####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS221_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS221_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 18 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 43 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 43 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 71 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 30 108 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 43 89 121 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 7 93 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 52 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 63 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 31 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 56 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 50 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 7 26 51 107 123 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 43 103 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 82.96 91.11 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.51 0.64 0.80 0.85 0.88 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.01 1.04 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.487 0 0.013 0.013 0.937 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.846 0 0.042 0.243 1.338 81.818 80.000 1.338 LGA W 167 W 167 0.617 0 0.063 0.175 0.882 81.818 81.818 0.561 LGA I 168 I 168 0.986 0 0.015 0.650 3.381 73.636 60.000 3.381 LGA S 169 S 169 1.263 0 0.254 0.645 4.725 64.091 47.576 4.725 LGA G 170 G 170 0.975 0 0.147 0.147 1.373 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 1.040 0 0.000 1.236 4.826 73.636 56.364 1.629 LGA A 172 A 172 0.637 0 0.041 0.032 0.816 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.385 0 0.059 0.318 0.916 95.455 94.805 0.916 LGA Y 174 Y 174 0.471 0 0.019 0.159 0.923 95.455 86.364 0.907 LGA G 175 G 175 0.139 0 0.038 0.038 0.212 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.292 0 0.024 0.149 0.710 100.000 90.909 0.576 LGA Q 177 Q 177 0.335 0 0.065 0.090 0.461 100.000 100.000 0.398 LGA L 178 L 178 0.356 0 0.066 0.128 0.570 90.909 93.182 0.570 LGA N 179 N 179 1.318 0 0.194 0.748 5.147 59.091 35.682 5.147 LGA K 180 K 180 4.023 0 0.241 0.938 13.522 16.364 7.273 13.522 LGA K 181 K 181 1.542 0 0.224 0.966 7.690 65.909 34.343 7.690 LGA T 182 T 182 0.954 0 0.048 1.122 3.545 77.727 64.935 3.545 LGA S 183 S 183 0.919 0 0.212 0.185 1.238 77.727 73.636 1.238 LGA K 184 K 184 1.287 0 0.052 0.773 2.562 65.455 59.596 2.562 LGA L 185 L 185 0.719 0 0.038 0.079 0.979 81.818 81.818 0.941 LGA D 186 D 186 0.452 0 0.062 0.092 0.742 95.455 90.909 0.561 LGA P 187 P 187 0.419 0 0.000 0.360 0.683 95.455 92.208 0.645 LGA V 188 V 188 0.426 0 0.000 0.045 0.798 95.455 89.610 0.562 LGA E 189 E 189 0.306 0 0.000 0.380 1.053 100.000 90.101 0.929 LGA D 190 D 190 0.173 0 0.065 0.123 0.417 100.000 100.000 0.417 LGA E 191 E 191 0.109 0 0.070 0.110 0.352 100.000 100.000 0.105 LGA A 192 A 192 0.208 0 0.017 0.023 0.265 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.148 0 0.041 0.693 2.533 100.000 83.838 2.533 LGA V 194 V 194 0.134 0 0.041 0.056 0.309 100.000 100.000 0.309 LGA V 195 V 195 0.212 0 0.014 0.062 0.249 100.000 100.000 0.134 LGA Q 196 Q 196 0.238 0 0.029 0.242 0.941 100.000 93.939 0.807 LGA L 197 L 197 0.333 0 0.024 0.089 0.405 100.000 100.000 0.327 LGA I 198 I 198 0.171 0 0.099 0.113 0.440 100.000 100.000 0.359 LGA F 199 F 199 0.240 0 0.045 0.129 0.464 100.000 100.000 0.162 LGA N 200 N 200 0.176 0 0.078 0.958 2.111 100.000 86.136 1.791 LGA I 201 I 201 0.146 0 0.061 0.048 0.524 100.000 97.727 0.524 LGA F 202 F 202 0.180 0 0.000 0.050 0.376 100.000 100.000 0.335 LGA L 203 L 203 0.224 0 0.065 0.156 0.618 100.000 95.455 0.520 LGA N 204 N 204 0.142 0 0.040 0.179 1.047 100.000 91.136 0.923 LGA G 205 G 205 0.653 0 0.038 0.038 0.665 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.570 0 0.066 0.123 1.080 77.727 84.318 0.570 LGA N 207 N 207 1.274 0 0.059 0.137 1.701 65.909 60.227 1.518 LGA G 208 G 208 1.326 0 0.000 0.000 1.468 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.326 0 0.090 0.266 1.791 65.455 58.990 1.791 LGA D 210 D 210 1.350 0 0.154 0.864 1.976 69.545 62.045 1.732 LGA Y 211 Y 211 1.564 0 0.097 0.289 1.604 54.545 59.394 1.233 LGA S 212 S 212 2.096 0 0.718 0.787 5.808 39.545 28.182 5.808 LGA Y 213 Y 213 3.048 0 0.143 1.659 15.008 36.364 12.273 15.008 LGA A 215 A 215 1.006 0 0.157 0.165 2.057 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.554 0 0.027 0.162 0.759 81.818 81.818 0.759 LGA A 217 A 217 0.511 0 0.036 0.053 0.572 86.364 89.091 - LGA S 218 S 218 0.790 0 0.053 0.094 1.658 81.818 73.939 1.658 LGA H 219 H 219 0.470 0 0.038 0.073 0.573 95.455 89.091 0.525 LGA L 220 L 220 0.353 0 0.027 0.078 0.375 100.000 100.000 0.335 LGA T 221 T 221 0.348 0 0.016 0.039 0.481 100.000 100.000 0.481 LGA N 222 N 222 0.340 0 0.034 0.125 0.704 100.000 93.182 0.704 LGA L 223 L 223 0.483 0 0.041 0.086 0.729 100.000 90.909 0.692 LGA Q 224 Q 224 0.338 0 0.078 0.807 4.095 100.000 69.495 4.095 LGA I 225 I 225 0.666 0 0.058 0.081 0.714 81.818 84.091 0.499 LGA P 226 P 226 0.510 0 0.072 0.068 0.749 90.909 87.013 0.686 LGA T 227 T 227 0.147 0 0.068 0.168 0.481 100.000 100.000 0.172 LGA P 228 P 228 0.575 0 0.134 0.155 0.603 95.455 94.805 0.460 LGA S 229 S 229 0.601 0 0.070 0.074 0.917 90.909 87.879 0.917 LGA G 230 G 230 0.558 0 0.097 0.097 0.951 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.581 0 0.089 0.707 3.366 77.727 72.929 3.366 LGA K 232 K 232 0.451 0 0.258 0.908 4.130 90.909 68.485 4.130 LGA R 233 R 233 0.286 0 0.092 1.455 8.660 100.000 50.248 8.660 LGA W 234 W 234 0.361 0 0.030 0.110 0.606 100.000 97.403 0.470 LGA N 235 N 235 0.492 0 0.008 0.712 1.925 90.909 82.500 1.925 LGA Q 236 Q 236 0.472 0 0.066 0.943 2.685 95.455 80.000 1.482 LGA Y 237 Y 237 0.552 0 0.079 0.451 2.013 86.364 73.030 2.013 LGA T 238 T 238 0.507 0 0.046 0.207 0.849 90.909 89.610 0.849 LGA I 239 I 239 0.253 0 0.047 0.086 0.470 100.000 100.000 0.470 LGA K 240 K 240 0.439 0 0.047 0.651 4.919 100.000 67.879 4.919 LGA A 241 A 241 0.574 0 0.055 0.064 0.813 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.550 0 0.012 0.060 1.098 95.455 86.591 1.098 LGA L 243 L 243 0.258 0 0.017 0.130 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA Q 244 Q 244 0.284 0 0.084 0.306 1.712 100.000 82.828 1.487 LGA N 245 N 245 0.256 0 0.000 0.124 1.048 100.000 93.409 0.395 LGA E 246 E 246 0.157 0 0.000 0.597 2.169 100.000 82.424 2.089 LGA V 247 V 247 0.261 0 0.031 0.079 0.381 100.000 100.000 0.334 LGA Y 248 Y 248 0.236 0 0.000 0.118 1.156 100.000 88.030 1.156 LGA I 249 I 249 0.262 0 0.075 0.098 0.764 95.455 97.727 0.252 LGA G 250 G 250 0.113 0 0.034 0.034 0.113 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.476 0 0.071 0.098 0.772 90.909 89.610 0.489 LGA V 252 V 252 0.426 0 0.038 0.144 0.939 90.909 89.610 0.931 LGA K 253 K 253 0.402 0 0.057 0.243 0.777 90.909 89.899 0.612 LGA Y 254 Y 254 0.726 0 0.040 0.365 2.808 81.818 65.758 2.808 LGA K 255 K 255 1.125 0 0.028 0.098 1.865 73.636 67.475 1.865 LGA V 256 V 256 1.057 0 0.106 0.114 1.328 69.545 67.792 1.328 LGA R 257 R 257 1.299 0 0.042 1.055 5.238 65.455 44.793 3.641 LGA E 258 E 258 1.272 0 0.167 1.037 4.887 55.000 38.586 4.887 LGA K 259 K 259 2.038 0 0.025 0.107 3.164 44.545 34.141 3.164 LGA T 260 T 260 1.966 0 0.026 0.076 2.332 41.364 45.455 1.969 LGA K 261 K 261 2.314 0 0.027 0.905 7.555 35.455 23.232 7.555 LGA D 262 D 262 2.388 0 0.086 0.357 2.688 38.182 38.409 2.688 LGA G 263 G 263 2.380 0 0.032 0.032 2.403 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 2.239 0 0.019 0.491 3.187 44.545 37.778 1.532 LGA R 265 R 265 1.760 0 0.066 1.058 4.582 54.545 47.107 4.582 LGA T 266 T 266 1.298 0 0.033 0.083 1.453 65.455 65.455 1.126 LGA I 267 I 267 1.043 0 0.016 0.103 2.010 73.636 64.318 2.010 LGA R 268 R 268 0.279 0 0.000 0.972 3.450 86.364 72.066 1.578 LGA P 269 P 269 0.965 0 0.044 0.041 1.070 81.818 79.481 0.964 LGA E 270 E 270 0.833 0 0.022 0.860 3.075 81.818 60.202 2.708 LGA K 271 K 271 1.057 0 0.074 0.707 5.424 77.727 47.879 5.424 LGA E 272 E 272 0.823 0 0.114 0.152 2.073 81.818 68.283 2.073 LGA Q 273 Q 273 0.265 0 0.042 0.113 1.112 100.000 92.121 0.855 LGA I 274 I 274 0.247 0 0.055 0.063 0.514 100.000 97.727 0.514 LGA V 275 V 275 0.109 0 0.046 0.109 0.661 95.455 94.805 0.458 LGA V 276 V 276 0.203 0 0.000 0.062 0.338 100.000 100.000 0.338 LGA Q 277 Q 277 0.149 0 0.059 0.713 3.486 100.000 77.980 3.486 LGA D 278 D 278 0.416 0 0.081 0.099 0.827 95.455 88.636 0.649 LGA A 279 A 279 0.118 0 0.062 0.068 0.176 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.265 0 0.048 0.199 0.609 100.000 98.182 0.493 LGA A 281 A 281 0.456 0 0.000 0.000 0.627 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.303 0 0.030 0.034 0.379 100.000 100.000 0.362 LGA I 283 I 283 0.278 0 0.081 0.117 0.660 95.455 95.455 0.660 LGA I 284 I 284 0.162 0 0.000 0.061 0.201 100.000 100.000 0.075 LGA D 285 D 285 0.199 0 0.066 0.423 1.307 100.000 93.409 1.307 LGA K 286 K 286 0.273 0 0.025 0.282 1.657 100.000 90.505 1.657 LGA E 287 E 287 0.344 0 0.045 0.358 1.368 100.000 94.141 1.368 LGA Q 288 Q 288 0.332 0 0.000 0.352 2.311 100.000 80.202 2.311 LGA F 289 F 289 0.203 0 0.033 0.114 0.488 100.000 100.000 0.447 LGA Q 290 Q 290 0.379 0 0.043 1.194 3.517 100.000 72.323 3.517 LGA Q 291 Q 291 0.207 0 0.048 0.151 0.490 100.000 100.000 0.490 LGA S 292 S 292 0.335 0 0.110 0.700 2.276 100.000 86.667 2.276 LGA Q 293 Q 293 0.430 0 0.047 0.193 0.748 90.909 89.899 0.748 LGA V 294 V 294 0.450 0 0.012 0.064 0.722 100.000 92.208 0.631 LGA K 295 K 295 0.342 0 0.042 0.293 1.014 90.909 90.101 1.014 LGA I 296 I 296 0.948 0 0.029 0.078 1.643 73.636 69.773 1.163 LGA A 297 A 297 0.989 0 0.092 0.105 1.431 73.636 75.273 - LGA N 298 N 298 0.998 0 0.126 0.398 2.898 57.273 61.364 1.227 LGA K 299 K 299 3.632 0 0.422 0.984 13.405 31.818 14.141 13.405 LGA V 300 V 300 2.479 0 0.152 0.168 4.595 32.727 20.519 4.385 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.998 0.970 1.915 84.960 78.232 61.833 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 94.815 97.495 12.294 LGA_LOCAL RMSD: 0.998 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.998 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.998 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.768327 * X + -0.068649 * Y + 0.636366 * Z + 155.889481 Y_new = 0.632524 * X + -0.233533 * Y + 0.738495 * Z + 152.790680 Z_new = 0.097916 * X + 0.969922 * Y + 0.222852 * Z + 140.710983 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.452835 -0.098073 1.344954 [DEG: 140.5371 -5.6192 77.0602 ] ZXZ: 2.430342 1.346058 0.100611 [DEG: 139.2483 77.1234 5.7646 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS221_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS221_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.495 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS221_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.456 186.698 154.063 1.00 85.58 N ATOM 2718 CA GLY 165 152.693 187.354 155.110 1.00 85.58 C ATOM 2719 C GLY 165 151.199 187.082 155.053 1.00 85.58 C ATOM 2720 O GLY 165 150.419 187.801 155.678 1.00 85.58 O ATOM 2724 N LYS 166 150.767 186.068 154.299 1.00 86.31 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.342 185.800 154.215 1.00 86.31 C ATOM 2726 C LYS 166 148.809 185.096 155.456 1.00 86.31 C ATOM 2727 O LYS 166 149.511 184.319 156.111 1.00 86.31 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.035 185.042 152.923 1.00 86.31 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.248 185.934 151.671 1.00 86.31 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.931 185.234 150.345 1.00 86.31 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.996 186.246 149.174 1.00 86.31 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.624 185.644 147.853 1.00 86.31 N ATOM 2746 N TRP 167 147.552 185.389 155.780 1.00 88.10 N ATOM 2747 CA TRP 167 146.869 184.763 156.895 1.00 88.10 C ATOM 2748 C TRP 167 146.220 183.484 156.408 1.00 88.10 C ATOM 2749 O TRP 167 145.255 183.498 155.643 1.00 88.10 O ATOM 2750 CB TRP 167 145.821 185.694 157.469 1.00 88.10 C ATOM 2751 CG TRP 167 145.119 185.112 158.628 1.00 88.10 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 143.898 184.513 158.640 1.00 88.10 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 145.603 185.050 159.969 1.00 88.10 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 143.596 184.097 159.892 1.00 88.10 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 144.618 184.412 160.722 1.00 88.10 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 146.780 185.476 160.589 1.00 88.10 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 144.763 184.187 162.060 1.00 88.10 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 146.934 185.250 161.937 1.00 88.10 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 145.951 184.619 162.657 1.00 88.10 C ATOM 2770 N ILE 168 146.772 182.377 156.873 1.00 83.47 N ATOM 2771 CA ILE 168 146.409 181.040 156.430 1.00 83.47 C ATOM 2772 C ILE 168 145.674 180.216 157.483 1.00 83.47 C ATOM 2773 O ILE 168 145.284 179.075 157.236 1.00 83.47 O ATOM 2774 CB ILE 168 147.722 180.388 155.967 1.00 83.47 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 148.202 181.171 154.743 1.00 83.47 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 147.580 178.894 155.643 1.00 83.47 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 149.564 180.903 154.378 1.00 83.47 C ATOM 2789 N SER 169 145.504 180.785 158.660 1.00 80.76 N ATOM 2790 CA SER 169 144.906 180.063 159.768 1.00 80.76 C ATOM 2791 C SER 169 143.403 180.276 159.933 1.00 80.76 C ATOM 2792 O SER 169 142.642 180.317 158.962 1.00 80.76 O ATOM 2793 CB SER 169 145.629 180.436 161.048 1.00 80.76 C ATOM 2794 OG SER 169 145.164 179.679 162.136 1.00 80.76 O ATOM 2800 N GLY 170 142.968 180.382 161.180 1.00 76.40 N ATOM 2801 CA 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187.752 166.230 1.00 87.61 C ATOM 2838 C PRO 173 142.160 189.028 166.478 1.00 87.61 C ATOM 2839 O PRO 173 141.952 189.811 165.557 1.00 87.61 O ATOM 2840 CB PRO 173 144.435 187.915 166.305 1.00 87.61 C ATOM 2841 CG PRO 173 144.875 188.127 164.883 1.00 87.61 C ATOM 2842 CD PRO 173 143.903 187.370 164.038 1.00 87.61 C ATOM 2850 N TYR 174 141.790 189.248 167.721 1.00 89.50 N ATOM 2851 CA TYR 174 141.006 190.411 168.099 1.00 89.50 C ATOM 2852 C TYR 174 141.686 191.669 167.617 1.00 89.50 C ATOM 2853 O TYR 174 142.880 191.837 167.806 1.00 89.50 O ATOM 2854 CB TYR 174 140.866 190.390 169.606 1.00 89.50 C ATOM 2855 CG TYR 174 139.979 191.410 170.204 1.00 89.50 C ATOM 2856 CD1 TYR 174 140.485 192.434 170.926 1.00 89.50 C ATOM 2857 CD2 TYR 174 138.636 191.280 170.038 1.00 89.50 C ATOM 2858 CE1 TYR 174 139.647 193.332 171.492 1.00 89.50 C ATOM 2859 CE2 TYR 174 137.778 192.152 170.608 1.00 89.50 C ATOM 2860 CZ TYR 174 138.261 193.179 171.335 1.00 89.50 C ATOM 2861 OH TYR 174 137.383 194.051 171.908 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