####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS221_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS221_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.95 1.03 LCS_AVERAGE: 98.36 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 74 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 71 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 21 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 13 39 118 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 4 86 116 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 23 107 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 4 24 104 118 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 46 105 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 62 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 41 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 41 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 79 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 79 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 33 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 9 107 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 46 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 119 135 135 4 5 8 105 122 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 0 3 59 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.45 ( 98.36 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 80.00 89.63 94.07 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.49 0.63 0.74 0.87 0.91 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 GDT RMS_ALL_AT 1.06 1.05 1.04 1.04 1.04 1.04 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.470 0 0.015 0.015 0.609 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.640 0 0.030 0.169 1.588 81.818 74.747 1.588 LGA W 167 W 167 0.638 0 0.066 0.286 1.764 81.818 72.987 1.761 LGA I 168 I 168 1.276 0 0.095 0.162 2.114 65.909 55.227 1.872 LGA S 169 S 169 1.797 0 0.051 0.714 6.032 55.000 39.697 6.032 LGA G 170 G 170 1.918 0 0.596 0.596 2.725 48.636 48.636 - LGA L 171 L 171 0.629 0 0.006 1.201 4.041 77.727 66.364 0.873 LGA A 172 A 172 0.715 0 0.071 0.074 0.875 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.109 0 0.056 0.330 1.338 100.000 92.468 1.338 LGA Y 174 Y 174 0.379 0 0.020 0.150 0.979 100.000 87.879 0.979 LGA G 175 G 175 0.199 0 0.039 0.039 0.282 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.210 0 0.000 0.138 0.488 100.000 100.000 0.488 LGA Q 177 Q 177 0.466 0 0.069 0.273 0.948 100.000 93.939 0.948 LGA L 178 L 178 0.523 0 0.044 0.056 1.069 86.364 82.045 1.069 LGA N 179 N 179 1.205 0 0.180 0.788 5.094 59.091 35.682 5.094 LGA K 180 K 180 3.958 0 0.243 0.937 13.405 19.545 8.687 13.405 LGA K 181 K 181 1.034 0 0.259 0.959 7.354 77.727 41.818 7.354 LGA T 182 T 182 0.858 0 0.052 1.140 3.424 82.273 68.312 3.424 LGA S 183 S 183 1.131 0 0.129 0.119 1.580 69.545 63.333 1.580 LGA K 184 K 184 1.008 0 0.040 0.783 2.461 73.636 66.263 2.461 LGA L 185 L 185 0.507 0 0.037 0.084 0.695 81.818 81.818 0.624 LGA D 186 D 186 0.158 0 0.056 0.085 0.544 100.000 97.727 0.491 LGA P 187 P 187 0.450 0 0.000 0.371 0.893 90.909 89.610 0.790 LGA V 188 V 188 0.693 0 0.008 0.053 0.892 81.818 81.818 0.687 LGA E 189 E 189 0.473 0 0.016 0.382 0.951 95.455 87.879 0.951 LGA D 190 D 190 0.071 0 0.060 0.122 0.381 100.000 100.000 0.381 LGA E 191 E 191 0.058 0 0.081 0.115 0.286 100.000 100.000 0.189 LGA A 192 A 192 0.182 0 0.015 0.016 0.275 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.197 0 0.036 0.694 2.781 100.000 83.838 2.781 LGA V 194 V 194 0.193 0 0.038 0.057 0.326 100.000 100.000 0.326 LGA V 195 V 195 0.220 0 0.000 0.054 0.309 100.000 100.000 0.146 LGA Q 196 Q 196 0.310 0 0.036 0.242 1.023 100.000 92.121 0.928 LGA L 197 L 197 0.381 0 0.027 0.098 0.445 100.000 100.000 0.322 LGA I 198 I 198 0.234 0 0.098 0.110 0.482 100.000 100.000 0.425 LGA F 199 F 199 0.338 0 0.045 0.133 0.507 100.000 98.347 0.216 LGA N 200 N 200 0.335 0 0.068 0.886 1.982 100.000 87.727 1.982 LGA I 201 I 201 0.167 0 0.056 0.045 0.425 100.000 100.000 0.425 LGA F 202 F 202 0.305 0 0.000 0.048 0.591 95.455 93.388 0.545 LGA L 203 L 203 0.589 0 0.084 0.143 1.478 95.455 82.500 1.436 LGA N 204 N 204 0.183 0 0.042 0.192 1.188 100.000 89.091 1.148 LGA G 205 G 205 0.648 0 0.045 0.045 0.664 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.680 0 0.063 0.119 1.245 77.727 86.591 0.333 LGA N 207 N 207 1.379 0 0.052 0.134 1.890 61.818 56.364 1.677 LGA G 208 G 208 1.481 0 0.014 0.014 1.659 58.182 58.182 - LGA K 209 K 209 1.500 0 0.074 0.186 1.831 65.455 57.374 1.748 LGA D 210 D 210 1.462 0 0.062 0.870 2.647 61.818 59.091 2.647 LGA Y 211 Y 211 1.424 0 0.101 0.320 1.517 65.455 64.242 1.039 LGA S 212 S 212 2.090 0 0.721 0.787 5.907 39.545 28.182 5.907 LGA Y 213 Y 213 2.947 0 0.149 1.630 14.760 38.636 13.030 14.760 LGA A 215 A 215 0.967 0 0.162 0.170 2.028 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.512 0 0.029 0.155 0.689 86.364 84.091 0.645 LGA A 217 A 217 0.479 0 0.038 0.054 0.537 90.909 92.727 - LGA S 218 S 218 0.744 0 0.048 0.091 1.580 86.364 76.970 1.580 LGA H 219 H 219 0.470 0 0.038 0.058 0.586 95.455 87.273 0.551 LGA L 220 L 220 0.358 0 0.023 0.081 0.367 100.000 100.000 0.367 LGA T 221 T 221 0.304 0 0.026 0.045 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA N 222 N 222 0.304 0 0.037 0.119 0.697 100.000 93.182 0.697 LGA L 223 L 223 0.536 0 0.034 0.084 0.811 90.909 86.364 0.792 LGA Q 224 Q 224 0.284 0 0.084 0.805 4.123 100.000 69.495 4.123 LGA I 225 I 225 0.562 0 0.065 0.082 0.658 90.909 88.636 0.464 LGA P 226 P 226 0.395 0 0.065 0.064 0.680 95.455 92.208 0.635 LGA T 227 T 227 0.201 0 0.067 0.166 0.468 100.000 100.000 0.211 LGA P 228 P 228 0.612 0 0.139 0.154 0.620 86.364 87.013 0.510 LGA S 229 S 229 0.650 0 0.069 0.073 0.871 90.909 87.879 0.871 LGA G 230 G 230 0.557 0 0.101 0.101 0.829 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.489 0 0.085 0.714 3.306 82.273 76.970 3.306 LGA K 232 K 232 0.443 0 0.247 0.904 4.310 90.909 67.273 4.310 LGA R 233 R 233 0.267 0 0.095 1.445 8.552 100.000 50.248 8.552 LGA W 234 W 234 0.326 0 0.035 0.112 0.605 100.000 97.403 0.474 LGA N 235 N 235 0.448 0 0.008 0.719 1.782 90.909 80.455 1.782 LGA Q 236 Q 236 0.401 0 0.070 0.971 2.804 100.000 84.040 1.421 LGA Y 237 Y 237 0.559 0 0.083 0.425 1.894 86.364 75.303 1.894 LGA T 238 T 238 0.552 0 0.044 0.203 0.842 90.909 89.610 0.842 LGA I 239 I 239 0.322 0 0.045 0.084 0.497 100.000 100.000 0.497 LGA K 240 K 240 0.427 0 0.056 0.638 4.376 100.000 72.525 4.376 LGA A 241 A 241 0.579 0 0.047 0.056 0.824 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.610 0 0.020 0.058 1.158 86.364 80.000 1.158 LGA L 243 L 243 0.301 0 0.020 0.133 0.493 100.000 100.000 0.387 LGA Q 244 Q 244 0.281 0 0.089 0.308 1.768 100.000 81.212 1.532 LGA N 245 N 245 0.218 0 0.000 0.117 0.947 100.000 95.455 0.371 LGA E 246 E 246 0.152 0 0.000 0.704 2.918 100.000 86.061 0.959 LGA V 247 V 247 0.210 0 0.037 0.090 0.304 100.000 100.000 0.236 LGA Y 248 Y 248 0.225 0 0.000 0.119 1.132 100.000 88.030 1.132 LGA I 249 I 249 0.187 0 0.073 0.093 0.723 95.455 97.727 0.121 LGA G 250 G 250 0.168 0 0.028 0.028 0.168 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.322 0 0.070 0.095 0.556 95.455 94.805 0.330 LGA V 252 V 252 0.234 0 0.032 0.107 0.694 95.455 94.805 0.523 LGA K 253 K 253 0.383 0 0.037 0.237 0.782 100.000 93.939 0.674 LGA Y 254 Y 254 0.563 0 0.046 0.366 2.530 86.364 70.909 2.530 LGA K 255 K 255 1.141 0 0.029 0.091 1.369 69.545 67.273 1.369 LGA V 256 V 256 1.180 0 0.111 0.117 1.316 69.545 67.792 1.316 LGA R 257 R 257 1.408 0 0.032 1.049 4.885 58.182 45.950 3.422 LGA E 258 E 258 1.425 0 0.110 0.915 4.845 55.000 42.424 4.845 LGA K 259 K 259 1.955 0 0.021 0.099 3.182 50.909 36.970 3.182 LGA T 260 T 260 1.731 0 0.016 0.080 2.147 47.727 49.091 1.740 LGA K 261 K 261 2.486 0 0.086 0.938 7.826 30.455 19.596 7.826 LGA D 262 D 262 2.673 0 0.043 0.968 4.276 30.000 22.045 4.276 LGA G 263 G 263 2.530 0 0.112 0.112 2.550 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 2.009 0 0.000 0.505 2.105 44.545 48.687 0.888 LGA R 265 R 265 1.938 0 0.025 1.051 4.499 54.545 48.099 4.499 LGA T 266 T 266 1.385 0 0.035 0.080 1.573 58.182 61.299 1.199 LGA I 267 I 267 1.192 0 0.020 0.103 1.709 73.636 67.727 1.709 LGA R 268 R 268 0.713 0 0.000 0.971 2.589 81.818 68.430 2.491 LGA P 269 P 269 0.418 0 0.035 0.037 0.583 95.455 92.208 0.576 LGA E 270 E 270 0.333 0 0.012 0.864 3.281 100.000 76.566 2.357 LGA K 271 K 271 0.303 0 0.067 0.647 4.119 100.000 65.859 3.895 LGA E 272 E 272 0.347 0 0.128 0.119 1.504 95.455 80.808 1.504 LGA Q 273 Q 273 0.527 0 0.040 0.105 0.971 95.455 87.879 0.804 LGA I 274 I 274 0.249 0 0.062 0.075 0.350 100.000 100.000 0.246 LGA V 275 V 275 0.100 0 0.047 0.106 0.449 100.000 100.000 0.275 LGA V 276 V 276 0.211 0 0.000 0.048 0.406 100.000 100.000 0.393 LGA Q 277 Q 277 0.209 0 0.056 0.724 3.602 100.000 77.172 3.602 LGA D 278 D 278 0.498 0 0.083 0.100 0.867 90.909 86.364 0.734 LGA A 279 A 279 0.095 0 0.055 0.060 0.211 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.323 0 0.035 0.194 0.646 100.000 96.364 0.561 LGA A 281 A 281 0.501 0 0.000 0.000 0.658 90.909 89.091 - LGA P 282 P 282 0.306 0 0.029 0.037 0.391 100.000 100.000 0.375 LGA I 283 I 283 0.298 0 0.086 0.116 0.682 95.455 93.182 0.682 LGA I 284 I 284 0.199 0 0.018 0.058 0.315 100.000 100.000 0.200 LGA D 285 D 285 0.305 0 0.046 0.914 3.221 100.000 74.545 3.221 LGA K 286 K 286 0.314 0 0.000 0.283 1.661 100.000 90.505 1.661 LGA E 287 E 287 0.466 0 0.048 0.353 1.261 100.000 92.121 1.261 LGA Q 288 Q 288 0.345 0 0.000 0.529 1.855 100.000 81.414 1.142 LGA F 289 F 289 0.213 0 0.036 0.122 0.487 100.000 100.000 0.454 LGA Q 290 Q 290 0.481 0 0.046 1.199 3.436 100.000 71.111 3.436 LGA Q 291 Q 291 0.284 0 0.036 0.135 0.482 100.000 100.000 0.482 LGA S 292 S 292 0.385 0 0.114 0.689 2.166 95.455 83.636 2.166 LGA Q 293 Q 293 0.510 0 0.041 0.274 0.910 86.364 85.859 0.910 LGA V 294 V 294 0.692 0 0.008 0.062 1.094 86.364 82.078 0.967 LGA K 295 K 295 0.301 0 0.040 0.241 0.785 90.909 93.939 0.521 LGA I 296 I 296 1.128 0 0.029 0.083 1.881 65.909 65.909 1.278 LGA A 297 A 297 1.441 0 0.091 0.102 2.057 58.636 60.000 - LGA N 298 N 298 1.146 0 0.091 0.585 3.003 50.909 64.318 1.483 LGA K 299 K 299 4.172 0 0.442 0.994 14.971 24.545 10.909 14.971 LGA V 300 V 300 2.379 0 0.148 0.139 4.437 30.455 20.519 4.267 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.031 1.011 1.937 84.774 77.990 62.338 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.03 93.519 96.995 11.932 LGA_LOCAL RMSD: 1.031 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.031 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.031 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.348243 * X + -0.899003 * Y + -0.265557 * Z + 160.323364 Y_new = -0.223807 * X + -0.354834 * Y + 0.907746 * Z + 146.477295 Z_new = -0.910295 * X + -0.256683 * Y + -0.324771 * Z + 143.974594 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.571208 1.143997 -2.472764 [DEG: -32.7278 65.5462 -141.6789 ] ZXZ: -2.856989 1.901566 -1.845638 [DEG: -163.6934 108.9517 -105.7473 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS221_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS221_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.03 96.995 1.03 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS221_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.221 186.975 153.880 1.00 86.78 N ATOM 2718 CA GLY 165 152.526 187.786 154.861 1.00 86.78 C ATOM 2719 C GLY 165 151.030 187.512 154.924 1.00 86.78 C ATOM 2720 O GLY 165 150.284 188.305 155.503 1.00 86.78 O ATOM 2724 N LYS 166 150.552 186.444 154.274 1.00 88.44 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.130 186.154 154.298 1.00 88.44 C ATOM 2726 C LYS 166 148.743 185.460 155.586 1.00 88.44 C ATOM 2727 O LYS 166 149.518 184.689 156.157 1.00 88.44 O ATOM 2728 CB LYS 166 148.752 185.341 153.068 1.00 88.44 C ATOM 2729 CG LYS 166 148.922 186.153 151.785 1.00 88.44 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.594 185.381 150.513 1.00 88.44 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.746 186.293 149.298 1.00 88.44 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.396 185.613 148.019 1.00 88.44 N ATOM 2746 N TRP 167 147.542 185.750 156.054 1.00 91.01 N ATOM 2747 CA TRP 167 147.039 185.133 157.257 1.00 91.01 C ATOM 2748 C TRP 167 146.422 183.818 156.834 1.00 91.01 C ATOM 2749 O TRP 167 145.553 183.791 155.962 1.00 91.01 O ATOM 2750 CB TRP 167 146.012 186.044 157.903 1.00 91.01 C ATOM 2751 CG TRP 167 145.634 185.639 159.262 1.00 91.01 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 144.490 185.042 159.715 1.00 91.01 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 146.471 185.835 160.406 1.00 91.01 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 144.579 184.856 161.071 1.00 91.01 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 145.795 185.331 161.502 1.00 91.01 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 147.730 186.396 160.578 1.00 91.01 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 146.350 185.362 162.773 1.00 91.01 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 148.283 186.438 161.839 1.00 91.01 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 147.612 185.934 162.911 1.00 91.01 C ATOM 2770 N ILE 168 146.897 182.726 157.411 1.00 86.77 N ATOM 2771 CA ILE 168 146.441 181.414 156.976 1.00 86.77 C ATOM 2772 C ILE 168 145.471 180.706 157.929 1.00 86.77 C ATOM 2773 O ILE 168 144.773 179.776 157.512 1.00 86.77 O ATOM 2774 CB ILE 168 147.674 180.557 156.641 1.00 86.77 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 148.553 181.291 155.546 1.00 86.77 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 147.305 179.170 156.180 1.00 86.77 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 147.884 181.670 154.226 1.00 86.77 C ATOM 2789 N SER 169 145.450 181.095 159.199 1.00 84.35 N ATOM 2790 CA SER 169 144.565 180.441 160.154 1.00 84.35 C ATOM 2791 C SER 169 143.103 180.806 159.887 1.00 84.35 C ATOM 2792 O SER 169 142.796 181.792 159.216 1.00 84.35 O ATOM 2793 CB SER 169 144.975 180.792 161.570 1.00 84.35 C ATOM 2794 OG SER 169 144.764 182.137 161.829 1.00 84.35 O ATOM 2800 N GLY 170 142.181 180.002 160.429 1.00 80.81 N ATOM 2801 CA GLY 170 140.742 180.200 160.211 1.00 80.81 C ATOM 2802 C GLY 170 140.141 181.522 160.691 1.00 80.81 C ATOM 2803 O GLY 170 139.215 182.044 160.064 1.00 80.81 O ATOM 2807 N LEU 171 140.627 182.055 161.803 1.00 85.47 N ATOM 2808 CA LEU 171 140.071 183.297 162.321 1.00 85.47 C ATOM 2809 C LEU 171 141.086 184.415 162.397 1.00 85.47 C ATOM 2810 O LEU 171 142.258 184.183 162.715 1.00 85.47 O ATOM 2811 CB LEU 171 139.505 183.075 163.727 1.00 85.47 C ATOM 2812 CG LEU 171 138.399 182.000 163.880 1.00 85.47 C ATOM 2813 CD1 LEU 171 138.085 181.841 165.358 1.00 85.47 C ATOM 2814 CD2 LEU 171 137.143 182.408 163.105 1.00 85.47 C ATOM 2826 N ALA 172 140.625 185.641 162.150 1.00 88.11 N ATOM 2827 CA ALA 172 141.458 186.808 162.366 1.00 88.11 C ATOM 2828 C ALA 172 141.565 186.990 163.886 1.00 88.11 C ATOM 2829 O ALA 172 140.628 186.621 164.596 1.00 88.11 O ATOM 2830 CB ALA 172 140.863 188.038 161.701 1.00 88.11 C ATOM 2836 N PRO 173 142.681 187.496 164.421 1.00 89.83 N ATOM 2837 CA PRO 173 142.881 187.833 165.814 1.00 89.83 C ATOM 2838 C PRO 173 142.095 189.081 166.160 1.00 89.83 C ATOM 2839 O PRO 173 141.845 189.905 165.286 1.00 89.83 O ATOM 2840 CB PRO 173 144.393 188.002 165.896 1.00 89.83 C ATOM 2841 CG PRO 173 144.804 188.388 164.517 1.00 89.83 C ATOM 2842 CD PRO 173 143.827 187.732 163.586 1.00 89.83 C ATOM 2850 N TYR 174 141.777 189.251 167.430 1.00 91.12 N ATOM 2851 CA TYR 174 141.008 190.405 167.882 1.00 91.12 C ATOM 2852 C TYR 174 141.688 191.691 167.464 1.00 91.12 C ATOM 2853 O TYR 174 142.889 191.835 167.626 1.00 91.12 O ATOM 2854 CB TYR 174 140.884 190.327 169.391 1.00 91.12 C ATOM 2855 CG TYR 174 140.023 191.353 170.041 1.00 91.12 C ATOM 2856 CD1 TYR 174 140.564 192.354 170.788 1.00 91.12 C ATOM 2857 CD2 TYR 174 138.673 191.246 169.906 1.00 91.12 C ATOM 2858 CE1 TYR 174 139.744 193.244 171.411 1.00 91.12 C ATOM 2859 CE2 TYR 174 137.840 192.109 170.533 1.00 91.12 C ATOM 2860 CZ TYR 174 138.354 193.106 171.284 1.00 91.12 C ATOM 2861 OH TYR 174 137.505 193.954 171.927 1.00 91.12 O ATOM 2871 N GLY 175 140.924 192.624 166.901 1.00 89.30 N ATOM 2872 CA GLY 175 141.492 193.876 166.421 1.00 89.30 C ATOM 2873 C GLY 175 141.668 193.848 164.912 1.00 89.30 C ATOM 2874 O GLY 175 141.831 194.899 164.282 1.00 89.30 O ATOM 2878 N TYR 176 141.572 192.652 164.329 1.00 92.00 N ATOM 2879 CA TYR 176 141.719 192.433 162.904 1.00 92.00 C ATOM 2880 C TYR 176 140.589 191.655 162.241 1.00 92.00 C ATOM 2881 O TYR 176 139.837 190.901 162.862 1.00 92.00 O ATOM 2882 CB TYR 176 143.011 191.717 162.602 1.00 92.00 C ATOM 2883 CG TYR 176 144.257 192.464 162.940 1.00 92.00 C ATOM 2884 CD1 TYR 176 144.739 193.374 162.039 1.00 92.00 C ATOM 2885 CD2 TYR 176 144.952 192.212 164.106 1.00 92.00 C ATOM 2886 CE1 TYR 176 145.881 194.038 162.278 1.00 92.00 C ATOM 2887 CE2 TYR 176 146.127 192.864 164.331 1.00 92.00 C ATOM 2888 CZ TYR 176 146.588 193.779 163.425 1.00 92.00 C ATOM 2889 OH TYR 176 147.774 194.415 163.637 1.00 92.00 O ATOM 2899 N GLN 177 140.485 191.847 160.938 1.00 91.09 N ATOM 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