####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS198_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS198_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 51 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 37 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 59 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 14 91 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 11 46 127 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 62 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 46 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 4 69 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 61 109 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 61 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 30 109 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 29 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 48 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 62 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 67 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 11 98 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 16 89 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 101 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 101 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 11 86 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 34 63 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 9 25 63 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 43 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 67 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 60 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 55 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 33 96 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 55 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 35 122 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 72 113 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 53.33 83.70 93.33 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.54 0.72 0.80 0.86 0.90 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.15 1.01 0.95 0.95 0.95 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.991 0 0.036 0.036 1.030 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.933 0 0.057 0.174 2.277 81.818 66.465 2.277 LGA W 167 W 167 0.564 0 0.055 0.168 1.186 77.727 77.273 1.011 LGA I 168 I 168 1.269 0 0.043 0.403 2.236 59.091 55.227 1.999 LGA S 169 S 169 2.410 0 0.597 0.575 5.052 48.182 33.939 5.052 LGA G 170 G 170 1.100 0 0.190 0.190 1.100 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.918 0 0.023 1.290 4.930 73.636 58.409 1.527 LGA A 172 A 172 0.959 0 0.044 0.057 1.098 86.364 82.182 - LGA P 173 P 173 0.474 0 0.022 0.094 1.104 95.455 84.935 1.104 LGA Y 174 Y 174 0.402 0 0.030 0.177 0.883 100.000 89.394 0.863 LGA G 175 G 175 0.444 0 0.058 0.058 0.479 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.577 0 0.052 0.126 0.683 86.364 92.424 0.182 LGA Q 177 Q 177 0.960 0 0.050 0.298 1.393 81.818 80.000 0.941 LGA L 178 L 178 0.828 0 0.072 0.101 1.078 77.727 77.727 1.078 LGA N 179 N 179 0.950 0 0.165 0.682 4.539 73.636 44.091 4.539 LGA K 180 K 180 3.312 0 0.282 0.952 12.881 29.545 13.131 12.881 LGA K 181 K 181 1.685 0 0.362 0.977 8.524 74.545 36.364 8.524 LGA T 182 T 182 0.468 0 0.043 1.104 3.170 90.909 75.584 3.170 LGA S 183 S 183 1.227 0 0.138 0.124 1.616 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100.000 100.000 0.125 LGA N 200 N 200 0.316 0 0.024 0.593 1.322 100.000 91.364 1.322 LGA I 201 I 201 0.168 0 0.041 0.047 0.364 100.000 100.000 0.130 LGA F 202 F 202 0.209 0 0.044 0.091 0.541 100.000 96.694 0.525 LGA L 203 L 203 0.477 0 0.006 0.089 1.044 95.455 86.591 0.864 LGA N 204 N 204 0.230 0 0.047 0.076 1.050 95.455 88.864 0.887 LGA G 205 G 205 0.330 0 0.061 0.061 0.525 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.507 0 0.019 0.553 2.152 86.364 80.909 0.448 LGA N 207 N 207 1.186 0 0.080 0.251 1.383 69.545 67.500 1.374 LGA G 208 G 208 1.450 0 0.000 0.000 1.776 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.287 0 0.051 0.188 1.926 65.455 58.990 1.926 LGA D 210 D 210 1.240 0 0.066 0.799 2.077 69.545 62.273 2.077 LGA Y 211 Y 211 1.651 0 0.145 0.533 2.113 58.182 54.848 1.489 LGA S 212 S 212 2.122 0 0.688 0.736 5.740 39.545 28.182 5.740 LGA Y 213 Y 213 3.097 0 0.192 1.623 14.842 36.364 12.273 14.842 LGA A 215 A 215 0.931 0 0.208 0.221 2.036 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.439 0 0.031 0.196 0.582 100.000 93.182 0.582 LGA A 217 A 217 0.241 0 0.036 0.048 0.392 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.359 0 0.052 0.081 1.098 100.000 91.212 1.098 LGA H 219 H 219 0.124 0 0.022 0.042 0.416 100.000 100.000 0.416 LGA L 220 L 220 0.134 0 0.000 0.093 0.287 100.000 100.000 0.287 LGA T 221 T 221 0.225 0 0.018 0.029 0.443 100.000 100.000 0.284 LGA N 222 N 222 0.325 0 0.038 0.039 0.572 95.455 97.727 0.271 LGA L 223 L 223 0.477 0 0.041 0.072 0.903 100.000 90.909 0.799 LGA Q 224 Q 224 0.491 0 0.038 0.807 4.155 90.909 65.455 4.155 LGA I 225 I 225 0.471 0 0.062 0.098 0.479 100.000 100.000 0.176 LGA P 226 P 226 0.566 0 0.047 0.054 0.778 90.909 87.013 0.778 LGA T 227 T 227 0.247 0 0.025 0.194 0.722 100.000 97.403 0.368 LGA P 228 P 228 0.838 0 0.140 0.165 1.025 81.818 79.481 0.914 LGA S 229 S 229 0.733 0 0.107 0.114 1.013 90.909 85.152 1.013 LGA G 230 G 230 0.449 0 0.000 0.000 0.689 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.659 0 0.136 0.689 2.910 82.273 75.960 2.910 LGA K 232 K 232 0.673 0 0.139 0.882 3.882 81.818 61.818 3.882 LGA R 233 R 233 0.615 0 0.027 1.331 7.726 86.364 46.942 7.726 LGA W 234 W 234 0.280 0 0.066 0.112 0.344 100.000 100.000 0.273 LGA N 235 N 235 0.659 0 0.016 0.896 2.160 81.818 74.318 2.160 LGA Q 236 Q 236 0.693 0 0.039 0.737 3.268 81.818 72.929 0.770 LGA Y 237 Y 237 0.764 0 0.043 0.380 2.534 86.364 65.606 2.534 LGA T 238 T 238 0.522 0 0.032 0.254 0.772 86.364 87.013 0.584 LGA I 239 I 239 0.450 0 0.023 0.081 0.539 95.455 97.727 0.165 LGA K 240 K 240 0.599 0 0.068 0.604 4.165 81.818 62.424 4.165 LGA A 241 A 241 0.631 0 0.058 0.063 0.732 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.391 0 0.051 0.054 0.841 95.455 88.636 0.841 LGA L 243 L 243 0.335 0 0.014 0.144 0.413 100.000 100.000 0.304 LGA Q 244 Q 244 0.375 0 0.068 0.349 1.538 90.909 84.646 1.337 LGA N 245 N 245 0.495 0 0.000 0.115 0.728 100.000 90.909 0.728 LGA E 246 E 246 0.380 0 0.018 0.601 1.641 100.000 87.071 1.619 LGA V 247 V 247 0.053 0 0.031 0.134 0.326 100.000 100.000 0.326 LGA Y 248 Y 248 0.317 0 0.007 0.137 0.956 100.000 93.939 0.956 LGA I 249 I 249 0.345 0 0.039 0.054 0.638 100.000 95.455 0.638 LGA G 250 G 250 0.181 0 0.037 0.037 0.337 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.350 0 0.048 0.081 0.509 100.000 97.403 0.462 LGA V 252 V 252 0.335 0 0.088 0.117 0.844 95.455 97.403 0.455 LGA K 253 K 253 0.369 0 0.065 0.143 0.764 95.455 89.899 0.764 LGA Y 254 Y 254 0.553 0 0.057 0.315 2.429 95.455 76.212 2.429 LGA K 255 K 255 0.659 0 0.124 0.336 2.806 77.727 62.222 2.129 LGA V 256 V 256 0.532 0 0.115 0.127 0.662 90.909 89.610 0.464 LGA R 257 R 257 0.527 0 0.044 1.161 5.198 81.818 59.339 4.214 LGA E 258 E 258 0.756 0 0.071 0.939 4.722 70.000 50.909 4.722 LGA K 259 K 259 0.995 0 0.013 0.266 1.789 73.636 67.475 1.789 LGA T 260 T 260 1.372 0 0.016 0.123 1.554 65.455 61.299 1.517 LGA K 261 K 261 1.813 0 0.054 0.797 6.521 50.909 33.737 6.521 LGA D 262 D 262 2.019 0 0.074 0.855 3.245 44.545 36.364 3.245 LGA G 263 G 263 1.281 0 0.126 0.126 1.403 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.079 0 0.059 0.509 2.637 61.818 65.051 2.637 LGA R 265 R 265 0.664 0 0.101 0.984 3.155 81.818 63.967 3.155 LGA T 266 T 266 0.776 0 0.051 0.156 1.109 81.818 79.481 0.680 LGA I 267 I 267 0.512 0 0.058 0.108 1.051 86.364 82.045 1.051 LGA R 268 R 268 0.592 0 0.000 1.009 2.987 81.818 72.562 2.987 LGA P 269 P 269 0.925 0 0.000 0.023 1.065 81.818 77.143 1.023 LGA E 270 E 270 1.022 0 0.034 0.864 3.655 65.455 52.121 2.699 LGA K 271 K 271 1.177 0 0.068 0.694 5.187 65.455 43.636 5.187 LGA E 272 E 272 0.931 0 0.107 0.129 1.259 77.727 78.182 1.259 LGA Q 273 Q 273 0.879 0 0.040 0.114 1.037 77.727 80.000 0.945 LGA I 274 I 274 0.706 0 0.052 0.088 0.910 81.818 81.818 0.910 LGA V 275 V 275 0.388 0 0.020 0.014 0.448 100.000 100.000 0.422 LGA V 276 V 276 0.499 0 0.019 0.058 0.600 100.000 92.208 0.600 LGA Q 277 Q 277 0.454 0 0.059 0.725 3.958 95.455 69.899 3.958 LGA D 278 D 278 0.350 0 0.063 0.148 0.831 100.000 97.727 0.831 LGA A 279 A 279 0.405 0 0.025 0.044 0.452 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.257 0 0.036 0.167 0.435 100.000 100.000 0.344 LGA A 281 A 281 0.385 0 0.000 0.000 0.557 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.352 0 0.000 0.023 0.613 95.455 94.805 0.613 LGA I 283 I 283 0.491 0 0.020 0.055 0.744 90.909 88.636 0.583 LGA I 284 I 284 0.492 0 0.000 0.099 0.546 95.455 97.727 0.339 LGA D 285 D 285 0.855 0 0.078 1.021 3.731 81.818 63.182 1.546 LGA K 286 K 286 0.816 0 0.040 0.275 1.182 81.818 80.000 1.182 LGA E 287 E 287 0.879 0 0.043 0.363 1.220 81.818 78.182 1.220 LGA Q 288 Q 288 0.651 0 0.000 0.348 1.741 81.818 78.384 0.777 LGA F 289 F 289 0.566 0 0.038 0.134 0.868 81.818 81.818 0.838 LGA Q 290 Q 290 0.833 0 0.020 0.275 1.677 81.818 78.384 0.520 LGA Q 291 Q 291 0.747 0 0.000 0.208 1.115 81.818 80.000 1.115 LGA S 292 S 292 0.546 0 0.056 0.682 2.510 81.818 75.758 2.510 LGA Q 293 Q 293 0.814 0 0.040 0.196 1.105 77.727 78.182 1.105 LGA V 294 V 294 1.064 0 0.031 0.060 1.200 69.545 67.792 1.106 LGA K 295 K 295 0.694 0 0.053 0.150 1.018 77.727 80.000 0.662 LGA I 296 I 296 0.959 0 0.020 0.065 1.395 73.636 75.682 0.587 LGA A 297 A 297 1.564 0 0.111 0.135 2.276 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.922 0 0.031 0.301 2.255 65.909 66.591 2.255 LGA K 299 K 299 2.972 0 0.361 0.924 13.805 52.727 23.636 13.805 LGA V 300 V 300 2.148 0 0.095 0.104 4.385 44.545 28.571 4.385 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.944 0.904 1.864 83.616 77.359 61.696 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 95.185 97.866 12.925 LGA_LOCAL RMSD: 0.944 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.944 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.944 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.313055 * X + -0.923256 * Y + 0.222699 * Z + 153.836319 Y_new = -0.683768 * X + 0.381840 * Y + 0.621820 * Z + 152.615356 Z_new = -0.659134 * X + 0.042389 * Y + -0.750830 * Z + 142.800476 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.000149 0.719667 3.085196 [DEG: -114.6001 41.2339 176.7687 ] ZXZ: 2.797683 2.420114 -1.506575 [DEG: 160.2954 138.6623 -86.3204 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS198_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS198_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.866 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS198_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT 4kis_C 4kis_A 4bqq_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 152.731 187.066 153.483 1.00 88.50 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.062 187.815 154.548 1.00 88.50 C ATOM 2722 C GLY 165 150.538 187.644 154.580 1.00 88.50 C ATOM 2723 O GLY 165 149.856 188.385 155.281 1.00 88.50 O ATOM 2724 N LYS 166 149.971 186.682 153.837 1.00 89.06 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.531 186.383 153.891 1.00 89.06 C ATOM 2728 C LYS 166 148.196 185.658 155.198 1.00 89.06 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.068 185.574 152.664 1.00 89.06 C ATOM 2732 O LYS 166 148.937 184.782 155.656 1.00 89.06 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.312 186.275 151.312 1.00 89.06 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.866 185.429 150.100 1.00 89.06 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.148 186.189 148.794 1.00 89.06 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.699 185.485 147.560 1.00 89.06 N ATOM 2746 N TRP 167 147.035 185.954 155.775 1.00 91.38 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.569 185.314 157.001 1.00 91.38 C ATOM 2750 C TRP 167 145.852 183.992 156.714 1.00 91.38 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.685 186.262 157.797 1.00 91.38 C ATOM 2754 O TRP 167 144.795 183.945 156.090 1.00 91.38 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.279 185.707 159.127 1.00 91.38 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.090 185.141 159.441 1.00 91.38 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.077 185.666 160.343 1.00 91.38 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.299 185.065 161.374 1.00 91.38 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.377 186.099 160.679 1.00 91.38 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.097 184.767 160.773 1.00 91.38 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 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ATOM 2837 CA PRO 173 142.841 188.132 165.593 1.00 93.06 C ATOM 2839 C PRO 173 141.895 189.291 165.918 1.00 93.06 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.300 188.581 165.708 1.00 93.06 C ATOM 2843 O PRO 173 141.539 190.062 165.035 1.00 93.06 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.971 188.040 164.450 1.00 93.06 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.849 187.928 163.433 1.00 93.06 C ATOM 2850 N TYR 174 141.544 189.445 167.193 1.00 94.88 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.759 190.590 167.662 1.00 94.88 C ATOM 2854 C TYR 174 141.442 191.914 167.310 1.00 94.88 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.621 190.480 169.178 1.00 94.88 C ATOM 2858 O TYR 174 142.659 192.003 167.477 1.00 94.88 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.690 191.513 169.769 1.00 94.88 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.197 192.534 170.593 1.00 94.88 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.315 191.464 169.468 1.00 94.88 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.323 193.495 171.131 1.00 94.88 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.436 192.411 170.021 1.00 94.88 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.101 194.349 171.393 1.00 94.88 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.941 193.431 170.856 1.00 94.88 C ATOM 2871 N GLY 175 140.697 192.915 166.843 1.00 95.44 N ATOM 2873 CA GLY 175 141.261 194.155 166.301 1.00 95.44 C ATOM 2876 C GLY 175 141.428 194.142 164.782 1.00 95.44 C ATOM 2877 O GLY 175 141.652 195.192 164.188 1.00 95.44 O ATOM 2878 N TYR 176 141.310 192.976 164.143 1.00 95.88 N ATOM 2880 CA TYR 176 141.513 192.807 162.710 1.00 95.88 C ATOM 2882 C TYR 176 140.361 192.053 162.047 1.00 95.88 C ATOM 2883 CB TYR 176 142.834 192.069 162.448 1.00 95.88 C ATOM 2886 O TYR 176 139.776 191.126 162.603 1.00 95.88 O ATOM 2887 CG TYR 176 144.089 192.861 162.752 1.00 95.88 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 144.521 193.837 161.836 1.00 95.88 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 144.840 192.609 163.915 1.00 95.88 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 145.700 194.562 162.073 1.00 95.88 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 146.040 193.316 164.142 1.00 95.88 C ATOM 2896 OH TYR 176 147.631 194.972 163.431 1.00 95.88 O ATOM 2898 CZ TYR 176 146.470 194.299 163.223 1.00 95.88 C ATOM 2899 N GLN 177 140.122 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