####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS204_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS204_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 71 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 70 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 80 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 61 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 19 110 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 67 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 72 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 80 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 44 110 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 57 115 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 24 110 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 65 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 32 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 22 110 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 72 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 71 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 61 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 28 101 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 52 110 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 32 51 91 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 20 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 82.96 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.48 0.64 0.72 0.76 0.84 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.95 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.668 0 0.090 0.090 0.803 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.708 0 0.052 0.198 2.110 81.818 71.717 2.110 LGA W 167 W 167 0.424 0 0.057 0.138 0.647 100.000 96.104 0.605 LGA I 168 I 168 0.919 0 0.109 1.594 4.517 73.636 55.000 4.517 LGA S 169 S 169 1.346 0 0.094 0.595 3.965 69.545 54.545 3.965 LGA G 170 G 170 0.837 0 0.067 0.067 0.993 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.700 0 0.000 1.365 4.259 90.909 70.909 0.893 LGA A 172 A 172 0.381 0 0.038 0.036 0.518 100.000 96.364 - LGA P 173 P 173 0.270 0 0.000 0.132 0.751 100.000 97.403 0.751 LGA Y 174 Y 174 0.305 0 0.000 0.201 1.014 100.000 88.030 1.014 LGA G 175 G 175 0.223 0 0.003 0.003 0.223 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.160 0 0.059 0.128 0.284 100.000 100.000 0.019 LGA Q 177 Q 177 0.454 0 0.021 0.213 0.958 100.000 91.919 0.568 LGA L 178 L 178 0.377 0 0.095 0.119 0.924 90.909 88.636 0.924 LGA N 179 N 179 1.051 0 0.300 0.682 4.502 70.455 44.773 4.502 LGA K 180 K 180 4.186 0 0.165 0.950 14.093 16.364 7.273 14.093 LGA K 181 K 181 1.298 0 0.152 1.013 7.518 70.000 36.162 7.518 LGA T 182 T 182 0.702 0 0.028 1.108 3.480 77.727 68.052 3.480 LGA S 183 S 183 0.926 0 0.182 0.177 1.252 77.727 76.364 0.920 LGA K 184 K 184 1.115 0 0.024 0.890 3.108 73.636 62.222 3.108 LGA L 185 L 185 0.608 0 0.107 0.115 0.712 86.364 84.091 0.539 LGA D 186 D 186 0.058 0 0.081 0.171 0.464 100.000 100.000 0.249 LGA P 187 P 187 0.375 0 0.085 0.115 1.287 86.818 87.273 0.667 LGA V 188 V 188 0.578 0 0.034 0.049 0.719 81.818 81.818 0.596 LGA E 189 E 189 0.755 0 0.061 0.227 1.631 77.727 74.747 1.631 LGA D 190 D 190 0.755 0 0.031 0.153 1.847 81.818 71.818 1.847 LGA E 191 E 191 0.474 0 0.044 0.197 1.509 95.455 86.465 1.509 LGA A 192 A 192 0.256 0 0.017 0.017 0.316 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.258 0 0.100 0.569 2.418 95.455 85.657 1.900 LGA V 194 V 194 0.239 0 0.050 0.053 0.339 100.000 100.000 0.339 LGA V 195 V 195 0.099 0 0.020 0.046 0.149 100.000 100.000 0.067 LGA Q 196 Q 196 0.148 0 0.111 0.325 1.258 95.455 88.283 1.258 LGA L 197 L 197 0.119 0 0.000 0.009 0.379 100.000 100.000 0.321 LGA I 198 I 198 0.237 0 0.041 0.052 0.315 100.000 100.000 0.284 LGA F 199 F 199 0.249 0 0.048 0.104 0.304 100.000 100.000 0.147 LGA N 200 N 200 0.240 0 0.106 0.949 3.316 95.455 73.636 3.316 LGA I 201 I 201 0.114 0 0.036 0.064 0.202 100.000 100.000 0.130 LGA F 202 F 202 0.225 0 0.019 0.084 0.395 100.000 100.000 0.392 LGA L 203 L 203 0.333 0 0.000 0.067 0.676 100.000 95.455 0.676 LGA N 204 N 204 0.260 0 0.096 0.175 1.010 95.455 86.591 1.010 LGA G 205 G 205 0.339 0 0.056 0.056 0.345 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.536 0 0.043 0.056 1.041 82.273 91.136 0.142 LGA N 207 N 207 1.389 0 0.100 0.247 2.138 55.000 51.364 1.735 LGA G 208 G 208 1.291 0 0.092 0.092 1.919 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.486 0 0.066 0.308 2.134 65.455 55.960 2.134 LGA D 210 D 210 1.400 0 0.000 0.518 1.724 58.182 64.091 1.724 LGA Y 211 Y 211 1.965 0 0.127 0.486 2.183 50.909 48.788 1.529 LGA S 212 S 212 2.665 0 0.687 0.865 7.027 28.636 19.394 7.027 LGA Y 213 Y 213 2.736 0 0.090 1.443 14.734 45.455 15.303 14.734 LGA A 215 A 215 0.970 0 0.161 0.166 1.850 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.387 0 0.069 0.179 0.428 100.000 100.000 0.419 LGA A 217 A 217 0.127 0 0.030 0.044 0.301 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.458 0 0.046 0.075 1.266 100.000 91.212 1.266 LGA H 219 H 219 0.243 0 0.024 0.073 0.469 100.000 100.000 0.361 LGA L 220 L 220 0.269 0 0.072 0.130 0.436 100.000 100.000 0.313 LGA T 221 T 221 0.267 0 0.000 0.000 0.427 100.000 100.000 0.252 LGA N 222 N 222 0.347 0 0.047 0.228 0.940 95.455 95.455 0.940 LGA L 223 L 223 0.617 0 0.040 0.056 0.870 81.818 81.818 0.759 LGA Q 224 Q 224 0.675 0 0.025 0.785 3.974 81.818 60.808 3.974 LGA I 225 I 225 0.655 0 0.041 0.118 0.730 81.818 86.364 0.326 LGA P 226 P 226 0.860 0 0.096 0.103 0.977 81.818 81.818 0.928 LGA T 227 T 227 0.110 0 0.050 0.161 0.561 100.000 97.403 0.209 LGA P 228 P 228 0.468 0 0.077 0.086 0.711 95.455 92.208 0.711 LGA S 229 S 229 0.310 0 0.114 0.142 1.199 95.455 88.182 1.199 LGA G 230 G 230 0.576 0 0.000 0.000 1.007 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 1.054 0 0.061 0.667 3.952 69.545 59.596 3.952 LGA K 232 K 232 1.000 0 0.272 0.831 4.592 69.545 50.707 4.592 LGA R 233 R 233 0.483 0 0.082 1.288 7.315 95.455 51.570 7.315 LGA W 234 W 234 0.237 0 0.062 0.084 0.574 100.000 97.403 0.370 LGA N 235 N 235 0.653 0 0.095 0.965 3.057 86.364 72.045 3.057 LGA Q 236 Q 236 0.484 0 0.064 0.841 3.109 95.455 81.010 0.733 LGA Y 237 Y 237 0.470 0 0.067 0.240 1.475 100.000 85.152 1.475 LGA T 238 T 238 0.488 0 0.000 0.326 1.009 100.000 92.468 1.009 LGA I 239 I 239 0.214 0 0.040 0.083 0.341 100.000 100.000 0.320 LGA K 240 K 240 0.361 0 0.017 0.618 4.001 100.000 75.758 4.001 LGA A 241 A 241 0.446 0 0.023 0.049 0.552 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.307 0 0.037 0.058 0.797 100.000 93.182 0.797 LGA L 243 L 243 0.072 0 0.020 0.092 0.341 100.000 100.000 0.147 LGA Q 244 Q 244 0.210 0 0.016 0.296 1.334 100.000 90.303 1.229 LGA N 245 N 245 0.288 0 0.000 0.046 0.413 100.000 100.000 0.275 LGA E 246 E 246 0.352 0 0.024 0.668 2.124 100.000 85.657 1.558 LGA V 247 V 247 0.174 0 0.011 0.079 0.274 100.000 100.000 0.188 LGA Y 248 Y 248 0.298 0 0.026 0.103 0.987 100.000 92.424 0.987 LGA I 249 I 249 0.281 0 0.114 0.138 0.534 95.455 97.727 0.370 LGA G 250 G 250 0.189 0 0.030 0.030 0.276 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.121 0 0.048 0.062 0.340 100.000 100.000 0.340 LGA V 252 V 252 0.182 0 0.038 0.125 0.621 100.000 97.403 0.621 LGA K 253 K 253 0.468 0 0.060 0.138 0.624 95.455 91.919 0.508 LGA Y 254 Y 254 0.608 0 0.024 0.291 2.454 81.818 70.303 2.454 LGA K 255 K 255 0.778 0 0.059 0.207 0.915 86.364 85.859 0.915 LGA V 256 V 256 0.603 0 0.025 0.044 0.740 81.818 81.818 0.740 LGA R 257 R 257 0.836 0 0.024 1.150 5.628 81.818 54.380 3.490 LGA E 258 E 258 1.003 0 0.084 1.043 4.988 65.909 45.455 4.988 LGA K 259 K 259 1.459 0 0.000 0.209 1.829 65.455 57.374 1.530 LGA T 260 T 260 1.347 0 0.024 0.143 1.634 61.818 61.299 1.376 LGA K 261 K 261 1.783 0 0.055 0.687 5.625 47.727 32.323 5.625 LGA D 262 D 262 1.799 0 0.078 0.224 1.799 50.909 54.545 1.586 LGA G 263 G 263 1.886 0 0.195 0.195 2.469 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.486 0 0.018 0.249 1.761 61.818 62.424 0.919 LGA R 265 R 265 1.268 0 0.106 0.941 2.864 65.455 60.661 2.864 LGA T 266 T 266 1.114 0 0.102 0.184 1.361 65.455 67.792 1.164 LGA I 267 I 267 0.739 0 0.000 0.078 0.858 81.818 81.818 0.841 LGA R 268 R 268 0.520 0 0.028 0.966 2.653 86.364 73.058 2.653 LGA P 269 P 269 0.346 0 0.043 0.063 0.495 100.000 100.000 0.495 LGA E 270 E 270 0.252 0 0.018 1.095 3.703 100.000 67.475 3.703 LGA K 271 K 271 0.276 0 0.099 0.629 3.549 100.000 69.697 3.000 LGA E 272 E 272 0.356 0 0.018 0.138 1.815 100.000 82.828 1.815 LGA Q 273 Q 273 0.349 0 0.019 0.063 0.602 100.000 97.980 0.365 LGA I 274 I 274 0.341 0 0.086 0.101 0.671 95.455 95.455 0.671 LGA V 275 V 275 0.077 0 0.046 0.052 0.469 100.000 100.000 0.238 LGA V 276 V 276 0.261 0 0.023 0.038 0.456 100.000 100.000 0.456 LGA Q 277 Q 277 0.113 0 0.024 0.652 3.174 100.000 77.172 3.174 LGA D 278 D 278 0.116 0 0.017 0.156 0.622 100.000 97.727 0.482 LGA A 279 A 279 0.223 0 0.070 0.076 0.304 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.142 0 0.049 0.231 0.684 100.000 94.545 0.684 LGA A 281 A 281 0.201 0 0.000 0.000 0.285 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.265 0 0.030 0.034 0.590 95.455 97.403 0.470 LGA I 283 I 283 0.359 0 0.041 0.060 0.607 95.455 97.727 0.443 LGA I 284 I 284 0.387 0 0.003 0.063 0.414 100.000 100.000 0.242 LGA D 285 D 285 0.594 0 0.022 0.496 1.438 81.818 79.773 1.438 LGA K 286 K 286 0.593 0 0.018 0.269 1.184 81.818 80.000 1.184 LGA E 287 E 287 0.641 0 0.031 0.229 0.778 81.818 81.818 0.595 LGA Q 288 Q 288 0.514 0 0.000 0.224 1.659 90.909 78.788 1.401 LGA F 289 F 289 0.442 0 0.038 0.090 0.597 95.455 91.736 0.570 LGA Q 290 Q 290 0.613 0 0.022 1.171 3.323 81.818 67.677 3.323 LGA Q 291 Q 291 0.380 0 0.002 0.215 0.944 100.000 91.919 0.944 LGA S 292 S 292 0.258 0 0.046 0.030 0.361 100.000 100.000 0.212 LGA Q 293 Q 293 0.589 0 0.033 0.130 0.751 86.364 83.838 0.655 LGA V 294 V 294 0.701 0 0.056 0.073 0.909 81.818 81.818 0.711 LGA K 295 K 295 0.443 0 0.041 0.175 0.921 90.909 95.960 0.443 LGA I 296 I 296 0.811 0 0.106 0.110 1.364 73.636 80.227 0.426 LGA A 297 A 297 1.305 0 0.000 0.020 1.413 65.455 65.455 - LGA N 298 N 298 1.085 0 0.050 0.574 2.520 53.182 67.727 1.333 LGA K 299 K 299 3.310 0 0.474 0.953 14.340 43.182 19.192 14.340 LGA V 300 V 300 2.067 0 0.213 0.245 4.902 51.818 31.688 4.902 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.915 0.877 1.840 86.401 80.391 64.813 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.000 97.758 13.295 LGA_LOCAL RMSD: 0.915 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.915 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.915 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.312708 * X + -0.816718 * Y + 0.484959 * Z + 156.900635 Y_new = -0.949609 * X + 0.257318 * Y + -0.178971 * Z + 149.824631 Z_new = 0.021380 * X + -0.516487 * Y + -0.856028 * Z + 143.014252 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.888914 -0.021382 -2.598711 [DEG: -108.2268 -1.2251 -148.8952 ] ZXZ: 1.217258 2.598333 3.100221 [DEG: 69.7438 148.8735 177.6296 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS204_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS204_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.758 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS204_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.093 186.964 153.656 1.00 0.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.342 187.652 154.703 1.00 0.00 C ATOM 1347 C GLY 165 150.826 187.535 154.530 1.00 0.00 C ATOM 1348 O GLY 165 150.126 188.497 154.841 1.00 0.00 O ATOM 1349 N LYS 166 150.347 186.493 153.830 1.00 0.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.924 186.130 153.815 1.00 0.00 C ATOM 1351 C LYS 166 148.590 185.344 155.091 1.00 0.00 C ATOM 1352 O LYS 166 149.370 184.499 155.526 1.00 0.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.550 185.321 152.559 1.00 0.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.720 186.080 151.226 1.00 0.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.370 185.164 150.036 1.00 0.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.315 185.886 148.677 1.00 0.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.019 184.931 147.570 1.00 0.00 N ATOM 1358 N TRP 167 147.456 185.663 155.701 1.00 0.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.875 184.953 156.833 1.00 0.00 C ATOM 1360 C TRP 167 146.068 183.743 156.346 1.00 0.00 C ATOM 1361 O TRP 167 145.238 183.885 155.449 1.00 0.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.983 185.932 157.591 1.00 0.00 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.433 185.397 158.869 1.00 0.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.260 184.744 159.041 1.00 0.00 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.099 185.380 160.164 1.00 0.00 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.144 184.353 160.363 1.00 0.00 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.247 184.722 161.097 1.00 0.00 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.353 185.838 160.627 1.00 0.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.611 184.541 162.434 1.00 0.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 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4437 HIS A 545 END