####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS212_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS212_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 63 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 63 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 59 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 12 61 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 60 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 52 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 27 97 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 5 18 43 110 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 19 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 72 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 41 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 35 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 56 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 72 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 69 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 8 104 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 32 104 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 104 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 6 106 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 28 101 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 5 13 47 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 12 17 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 41 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 66 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 59 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 69 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 52 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 48 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 11 33 67 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 23 93 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 86.67 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.53 0.66 0.74 0.76 0.85 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.97 0.92 0.91 0.90 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: D 210 D 210 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.432 0 0.103 0.103 0.650 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.656 0 0.067 0.104 0.738 81.818 81.818 0.728 LGA W 167 W 167 0.693 0 0.180 0.222 1.617 74.091 78.571 0.857 LGA I 168 I 168 0.904 0 0.345 0.685 2.603 78.636 67.273 1.274 LGA S 169 S 169 1.481 0 0.681 0.603 4.784 55.909 40.606 4.784 LGA G 170 G 170 0.849 0 0.156 0.156 1.390 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 0.930 0 0.058 0.279 2.805 77.727 65.000 2.805 LGA A 172 A 172 0.527 0 0.095 0.130 0.768 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.456 0 0.044 0.105 1.148 100.000 89.870 1.148 LGA Y 174 Y 174 0.387 0 0.029 0.225 0.703 90.909 87.879 0.598 LGA G 175 G 175 0.362 0 0.050 0.050 0.379 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.366 0 0.025 0.189 0.533 100.000 96.970 0.507 LGA Q 177 Q 177 0.508 0 0.039 0.171 0.877 95.455 91.919 0.877 LGA L 178 L 178 0.387 0 0.056 0.163 0.681 90.909 90.909 0.572 LGA N 179 N 179 1.365 0 0.214 0.682 4.802 59.091 35.909 4.802 LGA K 180 K 180 3.388 0 0.215 1.107 7.528 25.000 11.313 6.343 LGA K 181 K 181 1.063 0 0.381 0.744 4.319 77.727 44.242 3.691 LGA T 182 T 182 0.509 0 0.065 1.152 3.231 86.364 70.649 3.231 LGA S 183 S 183 0.786 0 0.090 0.589 1.225 82.273 76.667 1.183 LGA K 184 K 184 0.839 0 0.077 0.944 3.418 77.727 69.293 3.418 LGA L 185 L 185 0.357 0 0.027 0.140 0.649 100.000 97.727 0.649 LGA D 186 D 186 0.290 0 0.045 0.415 2.250 100.000 80.227 2.250 LGA P 187 P 187 0.397 0 0.047 0.422 1.182 100.000 89.870 1.182 LGA V 188 V 188 0.615 0 0.036 0.083 1.024 77.727 79.481 0.773 LGA E 189 E 189 0.794 0 0.085 0.805 3.118 81.818 69.495 1.452 LGA D 190 D 190 0.631 0 0.051 0.931 3.328 81.818 61.591 3.328 LGA E 191 E 191 0.392 0 0.081 0.180 0.446 100.000 100.000 0.202 LGA A 192 A 192 0.335 0 0.006 0.079 0.534 100.000 96.364 - LGA K 193 K 193 0.498 0 0.032 0.747 2.365 100.000 74.545 1.380 LGA V 194 V 194 0.522 0 0.049 0.078 1.009 90.909 84.675 0.914 LGA V 195 V 195 0.191 0 0.000 0.080 0.266 100.000 100.000 0.065 LGA Q 196 Q 196 0.142 0 0.038 1.571 6.142 100.000 58.788 6.142 LGA L 197 L 197 0.165 0 0.109 1.397 3.654 95.455 69.773 2.956 LGA I 198 I 198 0.128 0 0.107 0.099 0.350 100.000 100.000 0.249 LGA F 199 F 199 0.257 0 0.068 0.084 0.368 100.000 100.000 0.124 LGA N 200 N 200 0.154 0 0.045 0.295 1.016 100.000 95.682 1.016 LGA I 201 I 201 0.168 0 0.147 0.163 1.553 95.455 82.727 1.553 LGA F 202 F 202 0.254 0 0.005 0.242 0.806 100.000 96.694 0.484 LGA L 203 L 203 0.333 0 0.013 1.394 4.108 100.000 70.455 4.108 LGA N 204 N 204 0.241 0 0.037 0.163 0.993 100.000 93.182 0.993 LGA G 205 G 205 0.355 0 0.111 0.111 0.977 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.504 0 0.077 1.351 3.458 82.273 62.955 3.458 LGA N 207 N 207 1.526 0 0.072 1.497 3.953 51.364 45.000 2.961 LGA G 208 G 208 1.686 0 0.345 0.345 3.005 42.727 42.727 - LGA K 209 K 209 1.684 0 0.061 0.971 6.389 58.182 34.747 6.389 LGA D 210 D 210 1.341 0 0.069 0.872 2.285 69.545 64.091 2.285 LGA Y 211 Y 211 1.717 0 0.173 0.518 2.114 54.545 55.909 1.393 LGA S 212 S 212 2.049 0 0.685 0.601 4.147 39.545 29.091 4.147 LGA Y 213 Y 213 2.975 0 0.216 1.581 14.783 38.636 13.030 14.783 LGA A 215 A 215 1.054 0 0.196 0.209 2.014 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.327 0 0.040 0.471 1.231 95.455 88.864 0.630 LGA A 217 A 217 0.205 0 0.032 0.052 0.303 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.493 0 0.070 0.235 1.736 100.000 88.788 1.736 LGA H 219 H 219 0.131 0 0.046 1.154 2.438 100.000 80.545 1.649 LGA L 220 L 220 0.243 0 0.041 0.299 1.483 100.000 91.136 1.483 LGA T 221 T 221 0.403 0 0.000 0.078 0.600 100.000 97.403 0.470 LGA N 222 N 222 0.490 0 0.072 0.121 0.709 90.909 93.182 0.508 LGA L 223 L 223 0.486 0 0.096 1.378 3.906 95.455 72.045 3.906 LGA Q 224 Q 224 0.738 0 0.088 0.489 1.899 70.000 71.515 1.899 LGA I 225 I 225 0.877 0 0.073 0.668 2.488 81.818 76.364 2.488 LGA P 226 P 226 0.993 0 0.096 0.098 1.160 81.818 77.143 1.008 LGA T 227 T 227 0.118 0 0.070 0.220 1.056 100.000 92.468 0.182 LGA P 228 P 228 0.257 0 0.585 0.752 3.281 70.455 72.987 0.502 LGA S 229 S 229 0.534 0 0.080 0.144 1.401 90.909 82.424 1.401 LGA G 230 G 230 0.353 0 0.259 0.259 1.805 83.182 83.182 - LGA K 231 K 231 0.487 0 0.214 0.721 3.048 83.182 65.657 3.048 LGA K 232 K 232 0.414 0 0.407 0.696 3.175 78.636 67.475 3.175 LGA R 233 R 233 0.565 0 0.108 1.232 10.002 90.909 43.140 9.985 LGA W 234 W 234 0.077 0 0.107 0.246 0.996 95.455 93.506 0.858 LGA N 235 N 235 0.474 0 0.081 1.073 2.964 90.909 75.682 1.532 LGA Q 236 Q 236 0.338 0 0.104 1.139 4.596 100.000 69.091 3.944 LGA Y 237 Y 237 0.357 0 0.066 0.321 1.318 100.000 89.697 1.318 LGA T 238 T 238 0.271 0 0.028 0.228 0.682 100.000 97.403 0.682 LGA I 239 I 239 0.263 0 0.029 0.239 1.050 100.000 93.409 1.050 LGA K 240 K 240 0.331 0 0.205 1.035 4.508 91.364 75.960 4.508 LGA A 241 A 241 0.416 0 0.076 0.075 0.567 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.407 0 0.042 0.131 0.758 100.000 90.909 0.619 LGA L 243 L 243 0.365 0 0.427 0.530 2.969 73.182 84.318 0.544 LGA Q 244 Q 244 0.273 0 0.114 1.285 4.671 100.000 63.232 3.660 LGA N 245 N 245 0.650 0 0.092 1.100 3.276 81.818 66.364 2.009 LGA E 246 E 246 0.509 0 0.081 0.359 2.923 90.909 68.283 2.923 LGA V 247 V 247 0.225 0 0.062 1.271 2.612 100.000 79.221 2.550 LGA Y 248 Y 248 0.158 0 0.068 0.154 1.071 100.000 92.576 1.071 LGA I 249 I 249 0.228 0 0.024 0.091 0.328 100.000 100.000 0.302 LGA G 250 G 250 0.300 0 0.082 0.082 0.384 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.183 0 0.058 0.169 0.443 100.000 100.000 0.443 LGA V 252 V 252 0.194 0 0.095 0.126 0.522 95.455 97.403 0.388 LGA K 253 K 253 0.714 0 0.058 0.812 2.805 86.364 70.707 2.805 LGA Y 254 Y 254 0.851 0 0.091 0.483 3.333 81.818 65.000 3.333 LGA K 255 K 255 0.644 0 0.342 0.811 2.298 66.818 64.848 1.436 LGA V 256 V 256 0.848 0 0.083 1.010 3.795 81.818 59.481 2.993 LGA R 257 R 257 0.817 0 0.104 1.307 7.353 70.000 46.446 7.353 LGA E 258 E 258 0.994 0 0.066 0.998 3.777 73.636 55.758 3.777 LGA K 259 K 259 1.737 0 0.025 0.188 6.202 61.818 32.323 6.202 LGA T 260 T 260 1.094 0 0.043 0.065 1.639 61.818 68.052 1.033 LGA K 261 K 261 1.784 0 0.057 0.831 4.417 54.545 37.172 4.309 LGA D 262 D 262 1.590 0 0.148 0.216 1.721 50.909 54.545 1.647 LGA G 263 G 263 1.630 0 0.062 0.062 1.630 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.129 0 0.118 0.298 1.563 65.455 63.838 1.563 LGA R 265 R 265 0.971 0 0.348 1.202 9.418 62.727 32.727 9.418 LGA T 266 T 266 1.029 0 0.068 0.436 1.508 73.636 72.987 1.508 LGA I 267 I 267 0.778 0 0.023 0.539 3.013 77.727 71.818 3.013 LGA R 268 R 268 0.701 0 0.039 1.294 4.885 81.818 52.562 4.427 LGA P 269 P 269 0.555 0 0.052 0.090 0.578 86.364 84.416 0.513 LGA E 270 E 270 0.794 0 0.295 0.414 2.373 66.818 59.596 1.987 LGA K 271 K 271 1.175 0 0.139 1.167 8.493 77.727 42.424 8.493 LGA E 272 E 272 0.647 0 0.031 0.864 2.260 86.364 68.889 2.260 LGA Q 273 Q 273 0.163 0 0.015 0.189 1.572 95.455 82.828 1.572 LGA I 274 I 274 0.187 0 0.035 0.261 0.843 95.455 93.182 0.843 LGA V 275 V 275 0.204 0 0.058 0.153 0.651 100.000 97.403 0.373 LGA V 276 V 276 0.074 0 0.000 0.035 0.434 100.000 100.000 0.369 LGA Q 277 Q 277 0.354 0 0.047 0.804 3.476 100.000 77.980 1.504 LGA D 278 D 278 0.369 0 0.114 0.224 1.971 100.000 85.000 1.971 LGA A 279 A 279 0.384 0 0.036 0.046 0.424 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.209 0 0.049 0.427 1.143 100.000 87.818 1.116 LGA A 281 A 281 0.223 0 0.047 0.095 0.447 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.550 0 0.037 0.084 0.663 86.364 87.013 0.599 LGA I 283 I 283 0.368 0 0.102 0.131 0.781 95.455 97.727 0.230 LGA I 284 I 284 0.418 0 0.036 0.151 0.554 100.000 97.727 0.319 LGA D 285 D 285 0.820 0 0.104 0.959 3.376 81.818 67.727 1.128 LGA K 286 K 286 0.686 0 0.023 0.243 1.627 81.818 76.566 1.627 LGA E 287 E 287 0.842 0 0.050 1.030 4.592 81.818 56.162 3.909 LGA Q 288 Q 288 0.463 0 0.068 0.918 2.856 95.455 76.566 0.834 LGA F 289 F 289 0.215 0 0.063 0.228 0.985 95.455 90.083 0.985 LGA Q 290 Q 290 0.667 0 0.044 1.125 4.524 86.364 57.576 4.139 LGA Q 291 Q 291 0.648 0 0.034 0.971 5.242 90.909 60.000 5.242 LGA S 292 S 292 0.188 0 0.050 0.126 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA Q 293 Q 293 0.595 0 0.036 0.132 0.825 86.364 83.838 0.736 LGA V 294 V 294 0.687 0 0.056 0.091 0.817 81.818 81.818 0.633 LGA K 295 K 295 0.617 0 0.086 0.252 1.388 82.273 88.081 0.458 LGA I 296 I 296 0.589 0 0.046 0.195 0.918 86.364 84.091 0.762 LGA A 297 A 297 1.029 0 0.131 0.172 1.845 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.930 0 0.133 1.101 4.370 63.182 55.909 4.370 LGA K 299 K 299 2.488 0 0.372 1.133 11.092 63.182 28.687 11.092 LGA V 300 V 300 3.515 0 0.117 0.173 7.175 17.727 10.130 7.175 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.903 0.944 2.048 84.636 74.720 51.398 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 95.926 98.051 13.453 LGA_LOCAL RMSD: 0.903 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.904 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.903 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.655302 * X + -0.685098 * Y + 0.318150 * Z + 141.175934 Y_new = -0.415659 * X + 0.678735 * Y + 0.605430 * Z + 154.406937 Z_new = -0.630719 * X + 0.264497 * Y + -0.729544 * Z + 175.334427 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.576332 0.682479 2.793780 [DEG: -147.6130 39.1032 160.0718 ] ZXZ: 2.657758 2.388452 -1.173714 [DEG: 152.2783 136.8482 -67.2488 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS212_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS212_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 98.051 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS212_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT new_parent ATOM 1345 N GLY 165 153.208 186.730 153.723 1.00 34.54 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.604 187.556 154.719 1.00 34.54 C ATOM 1347 C GLY 165 151.056 187.577 154.636 1.00 34.54 C ATOM 1348 O GLY 165 150.343 188.586 154.815 1.00 34.54 O ATOM 1349 N LYS 166 150.463 186.441 154.324 1.00 21.82 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.997 186.198 154.231 1.00 21.82 C ATOM 1351 C LYS 166 148.452 185.404 155.492 1.00 21.82 C ATOM 1352 O LYS 166 149.186 184.494 155.880 1.00 21.82 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.667 185.425 152.887 1.00 21.82 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.084 186.191 151.598 1.00 21.82 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.119 185.281 150.308 1.00 21.82 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.315 186.173 149.085 1.00 21.82 C ATOM 1357 NZ LYS 166 149.530 185.232 148.004 1.00 21.82 N ATOM 1358 N TRP 167 147.270 185.703 156.004 1.00 38.18 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.710 185.013 157.196 1.00 38.18 C ATOM 1360 C TRP 167 145.857 183.789 156.859 1.00 38.18 C ATOM 1361 O TRP 167 144.612 183.815 156.624 1.00 38.18 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.889 186.123 157.987 1.00 38.18 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.342 185.615 159.323 1.00 38.18 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.125 185.167 159.612 1.00 38.18 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.182 185.448 160.526 1.00 38.18 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.163 184.740 160.957 1.00 38.18 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.393 184.871 161.527 1.00 38.18 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.496 185.873 160.936 1.00 38.18 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.872 184.478 162.737 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ATOM 1387 CA GLY 170 141.571 180.251 161.449 1.00 19.09 C ATOM 1388 C GLY 170 140.786 181.560 161.620 1.00 19.09 C ATOM 1389 O GLY 170 140.556 182.268 160.635 1.00 19.09 O ATOM 1390 N LEU 171 140.340 181.908 162.869 1.00 37.27 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.893 183.301 163.157 1.00 37.27 C ATOM 1392 C LEU 171 140.931 184.326 162.747 1.00 37.27 C ATOM 1393 O LEU 171 142.152 183.954 162.709 1.00 37.27 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.485 183.424 164.596 1.00 37.27 C ATOM 1395 CG LEU 171 140.615 183.322 165.672 1.00 37.27 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 140.259 184.170 166.859 1.00 37.27 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 140.845 181.893 166.190 1.00 37.27 C ATOM 1398 N ALA 172 140.517 185.555 162.482 1.00 38.63 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.522 186.631 162.561 1.00 38.63 C ATOM 1400 C ALA 172 141.788 187.014 163.972 1.00 38.63 C ATOM 1401 O ALA 172 140.933 186.718 164.791 1.00 38.63 O ATOM 1402 CB ALA 172 141.168 187.874 161.680 1.00 38.63 C ATOM 1403 N PRO 173 142.948 187.646 164.337 1.00 31.81 N ATOM 1404 CA PRO 173 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ATOM 1905 CG ASN 235 140.294 184.086 180.052 1.00 30.45 C ATOM 1906 OD1 ASN 235 140.693 183.750 181.146 1.00 30.45 O ATOM 1907 ND2 ASN 235 140.855 183.562 179.001 1.00 30.45 N ATOM 1908 N GLN 236 141.403 186.543 182.009 1.00 41.36 N ATOM 1909 CA GLN 236 142.774 187.064 182.278 1.00 41.36 C ATOM 1910 C GLN 236 143.756 186.464 181.264 1.00 41.36 C ATOM 1911 O GLN 236 144.531 187.243 180.664 1.00 41.36 O ATOM 1912 CB GLN 236 143.252 186.867 183.715 1.00 41.36 C ATOM 1913 CG GLN 236 143.237 185.385 184.224 1.00 41.36 C ATOM 1914 CD GLN 236 141.853 185.017 184.781 1.00 41.36 C ATOM 1915 OE1 GLN 236 140.810 185.540 184.439 1.00 41.36 O ATOM 1916 NE2 GLN 236 141.861 183.996 185.657 1.00 41.36 N ATOM 1917 N TYR 237 143.485 185.266 180.841 1.00 50.45 N ATOM 1918 CA TYR 237 144.462 184.620 179.888 1.00 50.45 C ATOM 1919 C TYR 237 144.359 185.252 178.450 1.00 50.45 C ATOM 1920 O TYR 237 145.347 185.423 177.710 1.00 50.45 O ATOM 1921 CB TYR 237 144.330 183.094 179.898 1.00 50.45 C ATOM 1922 CG TYR 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