####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS212_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS212_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 56 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 43 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 63 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 51 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 41 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 54 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 51 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 54 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 68 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 32 92 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 5 115 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 110 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 54 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 24 111 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 23 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 60 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 68 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 62 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 52 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 40 111 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 43 111 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 34 95 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 12 29 103 114 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 112 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 82.96 92.59 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.54 0.67 0.75 0.83 0.87 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 1.00 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: D 210 D 210 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.650 0 0.034 0.034 0.787 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.802 0 0.080 0.223 1.298 81.818 76.364 1.298 LGA W 167 W 167 0.611 0 0.241 0.263 1.928 74.091 71.558 1.295 LGA I 168 I 168 0.894 0 0.304 0.613 2.673 74.545 59.773 1.527 LGA S 169 S 169 1.502 0 0.601 0.557 4.811 56.364 40.909 4.811 LGA G 170 G 170 0.882 0 0.118 0.118 1.409 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 0.961 0 0.046 0.215 1.855 81.818 75.909 1.855 LGA A 172 A 172 0.660 0 0.057 0.053 0.886 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.459 0 0.051 0.243 1.186 100.000 92.468 1.186 LGA Y 174 Y 174 0.536 0 0.057 0.153 1.145 90.909 79.394 1.129 LGA G 175 G 175 0.394 0 0.070 0.070 0.461 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.296 0 0.021 0.203 0.622 100.000 96.970 0.196 LGA Q 177 Q 177 0.451 0 0.068 0.304 0.863 100.000 89.899 0.677 LGA L 178 L 178 0.387 0 0.142 0.209 0.968 90.909 86.364 0.968 LGA N 179 N 179 1.460 0 0.236 0.774 5.384 59.091 33.182 5.384 LGA K 180 K 180 3.345 0 0.095 0.957 7.943 28.182 12.525 7.046 LGA K 181 K 181 1.252 0 0.344 1.035 5.254 77.727 38.788 4.455 LGA T 182 T 182 0.895 0 0.056 1.077 3.352 70.000 61.558 3.352 LGA S 183 S 183 1.231 0 0.134 0.610 2.016 69.545 63.636 1.206 LGA K 184 K 184 1.022 0 0.096 0.975 3.602 69.545 61.414 3.602 LGA L 185 L 185 0.361 0 0.119 0.144 0.585 95.455 93.182 0.536 LGA D 186 D 186 0.531 0 0.049 0.228 2.338 95.455 75.455 2.338 LGA P 187 P 187 0.384 0 0.000 0.064 0.693 100.000 92.208 0.693 LGA V 188 V 188 0.574 0 0.029 0.221 0.959 86.364 84.416 0.837 LGA E 189 E 189 0.641 0 0.075 0.814 3.156 86.364 69.899 1.532 LGA D 190 D 190 0.592 0 0.018 0.942 3.439 90.909 67.500 3.439 LGA E 191 E 191 0.505 0 0.067 0.229 0.654 90.909 93.939 0.654 LGA A 192 A 192 0.257 0 0.051 0.047 0.281 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.530 0 0.051 0.680 1.852 90.909 77.172 0.876 LGA V 194 V 194 0.495 0 0.040 0.051 0.706 100.000 92.208 0.647 LGA V 195 V 195 0.188 0 0.048 0.115 0.482 100.000 100.000 0.482 LGA Q 196 Q 196 0.252 0 0.055 1.543 6.299 100.000 58.788 6.299 LGA L 197 L 197 0.323 0 0.031 1.361 3.512 100.000 72.045 2.842 LGA I 198 I 198 0.104 0 0.089 0.162 0.445 100.000 100.000 0.325 LGA F 199 F 199 0.336 0 0.103 0.123 0.551 100.000 98.347 0.425 LGA N 200 N 200 0.249 0 0.076 0.126 0.390 100.000 100.000 0.282 LGA I 201 I 201 0.107 0 0.076 0.189 1.133 95.455 88.864 1.133 LGA F 202 F 202 0.272 0 0.064 0.170 0.674 100.000 93.388 0.619 LGA L 203 L 203 0.219 0 0.083 1.361 3.759 95.455 71.136 3.759 LGA N 204 N 204 0.357 0 0.138 0.281 0.936 95.455 90.909 0.936 LGA G 205 G 205 0.533 0 0.221 0.221 2.282 70.909 70.909 - LGA L 206 L 206 0.809 0 0.074 1.226 3.118 73.636 57.500 3.118 LGA N 207 N 207 1.450 0 0.143 1.449 4.392 55.000 43.409 3.467 LGA G 208 G 208 1.635 0 0.306 0.306 2.442 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.479 0 0.037 1.017 6.618 69.545 41.414 6.618 LGA D 210 D 210 1.305 0 0.107 0.826 2.525 69.545 60.909 2.525 LGA Y 211 Y 211 1.773 0 0.240 0.555 2.797 50.909 45.909 2.083 LGA S 212 S 212 2.154 0 0.696 0.597 4.510 37.727 27.273 4.510 LGA Y 213 Y 213 3.075 0 0.211 1.582 14.752 36.364 12.273 14.752 LGA A 215 A 215 1.013 0 0.182 0.187 1.865 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.449 0 0.036 0.178 0.710 95.455 95.455 0.710 LGA A 217 A 217 0.213 0 0.031 0.050 0.521 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.696 0 0.068 0.126 1.697 86.364 76.970 1.697 LGA H 219 H 219 0.400 0 0.036 0.157 0.683 100.000 94.545 0.564 LGA L 220 L 220 0.435 0 0.033 0.092 0.653 95.455 93.182 0.537 LGA T 221 T 221 0.613 0 0.040 0.097 0.613 81.818 87.013 0.480 LGA N 222 N 222 0.595 0 0.060 0.643 2.338 81.818 72.727 1.502 LGA L 223 L 223 0.756 0 0.108 1.380 3.425 86.364 66.818 3.425 LGA Q 224 Q 224 0.687 0 0.166 0.471 2.731 74.091 62.828 2.448 LGA I 225 I 225 0.734 0 0.089 0.622 1.741 81.818 77.955 1.741 LGA P 226 P 226 0.725 0 0.058 0.088 1.123 90.909 80.000 1.084 LGA T 227 T 227 0.151 0 0.064 0.236 1.161 100.000 92.468 0.272 LGA P 228 P 228 0.474 0 0.602 0.847 3.302 70.455 75.584 0.467 LGA S 229 S 229 0.526 0 0.015 0.102 1.727 86.364 76.970 1.727 LGA G 230 G 230 0.462 0 0.260 0.260 1.944 83.182 83.182 - LGA K 231 K 231 0.745 0 0.190 0.763 2.900 74.545 62.424 2.900 LGA K 232 K 232 0.476 0 0.468 0.642 3.608 75.455 58.788 3.608 LGA R 233 R 233 0.515 0 0.109 1.355 9.710 95.455 46.116 9.710 LGA W 234 W 234 0.230 0 0.155 0.252 0.738 95.455 94.805 0.698 LGA N 235 N 235 0.660 0 0.081 1.027 2.677 81.818 71.136 1.627 LGA Q 236 Q 236 0.482 0 0.070 1.105 4.444 95.455 66.263 3.456 LGA Y 237 Y 237 0.597 0 0.062 0.450 1.303 86.364 82.121 0.815 LGA T 238 T 238 0.380 0 0.021 0.246 0.888 100.000 94.805 0.727 LGA I 239 I 239 0.405 0 0.082 0.153 0.465 100.000 100.000 0.406 LGA K 240 K 240 0.554 0 0.160 1.050 4.534 77.727 65.859 4.534 LGA A 241 A 241 0.523 0 0.049 0.060 0.589 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.413 0 0.042 0.068 0.727 100.000 90.909 0.727 LGA L 243 L 243 0.298 0 0.466 0.471 2.911 73.182 84.318 0.575 LGA Q 244 Q 244 0.278 0 0.239 1.288 4.152 95.455 62.424 2.907 LGA N 245 N 245 0.756 0 0.135 1.109 3.224 81.818 67.955 1.934 LGA E 246 E 246 0.721 0 0.082 0.430 3.469 90.909 65.657 3.469 LGA V 247 V 247 0.154 0 0.032 1.263 2.627 100.000 80.779 2.627 LGA Y 248 Y 248 0.326 0 0.056 0.192 0.987 100.000 87.879 0.717 LGA I 249 I 249 0.357 0 0.038 0.138 1.025 100.000 88.864 1.025 LGA G 250 G 250 0.202 0 0.091 0.091 0.330 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.256 0 0.096 0.109 0.471 100.000 100.000 0.471 LGA V 252 V 252 0.091 0 0.064 0.114 0.465 100.000 100.000 0.465 LGA K 253 K 253 0.450 0 0.068 0.629 1.707 90.909 73.737 1.707 LGA Y 254 Y 254 0.636 0 0.116 0.534 3.415 81.818 66.364 3.415 LGA K 255 K 255 0.865 0 0.084 0.768 2.114 81.818 73.333 1.241 LGA V 256 V 256 0.811 0 0.092 1.082 3.261 81.818 61.299 3.072 LGA R 257 R 257 0.818 0 0.080 1.333 7.154 73.636 49.587 7.154 LGA E 258 E 258 0.975 0 0.106 1.213 3.805 63.182 53.737 3.805 LGA K 259 K 259 1.610 0 0.101 0.587 6.700 54.545 29.293 6.700 LGA T 260 T 260 1.088 0 0.041 0.059 1.949 58.182 68.571 1.111 LGA K 261 K 261 1.736 0 0.037 0.889 5.327 50.909 34.949 5.327 LGA D 262 D 262 1.403 0 0.184 0.354 1.698 61.818 63.864 1.698 LGA G 263 G 263 1.513 0 0.081 0.081 1.562 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.186 0 0.081 0.262 2.039 65.455 62.626 2.039 LGA R 265 R 265 1.301 0 0.305 1.550 7.988 58.636 32.893 7.988 LGA T 266 T 266 0.910 0 0.036 0.287 1.125 77.727 79.740 1.125 LGA I 267 I 267 0.803 0 0.033 0.102 1.055 77.727 79.773 0.894 LGA R 268 R 268 0.609 0 0.022 1.423 5.719 86.364 50.909 5.163 LGA P 269 P 269 0.609 0 0.022 0.075 0.762 86.364 84.416 0.561 LGA E 270 E 270 0.801 0 0.349 0.492 2.290 66.818 53.737 2.201 LGA K 271 K 271 0.996 0 0.133 1.195 8.239 81.818 44.646 8.239 LGA E 272 E 272 0.604 0 0.017 0.781 1.718 90.909 75.152 1.245 LGA Q 273 Q 273 0.281 0 0.037 0.171 1.593 100.000 82.828 1.593 LGA I 274 I 274 0.212 0 0.042 0.171 0.480 100.000 100.000 0.480 LGA V 275 V 275 0.293 0 0.056 0.072 0.859 100.000 92.208 0.729 LGA V 276 V 276 0.086 0 0.025 0.149 0.566 100.000 97.403 0.096 LGA Q 277 Q 277 0.272 0 0.043 0.934 3.762 100.000 72.525 2.056 LGA D 278 D 278 0.202 0 0.056 0.120 1.545 100.000 82.955 1.545 LGA A 279 A 279 0.100 0 0.068 0.107 0.566 95.455 96.364 - LGA H 280 H 280 0.106 0 0.041 0.250 0.540 100.000 98.182 0.387 LGA A 281 A 281 0.275 0 0.025 0.056 0.466 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.202 0 0.031 0.041 0.397 100.000 100.000 0.311 LGA I 283 I 283 0.370 0 0.037 0.086 0.678 90.909 90.909 0.528 LGA I 284 I 284 0.597 0 0.084 0.073 0.857 81.818 88.636 0.626 LGA D 285 D 285 0.775 0 0.051 1.025 3.574 81.818 68.864 1.298 LGA K 286 K 286 0.503 0 0.184 0.431 1.742 81.818 78.384 1.742 LGA E 287 E 287 0.590 0 0.074 1.059 4.561 90.909 63.030 3.581 LGA Q 288 Q 288 0.409 0 0.088 0.925 2.801 100.000 78.788 1.047 LGA F 289 F 289 0.405 0 0.045 0.123 0.854 100.000 91.736 0.854 LGA Q 290 Q 290 0.645 0 0.063 1.047 4.793 81.818 55.556 4.321 LGA Q 291 Q 291 0.369 0 0.022 1.079 5.051 95.455 65.859 5.051 LGA S 292 S 292 0.228 0 0.092 0.132 0.523 95.455 96.970 0.347 LGA Q 293 Q 293 0.564 0 0.109 0.387 2.004 81.818 75.354 1.402 LGA V 294 V 294 0.657 0 0.046 0.057 0.770 81.818 84.416 0.395 LGA K 295 K 295 0.571 0 0.201 0.457 1.835 78.636 80.404 0.754 LGA I 296 I 296 0.728 0 0.057 0.105 1.202 77.727 80.000 0.599 LGA A 297 A 297 1.129 0 0.108 0.139 1.914 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 1.047 0 0.103 1.058 4.507 59.091 51.818 4.507 LGA K 299 K 299 2.603 0 0.437 1.150 11.025 60.455 27.475 11.025 LGA V 300 V 300 3.470 0 0.142 0.157 7.169 21.364 12.208 7.169 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.920 0.962 2.045 83.475 73.662 52.147 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.000 97.752 13.232 LGA_LOCAL RMSD: 0.920 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.920 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.920 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.654409 * X + -0.686331 * Y + 0.317331 * Z + 141.200500 Y_new = -0.417170 * X + 0.677732 * Y + 0.605515 * Z + 154.417694 Z_new = -0.630649 * X + 0.263873 * Y + -0.729831 * Z + 175.356842 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.574072 0.682389 2.794662 [DEG: -147.4834 39.0980 160.1223 ] ZXZ: 2.658877 2.388871 -1.174516 [DEG: 152.3424 136.8722 -67.2948 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS212_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS212_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.752 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS212_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT new_parent ATOM 1345 N GLY 165 153.006 186.805 153.451 1.00 28.97 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.427 187.593 154.563 1.00 28.97 C ATOM 1347 C GLY 165 150.914 187.411 154.700 1.00 28.97 C ATOM 1348 O GLY 165 150.345 188.241 155.324 1.00 28.97 O ATOM 1349 N LYS 166 150.247 186.498 154.019 1.00 20.63 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.730 186.221 153.998 1.00 20.63 C ATOM 1351 C LYS 166 148.315 185.360 155.217 1.00 20.63 C ATOM 1352 O LYS 166 148.996 184.414 155.551 1.00 20.63 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.492 185.434 152.749 1.00 20.63 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.884 186.044 151.397 1.00 20.63 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.786 184.973 150.319 1.00 20.63 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.125 185.546 148.964 1.00 20.63 C ATOM 1357 NZ LYS 166 149.522 184.554 147.939 1.00 20.63 N ATOM 1358 N TRP 167 147.210 185.725 155.929 1.00 28.17 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.742 185.014 157.109 1.00 28.17 C ATOM 1360 C TRP 167 145.864 183.757 156.865 1.00 28.17 C ATOM 1361 O TRP 167 144.645 183.776 156.984 1.00 28.17 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.143 185.964 158.088 1.00 28.17 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.705 185.451 159.425 1.00 28.17 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.465 185.016 159.795 1.00 28.17 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.532 185.193 160.622 1.00 28.17 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.458 184.617 161.189 1.00 28.17 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.773 184.696 161.680 1.00 28.17 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.903 185.491 160.847 1.00 28.17 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 146.354 184.342 162.912 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ATOM 1387 CA GLY 170 141.603 180.396 161.411 1.00 18.65 C ATOM 1388 C GLY 170 140.711 181.589 161.579 1.00 18.65 C ATOM 1389 O GLY 170 140.536 182.322 160.597 1.00 18.65 O ATOM 1390 N LEU 171 140.239 181.866 162.772 1.00 30.16 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.685 183.206 163.051 1.00 30.16 C ATOM 1392 C LEU 171 140.813 184.280 162.919 1.00 30.16 C ATOM 1393 O LEU 171 141.991 183.947 163.130 1.00 30.16 O ATOM 1394 CB LEU 171 138.970 183.209 164.369 1.00 30.16 C ATOM 1395 CG LEU 171 140.015 183.183 165.545 1.00 30.16 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.297 183.760 166.714 1.00 30.16 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 140.331 181.748 166.126 1.00 30.16 C ATOM 1398 N ALA 172 140.493 185.504 162.548 1.00 34.52 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.455 186.671 162.781 1.00 34.52 C ATOM 1400 C ALA 172 141.618 186.945 164.328 1.00 34.52 C ATOM 1401 O ALA 172 140.631 186.766 165.058 1.00 34.52 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.901 187.915 162.058 1.00 34.52 C ATOM 1403 N PRO 173 142.789 187.426 164.813 1.00 34.12 N ATOM 1404 CA PRO 173 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