####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS196_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS196_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.04 1.04 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.04 1.04 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.95 1.04 LCS_AVERAGE: 98.41 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 61 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 51 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 60 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 11 94 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 3 12 45 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 49 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 44 77 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 43 108 119 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 66 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 29 106 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 29 109 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 47 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 69 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 61 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 65 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 67 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 67 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 55 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 51 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 55 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 37 109 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 17 53 119 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 6 83 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 129 135 135 4 4 8 51 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 118 135 135 0 21 80 119 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.47 ( 98.41 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 110 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 81.48 88.89 94.81 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.69 0.80 0.91 0.98 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 GDT RMS_ALL_AT 1.15 1.11 1.06 1.05 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 1.04 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.785 0 0.000 0.000 0.856 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.867 0 0.041 0.095 1.926 81.818 69.495 1.926 LGA W 167 W 167 0.658 0 0.055 0.170 1.074 77.727 82.078 0.569 LGA I 168 I 168 1.325 0 0.062 0.758 2.906 59.091 50.455 2.906 LGA S 169 S 169 2.353 0 0.598 0.842 5.424 48.182 33.939 5.424 LGA G 170 G 170 0.921 0 0.173 0.173 0.936 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.705 0 0.000 1.050 4.344 81.818 60.000 2.610 LGA A 172 A 172 0.790 0 0.041 0.051 0.920 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.428 0 0.027 0.083 0.775 95.455 89.610 0.756 LGA Y 174 Y 174 0.456 0 0.048 0.188 0.803 95.455 86.364 0.783 LGA G 175 G 175 0.525 0 0.064 0.064 0.525 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.445 0 0.055 0.110 0.502 95.455 98.485 0.298 LGA Q 177 Q 177 0.746 0 0.036 0.371 1.415 86.364 82.020 0.960 LGA L 178 L 178 0.625 0 0.082 0.110 0.824 86.364 84.091 0.824 LGA N 179 N 179 0.824 0 0.183 0.649 4.308 73.636 46.818 4.308 LGA K 180 K 180 3.520 0 0.296 0.966 13.254 27.727 12.323 13.254 LGA K 181 K 181 1.548 0 0.351 0.969 8.170 78.636 38.182 8.170 LGA T 182 T 182 0.444 0 0.061 1.098 3.175 86.364 70.649 3.175 LGA S 183 S 183 1.209 0 0.144 0.129 1.597 69.545 63.333 1.573 LGA K 184 K 184 1.035 0 0.051 0.894 3.092 69.545 63.838 3.092 LGA L 185 L 185 0.675 0 0.074 0.080 0.798 81.818 88.636 0.358 LGA D 186 D 186 0.352 0 0.061 0.093 0.745 90.909 95.455 0.119 LGA P 187 P 187 0.618 0 0.008 0.371 1.515 74.545 80.260 0.780 LGA V 188 V 188 0.999 0 0.017 0.045 1.140 81.818 74.805 1.140 LGA E 189 E 189 1.073 0 0.023 0.935 3.341 65.455 54.747 2.930 LGA D 190 D 190 1.028 0 0.027 0.045 1.400 77.727 71.591 1.400 LGA E 191 E 191 0.741 0 0.051 0.139 1.190 90.909 84.040 1.190 LGA A 192 A 192 0.359 0 0.000 0.000 0.482 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.506 0 0.043 0.693 3.388 95.455 73.737 3.211 LGA V 194 V 194 0.418 0 0.038 0.047 0.521 100.000 97.403 0.444 LGA V 195 V 195 0.156 0 0.000 0.000 0.246 100.000 100.000 0.140 LGA Q 196 Q 196 0.290 0 0.025 0.263 1.501 100.000 86.869 1.346 LGA L 197 L 197 0.297 0 0.029 0.048 0.467 100.000 100.000 0.444 LGA I 198 I 198 0.199 0 0.092 0.098 0.298 100.000 100.000 0.233 LGA F 199 F 199 0.294 0 0.048 0.078 0.389 100.000 100.000 0.163 LGA N 200 N 200 0.316 0 0.024 0.415 0.931 100.000 95.455 0.931 LGA I 201 I 201 0.153 0 0.043 0.062 0.322 100.000 100.000 0.216 LGA F 202 F 202 0.142 0 0.000 0.070 0.351 100.000 100.000 0.332 LGA L 203 L 203 0.370 0 0.000 0.102 1.000 100.000 90.909 0.873 LGA N 204 N 204 0.211 0 0.044 0.061 0.911 100.000 90.909 0.768 LGA G 205 G 205 0.280 0 0.056 0.056 0.519 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.706 0 0.028 1.323 2.811 78.182 65.682 2.465 LGA N 207 N 207 1.621 0 0.070 0.217 1.923 54.545 52.727 1.923 LGA G 208 G 208 1.761 0 0.000 0.000 2.031 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.761 0 0.057 0.182 2.494 54.545 46.869 2.234 LGA D 210 D 210 1.619 0 0.061 0.522 1.879 54.545 64.318 0.632 LGA Y 211 Y 211 1.820 0 0.110 0.437 1.928 50.909 50.909 1.515 LGA S 212 S 212 2.515 0 0.691 0.748 6.272 31.818 22.121 6.272 LGA Y 213 Y 213 2.763 0 0.170 1.641 14.705 45.455 15.303 14.705 LGA A 215 A 215 0.888 0 0.222 0.235 1.829 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.355 0 0.035 0.190 0.454 100.000 100.000 0.423 LGA A 217 A 217 0.181 0 0.035 0.046 0.305 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.371 0 0.058 0.123 1.209 100.000 91.212 1.209 LGA H 219 H 219 0.247 0 0.019 1.127 2.202 100.000 80.727 1.260 LGA L 220 L 220 0.193 0 0.015 0.096 0.501 100.000 97.727 0.501 LGA T 221 T 221 0.250 0 0.022 0.026 0.509 95.455 97.403 0.295 LGA N 222 N 222 0.415 0 0.033 0.046 0.702 90.909 95.455 0.305 LGA L 223 L 223 0.585 0 0.039 0.099 1.069 86.364 82.045 0.948 LGA Q 224 Q 224 0.595 0 0.026 0.831 4.088 86.364 62.222 4.088 LGA I 225 I 225 0.518 0 0.044 0.113 0.518 90.909 95.455 0.134 LGA P 226 P 226 0.389 0 0.061 0.072 0.500 100.000 97.403 0.375 LGA T 227 T 227 0.454 0 0.023 0.233 1.040 100.000 92.468 0.222 LGA P 228 P 228 0.671 0 0.127 0.135 0.943 81.818 81.818 0.850 LGA S 229 S 229 0.697 0 0.129 0.627 3.427 81.818 68.485 3.427 LGA G 230 G 230 0.321 0 0.036 0.036 0.828 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.874 0 0.141 0.696 3.542 77.727 66.667 3.542 LGA K 232 K 232 0.746 0 0.210 0.871 4.292 81.818 60.202 4.292 LGA R 233 R 233 0.596 0 0.040 1.399 8.475 81.818 43.636 8.475 LGA W 234 W 234 0.390 0 0.054 0.097 0.842 100.000 94.805 0.656 LGA N 235 N 235 0.777 0 0.021 0.942 2.491 81.818 74.318 2.491 LGA Q 236 Q 236 0.670 0 0.042 1.019 3.303 86.364 76.970 1.222 LGA Y 237 Y 237 0.489 0 0.039 0.377 2.108 95.455 76.061 2.108 LGA T 238 T 238 0.291 0 0.024 0.246 0.815 100.000 94.805 0.815 LGA I 239 I 239 0.218 0 0.009 0.077 0.288 100.000 100.000 0.283 LGA K 240 K 240 0.409 0 0.056 0.603 4.093 95.455 73.737 4.093 LGA A 241 A 241 0.445 0 0.071 0.075 0.656 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.299 0 0.036 0.038 0.889 95.455 88.636 0.889 LGA L 243 L 243 0.329 0 0.023 0.139 0.558 95.455 97.727 0.285 LGA Q 244 Q 244 0.373 0 0.035 0.346 1.612 95.455 84.848 1.393 LGA N 245 N 245 0.434 0 0.000 0.115 0.576 100.000 97.727 0.576 LGA E 246 E 246 0.311 0 0.000 0.679 1.899 100.000 87.071 1.656 LGA V 247 V 247 0.162 0 0.000 0.907 2.086 100.000 82.338 2.006 LGA Y 248 Y 248 0.328 0 0.000 0.102 1.159 100.000 89.545 1.159 LGA I 249 I 249 0.321 0 0.079 0.097 0.630 100.000 95.455 0.575 LGA G 250 G 250 0.257 0 0.039 0.039 0.333 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.385 0 0.048 0.061 0.532 100.000 94.805 0.501 LGA V 252 V 252 0.416 0 0.055 0.116 0.835 95.455 89.610 0.835 LGA K 253 K 253 0.398 0 0.043 0.149 0.680 95.455 91.919 0.540 LGA Y 254 Y 254 0.581 0 0.041 0.332 2.716 90.909 72.424 2.716 LGA K 255 K 255 0.813 0 0.124 0.274 1.495 77.727 76.364 0.614 LGA V 256 V 256 0.911 0 0.119 0.140 1.130 81.818 74.805 1.045 LGA R 257 R 257 1.133 0 0.073 1.147 5.797 65.455 47.603 3.624 LGA E 258 E 258 1.132 0 0.039 0.929 4.682 61.818 44.848 4.682 LGA K 259 K 259 1.635 0 0.033 0.098 2.477 54.545 46.869 2.477 LGA T 260 T 260 1.624 0 0.007 0.117 1.967 50.909 55.065 1.386 LGA K 261 K 261 2.307 0 0.044 0.901 8.263 38.182 23.232 8.263 LGA D 262 D 262 2.056 0 0.048 0.905 3.692 44.545 34.773 3.632 LGA G 263 G 263 1.873 0 0.095 0.095 1.873 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.319 0 0.022 0.453 1.517 61.818 63.838 1.245 LGA R 265 R 265 1.190 0 0.094 1.010 4.055 73.636 57.851 4.055 LGA T 266 T 266 1.024 0 0.042 0.181 1.191 69.545 70.130 1.097 LGA I 267 I 267 0.762 0 0.046 0.090 1.001 77.727 79.773 0.796 LGA R 268 R 268 0.626 0 0.000 0.979 2.589 81.818 68.430 2.471 LGA P 269 P 269 0.600 0 0.000 0.014 0.711 81.818 81.818 0.711 LGA E 270 E 270 0.671 0 0.010 0.820 2.832 81.818 67.475 2.136 LGA K 271 K 271 0.737 0 0.033 0.750 3.601 81.818 61.616 3.601 LGA E 272 E 272 0.568 0 0.079 0.248 1.541 81.818 76.566 0.773 LGA Q 273 Q 273 0.793 0 0.018 0.046 1.135 81.818 76.364 1.135 LGA I 274 I 274 0.792 0 0.071 0.100 1.067 81.818 79.773 1.067 LGA V 275 V 275 0.404 0 0.040 0.049 0.528 100.000 97.403 0.482 LGA V 276 V 276 0.515 0 0.000 0.051 0.592 90.909 87.013 0.592 LGA Q 277 Q 277 0.370 0 0.051 0.658 3.329 100.000 73.939 3.329 LGA D 278 D 278 0.188 0 0.046 0.173 0.757 100.000 97.727 0.757 LGA A 279 A 279 0.386 0 0.026 0.046 0.480 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.304 0 0.036 0.169 0.446 100.000 100.000 0.280 LGA A 281 A 281 0.360 0 0.000 0.000 0.472 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.341 0 0.013 0.023 0.690 95.455 94.805 0.547 LGA I 283 I 283 0.478 0 0.018 0.081 0.737 90.909 88.636 0.682 LGA I 284 I 284 0.512 0 0.000 0.066 0.582 86.364 93.182 0.456 LGA D 285 D 285 0.946 0 0.036 0.978 2.607 81.818 67.045 2.607 LGA K 286 K 286 0.990 0 0.013 0.275 1.123 77.727 74.545 1.063 LGA E 287 E 287 1.010 0 0.033 0.386 1.248 73.636 72.727 1.248 LGA Q 288 Q 288 0.729 0 0.000 0.258 1.835 81.818 74.747 1.493 LGA F 289 F 289 0.760 0 0.046 0.156 1.264 81.818 75.868 1.212 LGA Q 290 Q 290 0.974 0 0.000 1.189 3.118 81.818 65.859 3.118 LGA Q 291 Q 291 0.678 0 0.000 0.163 0.829 81.818 81.818 0.829 LGA S 292 S 292 0.571 0 0.051 0.683 2.735 81.818 72.727 2.735 LGA Q 293 Q 293 0.940 0 0.041 0.242 1.607 73.636 65.859 1.607 LGA V 294 V 294 0.962 0 0.022 0.061 1.098 81.818 79.481 0.859 LGA K 295 K 295 0.559 0 0.066 0.189 1.152 77.727 82.020 0.592 LGA I 296 I 296 1.003 0 0.024 0.070 1.624 65.909 71.818 0.749 LGA A 297 A 297 1.773 0 0.123 0.149 2.643 48.636 49.091 - LGA N 298 N 298 1.468 0 0.073 0.484 3.139 46.818 62.727 1.572 LGA K 299 K 299 4.095 0 0.320 0.974 14.293 19.545 8.687 14.293 LGA V 300 V 300 2.756 0 0.091 0.104 4.296 22.727 16.883 3.628 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.040 1.016 1.941 82.327 76.006 59.343 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.04 94.074 97.154 11.840 LGA_LOCAL RMSD: 1.040 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.040 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.040 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.512863 * X + 0.234771 * Y + 0.825744 * Z + 151.304169 Y_new = -0.357682 * X + 0.932850 * Y + -0.043069 * Z + 176.084976 Z_new = -0.780407 * X + -0.273265 * Y + 0.562398 * Z + 171.860229 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.608993 0.895316 -0.452298 [DEG: -34.8927 51.2978 -25.9148 ] ZXZ: 1.518685 0.973513 -1.907611 [DEG: 87.0143 55.7782 -109.2981 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS196_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS196_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.04 97.154 1.04 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS196_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.836 186.917 153.677 1.00 93.94 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.205 187.592 154.814 1.00 93.94 C ATOM 2722 C GLY 165 150.676 187.492 154.830 1.00 93.94 C ATOM 2723 O GLY 165 150.012 188.279 155.502 1.00 93.94 O ATOM 2724 N LYS 166 150.081 186.554 154.080 1.00 94.88 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.628 186.325 154.110 1.00 94.88 C ATOM 2728 C LYS 166 148.232 185.543 155.356 1.00 94.88 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.143 185.620 152.842 1.00 94.88 C ATOM 2732 O LYS 166 148.960 184.670 155.834 1.00 94.88 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.268 186.525 151.614 1.00 94.88 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.056 185.708 150.343 1.00 94.88 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.949 186.644 149.140 1.00 94.88 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.035 185.895 147.868 1.00 94.88 N ATOM 2746 N TRP 167 147.033 185.812 155.857 1.00 94.44 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.511 185.163 157.051 1.00 94.44 C ATOM 2750 C TRP 167 145.808 183.842 156.719 1.00 94.44 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.594 186.127 157.789 1.00 94.44 C ATOM 2754 O TRP 167 144.784 183.810 156.042 1.00 94.44 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.075 185.566 159.070 1.00 94.44 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.868 184.990 159.269 1.00 94.44 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.778 185.481 160.342 1.00 94.44 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.924 184.839 161.286 1.00 94.44 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.057 185.879 160.784 1.00 94.44 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.772 184.565 160.580 1.00 94.44 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.593 185.033 163.026 1.00 94.44 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.317 184.610 162.612 1.00 94.44 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.458 185.664 162.115 1.00 94.44 C ATOM 2770 N ILE 168 146.363 182.734 157.220 1.00 91.31 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.913 181.358 156.913 1.00 91.31 C ATOM 2774 C ILE 168 145.479 180.606 158.181 1.00 91.31 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.043 180.606 156.170 1.00 91.31 C ATOM 2777 O ILE 168 144.889 179.530 158.112 1.00 91.31 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 147.501 181.402 154.932 1.00 91.31 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.652 179.180 155.722 1.00 91.31 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.806 180.862 154.384 1.00 91.31 C ATOM 2789 N SER 169 145.755 181.163 159.361 1.00 84.06 N ATOM 2791 CA SER 169 145.651 180.471 160.656 1.00 84.06 C ATOM 2793 C SER 169 144.214 180.343 161.202 1.00 84.06 C ATOM 2794 CB SER 169 146.594 181.137 161.665 1.00 84.06 C ATOM 2797 O SER 169 144.011 180.085 162.387 1.00 84.06 O ATOM 2798 OG SER 169 147.042 180.202 162.626 1.00 84.06 O ATOM 2800 N GLY 170 143.196 180.498 160.352 1.00 85.75 N ATOM 2802 CA GLY 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