689 0 0.009 0.325 1.670 81.818 78.384 1.670 LGA D 190 D 190 0.678 0 0.032 0.057 0.935 86.364 84.091 0.935 LGA E 191 E 191 0.481 0 0.038 0.058 0.663 95.455 91.919 0.663 LGA A 192 A 192 0.274 0 0.000 0.000 0.346 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.288 0 0.022 0.650 2.751 100.000 85.051 2.464 LGA V 194 V 194 0.299 0 0.024 0.042 0.358 100.000 100.000 0.358 LGA V 195 V 195 0.090 0 0.000 0.000 0.206 100.000 100.000 0.117 LGA Q 196 Q 196 0.147 0 0.027 0.270 1.363 100.000 90.303 1.101 LGA L 197 L 197 0.166 0 0.021 0.044 0.352 100.000 100.000 0.337 LGA I 198 I 198 0.270 0 0.088 0.097 0.409 100.000 100.000 0.296 LGA F 199 F 199 0.252 0 0.044 0.078 0.329 100.000 100.000 0.134 LGA N 200 N 200 0.289 0 0.040 0.936 3.199 100.000 79.318 3.199 LGA I 201 I 201 0.159 0 0.028 0.045 0.244 100.000 100.000 0.104 LGA F 202 F 202 0.208 0 0.000 0.054 0.464 100.000 100.000 0.464 LGA L 203 L 203 0.408 0 0.023 0.065 0.769 95.455 90.909 0.719 LGA N 204 N 204 0.294 0 0.023 0.102 1.103 100.000 91.136 0.741 LGA G 205 G 205 0.484 0 0.050 0.050 0.534 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.614 0 0.005 0.016 0.954 81.818 90.909 0.182 LGA N 207 N 207 1.181 0 0.059 0.271 2.001 69.545 64.091 1.435 LGA G 208 G 208 1.290 0 0.000 0.000 1.530 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.367 0 0.042 0.205 1.486 65.455 65.455 1.333 LGA D 210 D 210 1.308 0 0.096 0.774 1.753 69.545 67.727 1.753 LGA Y 211 Y 211 1.794 0 0.135 0.440 2.102 54.545 51.212 1.489 LGA S 212 S 212 2.225 0 0.691 0.754 5.740 36.364 26.061 5.740 LGA Y 213 Y 213 3.086 0 0.159 1.629 15.073 36.364 12.273 15.073 LGA A 215 A 215 1.091 0 0.206 0.222 2.146 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.431 0 0.035 0.182 0.549 95.455 90.909 0.521 LGA A 217 A 217 0.311 0 0.034 0.049 0.410 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.593 0 0.050 0.105 1.459 90.909 85.152 1.459 LGA H 219 H 219 0.226 0 0.012 0.034 0.395 100.000 100.000 0.395 LGA L 220 L 220 0.210 0 0.015 0.083 0.431 100.000 100.000 0.431 LGA T 221 T 221 0.338 0 0.018 0.039 0.493 100.000 100.000 0.422 LGA N 222 N 222 0.346 0 0.033 0.045 0.544 95.455 97.727 0.457 LGA L 223 L 223 0.500 0 0.047 0.053 0.824 100.000 90.909 0.689 LGA Q 224 Q 224 0.645 0 0.028 0.819 4.060 77.727 60.404 4.060 LGA I 225 I 225 0.716 0 0.054 0.141 0.757 81.818 86.364 0.327 LGA P 226 P 226 0.789 0 0.065 0.069 0.943 81.818 81.818 0.898 LGA T 227 T 227 0.153 0 0.032 0.146 0.575 100.000 97.403 0.304 LGA P 228 P 228 0.596 0 0.078 0.082 0.839 95.455 89.610 0.839 LGA S 229 S 229 0.518 0 0.132 0.125 1.231 90.909 85.152 1.231 LGA G 230 G 230 0.536 0 0.069 0.069 1.175 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.942 0 0.111 0.680 3.483 73.636 65.657 3.483 LGA K 232 K 232 0.864 0 0.158 0.860 4.123 77.727 56.566 4.123 LGA R 233 R 233 0.507 0 0.033 1.361 7.953 86.364 46.942 7.953 LGA W 234 W 234 0.328 0 0.050 0.107 0.662 100.000 97.403 0.428 LGA N 235 N 235 0.694 0 0.015 0.843 2.225 81.818 74.318 2.225 LGA Q 236 Q 236 0.604 0 0.041 0.870 3.246 86.364 74.949 0.714 LGA Y 237 Y 237 0.517 0 0.038 0.382 1.886 90.909 78.182 1.886 LGA T 238 T 238 0.384 0 0.026 0.286 0.921 100.000 94.805 0.921 LGA I 239 I 239 0.302 0 0.002 0.081 0.390 100.000 100.000 0.366 LGA K 240 K 240 0.409 0 0.064 0.577 3.771 100.000 75.758 3.771 LGA A 241 A 241 0.478 0 0.056 0.061 0.577 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.404 0 0.051 0.068 0.909 100.000 90.909 0.909 LGA L 243 L 243 0.203 0 0.030 0.134 0.464 100.000 100.000 0.093 LGA Q 244 Q 244 0.167 0 0.000 0.307 1.301 100.000 90.303 1.273 LGA N 245 N 245 0.289 0 0.000 0.092 0.594 100.000 93.182 0.594 LGA E 246 E 246 0.273 0 0.000 0.640 1.995 100.000 88.687 1.483 LGA V 247 V 247 0.200 0 0.019 0.072 0.213 100.000 100.000 0.176 LGA Y 248 Y 248 0.226 0 0.006 0.098 0.976 100.000 92.424 0.976 LGA I 249 I 249 0.214 0 0.073 0.103 0.487 100.000 100.000 0.220 LGA G 250 G 250 0.212 0 0.040 0.040 0.259 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.132 0 0.041 0.045 0.305 100.000 100.000 0.258 LGA V 252 V 252 0.208 0 0.048 0.115 0.569 100.000 97.403 0.569 LGA K 253 K 253 0.388 0 0.005 0.159 0.602 100.000 95.960 0.541 LGA Y 254 Y 254 0.671 0 0.048 0.338 2.663 86.364 68.333 2.663 LGA K 255 K 255 0.846 0 0.059 0.116 0.951 81.818 81.818 0.951 LGA V 256 V 256 0.867 0 0.098 0.106 1.026 81.818 79.481 1.026 LGA R 257 R 257 1.247 0 0.082 1.073 6.029 65.455 43.471 3.783 LGA E 258 E 258 1.221 0 0.051 0.964 4.542 61.818 45.455 4.542 LGA K 259 K 259 1.664 0 0.000 0.224 1.991 54.545 52.525 1.708 LGA T 260 T 260 1.457 0 0.035 0.172 1.790 58.182 59.221 1.385 LGA K 261 K 261 1.916 0 0.018 0.987 7.542 47.727 30.101 7.542 LGA D 262 D 262 1.796 0 0.068 0.186 1.796 50.909 56.364 1.243 LGA G 263 G 263 2.021 0 0.111 0.111 2.285 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.583 0 0.000 0.401 1.644 54.545 62.828 0.442 LGA R 265 R 265 1.657 0 0.123 0.941 2.274 54.545 51.405 2.274 LGA T 266 T 266 1.293 0 0.000 0.104 1.416 65.455 67.792 1.225 LGA I 267 I 267 1.070 0 0.037 0.091 1.230 65.455 67.500 1.215 LGA R 268 R 268 0.625 0 0.000 0.971 2.658 81.818 71.405 2.658 LGA P 269 P 269 0.455 0 0.000 0.018 0.484 100.000 100.000 0.457 LGA E 270 E 270 0.526 0 0.000 0.841 3.057 90.909 70.505 2.054 LGA K 271 K 271 0.414 0 0.045 0.658 4.063 100.000 65.859 3.717 LGA E 272 E 272 0.123 0 0.047 0.065 0.933 100.000 91.919 0.915 LGA Q 273 Q 273 0.259 0 0.016 0.069 0.808 100.000 93.939 0.721 LGA I 274 I 274 0.261 0 0.051 0.069 0.551 100.000 97.727 0.551 LGA V 275 V 275 0.125 0 0.020 0.025 0.423 100.000 100.000 0.371 LGA V 276 V 276 0.162 0 0.000 0.040 0.438 100.000 100.000 0.365 LGA Q 277 Q 277 0.163 0 0.046 0.633 3.037 100.000 75.960 3.037 LGA D 278 D 278 0.183 0 0.034 0.163 0.433 100.000 100.000 0.395 LGA A 279 A 279 0.217 0 0.024 0.046 0.256 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.205 0 0.037 0.257 0.651 100.000 92.727 0.651 LGA A 281 A 281 0.253 0 0.000 0.000 0.311 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.266 0 0.016 0.028 0.406 100.000 100.000 0.400 LGA I 283 I 283 0.399 0 0.039 0.073 0.665 95.455 95.455 0.434 LGA I 284 I 284 0.317 0 0.000 0.059 0.329 100.000 100.000 0.225 LGA D 285 D 285 0.391 0 0.016 0.338 0.904 100.000 95.455 0.904 LGA K 286 K 286 0.326 0 0.021 0.258 1.378 100.000 92.121 1.378 LGA E 287 E 287 0.380 0 0.031 0.128 0.695 100.000 93.939 0.461 LGA Q 288 Q 288 0.285 0 0.000 0.160 1.067 100.000 92.121 0.960 LGA F 289 F 289 0.285 0 0.041 0.099 0.559 100.000 96.694 0.536 LGA Q 290 Q 290 0.441 0 0.000 1.175 3.656 100.000 73.333 3.656 LGA Q 291 Q 291 0.280 0 0.000 0.222 1.031 100.000 94.141 1.031 LGA S 292 S 292 0.181 0 0.060 0.068 0.373 100.000 100.000 0.165 LGA Q 293 Q 293 0.472 0 0.039 0.222 0.783 90.909 87.879 0.783 LGA V 294 V 294 0.665 0 0.022 0.052 0.772 81.818 81.818 0.630 LGA K 295 K 295 0.560 0 0.048 0.175 1.017 82.273 84.040 0.598 LGA I 296 I 296 0.850 0 0.027 0.071 1.337 73.636 80.000 0.536 LGA A 297 A 297 1.370 0 0.105 0.130 2.152 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.300 0 0.021 0.602 2.315 55.000 64.318 1.186 LGA K 299 K 299 3.159 0 0.350 0.797 14.000 47.273 21.212 14.000 LGA V 300 V 300 2.353 0 0.124 0.133 5.107 44.545 26.494 5.107 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.930 0.890 1.858 86.586 80.537 66.157 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 94.815 97.596 13.103 LGA_LOCAL RMSD: 0.930 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.930 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.930 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.322749 * X + -0.521760 * Y + 0.789683 * Z + 155.209946 Y_new = -0.606546 * X + -0.754513 * Y + -0.250622 * Z + 153.852417 Z_new = 0.726591 * X + -0.398091 * Y + -0.559990 * Z + 136.743805 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.081793 -0.813347 -2.523595 [DEG: -61.9821 -46.6014 -144.5913 ] ZXZ: 1.263480 2.165170 2.072018 [DEG: 72.3921 124.0551 118.7179 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS241_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS241_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.596 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS241_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT None ATOM 1345 N GLY 165 153.101 187.030 153.728 1.00 85.30 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.361 187.761 154.767 1.00 85.67 C ATOM 1347 C GLY 165 150.843 187.571 154.723 1.00 87.26 C ATOM 1348 O GLY 165 150.111 188.319 155.371 1.00 84.96 O ATOM 1349 N LYS 166 150.344 186.583 153.972 1.00 87.09 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.919 186.254 153.920 1.00 86.82 C ATOM 1351 C LYS 166 148.505 185.479 155.179 1.00 87.79 C ATOM 1352 O LYS 166 149.242 184.620 155.665 1.00 85.91 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.575 185.480 152.629 1.00 85.17 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.813 186.282 151.329 1.00 82.02 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.368 185.519 150.071 1.00 78.77 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.551 186.358 148.794 1.00 73.49 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.021 185.712 147.557 1.00 67.04 N ATOM 1358 N TRP 167 147.305 185.747 155.693 1.00 88.21 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.736 185.025 156.833 1.00 88.82 C ATOM 1360 C TRP 167 145.988 183.781 156.360 1.00 88.26 C ATOM 1361 O TRP 167 144.945 183.876 155.720 1.00 85.39 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.839 185.951 157.641 1.00 88.05 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.369 185.344 158.922 1.00 88.43 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.218 184.659 159.109 1.00 85.18 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.073 185.327 160.204 1.00 86.82 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.155 184.227 160.427 1.00 84.95 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.270 184.614 161.128 1.00 86.23 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.303 185.848 160.654 1.00 86.09 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.678 184.415 162.466 1.00 85.83 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.702 185.655 161.981 1.00 83.93 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.896 184.942 162.876 1.00 83.44 C ATOM 1372 N ILE 168 146.506 182.619 156.695 1.00 86.43 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.015 181.316 156.234 1.00 84.67 C ATOM 1374 C ILE 168 145.507 180.433 157.381 1.00 83.44 C ATOM 1375 O ILE 168 145.058 179.307 157.174 1.00 77.33 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.088 180.551 155.434 1.00 81.46 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.434 181.285 155.281 1.00 77.27 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.529 180.171 154.062 1.00 74.44 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.506 180.394 154.680 1.00 70.52 C ATOM 1380 N SER 169 145.594 180.933 158.593 1.00 83.01 N ATOM 1381 CA SER 169 145.128 180.263 159.802 1.00 81.79 C ATOM 1382 C SER 169 143.610 180.411 159.979 1.00 80.66 C ATOM 1383 O SER 169 142.918 180.886 159.081 1.00 74.74 O ATOM 1384 CB SER 169 145.929 180.810 160.981 1.00 78.58 C ATOM 1385 OG SER 169 145.817 179.958 162.081 1.00 73.89 O ATOM 1386 N GLY 170 143.077 179.982 161.127 1.00 77.57 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.647 180.024 161.415 1.00 77.12 C ATOM 1388 C GLY 170 141.082 181.439 161.593 1.00 79.56 C ATOM 1389 O GLY 170 141.161 182.273 160.698 1.00 76.25 O ATOM 1390 N LEU 171 140.503 181.703 162.780 1.00 81.69 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.957 183.019 163.111 1.00 81.35 C ATOM 1392 C LEU 171 141.063 184.080 163.086 1.00 82.62 C ATOM 1393 O LEU 171 142.152 183.853 163.613 1.00 80.47 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.286 182.966 164.493 1.00 78.37 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.971 182.159 164.512 1.00 74.19 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.582 181.817 165.942 1.00 68.23 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.816 182.942 163.875 1.00 66.93 C ATOM 1398 N ALA 172 140.740 185.234 162.506 1.00 85.13 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.606 186.399 162.579 1.00 85.41 C ATOM 1400 C ALA 172 141.820 186.823 164.049 1.00 86.37 C ATOM 1401 O ALA 172 140.919 186.627 164.874 1.00 84.39 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.990 187.525 161.742 1.00 83.31 C ATOM 1403 N PRO 173 142.978 187.394 164.400 1.00 87.76 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.200 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