####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS231_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS231_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.10 1.10 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.10 1.10 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 117 181 - 298 0.98 1.11 LCS_AVERAGE: 84.48 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 96 135 135 56 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 96 135 135 56 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 96 135 135 66 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 96 135 135 51 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 96 135 135 6 57 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 96 135 135 56 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 96 135 135 51 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 96 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 96 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 96 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 96 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 96 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 96 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 96 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 96 135 135 38 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 96 135 135 3 26 38 55 100 124 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 117 135 135 68 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 117 135 135 68 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 117 135 135 28 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 117 135 135 24 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 117 135 135 66 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 117 135 135 73 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 117 135 135 65 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 117 135 135 65 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 117 135 135 35 104 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 117 135 135 35 105 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 117 135 135 11 104 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 117 135 135 11 104 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 117 135 135 10 84 119 124 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 117 135 135 3 28 82 122 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 117 135 135 3 7 15 24 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 117 135 135 48 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 117 135 135 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 117 135 135 72 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 117 135 135 66 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 117 135 135 65 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 117 135 135 50 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 117 135 135 13 91 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 117 135 135 5 96 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 86 135 135 3 5 13 102 116 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 86 135 135 3 3 3 123 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 94.83 ( 84.48 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 107 120 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 79.26 88.89 92.59 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.66 0.78 0.93 0.99 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 GDT RMS_ALL_AT 1.12 1.11 1.13 1.11 1.11 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.724 0 0.024 0.024 0.889 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.835 0 0.051 0.174 1.624 81.818 74.747 1.624 LGA W 167 W 167 0.704 0 0.042 0.108 0.986 81.818 85.714 0.699 LGA I 168 I 168 1.190 0 0.070 0.745 3.177 65.909 54.318 3.177 LGA S 169 S 169 1.723 0 0.128 0.213 4.465 59.091 43.333 4.465 LGA G 170 G 170 1.032 0 0.246 0.246 1.372 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.971 0 0.013 1.327 4.202 86.364 66.591 1.136 LGA A 172 A 172 0.419 0 0.040 0.048 0.592 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.343 0 0.025 0.332 1.406 100.000 95.065 1.406 LGA Y 174 Y 174 0.469 0 0.045 0.170 0.915 95.455 86.364 0.915 LGA G 175 G 175 0.165 0 0.059 0.059 0.239 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.120 0 0.034 0.158 0.351 100.000 100.000 0.180 LGA Q 177 Q 177 0.449 0 0.051 0.242 0.910 100.000 95.960 0.703 LGA L 178 L 178 0.503 0 0.080 0.104 1.016 90.909 84.318 1.016 LGA N 179 N 179 0.962 0 0.181 0.637 4.359 63.182 41.591 4.359 LGA K 180 K 180 4.334 0 0.286 0.971 14.035 13.182 5.859 14.035 LGA K 181 K 181 0.872 0 0.367 1.248 9.378 90.909 44.646 9.378 LGA T 182 T 182 0.652 0 0.052 1.109 3.532 82.273 67.273 3.532 LGA S 183 S 183 1.189 0 0.128 0.115 1.553 69.545 65.758 1.464 LGA K 184 K 184 1.186 0 0.066 0.823 2.468 65.455 62.626 2.468 LGA L 185 L 185 0.644 0 0.063 0.074 0.694 81.818 81.818 0.620 LGA D 186 D 186 0.169 0 0.058 0.094 0.711 100.000 93.182 0.681 LGA P 187 P 187 0.443 0 0.009 0.065 0.951 90.909 89.610 0.659 LGA V 188 V 188 0.594 0 0.006 0.026 0.671 81.818 81.818 0.671 LGA E 189 E 189 0.657 0 0.000 0.314 1.563 81.818 78.384 1.563 LGA D 190 D 190 0.627 0 0.033 0.058 0.800 86.364 84.091 0.800 LGA E 191 E 191 0.429 0 0.034 0.072 0.758 95.455 91.919 0.758 LGA A 192 A 192 0.256 0 0.000 0.000 0.348 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.276 0 0.019 0.660 2.792 100.000 83.838 2.552 LGA V 194 V 194 0.285 0 0.033 0.046 0.342 100.000 100.000 0.342 LGA V 195 V 195 0.083 0 0.000 0.000 0.169 100.000 100.000 0.129 LGA Q 196 Q 196 0.185 0 0.021 0.255 1.269 100.000 90.303 1.071 LGA L 197 L 197 0.195 0 0.030 0.051 0.409 100.000 100.000 0.409 LGA I 198 I 198 0.285 0 0.083 0.092 0.449 100.000 100.000 0.335 LGA F 199 F 199 0.252 0 0.047 0.087 0.363 100.000 100.000 0.151 LGA N 200 N 200 0.236 0 0.035 0.714 1.991 100.000 89.318 1.991 LGA I 201 I 201 0.211 0 0.035 0.056 0.262 100.000 100.000 0.257 LGA F 202 F 202 0.253 0 0.000 0.045 0.509 100.000 96.694 0.509 LGA L 203 L 203 0.383 0 0.000 0.068 0.835 100.000 93.182 0.790 LGA N 204 N 204 0.336 0 0.026 0.084 1.110 90.909 84.318 0.719 LGA G 205 G 205 0.713 0 0.044 0.044 0.785 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.943 0 0.000 0.031 1.403 73.636 82.273 0.254 LGA N 207 N 207 1.760 0 0.066 0.290 2.669 54.545 46.591 2.108 LGA G 208 G 208 1.790 0 0.000 0.000 1.939 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.851 0 0.038 0.674 2.097 54.545 63.030 0.965 LGA D 210 D 210 1.643 0 0.072 0.802 1.902 54.545 54.545 1.902 LGA Y 211 Y 211 2.048 0 0.135 0.408 2.245 47.727 47.727 1.760 LGA S 212 S 212 2.404 0 0.690 0.760 5.950 31.364 22.727 5.950 LGA Y 213 Y 213 2.996 0 0.155 1.625 14.870 38.636 13.030 14.870 LGA A 215 A 215 1.125 0 0.204 0.220 2.083 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.444 0 0.032 0.178 0.557 95.455 95.455 0.392 LGA A 217 A 217 0.298 0 0.037 0.049 0.386 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.561 0 0.053 0.104 1.397 90.909 85.152 1.397 LGA H 219 H 219 0.295 0 0.022 0.036 0.492 100.000 100.000 0.492 LGA L 220 L 220 0.202 0 0.000 0.080 0.421 100.000 100.000 0.421 LGA T 221 T 221 0.245 0 0.025 0.046 0.389 100.000 100.000 0.330 LGA N 222 N 222 0.265 0 0.036 0.044 0.475 100.000 100.000 0.384 LGA L 223 L 223 0.496 0 0.035 0.051 0.826 100.000 90.909 0.733 LGA Q 224 Q 224 0.590 0 0.025 0.824 4.204 81.818 61.414 4.204 LGA I 225 I 225 0.681 0 0.054 0.139 0.740 81.818 86.364 0.304 LGA P 226 P 226 0.814 0 0.068 0.076 0.960 81.818 81.818 0.931 LGA T 227 T 227 0.163 0 0.037 0.146 0.544 95.455 94.805 0.290 LGA P 228 P 228 0.620 0 0.082 0.084 0.827 90.909 87.013 0.827 LGA S 229 S 229 0.546 0 0.133 0.124 1.229 86.364 82.121 1.229 LGA G 230 G 230 0.523 0 0.066 0.066 1.164 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.924 0 0.102 0.677 3.551 73.636 64.848 3.551 LGA K 232 K 232 0.901 0 0.174 0.878 4.617 77.727 53.333 4.617 LGA R 233 R 233 0.442 0 0.042 1.381 8.158 95.455 50.248 8.158 LGA W 234 W 234 0.276 0 0.044 0.094 0.618 100.000 97.403 0.396 LGA N 235 N 235 0.646 0 0.016 0.841 2.359 86.364 76.591 2.359 LGA Q 236 Q 236 0.527 0 0.034 0.802 3.200 86.364 76.970 0.517 LGA Y 237 Y 237 0.447 0 0.038 0.377 1.901 95.455 79.697 1.901 LGA T 238 T 238 0.335 0 0.014 0.294 0.991 100.000 94.805 0.991 LGA I 239 I 239 0.231 0 0.011 0.086 0.395 100.000 100.000 0.395 LGA K 240 K 240 0.324 0 0.061 0.604 3.922 100.000 76.364 3.922 LGA A 241 A 241 0.353 0 0.052 0.055 0.442 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.370 0 0.050 0.066 0.921 100.000 90.909 0.921 LGA L 243 L 243 0.229 0 0.031 0.125 0.603 95.455 97.727 0.200 LGA Q 244 Q 244 0.292 0 0.011 0.305 1.356 95.455 88.283 1.356 LGA N 245 N 245 0.417 0 0.000 0.093 0.757 100.000 93.182 0.757 LGA E 246 E 246 0.434 0 0.000 0.642 2.124 100.000 87.273 1.403 LGA V 247 V 247 0.350 0 0.017 0.059 0.376 100.000 100.000 0.197 LGA Y 248 Y 248 0.388 0 0.004 0.101 1.114 100.000 86.515 1.114 LGA I 249 I 249 0.340 0 0.068 0.098 0.439 100.000 100.000 0.353 LGA G 250 G 250 0.309 0 0.041 0.041 0.361 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.233 0 0.043 0.047 0.363 100.000 100.000 0.360 LGA V 252 V 252 0.344 0 0.048 0.119 0.725 100.000 97.403 0.725 LGA K 253 K 253 0.544 0 0.013 0.161 0.692 81.818 81.818 0.682 LGA Y 254 Y 254 0.627 0 0.055 0.366 2.479 81.818 71.667 2.479 LGA K 255 K 255 0.817 0 0.067 0.136 1.028 81.818 80.000 1.028 LGA V 256 V 256 0.836 0 0.076 0.090 0.980 81.818 81.818 0.960 LGA R 257 R 257 1.286 0 0.085 1.084 5.994 65.455 44.298 3.667 LGA E 258 E 258 1.448 0 0.056 0.942 4.694 58.182 40.808 4.694 LGA K 259 K 259 2.175 0 0.024 0.157 2.922 41.364 33.535 2.922 LGA T 260 T 260 2.199 0 0.023 0.171 2.583 35.455 36.623 2.157 LGA K 261 K 261 2.795 0 0.013 0.834 7.738 25.000 16.162 7.738 LGA D 262 D 262 2.815 0 0.078 0.067 2.815 27.273 27.273 2.518 LGA G 263 G 263 2.872 0 0.114 0.114 3.112 25.000 25.000 - LGA K 264 K 264 2.393 0 0.000 0.377 2.659 35.455 38.788 1.286 LGA R 265 R 265 2.068 0 0.095 1.000 3.694 44.545 42.975 3.694 LGA T 266 T 266 1.645 0 0.014 0.106 1.792 54.545 52.987 1.624 LGA I 267 I 267 1.185 0 0.029 0.080 1.460 65.455 65.455 1.460 LGA R 268 R 268 0.651 0 0.000 0.970 2.538 81.818 68.430 2.538 LGA P 269 P 269 0.386 0 0.000 0.013 0.450 100.000 100.000 0.426 LGA E 270 E 270 0.476 0 0.025 1.063 3.369 100.000 71.111 3.369 LGA K 271 K 271 0.486 0 0.053 0.727 4.915 100.000 62.424 4.915 LGA E 272 E 272 0.317 0 0.049 0.090 1.350 100.000 84.444 1.329 LGA Q 273 Q 273 0.294 0 0.033 0.084 0.766 100.000 93.939 0.591 LGA I 274 I 274 0.247 0 0.053 0.072 0.438 100.000 100.000 0.438 LGA V 275 V 275 0.106 0 0.023 0.022 0.253 100.000 100.000 0.253 LGA V 276 V 276 0.242 0 0.000 0.045 0.542 100.000 97.403 0.482 LGA Q 277 Q 277 0.209 0 0.053 0.635 3.142 100.000 75.960 3.142 LGA D 278 D 278 0.215 0 0.029 0.159 0.641 100.000 97.727 0.641 LGA A 279 A 279 0.265 0 0.013 0.045 0.294 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.131 0 0.036 0.255 0.733 100.000 94.545 0.733 LGA A 281 A 281 0.229 0 0.000 0.000 0.309 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.307 0 0.017 0.028 0.508 100.000 97.403 0.508 LGA I 283 I 283 0.478 0 0.049 0.084 0.792 90.909 88.636 0.623 LGA I 284 I 284 0.493 0 0.000 0.081 0.522 95.455 97.727 0.396 LGA D 285 D 285 0.765 0 0.068 0.987 3.518 81.818 66.818 1.249 LGA K 286 K 286 0.650 0 0.000 0.274 1.322 81.818 80.000 1.322 LGA E 287 E 287 0.659 0 0.029 0.270 1.036 81.818 82.020 0.477 LGA Q 288 Q 288 0.513 0 0.000 0.496 1.333 90.909 82.222 0.953 LGA F 289 F 289 0.380 0 0.031 0.113 0.752 100.000 90.083 0.738 LGA Q 290 Q 290 0.504 0 0.000 0.452 1.129 95.455 84.242 1.129 LGA Q 291 Q 291 0.333 0 0.000 0.261 1.140 100.000 92.121 1.140 LGA S 292 S 292 0.274 0 0.062 0.682 2.185 100.000 89.697 2.185 LGA Q 293 Q 293 0.616 0 0.035 0.232 0.941 86.364 83.838 0.786 LGA V 294 V 294 0.784 0 0.017 0.053 0.944 81.818 81.818 0.714 LGA K 295 K 295 0.701 0 0.055 0.198 1.226 77.727 80.000 0.826 LGA I 296 I 296 1.055 0 0.020 0.069 1.637 65.909 71.818 0.527 LGA A 297 A 297 1.680 0 0.108 0.133 2.535 48.636 49.091 - LGA N 298 N 298 1.721 0 0.037 0.564 2.786 45.455 57.727 0.799 LGA K 299 K 299 3.765 0 0.319 0.925 14.767 31.818 14.141 14.767 LGA V 300 V 300 2.282 0 0.120 0.133 5.234 41.364 24.675 5.234 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.100 1.065 1.972 83.293 77.384 63.591 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.10 92.963 96.728 11.246 LGA_LOCAL RMSD: 1.100 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.100 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.100 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.499981 * X + -0.794853 * Y + -0.343843 * Z + 155.290924 Y_new = -0.032730 * X + -0.379404 * Y + 0.924652 * Z + 154.180466 Z_new = -0.865417 * X + 0.473563 * Y + 0.163679 * Z + 139.208191 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -3.076223 1.045983 1.238016 [DEG: -176.2546 59.9304 70.9331 ] ZXZ: -2.785576 1.406377 -1.070100 [DEG: -159.6018 80.5795 -61.3122 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS231_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS231_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.10 96.728 1.10 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS231_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.981 186.843 153.855 0.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 152.264 187.589 154.898 0.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 150.743 187.408 154.875 0.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 150.024 188.177 155.517 0.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 150.229 186.408 154.154 0.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 148.798 186.085 154.116 0.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 148.400 185.303 155.379 0.00 0.00 ATOM 1352 O LYS 166 149.146 184.451 155.860 0.00 0.00 ATOM 1353 CB LYS 166 148.435 185.337 152.813 0.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 148.678 186.184 151.538 0.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 148.337 185.469 150.217 0.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 148.598 186.418 149.032 0.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.332 185.852 147.673 0.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 147.208 185.575 155.905 0.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 146.666 184.865 157.071 0.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 145.949 183.590 156.638 0.00 0.00 ATOM 1361 O TRP 167 144.964 183.642 155.902 0.00 0.00 ATOM 1362 CB TRP 167 145.741 185.790 157.854 0.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 145.301 185.212 159.162 0.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.177 184.500 159.378 0.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.010 185.267 160.440 0.00 0.00 ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.128 184.115 160.713 0.00 0.00 ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.231 184.561 161.392 0.00 0.00 ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.219 185.847 160.870 0.00 0.00 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.644 184.428 162.736 0.00 0.00 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.625 185.719 162.209 0.00 0.00 ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.845 185.011 163.129 0.00 0.00 ATOM 1372 N ILE 168 146.432 182.448 157.105 0.00 0.00 ATOM 1373 CA ILE 168 145.985 181.115 156.661 0.00 0.00 ATOM 1374 C ILE 168 145.362 180.303 157.803 0.00 0.00 ATOM 1375 O ILE 168 144.729 179.272 157.585 0.00 0.00 ATOM 1376 CB ILE 168 147.174 180.375 156.003 0.00 0.00 ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.837 181.280 154.936 0.00 0.00 ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.742 179.054 155.356 0.00 0.00 ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.105 180.691 154.357 0.00 0.00 ATOM 1380 N SER 169 145.522 180.776 159.028 0.00 0.00 ATOM 1381 CA SER 169 144.934 180.162 160.219 0.00 0.00 ATOM 1382 C SER 169 143.418 180.399 160.291 0.00 0.00 ATOM 1383 O SER 169 142.835 180.999 159.394 0.00 0.00 ATOM 1384 CB SER 169 145.666 180.670 161.458 0.00 0.00 ATOM 1385 OG SER 169 147.029 180.332 161.386 0.00 0.00 ATOM 1386 N GLY 170 142.782 179.904 161.351 0.00 0.00 ATOM 1387 CA GLY 170 141.333 180.005 161.524 0.00 0.00 ATOM 1388 C GLY 170 140.831 181.434 161.740 0.00 0.00 ATOM 1389 O GLY 170 140.897 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