####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS231_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS231_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 57 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 57 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 73 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 54 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 21 87 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 63 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 63 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 45 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 39 52 107 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 44 108 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 70 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 26 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 10 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 73 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 74 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 70 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 33 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 29 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 6 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 15 87 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 4 26 84 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 15 24 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 51 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 66 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 53 107 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 51 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 42 84 121 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 115 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 81.48 89.63 94.81 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.62 0.76 0.84 0.92 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.01 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.786 0 0.029 0.029 0.966 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.860 0 0.056 0.156 1.484 81.818 76.364 1.484 LGA W 167 W 167 0.691 0 0.046 0.110 0.970 81.818 85.714 0.746 LGA I 168 I 168 1.127 0 0.101 0.790 3.433 65.909 52.727 3.433 LGA S 169 S 169 1.562 0 0.041 0.326 3.806 61.818 47.576 3.806 LGA G 170 G 170 0.995 0 0.123 0.123 1.162 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 0.925 0 0.000 1.331 4.362 86.364 66.591 1.029 LGA A 172 A 172 0.485 0 0.042 0.046 0.643 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.404 0 0.027 0.068 0.778 100.000 92.208 0.778 LGA Y 174 Y 174 0.447 0 0.031 0.170 0.895 95.455 86.364 0.895 LGA G 175 G 175 0.221 0 0.061 0.061 0.235 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.163 0 0.036 0.140 0.333 100.000 100.000 0.127 LGA Q 177 Q 177 0.517 0 0.018 1.083 4.368 95.455 69.697 0.814 LGA L 178 L 178 0.447 0 0.074 0.094 0.974 95.455 88.636 0.974 LGA N 179 N 179 0.989 0 0.171 0.626 4.490 70.909 43.636 4.490 LGA K 180 K 180 4.143 0 0.294 0.970 13.812 15.909 7.071 13.812 LGA K 181 K 181 1.052 0 0.371 0.997 7.662 82.273 41.616 7.662 LGA T 182 T 182 0.672 0 0.056 1.108 3.464 82.273 70.649 3.464 LGA S 183 S 183 1.121 0 0.137 0.124 1.505 69.545 65.758 1.399 LGA K 184 K 184 1.147 0 0.061 0.803 2.337 69.545 64.444 2.337 LGA L 185 L 185 0.572 0 0.055 0.069 0.611 86.364 84.091 0.537 LGA D 186 D 186 0.094 0 0.060 0.095 0.679 100.000 93.182 0.665 LGA P 187 P 187 0.473 0 0.022 0.063 1.012 86.818 87.273 0.698 LGA V 188 V 188 0.635 0 0.000 0.026 0.697 81.818 81.818 0.697 LGA E 189 E 189 0.680 0 0.013 0.319 1.630 81.818 78.384 1.630 LGA D 190 D 190 0.652 0 0.039 0.056 0.863 86.364 84.091 0.863 LGA E 191 E 191 0.462 0 0.038 0.074 0.768 95.455 91.919 0.768 LGA A 192 A 192 0.271 0 0.000 0.000 0.351 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.289 0 0.026 0.654 2.774 100.000 83.838 2.505 LGA V 194 V 194 0.311 0 0.016 0.041 0.381 100.000 100.000 0.381 LGA V 195 V 195 0.080 0 0.000 0.000 0.176 100.000 100.000 0.109 LGA Q 196 Q 196 0.166 0 0.014 0.268 1.345 100.000 90.303 1.137 LGA L 197 L 197 0.170 0 0.024 0.047 0.373 100.000 100.000 0.373 LGA I 198 I 198 0.262 0 0.082 0.094 0.419 100.000 100.000 0.294 LGA F 199 F 199 0.247 0 0.050 0.090 0.340 100.000 100.000 0.134 LGA N 200 N 200 0.274 0 0.048 1.046 3.578 100.000 76.591 3.578 LGA I 201 I 201 0.133 0 0.028 0.043 0.224 100.000 100.000 0.119 LGA F 202 F 202 0.196 0 0.000 0.040 0.488 100.000 100.000 0.488 LGA L 203 L 203 0.404 0 0.000 0.060 0.803 95.455 90.909 0.743 LGA N 204 N 204 0.276 0 0.029 0.103 1.108 100.000 91.136 0.735 LGA G 205 G 205 0.582 0 0.050 0.050 0.624 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.754 0 0.020 0.127 1.199 73.636 84.545 0.194 LGA N 207 N 207 1.548 0 0.068 0.294 2.478 54.545 51.136 1.907 LGA G 208 G 208 1.571 0 0.000 0.000 1.750 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.628 0 0.037 0.214 1.880 58.182 54.141 1.568 LGA D 210 D 210 1.520 0 0.082 0.609 1.661 58.182 62.045 1.156 LGA Y 211 Y 211 1.939 0 0.122 0.419 2.111 50.909 48.788 1.610 LGA S 212 S 212 2.282 0 0.690 0.758 5.822 34.545 24.848 5.822 LGA Y 213 Y 213 3.032 0 0.154 1.629 14.924 36.364 12.273 14.924 LGA A 215 A 215 1.048 0 0.209 0.225 2.046 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.429 0 0.026 0.175 0.531 95.455 95.455 0.440 LGA A 217 A 217 0.258 0 0.027 0.046 0.371 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.517 0 0.048 0.092 1.328 95.455 88.182 1.328 LGA H 219 H 219 0.229 0 0.024 0.040 0.451 100.000 100.000 0.451 LGA L 220 L 220 0.174 0 0.026 0.086 0.368 100.000 100.000 0.368 LGA T 221 T 221 0.256 0 0.000 0.038 0.415 100.000 100.000 0.333 LGA N 222 N 222 0.284 0 0.035 0.047 0.493 100.000 100.000 0.383 LGA L 223 L 223 0.488 0 0.040 0.051 0.818 100.000 90.909 0.714 LGA Q 224 Q 224 0.602 0 0.030 0.826 4.172 81.818 62.222 4.172 LGA I 225 I 225 0.671 0 0.055 0.136 0.723 81.818 86.364 0.294 LGA P 226 P 226 0.791 0 0.067 0.072 0.948 81.818 81.818 0.921 LGA T 227 T 227 0.137 0 0.029 0.142 0.529 100.000 97.403 0.271 LGA P 228 P 228 0.659 0 0.079 0.082 0.876 90.909 87.013 0.876 LGA S 229 S 229 0.587 0 0.128 0.125 1.129 86.364 82.121 1.129 LGA G 230 G 230 0.475 0 0.074 0.074 1.087 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.851 0 0.103 0.676 3.377 73.636 65.657 3.377 LGA K 232 K 232 0.839 0 0.152 0.876 4.395 77.727 56.566 4.395 LGA R 233 R 233 0.440 0 0.037 1.330 7.615 95.455 51.240 7.615 LGA W 234 W 234 0.295 0 0.048 0.092 0.598 100.000 97.403 0.350 LGA N 235 N 235 0.720 0 0.016 0.884 2.486 81.818 74.318 2.486 LGA Q 236 Q 236 0.597 0 0.030 0.845 3.218 86.364 76.768 0.603 LGA Y 237 Y 237 0.475 0 0.044 0.368 1.812 95.455 79.697 1.812 LGA T 238 T 238 0.367 0 0.027 0.290 0.981 100.000 94.805 0.981 LGA I 239 I 239 0.249 0 0.000 0.083 0.372 100.000 100.000 0.372 LGA K 240 K 240 0.317 0 0.064 0.609 3.964 100.000 76.364 3.964 LGA A 241 A 241 0.355 0 0.051 0.056 0.445 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.404 0 0.047 0.066 0.946 100.000 90.909 0.946 LGA L 243 L 243 0.241 0 0.016 0.129 0.565 95.455 97.727 0.164 LGA Q 244 Q 244 0.280 0 0.000 0.302 1.360 100.000 90.303 1.360 LGA N 245 N 245 0.404 0 0.012 0.098 0.737 100.000 93.182 0.737 LGA E 246 E 246 0.400 0 0.014 0.625 2.069 100.000 87.273 1.383 LGA V 247 V 247 0.332 0 0.009 0.054 0.358 100.000 100.000 0.222 LGA Y 248 Y 248 0.336 0 0.000 0.103 1.066 100.000 88.030 1.066 LGA I 249 I 249 0.291 0 0.071 0.100 0.462 100.000 100.000 0.288 LGA G 250 G 250 0.248 0 0.041 0.041 0.304 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.209 0 0.042 0.052 0.365 100.000 100.000 0.289 LGA V 252 V 252 0.385 0 0.038 0.111 0.773 100.000 92.208 0.773 LGA K 253 K 253 0.515 0 0.009 0.175 0.684 81.818 83.838 0.669 LGA Y 254 Y 254 0.626 0 0.054 0.381 2.445 81.818 72.879 2.445 LGA K 255 K 255 0.799 0 0.060 0.147 1.254 81.818 80.000 1.254 LGA V 256 V 256 0.787 0 0.060 0.077 0.924 81.818 81.818 0.924 LGA R 257 R 257 1.136 0 0.085 1.097 5.909 65.455 44.793 3.543 LGA E 258 E 258 1.202 0 0.060 0.957 4.528 61.818 44.848 4.528 LGA K 259 K 259 1.739 0 0.025 0.165 2.067 50.909 48.081 1.941 LGA T 260 T 260 1.823 0 0.012 0.110 2.079 47.727 49.091 1.842 LGA K 261 K 261 2.247 0 0.021 0.835 6.834 38.182 24.646 6.834 LGA D 262 D 262 2.315 0 0.066 0.443 3.364 38.182 31.818 3.364 LGA G 263 G 263 2.309 0 0.112 0.112 2.472 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.978 0 0.006 0.458 2.419 47.727 46.869 1.066 LGA R 265 R 265 1.650 0 0.080 0.998 3.298 58.182 56.198 3.298 LGA T 266 T 266 1.432 0 0.012 0.109 1.518 61.818 61.299 1.510 LGA I 267 I 267 1.045 0 0.036 0.084 1.408 69.545 69.545 1.408 LGA R 268 R 268 0.477 0 0.000 1.051 2.546 95.455 72.231 2.546 LGA P 269 P 269 0.203 0 0.000 0.000 0.236 100.000 100.000 0.131 LGA E 270 E 270 0.397 0 0.000 0.840 3.185 100.000 74.545 2.242 LGA K 271 K 271 0.544 0 0.037 0.642 4.007 86.364 56.566 3.585 LGA E 272 E 272 0.390 0 0.045 0.104 1.325 100.000 84.444 1.325 LGA Q 273 Q 273 0.190 0 0.022 0.075 0.688 100.000 93.939 0.614 LGA I 274 I 274 0.161 0 0.054 0.072 0.351 100.000 100.000 0.351 LGA V 275 V 275 0.159 0 0.013 0.019 0.328 100.000 100.000 0.328 LGA V 276 V 276 0.243 0 0.000 0.040 0.590 100.000 94.805 0.531 LGA Q 277 Q 277 0.160 0 0.046 0.643 3.145 100.000 77.172 3.145 LGA D 278 D 278 0.182 0 0.021 0.170 0.481 100.000 100.000 0.481 LGA A 279 A 279 0.299 0 0.019 0.047 0.332 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.166 0 0.040 0.249 0.624 100.000 94.545 0.624 LGA A 281 A 281 0.223 0 0.000 0.000 0.307 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.273 0 0.022 0.028 0.448 100.000 100.000 0.448 LGA I 283 I 283 0.422 0 0.051 0.081 0.728 90.909 90.909 0.519 LGA I 284 I 284 0.368 0 0.000 0.057 0.383 100.000 100.000 0.265 LGA D 285 D 285 0.472 0 0.022 0.270 1.004 100.000 91.136 1.004 LGA K 286 K 286 0.437 0 0.020 0.262 1.326 100.000 90.101 1.326 LGA E 287 E 287 0.569 0 0.027 0.246 0.858 90.909 89.899 0.434 LGA Q 288 Q 288 0.443 0 0.000 0.479 1.172 95.455 86.061 0.923 LGA F 289 F 289 0.281 0 0.045 0.123 0.701 100.000 93.388 0.678 LGA Q 290 Q 290 0.435 0 0.000 1.182 3.609 100.000 73.333 3.609 LGA Q 291 Q 291 0.246 0 0.000 0.240 0.920 100.000 97.980 0.920 LGA S 292 S 292 0.163 0 0.060 0.058 0.324 100.000 100.000 0.150 LGA Q 293 Q 293 0.444 0 0.035 0.230 0.795 90.909 87.879 0.795 LGA V 294 V 294 0.611 0 0.016 0.044 0.723 81.818 81.818 0.568 LGA K 295 K 295 0.525 0 0.047 0.185 0.962 86.364 87.879 0.613 LGA I 296 I 296 0.803 0 0.000 0.062 1.233 73.636 82.273 0.486 LGA A 297 A 297 1.234 0 0.108 0.134 1.984 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 1.153 0 0.041 0.534 2.069 59.091 70.682 0.958 LGA K 299 K 299 3.079 0 0.376 0.865 14.196 46.818 20.808 14.196 LGA V 300 V 300 2.457 0 0.126 0.238 5.910 47.727 27.532 5.910 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.984 0.939 1.879 85.333 79.054 65.011 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.074 97.209 12.449 LGA_LOCAL RMSD: 0.984 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.984 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.984 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.526394 * X + -0.810062 * Y + -0.258281 * Z + 158.470612 Y_new = 0.498899 * X + 0.048296 * Y + 0.865313 * Z + 153.773239 Z_new = -0.688484 * X + -0.584352 * Y + 0.429562 * Z + 138.009369 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.758588 0.759396 -0.936894 [DEG: 43.4639 43.5102 -53.6801 ] ZXZ: -2.851528 1.126789 -2.274565 [DEG: -163.3805 64.5602 -130.3230 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS231_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS231_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.209 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS231_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.940 186.871 153.890 0.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 152.199 187.620 154.913 0.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 150.681 187.414 154.876 0.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 149.944 188.161 155.517 0.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 150.193 186.415 154.140 0.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 148.770 186.072 154.087 0.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 148.365 185.310 155.357 0.00 0.00 ATOM 1352 O LYS 166 149.103 184.459 155.855 0.00 0.00 ATOM 1353 CB LYS 166 148.439 185.290 152.795 0.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 148.676 186.116 151.507 0.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 148.388 185.356 150.203 0.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 148.639 186.277 148.994 0.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.476 185.641 147.653 0.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 147.173 185.598 155.874 0.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 146.616 184.894 157.035 0.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 145.873 183.636 156.593 0.00 0.00 ATOM 1361 O TRP 167 144.875 183.712 155.884 0.00 0.00 ATOM 1362 CB TRP 167 145.713 185.834 157.824 0.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 145.289 185.267 159.137 0.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.173 184.546 159.374 0.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.014 185.332 160.406 0.00 0.00 ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.146 184.163 160.710 0.00 0.00 ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.256 184.623 161.371 0.00 0.00 ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.224 185.922 160.816 0.00 0.00 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.698 184.495 162.709 0.00 0.00 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.658 185.797 162.142 0.00 0.00 ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.900 185.084 163.078 0.00 0.00 ATOM 1372 N ILE 168 146.355 182.482 157.020 0.00 0.00 ATOM 1373 CA ILE 168 145.878 181.170 156.557 0.00 0.00 ATOM 1374 C ILE 168 145.194 180.374 157.676 0.00 0.00 ATOM 1375 O ILE 168 144.437 179.438 157.423 0.00 0.00 ATOM 1376 CB ILE 168 147.058 180.368 155.962 0.00 0.00 ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.876 181.213 154.958 0.00 0.00 ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.562 179.091 155.260 0.00 0.00 ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.192 180.540 154.579 0.00 0.00 ATOM 1380 N SER 169 145.463 180.736 158.922 0.00 0.00 ATOM 1381 CA SER 169 144.976 180.013 160.090 0.00 0.00 ATOM 1382 C SER 169 143.711 180.634 160.665 0.00 0.00 ATOM 1383 O SER 169 143.614 181.842 160.777 0.00 0.00 ATOM 1384 CB SER 169 146.080 179.980 161.140 0.00 0.00 ATOM 1385 OG SER 169 146.300 178.677 161.592 0.00 0.00 ATOM 1386 N GLY 170 142.778 179.780 161.074 0.00 0.00 ATOM 1387 CA GLY 170 141.656 180.049 161.979 0.00 0.00 ATOM 1388 C GLY 170 140.953 181.404 161.889 0.00 0.00 ATOM 1389 O GLY 170 140.851 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