####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS196_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS196_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.94 1.03 LCS_AVERAGE: 98.42 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 61 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 51 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 59 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 12 96 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 3 11 46 123 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 51 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 44 78 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 40 108 119 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 63 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 26 108 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 26 110 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 59 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 61 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 66 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 66 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 50 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 51 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 57 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 44 110 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 18 54 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 10 91 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 129 135 135 3 4 7 50 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 0 20 84 119 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.47 ( 98.42 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 82.22 90.37 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.71 0.81 0.90 0.97 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 GDT RMS_ALL_AT 1.14 1.09 1.05 1.04 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.768 0 0.000 0.000 0.857 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.857 0 0.039 0.102 1.954 81.818 69.495 1.954 LGA W 167 W 167 0.657 0 0.050 0.169 1.041 77.727 83.377 0.575 LGA I 168 I 168 1.331 0 0.061 0.770 2.946 59.091 50.455 2.946 LGA S 169 S 169 2.359 0 0.607 0.846 5.441 48.182 33.939 5.441 LGA G 170 G 170 0.915 0 0.167 0.167 0.959 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.719 0 0.000 1.319 4.651 81.818 64.318 1.422 LGA A 172 A 172 0.798 0 0.037 0.045 0.923 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.411 0 0.011 0.086 0.710 95.455 89.610 0.645 LGA Y 174 Y 174 0.432 0 0.018 0.170 0.806 100.000 89.394 0.798 LGA G 175 G 175 0.469 0 0.058 0.058 0.469 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.455 0 0.051 0.116 0.504 95.455 98.485 0.305 LGA Q 177 Q 177 0.734 0 0.034 0.364 1.415 86.364 82.020 0.933 LGA L 178 L 178 0.613 0 0.081 0.109 0.791 86.364 84.091 0.786 LGA N 179 N 179 0.851 0 0.179 0.647 4.332 73.636 46.818 4.332 LGA K 180 K 180 3.470 0 0.280 0.956 13.208 29.545 13.131 13.208 LGA K 181 K 181 1.591 0 0.333 0.973 8.264 78.636 38.182 8.264 LGA T 182 T 182 0.461 0 0.051 1.096 3.180 86.364 70.649 3.180 LGA S 183 S 183 1.197 0 0.146 0.131 1.616 69.545 63.333 1.608 LGA K 184 K 184 1.018 0 0.052 0.891 3.078 69.545 63.838 3.078 LGA L 185 L 185 0.661 0 0.075 0.080 0.787 81.818 90.909 0.350 LGA D 186 D 186 0.339 0 0.059 0.090 0.731 95.455 97.727 0.123 LGA P 187 P 187 0.594 0 0.000 0.372 1.490 78.182 82.338 0.793 LGA V 188 V 188 0.986 0 0.009 0.043 1.138 81.818 74.805 1.138 LGA E 189 E 189 1.062 0 0.023 0.939 3.365 65.455 54.747 2.942 LGA D 190 D 190 1.019 0 0.025 0.040 1.381 77.727 71.591 1.381 LGA E 191 E 191 0.732 0 0.051 0.143 1.188 90.909 84.040 1.188 LGA A 192 A 192 0.377 0 0.000 0.000 0.491 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.510 0 0.045 0.692 3.379 95.455 73.737 3.198 LGA V 194 V 194 0.423 0 0.040 0.047 0.519 100.000 97.403 0.444 LGA V 195 V 195 0.165 0 0.000 0.000 0.245 100.000 100.000 0.146 LGA Q 196 Q 196 0.294 0 0.025 0.254 1.431 100.000 88.485 1.380 LGA L 197 L 197 0.297 0 0.032 0.049 0.471 100.000 100.000 0.444 LGA I 198 I 198 0.204 0 0.091 0.097 0.283 100.000 100.000 0.234 LGA F 199 F 199 0.291 0 0.051 0.078 0.385 100.000 100.000 0.138 LGA N 200 N 200 0.327 0 0.030 0.385 0.901 100.000 95.455 0.901 LGA I 201 I 201 0.160 0 0.045 0.061 0.334 100.000 100.000 0.211 LGA F 202 F 202 0.138 0 0.000 0.000 0.365 100.000 100.000 0.365 LGA L 203 L 203 0.382 0 0.000 0.101 1.004 100.000 88.864 0.872 LGA N 204 N 204 0.219 0 0.043 0.054 0.904 100.000 93.182 0.780 LGA G 205 G 205 0.253 0 0.058 0.058 0.491 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.670 0 0.030 1.330 2.816 82.273 67.727 2.486 LGA N 207 N 207 1.553 0 0.075 0.226 1.877 54.545 52.727 1.877 LGA G 208 G 208 1.722 0 0.000 0.000 2.042 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.710 0 0.056 0.208 2.707 54.545 44.444 2.707 LGA D 210 D 210 1.580 0 0.058 0.523 1.829 58.182 66.136 0.686 LGA Y 211 Y 211 1.759 0 0.094 0.429 1.877 54.545 55.758 1.477 LGA S 212 S 212 2.438 0 0.696 0.758 6.242 34.545 23.939 6.242 LGA Y 213 Y 213 2.802 0 0.165 1.638 14.732 45.455 15.303 14.732 LGA A 215 A 215 0.873 0 0.219 0.231 1.825 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.350 0 0.038 0.193 0.472 100.000 100.000 0.414 LGA A 217 A 217 0.190 0 0.035 0.045 0.310 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.384 0 0.055 0.123 1.228 100.000 91.212 1.228 LGA H 219 H 219 0.251 0 0.025 1.163 2.292 100.000 80.727 1.353 LGA L 220 L 220 0.215 0 0.015 0.094 0.514 100.000 97.727 0.514 LGA T 221 T 221 0.226 0 0.024 0.033 0.490 100.000 100.000 0.274 LGA N 222 N 222 0.402 0 0.030 0.041 0.672 90.909 95.455 0.313 LGA L 223 L 223 0.569 0 0.037 0.071 1.030 90.909 84.318 0.876 LGA Q 224 Q 224 0.564 0 0.022 0.828 4.094 86.364 62.222 4.094 LGA I 225 I 225 0.504 0 0.042 0.118 0.504 95.455 97.727 0.117 LGA P 226 P 226 0.344 0 0.064 0.076 0.479 100.000 100.000 0.345 LGA T 227 T 227 0.410 0 0.028 0.242 0.982 100.000 94.805 0.154 LGA P 228 P 228 0.662 0 0.128 0.132 0.934 81.818 81.818 0.833 LGA S 229 S 229 0.692 0 0.129 0.625 3.381 86.364 71.515 3.381 LGA G 230 G 230 0.291 0 0.030 0.030 0.788 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.859 0 0.138 0.698 3.568 77.727 66.667 3.568 LGA K 232 K 232 0.753 0 0.212 0.869 4.356 81.818 58.384 4.356 LGA R 233 R 233 0.577 0 0.035 1.391 8.428 86.364 45.289 8.428 LGA W 234 W 234 0.390 0 0.055 0.095 0.842 100.000 94.805 0.653 LGA N 235 N 235 0.771 0 0.021 0.949 2.465 81.818 74.318 2.465 LGA Q 236 Q 236 0.652 0 0.043 1.007 3.308 86.364 74.949 1.215 LGA Y 237 Y 237 0.523 0 0.039 0.374 2.145 90.909 74.545 2.145 LGA T 238 T 238 0.342 0 0.022 0.245 0.822 100.000 94.805 0.822 LGA I 239 I 239 0.253 0 0.010 0.078 0.333 100.000 100.000 0.307 LGA K 240 K 240 0.428 0 0.056 0.610 4.129 95.455 71.717 4.129 LGA A 241 A 241 0.466 0 0.059 0.064 0.616 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.315 0 0.033 0.040 0.889 100.000 90.909 0.889 LGA L 243 L 243 0.316 0 0.031 0.134 0.544 95.455 97.727 0.236 LGA Q 244 Q 244 0.352 0 0.037 0.354 1.630 95.455 84.848 1.370 LGA N 245 N 245 0.427 0 0.000 0.102 0.530 100.000 97.727 0.530 LGA E 246 E 246 0.330 0 0.000 0.677 1.954 100.000 87.071 1.619 LGA V 247 V 247 0.155 0 0.010 0.916 2.077 100.000 82.338 2.077 LGA Y 248 Y 248 0.356 0 0.000 0.129 1.016 100.000 91.061 1.016 LGA I 249 I 249 0.318 0 0.083 0.096 0.608 100.000 95.455 0.568 LGA G 250 G 250 0.266 0 0.036 0.036 0.338 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.397 0 0.046 0.059 0.536 100.000 97.403 0.497 LGA V 252 V 252 0.429 0 0.052 0.118 0.829 95.455 89.610 0.829 LGA K 253 K 253 0.447 0 0.035 0.216 0.814 95.455 93.939 0.493 LGA Y 254 Y 254 0.625 0 0.043 0.334 2.727 86.364 70.909 2.727 LGA K 255 K 255 0.771 0 0.147 0.348 1.622 74.091 72.929 1.198 LGA V 256 V 256 0.870 0 0.117 0.139 1.073 81.818 77.143 0.997 LGA R 257 R 257 1.096 0 0.073 1.137 5.664 65.455 49.091 3.572 LGA E 258 E 258 1.096 0 0.035 0.946 4.721 61.818 44.848 4.721 LGA K 259 K 259 1.566 0 0.024 0.097 2.406 54.545 46.869 2.406 LGA T 260 T 260 1.613 0 0.014 0.068 1.955 50.909 50.909 1.658 LGA K 261 K 261 2.297 0 0.041 0.909 8.257 38.182 24.242 8.257 LGA D 262 D 262 2.086 0 0.048 0.923 3.723 44.545 34.773 3.713 LGA G 263 G 263 1.868 0 0.080 0.080 1.868 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.330 0 0.000 0.467 1.449 65.455 65.455 1.346 LGA R 265 R 265 1.133 0 0.098 1.010 4.050 73.636 57.851 4.050 LGA T 266 T 266 1.015 0 0.046 0.180 1.180 69.545 70.130 1.091 LGA I 267 I 267 0.746 0 0.046 0.089 0.969 81.818 81.818 0.771 LGA R 268 R 268 0.610 0 0.000 0.990 2.604 81.818 68.430 2.604 LGA P 269 P 269 0.606 0 0.000 0.014 0.719 81.818 81.818 0.719 LGA E 270 E 270 0.687 0 0.012 0.816 2.839 81.818 67.475 2.183 LGA K 271 K 271 0.797 0 0.034 0.753 3.600 81.818 63.232 3.600 LGA E 272 E 272 0.587 0 0.077 0.306 1.732 81.818 76.566 0.771 LGA Q 273 Q 273 0.777 0 0.028 0.051 1.088 81.818 78.182 1.088 LGA I 274 I 274 0.797 0 0.072 0.106 1.110 81.818 79.773 1.110 LGA V 275 V 275 0.381 0 0.039 0.053 0.503 100.000 97.403 0.450 LGA V 276 V 276 0.507 0 0.000 0.050 0.591 90.909 87.013 0.591 LGA Q 277 Q 277 0.369 0 0.046 0.659 3.335 100.000 73.939 3.335 LGA D 278 D 278 0.193 0 0.046 0.168 0.736 100.000 97.727 0.736 LGA A 279 A 279 0.383 0 0.022 0.044 0.479 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.283 0 0.037 0.161 0.423 100.000 100.000 0.289 LGA A 281 A 281 0.328 0 0.000 0.000 0.427 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.320 0 0.023 0.029 0.739 95.455 94.805 0.562 LGA I 283 I 283 0.447 0 0.023 0.076 0.728 90.909 88.636 0.669 LGA I 284 I 284 0.474 0 0.009 0.090 0.525 95.455 97.727 0.430 LGA D 285 D 285 0.955 0 0.095 0.842 3.103 77.727 60.455 2.162 LGA K 286 K 286 0.969 0 0.040 0.275 1.147 77.727 74.545 1.050 LGA E 287 E 287 0.961 0 0.044 0.425 1.234 81.818 78.182 1.234 LGA Q 288 Q 288 0.784 0 0.000 0.353 1.953 81.818 74.747 1.358 LGA F 289 F 289 0.767 0 0.038 0.161 1.266 81.818 75.868 1.215 LGA Q 290 Q 290 0.984 0 0.000 1.190 3.105 81.818 65.859 3.105 LGA Q 291 Q 291 0.701 0 0.000 0.191 0.914 81.818 81.818 0.914 LGA S 292 S 292 0.585 0 0.048 0.682 2.731 81.818 72.727 2.731 LGA Q 293 Q 293 0.937 0 0.041 0.247 1.589 73.636 65.859 1.589 LGA V 294 V 294 0.949 0 0.022 0.060 1.085 81.818 79.481 0.834 LGA K 295 K 295 0.546 0 0.071 0.192 1.146 77.727 84.040 0.576 LGA I 296 I 296 0.987 0 0.025 0.079 1.597 70.000 73.864 0.803 LGA A 297 A 297 1.729 0 0.125 0.151 2.591 48.636 49.091 - LGA N 298 N 298 1.401 0 0.072 0.555 3.098 46.818 60.455 1.771 LGA K 299 K 299 4.088 0 0.325 0.980 14.512 19.545 8.687 14.512 LGA V 300 V 300 2.738 0 0.085 0.098 4.281 22.727 16.883 3.609 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.030 1.007 1.943 82.899 76.430 59.878 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.03 94.444 97.375 11.944 LGA_LOCAL RMSD: 1.030 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.030 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.030 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.500594 * X + 0.238011 * Y + 0.832320 * Z + 151.241287 Y_new = -0.361809 * X + 0.930984 * Y + -0.048617 * Z + 176.537354 Z_new = -0.786448 * X + -0.276804 * Y + 0.552159 * Z + 172.140030 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.625838 0.905037 -0.464696 [DEG: -35.8579 51.8548 -26.6251 ] ZXZ: 1.512452 0.985845 -1.909222 [DEG: 86.6571 56.4847 -109.3904 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS196_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS196_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.03 97.375 1.03 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS196_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.846 186.908 153.681 1.00 93.75 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.224 187.573 154.829 1.00 93.75 C ATOM 2722 C GLY 165 150.694 187.473 154.852 1.00 93.75 C ATOM 2723 O GLY 165 150.033 188.250 155.536 1.00 93.75 O ATOM 2724 N LYS 166 150.096 186.545 154.092 1.00 94.56 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.643 186.321 154.119 1.00 94.56 C ATOM 2728 C LYS 166 148.244 185.541 155.366 1.00 94.56 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.158 185.617 152.850 1.00 94.56 C ATOM 2732 O LYS 166 148.972 184.671 155.849 1.00 94.56 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.289 186.523 151.622 1.00 94.56 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.058 185.712 150.348 1.00 94.56 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.943 186.660 149.155 1.00 94.56 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.010 185.924 147.874 1.00 94.56 N ATOM 2746 N TRP 167 147.040 185.806 155.859 1.00 94.25 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.512 185.155 157.049 1.00 94.25 C ATOM 2750 C TRP 167 145.817 183.831 156.710 1.00 94.25 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.589 186.115 157.782 1.00 94.25 C ATOM 2754 O TRP 167 144.810 183.794 156.006 1.00 94.25 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.076 185.556 159.066 1.00 94.25 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.874 184.972 159.269 1.00 94.25 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.781 185.482 160.337 1.00 94.25 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.936 184.833 161.284 1.00 94.25 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.056 185.894 160.776 1.00 94.25 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.783 184.550 160.582 1.00 94.25 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.606 185.042 163.020 1.00 94.25 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.334 184.607 162.608 1.00 94.25 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.462 185.683 162.107 1.00 94.25 C ATOM 2770 N ILE 168 146.364 182.728 157.231 1.00 91.00 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.922 181.348 156.919 1.00 91.00 C ATOM 2774 C ILE 168 145.495 180.593 158.188 1.00 91.00 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.057 180.603 156.175 1.00 91.00 C ATOM 2777 O ILE 168 144.913 179.511 158.118 1.00 91.00 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 147.545 181.415 154.960 1.00 91.00 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.655 179.193 155.689 1.00 91.00 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.851 180.869 154.418 1.00 91.00 C ATOM 2789 N SER 169 145.765 181.152 159.369 1.00 83.50 N ATOM 2791 CA SER 169 145.664 180.461 160.663 1.00 83.50 C ATOM 2793 C SER 169 144.227 180.322 161.208 1.00 83.50 C ATOM 2794 CB SER 169 146.601 181.137 161.669 1.00 83.50 C ATOM 2797 O SER 169 144.026 180.022 162.382 1.00 83.50 O ATOM 2798 OG SER 169 147.050 180.210 162.639 1.00 83.50 O ATOM 2800 N GLY 170 143.208 180.516 160.366 1.00 85.62 N ATOM 2802 CA GLY 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