####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS231_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS231_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 57 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 63 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 59 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 24 109 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 72 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 52 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 84 102 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 19 96 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 69 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 50 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 24 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 73 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 48 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 64 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 35 59 123 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 115 120 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 82.22 89.63 94.07 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.48 0.61 0.72 0.86 0.93 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.02 1.00 1.01 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.689 0 0.024 0.024 0.834 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.758 0 0.058 0.165 1.536 81.818 74.747 1.536 LGA W 167 W 167 0.628 0 0.044 0.097 0.904 81.818 85.714 0.707 LGA I 168 I 168 0.998 0 0.056 1.549 4.512 73.636 53.864 4.512 LGA S 169 S 169 1.358 0 0.136 0.612 3.723 65.455 51.818 3.723 LGA G 170 G 170 0.893 0 0.085 0.085 0.980 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.853 0 0.000 1.321 4.224 90.909 70.909 0.980 LGA A 172 A 172 0.455 0 0.036 0.039 0.617 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.337 0 0.024 0.265 1.231 100.000 95.065 1.231 LGA Y 174 Y 174 0.437 0 0.034 0.180 0.883 95.455 86.364 0.883 LGA G 175 G 175 0.220 0 0.054 0.054 0.220 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.189 0 0.031 0.145 0.414 100.000 100.000 0.213 LGA Q 177 Q 177 0.444 0 0.062 0.291 0.989 100.000 95.960 0.750 LGA L 178 L 178 0.442 0 0.071 0.090 0.953 90.909 90.909 0.953 LGA N 179 N 179 1.008 0 0.168 0.636 4.483 65.909 42.045 4.483 LGA K 180 K 180 3.797 0 0.295 0.971 13.480 20.455 9.091 13.480 LGA K 181 K 181 1.421 0 0.377 1.002 8.133 82.273 39.798 8.133 LGA T 182 T 182 0.730 0 0.060 1.108 3.539 77.727 67.013 3.539 LGA S 183 S 183 0.958 0 0.123 0.112 1.313 78.182 73.939 1.190 LGA K 184 K 184 1.013 0 0.062 0.830 2.739 69.545 66.667 2.739 LGA L 185 L 185 0.594 0 0.056 0.069 0.656 81.818 84.091 0.530 LGA D 186 D 186 0.156 0 0.047 0.087 0.492 100.000 100.000 0.416 LGA P 187 P 187 0.449 0 0.014 0.058 0.978 90.909 89.610 0.577 LGA V 188 V 188 0.567 0 0.016 0.033 0.640 81.818 81.818 0.634 LGA E 189 E 189 0.657 0 0.020 0.323 1.678 81.818 78.384 1.678 LGA D 190 D 190 0.635 0 0.042 0.059 0.842 86.364 84.091 0.842 LGA E 191 E 191 0.449 0 0.036 0.077 0.803 95.455 91.919 0.803 LGA A 192 A 192 0.234 0 0.000 0.000 0.308 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.262 0 0.023 0.663 2.791 100.000 83.838 2.546 LGA V 194 V 194 0.298 0 0.032 0.050 0.405 100.000 100.000 0.405 LGA V 195 V 195 0.063 0 0.000 0.000 0.145 100.000 100.000 0.055 LGA Q 196 Q 196 0.104 0 0.027 0.265 1.287 100.000 90.303 1.082 LGA L 197 L 197 0.121 0 0.021 0.055 0.368 100.000 100.000 0.368 LGA I 198 I 198 0.258 0 0.085 0.094 0.475 100.000 100.000 0.370 LGA F 199 F 199 0.186 0 0.036 0.077 0.349 100.000 100.000 0.167 LGA N 200 N 200 0.151 0 0.046 0.730 2.054 100.000 87.727 2.054 LGA I 201 I 201 0.114 0 0.034 0.045 0.188 100.000 100.000 0.131 LGA F 202 F 202 0.155 0 0.000 0.047 0.489 100.000 100.000 0.489 LGA L 203 L 203 0.280 0 0.000 0.060 0.698 100.000 95.455 0.644 LGA N 204 N 204 0.212 0 0.036 0.094 1.134 100.000 91.136 0.749 LGA G 205 G 205 0.618 0 0.052 0.052 0.689 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.867 0 0.019 0.158 1.341 73.636 80.000 0.184 LGA N 207 N 207 1.810 0 0.066 0.290 2.564 54.545 46.591 2.133 LGA G 208 G 208 1.847 0 0.000 0.000 1.869 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.765 0 0.041 0.659 2.074 58.182 62.828 1.212 LGA D 210 D 210 1.447 0 0.088 0.641 1.589 65.455 65.682 1.199 LGA Y 211 Y 211 1.864 0 0.125 0.402 2.069 54.545 50.000 1.573 LGA S 212 S 212 2.231 0 0.689 0.756 5.826 34.545 24.848 5.826 LGA Y 213 Y 213 2.971 0 0.150 1.625 14.834 41.818 14.091 14.834 LGA A 215 A 215 1.055 0 0.213 0.229 2.067 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.398 0 0.030 0.180 0.494 100.000 100.000 0.441 LGA A 217 A 217 0.220 0 0.042 0.055 0.328 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.511 0 0.045 0.113 1.382 95.455 88.182 1.382 LGA H 219 H 219 0.273 0 0.000 0.033 0.473 100.000 100.000 0.473 LGA L 220 L 220 0.232 0 0.012 0.083 0.378 100.000 100.000 0.378 LGA T 221 T 221 0.231 0 0.019 0.043 0.407 100.000 100.000 0.273 LGA N 222 N 222 0.299 0 0.036 0.045 0.518 95.455 97.727 0.374 LGA L 223 L 223 0.542 0 0.049 0.057 0.891 86.364 84.091 0.790 LGA Q 224 Q 224 0.607 0 0.034 0.804 4.155 81.818 61.414 4.155 LGA I 225 I 225 0.668 0 0.052 0.137 0.732 81.818 86.364 0.281 LGA P 226 P 226 0.817 0 0.068 0.074 0.986 81.818 81.818 0.969 LGA T 227 T 227 0.167 0 0.033 0.152 0.502 95.455 97.403 0.264 LGA P 228 P 228 0.677 0 0.078 0.081 0.872 90.909 87.013 0.872 LGA S 229 S 229 0.574 0 0.130 0.123 1.106 86.364 82.121 1.106 LGA G 230 G 230 0.482 0 0.068 0.068 1.058 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.793 0 0.112 0.681 3.380 73.636 65.657 3.380 LGA K 232 K 232 0.734 0 0.167 0.864 4.085 77.727 58.384 4.085 LGA R 233 R 233 0.359 0 0.039 1.416 8.576 100.000 51.570 8.576 LGA W 234 W 234 0.216 0 0.047 0.097 0.537 100.000 97.403 0.289 LGA N 235 N 235 0.532 0 0.019 0.864 2.212 86.364 76.591 2.212 LGA Q 236 Q 236 0.379 0 0.036 0.905 3.491 95.455 81.010 0.569 LGA Y 237 Y 237 0.554 0 0.039 0.389 1.776 86.364 76.667 1.776 LGA T 238 T 238 0.439 0 0.017 0.278 1.014 100.000 92.468 1.014 LGA I 239 I 239 0.296 0 0.000 0.083 0.393 100.000 100.000 0.368 LGA K 240 K 240 0.450 0 0.059 0.590 3.919 100.000 74.343 3.919 LGA A 241 A 241 0.477 0 0.055 0.057 0.569 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.271 0 0.043 0.064 0.872 100.000 90.909 0.872 LGA L 243 L 243 0.163 0 0.028 0.121 0.568 95.455 97.727 0.237 LGA Q 244 Q 244 0.340 0 0.000 0.316 1.264 95.455 88.283 1.264 LGA N 245 N 245 0.415 0 0.000 0.092 0.699 100.000 93.182 0.699 LGA E 246 E 246 0.422 0 0.000 0.637 2.016 100.000 87.273 1.274 LGA V 247 V 247 0.334 0 0.016 0.056 0.366 100.000 100.000 0.231 LGA Y 248 Y 248 0.326 0 0.017 0.098 1.062 100.000 88.030 1.062 LGA I 249 I 249 0.283 0 0.078 0.102 0.479 100.000 100.000 0.294 LGA G 250 G 250 0.246 0 0.042 0.042 0.295 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.215 0 0.046 0.058 0.399 100.000 100.000 0.304 LGA V 252 V 252 0.383 0 0.049 0.118 0.757 100.000 94.805 0.757 LGA K 253 K 253 0.556 0 0.004 0.143 0.713 81.818 81.818 0.697 LGA Y 254 Y 254 0.605 0 0.051 0.351 2.268 81.818 72.879 2.268 LGA K 255 K 255 0.663 0 0.073 0.119 1.077 81.818 80.000 1.077 LGA V 256 V 256 0.713 0 0.071 0.085 0.857 81.818 81.818 0.857 LGA R 257 R 257 1.070 0 0.086 1.086 5.930 65.455 46.281 3.633 LGA E 258 E 258 1.103 0 0.058 0.950 4.540 61.818 44.848 4.540 LGA K 259 K 259 1.718 0 0.011 0.180 2.199 54.545 46.869 2.174 LGA T 260 T 260 1.914 0 0.015 0.123 2.277 44.545 45.455 1.973 LGA K 261 K 261 2.586 0 0.022 0.807 7.365 30.000 19.394 7.365 LGA D 262 D 262 2.736 0 0.071 0.290 3.261 27.273 23.864 3.249 LGA G 263 G 263 2.549 0 0.118 0.118 2.642 30.000 30.000 - LGA K 264 K 264 2.090 0 0.000 0.477 2.306 44.545 45.455 1.063 LGA R 265 R 265 1.735 0 0.105 0.939 2.128 58.182 57.686 1.846 LGA T 266 T 266 1.375 0 0.000 0.101 1.502 61.818 63.377 1.352 LGA I 267 I 267 1.048 0 0.028 0.085 1.369 69.545 69.545 1.369 LGA R 268 R 268 0.523 0 0.000 0.999 2.566 86.364 71.901 2.566 LGA P 269 P 269 0.401 0 0.000 0.012 0.402 100.000 100.000 0.375 LGA E 270 E 270 0.593 0 0.013 1.076 3.317 86.364 66.667 3.317 LGA K 271 K 271 0.582 0 0.051 0.734 5.193 86.364 53.535 5.193 LGA E 272 E 272 0.341 0 0.056 0.087 1.276 100.000 84.444 1.276 LGA Q 273 Q 273 0.174 0 0.036 0.093 0.715 100.000 93.939 0.580 LGA I 274 I 274 0.141 0 0.055 0.073 0.352 100.000 100.000 0.352 LGA V 275 V 275 0.208 0 0.020 0.021 0.402 100.000 100.000 0.402 LGA V 276 V 276 0.228 0 0.000 0.041 0.561 100.000 97.403 0.475 LGA Q 277 Q 277 0.124 0 0.052 0.625 2.916 100.000 76.970 2.916 LGA D 278 D 278 0.116 0 0.032 0.204 0.567 100.000 97.727 0.567 LGA A 279 A 279 0.259 0 0.019 0.046 0.295 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.178 0 0.035 0.251 0.676 100.000 94.545 0.658 LGA A 281 A 281 0.224 0 0.000 0.000 0.297 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.236 0 0.019 0.024 0.409 100.000 100.000 0.409 LGA I 283 I 283 0.376 0 0.048 0.075 0.669 95.455 93.182 0.510 LGA I 284 I 284 0.306 0 0.000 0.070 0.316 100.000 100.000 0.162 LGA D 285 D 285 0.388 0 0.021 0.238 0.834 100.000 97.727 0.834 LGA K 286 K 286 0.371 0 0.011 0.263 1.298 100.000 90.101 1.298 LGA E 287 E 287 0.450 0 0.029 0.167 0.798 100.000 93.939 0.217 LGA Q 288 Q 288 0.318 0 0.000 0.191 1.386 100.000 88.283 1.020 LGA F 289 F 289 0.305 0 0.041 0.122 0.691 100.000 93.388 0.648 LGA Q 290 Q 290 0.457 0 0.000 1.160 3.532 100.000 76.566 3.532 LGA Q 291 Q 291 0.255 0 0.000 0.217 0.891 100.000 97.980 0.891 LGA S 292 S 292 0.153 0 0.049 0.050 0.360 100.000 100.000 0.100 LGA Q 293 Q 293 0.464 0 0.043 0.221 0.838 90.909 87.879 0.838 LGA V 294 V 294 0.564 0 0.000 0.039 0.640 81.818 81.818 0.502 LGA K 295 K 295 0.442 0 0.052 0.164 0.916 90.909 93.939 0.541 LGA I 296 I 296 0.755 0 0.009 0.065 1.189 77.727 82.045 0.581 LGA A 297 A 297 1.172 0 0.122 0.147 1.897 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 1.025 0 0.034 0.506 2.190 59.091 70.682 1.051 LGA K 299 K 299 3.060 0 0.222 0.768 14.087 46.818 20.808 14.087 LGA V 300 V 300 2.440 0 0.169 0.187 5.744 47.727 27.532 5.744 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.987 0.942 1.885 85.458 79.594 64.675 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 94.074 97.216 12.417 LGA_LOCAL RMSD: 0.987 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.987 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.987 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.082420 * X + 0.990888 * Y + 0.106529 * Z + 154.529251 Y_new = 0.971871 * X + -0.103578 * Y + 0.211516 * Z + 152.207016 Z_new = 0.220623 * X + 0.086099 * Y + -0.971552 * Z + 139.112823 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.486193 -0.222453 3.053204 [DEG: 85.1526 -12.7456 174.9357 ] ZXZ: 2.675035 2.902493 1.198720 [DEG: 153.2682 166.3006 68.6816 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS231_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS231_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.216 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS231_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.008 186.907 153.911 0.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 152.296 187.662 154.951 0.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 150.773 187.499 154.922 0.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 150.061 188.272 155.566 0.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 150.246 186.511 154.189 0.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 148.812 186.212 154.142 0.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 148.395 185.441 155.402 0.00 0.00 ATOM 1352 O LYS 166 149.112 184.561 155.878 0.00 0.00 ATOM 1353 CB LYS 166 148.450 185.462 152.840 0.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 148.707 186.303 151.565 0.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 148.380 185.582 150.244 0.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 148.649 186.520 149.053 0.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.426 185.934 147.700 0.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 147.217 185.756 155.932 0.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 146.639 185.037 157.074 0.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 145.864 183.815 156.586 0.00 0.00 ATOM 1361 O TRP 167 144.865 183.947 155.884 0.00 0.00 ATOM 1362 CB TRP 167 145.755 185.972 157.886 0.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 145.289 185.369 159.169 0.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.161 184.648 159.350 0.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.978 185.385 160.460 0.00 0.00 ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.093 184.223 160.671 0.00 0.00 ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.187 184.653 161.380 0.00 0.00 ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.181 185.953 160.921 0.00 0.00 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.584 184.483 162.725 0.00 0.00 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.570 185.785 162.257 0.00 0.00 ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.778 185.051 163.146 0.00 0.00 ATOM 1372 N ILE 168 146.304 182.641 156.971 0.00 0.00 ATOM 1373 CA ILE 168 145.800 181.367 156.442 0.00 0.00 ATOM 1374 C ILE 168 145.354 180.373 157.525 0.00 0.00 ATOM 1375 O ILE 168 145.100 179.203 157.228 0.00 0.00 ATOM 1376 CB ILE 168 146.849 180.726 155.513 0.00 0.00 ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.198 180.525 156.237 0.00 0.00 ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.025 181.569 154.241 0.00 0.00 ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.131 179.592 155.477 0.00 0.00 ATOM 1380 N SER 169 145.287 180.819 158.773 0.00 0.00 ATOM 1381 CA SER 169 144.992 179.933 159.898 0.00 0.00 ATOM 1382 C SER 169 143.937 180.495 160.840 0.00 0.00 ATOM 1383 O SER 169 144.145 181.520 161.477 0.00 0.00 ATOM 1384 CB SER 169 146.289 179.644 160.654 0.00 0.00 ATOM 1385 OG SER 169 146.122 178.578 161.541 0.00 0.00 ATOM 1386 N GLY 170 142.826 179.779 160.966 0.00 0.00 ATOM 1387 CA GLY 170 141.795 180.022 161.966 0.00 0.00 ATOM 1388 C GLY 170 141.118 181.391 161.903 0.00 0.00 ATOM 1389 O GLY 170 141.066 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