####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS235_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS235_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.15 1.15 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.15 1.15 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 106 182 - 288 1.00 1.16 LCS_AVERAGE: 76.03 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 58 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 58 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 22 103 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 5 29 88 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 56 98 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 47 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 3 4 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 104 135 135 4 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 106 135 135 47 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 106 135 135 32 106 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 106 135 135 32 106 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 106 135 135 31 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 106 135 135 62 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT N 207 N 207 106 135 135 23 104 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 106 135 135 13 104 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 106 135 135 47 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 106 135 135 6 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 106 135 135 31 94 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 106 135 135 3 30 56 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 106 135 135 3 6 28 63 126 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 106 135 135 32 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 106 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 105 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 102 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 102 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 102 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 102 135 135 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 82 135 135 61 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 82 135 135 61 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 82 135 135 58 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 68 135 135 48 102 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 68 135 135 40 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 64 135 135 5 45 95 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 37 135 135 3 3 3 109 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 92.01 ( 76.03 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 63 109 122 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 46.67 80.74 90.37 94.07 96.30 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.58 0.70 0.80 0.91 1.12 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 GDT RMS_ALL_AT 1.58 1.27 1.22 1.19 1.16 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 # Checking swapping # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: D 285 D 285 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.788 0 0.015 0.015 0.846 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.886 0 0.052 0.156 2.185 81.818 66.465 2.185 LGA W 167 W 167 0.741 0 0.051 0.202 1.225 77.727 78.442 0.822 LGA I 168 I 168 1.233 0 0.032 1.568 5.853 59.091 44.773 5.853 LGA S 169 S 169 2.132 0 0.042 0.144 5.098 44.545 31.515 5.098 LGA G 170 G 170 1.990 0 0.313 0.313 1.990 54.545 54.545 - LGA L 171 L 171 1.441 0 0.000 1.238 5.178 61.818 48.864 1.583 LGA A 172 A 172 1.236 0 0.032 0.025 1.358 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.685 0 0.012 0.066 0.942 81.818 81.818 0.942 LGA Y 174 Y 174 0.664 0 0.000 0.153 1.144 81.818 79.091 1.144 LGA G 175 G 175 0.733 0 0.085 0.085 0.733 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.810 0 0.041 0.148 0.965 81.818 84.848 0.605 LGA Q 177 Q 177 1.141 0 0.066 0.353 1.560 69.545 67.475 1.115 LGA L 178 L 178 0.944 0 0.083 0.123 1.170 77.727 77.727 1.140 LGA N 179 N 179 0.811 0 0.194 0.722 4.591 73.636 45.455 4.591 LGA K 180 K 180 3.632 0 0.313 0.971 13.375 23.636 10.505 13.375 LGA K 181 K 181 1.404 0 0.333 1.269 10.318 82.273 39.798 10.318 LGA T 182 T 182 0.503 0 0.045 1.108 3.210 82.273 68.312 3.210 LGA S 183 S 183 1.240 0 0.187 0.164 1.544 69.545 63.333 1.520 LGA K 184 K 184 1.121 0 0.061 0.823 2.847 65.455 61.414 2.847 LGA L 185 L 185 0.792 0 0.079 0.084 0.898 81.818 84.091 0.470 LGA D 186 D 186 0.506 0 0.077 0.097 0.988 81.818 90.909 0.390 LGA P 187 P 187 0.652 0 0.015 0.081 1.533 70.000 80.260 0.496 LGA V 188 V 188 1.120 0 0.052 0.043 1.357 69.545 67.792 1.357 LGA E 189 E 189 1.223 0 0.041 0.364 2.421 65.455 62.626 2.421 LGA D 190 D 190 1.389 0 0.039 0.063 2.094 65.455 56.591 2.094 LGA E 191 E 191 1.008 0 0.044 0.086 1.724 73.636 67.475 1.724 LGA A 192 A 192 0.512 0 0.000 0.000 0.672 90.909 89.091 - LGA K 193 K 193 0.744 0 0.035 0.611 3.349 81.818 64.040 3.052 LGA V 194 V 194 0.631 0 0.044 0.071 0.871 90.909 87.013 0.745 LGA V 195 V 195 0.176 0 0.000 0.021 0.460 100.000 100.000 0.202 LGA Q 196 Q 196 0.372 0 0.020 0.245 1.500 100.000 86.869 1.369 LGA L 197 L 197 0.408 0 0.020 0.041 0.584 100.000 95.455 0.584 LGA I 198 I 198 0.166 0 0.074 0.096 0.335 100.000 100.000 0.257 LGA F 199 F 199 0.330 0 0.053 0.071 0.478 100.000 100.000 0.071 LGA N 200 N 200 0.445 0 0.031 0.857 1.911 100.000 83.182 1.751 LGA I 201 I 201 0.308 0 0.031 0.064 0.427 100.000 100.000 0.177 LGA F 202 F 202 0.370 0 0.000 0.077 0.867 95.455 91.736 0.867 LGA L 203 L 203 0.572 0 0.000 0.121 1.192 95.455 86.591 0.968 LGA N 204 N 204 0.429 0 0.039 0.061 1.001 100.000 88.864 0.998 LGA G 205 G 205 0.098 0 0.039 0.039 0.270 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.550 0 0.081 1.359 3.581 90.909 69.773 1.809 LGA N 207 N 207 1.181 0 0.078 0.213 1.406 69.545 69.545 1.406 LGA G 208 G 208 1.160 0 0.000 0.000 1.160 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 0.852 0 0.030 0.090 2.139 86.364 65.455 2.139 LGA D 210 D 210 0.758 0 0.131 0.271 0.890 81.818 81.818 0.526 LGA Y 211 Y 211 1.309 0 0.076 0.356 1.507 65.455 64.242 1.082 LGA S 212 S 212 1.995 0 0.694 0.761 5.860 46.364 32.727 5.860 LGA Y 213 Y 213 2.930 0 0.168 1.652 14.866 38.636 13.030 14.866 LGA A 215 A 215 0.798 0 0.210 0.220 1.873 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.384 0 0.033 0.202 0.576 100.000 93.182 0.576 LGA A 217 A 217 0.315 0 0.024 0.050 0.401 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.415 0 0.051 0.088 1.080 100.000 91.212 1.080 LGA H 219 H 219 0.254 0 0.023 0.044 0.373 100.000 100.000 0.373 LGA L 220 L 220 0.321 0 0.020 0.092 0.516 100.000 97.727 0.516 LGA T 221 T 221 0.111 0 0.021 0.041 0.236 100.000 100.000 0.153 LGA N 222 N 222 0.191 0 0.032 0.038 0.389 100.000 100.000 0.126 LGA L 223 L 223 0.497 0 0.044 0.095 0.984 100.000 90.909 0.938 LGA Q 224 Q 224 0.390 0 0.038 0.881 4.737 100.000 68.081 4.737 LGA I 225 I 225 0.248 0 0.051 0.114 0.346 100.000 100.000 0.134 LGA P 226 P 226 0.549 0 0.057 0.332 1.645 86.364 80.000 1.645 LGA T 227 T 227 0.816 0 0.036 0.182 0.941 81.818 81.818 0.914 LGA P 228 P 228 1.139 0 0.110 0.123 1.139 69.545 70.130 1.081 LGA S 229 S 229 1.373 0 0.131 0.118 1.373 65.455 68.182 0.895 LGA G 230 G 230 1.076 0 0.000 0.000 1.142 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.511 0 0.145 0.734 1.915 81.818 78.384 1.915 LGA K 232 K 232 0.440 0 0.228 0.855 2.525 95.455 75.152 2.525 LGA R 233 R 233 0.669 0 0.037 0.955 5.343 81.818 51.240 4.767 LGA W 234 W 234 0.648 0 0.061 0.136 0.796 81.818 85.714 0.421 LGA N 235 N 235 0.768 0 0.073 0.998 3.884 81.818 65.227 1.919 LGA Q 236 Q 236 0.455 0 0.049 0.978 3.689 86.364 70.505 1.176 LGA Y 237 Y 237 1.226 0 0.024 0.362 2.688 69.545 54.091 2.688 LGA T 238 T 238 0.975 0 0.027 0.265 1.142 81.818 79.481 1.142 LGA I 239 I 239 0.641 0 0.019 0.059 0.800 81.818 90.909 0.358 LGA K 240 K 240 0.963 0 0.058 0.650 5.369 81.818 54.141 5.369 LGA A 241 A 241 1.087 0 0.024 0.032 1.289 73.636 72.000 - LGA I 242 I 242 0.486 0 0.035 0.067 1.190 95.455 86.591 1.190 LGA L 243 L 243 0.327 0 0.067 0.161 0.691 95.455 97.727 0.319 LGA Q 244 Q 244 0.581 0 0.066 0.324 1.103 77.727 78.182 0.865 LGA N 245 N 245 0.737 0 0.006 0.034 0.855 81.818 81.818 0.716 LGA E 246 E 246 0.540 0 0.017 0.699 1.782 90.909 78.990 1.782 LGA V 247 V 247 0.314 0 0.023 0.085 0.384 100.000 100.000 0.384 LGA Y 248 Y 248 0.350 0 0.021 0.171 1.334 100.000 89.697 1.334 LGA I 249 I 249 0.293 0 0.042 0.089 0.865 100.000 93.182 0.865 LGA G 250 G 250 0.266 0 0.029 0.029 0.442 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.428 0 0.045 0.052 0.601 100.000 97.403 0.377 LGA V 252 V 252 0.599 0 0.052 0.157 1.001 86.364 82.078 1.001 LGA K 253 K 253 0.569 0 0.032 0.250 0.943 81.818 87.879 0.401 LGA Y 254 Y 254 0.619 0 0.034 0.354 2.335 86.364 71.818 2.335 LGA K 255 K 255 0.277 0 0.029 0.624 2.860 95.455 71.717 2.366 LGA V 256 V 256 0.522 0 0.109 0.137 1.053 86.364 82.078 0.725 LGA R 257 R 257 0.514 0 0.090 1.076 5.385 81.818 58.182 3.710 LGA E 258 E 258 1.058 0 0.041 0.907 4.950 65.909 45.859 4.950 LGA K 259 K 259 1.738 0 0.007 0.091 3.822 48.182 33.939 3.822 LGA T 260 T 260 2.675 0 0.016 0.127 3.133 25.455 27.792 2.547 LGA K 261 K 261 4.121 0 0.029 0.864 11.130 6.818 3.232 11.130 LGA D 262 D 262 3.636 0 0.077 0.901 4.522 14.545 10.909 4.522 LGA G 263 G 263 2.752 0 0.095 0.095 2.966 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.623 0 0.000 0.412 2.668 47.727 53.333 2.668 LGA R 265 R 265 0.930 0 0.131 1.040 3.966 77.727 60.165 3.966 LGA T 266 T 266 0.580 0 0.015 0.139 1.246 86.364 82.078 0.635 LGA I 267 I 267 0.106 0 0.000 0.056 0.474 100.000 100.000 0.474 LGA R 268 R 268 0.303 0 0.000 1.010 2.701 95.455 82.314 1.968 LGA P 269 P 269 0.724 0 0.000 0.060 0.772 81.818 84.416 0.754 LGA E 270 E 270 0.845 0 0.022 1.051 3.954 81.818 52.929 3.954 LGA K 271 K 271 0.880 0 0.063 0.732 4.606 86.364 54.545 4.584 LGA E 272 E 272 0.377 0 0.109 0.154 1.950 90.909 75.354 1.950 LGA Q 273 Q 273 0.433 0 0.000 0.024 0.964 100.000 89.899 0.964 LGA I 274 I 274 0.522 0 0.075 0.079 0.702 81.818 81.818 0.702 LGA V 275 V 275 0.260 0 0.042 0.050 0.359 100.000 100.000 0.359 LGA V 276 V 276 0.547 0 0.000 0.019 0.795 95.455 89.610 0.795 LGA Q 277 Q 277 0.446 0 0.048 0.644 3.134 95.455 71.919 3.134 LGA D 278 D 278 0.465 0 0.072 0.188 0.908 100.000 90.909 0.908 LGA A 279 A 279 0.671 0 0.033 0.069 0.782 81.818 81.818 - LGA H 280 H 280 0.375 0 0.041 0.213 0.687 100.000 94.545 0.254 LGA A 281 A 281 0.333 0 0.000 0.000 0.461 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.188 0 0.019 0.064 0.529 95.455 97.403 0.395 LGA I 283 I 283 0.238 0 0.028 0.089 0.550 95.455 93.182 0.550 LGA I 284 I 284 0.423 0 0.016 0.067 0.615 90.909 95.455 0.399 LGA D 285 D 285 0.912 0 0.060 0.811 3.314 81.818 61.136 2.931 LGA K 286 K 286 0.967 0 0.009 0.275 1.446 73.636 72.727 1.446 LGA E 287 E 287 1.151 0 0.032 0.401 1.537 65.455 63.838 1.537 LGA Q 288 Q 288 0.849 0 0.000 0.251 1.556 81.818 73.131 1.556 LGA F 289 F 289 0.892 0 0.033 0.114 1.195 81.818 74.380 1.130 LGA Q 290 Q 290 1.187 0 0.000 1.195 2.849 65.455 59.596 2.849 LGA Q 291 Q 291 0.979 0 0.000 0.217 1.247 77.727 72.727 1.247 LGA S 292 S 292 0.884 0 0.057 0.704 3.060 77.727 68.485 3.060 LGA Q 293 Q 293 1.168 0 0.049 0.272 1.772 65.455 60.606 1.772 LGA V 294 V 294 1.312 0 0.000 0.061 1.444 65.455 65.455 1.381 LGA K 295 K 295 0.783 0 0.063 0.149 1.075 77.727 82.020 0.476 LGA I 296 I 296 1.099 0 0.019 0.074 1.434 69.545 69.545 1.104 LGA A 297 A 297 1.632 0 0.131 0.146 2.309 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.890 0 0.040 0.560 1.668 65.909 72.273 1.668 LGA K 299 K 299 2.382 0 0.243 0.700 13.646 63.636 28.889 13.646 LGA V 300 V 300 3.618 0 0.088 0.100 7.230 21.364 12.208 7.230 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.146 1.098 2.044 80.077 73.328 57.983 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.15 93.704 97.057 10.839 LGA_LOCAL RMSD: 1.146 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.146 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.146 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.059334 * X + -0.773072 * Y + 0.631537 * Z + 145.535767 Y_new = -0.981075 * X + -0.071652 * Y + -0.179883 * Z + 167.361847 Z_new = 0.184313 * X + -0.630258 * Y + -0.754190 * Z + 172.478851 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.631201 -0.185373 -2.445474 [DEG: -93.4609 -10.6211 -140.1153 ] ZXZ: 1.293311 2.425217 2.857085 [DEG: 74.1012 138.9547 163.6989 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS235_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS235_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.15 97.057 1.15 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS235_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.831 186.736 153.802 1.00 97.88 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.216 187.493 154.880 1.00 97.87 C ATOM 1347 C GLY 165 150.700 187.458 154.845 1.00 97.75 C ATOM 1348 O GLY 165 150.039 188.346 155.387 1.00 97.19 O ATOM 1349 N LYS 166 150.075 186.504 154.155 1.00 98.18 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.630 186.289 154.151 1.00 98.14 C ATOM 1351 C LYS 166 148.182 185.544 155.404 1.00 98.03 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.206 185.517 152.901 1.00 97.96 C ATOM 1353 O LYS 166 148.863 184.625 155.863 1.00 97.73 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.352 186.304 151.608 1.00 97.26 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.942 185.473 150.398 1.00 96.64 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.103 186.255 149.101 1.00 94.84 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.801 185.412 147.905 1.00 92.52 N ATOM 1358 N TRP 167 147.018 185.869 155.937 1.00 97.60 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.436 185.222 157.108 1.00 97.54 C ATOM 1360 C TRP 167 145.778 183.900 156.731 1.00 96.66 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.412 186.144 157.777 1.00 97.44 C ATOM 1362 O TRP 167 144.792 183.879 155.990 1.00 94.35 O ATOM 1363 CG TRP 167 144.878 185.619 159.077 1.00 96.75 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.651 185.056 159.296 1.00 95.17 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.553 185.613 160.337 1.00 94.99 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.677 185.031 161.279 1.00 94.82 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 146.818 186.044 160.763 1.00 94.23 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.524 184.699 160.618 1.00 94.36 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.266 185.297 163.012 1.00 93.52 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.025 184.868 162.622 1.00 93.75 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.161 185.881 162.100 1.00 93.62 C ATOM 1372 N ILE 168 146.291 182.773 157.225 1.00 96.19 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.892 181.429 156.821 1.00 95.19 C ATOM 1374 C ILE 168 145.176 180.734 157.977 1.00 92.57 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.108 180.594 156.364 1.00 93.38 C ATOM 1376 O ILE 168 144.803 179.564 157.870 1.00 87.69 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.162 180.530 157.476 1.00 82.50 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.706 181.169 155.076 1.00 82.36 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.225 179.461 157.262 1.00 78.78 C ATOM 1380 N SER 169 145.235 181.380 159.121 1.00 88.33 N ATOM 1381 CA SER 169 144.493 180.881 160.273 1.00 84.27 C ATOM 1382 C SER 169 143.013 181.235 160.173 1.00 81.09 C ATOM 1383 CB SER 169 145.073 181.446 161.571 1.00 80.97 C ATOM 1384 O SER 169 142.640 182.168 159.460 1.00 73.52 O ATOM 1385 OG SER 169 146.443 181.106 161.699 1.00 73.06 O ATOM 1386 N GLY 170 142.028 180.426 160.674 1.00 84.58 N ATOM 1387 CA GLY 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CA GLN 177 139.037 191.637 159.933 1.00 98.55 C ATOM 1440 C GLN 177 139.860 191.078 158.776 1.00 98.47 C ATOM 1441 CB GLN 177 137.859 192.451 159.393 1.00 98.45 C ATOM 1442 O GLN 177 140.872 191.664 158.386 1.00 98.27 O ATOM 1443 CG GLN 177 138.274 193.641 158.539 1.00 97.77 C ATOM 1444 CD GLN 177 137.088 194.438 158.027 1.00 96.79 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 137.363 195.460 157.224 1.00 96.01 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 135.935 194.136 158.349 1.00 96.02 O ATOM 1447 N LEU 178 139.516 189.922 158.279 1.00 97.86 N ATOM 1448 CA LEU 178 140.173 189.335 157.118 1.00 97.85 C ATOM 1449 C LEU 178 139.660 189.964 155.827 1.00 97.67 C ATOM 1450 CB LEU 178 139.950 187.820 157.084 1.00 97.41 C ATOM 1451 O LEU 178 138.506 189.757 155.446 1.00 97.13 O ATOM 1452 CG LEU 178 140.653 187.056 155.961 1.00 95.76 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 142.166 187.132 156.135 1.00 93.11 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 140.185 185.605 155.926 1.00 92.89 C ATOM 1455 N ASN 179 140.484 190.673 155.062 1.00 97.93 N ATOM 1456 CA ASN 179 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1888 C TRP 234 137.198 188.301 180.281 1.00 96.75 C ATOM 1889 CB TRP 234 137.234 190.580 179.246 1.00 98.40 C ATOM 1890 O TRP 234 136.805 188.252 181.449 1.00 93.87 O ATOM 1891 CG TRP 234 136.979 191.377 178.003 1.00 98.65 C ATOM 1892 CD1 TRP 234 135.917 192.204 177.757 1.00 98.58 C ATOM 1893 CD2 TRP 234 137.799 191.419 176.831 1.00 98.51 C ATOM 1894 CE2 TRP 234 137.174 192.293 175.914 1.00 98.41 C ATOM 1895 CE3 TRP 234 139.004 190.802 176.468 1.00 97.06 C ATOM 1896 NE1 TRP 234 136.029 192.757 176.503 1.00 96.37 N ATOM 1897 CH2 TRP 234 138.894 191.950 174.325 1.00 96.40 C ATOM 1898 CZ2 TRP 234 137.716 192.566 174.655 1.00 96.53 C ATOM 1899 CZ3 TRP 234 139.539 191.075 175.215 1.00 96.59 C ATOM 1900 N ASN 235 138.182 187.541 179.835 1.00 97.01 N ATOM 1901 CA ASN 235 139.000 186.703 180.704 1.00 96.66 C ATOM 1902 C ASN 235 140.480 187.065 180.601 1.00 97.00 C ATOM 1903 CB ASN 235 138.791 185.223 180.374 1.00 93.95 C ATOM 1904 O ASN 235 140.942 187.512 179.550 1.00 96.43 O ATOM 1905 CG ASN 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