####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS196_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS196_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.94 1.03 LCS_AVERAGE: 98.42 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 61 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 51 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 61 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 12 94 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 3 12 47 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 48 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 44 77 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 63 109 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 64 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 26 107 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 26 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 46 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 61 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 66 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 133 135 135 15 77 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 133 135 135 17 68 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 133 135 135 23 85 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 133 135 135 3 85 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 133 135 135 8 78 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 133 135 135 3 23 41 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 133 135 135 3 11 29 116 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 133 135 135 49 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 68 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 49 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 51 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 56 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 43 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 18 55 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 5 86 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 129 135 135 4 4 38 53 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 0 23 81 120 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.47 ( 98.42 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 82.96 90.37 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.53 0.71 0.81 0.89 0.97 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 GDT RMS_ALL_AT 1.15 1.09 1.05 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.772 0 0.000 0.000 0.852 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.850 0 0.044 0.100 1.912 81.818 71.313 1.912 LGA W 167 W 167 0.638 0 0.057 0.164 1.061 77.727 83.377 0.619 LGA I 168 I 168 1.302 0 0.057 0.779 2.904 59.091 50.455 2.904 LGA S 169 S 169 2.343 0 0.611 0.845 5.419 48.182 33.939 5.419 LGA G 170 G 170 0.936 0 0.166 0.166 0.998 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.752 0 0.000 0.858 3.892 81.818 59.545 3.273 LGA A 172 A 172 0.826 0 0.037 0.045 0.949 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.439 0 0.013 0.088 0.731 95.455 89.610 0.648 LGA Y 174 Y 174 0.453 0 0.015 0.168 0.824 100.000 89.394 0.822 LGA G 175 G 175 0.488 0 0.058 0.058 0.488 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.474 0 0.050 0.116 0.527 95.455 96.970 0.304 LGA Q 177 Q 177 0.762 0 0.032 0.378 1.446 86.364 82.020 0.971 LGA L 178 L 178 0.629 0 0.084 0.113 0.811 86.364 84.091 0.807 LGA N 179 N 179 0.850 0 0.185 0.655 4.363 73.636 46.818 4.363 LGA K 180 K 180 3.526 0 0.297 0.965 13.246 26.364 11.717 13.246 LGA K 181 K 181 1.540 0 0.348 0.970 8.172 78.636 38.182 8.172 LGA T 182 T 182 0.440 0 0.058 1.098 3.172 86.364 70.649 3.172 LGA S 183 S 183 1.186 0 0.146 0.130 1.572 69.545 63.333 1.547 LGA K 184 K 184 1.024 0 0.049 0.898 3.087 69.545 63.838 3.087 LGA L 185 L 185 0.663 0 0.074 0.081 0.780 81.818 90.909 0.340 LGA D 186 D 186 0.354 0 0.058 0.090 0.746 90.909 95.455 0.107 LGA P 187 P 187 0.622 0 0.000 0.371 1.507 74.545 80.260 0.814 LGA V 188 V 188 1.011 0 0.014 0.044 1.156 73.636 70.130 1.156 LGA E 189 E 189 1.084 0 0.027 0.936 3.359 65.455 54.747 2.963 LGA D 190 D 190 1.044 0 0.023 0.041 1.432 73.636 69.545 1.432 LGA E 191 E 191 0.746 0 0.051 0.142 1.199 90.909 84.040 1.199 LGA A 192 A 192 0.370 0 0.000 0.000 0.492 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.507 0 0.044 0.689 3.390 95.455 73.737 3.232 LGA V 194 V 194 0.402 0 0.038 0.046 0.505 100.000 97.403 0.427 LGA V 195 V 195 0.147 0 0.000 0.000 0.237 100.000 100.000 0.136 LGA Q 196 Q 196 0.298 0 0.027 0.252 1.426 100.000 88.485 1.376 LGA L 197 L 197 0.301 0 0.025 0.044 0.459 100.000 100.000 0.437 LGA I 198 I 198 0.188 0 0.092 0.098 0.319 100.000 100.000 0.216 LGA F 199 F 199 0.301 0 0.051 0.073 0.393 100.000 100.000 0.171 LGA N 200 N 200 0.344 0 0.029 0.410 0.934 100.000 95.455 0.934 LGA I 201 I 201 0.185 0 0.043 0.062 0.364 100.000 100.000 0.204 LGA F 202 F 202 0.170 0 0.000 0.080 0.374 100.000 100.000 0.337 LGA L 203 L 203 0.409 0 0.000 0.104 1.036 100.000 88.864 0.898 LGA N 204 N 204 0.230 0 0.047 0.056 0.925 100.000 90.909 0.812 LGA G 205 G 205 0.224 0 0.057 0.057 0.491 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.661 0 0.025 1.330 2.830 82.273 67.727 2.455 LGA N 207 N 207 1.553 0 0.071 0.214 1.860 54.545 52.727 1.860 LGA G 208 G 208 1.744 0 0.000 0.000 2.079 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.701 0 0.056 0.177 2.558 54.545 44.444 2.528 LGA D 210 D 210 1.557 0 0.059 0.432 1.752 58.182 68.409 0.414 LGA Y 211 Y 211 1.796 0 0.106 0.436 1.917 54.545 53.333 1.502 LGA S 212 S 212 2.468 0 0.693 0.755 6.234 34.545 23.939 6.234 LGA Y 213 Y 213 2.765 0 0.170 1.643 14.720 45.455 15.303 14.720 LGA A 215 A 215 0.880 0 0.223 0.236 1.834 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.342 0 0.037 0.193 0.467 100.000 100.000 0.452 LGA A 217 A 217 0.170 0 0.033 0.046 0.295 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.370 0 0.057 0.124 1.210 100.000 91.212 1.210 LGA H 219 H 219 0.232 0 0.021 1.151 2.234 100.000 80.727 1.292 LGA L 220 L 220 0.197 0 0.020 0.096 0.506 100.000 97.727 0.506 LGA T 221 T 221 0.252 0 0.026 0.030 0.515 95.455 97.403 0.297 LGA N 222 N 222 0.423 0 0.034 0.048 0.700 90.909 95.455 0.323 LGA L 223 L 223 0.587 0 0.038 0.082 1.050 86.364 82.045 0.896 LGA Q 224 Q 224 0.604 0 0.028 0.835 4.085 86.364 62.222 4.085 LGA I 225 I 225 0.526 0 0.042 0.115 0.526 90.909 95.455 0.145 LGA P 226 P 226 0.374 0 0.063 0.072 0.491 100.000 100.000 0.358 LGA T 227 T 227 0.438 0 0.024 0.234 1.006 100.000 92.468 0.204 LGA P 228 P 228 0.667 0 0.128 0.132 0.941 81.818 81.818 0.835 LGA S 229 S 229 0.693 0 0.129 0.628 3.415 86.364 71.515 3.415 LGA G 230 G 230 0.293 0 0.038 0.038 0.792 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.861 0 0.141 0.700 3.544 77.727 66.667 3.544 LGA K 232 K 232 0.753 0 0.212 0.869 4.321 81.818 60.202 4.321 LGA R 233 R 233 0.596 0 0.036 1.387 8.408 81.818 43.636 8.408 LGA W 234 W 234 0.378 0 0.054 0.096 0.828 100.000 94.805 0.637 LGA N 235 N 235 0.761 0 0.021 0.955 2.456 81.818 74.318 2.456 LGA Q 236 Q 236 0.654 0 0.041 1.015 3.271 86.364 74.949 1.272 LGA Y 237 Y 237 0.511 0 0.040 0.374 2.141 90.909 74.545 2.141 LGA T 238 T 238 0.322 0 0.019 0.242 0.815 100.000 94.805 0.815 LGA I 239 I 239 0.240 0 0.007 0.076 0.315 100.000 100.000 0.261 LGA K 240 K 240 0.435 0 0.058 0.614 4.181 95.455 71.717 4.181 LGA A 241 A 241 0.476 0 0.060 0.065 0.642 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.320 0 0.034 0.040 0.871 95.455 88.636 0.871 LGA L 243 L 243 0.331 0 0.028 0.138 0.554 95.455 97.727 0.280 LGA Q 244 Q 244 0.362 0 0.036 0.352 1.647 95.455 84.848 1.388 LGA N 245 N 245 0.437 0 0.000 0.100 0.557 100.000 97.727 0.557 LGA E 246 E 246 0.331 0 0.000 0.684 1.992 100.000 87.071 1.681 LGA V 247 V 247 0.142 0 0.014 0.920 2.099 100.000 82.338 2.099 LGA Y 248 Y 248 0.359 0 0.000 0.131 0.998 100.000 92.424 0.998 LGA I 249 I 249 0.310 0 0.079 0.095 0.593 100.000 95.455 0.559 LGA G 250 G 250 0.250 0 0.041 0.041 0.339 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.395 0 0.048 0.059 0.572 100.000 94.805 0.524 LGA V 252 V 252 0.406 0 0.055 0.114 0.798 95.455 89.610 0.780 LGA K 253 K 253 0.444 0 0.036 0.225 0.834 95.455 93.939 0.483 LGA Y 254 Y 254 0.677 0 0.040 0.327 2.820 86.364 67.273 2.820 LGA K 255 K 255 0.829 0 0.123 0.260 1.488 77.727 76.364 0.780 LGA V 256 V 256 0.917 0 0.119 0.139 1.138 81.818 74.805 1.055 LGA R 257 R 257 1.119 0 0.074 1.159 5.997 65.455 47.603 3.797 LGA E 258 E 258 1.079 0 0.035 0.941 4.675 65.455 46.465 4.675 LGA K 259 K 259 1.542 0 0.023 0.092 2.589 58.182 47.273 2.589 LGA T 260 T 260 1.552 0 0.015 0.067 1.933 54.545 57.143 1.535 LGA K 261 K 261 2.350 0 0.044 0.908 8.582 38.182 22.020 8.582 LGA D 262 D 262 2.015 0 0.048 0.907 3.531 44.545 35.682 3.409 LGA G 263 G 263 1.786 0 0.081 0.081 1.786 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.165 0 0.000 0.454 1.300 65.455 70.909 1.259 LGA R 265 R 265 1.060 0 0.098 1.013 4.104 73.636 57.851 4.104 LGA T 266 T 266 0.925 0 0.045 0.181 1.133 73.636 77.143 0.989 LGA I 267 I 267 0.731 0 0.046 0.090 0.938 81.818 81.818 0.670 LGA R 268 R 268 0.614 0 0.000 0.972 2.593 81.818 68.430 2.422 LGA P 269 P 269 0.600 0 0.000 0.014 0.700 81.818 81.818 0.700 LGA E 270 E 270 0.690 0 0.000 0.816 2.792 81.818 67.475 2.149 LGA K 271 K 271 0.790 0 0.032 0.758 3.378 81.818 62.424 3.378 LGA E 272 E 272 0.576 0 0.077 0.243 1.461 81.818 80.000 0.644 LGA Q 273 Q 273 0.807 0 0.023 0.053 1.173 81.818 76.364 1.173 LGA I 274 I 274 0.820 0 0.071 0.109 1.144 81.818 79.773 1.144 LGA V 275 V 275 0.403 0 0.040 0.054 0.514 100.000 97.403 0.455 LGA V 276 V 276 0.519 0 0.000 0.047 0.592 90.909 87.013 0.592 LGA Q 277 Q 277 0.374 0 0.051 0.656 3.270 100.000 73.939 3.270 LGA D 278 D 278 0.189 0 0.047 0.172 0.747 100.000 97.727 0.747 LGA A 279 A 279 0.382 0 0.025 0.045 0.469 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.284 0 0.038 0.167 0.423 100.000 100.000 0.307 LGA A 281 A 281 0.328 0 0.000 0.000 0.436 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.321 0 0.008 0.021 0.702 95.455 94.805 0.540 LGA I 283 I 283 0.446 0 0.031 0.075 0.710 90.909 88.636 0.665 LGA I 284 I 284 0.479 0 0.007 0.089 0.534 95.455 97.727 0.411 LGA D 285 D 285 0.955 0 0.096 0.843 3.125 77.727 60.455 2.092 LGA K 286 K 286 0.964 0 0.043 0.270 1.133 77.727 74.545 1.060 LGA E 287 E 287 0.968 0 0.040 0.429 1.274 81.818 78.182 1.274 LGA Q 288 Q 288 0.795 0 0.000 0.334 1.882 81.818 74.747 1.419 LGA F 289 F 289 0.776 0 0.038 0.159 1.259 81.818 75.868 1.207 LGA Q 290 Q 290 0.983 0 0.000 1.192 3.154 81.818 64.242 3.154 LGA Q 291 Q 291 0.714 0 0.000 0.177 0.899 81.818 81.818 0.899 LGA S 292 S 292 0.606 0 0.050 0.681 2.756 81.818 72.727 2.756 LGA Q 293 Q 293 0.942 0 0.042 0.245 1.582 73.636 65.859 1.582 LGA V 294 V 294 0.959 0 0.023 0.059 1.099 81.818 79.481 0.854 LGA K 295 K 295 0.551 0 0.070 0.187 1.130 77.727 88.081 0.565 LGA I 296 I 296 0.977 0 0.023 0.072 1.575 70.000 73.864 0.785 LGA A 297 A 297 1.730 0 0.118 0.145 2.565 48.636 49.091 - LGA N 298 N 298 1.424 0 0.077 0.473 3.103 46.818 62.727 1.544 LGA K 299 K 299 3.991 0 0.317 0.962 14.083 20.909 9.293 14.083 LGA V 300 V 300 2.698 0 0.092 0.107 4.249 22.727 16.883 3.606 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.026 1.002 1.937 82.704 76.351 59.756 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.03 94.630 97.433 11.989 LGA_LOCAL RMSD: 1.026 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.026 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.026 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.514657 * X + 0.332752 * Y + 0.790193 * Z + 151.473999 Y_new = -0.408420 * X + 0.905483 * Y + -0.115295 * Z + 176.500061 Z_new = -0.753871 * X + -0.263393 * Y + 0.601916 * Z + 172.398331 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.670813 0.853934 -0.412487 [DEG: -38.4347 48.9268 -23.6338 ] ZXZ: 1.425911 0.924899 -1.906925 [DEG: 81.6987 52.9928 -109.2588 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS196_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS196_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.03 97.433 1.03 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS196_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.852 186.921 153.664 1.00 93.94 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.220 187.579 154.811 1.00 93.94 C ATOM 2722 C GLY 165 150.691 187.476 154.824 1.00 93.94 C ATOM 2723 O GLY 165 150.025 188.256 155.500 1.00 93.94 O ATOM 2724 N LYS 166 150.099 186.544 154.064 1.00 94.75 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.647 186.314 154.091 1.00 94.75 C ATOM 2728 C LYS 166 148.246 185.537 155.338 1.00 94.75 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.164 185.606 152.823 1.00 94.75 C ATOM 2732 O LYS 166 148.970 184.663 155.818 1.00 94.75 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.292 186.513 151.595 1.00 94.75 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.078 185.698 150.322 1.00 94.75 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.963 186.636 149.123 1.00 94.75 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.047 185.893 147.848 1.00 94.75 N ATOM 2746 N TRP 167 147.048 185.812 155.836 1.00 94.31 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.518 185.169 157.029 1.00 94.31 C ATOM 2750 C TRP 167 145.806 183.853 156.696 1.00 94.31 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.607 186.142 157.764 1.00 94.31 C ATOM 2754 O TRP 167 144.774 183.829 156.029 1.00 94.31 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.095 185.593 159.052 1.00 94.31 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.892 185.011 159.262 1.00 94.31 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.803 185.524 160.321 1.00 94.31 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.959 184.882 161.274 1.00 94.31 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.080 185.933 160.753 1.00 94.31 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.804 184.597 160.577 1.00 94.31 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.636 185.099 163.004 1.00 94.31 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.361 184.663 162.598 1.00 94.31 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.491 185.731 162.082 1.00 94.31 C ATOM 2770 N ILE 168 146.361 182.741 157.188 1.00 90.75 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.899 181.368 156.884 1.00 90.75 C ATOM 2774 C ILE 168 145.477 180.617 158.158 1.00 90.75 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.009 180.605 156.119 1.00 90.75 C ATOM 2777 O ILE 168 144.894 179.536 158.097 1.00 90.75 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 147.518 181.417 154.910 1.00 90.75 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.565 179.213 155.620 1.00 90.75 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.807 180.839 154.354 1.00 90.75 C ATOM 2789 N SER 169 145.758 181.178 159.336 1.00 83.12 N ATOM 2791 CA SER 169 145.665 180.488 160.635 1.00 83.12 C ATOM 2793 C SER 169 144.231 180.351 161.189 1.00 83.12 C ATOM 2794 CB SER 169 146.606 181.165 161.637 1.00 83.12 C ATOM 2797 O SER 169 144.041 180.039 162.363 1.00 83.12 O ATOM 2798 OG SER 169 147.075 180.236 162.595 1.00 83.12 O ATOM 2800 N GLY 170 143.203 180.560 160.361 1.00 85.12 N ATOM 2802 CA GLY 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