####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS212_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS212_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 36 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 43 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 48 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 35 111 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 74 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 43 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 27 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 30 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 88 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 19 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 57 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 25 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 25 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 69 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 69 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 69 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 9 98 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 29 106 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 22 106 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 22 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 90 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 17 64 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 39 52 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 43 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 49 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 69 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 69 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 69 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 57 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 43 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 5 95 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 36 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 9 102 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 106 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 85.19 92.59 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.34 0.53 0.64 0.72 0.77 0.86 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.93 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.737 0 0.127 0.127 0.737 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.866 0 0.075 0.121 0.911 81.818 81.818 0.818 LGA W 167 W 167 0.717 0 0.063 0.374 1.255 81.818 83.377 0.454 LGA I 168 I 168 1.211 0 0.286 0.907 3.554 65.909 54.091 2.837 LGA S 169 S 169 1.541 0 0.669 0.573 4.911 52.273 38.182 4.911 LGA G 170 G 170 0.866 0 0.064 0.064 1.081 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.951 0 0.074 1.150 4.166 81.818 68.409 0.739 LGA A 172 A 172 0.755 0 0.062 0.058 1.039 90.909 85.818 - LGA P 173 P 173 0.460 0 0.000 0.144 1.068 100.000 89.870 1.068 LGA Y 174 Y 174 0.463 0 0.000 0.282 1.354 95.455 83.788 1.354 LGA G 175 G 175 0.406 0 0.076 0.076 0.451 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.453 0 0.073 0.143 0.455 100.000 100.000 0.297 LGA Q 177 Q 177 0.414 0 0.097 0.273 0.860 100.000 95.960 0.860 LGA L 178 L 178 0.335 0 0.053 0.165 0.768 90.909 88.636 0.715 LGA N 179 N 179 1.412 0 0.161 0.694 5.092 59.091 33.182 5.092 LGA K 180 K 180 3.573 0 0.158 1.061 8.240 20.455 9.091 7.096 LGA K 181 K 181 0.978 0 0.364 0.724 4.085 90.909 50.707 3.577 LGA T 182 T 182 0.454 0 0.051 1.223 3.287 90.909 75.584 3.287 LGA S 183 S 183 1.018 0 0.081 0.688 2.528 69.545 61.818 2.528 LGA K 184 K 184 0.890 0 0.112 1.002 3.567 77.727 66.667 3.567 LGA L 185 L 185 0.414 0 0.057 0.190 0.830 100.000 97.727 0.274 LGA D 186 D 186 0.303 0 0.056 0.321 2.494 100.000 78.409 2.494 LGA P 187 P 187 0.592 0 0.054 0.375 1.720 95.455 85.195 1.720 LGA V 188 V 188 0.499 0 0.015 0.082 0.652 86.364 84.416 0.612 LGA E 189 E 189 0.620 0 0.029 0.889 2.474 81.818 75.152 1.449 LGA D 190 D 190 0.732 0 0.018 1.024 3.715 86.364 60.909 3.715 LGA E 191 E 191 0.258 0 0.061 0.177 0.870 100.000 93.939 0.870 LGA A 192 A 192 0.165 0 0.055 0.055 0.281 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.375 0 0.017 0.772 1.977 100.000 79.798 1.161 LGA V 194 V 194 0.439 0 0.052 0.122 0.848 100.000 92.208 0.848 LGA V 195 V 195 0.116 0 0.075 0.121 0.520 95.455 97.403 0.211 LGA Q 196 Q 196 0.090 0 0.055 1.571 6.003 100.000 58.788 6.003 LGA L 197 L 197 0.107 0 0.081 0.209 0.832 100.000 93.182 0.832 LGA I 198 I 198 0.283 0 0.097 0.139 0.663 95.455 90.909 0.529 LGA F 199 F 199 0.138 0 0.062 0.111 0.488 100.000 100.000 0.241 LGA N 200 N 200 0.098 0 0.036 0.116 0.518 100.000 97.727 0.518 LGA I 201 I 201 0.197 0 0.058 0.126 0.545 100.000 97.727 0.484 LGA F 202 F 202 0.292 0 0.085 0.131 1.148 95.455 85.289 0.871 LGA L 203 L 203 0.399 0 0.094 0.158 0.970 95.455 90.909 0.753 LGA N 204 N 204 0.128 0 0.076 0.108 0.589 100.000 95.455 0.534 LGA G 205 G 205 0.561 0 0.102 0.102 0.703 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.747 0 0.104 1.250 3.135 73.636 62.727 2.110 LGA N 207 N 207 1.962 0 0.062 1.107 2.471 48.182 54.091 2.166 LGA G 208 G 208 1.653 0 0.222 0.222 2.553 45.000 45.000 - LGA K 209 K 209 1.430 0 0.053 0.793 6.454 69.545 42.626 6.454 LGA D 210 D 210 1.116 0 0.112 0.880 2.661 69.545 59.091 2.661 LGA Y 211 Y 211 1.704 0 0.164 0.546 2.489 54.545 50.000 1.682 LGA S 212 S 212 2.284 0 0.708 0.666 4.552 39.545 28.485 4.552 LGA Y 213 Y 213 2.950 0 0.222 1.510 14.778 38.636 13.030 14.778 LGA A 215 A 215 1.075 0 0.277 0.287 2.268 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.359 0 0.065 0.262 0.642 100.000 97.727 0.354 LGA A 217 A 217 0.418 0 0.048 0.086 0.761 90.909 89.091 - LGA S 218 S 218 0.526 0 0.049 0.099 1.397 86.364 82.121 1.397 LGA H 219 H 219 0.394 0 0.066 1.131 6.225 100.000 55.091 6.225 LGA L 220 L 220 0.324 0 0.041 1.108 3.355 100.000 80.909 3.355 LGA T 221 T 221 0.188 0 0.030 0.058 0.302 100.000 100.000 0.229 LGA N 222 N 222 0.566 0 0.043 1.219 4.123 86.364 60.227 4.123 LGA L 223 L 223 0.652 0 0.081 0.140 1.218 86.364 80.000 1.218 LGA Q 224 Q 224 0.659 0 0.136 0.395 2.679 74.091 65.657 1.917 LGA I 225 I 225 0.765 0 0.104 0.154 0.875 81.818 81.818 0.875 LGA P 226 P 226 0.668 0 0.049 0.087 0.876 81.818 81.818 0.755 LGA T 227 T 227 0.113 0 0.063 0.256 0.893 100.000 97.403 0.205 LGA P 228 P 228 0.573 0 0.614 0.772 3.259 65.909 70.390 0.612 LGA S 229 S 229 0.941 0 0.097 0.119 2.034 86.818 72.727 2.034 LGA G 230 G 230 0.468 0 0.298 0.298 1.937 83.182 83.182 - LGA K 231 K 231 0.761 0 0.151 0.630 3.209 74.545 61.818 3.209 LGA K 232 K 232 0.537 0 0.436 0.603 3.560 66.818 56.970 3.560 LGA R 233 R 233 0.467 0 0.098 1.508 10.725 90.909 45.124 10.725 LGA W 234 W 234 0.259 0 0.072 0.167 0.758 95.455 94.805 0.706 LGA N 235 N 235 0.550 0 0.061 0.963 2.405 86.364 74.773 1.739 LGA Q 236 Q 236 0.371 0 0.087 1.105 4.573 100.000 68.485 4.035 LGA Y 237 Y 237 0.425 0 0.103 0.382 1.737 95.455 81.212 1.737 LGA T 238 T 238 0.413 0 0.048 0.220 0.898 95.455 92.208 0.520 LGA I 239 I 239 0.446 0 0.034 0.123 0.683 95.455 88.636 0.560 LGA K 240 K 240 0.392 0 0.231 1.151 4.378 95.455 76.162 4.378 LGA A 241 A 241 0.424 0 0.046 0.049 0.624 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.443 0 0.081 0.093 0.727 100.000 90.909 0.727 LGA L 243 L 243 0.323 0 0.457 0.556 3.152 70.909 76.364 0.997 LGA Q 244 Q 244 0.122 0 0.126 0.913 3.167 100.000 69.091 2.743 LGA N 245 N 245 0.521 0 0.070 1.009 3.120 86.364 70.227 1.562 LGA E 246 E 246 0.361 0 0.063 1.065 4.204 100.000 60.404 4.204 LGA V 247 V 247 0.239 0 0.037 1.181 2.542 100.000 80.779 2.347 LGA Y 248 Y 248 0.408 0 0.068 0.169 1.212 95.455 85.000 1.212 LGA I 249 I 249 0.474 0 0.101 0.105 0.944 90.909 86.364 0.847 LGA G 250 G 250 0.245 0 0.079 0.079 0.461 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.142 0 0.079 0.100 0.597 100.000 97.403 0.597 LGA V 252 V 252 0.146 0 0.103 0.166 0.629 95.455 97.403 0.198 LGA K 253 K 253 0.745 0 0.068 0.475 2.844 81.818 68.687 2.844 LGA Y 254 Y 254 0.756 0 0.119 0.555 3.592 81.818 65.758 3.592 LGA K 255 K 255 0.768 0 0.248 0.220 1.395 82.273 80.202 1.395 LGA V 256 V 256 0.543 0 0.061 0.167 1.272 86.364 79.740 1.181 LGA R 257 R 257 0.749 0 0.019 0.837 2.772 81.818 72.397 2.772 LGA E 258 E 258 0.684 0 0.123 1.144 5.979 73.636 45.051 5.979 LGA K 259 K 259 1.658 0 0.103 0.446 7.060 61.818 33.939 7.060 LGA T 260 T 260 1.024 0 0.053 0.173 1.552 65.455 61.299 1.539 LGA K 261 K 261 1.365 0 0.077 0.680 2.315 58.182 56.364 2.043 LGA D 262 D 262 1.599 0 0.054 0.417 1.703 54.545 56.364 1.557 LGA G 263 G 263 1.551 0 0.048 0.048 1.789 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.103 0 0.118 0.175 1.158 65.455 70.909 0.988 LGA R 265 R 265 1.026 0 0.429 1.032 8.489 55.909 32.066 8.489 LGA T 266 T 266 0.947 0 0.064 1.124 3.161 81.818 68.312 1.633 LGA I 267 I 267 0.797 0 0.108 1.087 2.538 77.727 63.636 1.840 LGA R 268 R 268 0.282 0 0.047 1.213 2.332 100.000 73.719 2.192 LGA P 269 P 269 0.519 0 0.052 0.091 0.955 95.455 89.610 0.955 LGA E 270 E 270 0.454 0 0.042 0.273 1.800 95.455 78.990 1.800 LGA K 271 K 271 0.498 0 0.042 1.381 5.239 90.909 69.293 5.239 LGA E 272 E 272 0.401 0 0.179 0.916 5.440 91.364 56.768 5.440 LGA Q 273 Q 273 0.359 0 0.050 0.254 1.532 95.455 86.667 1.532 LGA I 274 I 274 0.340 0 0.037 0.176 0.445 100.000 100.000 0.445 LGA V 275 V 275 0.361 0 0.106 0.158 0.917 95.455 97.403 0.318 LGA V 276 V 276 0.388 0 0.057 0.079 0.557 100.000 94.805 0.532 LGA Q 277 Q 277 0.162 0 0.051 1.187 5.033 100.000 69.899 1.749 LGA D 278 D 278 0.195 0 0.117 0.298 1.886 100.000 81.136 1.843 LGA A 279 A 279 0.026 0 0.057 0.059 0.242 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.101 0 0.050 0.218 0.478 100.000 100.000 0.478 LGA A 281 A 281 0.368 0 0.013 0.020 0.434 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.606 0 0.077 0.296 0.988 81.818 81.818 0.988 LGA I 283 I 283 0.430 0 0.084 0.112 0.657 95.455 97.727 0.402 LGA I 284 I 284 0.458 0 0.019 0.083 0.671 90.909 95.455 0.326 LGA D 285 D 285 0.838 0 0.123 1.032 3.327 81.818 69.773 0.966 LGA K 286 K 286 0.723 0 0.028 0.667 1.750 81.818 73.131 1.750 LGA E 287 E 287 0.935 0 0.054 1.130 5.604 81.818 53.333 3.653 LGA Q 288 Q 288 0.364 0 0.071 0.925 3.116 95.455 75.556 0.679 LGA F 289 F 289 0.274 0 0.080 0.394 1.368 95.455 82.479 1.342 LGA Q 290 Q 290 0.805 0 0.013 1.307 4.929 81.818 57.374 4.929 LGA Q 291 Q 291 0.702 0 0.108 0.981 5.270 90.909 58.586 5.270 LGA S 292 S 292 0.228 0 0.064 0.244 0.668 95.455 93.939 0.668 LGA Q 293 Q 293 0.583 0 0.093 0.360 1.065 82.273 86.061 0.851 LGA V 294 V 294 0.844 0 0.048 0.065 1.157 81.818 79.481 0.778 LGA K 295 K 295 0.668 0 0.266 0.405 2.014 70.909 83.030 0.642 LGA I 296 I 296 0.821 0 0.074 0.132 1.347 73.636 75.682 0.574 LGA A 297 A 297 1.348 0 0.117 0.133 1.867 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.928 0 0.045 1.165 4.853 70.000 52.273 4.853 LGA K 299 K 299 2.512 0 0.138 1.256 13.591 45.455 20.404 13.591 LGA V 300 V 300 3.326 0 0.067 0.091 5.934 19.545 11.688 5.934 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.911 0.945 2.047 84.535 74.542 52.773 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.370 97.827 13.355 LGA_LOCAL RMSD: 0.911 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.911 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.911 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.561916 * X + 0.746504 * Y + 0.356344 * Z + 126.360985 Y_new = -0.780002 * X + -0.621598 * Y + 0.072205 * Z + 170.864914 Z_new = 0.275404 * X + -0.237376 * Y + 0.931561 * Z + 169.945236 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.195086 -0.279010 -0.249505 [DEG: -125.7691 -15.9861 -14.2956 ] ZXZ: 1.770718 0.372115 2.282168 [DEG: 101.4546 21.3206 130.7586 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS212_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS212_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.827 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS212_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT new_parent ATOM 1345 N GLY 165 153.039 186.952 153.846 1.00 26.98 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.247 187.626 154.899 1.00 26.98 C ATOM 1347 C GLY 165 150.807 187.530 154.751 1.00 26.98 C ATOM 1348 O GLY 165 150.136 188.551 154.981 1.00 26.98 O ATOM 1349 N LYS 166 150.218 186.446 154.325 1.00 21.82 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.774 186.108 154.218 1.00 21.82 C ATOM 1351 C LYS 166 148.310 185.391 155.479 1.00 21.82 C ATOM 1352 O LYS 166 148.975 184.495 155.986 1.00 21.82 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.443 185.337 152.906 1.00 21.82 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.883 186.072 151.632 1.00 21.82 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.765 185.283 150.361 1.00 21.82 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.195 186.012 149.089 1.00 21.82 C ATOM 1357 NZ LYS 166 149.584 185.080 148.001 1.00 21.82 N ATOM 1358 N TRP 167 147.173 185.740 155.974 1.00 28.57 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.488 185.056 157.068 1.00 28.57 C ATOM 1360 C TRP 167 145.842 183.723 156.598 1.00 28.57 C ATOM 1361 O TRP 167 144.877 183.740 155.770 1.00 28.57 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.477 185.985 157.811 1.00 28.57 C ATOM 1363 CG TRP 167 144.980 185.407 159.100 1.00 28.57 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.733 185.073 159.491 1.00 28.57 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.812 185.167 160.255 1.00 28.57 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.691 184.632 160.805 1.00 28.57 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 144.939 184.790 161.332 1.00 28.57 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.170 185.238 160.550 1.00 28.57 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.484 184.544 162.617 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ATOM 1387 CA GLY 170 141.571 180.316 161.396 1.00 20.24 C ATOM 1388 C GLY 170 140.852 181.631 161.252 1.00 20.24 C ATOM 1389 O GLY 170 140.872 182.367 160.248 1.00 20.24 O ATOM 1390 N LEU 171 140.229 182.002 162.384 1.00 32.93 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.603 183.316 162.658 1.00 32.93 C ATOM 1392 C LEU 171 140.654 184.427 162.664 1.00 32.93 C ATOM 1393 O LEU 171 141.836 184.103 162.859 1.00 32.93 O ATOM 1394 CB LEU 171 138.796 183.263 163.933 1.00 32.93 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.975 182.034 164.368 1.00 32.93 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.769 182.044 165.880 1.00 32.93 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.592 181.969 163.606 1.00 32.93 C ATOM 1398 N ALA 172 140.306 185.684 162.340 1.00 37.69 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.336 186.770 162.537 1.00 37.69 C ATOM 1400 C ALA 172 141.670 187.003 164.016 1.00 37.69 C ATOM 1401 O ALA 172 140.824 186.751 164.895 1.00 37.69 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.708 188.037 161.944 1.00 37.69 C ATOM 1403 N PRO 173 142.844 187.524 164.351 1.00 33.73 N ATOM 1404 CA PRO 173 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VAL 300 158.100 187.409 191.224 1.00 26.58 C ATOM 2441 CG2 VAL 300 158.710 189.550 189.993 1.00 26.58 C TER END