####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS198_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS198_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 54 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 34 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 57 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 50 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 50 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 42 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 64 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 42 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 5 59 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 59 110 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 58 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 34 113 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 34 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 49 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 66 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 7 87 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 19 87 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 7 100 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 7 100 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 10 73 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 31 59 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 12 18 50 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 44 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 66 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 66 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 59 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 64 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 54 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 37 96 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 50 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 15 59 81 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 24 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 67 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 49.63 85.93 94.81 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.56 0.69 0.75 0.82 0.86 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 1.07 0.94 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.866 0 0.023 0.023 0.936 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.868 0 0.069 0.122 1.764 81.818 71.313 1.764 LGA W 167 W 167 0.603 0 0.101 0.111 1.183 77.727 82.078 0.795 LGA I 168 I 168 0.880 0 0.090 0.806 3.203 74.545 60.682 3.203 LGA S 169 S 169 0.729 0 0.173 0.709 2.586 77.727 70.000 2.586 LGA G 170 G 170 0.848 0 0.000 0.000 0.848 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.759 0 0.078 1.259 4.593 81.818 64.318 1.314 LGA A 172 A 172 0.901 0 0.034 0.040 1.048 86.364 82.182 - LGA P 173 P 173 0.428 0 0.019 0.084 0.692 95.455 89.610 0.626 LGA Y 174 Y 174 0.438 0 0.037 0.174 0.909 100.000 89.394 0.857 LGA G 175 G 175 0.433 0 0.050 0.050 0.450 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.551 0 0.067 0.156 0.609 86.364 90.909 0.168 LGA Q 177 Q 177 0.862 0 0.050 0.218 1.357 86.364 82.020 0.727 LGA L 178 L 178 0.660 0 0.092 0.117 0.941 86.364 84.091 0.941 LGA N 179 N 179 0.905 0 0.176 0.716 4.632 70.000 43.636 4.632 LGA K 180 K 180 3.463 0 0.261 0.940 12.902 29.545 13.131 12.902 LGA K 181 K 181 1.572 0 0.370 0.980 8.371 78.636 38.182 8.371 LGA T 182 T 182 0.519 0 0.055 1.111 3.300 86.364 70.649 3.300 LGA S 183 S 183 1.102 0 0.140 0.126 1.519 69.545 63.333 1.519 LGA K 184 K 184 0.990 0 0.063 0.895 3.211 73.636 65.657 3.211 LGA L 185 L 185 0.626 0 0.065 0.076 0.678 81.818 88.636 0.391 LGA D 186 D 186 0.281 0 0.064 0.188 0.713 95.455 95.455 0.353 LGA P 187 P 187 0.601 0 0.000 0.029 1.243 82.273 84.675 0.642 LGA V 188 V 188 0.950 0 0.000 0.042 1.074 81.818 77.143 1.036 LGA E 189 E 189 0.998 0 0.000 0.260 1.966 81.818 72.929 1.966 LGA D 190 D 190 0.936 0 0.000 0.029 1.277 81.818 73.636 1.277 LGA E 191 E 191 0.644 0 0.055 0.131 0.783 90.909 85.859 0.707 LGA A 192 A 192 0.443 0 0.000 0.000 0.508 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.511 0 0.030 0.632 2.936 90.909 73.737 2.565 LGA V 194 V 194 0.405 0 0.048 0.054 0.523 100.000 97.403 0.458 LGA V 195 V 195 0.198 0 0.000 0.026 0.258 100.000 100.000 0.239 LGA Q 196 Q 196 0.316 0 0.014 0.217 1.459 100.000 88.485 1.171 LGA L 197 L 197 0.253 0 0.033 0.088 0.438 100.000 100.000 0.404 LGA I 198 I 198 0.159 0 0.105 0.110 0.356 100.000 100.000 0.227 LGA F 199 F 199 0.308 0 0.056 0.086 0.458 100.000 100.000 0.199 LGA N 200 N 200 0.378 0 0.028 0.619 1.510 100.000 89.545 1.510 LGA I 201 I 201 0.189 0 0.047 0.087 0.511 100.000 97.727 0.511 LGA F 202 F 202 0.214 0 0.055 0.092 0.642 100.000 93.388 0.642 LGA L 203 L 203 0.506 0 0.048 0.119 1.082 90.909 84.318 0.889 LGA N 204 N 204 0.278 0 0.063 0.070 1.281 95.455 84.545 1.095 LGA G 205 G 205 0.346 0 0.066 0.066 0.576 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.567 0 0.000 1.144 3.102 86.364 70.682 1.794 LGA N 207 N 207 1.396 0 0.073 0.312 1.798 61.818 56.364 1.701 LGA G 208 G 208 1.649 0 0.041 0.041 2.112 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.464 0 0.056 0.210 2.250 65.455 54.545 2.250 LGA D 210 D 210 1.359 0 0.069 0.859 2.468 69.545 62.273 2.468 LGA Y 211 Y 211 1.800 0 0.183 0.516 2.202 50.909 48.788 1.571 LGA S 212 S 212 2.153 0 0.682 0.735 5.798 36.364 26.061 5.798 LGA Y 213 Y 213 3.137 0 0.210 1.617 14.775 36.364 12.273 14.775 LGA A 215 A 215 1.013 0 0.212 0.227 2.062 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.452 0 0.029 0.198 0.559 95.455 95.455 0.476 LGA A 217 A 217 0.183 0 0.031 0.045 0.355 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.390 0 0.052 0.075 1.102 100.000 91.212 1.102 LGA H 219 H 219 0.226 0 0.023 0.056 0.475 100.000 100.000 0.445 LGA L 220 L 220 0.196 0 0.022 0.104 0.347 100.000 100.000 0.347 LGA T 221 T 221 0.150 0 0.049 0.204 0.748 100.000 97.403 0.748 LGA N 222 N 222 0.298 0 0.036 0.058 0.561 95.455 97.727 0.268 LGA L 223 L 223 0.512 0 0.043 0.074 0.917 95.455 88.636 0.836 LGA Q 224 Q 224 0.572 0 0.069 0.760 3.795 82.273 60.202 3.795 LGA I 225 I 225 0.469 0 0.053 0.094 0.469 100.000 100.000 0.157 LGA P 226 P 226 0.512 0 0.043 0.047 0.693 90.909 87.013 0.674 LGA T 227 T 227 0.204 0 0.035 0.226 0.848 100.000 97.403 0.248 LGA P 228 P 228 0.744 0 0.208 0.232 1.003 81.818 79.481 0.942 LGA S 229 S 229 0.641 0 0.146 0.138 1.053 86.364 82.121 1.053 LGA G 230 G 230 0.493 0 0.000 0.000 0.713 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.633 0 0.161 0.700 2.888 82.273 75.960 2.888 LGA K 232 K 232 0.566 0 0.138 0.885 3.281 81.818 65.051 3.281 LGA R 233 R 233 0.637 0 0.028 0.991 4.566 86.364 56.694 4.566 LGA W 234 W 234 0.255 0 0.083 0.126 0.298 100.000 100.000 0.163 LGA N 235 N 235 0.737 0 0.011 0.808 2.143 81.818 74.318 2.143 LGA Q 236 Q 236 0.719 0 0.035 0.694 3.066 81.818 72.929 0.707 LGA Y 237 Y 237 0.648 0 0.052 0.433 2.293 86.364 71.818 2.293 LGA T 238 T 238 0.428 0 0.007 0.279 0.784 100.000 94.805 0.784 LGA I 239 I 239 0.334 0 0.000 0.078 0.419 100.000 100.000 0.219 LGA K 240 K 240 0.507 0 0.068 0.550 3.892 86.364 67.071 3.892 LGA A 241 A 241 0.623 0 0.071 0.080 0.782 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.357 0 0.048 0.058 0.917 100.000 90.909 0.917 LGA L 243 L 243 0.158 0 0.046 0.137 0.446 100.000 100.000 0.133 LGA Q 244 Q 244 0.224 0 0.098 0.438 1.838 95.455 83.232 1.522 LGA N 245 N 245 0.366 0 0.000 0.255 0.755 100.000 95.455 0.755 LGA E 246 E 246 0.295 0 0.000 0.470 1.334 100.000 90.303 1.334 LGA V 247 V 247 0.052 0 0.008 0.924 2.129 100.000 84.156 2.129 LGA Y 248 Y 248 0.312 0 0.029 0.126 0.908 100.000 93.939 0.908 LGA I 249 I 249 0.372 0 0.000 0.032 0.592 100.000 95.455 0.590 LGA G 250 G 250 0.139 0 0.055 0.055 0.463 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.338 0 0.053 0.101 0.461 100.000 100.000 0.417 LGA V 252 V 252 0.329 0 0.086 0.116 0.829 95.455 97.403 0.480 LGA K 253 K 253 0.406 0 0.080 0.163 0.971 95.455 89.899 0.971 LGA Y 254 Y 254 0.693 0 0.052 0.380 2.616 86.364 70.909 2.616 LGA K 255 K 255 0.921 0 0.037 0.327 1.038 81.818 80.000 1.038 LGA V 256 V 256 0.863 0 0.095 0.107 0.950 81.818 81.818 0.867 LGA R 257 R 257 0.925 0 0.060 1.187 5.822 73.636 51.570 4.110 LGA E 258 E 258 1.184 0 0.092 1.224 5.450 65.909 40.404 5.450 LGA K 259 K 259 1.122 0 0.029 0.099 1.436 65.455 65.455 1.436 LGA T 260 T 260 1.223 0 0.022 0.076 1.340 65.455 65.455 1.283 LGA K 261 K 261 1.529 0 0.082 0.789 6.489 61.818 40.000 6.489 LGA D 262 D 262 1.421 0 0.072 0.785 3.042 65.455 51.364 2.885 LGA G 263 G 263 1.012 0 0.125 0.125 1.260 69.545 69.545 - LGA K 264 K 264 0.751 0 0.054 0.484 1.793 77.727 80.606 1.793 LGA R 265 R 265 0.713 0 0.124 1.006 3.373 81.818 67.438 3.373 LGA T 266 T 266 0.680 0 0.037 0.138 0.898 81.818 81.818 0.673 LGA I 267 I 267 0.574 0 0.068 0.119 0.878 81.818 81.818 0.522 LGA R 268 R 268 0.570 0 0.000 0.949 2.676 81.818 72.893 2.109 LGA P 269 P 269 0.539 0 0.000 0.020 0.633 81.818 81.818 0.633 LGA E 270 E 270 0.570 0 0.039 0.882 3.282 81.818 66.465 2.251 LGA K 271 K 271 0.527 0 0.062 0.651 3.140 81.818 63.434 2.910 LGA E 272 E 272 0.515 0 0.090 0.196 1.508 86.364 76.768 1.171 LGA Q 273 Q 273 0.768 0 0.074 0.150 1.082 77.727 78.182 1.004 LGA I 274 I 274 0.580 0 0.064 0.093 0.887 81.818 81.818 0.887 LGA V 275 V 275 0.277 0 0.031 0.025 0.337 100.000 100.000 0.337 LGA V 276 V 276 0.366 0 0.000 0.047 0.499 100.000 100.000 0.499 LGA Q 277 Q 277 0.296 0 0.062 0.637 3.248 95.455 73.939 2.550 LGA D 278 D 278 0.250 0 0.041 0.124 0.578 100.000 97.727 0.578 LGA A 279 A 279 0.407 0 0.033 0.047 0.433 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.227 0 0.038 0.175 0.503 100.000 98.182 0.326 LGA A 281 A 281 0.293 0 0.000 0.000 0.470 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.317 0 0.000 0.031 0.586 100.000 97.403 0.586 LGA I 283 I 283 0.461 0 0.024 0.055 0.666 90.909 90.909 0.505 LGA I 284 I 284 0.464 0 0.009 0.107 0.559 90.909 95.455 0.327 LGA D 285 D 285 0.950 0 0.083 1.044 3.821 81.818 63.182 1.647 LGA K 286 K 286 0.943 0 0.022 0.276 1.132 81.818 78.182 0.972 LGA E 287 E 287 0.932 0 0.051 0.482 1.700 81.818 74.747 1.700 LGA Q 288 Q 288 0.716 0 0.011 0.428 1.752 81.818 80.404 0.488 LGA F 289 F 289 0.712 0 0.063 0.128 0.887 81.818 81.818 0.843 LGA Q 290 Q 290 0.948 0 0.000 1.129 3.112 81.818 69.293 3.112 LGA Q 291 Q 291 0.735 0 0.000 0.269 1.168 81.818 80.000 1.168 LGA S 292 S 292 0.645 0 0.062 0.702 2.547 81.818 72.727 2.547 LGA Q 293 Q 293 0.895 0 0.038 0.219 1.155 73.636 70.909 1.155 LGA V 294 V 294 1.016 0 0.074 0.099 1.151 69.545 72.468 0.894 LGA K 295 K 295 0.673 0 0.080 0.155 1.102 77.727 82.020 0.579 LGA I 296 I 296 0.950 0 0.032 0.068 1.363 73.636 75.682 0.773 LGA A 297 A 297 1.536 0 0.101 0.128 2.102 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.663 0 0.067 0.750 2.573 70.000 71.364 2.573 LGA K 299 K 299 3.018 0 0.334 1.030 13.764 50.455 22.626 13.764 LGA V 300 V 300 2.512 0 0.087 0.103 4.740 38.636 23.377 4.740 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.906 0.872 1.810 84.768 78.446 62.002 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.741 98.151 13.415 LGA_LOCAL RMSD: 0.906 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.906 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.906 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.880914 * X + -0.382510 * Y + -0.278706 * Z + 158.414017 Y_new = 0.262269 * X + 0.095654 * Y + -0.960242 * Z + 152.877747 Z_new = 0.393962 * X + -0.918986 * Y + 0.016057 * Z + 141.441498 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.852226 -0.404938 -1.553325 [DEG: 163.4205 -23.2013 -88.9990 ] ZXZ: -0.282483 1.554738 2.736599 [DEG: -16.1851 89.0799 156.7956 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS198_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS198_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 98.151 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS198_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT 4kis_C 4kis_A 4bqq_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 152.852 187.027 153.626 1.00 89.56 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.138 187.726 154.701 1.00 89.56 C ATOM 2722 C GLY 165 150.614 187.538 154.693 1.00 89.56 C ATOM 2723 O GLY 165 149.906 188.273 155.377 1.00 89.56 O ATOM 2724 N LYS 166 150.075 186.576 153.932 1.00 90.38 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.632 186.272 153.928 1.00 90.38 C ATOM 2728 C LYS 166 148.239 185.480 155.181 1.00 90.38 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.227 185.530 152.643 1.00 90.38 C ATOM 2732 O LYS 166 148.948 184.563 155.603 1.00 90.38 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.390 186.372 151.364 1.00 90.38 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.207 185.513 150.101 1.00 90.38 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.107 186.382 148.839 1.00 90.38 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.203 185.575 147.596 1.00 90.38 N ATOM 2746 N TRP 167 147.067 185.769 155.742 1.00 92.50 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.515 185.082 156.909 1.00 92.50 C ATOM 2750 C TRP 167 145.644 183.885 156.494 1.00 92.50 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.758 186.078 157.784 1.00 92.50 C ATOM 2754 O TRP 167 144.506 184.025 156.053 1.00 92.50 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.324 185.508 159.099 1.00 92.50 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.131 184.934 159.378 1.00 92.50 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.095 185.454 160.335 1.00 92.50 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.301 184.823 161.336 1.00 92.50 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.385 185.887 160.709 1.00 92.50 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.110 184.540 160.705 1.00 92.50 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 147.048 185.082 162.991 1.00 92.50 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.761 184.632 162.647 1.00 92.50 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.855 185.705 162.023 1.00 92.50 C ATOM 2770 N ILE 168 146.195 182.676 156.620 1.00 85.94 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.621 181.452 156.017 1.00 85.94 C ATOM 2774 C ILE 168 144.805 180.614 157.008 1.00 85.94 C ATOM 2775 CB ILE 168 146.754 180.566 155.449 1.00 85.94 C ATOM 2777 O ILE 168 144.017 179.756 156.610 1.00 85.94 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 147.769 181.375 154.625 1.00 85.94 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.222 179.402 154.582 1.00 85.94 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.002 180.539 154.343 1.00 85.94 C ATOM 2789 N SER 169 145.082 180.740 158.307 1.00 77.25 N ATOM 2791 CA SER 169 144.754 179.692 159.275 1.00 77.25 C ATOM 2793 C SER 169 144.160 180.249 160.557 1.00 77.25 C ATOM 2794 CB SER 169 146.012 178.878 159.577 1.00 77.25 C ATOM 2797 O SER 169 144.865 180.838 161.366 1.00 77.25 O ATOM 2798 OG SER 169 145.736 177.834 160.493 1.00 77.25 O ATOM 2800 N GLY 170 142.895 179.908 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ATOM 2837 CA PRO 173 142.850 188.095 165.619 1.00 93.00 C ATOM 2839 C PRO 173 141.982 189.319 165.930 1.00 93.00 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.352 188.372 165.768 1.00 93.00 C ATOM 2843 O PRO 173 141.729 190.129 165.047 1.00 93.00 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.941 187.450 164.699 1.00 93.00 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.949 187.635 163.559 1.00 93.00 C ATOM 2850 N TYR 174 141.555 189.461 167.185 1.00 95.12 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.774 190.618 167.643 1.00 95.12 C ATOM 2854 C TYR 174 141.478 191.933 167.302 1.00 95.12 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.616 190.513 169.158 1.00 95.12 C ATOM 2858 O TYR 174 142.694 192.002 167.472 1.00 95.12 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.686 191.547 169.752 1.00 95.12 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.189 192.547 170.606 1.00 95.12 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.311 191.506 169.449 1.00 95.12 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.314 193.498 171.161 1.00 95.12 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.432 192.443 170.020 1.00 95.12 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.091 194.354 171.424 1.00 95.12 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.933 193.444 170.876 1.00 95.12 C ATOM 2871 N GLY 175 140.756 192.947 166.838 1.00 94.94 N ATOM 2873 CA GLY 175 141.340 194.160 166.258 1.00 94.94 C ATOM 2876 C GLY 175 141.454 194.115 164.733 1.00 94.94 C ATOM 2877 O GLY 175 141.667 195.156 164.120 1.00 94.94 O ATOM 2878 N TYR 176 141.293 192.944 164.106 1.00 96.50 N ATOM 2880 CA TYR 176 141.480 192.751 162.670 1.00 96.50 C ATOM 2882 C TYR 176 140.347 191.952 162.018 1.00 96.50 C ATOM 2883 CB TYR 176 142.808 192.028 162.404 1.00 96.50 C ATOM 2886 O TYR 176 139.826 190.986 162.573 1.00 96.50 O ATOM 2887 CG TYR 176 144.059 192.818 162.733 1.00 96.50 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 144.526 193.773 161.814 1.00 96.50 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 144.774 192.581 163.924 1.00 96.50 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 145.707 194.488 162.071 1.00 96.50 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 145.971 193.282 164.174 1.00 96.50 C ATOM 2896 OH TYR 176 147.607 194.898 163.470 1.00 96.50 O ATOM 2898 CZ TYR 176 146.443 194.236 163.245 1.00 96.50 C ATOM 2899 N GLN 177 140.063 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