####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS231_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS231_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 117 181 - 298 0.99 1.09 LCS_AVERAGE: 84.48 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 96 135 135 58 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 96 135 135 65 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 96 135 135 75 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 96 135 135 58 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 96 135 135 26 106 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 96 135 135 58 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 96 135 135 58 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 96 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 96 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 96 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 96 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 96 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 96 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 96 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 96 135 135 49 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 96 135 135 3 3 4 84 99 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 117 135 135 25 102 117 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 117 135 135 63 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 117 135 135 37 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 117 135 135 23 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 117 135 135 74 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 117 135 135 63 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 117 135 135 57 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 117 135 135 25 101 118 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 117 135 135 22 97 118 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 117 135 135 10 97 118 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 117 135 135 10 106 118 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 117 135 135 5 80 118 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 117 135 135 6 21 69 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 117 135 135 3 6 15 25 124 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 117 135 135 58 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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280 H 280 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 117 135 135 70 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 117 135 135 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 117 135 135 75 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 117 135 135 70 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 117 135 135 58 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 117 135 135 25 103 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 117 135 135 4 106 118 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 86 135 135 4 35 62 112 123 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 86 135 135 3 3 112 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 94.83 ( 84.48 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 107 118 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 79.26 87.41 91.85 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.65 0.79 0.92 0.98 1.03 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 GDT RMS_ALL_AT 1.10 1.09 1.12 1.11 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.661 0 0.017 0.017 0.839 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.730 0 0.056 0.200 1.597 81.818 74.747 1.597 LGA W 167 W 167 0.627 0 0.060 0.095 0.892 81.818 85.714 0.559 LGA I 168 I 168 0.936 0 0.056 1.559 4.520 73.636 53.864 4.520 LGA S 169 S 169 1.322 0 0.169 0.488 4.177 66.818 50.000 4.177 LGA G 170 G 170 0.913 0 0.184 0.184 1.354 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.975 0 0.000 1.316 4.139 86.364 66.591 1.108 LGA A 172 A 172 0.443 0 0.041 0.047 0.606 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.348 0 0.000 0.157 0.975 100.000 94.805 0.975 LGA Y 174 Y 174 0.459 0 0.040 0.171 0.863 95.455 86.364 0.863 LGA G 175 G 175 0.164 0 0.058 0.058 0.240 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.135 0 0.035 0.147 0.353 100.000 100.000 0.210 LGA Q 177 Q 177 0.426 0 0.059 0.254 0.863 100.000 95.960 0.737 LGA L 178 L 178 0.429 0 0.072 0.091 0.977 95.455 93.182 0.977 LGA N 179 N 179 0.993 0 0.164 0.639 4.479 66.364 42.273 4.479 LGA K 180 K 180 3.972 0 0.294 0.973 13.684 20.455 9.091 13.684 LGA K 181 K 181 1.281 0 0.379 1.012 8.016 77.727 39.596 8.016 LGA T 182 T 182 0.761 0 0.060 1.110 3.595 77.727 67.013 3.595 LGA S 183 S 183 0.987 0 0.132 0.119 1.334 73.636 70.909 1.191 LGA K 184 K 184 1.063 0 0.063 0.814 2.608 69.545 64.848 2.608 LGA L 185 L 185 0.645 0 0.060 0.074 0.721 81.818 81.818 0.593 LGA D 186 D 186 0.181 0 0.061 0.100 0.599 100.000 95.455 0.599 LGA P 187 P 187 0.473 0 0.023 0.060 0.996 90.909 89.610 0.650 LGA V 188 V 188 0.545 0 0.000 0.025 0.607 81.818 81.818 0.578 LGA E 189 E 189 0.574 0 0.018 0.321 1.383 81.818 82.020 1.383 LGA D 190 D 190 0.483 0 0.026 0.055 0.573 100.000 90.909 0.553 LGA E 191 E 191 0.341 0 0.036 0.074 0.620 100.000 97.980 0.620 LGA A 192 A 192 0.206 0 0.000 0.000 0.292 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.212 0 0.029 0.663 2.707 100.000 85.051 2.460 LGA V 194 V 194 0.234 0 0.036 0.043 0.291 100.000 100.000 0.291 LGA V 195 V 195 0.057 0 0.000 0.000 0.121 100.000 100.000 0.115 LGA Q 196 Q 196 0.129 0 0.030 0.266 1.282 100.000 90.303 1.020 LGA L 197 L 197 0.123 0 0.019 0.045 0.324 100.000 100.000 0.320 LGA I 198 I 198 0.286 0 0.087 0.097 0.447 100.000 100.000 0.305 LGA F 199 F 199 0.279 0 0.048 0.090 0.374 100.000 100.000 0.199 LGA N 200 N 200 0.280 0 0.045 0.932 3.153 100.000 79.318 3.153 LGA I 201 I 201 0.226 0 0.031 0.047 0.342 100.000 100.000 0.184 LGA F 202 F 202 0.309 0 0.000 0.057 0.534 100.000 96.694 0.506 LGA L 203 L 203 0.463 0 0.000 0.066 0.732 95.455 93.182 0.674 LGA N 204 N 204 0.461 0 0.015 0.094 1.054 90.909 84.318 0.610 LGA G 205 G 205 0.825 0 0.051 0.051 0.863 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 1.015 0 0.017 0.063 1.480 69.545 77.955 0.370 LGA N 207 N 207 1.884 0 0.070 0.267 2.539 47.727 43.182 2.068 LGA G 208 G 208 2.065 0 0.000 0.000 2.224 41.364 41.364 - LGA K 209 K 209 2.019 0 0.034 0.626 2.273 47.727 61.818 0.773 LGA D 210 D 210 1.753 0 0.095 0.329 1.834 54.545 58.182 1.341 LGA Y 211 Y 211 2.164 0 0.118 0.411 2.275 41.364 44.545 1.777 LGA S 212 S 212 2.379 0 0.689 0.767 5.851 31.364 22.727 5.851 LGA Y 213 Y 213 3.061 0 0.157 1.631 14.978 36.364 12.273 14.978 LGA A 215 A 215 1.168 0 0.214 0.230 2.143 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.462 0 0.031 0.176 0.578 95.455 95.455 0.411 LGA A 217 A 217 0.295 0 0.032 0.048 0.387 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.564 0 0.053 0.104 1.457 90.909 85.152 1.457 LGA H 219 H 219 0.232 0 0.029 0.037 0.568 100.000 96.364 0.568 LGA L 220 L 220 0.199 0 0.000 0.083 0.422 100.000 100.000 0.422 LGA T 221 T 221 0.336 0 0.011 0.036 0.528 95.455 97.403 0.412 LGA N 222 N 222 0.374 0 0.034 0.049 0.632 95.455 97.727 0.371 LGA L 223 L 223 0.587 0 0.041 0.052 0.925 86.364 84.091 0.770 LGA Q 224 Q 224 0.721 0 0.013 0.801 3.909 77.727 58.990 3.909 LGA I 225 I 225 0.781 0 0.055 0.139 0.822 81.818 84.091 0.403 LGA P 226 P 226 0.863 0 0.064 0.069 1.017 81.818 79.481 0.974 LGA T 227 T 227 0.239 0 0.032 0.159 0.705 95.455 94.805 0.400 LGA P 228 P 228 0.550 0 0.082 0.084 0.792 90.909 89.610 0.792 LGA S 229 S 229 0.581 0 0.135 0.126 1.423 86.364 79.394 1.423 LGA G 230 G 230 0.535 0 0.074 0.074 1.306 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 1.075 0 0.106 0.679 3.765 69.545 61.212 3.765 LGA K 232 K 232 1.030 0 0.175 0.873 4.770 73.636 50.707 4.770 LGA R 233 R 233 0.557 0 0.037 1.364 8.009 86.364 46.942 8.009 LGA W 234 W 234 0.347 0 0.049 0.101 0.668 100.000 97.403 0.444 LGA N 235 N 235 0.764 0 0.000 0.831 2.393 81.818 76.364 2.393 LGA Q 236 Q 236 0.661 0 0.035 0.880 3.126 86.364 78.788 0.766 LGA Y 237 Y 237 0.265 0 0.034 0.381 1.465 100.000 89.697 1.465 LGA T 238 T 238 0.179 0 0.022 0.275 0.917 100.000 94.805 0.917 LGA I 239 I 239 0.175 0 0.013 0.087 0.358 100.000 100.000 0.358 LGA K 240 K 240 0.202 0 0.062 0.614 3.840 100.000 77.778 3.840 LGA A 241 A 241 0.218 0 0.054 0.058 0.352 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.409 0 0.050 0.064 0.896 95.455 88.636 0.896 LGA L 243 L 243 0.278 0 0.024 0.129 0.608 95.455 97.727 0.224 LGA Q 244 Q 244 0.337 0 0.000 0.320 1.494 95.455 86.465 1.494 LGA N 245 N 245 0.457 0 0.000 0.093 0.792 95.455 90.909 0.792 LGA E 246 E 246 0.475 0 0.000 0.608 2.012 100.000 87.273 1.306 LGA V 247 V 247 0.396 0 0.019 0.060 0.422 100.000 100.000 0.272 LGA Y 248 Y 248 0.411 0 0.000 0.104 1.122 100.000 86.515 1.122 LGA I 249 I 249 0.363 0 0.072 0.104 0.434 100.000 100.000 0.377 LGA G 250 G 250 0.356 0 0.042 0.042 0.394 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.330 0 0.044 0.051 0.495 100.000 100.000 0.435 LGA V 252 V 252 0.433 0 0.042 0.114 0.775 100.000 92.208 0.775 LGA K 253 K 253 0.548 0 0.000 0.160 0.697 81.818 81.818 0.596 LGA Y 254 Y 254 0.587 0 0.056 0.361 2.344 86.364 74.394 2.344 LGA K 255 K 255 0.814 0 0.072 0.130 1.095 81.818 80.000 1.095 LGA V 256 V 256 0.909 0 0.082 0.095 1.062 73.636 74.805 1.062 LGA R 257 R 257 1.373 0 0.079 1.087 5.841 61.818 44.132 3.303 LGA E 258 E 258 1.523 0 0.058 0.948 4.565 51.364 36.970 4.565 LGA K 259 K 259 2.193 0 0.017 0.135 2.998 41.364 33.535 2.998 LGA T 260 T 260 2.050 0 0.015 0.105 2.438 38.182 38.182 2.015 LGA K 261 K 261 2.501 0 0.019 0.893 7.512 30.000 19.596 7.512 LGA D 262 D 262 2.466 0 0.068 0.703 3.746 32.727 26.136 3.746 LGA G 263 G 263 2.798 0 0.113 0.113 3.051 25.000 25.000 - LGA K 264 K 264 2.439 0 0.000 0.474 2.859 35.455 36.364 1.138 LGA R 265 R 265 2.116 0 0.083 1.013 3.846 44.545 44.463 3.846 LGA T 266 T 266 1.772 0 0.011 0.103 1.889 50.909 50.909 1.768 LGA I 267 I 267 1.340 0 0.038 0.089 1.660 58.182 60.000 1.660 LGA R 268 R 268 0.763 0 0.015 0.975 2.703 81.818 68.430 2.703 LGA P 269 P 269 0.543 0 0.000 0.000 0.594 90.909 89.610 0.581 LGA E 270 E 270 0.596 0 0.000 1.086 3.409 90.909 68.687 3.409 LGA K 271 K 271 0.459 0 0.039 0.658 4.083 100.000 64.646 3.653 LGA E 272 E 272 0.259 0 0.039 0.088 1.249 100.000 84.444 1.202 LGA Q 273 Q 273 0.248 0 0.026 0.086 0.889 100.000 93.939 0.628 LGA I 274 I 274 0.164 0 0.053 0.069 0.345 100.000 100.000 0.345 LGA V 275 V 275 0.222 0 0.000 0.013 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA V 276 V 276 0.243 0 0.000 0.046 0.566 100.000 97.403 0.469 LGA Q 277 Q 277 0.100 0 0.045 0.657 3.298 100.000 77.172 3.298 LGA D 278 D 278 0.112 0 0.031 0.173 0.588 100.000 97.727 0.588 LGA A 279 A 279 0.276 0 0.024 0.047 0.312 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.143 0 0.042 0.263 0.763 100.000 94.545 0.759 LGA A 281 A 281 0.214 0 0.000 0.000 0.286 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.286 0 0.023 0.031 0.487 100.000 100.000 0.487 LGA I 283 I 283 0.409 0 0.045 0.077 0.702 95.455 93.182 0.592 LGA I 284 I 284 0.414 0 0.000 0.086 0.429 100.000 100.000 0.325 LGA D 285 D 285 0.670 0 0.066 0.964 3.469 81.818 69.773 1.267 LGA K 286 K 286 0.542 0 0.026 0.278 1.288 86.364 82.020 1.288 LGA E 287 E 287 0.503 0 0.029 0.170 1.067 90.909 86.061 0.418 LGA Q 288 Q 288 0.405 0 0.000 0.494 1.310 100.000 84.444 1.019 LGA F 289 F 289 0.294 0 0.039 0.118 0.749 100.000 93.388 0.740 LGA Q 290 Q 290 0.439 0 0.008 1.156 3.635 100.000 74.949 3.635 LGA Q 291 Q 291 0.260 0 0.000 0.247 0.977 100.000 97.980 0.977 LGA S 292 S 292 0.262 0 0.054 0.051 0.380 100.000 100.000 0.242 LGA Q 293 Q 293 0.508 0 0.033 0.226 0.815 86.364 83.838 0.724 LGA V 294 V 294 0.622 0 0.000 0.040 0.835 81.818 87.013 0.491 LGA K 295 K 295 0.713 0 0.049 0.203 1.167 77.727 80.000 0.968 LGA I 296 I 296 0.964 0 0.015 0.065 1.433 73.636 77.955 0.478 LGA A 297 A 297 1.389 0 0.112 0.136 2.137 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.583 0 0.050 0.550 2.586 45.455 57.727 0.776 LGA K 299 K 299 3.493 0 0.360 0.819 14.288 40.455 17.980 14.288 LGA V 300 V 300 2.402 0 0.087 0.113 5.769 41.364 23.896 5.769 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.079 1.044 1.937 83.131 77.509 63.820 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.08 92.778 96.524 11.452 LGA_LOCAL RMSD: 1.079 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.079 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.079 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.379803 * X + -0.055682 * Y + 0.923390 * Z + 156.191895 Y_new = 0.268523 * X + -0.961845 * Y + 0.052446 * Z + 154.402252 Z_new = 0.885238 * X + 0.267870 * Y + 0.380263 * Z + 136.952271 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.526181 -1.087005 0.613696 [DEG: 144.7395 -62.2808 35.1622 ] ZXZ: 1.627532 1.180716 1.276959 [DEG: 93.2507 67.6500 73.1644 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS231_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS231_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.08 96.524 1.08 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS231_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.058 186.892 153.989 0.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 152.335 187.639 155.024 0.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 150.813 187.474 154.980 0.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 150.095 188.237 155.623 0.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 150.298 186.490 154.231 0.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 148.866 186.194 154.163 0.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 148.428 185.410 155.408 0.00 0.00 ATOM 1352 O LYS 166 149.141 184.530 155.889 0.00 0.00 ATOM 1353 CB LYS 166 148.513 185.461 152.848 0.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 148.815 186.307 151.586 0.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 148.429 185.638 150.257 0.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 148.751 186.590 149.089 0.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.389 186.093 147.729 0.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 147.237 185.710 155.916 0.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 146.648 184.985 157.043 0.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 145.875 183.769 156.542 0.00 0.00 ATOM 1361 O TRP 167 144.843 183.903 155.890 0.00 0.00 ATOM 1362 CB TRP 167 145.761 185.919 157.858 0.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 145.277 185.302 159.127 0.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.132 184.608 159.295 0.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.967 185.277 160.418 0.00 0.00 ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.053 184.160 160.607 0.00 0.00 ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.157 184.547 161.324 0.00 0.00 ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.185 185.802 160.891 0.00 0.00 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.551 184.340 162.666 0.00 0.00 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.570 185.601 162.222 0.00 0.00 ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.761 184.871 163.099 0.00 0.00 ATOM 1372 N ILE 168 146.358 182.588 156.861 0.00 0.00 ATOM 1373 CA ILE 168 145.832 181.315 156.344 0.00 0.00 ATOM 1374 C ILE 168 145.393 180.342 157.445 0.00 0.00 ATOM 1375 O ILE 168 145.135 179.166 157.182 0.00 0.00 ATOM 1376 CB ILE 168 146.859 180.663 155.405 0.00 0.00 ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.211 180.442 156.118 0.00 0.00 ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.039 181.511 154.133 0.00 0.00 ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.109 179.471 155.365 0.00 0.00 ATOM 1380 N SER 169 145.328 180.818 158.675 0.00 0.00 ATOM 1381 CA SER 169 144.899 180.036 159.838 0.00 0.00 ATOM 1382 C SER 169 143.434 180.313 160.186 0.00 0.00 ATOM 1383 O SER 169 142.712 180.897 159.382 0.00 0.00 ATOM 1384 CB SER 169 145.873 180.295 160.990 0.00 0.00 ATOM 1385 OG SER 169 145.924 179.176 161.833 0.00 0.00 ATOM 1386 N GLY 170 142.981 179.880 161.361 0.00 0.00 ATOM 1387 CA GLY 170 141.585 179.973 161.786 0.00 0.00 ATOM 1388 C GLY 170 141.029 181.394 161.916 0.00 0.00 ATOM 1389 O GLY 170 141.134 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