####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS196_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS196_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.06 1.06 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.06 1.06 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.97 1.06 LCS_AVERAGE: 98.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 54 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 40 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 54 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 12 87 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 3 12 45 116 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 48 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 41 79 112 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 24 109 118 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 63 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 27 102 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 27 107 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 50 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 66 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 58 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 61 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 66 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 133 135 135 63 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 133 135 135 37 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 133 135 135 15 76 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 133 135 135 21 68 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 133 135 135 24 87 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 133 135 135 3 87 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 133 135 135 9 85 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 133 135 135 3 21 39 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 133 135 135 3 11 21 101 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 133 135 135 50 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 65 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 48 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 50 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 54 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 48 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 17 79 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 6 93 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 118 135 135 3 4 39 51 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 87 135 135 0 21 81 119 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.39 ( 98.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 81.48 89.63 94.81 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.53 0.71 0.82 0.93 1.00 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 GDT RMS_ALL_AT 1.18 1.13 1.08 1.07 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.850 0 0.000 0.000 0.941 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.941 0 0.041 0.093 1.990 81.818 67.879 1.990 LGA W 167 W 167 0.728 0 0.060 0.172 1.172 77.727 80.909 0.632 LGA I 168 I 168 1.402 0 0.064 0.746 2.919 59.091 50.455 2.919 LGA S 169 S 169 2.436 0 0.599 0.843 5.531 44.545 31.515 5.531 LGA G 170 G 170 0.878 0 0.165 0.165 0.999 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.768 0 0.000 1.320 4.673 81.818 64.318 1.374 LGA A 172 A 172 0.836 0 0.036 0.044 0.964 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.452 0 0.012 0.086 0.727 95.455 89.610 0.628 LGA Y 174 Y 174 0.497 0 0.019 0.164 0.860 86.364 83.333 0.859 LGA G 175 G 175 0.524 0 0.055 0.055 0.524 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.497 0 0.053 0.120 0.549 95.455 95.455 0.319 LGA Q 177 Q 177 0.789 0 0.036 0.364 1.395 81.818 80.000 0.998 LGA L 178 L 178 0.670 0 0.082 0.110 0.852 81.818 81.818 0.852 LGA N 179 N 179 0.811 0 0.184 0.654 4.324 73.636 46.818 4.324 LGA K 180 K 180 3.509 0 0.296 0.966 13.263 26.364 11.717 13.263 LGA K 181 K 181 1.535 0 0.348 0.970 8.189 78.636 38.182 8.189 LGA T 182 T 182 0.431 0 0.060 1.100 3.191 82.273 68.312 3.191 LGA S 183 S 183 1.269 0 0.142 0.127 1.670 69.545 63.333 1.648 LGA K 184 K 184 1.072 0 0.052 0.897 3.080 69.545 63.838 3.080 LGA L 185 L 185 0.692 0 0.075 0.080 0.802 81.818 86.364 0.362 LGA D 186 D 186 0.363 0 0.059 0.093 0.774 90.909 95.455 0.135 LGA P 187 P 187 0.641 0 0.012 0.371 1.543 74.545 80.260 0.814 LGA V 188 V 188 1.054 0 0.011 0.043 1.215 73.636 70.130 1.215 LGA E 189 E 189 1.138 0 0.025 0.934 3.341 65.455 52.929 2.970 LGA D 190 D 190 1.100 0 0.022 0.043 1.493 73.636 69.545 1.493 LGA E 191 E 191 0.795 0 0.053 0.144 1.254 86.364 82.020 1.254 LGA A 192 A 192 0.427 0 0.000 0.000 0.549 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.563 0 0.042 0.676 3.381 90.909 71.717 3.246 LGA V 194 V 194 0.457 0 0.038 0.047 0.569 100.000 97.403 0.482 LGA V 195 V 195 0.193 0 0.000 0.000 0.285 100.000 100.000 0.176 LGA Q 196 Q 196 0.329 0 0.022 0.254 1.494 100.000 88.485 1.422 LGA L 197 L 197 0.330 0 0.030 0.049 0.503 100.000 97.727 0.473 LGA I 198 I 198 0.221 0 0.092 0.094 0.297 100.000 100.000 0.241 LGA F 199 F 199 0.315 0 0.046 0.077 0.410 100.000 100.000 0.166 LGA N 200 N 200 0.364 0 0.028 0.312 0.837 100.000 95.455 0.837 LGA I 201 I 201 0.187 0 0.043 0.062 0.354 100.000 100.000 0.230 LGA F 202 F 202 0.163 0 0.000 0.068 0.378 100.000 100.000 0.302 LGA L 203 L 203 0.423 0 0.000 0.103 1.037 100.000 88.864 0.909 LGA N 204 N 204 0.250 0 0.044 0.062 0.868 100.000 90.909 0.789 LGA G 205 G 205 0.223 0 0.057 0.057 0.474 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.668 0 0.029 1.342 2.841 82.273 67.727 2.468 LGA N 207 N 207 1.569 0 0.076 0.223 1.889 54.545 52.727 1.889 LGA G 208 G 208 1.758 0 0.000 0.000 2.110 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.706 0 0.054 0.211 2.711 54.545 44.444 2.711 LGA D 210 D 210 1.563 0 0.064 0.425 1.760 58.182 68.409 0.446 LGA Y 211 Y 211 1.789 0 0.098 0.428 1.900 50.909 52.121 1.518 LGA S 212 S 212 2.452 0 0.695 0.761 6.251 34.545 23.939 6.251 LGA Y 213 Y 213 2.787 0 0.166 1.630 14.670 45.455 15.303 14.670 LGA A 215 A 215 0.854 0 0.207 0.219 1.788 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.346 0 0.031 0.191 0.461 100.000 100.000 0.414 LGA A 217 A 217 0.176 0 0.024 0.036 0.293 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.322 0 0.053 0.075 0.991 100.000 93.939 0.991 LGA H 219 H 219 0.234 0 0.022 1.163 2.259 100.000 80.727 1.325 LGA L 220 L 220 0.190 0 0.021 0.091 0.482 100.000 100.000 0.482 LGA T 221 T 221 0.196 0 0.029 0.034 0.464 100.000 100.000 0.246 LGA N 222 N 222 0.388 0 0.035 0.046 0.663 90.909 95.455 0.275 LGA L 223 L 223 0.560 0 0.038 0.074 1.031 95.455 86.591 0.894 LGA Q 224 Q 224 0.534 0 0.028 0.829 4.169 86.364 61.414 4.169 LGA I 225 I 225 0.450 0 0.042 0.116 0.450 100.000 100.000 0.093 LGA P 226 P 226 0.323 0 0.066 0.077 0.444 100.000 100.000 0.327 LGA T 227 T 227 0.462 0 0.029 0.212 0.972 95.455 92.208 0.265 LGA P 228 P 228 0.708 0 0.128 0.137 0.912 81.818 81.818 0.866 LGA S 229 S 229 0.714 0 0.128 0.628 3.377 86.364 71.515 3.377 LGA G 230 G 230 0.249 0 0.062 0.062 0.729 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.747 0 0.140 0.695 3.384 77.727 67.475 3.384 LGA K 232 K 232 0.665 0 0.201 0.864 4.155 81.818 61.414 4.155 LGA R 233 R 233 0.561 0 0.037 1.400 8.484 86.364 45.289 8.484 LGA W 234 W 234 0.382 0 0.055 0.103 0.812 100.000 94.805 0.634 LGA N 235 N 235 0.748 0 0.022 0.948 2.393 81.818 74.318 2.393 LGA Q 236 Q 236 0.623 0 0.042 0.993 3.356 86.364 73.131 1.154 LGA Y 237 Y 237 0.550 0 0.039 0.381 2.145 90.909 73.333 2.145 LGA T 238 T 238 0.354 0 0.024 0.240 0.778 100.000 94.805 0.778 LGA I 239 I 239 0.254 0 0.013 0.078 0.340 100.000 100.000 0.288 LGA K 240 K 240 0.440 0 0.057 0.624 4.280 95.455 70.505 4.280 LGA A 241 A 241 0.479 0 0.057 0.062 0.615 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.313 0 0.032 0.039 0.894 100.000 90.909 0.894 LGA L 243 L 243 0.317 0 0.027 0.140 0.542 95.455 97.727 0.279 LGA Q 244 Q 244 0.362 0 0.033 0.356 1.630 95.455 84.848 1.369 LGA N 245 N 245 0.434 0 0.000 0.110 0.562 100.000 97.727 0.562 LGA E 246 E 246 0.326 0 0.000 0.683 1.998 100.000 87.071 1.629 LGA V 247 V 247 0.153 0 0.012 0.920 2.084 100.000 82.338 2.084 LGA Y 248 Y 248 0.362 0 0.000 0.131 1.049 100.000 91.061 1.049 LGA I 249 I 249 0.326 0 0.081 0.096 0.620 100.000 95.455 0.585 LGA G 250 G 250 0.268 0 0.041 0.041 0.353 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.403 0 0.047 0.058 0.554 100.000 94.805 0.513 LGA V 252 V 252 0.444 0 0.054 0.117 0.865 95.455 89.610 0.865 LGA K 253 K 253 0.424 0 0.035 0.239 0.812 95.455 93.939 0.459 LGA Y 254 Y 254 0.589 0 0.042 0.326 2.696 90.909 72.424 2.696 LGA K 255 K 255 0.830 0 0.125 0.226 1.486 77.727 80.202 0.455 LGA V 256 V 256 0.914 0 0.120 0.141 1.089 81.818 74.805 1.014 LGA R 257 R 257 1.132 0 0.074 1.159 5.758 65.455 50.083 3.615 LGA E 258 E 258 1.154 0 0.034 0.943 4.810 61.818 44.848 4.810 LGA K 259 K 259 1.673 0 0.022 0.100 2.718 50.909 42.626 2.718 LGA T 260 T 260 1.738 0 0.010 0.064 2.151 44.545 47.273 1.716 LGA K 261 K 261 2.599 0 0.042 0.908 8.825 30.000 18.384 8.825 LGA D 262 D 262 2.281 0 0.046 0.912 3.710 38.182 30.000 3.650 LGA G 263 G 263 2.007 0 0.076 0.076 2.007 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.313 0 0.000 0.453 1.481 65.455 65.455 1.384 LGA R 265 R 265 1.130 0 0.102 1.014 4.065 73.636 57.851 4.065 LGA T 266 T 266 0.994 0 0.046 0.181 1.202 73.636 74.805 1.047 LGA I 267 I 267 0.759 0 0.043 0.096 0.976 81.818 81.818 0.769 LGA R 268 R 268 0.667 0 0.000 0.982 2.549 81.818 66.116 2.520 LGA P 269 P 269 0.696 0 0.000 0.015 0.819 81.818 81.818 0.819 LGA E 270 E 270 0.767 0 0.012 0.820 2.845 81.818 67.475 2.151 LGA K 271 K 271 0.897 0 0.032 0.757 3.153 81.818 64.040 3.153 LGA E 272 E 272 0.711 0 0.077 0.225 1.581 81.818 76.566 0.885 LGA Q 273 Q 273 0.878 0 0.016 0.052 1.120 81.818 76.364 1.120 LGA I 274 I 274 0.857 0 0.071 0.106 1.112 77.727 77.727 1.112 LGA V 275 V 275 0.455 0 0.035 0.053 0.588 100.000 94.805 0.515 LGA V 276 V 276 0.557 0 0.000 0.050 0.646 90.909 87.013 0.646 LGA Q 277 Q 277 0.399 0 0.048 0.658 3.350 100.000 73.939 3.350 LGA D 278 D 278 0.212 0 0.047 0.163 0.732 100.000 97.727 0.732 LGA A 279 A 279 0.418 0 0.023 0.044 0.517 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.308 0 0.036 0.160 0.458 100.000 100.000 0.290 LGA A 281 A 281 0.370 0 0.000 0.000 0.489 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.357 0 0.016 0.022 0.702 90.909 92.208 0.556 LGA I 283 I 283 0.496 0 0.013 0.080 0.760 90.909 88.636 0.690 LGA I 284 I 284 0.518 0 0.000 0.063 0.588 86.364 93.182 0.460 LGA D 285 D 285 0.948 0 0.030 0.977 2.561 81.818 67.045 2.561 LGA K 286 K 286 0.991 0 0.019 0.275 1.121 77.727 74.545 1.061 LGA E 287 E 287 1.015 0 0.030 0.401 1.384 73.636 72.727 1.384 LGA Q 288 Q 288 0.736 0 0.000 0.263 1.827 81.818 74.747 1.499 LGA F 289 F 289 0.776 0 0.045 0.155 1.276 81.818 75.868 1.223 LGA Q 290 Q 290 0.991 0 0.000 1.187 3.132 81.818 65.859 3.132 LGA Q 291 Q 291 0.710 0 0.000 0.183 0.940 81.818 81.818 0.940 LGA S 292 S 292 0.601 0 0.050 0.682 2.741 81.818 72.727 2.741 LGA Q 293 Q 293 0.954 0 0.040 0.249 1.593 73.636 65.859 1.593 LGA V 294 V 294 0.991 0 0.023 0.061 1.129 77.727 77.143 0.899 LGA K 295 K 295 0.580 0 0.065 0.184 1.134 77.727 82.020 0.593 LGA I 296 I 296 1.000 0 0.022 0.072 1.601 70.000 73.864 0.771 LGA A 297 A 297 1.739 0 0.127 0.152 2.600 48.636 49.091 - LGA N 298 N 298 1.353 0 0.087 0.584 3.052 46.818 62.727 1.940 LGA K 299 K 299 4.031 0 0.330 0.952 14.286 19.545 8.687 14.286 LGA V 300 V 300 2.734 0 0.085 0.098 4.292 22.727 16.883 3.637 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.056 1.032 1.954 82.074 75.808 59.985 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.06 94.074 97.209 11.678 LGA_LOCAL RMSD: 1.056 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.056 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.056 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.536780 * X + 0.467089 * Y + 0.702634 * Z + 151.053192 Y_new = -0.468208 * X + 0.857691 * Y + -0.212477 * Z + 176.225784 Z_new = -0.701889 * X + -0.214926 * Y + 0.679087 * Z + 172.319794 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.717272 0.778046 -0.306518 [DEG: -41.0967 44.5788 -17.5622 ] ZXZ: 1.277139 0.824279 -1.867941 [DEG: 73.1746 47.2277 -107.0251 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS196_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS196_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.06 97.209 1.06 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS196_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.767 186.897 153.710 1.00 93.88 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.140 187.568 154.851 1.00 93.88 C ATOM 2722 C GLY 165 150.611 187.464 154.871 1.00 93.88 C ATOM 2723 O GLY 165 149.947 188.241 155.552 1.00 93.88 O ATOM 2724 N LYS 166 150.016 186.530 154.113 1.00 94.75 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.564 186.299 154.144 1.00 94.75 C ATOM 2728 C LYS 166 148.170 185.518 155.390 1.00 94.75 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.077 185.595 152.876 1.00 94.75 C ATOM 2732 O LYS 166 148.898 184.644 155.866 1.00 94.75 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.205 186.502 151.649 1.00 94.75 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.001 185.685 150.377 1.00 94.75 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.897 186.620 149.174 1.00 94.75 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.972 185.870 147.902 1.00 94.75 N ATOM 2746 N TRP 167 146.973 185.790 155.891 1.00 94.38 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.454 185.150 157.090 1.00 94.38 C ATOM 2750 C TRP 167 145.755 183.824 156.770 1.00 94.38 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.538 186.120 157.820 1.00 94.38 C ATOM 2754 O TRP 167 144.718 183.786 156.114 1.00 94.38 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.034 185.576 159.115 1.00 94.38 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.833 184.997 159.334 1.00 94.38 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.752 185.509 160.378 1.00 94.38 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.915 184.872 161.339 1.00 94.38 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.035 185.917 160.799 1.00 94.38 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.755 184.587 160.651 1.00 94.38 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.605 185.089 163.056 1.00 94.38 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.327 184.656 162.661 1.00 94.38 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.455 185.715 162.126 1.00 94.38 C ATOM 2770 N ILE 168 146.329 182.721 157.259 1.00 90.94 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.872 181.341 156.976 1.00 90.94 C ATOM 2774 C ILE 168 145.437 180.613 158.258 1.00 90.94 C ATOM 2775 CB ILE 168 146.993 180.570 156.238 1.00 90.94 C ATOM 2777 O ILE 168 144.833 179.544 158.209 1.00 90.94 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 147.445 181.349 154.987 1.00 90.94 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.587 179.139 155.820 1.00 90.94 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.706 180.756 154.391 1.00 90.94 C ATOM 2789 N SER 169 145.731 181.183 159.430 1.00 82.50 N ATOM 2791 CA SER 169 145.644 180.511 160.737 1.00 82.50 C ATOM 2793 C SER 169 144.214 180.384 161.304 1.00 82.50 C ATOM 2794 CB SER 169 146.597 181.199 161.722 1.00 82.50 C ATOM 2797 O SER 169 144.028 180.143 162.496 1.00 82.50 O ATOM 2798 OG SER 169 147.057 180.288 162.700 1.00 82.50 O ATOM 2800 N GLY 170 143.184 180.521 160.464 1.00 85.06 N ATOM 2802 CA GLY 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