####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS167_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS167_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 69 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 71 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 77 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 54 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 66 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 63 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 54 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 41 112 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 45 56 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 46 113 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 72 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 42 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 29 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 77 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 28 109 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 19 109 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 108 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 109 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 12 96 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 8 17 41 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 15 24 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 71 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 63 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 25 109 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 49 111 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 41 79 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 121 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 85.19 94.07 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.65 0.71 0.75 0.83 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.93 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.631 0 0.018 0.018 0.696 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.651 0 0.040 0.156 1.502 81.818 74.747 1.502 LGA W 167 W 167 0.469 0 0.054 0.114 0.818 86.364 89.610 0.694 LGA I 168 I 168 0.917 0 0.088 0.265 1.691 74.545 66.364 1.306 LGA S 169 S 169 1.555 0 0.145 0.661 5.671 59.091 42.424 5.671 LGA G 170 G 170 1.037 0 0.233 0.233 1.254 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.960 0 0.029 1.378 4.423 86.364 66.591 1.056 LGA A 172 A 172 0.464 0 0.047 0.057 0.613 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.470 0 0.014 0.064 0.889 100.000 92.208 0.889 LGA Y 174 Y 174 0.483 0 0.038 0.169 0.897 90.909 84.848 0.897 LGA G 175 G 175 0.270 0 0.068 0.068 0.270 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.218 0 0.027 0.153 0.410 100.000 100.000 0.165 LGA Q 177 Q 177 0.444 0 0.055 0.245 0.949 100.000 95.960 0.657 LGA L 178 L 178 0.383 0 0.074 0.094 0.935 90.909 88.636 0.935 LGA N 179 N 179 1.007 0 0.176 0.625 4.483 66.818 42.500 4.483 LGA K 180 K 180 4.118 0 0.291 0.969 13.854 19.091 8.485 13.854 LGA K 181 K 181 1.199 0 0.371 1.144 8.919 77.727 38.788 8.919 LGA T 182 T 182 0.578 0 0.051 1.110 3.375 77.727 68.052 3.375 LGA S 183 S 183 0.952 0 0.127 0.115 1.289 73.636 70.909 1.189 LGA K 184 K 184 0.978 0 0.061 0.838 2.625 73.636 68.485 2.625 LGA L 185 L 185 0.489 0 0.070 0.071 0.583 95.455 97.727 0.446 LGA D 186 D 186 0.025 0 0.066 0.100 0.588 100.000 95.455 0.550 LGA P 187 P 187 0.486 0 0.014 0.354 1.207 86.818 87.273 0.621 LGA V 188 V 188 0.726 0 0.000 0.025 0.820 81.818 81.818 0.820 LGA E 189 E 189 0.776 0 0.013 0.321 1.798 81.818 76.566 1.798 LGA D 190 D 190 0.745 0 0.031 0.055 0.938 86.364 84.091 0.938 LGA E 191 E 191 0.533 0 0.035 0.064 0.777 90.909 85.859 0.777 LGA A 192 A 192 0.345 0 0.000 0.000 0.433 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.345 0 0.025 0.661 2.882 100.000 83.838 2.641 LGA V 194 V 194 0.324 0 0.039 0.057 0.396 100.000 100.000 0.396 LGA V 195 V 195 0.102 0 0.000 0.000 0.231 100.000 100.000 0.131 LGA Q 196 Q 196 0.190 0 0.028 0.262 1.383 100.000 90.303 1.193 LGA L 197 L 197 0.186 0 0.013 0.047 0.341 100.000 100.000 0.321 LGA I 198 I 198 0.248 0 0.082 0.096 0.416 100.000 100.000 0.321 LGA F 199 F 199 0.235 0 0.042 0.071 0.316 100.000 100.000 0.109 LGA N 200 N 200 0.269 0 0.030 0.716 1.762 100.000 89.545 1.762 LGA I 201 I 201 0.132 0 0.037 0.046 0.212 100.000 100.000 0.061 LGA F 202 F 202 0.182 0 0.000 0.046 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA L 203 L 203 0.388 0 0.000 0.070 0.840 100.000 93.182 0.742 LGA N 204 N 204 0.218 0 0.029 0.101 1.138 100.000 91.136 0.838 LGA G 205 G 205 0.473 0 0.042 0.042 0.516 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.641 0 0.011 0.193 1.052 77.727 86.591 0.262 LGA N 207 N 207 1.431 0 0.068 0.286 2.177 61.818 54.773 1.736 LGA G 208 G 208 1.524 0 0.000 0.000 1.747 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.555 0 0.044 0.571 1.812 61.818 67.879 1.163 LGA D 210 D 210 1.384 0 0.081 0.763 1.789 65.455 61.818 1.547 LGA Y 211 Y 211 1.745 0 0.121 0.400 1.891 54.545 54.545 1.437 LGA S 212 S 212 2.134 0 0.688 0.757 5.716 39.545 28.182 5.716 LGA Y 213 Y 213 3.054 0 0.162 1.631 15.013 36.364 12.273 15.013 LGA A 215 A 215 0.877 0 0.212 0.229 1.953 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.314 0 0.029 0.177 0.462 100.000 100.000 0.462 LGA A 217 A 217 0.187 0 0.037 0.052 0.301 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.429 0 0.052 0.092 1.204 100.000 91.212 1.204 LGA H 219 H 219 0.141 0 0.021 0.039 0.352 100.000 100.000 0.352 LGA L 220 L 220 0.251 0 0.031 0.086 0.375 100.000 100.000 0.375 LGA T 221 T 221 0.382 0 0.023 0.043 0.590 95.455 94.805 0.417 LGA N 222 N 222 0.515 0 0.031 0.040 0.732 86.364 93.182 0.478 LGA L 223 L 223 0.637 0 0.043 0.056 0.994 81.818 81.818 0.787 LGA Q 224 Q 224 0.706 0 0.034 0.828 4.109 77.727 58.384 4.109 LGA I 225 I 225 0.734 0 0.054 0.139 0.765 81.818 86.364 0.334 LGA P 226 P 226 0.805 0 0.070 0.078 0.977 81.818 81.818 0.931 LGA T 227 T 227 0.179 0 0.029 0.152 0.587 95.455 94.805 0.333 LGA P 228 P 228 0.725 0 0.093 0.094 0.911 86.364 84.416 0.911 LGA S 229 S 229 0.698 0 0.130 0.123 1.201 90.909 82.424 1.201 LGA G 230 G 230 0.357 0 0.061 0.061 0.986 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.818 0 0.111 0.685 3.371 78.182 67.677 3.371 LGA K 232 K 232 0.863 0 0.158 0.862 4.354 77.727 56.566 4.354 LGA R 233 R 233 0.477 0 0.029 1.411 8.573 95.455 48.595 8.573 LGA W 234 W 234 0.116 0 0.051 0.111 0.541 100.000 97.403 0.355 LGA N 235 N 235 0.496 0 0.011 0.863 2.046 90.909 78.864 2.046 LGA Q 236 Q 236 0.429 0 0.032 0.813 3.461 95.455 78.990 0.555 LGA Y 237 Y 237 0.617 0 0.046 0.364 1.915 86.364 74.091 1.915 LGA T 238 T 238 0.443 0 0.022 0.289 0.878 100.000 94.805 0.878 LGA I 239 I 239 0.314 0 0.000 0.082 0.419 100.000 100.000 0.301 LGA K 240 K 240 0.435 0 0.063 0.602 4.001 100.000 73.737 4.001 LGA A 241 A 241 0.477 0 0.053 0.055 0.569 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.372 0 0.048 0.064 0.890 100.000 90.909 0.890 LGA L 243 L 243 0.198 0 0.027 0.130 0.505 95.455 97.727 0.138 LGA Q 244 Q 244 0.232 0 0.014 0.308 1.365 100.000 90.303 1.365 LGA N 245 N 245 0.358 0 0.009 0.109 0.708 100.000 93.182 0.708 LGA E 246 E 246 0.349 0 0.000 0.630 1.983 100.000 87.071 1.502 LGA V 247 V 247 0.235 0 0.017 0.055 0.256 100.000 100.000 0.178 LGA Y 248 Y 248 0.320 0 0.000 0.100 1.044 100.000 88.030 1.044 LGA I 249 I 249 0.301 0 0.066 0.089 0.449 100.000 100.000 0.368 LGA G 250 G 250 0.237 0 0.040 0.040 0.299 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.129 0 0.037 0.042 0.292 100.000 100.000 0.286 LGA V 252 V 252 0.230 0 0.042 0.110 0.653 100.000 97.403 0.653 LGA K 253 K 253 0.357 0 0.013 0.150 0.569 100.000 95.960 0.556 LGA Y 254 Y 254 0.554 0 0.044 0.344 2.526 90.909 73.788 2.526 LGA K 255 K 255 0.725 0 0.074 0.129 0.838 81.818 83.838 0.838 LGA V 256 V 256 0.702 0 0.088 0.097 0.804 81.818 81.818 0.804 LGA R 257 R 257 0.997 0 0.094 1.081 6.131 69.545 47.438 4.087 LGA E 258 E 258 0.862 0 0.045 0.974 4.334 73.636 54.747 4.334 LGA K 259 K 259 1.280 0 0.000 0.209 1.789 65.455 58.990 1.647 LGA T 260 T 260 1.074 0 0.018 0.110 1.441 65.455 65.455 1.011 LGA K 261 K 261 1.748 0 0.018 0.666 5.736 54.545 34.343 5.736 LGA D 262 D 262 1.481 0 0.076 0.737 2.689 61.818 50.682 2.645 LGA G 263 G 263 1.514 0 0.106 0.106 1.805 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.105 0 0.001 0.478 1.222 65.455 69.091 0.977 LGA R 265 R 265 1.165 0 0.098 0.935 2.075 65.455 56.364 2.075 LGA T 266 T 266 0.939 0 0.000 0.106 1.012 77.727 79.481 0.945 LGA I 267 I 267 0.776 0 0.041 0.088 0.969 81.818 81.818 0.783 LGA R 268 R 268 0.484 0 0.000 0.972 2.695 95.455 80.661 2.695 LGA P 269 P 269 0.349 0 0.000 0.013 0.456 100.000 100.000 0.456 LGA E 270 E 270 0.329 0 0.000 0.851 3.222 100.000 76.566 2.326 LGA K 271 K 271 0.351 0 0.040 0.636 3.505 100.000 69.697 2.989 LGA E 272 E 272 0.159 0 0.045 0.068 1.050 100.000 90.101 1.050 LGA Q 273 Q 273 0.319 0 0.010 0.060 0.712 100.000 93.939 0.609 LGA I 274 I 274 0.293 0 0.058 0.074 0.459 100.000 100.000 0.459 LGA V 275 V 275 0.066 0 0.012 0.023 0.294 100.000 100.000 0.294 LGA V 276 V 276 0.260 0 0.000 0.046 0.502 100.000 97.403 0.429 LGA Q 277 Q 277 0.264 0 0.051 0.651 3.291 100.000 77.172 3.291 LGA D 278 D 278 0.266 0 0.035 0.180 0.480 100.000 100.000 0.465 LGA A 279 A 279 0.286 0 0.008 0.044 0.315 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.197 0 0.038 0.255 0.689 100.000 94.545 0.689 LGA A 281 A 281 0.274 0 0.000 0.000 0.346 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.327 0 0.016 0.023 0.519 95.455 97.403 0.495 LGA I 283 I 283 0.498 0 0.046 0.080 0.818 90.909 88.636 0.548 LGA I 284 I 284 0.450 0 0.000 0.068 0.474 100.000 100.000 0.345 LGA D 285 D 285 0.628 0 0.033 0.721 1.744 81.818 74.091 1.558 LGA K 286 K 286 0.582 0 0.019 0.291 1.383 81.818 80.000 1.383 LGA E 287 E 287 0.574 0 0.035 0.430 1.862 86.364 76.768 1.402 LGA Q 288 Q 288 0.414 0 0.000 0.279 2.020 95.455 81.414 1.314 LGA F 289 F 289 0.320 0 0.028 0.125 0.686 100.000 93.388 0.664 LGA Q 290 Q 290 0.489 0 0.000 0.409 2.403 100.000 83.232 0.796 LGA Q 291 Q 291 0.359 0 0.000 0.211 0.989 100.000 93.939 0.989 LGA S 292 S 292 0.227 0 0.060 0.684 2.342 100.000 89.697 2.342 LGA Q 293 Q 293 0.527 0 0.039 0.255 1.024 86.364 84.040 1.024 LGA V 294 V 294 0.682 0 0.021 0.047 0.785 81.818 81.818 0.679 LGA K 295 K 295 0.467 0 0.058 0.180 0.913 90.909 93.939 0.556 LGA I 296 I 296 0.791 0 0.020 0.072 1.222 73.636 80.000 0.604 LGA A 297 A 297 1.300 0 0.106 0.128 1.995 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 1.044 0 0.048 0.590 1.859 62.273 70.227 1.149 LGA K 299 K 299 2.799 0 0.392 0.819 13.849 57.273 25.657 13.849 LGA V 300 V 300 3.006 0 0.075 0.075 6.407 27.727 16.104 6.407 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.902 0.860 1.854 86.768 80.676 65.867 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 95.556 97.989 13.473 LGA_LOCAL RMSD: 0.902 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.902 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.902 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.996536 * X + 0.005094 * Y + -0.083008 * Z + 154.869461 Y_new = 0.077012 * X + -0.433283 * Y + 0.897962 * Z + 149.684906 Z_new = -0.031392 * X + -0.901244 * Y + -0.432174 * Z + 140.910248 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.077126 0.031397 -2.017935 [DEG: 4.4190 1.7989 -115.6192 ] ZXZ: -3.049414 2.017699 -3.106775 [DEG: -174.7186 115.6056 -178.0051 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS167_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS167_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 97.989 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS167_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.069 186.953 153.712 1.00 87.23 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.367 187.715 154.754 1.00 87.47 C ATOM 1347 C GLY 165 150.844 187.559 154.735 1.00 88.86 C ATOM 1348 O GLY 165 150.137 188.342 155.373 1.00 86.37 O ATOM 1349 N LYS 166 150.312 186.566 154.015 1.00 88.49 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.880 186.261 153.980 1.00 88.31 C ATOM 1351 C LYS 166 148.473 185.485 155.240 1.00 89.09 C ATOM 1352 O LYS 166 149.218 184.640 155.735 1.00 87.29 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.513 185.515 152.677 1.00 86.83 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.756 186.362 151.405 1.00 84.01 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.426 185.637 150.089 1.00 80.88 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.684 186.573 148.890 1.00 76.11 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.476 185.962 147.547 1.00 69.32 N ATOM 1358 N TRP 167 147.277 185.753 155.754 1.00 89.50 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.731 185.052 156.923 1.00 90.00 C ATOM 1360 C TRP 167 146.040 183.755 156.500 1.00 89.56 C ATOM 1361 O TRP 167 145.019 183.780 155.814 1.00 86.63 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.788 185.980 157.681 1.00 89.27 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.324 185.409 158.984 1.00 89.41 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.180 184.726 159.185 1.00 86.38 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.025 185.439 160.268 1.00 87.93 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.112 184.330 160.516 1.00 86.16 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.221 184.744 161.211 1.00 87.30 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.245 185.983 160.711 1.00 87.01 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.625 184.583 162.554 1.00 86.74 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.643 185.828 162.049 1.00 85.01 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.839 185.129 162.959 1.00 84.55 C ATOM 1372 N ILE 168 146.587 182.625 156.924 1.00 87.34 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.170 181.281 156.498 1.00 85.47 C ATOM 1374 C ILE 168 145.444 180.500 157.607 1.00 84.42 C ATOM 1375 O ILE 168 144.772 179.503 157.343 1.00 78.45 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.411 180.512 155.977 1.00 82.16 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.265 181.318 154.966 1.00 77.65 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.011 179.173 155.337 1.00 74.85 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.519 181.753 153.698 1.00 71.10 C ATOM 1380 N SER 169 145.572 180.940 158.850 1.00 84.40 N ATOM 1381 CA SER 169 144.940 180.287 159.996 1.00 82.89 C ATOM 1382 C SER 169 143.435 180.581 160.089 1.00 81.96 C ATOM 1383 O SER 169 142.851 181.179 159.185 1.00 75.31 O ATOM 1384 CB SER 169 145.719 180.632 161.265 1.00 79.17 C ATOM 1385 OG SER 169 145.540 181.965 161.643 1.00 74.17 O ATOM 1386 N GLY 170 142.790 180.117 161.161 1.00 79.47 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.343 180.237 161.339 1.00 78.60 C ATOM 1388 C GLY 170 140.851 181.662 161.590 1.00 81.26 C ATOM 1389 O GLY 170 140.975 182.536 160.741 1.00 77.78 O ATOM 1390 N LEU 171 140.282 181.899 162.779 1.00 82.09 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.797 183.224 163.171 1.00 81.65 C ATOM 1392 C LEU 171 140.933 184.245 163.145 1.00 82.83 C ATOM 1393 O LEU 171 142.015 183.987 163.673 1.00 80.73 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.163 183.148 164.571 1.00 78.51 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.737 182.575 164.560 1.00 74.27 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.383 181.992 165.923 1.00 68.57 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.711 183.664 164.227 1.00 67.49 C ATOM 1398 N ALA 172 140.651 185.408 162.563 1.00 85.50 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.551 186.546 162.639 1.00 86.04 C ATOM 1400 C ALA 172 141.775 186.962 164.109 1.00 86.97 C ATOM 1401 O ALA 172 140.870 186.787 164.935 1.00 84.94 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.969 187.690 161.802 1.00 83.93 C ATOM 1403 N PRO 173 142.945 187.499 164.458 1.00 88.16 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.182 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