####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS235_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS235_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.99 1.02 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 67 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 67 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 26 108 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 6 33 49 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 57 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 67 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 67 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 67 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 41 107 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 77 107 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 4 90 118 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 53 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 35 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 25 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 55 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 66 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 57 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 66 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 67 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 134 135 135 63 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 134 135 135 27 108 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 134 135 135 16 68 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 134 135 135 21 68 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 134 135 135 14 72 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 134 135 135 9 80 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 134 135 135 3 64 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 134 135 135 6 18 57 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 134 135 135 3 11 34 96 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 134 135 135 52 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 67 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 67 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 53 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 63 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 67 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 37 108 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 11 87 120 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 21 102 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 21 42 89 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 9 28 57 103 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 80.74 89.63 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.52 0.69 0.82 0.91 0.98 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.11 1.11 1.05 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.717 0 0.004 0.004 0.869 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.740 0 0.019 0.159 2.156 81.818 71.717 2.156 LGA W 167 W 167 0.515 0 0.042 0.194 0.953 81.818 85.714 0.502 LGA I 168 I 168 1.068 0 0.037 1.572 5.069 65.909 51.591 5.069 LGA S 169 S 169 2.037 0 0.578 0.529 4.798 51.818 36.667 4.798 LGA G 170 G 170 1.484 0 0.163 0.163 1.484 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.051 0 0.000 0.846 4.180 65.455 48.409 3.736 LGA A 172 A 172 1.023 0 0.033 0.028 1.101 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.474 0 0.024 0.064 0.989 95.455 89.610 0.989 LGA Y 174 Y 174 0.304 0 0.000 0.142 0.778 100.000 93.939 0.778 LGA G 175 G 175 0.481 0 0.091 0.091 0.481 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.495 0 0.018 0.134 0.699 90.909 92.424 0.569 LGA Q 177 Q 177 0.782 0 0.055 0.568 1.726 81.818 76.566 1.350 LGA L 178 L 178 0.778 0 0.033 0.066 0.973 81.818 81.818 0.809 LGA N 179 N 179 1.066 0 0.177 0.611 4.349 69.545 41.591 4.349 LGA K 180 K 180 3.205 0 0.323 0.981 13.079 29.545 13.131 13.079 LGA K 181 K 181 1.896 0 0.342 0.966 8.528 65.909 31.111 8.528 LGA T 182 T 182 0.612 0 0.042 1.124 3.194 86.364 70.649 3.194 LGA S 183 S 183 1.129 0 0.151 0.139 1.305 69.545 68.182 1.305 LGA K 184 K 184 0.954 0 0.045 0.752 2.392 73.636 69.697 2.392 LGA L 185 L 185 0.667 0 0.037 0.047 0.832 81.818 90.909 0.231 LGA D 186 D 186 0.530 0 0.082 0.095 0.928 81.818 90.909 0.334 LGA P 187 P 187 0.665 0 0.000 0.083 1.564 70.000 75.065 0.630 LGA V 188 V 188 1.051 0 0.025 0.036 1.294 69.545 67.792 1.294 LGA E 189 E 189 1.057 0 0.038 0.923 3.461 73.636 57.374 3.461 LGA D 190 D 190 1.030 0 0.000 0.063 1.460 77.727 71.591 1.460 LGA E 191 E 191 0.782 0 0.049 0.106 1.535 86.364 76.768 1.535 LGA A 192 A 192 0.313 0 0.000 0.020 0.488 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.519 0 0.055 0.686 3.541 95.455 71.111 3.541 LGA V 194 V 194 0.469 0 0.030 0.045 0.535 95.455 94.805 0.439 LGA V 195 V 195 0.065 0 0.000 0.041 0.266 100.000 100.000 0.053 LGA Q 196 Q 196 0.380 0 0.043 0.297 1.549 100.000 86.869 1.549 LGA L 197 L 197 0.408 0 0.023 0.036 0.599 100.000 95.455 0.599 LGA I 198 I 198 0.206 0 0.077 0.125 0.359 100.000 100.000 0.236 LGA F 199 F 199 0.351 0 0.040 0.065 0.464 100.000 100.000 0.118 LGA N 200 N 200 0.473 0 0.041 0.836 1.831 100.000 83.182 1.781 LGA I 201 I 201 0.314 0 0.036 0.088 0.379 100.000 100.000 0.262 LGA F 202 F 202 0.328 0 0.000 0.086 0.594 100.000 96.694 0.594 LGA L 203 L 203 0.630 0 0.028 0.141 1.411 90.909 82.273 1.232 LGA N 204 N 204 0.393 0 0.030 0.072 1.229 100.000 84.773 1.152 LGA G 205 G 205 0.254 0 0.045 0.045 0.381 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.754 0 0.036 1.323 2.705 73.636 60.227 2.617 LGA N 207 N 207 1.679 0 0.070 0.182 1.951 54.545 52.727 1.951 LGA G 208 G 208 1.718 0 0.044 0.044 2.042 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.738 0 0.069 0.121 2.884 58.182 46.061 2.836 LGA D 210 D 210 1.505 0 0.044 0.162 1.883 54.545 54.545 1.270 LGA Y 211 Y 211 1.872 0 0.047 0.348 1.960 50.909 50.909 1.648 LGA S 212 S 212 2.423 0 0.701 0.803 6.143 34.545 23.939 6.143 LGA Y 213 Y 213 2.702 0 0.127 1.666 14.709 45.455 15.606 14.709 LGA A 215 A 215 0.806 0 0.169 0.176 1.809 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.270 0 0.016 0.179 0.529 100.000 97.727 0.442 LGA A 217 A 217 0.222 0 0.014 0.043 0.314 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.363 0 0.044 0.065 0.998 100.000 93.939 0.998 LGA H 219 H 219 0.141 0 0.047 0.067 0.343 100.000 100.000 0.343 LGA L 220 L 220 0.180 0 0.025 0.109 0.453 100.000 100.000 0.453 LGA T 221 T 221 0.097 0 0.012 0.036 0.198 100.000 100.000 0.155 LGA N 222 N 222 0.199 0 0.041 0.116 0.358 100.000 100.000 0.302 LGA L 223 L 223 0.479 0 0.035 0.065 0.882 100.000 90.909 0.743 LGA Q 224 Q 224 0.484 0 0.087 0.922 4.553 100.000 69.899 4.553 LGA I 225 I 225 0.577 0 0.057 0.121 0.577 81.818 90.909 0.321 LGA P 226 P 226 0.594 0 0.066 0.078 0.940 90.909 87.013 0.940 LGA T 227 T 227 0.266 0 0.054 0.186 0.537 100.000 97.403 0.277 LGA P 228 P 228 0.517 0 0.051 0.076 0.715 95.455 92.208 0.715 LGA S 229 S 229 0.400 0 0.023 0.078 0.829 100.000 93.939 0.829 LGA G 230 G 230 0.378 0 0.035 0.035 0.724 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.587 0 0.076 0.701 3.250 82.273 74.949 3.250 LGA K 232 K 232 0.506 0 0.163 0.910 4.054 90.909 68.485 4.054 LGA R 233 R 233 0.352 0 0.059 0.974 4.315 95.455 62.810 4.294 LGA W 234 W 234 0.320 0 0.058 0.088 0.602 100.000 97.403 0.282 LGA N 235 N 235 0.765 0 0.110 0.860 2.838 81.818 65.455 2.344 LGA Q 236 Q 236 0.448 0 0.050 0.959 3.466 95.455 78.990 0.870 LGA Y 237 Y 237 0.735 0 0.025 0.369 2.362 86.364 67.727 2.362 LGA T 238 T 238 0.466 0 0.000 0.234 0.947 100.000 94.805 0.947 LGA I 239 I 239 0.318 0 0.025 0.076 0.388 100.000 100.000 0.160 LGA K 240 K 240 0.690 0 0.056 0.644 4.864 81.818 59.798 4.864 LGA A 241 A 241 0.690 0 0.036 0.042 0.817 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.240 0 0.025 0.071 0.894 100.000 93.182 0.894 LGA L 243 L 243 0.357 0 0.036 0.130 0.567 95.455 97.727 0.457 LGA Q 244 Q 244 0.484 0 0.000 0.236 1.169 90.909 86.263 1.169 LGA N 245 N 245 0.623 0 0.059 0.107 0.691 81.818 84.091 0.484 LGA E 246 E 246 0.497 0 0.028 0.678 2.516 95.455 83.838 0.345 LGA V 247 V 247 0.285 0 0.035 0.079 0.365 100.000 100.000 0.270 LGA Y 248 Y 248 0.361 0 0.041 0.162 1.283 100.000 89.697 1.283 LGA I 249 I 249 0.348 0 0.062 0.101 0.809 100.000 90.909 0.809 LGA G 250 G 250 0.275 0 0.059 0.059 0.402 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.477 0 0.078 0.095 0.586 95.455 94.805 0.438 LGA V 252 V 252 0.563 0 0.020 0.124 0.979 86.364 84.416 0.979 LGA K 253 K 253 0.505 0 0.025 0.260 0.810 86.364 89.899 0.400 LGA Y 254 Y 254 0.738 0 0.041 0.347 2.790 81.818 64.394 2.790 LGA K 255 K 255 0.585 0 0.047 0.984 5.895 81.818 52.929 5.895 LGA V 256 V 256 0.801 0 0.086 0.104 1.024 81.818 79.481 0.865 LGA R 257 R 257 0.916 0 0.039 1.067 5.056 73.636 54.380 3.385 LGA E 258 E 258 1.168 0 0.094 1.084 5.659 59.091 37.778 5.659 LGA K 259 K 259 1.457 0 0.000 0.688 2.326 61.818 54.545 2.140 LGA T 260 T 260 1.540 0 0.033 0.147 1.985 54.545 59.221 1.368 LGA K 261 K 261 2.677 0 0.030 0.849 9.332 30.000 16.566 9.332 LGA D 262 D 262 2.098 0 0.033 1.011 3.344 44.545 36.591 3.283 LGA G 263 G 263 1.636 0 0.065 0.065 1.693 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.012 0 0.000 0.523 1.979 65.455 75.152 1.979 LGA R 265 R 265 0.998 0 0.054 0.946 2.898 77.727 69.587 2.898 LGA T 266 T 266 0.720 0 0.050 0.151 1.354 77.727 82.078 0.636 LGA I 267 I 267 0.490 0 0.022 0.088 0.688 90.909 93.182 0.669 LGA R 268 R 268 0.510 0 0.006 1.039 2.602 86.364 69.091 2.602 LGA P 269 P 269 0.592 0 0.024 0.044 0.738 81.818 81.818 0.738 LGA E 270 E 270 0.546 0 0.014 0.839 3.065 81.818 65.253 2.688 LGA K 271 K 271 0.729 0 0.042 0.666 2.904 81.818 65.657 2.388 LGA E 272 E 272 0.459 0 0.094 0.079 1.580 90.909 78.788 1.580 LGA Q 273 Q 273 0.710 0 0.011 0.151 1.087 81.818 80.000 0.668 LGA I 274 I 274 0.529 0 0.062 0.071 0.825 81.818 81.818 0.825 LGA V 275 V 275 0.214 0 0.042 0.068 0.395 100.000 100.000 0.392 LGA V 276 V 276 0.446 0 0.000 0.007 0.536 100.000 94.805 0.536 LGA Q 277 Q 277 0.424 0 0.049 0.651 2.975 100.000 74.949 2.975 LGA D 278 D 278 0.300 0 0.098 0.195 0.776 95.455 93.182 0.776 LGA A 279 A 279 0.409 0 0.033 0.067 0.474 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.206 0 0.046 0.173 0.381 100.000 100.000 0.241 LGA A 281 A 281 0.190 0 0.000 0.000 0.302 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.216 0 0.000 0.046 0.648 95.455 94.805 0.550 LGA I 283 I 283 0.359 0 0.064 0.105 0.852 95.455 90.909 0.852 LGA I 284 I 284 0.528 0 0.015 0.047 0.677 86.364 90.909 0.669 LGA D 285 D 285 1.181 0 0.065 0.844 3.055 69.545 56.364 2.452 LGA K 286 K 286 1.198 0 0.019 0.222 1.545 65.455 63.838 1.545 LGA E 287 E 287 1.223 0 0.039 0.359 1.480 65.455 69.091 0.919 LGA Q 288 Q 288 0.936 0 0.000 0.634 2.409 77.727 65.051 1.341 LGA F 289 F 289 0.855 0 0.044 0.156 1.268 81.818 71.405 1.195 LGA Q 290 Q 290 1.107 0 0.036 0.862 2.878 69.545 58.384 2.878 LGA Q 291 Q 291 0.874 0 0.003 0.137 1.070 81.818 80.000 0.950 LGA S 292 S 292 0.718 0 0.069 0.677 2.929 81.818 72.727 2.929 LGA Q 293 Q 293 1.040 0 0.032 0.324 1.925 69.545 62.424 1.925 LGA V 294 V 294 1.045 0 0.035 0.068 1.187 73.636 70.130 1.088 LGA K 295 K 295 0.538 0 0.042 0.143 0.817 81.818 87.879 0.761 LGA I 296 I 296 0.983 0 0.026 0.100 1.478 73.636 71.591 1.080 LGA A 297 A 297 1.689 0 0.076 0.088 2.246 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.176 0 0.187 0.482 3.100 46.818 62.727 1.562 LGA K 299 K 299 3.617 0 0.432 0.964 13.197 25.909 11.717 13.197 LGA V 300 V 300 2.887 0 0.134 0.152 3.814 18.636 15.325 3.672 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.022 1.001 1.916 82.003 75.739 59.679 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 94.074 97.203 12.035 LGA_LOCAL RMSD: 1.022 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.022 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.022 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.472170 * X + -0.276129 * Y + -0.837143 * Z + 141.849045 Y_new = 0.067092 * X + 0.935660 * Y + -0.346466 * Z + 176.811722 Z_new = 0.878951 * X + -0.219756 * Y + -0.423264 * Z + 173.847366 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 3.000445 -1.073658 -2.662709 [DEG: 171.9128 -61.5161 -152.5620 ] ZXZ: -1.178393 2.007842 1.815794 [DEG: -67.5170 115.0409 104.0374 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS235_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS235_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.203 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS235_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.851 186.853 153.569 1.00 91.21 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.304 187.646 154.658 1.00 91.21 C ATOM 1347 C GLY 165 150.790 187.604 154.725 1.00 91.21 C ATOM 1348 O GLY 165 150.168 188.447 155.374 1.00 91.21 O ATOM 1349 N LYS 166 150.157 186.647 153.956 1.00 92.94 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.708 186.468 153.979 1.00 92.94 C ATOM 1351 C LYS 166 148.272 185.669 155.204 1.00 92.94 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.232 185.772 152.702 1.00 92.94 C ATOM 1353 O LYS 166 149.041 184.864 155.732 1.00 92.94 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.507 186.559 151.429 1.00 92.94 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.998 185.822 150.197 1.00 92.94 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.262 186.614 148.924 1.00 92.94 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.799 185.879 147.708 1.00 92.94 N ATOM 1358 N TRP 167 147.078 185.945 155.685 1.00 92.93 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.544 185.281 156.870 1.00 92.93 C ATOM 1360 C TRP 167 145.861 183.969 156.498 1.00 92.93 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.558 186.196 157.600 1.00 92.93 C ATOM 1362 O TRP 167 144.867 183.965 155.768 1.00 92.93 O ATOM 1363 CG TRP 167 144.999 185.607 158.861 1.00 92.93 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.762 185.053 159.033 1.00 92.93 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.659 185.519 160.127 1.00 92.93 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.761 184.898 161.023 1.00 92.93 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 146.923 185.904 160.592 1.00 92.93 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.612 184.624 160.332 1.00 92.93 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.333 185.040 162.788 1.00 92.93 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.089 184.652 162.359 1.00 92.93 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.248 185.659 161.921 1.00 92.93 C ATOM 1372 N ILE 168 146.407 182.763 157.037 1.00 87.38 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.906 181.450 156.642 1.00 87.38 C ATOM 1374 C ILE 168 145.476 180.668 157.880 1.00 87.38 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.968 180.656 155.849 1.00 87.38 C ATOM 1376 O ILE 168 145.107 179.496 157.784 1.00 87.38 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.270 180.556 156.652 1.00 87.38 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.216 181.302 154.482 1.00 87.38 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.210 179.459 156.171 1.00 87.38 C ATOM 1380 N SER 169 145.542 181.263 159.110 1.00 83.00 N ATOM 1381 CA SER 169 145.358 180.535 160.361 1.00 83.00 C ATOM 1382 C SER 169 143.905 180.591 160.823 1.00 83.00 C ATOM 1383 CB SER 169 146.269 181.102 161.450 1.00 83.00 C ATOM 1384 O SER 169 143.613 180.354 161.997 1.00 83.00 O ATOM 1385 OG SER 169 147.633 180.883 161.129 1.00 83.00 O ATOM 1386 N GLY 170 142.877 180.720 159.915 1.00 84.14 N ATOM 1387 CA GLY 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