####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS198_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS198_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 41 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 41 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 64 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 63 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 64 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 63 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 44 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 29 102 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 95 120 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 58 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 35 110 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 35 110 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 62 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 62 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 62 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 46 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 62 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 36 105 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 22 84 118 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 63 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 57 105 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 4 25 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 66 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.89 82.22 90.37 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.55 0.68 0.80 0.85 0.93 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 1.12 1.00 0.98 0.98 0.98 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.881 0 0.028 0.028 1.022 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.920 0 0.053 0.178 2.073 81.818 69.899 2.073 LGA W 167 W 167 0.566 0 0.074 0.111 1.058 77.727 85.844 0.546 LGA I 168 I 168 0.699 0 0.071 0.287 1.803 77.727 67.955 1.564 LGA S 169 S 169 0.638 0 0.143 0.716 2.519 81.818 75.758 2.519 LGA G 170 G 170 0.721 0 0.000 0.000 0.721 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.667 0 0.067 1.354 4.678 81.818 64.318 1.168 LGA A 172 A 172 0.690 0 0.056 0.078 0.865 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.398 0 0.000 0.119 1.120 100.000 89.870 1.120 LGA Y 174 Y 174 0.338 0 0.035 0.145 0.898 100.000 89.394 0.898 LGA G 175 G 175 0.321 0 0.058 0.058 0.336 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.473 0 0.062 0.164 0.495 100.000 100.000 0.324 LGA Q 177 Q 177 0.669 0 0.074 0.277 1.916 86.364 78.586 0.784 LGA L 178 L 178 0.485 0 0.092 0.116 0.925 90.909 88.636 0.925 LGA N 179 N 179 0.967 0 0.168 0.722 4.773 74.545 45.909 4.773 LGA K 180 K 180 3.441 0 0.258 0.938 12.983 29.545 13.131 12.983 LGA K 181 K 181 1.642 0 0.363 1.016 8.812 70.000 34.343 8.812 LGA T 182 T 182 0.646 0 0.061 1.109 3.423 86.364 72.987 3.423 LGA S 183 S 183 1.026 0 0.134 0.121 1.426 74.091 71.212 1.405 LGA K 184 K 184 0.992 0 0.072 0.886 3.312 73.636 65.657 3.312 LGA L 185 L 185 0.616 0 0.069 0.077 0.681 81.818 84.091 0.479 LGA D 186 D 186 0.132 0 0.063 0.189 0.839 95.455 95.455 0.401 LGA P 187 P 187 0.460 0 0.000 0.027 1.043 86.818 87.273 0.561 LGA V 188 V 188 0.724 0 0.000 0.058 0.833 81.818 81.818 0.754 LGA E 189 E 189 0.820 0 0.000 0.262 2.066 81.818 71.515 2.066 LGA D 190 D 190 0.834 0 0.000 0.067 1.180 81.818 75.682 1.180 LGA E 191 E 191 0.500 0 0.051 0.130 0.632 95.455 97.980 0.444 LGA A 192 A 192 0.344 0 0.004 0.006 0.381 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.458 0 0.029 0.622 2.971 100.000 77.778 2.650 LGA V 194 V 194 0.394 0 0.041 0.048 0.510 100.000 97.403 0.447 LGA V 195 V 195 0.160 0 0.000 0.029 0.213 100.000 100.000 0.184 LGA Q 196 Q 196 0.259 0 0.027 0.244 1.502 100.000 86.869 1.312 LGA L 197 L 197 0.213 0 0.030 0.101 0.523 100.000 95.455 0.523 LGA I 198 I 198 0.239 0 0.095 0.106 0.332 100.000 100.000 0.332 LGA F 199 F 199 0.321 0 0.047 0.081 0.429 100.000 100.000 0.229 LGA N 200 N 200 0.303 0 0.031 0.610 1.830 100.000 89.318 1.830 LGA I 201 I 201 0.286 0 0.045 0.055 0.520 100.000 97.727 0.520 LGA F 202 F 202 0.281 0 0.050 0.070 0.713 100.000 93.388 0.713 LGA L 203 L 203 0.441 0 0.019 0.079 0.786 95.455 90.909 0.679 LGA N 204 N 204 0.367 0 0.066 0.074 1.283 90.909 82.273 1.018 LGA G 205 G 205 0.496 0 0.084 0.084 0.607 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.538 0 0.034 0.453 1.708 81.818 82.500 0.438 LGA N 207 N 207 1.352 0 0.080 0.395 2.117 61.818 60.227 1.462 LGA G 208 G 208 1.763 0 0.000 0.000 2.162 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.692 0 0.062 0.269 2.856 54.545 45.657 2.856 LGA D 210 D 210 1.610 0 0.063 0.813 1.876 58.182 56.364 1.876 LGA Y 211 Y 211 1.958 0 0.135 0.516 2.221 50.909 48.788 1.587 LGA S 212 S 212 2.495 0 0.683 0.731 6.184 31.364 21.818 6.184 LGA Y 213 Y 213 2.958 0 0.212 1.615 14.584 38.636 13.030 14.584 LGA A 215 A 215 1.201 0 0.211 0.226 2.089 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.506 0 0.029 0.194 0.612 90.909 93.182 0.304 LGA A 217 A 217 0.321 0 0.039 0.052 0.395 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.627 0 0.051 0.070 1.272 90.909 85.152 1.272 LGA H 219 H 219 0.476 0 0.018 0.105 0.700 100.000 89.091 0.700 LGA L 220 L 220 0.300 0 0.015 0.126 0.518 100.000 97.727 0.518 LGA T 221 T 221 0.162 0 0.029 0.038 0.403 100.000 100.000 0.220 LGA N 222 N 222 0.307 0 0.039 0.073 0.639 95.455 95.455 0.241 LGA L 223 L 223 0.553 0 0.042 0.059 0.910 86.364 84.091 0.807 LGA Q 224 Q 224 0.597 0 0.069 0.728 3.845 77.727 58.990 3.407 LGA I 225 I 225 0.471 0 0.055 0.091 0.483 100.000 100.000 0.198 LGA P 226 P 226 0.532 0 0.044 0.050 0.684 90.909 87.013 0.646 LGA T 227 T 227 0.143 0 0.029 0.257 0.892 100.000 97.403 0.233 LGA P 228 P 228 0.508 0 0.252 0.269 0.896 90.909 89.610 0.800 LGA S 229 S 229 0.497 0 0.160 0.147 1.145 90.909 85.152 1.145 LGA G 230 G 230 0.551 0 0.000 0.000 0.826 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.690 0 0.169 0.690 2.766 78.636 74.343 2.766 LGA K 232 K 232 0.425 0 0.156 0.799 2.307 95.455 78.788 2.307 LGA R 233 R 233 0.374 0 0.031 1.209 6.606 100.000 55.537 6.606 LGA W 234 W 234 0.319 0 0.085 0.140 0.431 100.000 100.000 0.166 LGA N 235 N 235 0.832 0 0.024 0.943 2.161 81.818 72.500 2.161 LGA Q 236 Q 236 0.671 0 0.046 0.787 3.310 86.364 75.152 1.235 LGA Y 237 Y 237 0.318 0 0.052 0.405 2.095 95.455 80.152 2.095 LGA T 238 T 238 0.339 0 0.000 0.551 1.740 100.000 90.390 1.740 LGA I 239 I 239 0.254 0 0.005 0.090 0.341 100.000 100.000 0.341 LGA K 240 K 240 0.337 0 0.066 0.523 3.440 100.000 76.566 3.440 LGA A 241 A 241 0.558 0 0.088 0.095 0.842 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.296 0 0.045 0.057 0.925 100.000 90.909 0.925 LGA L 243 L 243 0.064 0 0.016 0.127 0.317 100.000 100.000 0.145 LGA Q 244 Q 244 0.217 0 0.093 0.461 1.856 95.455 83.232 1.616 LGA N 245 N 245 0.261 0 0.000 0.151 0.550 100.000 97.727 0.550 LGA E 246 E 246 0.322 0 0.007 0.409 1.206 100.000 92.121 1.206 LGA V 247 V 247 0.148 0 0.076 0.222 0.555 100.000 97.403 0.392 LGA Y 248 Y 248 0.385 0 0.056 0.117 0.907 100.000 93.939 0.907 LGA I 249 I 249 0.463 0 0.000 0.037 0.605 95.455 88.636 0.605 LGA G 250 G 250 0.199 0 0.040 0.040 0.446 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.361 0 0.053 0.090 0.404 100.000 100.000 0.306 LGA V 252 V 252 0.371 0 0.066 0.113 0.763 95.455 94.805 0.636 LGA K 253 K 253 0.440 0 0.061 0.155 0.930 95.455 89.899 0.923 LGA Y 254 Y 254 0.716 0 0.059 0.374 2.926 86.364 67.576 2.926 LGA K 255 K 255 1.132 0 0.218 0.286 1.948 61.818 71.111 0.913 LGA V 256 V 256 1.051 0 0.103 0.134 1.198 69.545 67.792 1.115 LGA R 257 R 257 1.240 0 0.060 1.249 5.869 65.455 47.769 3.237 LGA E 258 E 258 1.342 0 0.032 1.166 4.980 65.455 41.010 4.980 LGA K 259 K 259 1.603 0 0.018 0.101 1.971 50.909 50.909 1.971 LGA T 260 T 260 1.707 0 0.017 0.071 1.932 50.909 50.909 1.877 LGA K 261 K 261 1.819 0 0.070 0.814 6.463 50.909 33.737 6.463 LGA D 262 D 262 1.965 0 0.082 0.713 3.450 50.909 39.773 3.450 LGA G 263 G 263 1.810 0 0.100 0.100 1.953 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.287 0 0.000 0.493 2.008 65.455 60.808 1.463 LGA R 265 R 265 1.081 0 0.157 0.946 3.254 65.455 60.000 3.254 LGA T 266 T 266 1.214 0 0.055 0.196 1.451 65.455 65.455 1.320 LGA I 267 I 267 0.876 0 0.074 0.114 1.237 77.727 79.773 0.821 LGA R 268 R 268 0.779 0 0.000 0.960 2.945 81.818 64.298 2.174 LGA P 269 P 269 0.671 0 0.000 0.030 0.764 81.818 81.818 0.764 LGA E 270 E 270 0.736 0 0.020 0.934 3.060 81.818 66.465 2.227 LGA K 271 K 271 0.609 0 0.055 0.722 3.547 81.818 61.616 3.385 LGA E 272 E 272 0.685 0 0.098 0.286 2.125 81.818 68.283 1.514 LGA Q 273 Q 273 0.903 0 0.075 0.156 1.275 77.727 78.182 1.275 LGA I 274 I 274 0.702 0 0.076 0.108 1.075 81.818 79.773 1.075 LGA V 275 V 275 0.354 0 0.026 0.024 0.409 100.000 100.000 0.409 LGA V 276 V 276 0.379 0 0.000 0.037 0.491 100.000 100.000 0.491 LGA Q 277 Q 277 0.279 0 0.054 0.659 3.077 100.000 75.960 3.077 LGA D 278 D 278 0.191 0 0.040 0.106 0.659 100.000 97.727 0.659 LGA A 279 A 279 0.349 0 0.031 0.047 0.402 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.129 0 0.038 0.148 0.381 100.000 100.000 0.305 LGA A 281 A 281 0.314 0 0.000 0.000 0.468 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.296 0 0.005 0.029 0.624 100.000 94.805 0.624 LGA I 283 I 283 0.402 0 0.014 0.070 0.578 95.455 95.455 0.428 LGA I 284 I 284 0.431 0 0.007 0.062 0.550 90.909 95.455 0.282 LGA D 285 D 285 0.839 0 0.070 0.328 2.103 81.818 72.273 1.359 LGA K 286 K 286 0.935 0 0.010 0.304 1.187 81.818 80.000 0.734 LGA E 287 E 287 1.009 0 0.035 0.209 1.427 73.636 69.091 1.427 LGA Q 288 Q 288 0.632 0 0.000 0.228 1.510 86.364 80.404 0.915 LGA F 289 F 289 0.643 0 0.045 0.120 0.891 81.818 81.818 0.861 LGA Q 290 Q 290 0.967 0 0.010 1.048 2.850 81.818 72.121 2.850 LGA Q 291 Q 291 0.700 0 0.000 0.244 1.227 81.818 80.000 1.227 LGA S 292 S 292 0.530 0 0.062 0.679 2.423 81.818 77.576 2.423 LGA Q 293 Q 293 0.962 0 0.046 0.168 1.268 73.636 69.091 1.111 LGA V 294 V 294 1.068 0 0.069 0.130 1.213 65.455 67.792 1.050 LGA K 295 K 295 0.813 0 0.135 0.221 1.643 70.000 76.566 0.627 LGA I 296 I 296 1.153 0 0.040 0.064 1.663 65.909 69.773 0.689 LGA A 297 A 297 1.806 0 0.141 0.171 2.422 47.727 48.364 - LGA N 298 N 298 0.722 0 0.083 0.834 2.428 70.000 72.727 2.428 LGA K 299 K 299 3.241 0 0.336 1.073 13.560 40.000 17.980 13.560 LGA V 300 V 300 2.484 0 0.105 0.123 4.573 38.636 24.156 4.508 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.972 0.940 1.841 83.609 77.647 62.567 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 94.630 97.427 12.592 LGA_LOCAL RMSD: 0.972 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.972 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.972 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.632174 * X + 0.222156 * Y + 0.742296 * Z + 158.014404 Y_new = 0.772610 * X + 0.253145 * Y + 0.582229 * Z + 152.752625 Z_new = -0.058563 * X + 0.941576 * Y + -0.331671 * Z + 141.608124 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.256555 0.058596 1.909476 [DEG: 129.2911 3.3573 109.4049 ] ZXZ: 2.235929 1.908871 -0.062116 [DEG: 128.1093 109.3703 -3.5590 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS198_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS198_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.427 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS198_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT 4kis_C 4kis_A 4bqq_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 152.884 186.953 153.633 1.00 89.56 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.124 187.582 154.718 1.00 89.56 C ATOM 2722 C GLY 165 150.599 187.422 154.614 1.00 89.56 C ATOM 2723 O GLY 165 149.874 188.114 155.323 1.00 89.56 O ATOM 2724 N LYS 166 150.085 186.529 153.750 1.00 90.12 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.652 186.176 153.724 1.00 90.12 C ATOM 2728 C LYS 166 148.306 185.361 154.991 1.00 90.12 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.280 185.423 152.420 1.00 90.12 C ATOM 2732 O LYS 166 149.078 184.495 155.410 1.00 90.12 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.463 186.193 151.088 1.00 90.12 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.134 185.319 149.846 1.00 90.12 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.218 186.082 148.504 1.00 90.12 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.001 185.218 147.298 1.00 90.12 N ATOM 2746 N TRP 167 147.139 185.589 155.595 1.00 91.88 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.663 184.886 156.794 1.00 91.88 C ATOM 2750 C TRP 167 145.914 183.596 156.420 1.00 91.88 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.809 185.831 157.643 1.00 91.88 C ATOM 2754 O TRP 167 144.810 183.616 155.879 1.00 91.88 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.331 185.252 158.942 1.00 91.88 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.148 184.625 159.150 1.00 91.88 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.011 185.254 160.235 1.00 91.88 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.170 184.611 161.191 1.00 91.88 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.250 185.747 160.697 1.00 91.88 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.046 184.251 160.478 1.00 91.88 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 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ATOM 2837 CA PRO 173 142.923 188.077 165.661 1.00 93.19 C ATOM 2839 C PRO 173 141.944 189.220 165.962 1.00 93.19 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.374 188.566 165.755 1.00 93.19 C ATOM 2843 O PRO 173 141.634 190.006 165.075 1.00 93.19 O ATOM 2844 CG PRO 173 145.039 188.089 164.463 1.00 93.19 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.893 187.918 163.480 1.00 93.19 C ATOM 2850 N TYR 174 141.530 189.358 167.222 1.00 95.19 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.768 190.527 167.686 1.00 95.19 C ATOM 2854 C TYR 174 141.497 191.828 167.337 1.00 95.19 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.614 190.428 169.203 1.00 95.19 C ATOM 2858 O TYR 174 142.717 191.882 167.499 1.00 95.19 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.701 191.473 169.803 1.00 95.19 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.235 192.511 170.593 1.00 95.19 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.313 191.409 169.571 1.00 95.19 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.381 193.490 171.137 1.00 95.19 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.456 192.361 170.149 1.00 95.19 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.160 194.360 171.426 1.00 95.19 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.988 193.414 170.918 1.00 95.19 C ATOM 2871 N GLY 175 140.786 192.848 166.870 1.00 95.12 N ATOM 2873 CA GLY 175 141.373 194.053 166.278 1.00 95.12 C ATOM 2876 C GLY 175 141.473 194.004 164.752 1.00 95.12 C ATOM 2877 O GLY 175 141.708 195.041 164.141 1.00 95.12 O ATOM 2878 N TYR 176 141.283 192.839 164.119 1.00 96.06 N ATOM 2880 CA TYR 176 141.472 192.645 162.679 1.00 96.06 C ATOM 2882 C TYR 176 140.363 191.810 162.030 1.00 96.06 C ATOM 2883 CB TYR 176 142.814 191.948 162.419 1.00 96.06 C ATOM 2886 O TYR 176 139.867 190.838 162.599 1.00 96.06 O ATOM 2887 CG TYR 176 144.065 192.716 162.794 1.00 96.06 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 144.540 193.728 161.942 1.00 96.06 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 144.788 192.383 163.956 1.00 96.06 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 145.739 194.400 162.239 1.00 96.06 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 146.012 193.023 164.234 1.00 96.06 C ATOM 2896 OH TYR 176 147.696 194.609 163.617 1.00 96.06 O ATOM 2898 CZ TYR 176 146.492 194.030 163.371 1.00 96.06 C ATOM 2899 N GLN 177 140.068 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