####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS198_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS198_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 56 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 56 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 65 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 61 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 58 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 38 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 7 89 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 108 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 61 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 36 111 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 25 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 51 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 61 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 26 98 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 26 94 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 98 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 98 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 8 83 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 6 32 54 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 9 31 99 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 27 112 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 61 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 61 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 57 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 31 98 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 47 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 20 54 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 92 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 67 115 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 49.63 85.19 94.81 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.56 0.71 0.76 0.78 0.86 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 1.09 0.95 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.872 0 0.024 0.024 0.916 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.820 0 0.061 0.172 2.103 81.818 69.899 2.103 LGA W 167 W 167 0.549 0 0.095 0.126 0.947 81.818 87.013 0.655 LGA I 168 I 168 0.503 0 0.120 0.281 1.571 78.636 70.227 1.324 LGA S 169 S 169 0.496 0 0.084 0.697 2.383 90.909 83.636 2.383 LGA G 170 G 170 0.690 0 0.000 0.000 0.690 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.754 0 0.056 1.303 4.711 81.818 64.318 1.333 LGA A 172 A 172 0.885 0 0.041 0.051 1.044 86.364 82.182 - LGA P 173 P 173 0.432 0 0.033 0.104 1.164 95.455 87.273 1.164 LGA Y 174 Y 174 0.310 0 0.054 0.155 0.859 100.000 92.424 0.859 LGA G 175 G 175 0.405 0 0.059 0.059 0.415 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.523 0 0.050 0.132 0.621 90.909 92.424 0.216 LGA Q 177 Q 177 0.876 0 0.047 0.350 1.479 81.818 80.000 0.931 LGA L 178 L 178 0.743 0 0.081 0.103 1.004 81.818 79.773 1.004 LGA N 179 N 179 0.954 0 0.172 0.678 4.558 73.636 45.455 4.558 LGA K 180 K 180 3.405 0 0.287 0.956 12.993 29.545 13.131 12.993 LGA K 181 K 181 1.699 0 0.358 0.978 8.448 74.545 36.364 8.448 LGA T 182 T 182 0.558 0 0.052 1.116 3.249 86.364 70.649 3.249 LGA S 183 S 183 1.082 0 0.147 0.133 1.436 69.545 68.182 1.400 LGA K 184 K 184 0.951 0 0.053 0.871 3.021 73.636 67.475 3.021 LGA L 185 L 185 0.626 0 0.063 0.071 0.716 81.818 90.909 0.352 LGA D 186 D 186 0.308 0 0.064 0.112 0.709 95.455 97.727 0.159 LGA P 187 P 187 0.601 0 0.000 0.053 1.332 82.273 84.675 0.663 LGA V 188 V 188 0.962 0 0.000 0.027 1.111 81.818 74.805 1.111 LGA E 189 E 189 1.017 0 0.027 0.324 1.967 73.636 72.929 1.967 LGA D 190 D 190 0.980 0 0.000 0.022 1.263 81.818 73.636 1.263 LGA E 191 E 191 0.693 0 0.058 0.136 0.986 90.909 85.859 0.986 LGA A 192 A 192 0.385 0 0.000 0.000 0.484 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.502 0 0.029 0.637 3.023 95.455 74.747 2.754 LGA V 194 V 194 0.403 0 0.044 0.058 0.491 100.000 100.000 0.445 LGA V 195 V 195 0.153 0 0.000 0.000 0.253 100.000 100.000 0.134 LGA Q 196 Q 196 0.295 0 0.024 0.237 1.429 100.000 88.485 1.274 LGA L 197 L 197 0.237 0 0.000 0.062 0.391 100.000 100.000 0.364 LGA I 198 I 198 0.202 0 0.097 0.101 0.282 100.000 100.000 0.252 LGA F 199 F 199 0.271 0 0.053 0.056 0.407 100.000 100.000 0.279 LGA N 200 N 200 0.319 0 0.025 0.634 1.377 100.000 91.364 1.377 LGA I 201 I 201 0.214 0 0.044 0.056 0.389 100.000 100.000 0.221 LGA F 202 F 202 0.230 0 0.040 0.085 0.536 100.000 96.694 0.535 LGA L 203 L 203 0.431 0 0.000 0.092 1.012 95.455 88.864 0.812 LGA N 204 N 204 0.215 0 0.052 0.103 1.104 95.455 88.864 0.784 LGA G 205 G 205 0.479 0 0.064 0.064 0.564 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.613 0 0.033 0.594 2.210 81.818 76.591 0.509 LGA N 207 N 207 1.336 0 0.086 0.295 1.729 65.455 63.636 1.491 LGA G 208 G 208 1.629 0 0.000 0.000 1.935 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.505 0 0.052 0.182 2.228 61.818 52.929 2.228 LGA D 210 D 210 1.415 0 0.068 0.761 1.764 65.455 61.818 1.650 LGA Y 211 Y 211 1.804 0 0.145 0.491 2.150 54.545 50.000 1.597 LGA S 212 S 212 2.294 0 0.687 0.739 5.923 34.545 24.848 5.923 LGA Y 213 Y 213 2.945 0 0.186 1.624 14.728 38.636 13.030 14.728 LGA A 215 A 215 1.027 0 0.221 0.236 2.041 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.428 0 0.033 0.199 0.532 100.000 97.727 0.454 LGA A 217 A 217 0.228 0 0.044 0.057 0.361 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.459 0 0.062 0.135 1.331 100.000 91.212 1.331 LGA H 219 H 219 0.301 0 0.010 0.059 0.581 100.000 98.182 0.581 LGA L 220 L 220 0.194 0 0.023 0.106 0.374 100.000 100.000 0.374 LGA T 221 T 221 0.150 0 0.023 0.031 0.388 100.000 100.000 0.196 LGA N 222 N 222 0.252 0 0.039 0.035 0.533 95.455 97.727 0.124 LGA L 223 L 223 0.513 0 0.039 0.064 0.901 95.455 88.636 0.848 LGA Q 224 Q 224 0.535 0 0.035 0.811 4.175 86.364 61.414 4.175 LGA I 225 I 225 0.510 0 0.056 0.100 0.532 90.909 95.455 0.250 LGA P 226 P 226 0.630 0 0.054 0.062 0.817 90.909 87.013 0.810 LGA T 227 T 227 0.231 0 0.031 0.199 0.671 100.000 97.403 0.343 LGA P 228 P 228 0.683 0 0.141 0.161 0.852 90.909 89.610 0.791 LGA S 229 S 229 0.508 0 0.114 0.117 0.879 86.364 84.848 0.879 LGA G 230 G 230 0.540 0 0.000 0.000 0.801 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.661 0 0.134 0.688 2.916 82.273 75.960 2.916 LGA K 232 K 232 0.561 0 0.139 0.883 3.460 81.818 63.838 3.460 LGA R 233 R 233 0.500 0 0.026 1.312 7.544 95.455 50.744 7.544 LGA W 234 W 234 0.224 0 0.067 0.102 0.325 100.000 100.000 0.152 LGA N 235 N 235 0.678 0 0.003 0.859 2.420 81.818 76.364 2.420 LGA Q 236 Q 236 0.630 0 0.044 0.884 3.482 86.364 74.949 0.689 LGA Y 237 Y 237 0.597 0 0.042 0.387 2.218 86.364 71.818 2.218 LGA T 238 T 238 0.395 0 0.024 0.226 0.660 100.000 94.805 0.660 LGA I 239 I 239 0.308 0 0.017 0.084 0.396 100.000 100.000 0.165 LGA K 240 K 240 0.483 0 0.066 0.608 4.302 95.455 70.505 4.302 LGA A 241 A 241 0.528 0 0.067 0.072 0.668 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.313 0 0.051 0.048 0.922 100.000 90.909 0.922 LGA L 243 L 243 0.261 0 0.000 0.145 0.435 100.000 100.000 0.274 LGA Q 244 Q 244 0.325 0 0.057 0.328 1.344 90.909 86.263 1.341 LGA N 245 N 245 0.518 0 0.000 0.102 0.781 90.909 86.364 0.781 LGA E 246 E 246 0.401 0 0.013 0.627 1.825 100.000 88.687 1.492 LGA V 247 V 247 0.183 0 0.037 0.124 0.274 100.000 100.000 0.259 LGA Y 248 Y 248 0.325 0 0.000 0.120 1.085 100.000 92.576 1.085 LGA I 249 I 249 0.392 0 0.025 0.045 0.691 100.000 90.909 0.691 LGA G 250 G 250 0.226 0 0.014 0.014 0.352 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.423 0 0.051 0.083 0.552 95.455 94.805 0.473 LGA V 252 V 252 0.399 0 0.075 0.108 0.785 95.455 94.805 0.503 LGA K 253 K 253 0.417 0 0.070 0.203 0.761 95.455 93.939 0.369 LGA Y 254 Y 254 0.682 0 0.063 0.329 3.022 81.818 65.000 3.022 LGA K 255 K 255 0.664 0 0.131 0.558 3.730 77.727 55.354 3.321 LGA V 256 V 256 0.704 0 0.084 0.106 0.704 81.818 81.818 0.697 LGA R 257 R 257 0.545 0 0.071 1.146 5.451 81.818 59.339 4.223 LGA E 258 E 258 0.727 0 0.078 0.961 4.827 73.636 51.919 4.827 LGA K 259 K 259 0.852 0 0.024 0.146 1.075 81.818 80.000 1.075 LGA T 260 T 260 1.113 0 0.010 0.075 1.428 65.455 65.455 1.310 LGA K 261 K 261 1.130 0 0.048 0.793 5.354 65.455 47.677 5.354 LGA D 262 D 262 1.462 0 0.050 0.843 3.402 61.818 46.591 3.402 LGA G 263 G 263 1.059 0 0.106 0.106 1.158 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.161 0 0.048 0.528 2.349 65.455 64.242 2.349 LGA R 265 R 265 0.798 0 0.112 1.008 3.269 77.727 60.000 3.269 LGA T 266 T 266 1.034 0 0.042 0.151 1.268 69.545 70.130 0.943 LGA I 267 I 267 0.837 0 0.044 0.106 1.291 77.727 77.727 1.291 LGA R 268 R 268 0.844 0 0.000 1.068 2.513 81.818 64.628 2.513 LGA P 269 P 269 1.165 0 0.000 0.033 1.379 69.545 67.792 1.379 LGA E 270 E 270 0.940 0 0.032 1.015 4.454 77.727 58.384 3.067 LGA K 271 K 271 0.988 0 0.077 0.733 4.877 77.727 50.707 4.877 LGA E 272 E 272 0.899 0 0.129 0.137 1.922 81.818 67.879 1.922 LGA Q 273 Q 273 0.849 0 0.024 0.071 0.907 81.818 81.818 0.858 LGA I 274 I 274 0.645 0 0.060 0.105 0.991 81.818 81.818 0.991 LGA V 275 V 275 0.282 0 0.023 0.024 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA V 276 V 276 0.392 0 0.000 0.044 0.516 100.000 97.403 0.516 LGA Q 277 Q 277 0.313 0 0.059 0.737 3.863 100.000 73.131 3.863 LGA D 278 D 278 0.255 0 0.061 0.122 0.669 100.000 97.727 0.669 LGA A 279 A 279 0.389 0 0.036 0.051 0.460 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.202 0 0.039 0.169 0.436 100.000 100.000 0.275 LGA A 281 A 281 0.287 0 0.000 0.000 0.438 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.313 0 0.000 0.024 0.636 95.455 92.208 0.636 LGA I 283 I 283 0.413 0 0.035 0.065 0.673 95.455 93.182 0.556 LGA I 284 I 284 0.442 0 0.000 0.100 0.536 90.909 95.455 0.274 LGA D 285 D 285 0.915 0 0.088 1.011 3.707 81.818 63.182 1.584 LGA K 286 K 286 0.915 0 0.034 0.285 1.169 81.818 74.545 1.058 LGA E 287 E 287 0.963 0 0.048 0.362 1.207 81.818 78.182 1.207 LGA Q 288 Q 288 0.696 0 0.000 0.259 1.385 81.818 80.000 0.923 LGA F 289 F 289 0.650 0 0.035 0.143 1.003 81.818 80.331 0.970 LGA Q 290 Q 290 0.951 0 0.000 1.135 3.037 81.818 67.475 3.037 LGA Q 291 Q 291 0.746 0 0.000 0.200 1.091 81.818 80.000 1.091 LGA S 292 S 292 0.580 0 0.058 0.689 2.578 81.818 72.727 2.578 LGA Q 293 Q 293 0.869 0 0.040 0.213 1.281 73.636 72.727 1.281 LGA V 294 V 294 1.029 0 0.029 0.063 1.140 69.545 72.468 0.947 LGA K 295 K 295 0.662 0 0.054 0.158 1.031 77.727 82.020 0.599 LGA I 296 I 296 0.975 0 0.031 0.070 1.397 73.636 75.682 0.668 LGA A 297 A 297 1.542 0 0.118 0.143 2.262 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.961 0 0.039 0.381 1.971 62.273 70.455 1.856 LGA K 299 K 299 3.121 0 0.364 0.912 13.783 47.273 21.212 13.783 LGA V 300 V 300 2.352 0 0.101 0.130 4.644 44.545 28.052 4.644 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.907 0.870 1.843 84.727 78.341 62.032 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.556 98.044 13.406 LGA_LOCAL RMSD: 0.907 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.907 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.907 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.796236 * X + 0.460300 * Y + 0.392596 * Z + 155.879318 Y_new = 0.568716 * X + -0.790806 * Y + -0.226248 * Z + 152.374924 Z_new = 0.206325 * X + 0.403422 * Y + -0.891448 * Z + 141.427963 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.620229 -0.207818 2.716623 [DEG: 35.5365 -11.9071 155.6510 ] ZXZ: 1.047994 2.671328 0.472755 [DEG: 60.0457 153.0558 27.0869 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS198_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS198_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 98.044 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS198_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT 4kis_C 4kis_A 4bqq_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 152.851 187.120 153.630 1.00 87.06 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.140 187.810 154.706 1.00 87.06 C ATOM 2722 C GLY 165 150.618 187.626 154.674 1.00 87.06 C ATOM 2723 O GLY 165 149.902 188.349 155.358 1.00 87.06 O ATOM 2724 N LYS 166 150.093 186.673 153.888 1.00 88.19 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.655 186.362 153.873 1.00 88.19 C ATOM 2728 C LYS 166 148.269 185.566 155.126 1.00 88.19 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.245 185.631 152.580 1.00 88.19 C ATOM 2732 O LYS 166 148.992 184.670 155.568 1.00 88.19 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.456 186.446 151.290 1.00 88.19 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.124 185.624 150.026 1.00 88.19 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.182 186.503 148.765 1.00 88.19 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.862 185.771 147.506 1.00 88.19 N ATOM 2746 N TRP 167 147.083 185.830 155.663 1.00 89.88 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.520 185.104 156.795 1.00 89.88 C ATOM 2750 C TRP 167 145.782 183.845 156.325 1.00 89.88 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.625 186.034 157.600 1.00 89.88 C ATOM 2754 O TRP 167 144.673 183.889 155.797 1.00 89.88 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.166 185.444 158.893 1.00 89.88 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.999 184.797 159.121 1.00 89.88 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.883 185.444 160.160 1.00 89.88 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.079 184.781 161.132 1.00 89.88 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.127 185.958 160.581 1.00 89.88 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.943 184.409 160.448 1.00 89.88 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 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ATOM 2837 CA PRO 173 142.853 188.088 165.602 1.00 92.81 C ATOM 2839 C PRO 173 141.866 189.216 165.920 1.00 92.81 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.295 188.585 165.713 1.00 92.81 C ATOM 2843 O PRO 173 141.481 189.965 165.028 1.00 92.81 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.978 188.113 164.432 1.00 92.81 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.855 187.901 163.431 1.00 92.81 C ATOM 2850 N TYR 174 141.502 189.356 167.194 1.00 94.56 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.711 190.496 167.664 1.00 94.56 C ATOM 2854 C TYR 174 141.382 191.818 167.274 1.00 94.56 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.590 190.392 169.183 1.00 94.56 C ATOM 2858 O TYR 174 142.605 191.901 167.335 1.00 94.56 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.675 191.430 169.791 1.00 94.56 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.216 192.504 170.524 1.00 94.56 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.285 191.341 169.591 1.00 94.56 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.364 193.486 171.061 1.00 94.56 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.428 192.299 170.160 1.00 94.56 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.136 194.322 171.397 1.00 94.56 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.966 193.378 170.887 1.00 94.56 C ATOM 2871 N GLY 175 140.619 192.827 166.859 1.00 94.44 N ATOM 2873 CA GLY 175 141.174 194.066 166.304 1.00 94.44 C ATOM 2876 C GLY 175 141.359 194.042 164.788 1.00 94.44 C ATOM 2877 O GLY 175 141.587 195.092 164.195 1.00 94.44 O ATOM 2878 N TYR 176 141.250 192.875 164.146 1.00 95.50 N ATOM 2880 CA TYR 176 141.466 192.712 162.714 1.00 95.50 C ATOM 2882 C TYR 176 140.324 191.953 162.036 1.00 95.50 C ATOM 2883 CB TYR 176 142.794 191.985 162.463 1.00 95.50 C ATOM 2886 O TYR 176 139.729 191.030 162.587 1.00 95.50 O ATOM 2887 CG TYR 176 144.041 192.786 162.780 1.00 95.50 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 144.491 193.748 161.859 1.00 95.50 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 144.769 192.554 163.963 1.00 95.50 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 145.662 194.480 162.112 1.00 95.50 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 145.965 193.261 164.202 1.00 95.50 C ATOM 2896 OH TYR 176 147.568 194.908 163.498 1.00 95.50 O ATOM 2898 CZ TYR 176 146.411 194.231 163.280 1.00 95.50 C ATOM 2899 N GLN 177 140.106 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