####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS204_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS204_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 54 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 30 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 24 106 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 66 83 116 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 9 106 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 49 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 35 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 32 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 39 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 66 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 30 102 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 33 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 5 102 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 102 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 102 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 27 67 126 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 8 15 45 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 58 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 32 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 29 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 111 124 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 82.22 91.85 95.56 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.53 0.66 0.76 0.86 0.89 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 0.98 0.99 0.99 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.640 0 0.060 0.060 0.711 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.708 0 0.080 0.175 1.526 81.818 74.747 1.526 LGA W 167 W 167 0.559 0 0.039 0.158 0.573 81.818 88.312 0.534 LGA I 168 I 168 0.821 0 0.139 1.619 4.604 77.727 57.045 4.604 LGA S 169 S 169 1.136 0 0.161 0.507 4.331 66.818 50.000 4.331 LGA G 170 G 170 0.672 0 0.153 0.153 0.921 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.708 0 0.063 1.338 3.933 90.909 69.545 1.071 LGA A 172 A 172 0.352 0 0.036 0.035 0.453 100.000 100.000 - LGA P 173 P 173 0.262 0 0.000 0.334 1.177 100.000 95.065 1.177 LGA Y 174 Y 174 0.331 0 0.000 0.179 0.781 100.000 89.394 0.693 LGA G 175 G 175 0.271 0 0.025 0.025 0.271 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.160 0 0.047 0.131 0.337 100.000 100.000 0.066 LGA Q 177 Q 177 0.396 0 0.025 0.184 0.816 100.000 91.919 0.612 LGA L 178 L 178 0.350 0 0.099 0.114 0.948 95.455 90.909 0.948 LGA N 179 N 179 1.162 0 0.308 0.668 4.488 62.273 41.136 4.488 LGA K 180 K 180 4.360 0 0.134 0.948 14.231 14.091 6.263 14.231 LGA K 181 K 181 1.271 0 0.144 1.000 7.373 70.000 36.162 7.373 LGA T 182 T 182 0.937 0 0.035 1.106 3.647 77.727 64.935 3.647 LGA S 183 S 183 0.974 0 0.179 0.169 1.347 77.727 73.636 1.058 LGA K 184 K 184 1.116 0 0.030 0.837 2.897 73.636 63.232 2.897 LGA L 185 L 185 0.615 0 0.110 0.113 0.795 81.818 81.818 0.567 LGA D 186 D 186 0.144 0 0.085 0.167 0.458 100.000 100.000 0.458 LGA P 187 P 187 0.297 0 0.090 0.115 1.223 86.818 87.273 0.618 LGA V 188 V 188 0.501 0 0.041 0.053 0.659 86.364 87.013 0.506 LGA E 189 E 189 0.748 0 0.065 0.207 1.632 77.727 74.747 1.632 LGA D 190 D 190 0.803 0 0.053 0.176 2.092 81.818 66.591 2.092 LGA E 191 E 191 0.488 0 0.043 0.216 1.533 95.455 86.465 1.533 LGA A 192 A 192 0.221 0 0.024 0.017 0.275 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.251 0 0.105 0.558 2.381 95.455 85.657 1.869 LGA V 194 V 194 0.220 0 0.041 0.053 0.345 100.000 100.000 0.345 LGA V 195 V 195 0.097 0 0.026 0.049 0.147 100.000 100.000 0.052 LGA Q 196 Q 196 0.130 0 0.130 0.345 1.211 95.455 88.283 1.187 LGA L 197 L 197 0.127 0 0.000 0.033 0.309 100.000 100.000 0.241 LGA I 198 I 198 0.195 0 0.035 0.049 0.246 100.000 100.000 0.246 LGA F 199 F 199 0.264 0 0.049 0.126 0.399 100.000 100.000 0.178 LGA N 200 N 200 0.286 0 0.088 0.800 2.679 100.000 80.455 2.679 LGA I 201 I 201 0.244 0 0.043 0.045 0.279 100.000 100.000 0.136 LGA F 202 F 202 0.304 0 0.000 0.053 0.377 100.000 100.000 0.355 LGA L 203 L 203 0.444 0 0.052 0.093 0.875 100.000 90.909 0.814 LGA N 204 N 204 0.209 0 0.113 0.209 1.043 95.455 86.818 1.001 LGA G 205 G 205 0.486 0 0.056 0.056 0.536 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.770 0 0.052 0.105 1.359 73.636 82.273 0.245 LGA N 207 N 207 1.863 0 0.122 0.219 2.765 45.455 43.409 2.066 LGA G 208 G 208 1.680 0 0.065 0.065 2.181 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.758 0 0.072 0.306 2.433 50.909 45.253 2.433 LGA D 210 D 210 1.627 0 0.069 0.317 2.273 50.909 49.318 1.852 LGA Y 211 Y 211 1.747 0 0.160 0.374 2.002 50.909 49.848 1.769 LGA S 212 S 212 2.203 0 0.689 0.769 6.006 39.545 28.182 6.006 LGA Y 213 Y 213 2.988 0 0.106 1.647 15.042 38.636 13.030 15.042 LGA A 215 A 215 0.893 0 0.178 0.193 1.971 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.346 0 0.064 0.173 0.569 100.000 95.455 0.569 LGA A 217 A 217 0.127 0 0.025 0.039 0.305 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.520 0 0.044 0.073 1.354 90.909 85.152 1.354 LGA H 219 H 219 0.120 0 0.034 0.067 0.286 100.000 100.000 0.237 LGA L 220 L 220 0.240 0 0.071 0.136 0.453 100.000 100.000 0.357 LGA T 221 T 221 0.363 0 0.012 0.025 0.547 95.455 94.805 0.355 LGA N 222 N 222 0.446 0 0.045 0.272 0.977 90.909 93.182 0.977 LGA L 223 L 223 0.583 0 0.038 0.053 0.825 86.364 84.091 0.666 LGA Q 224 Q 224 0.685 0 0.026 0.807 4.050 81.818 60.202 4.050 LGA I 225 I 225 0.697 0 0.039 0.117 0.750 81.818 86.364 0.367 LGA P 226 P 226 0.819 0 0.082 0.091 0.958 81.818 81.818 0.891 LGA T 227 T 227 0.067 0 0.052 0.142 0.529 100.000 97.403 0.173 LGA P 228 P 228 0.572 0 0.068 0.070 0.739 90.909 89.610 0.739 LGA S 229 S 229 0.444 0 0.098 0.112 1.102 100.000 91.212 1.102 LGA G 230 G 230 0.524 0 0.014 0.014 0.983 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 1.006 0 0.048 0.641 3.640 69.545 61.212 3.640 LGA K 232 K 232 1.016 0 0.291 0.816 4.296 69.545 51.111 4.296 LGA R 233 R 233 0.597 0 0.093 1.304 7.444 90.909 49.091 7.444 LGA W 234 W 234 0.243 0 0.063 0.085 0.553 100.000 97.403 0.330 LGA N 235 N 235 0.528 0 0.091 0.962 2.679 86.364 75.227 2.679 LGA Q 236 Q 236 0.553 0 0.068 0.805 3.197 86.364 74.949 0.676 LGA Y 237 Y 237 0.750 0 0.066 0.180 1.682 86.364 71.212 1.682 LGA T 238 T 238 0.567 0 0.000 0.306 0.879 90.909 87.013 0.879 LGA I 239 I 239 0.178 0 0.024 0.079 0.334 100.000 100.000 0.205 LGA K 240 K 240 0.353 0 0.029 0.643 4.344 100.000 74.545 4.344 LGA A 241 A 241 0.415 0 0.023 0.045 0.514 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.387 0 0.037 0.053 0.844 100.000 90.909 0.844 LGA L 243 L 243 0.194 0 0.019 0.098 0.375 100.000 100.000 0.166 LGA Q 244 Q 244 0.267 0 0.024 0.297 1.497 100.000 88.485 1.402 LGA N 245 N 245 0.322 0 0.000 0.048 0.551 100.000 97.727 0.424 LGA E 246 E 246 0.320 0 0.016 0.738 2.793 100.000 84.242 1.487 LGA V 247 V 247 0.248 0 0.013 0.069 0.252 100.000 100.000 0.167 LGA Y 248 Y 248 0.299 0 0.016 0.104 0.904 100.000 93.939 0.904 LGA I 249 I 249 0.239 0 0.067 0.081 0.450 100.000 100.000 0.242 LGA G 250 G 250 0.159 0 0.027 0.027 0.216 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.109 0 0.054 0.066 0.225 100.000 100.000 0.066 LGA V 252 V 252 0.290 0 0.041 0.118 0.657 100.000 97.403 0.657 LGA K 253 K 253 0.590 0 0.054 0.217 0.892 81.818 81.818 0.874 LGA Y 254 Y 254 0.646 0 0.023 0.403 2.718 81.818 69.394 2.718 LGA K 255 K 255 0.610 0 0.043 0.263 1.763 90.909 82.424 1.763 LGA V 256 V 256 0.659 0 0.029 0.061 1.082 86.364 82.078 1.082 LGA R 257 R 257 1.095 0 0.021 1.088 6.357 73.636 44.628 3.786 LGA E 258 E 258 1.119 0 0.071 1.002 4.317 61.818 45.253 4.317 LGA K 259 K 259 1.843 0 0.000 0.232 2.386 50.909 43.838 2.180 LGA T 260 T 260 1.751 0 0.018 0.093 2.047 47.727 49.091 1.745 LGA K 261 K 261 2.334 0 0.012 0.623 5.657 35.455 24.242 5.657 LGA D 262 D 262 2.550 0 0.070 0.602 4.207 32.727 24.091 4.207 LGA G 263 G 263 2.525 0 0.259 0.259 3.097 27.727 27.727 - LGA K 264 K 264 2.128 0 0.059 0.532 2.342 44.545 45.859 0.695 LGA R 265 R 265 1.925 0 0.112 0.948 2.693 50.909 47.769 2.693 LGA T 266 T 266 1.538 0 0.133 0.226 1.657 58.182 61.299 1.382 LGA I 267 I 267 1.241 0 0.018 0.086 1.735 65.455 61.818 1.735 LGA R 268 R 268 0.554 0 0.026 1.024 2.404 81.818 74.215 2.404 LGA P 269 P 269 1.131 0 0.023 0.048 1.225 73.636 72.468 1.034 LGA E 270 E 270 1.253 0 0.060 0.893 3.135 69.545 54.141 2.344 LGA K 271 K 271 1.407 0 0.116 0.738 6.224 65.455 37.980 6.224 LGA E 272 E 272 0.991 0 0.025 0.162 2.187 77.727 64.646 2.187 LGA Q 273 Q 273 0.142 0 0.098 0.163 1.159 95.455 90.101 0.712 LGA I 274 I 274 0.311 0 0.070 0.092 0.562 100.000 97.727 0.562 LGA V 275 V 275 0.414 0 0.037 0.045 0.575 100.000 92.208 0.549 LGA V 276 V 276 0.277 0 0.000 0.047 0.609 100.000 97.403 0.412 LGA Q 277 Q 277 0.282 0 0.031 0.607 2.486 100.000 80.808 2.063 LGA D 278 D 278 0.211 0 0.013 0.112 0.711 100.000 95.455 0.556 LGA A 279 A 279 0.217 0 0.067 0.074 0.243 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.162 0 0.044 0.214 0.609 100.000 94.545 0.609 LGA A 281 A 281 0.167 0 0.000 0.000 0.251 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.200 0 0.030 0.036 0.500 95.455 97.403 0.325 LGA I 283 I 283 0.317 0 0.043 0.060 0.546 95.455 97.727 0.425 LGA I 284 I 284 0.330 0 0.025 0.063 0.334 100.000 100.000 0.204 LGA D 285 D 285 0.435 0 0.000 0.267 1.062 100.000 91.136 1.062 LGA K 286 K 286 0.421 0 0.000 0.201 1.007 95.455 90.101 1.007 LGA E 287 E 287 0.626 0 0.037 0.226 0.990 81.818 81.818 0.553 LGA Q 288 Q 288 0.540 0 0.016 0.587 1.313 90.909 82.222 0.930 LGA F 289 F 289 0.199 0 0.035 0.106 0.621 100.000 96.694 0.604 LGA Q 290 Q 290 0.322 0 0.032 0.338 1.872 100.000 88.485 0.547 LGA Q 291 Q 291 0.326 0 0.009 0.221 0.976 100.000 93.939 0.976 LGA S 292 S 292 0.334 0 0.033 0.632 2.087 100.000 89.697 2.087 LGA Q 293 Q 293 0.361 0 0.035 0.179 0.804 100.000 93.939 0.804 LGA V 294 V 294 0.379 0 0.070 0.078 0.609 100.000 97.403 0.444 LGA K 295 K 295 0.233 0 0.067 0.180 1.444 100.000 92.121 1.444 LGA I 296 I 296 0.553 0 0.074 0.110 0.841 86.364 86.364 0.646 LGA A 297 A 297 0.445 0 0.000 0.014 0.560 100.000 96.364 - LGA N 298 N 298 0.437 0 0.041 0.417 1.053 90.909 84.318 1.053 LGA K 299 K 299 1.254 0 0.000 0.628 4.876 65.909 45.859 4.876 LGA V 300 V 300 1.653 0 0.000 0.027 2.994 45.455 44.156 2.115 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.968 0.960 1.786 84.983 78.744 62.750 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 94.444 97.534 12.636 LGA_LOCAL RMSD: 0.968 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.968 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.968 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.200040 * X + 0.567756 * Y + 0.798522 * Z + 157.679749 Y_new = -0.186708 * X + -0.777971 * Y + 0.599917 * Z + 151.050308 Z_new = 0.961834 * X + -0.269098 * Y + -0.049621 * Z + 143.672501 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.750940 -1.293626 -1.753145 [DEG: -43.0257 -74.1193 -100.4478 ] ZXZ: 2.215119 1.620438 1.843597 [DEG: 126.9170 92.8442 105.6303 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS204_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS204_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.534 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS204_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.140 186.846 154.047 1.00 0.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.370 187.576 155.049 1.00 0.00 C ATOM 1347 C GLY 165 150.862 187.430 154.837 1.00 0.00 C ATOM 1348 O GLY 165 150.121 188.349 155.182 1.00 0.00 O ATOM 1349 N LYS 166 150.431 186.405 154.084 1.00 0.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.020 186.027 153.994 1.00 0.00 C ATOM 1351 C LYS 166 148.647 185.219 155.234 1.00 0.00 C ATOM 1352 O LYS 166 149.357 184.295 155.628 1.00 0.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.709 185.235 152.714 1.00 0.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.914 186.033 151.414 1.00 0.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.679 185.115 150.202 1.00 0.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.730 185.853 148.859 1.00 0.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.705 184.883 147.732 1.00 0.00 N ATOM 1358 N TRP 167 147.535 185.587 155.848 1.00 0.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.887 184.825 156.897 1.00 0.00 C ATOM 1360 C TRP 167 146.144 183.629 156.292 1.00 0.00 C ATOM 1361 O TRP 167 145.297 183.796 155.417 1.00 0.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.928 185.754 157.628 1.00 0.00 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.368 185.171 158.877 1.00 0.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.240 184.435 159.011 1.00 0.00 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.983 185.214 160.193 1.00 0.00 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.098 184.047 160.331 1.00 0.00 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.142 184.513 161.105 1.00 0.00 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.171 185.793 160.690 1.00 0.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.457 184.416 162.462 1.00 0.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 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4437 HIS A 545 END