####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS164_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS164_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.21 1.21 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.21 1.21 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 94 165 - 259 1.00 1.26 LCS_AVERAGE: 65.99 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 94 135 135 5 94 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 94 135 135 38 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 94 135 135 53 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 94 135 135 14 30 107 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 94 135 135 9 26 37 104 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 94 135 135 68 96 111 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 94 135 135 63 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 94 135 135 63 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 94 135 135 63 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 94 135 135 3 3 68 100 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 94 135 135 26 83 107 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 94 135 135 16 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 94 135 135 5 76 111 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 94 135 135 5 91 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 94 135 135 63 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 94 135 135 65 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 94 135 135 53 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 94 135 135 49 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 94 135 135 26 83 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 94 135 135 26 91 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 94 135 135 16 91 111 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 94 135 135 16 91 111 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 94 135 135 11 74 107 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 94 135 135 3 17 70 115 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 94 135 135 3 10 16 50 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 94 135 135 39 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 94 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT P 282 P 282 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 80 135 135 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 80 135 135 68 96 111 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 80 135 135 63 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 77 135 135 50 96 111 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 67 135 135 23 83 107 124 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 64 135 135 13 88 109 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 27 135 135 3 3 4 104 118 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 27 135 135 0 46 101 115 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 88.66 ( 65.99 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 68 96 113 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 50.37 71.11 83.70 92.59 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.51 0.89 1.02 1.10 1.18 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 GDT RMS_ALL_AT 1.57 1.41 1.22 1.23 1.22 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.118 0 0.000 0.000 1.292 65.455 65.455 - LGA K 166 K 166 1.150 0 0.037 0.128 2.748 73.636 57.172 2.748 LGA W 167 W 167 0.885 0 0.059 0.226 1.697 77.727 70.390 1.697 LGA I 168 I 168 1.896 0 0.057 1.505 6.278 45.455 34.091 6.278 LGA S 169 S 169 2.781 0 0.525 0.504 5.625 35.909 24.848 5.625 LGA G 170 G 170 1.338 0 0.200 0.200 1.374 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.115 0 0.000 1.344 5.166 65.455 52.727 1.596 LGA A 172 A 172 1.158 0 0.030 0.023 1.299 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.461 0 0.057 0.336 1.554 95.455 82.857 1.554 LGA Y 174 Y 174 0.156 0 0.000 0.143 0.914 100.000 92.424 0.914 LGA G 175 G 175 0.269 0 0.075 0.075 0.355 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.622 0 0.010 0.153 0.899 81.818 86.364 0.680 LGA Q 177 Q 177 1.052 0 0.065 0.259 1.210 77.727 76.364 0.959 LGA L 178 L 178 1.117 0 0.042 0.109 1.302 69.545 67.500 1.195 LGA N 179 N 179 0.744 0 0.189 0.673 4.027 77.727 48.864 4.027 LGA K 180 K 180 3.220 0 0.321 0.977 13.178 29.545 13.131 13.178 LGA K 181 K 181 1.859 0 0.354 0.956 8.351 65.909 31.111 8.351 LGA T 182 T 182 0.795 0 0.055 1.127 3.629 73.636 60.260 3.629 LGA S 183 S 183 1.669 0 0.165 0.148 1.871 54.545 53.333 1.816 LGA K 184 K 184 1.350 0 0.068 0.756 2.078 61.818 61.010 2.078 LGA L 185 L 185 0.742 0 0.051 0.065 0.762 81.818 84.091 0.408 LGA D 186 D 186 0.449 0 0.071 0.096 0.826 86.364 93.182 0.291 LGA P 187 P 187 0.622 0 0.000 0.070 1.396 78.182 79.740 0.685 LGA V 188 V 188 0.908 0 0.067 0.063 1.004 81.818 79.481 1.004 LGA E 189 E 189 0.915 0 0.067 0.429 2.106 81.818 75.152 2.106 LGA D 190 D 190 1.048 0 0.004 0.038 1.420 77.727 71.591 1.420 LGA E 191 E 191 0.684 0 0.062 0.127 1.231 90.909 84.040 1.231 LGA A 192 A 192 0.381 0 0.000 0.005 0.524 100.000 96.364 - LGA K 193 K 193 0.526 0 0.049 0.632 3.125 95.455 74.747 2.949 LGA V 194 V 194 0.464 0 0.028 0.060 0.607 95.455 89.610 0.511 LGA V 195 V 195 0.060 0 0.000 0.034 0.282 100.000 100.000 0.070 LGA Q 196 Q 196 0.328 0 0.042 0.258 1.352 100.000 88.485 1.245 LGA L 197 L 197 0.295 0 0.029 0.039 0.491 100.000 100.000 0.491 LGA I 198 I 198 0.239 0 0.081 0.109 0.506 100.000 97.727 0.278 LGA F 199 F 199 0.316 0 0.042 0.081 0.477 100.000 100.000 0.229 LGA N 200 N 200 0.387 0 0.048 1.052 3.700 100.000 75.000 3.700 LGA I 201 I 201 0.081 0 0.040 0.059 0.206 100.000 100.000 0.154 LGA F 202 F 202 0.365 0 0.024 0.071 0.745 95.455 90.083 0.745 LGA L 203 L 203 0.486 0 0.000 0.078 1.091 100.000 88.864 0.887 LGA N 204 N 204 0.122 0 0.054 0.100 0.934 100.000 90.909 0.934 LGA G 205 G 205 0.509 0 0.049 0.049 0.576 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.798 0 0.047 0.192 1.265 73.636 80.000 0.216 LGA N 207 N 207 1.643 0 0.090 0.260 2.076 54.545 49.545 2.044 LGA G 208 G 208 1.410 0 0.000 0.000 1.576 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.622 0 0.064 0.127 2.632 58.182 46.061 2.573 LGA D 210 D 210 1.445 0 0.084 0.744 2.026 65.455 58.409 1.523 LGA Y 211 Y 211 1.967 0 0.091 0.367 2.269 50.909 48.788 1.860 LGA S 212 S 212 2.479 0 0.699 0.769 6.209 31.364 21.818 6.209 LGA Y 213 Y 213 2.761 0 0.126 1.619 14.348 45.455 15.606 14.348 LGA A 215 A 215 1.019 0 0.163 0.171 1.797 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.482 0 0.000 0.194 0.595 86.364 90.909 0.304 LGA A 217 A 217 0.584 0 0.021 0.043 0.688 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.793 0 0.038 0.104 1.296 81.818 76.364 1.296 LGA H 219 H 219 0.615 0 0.040 0.059 0.680 81.818 81.818 0.680 LGA L 220 L 220 0.452 0 0.023 0.092 0.490 100.000 100.000 0.374 LGA T 221 T 221 0.500 0 0.022 0.038 0.628 86.364 87.013 0.493 LGA N 222 N 222 0.629 0 0.037 0.056 0.919 81.818 81.818 0.855 LGA L 223 L 223 0.595 0 0.033 0.073 0.825 81.818 81.818 0.825 LGA Q 224 Q 224 0.315 0 0.089 0.834 4.967 95.455 60.808 4.967 LGA I 225 I 225 0.187 0 0.054 0.114 0.379 100.000 100.000 0.343 LGA P 226 P 226 0.538 0 0.082 0.092 0.686 86.364 84.416 0.681 LGA T 227 T 227 0.387 0 0.058 0.133 0.594 90.909 94.805 0.289 LGA P 228 P 228 0.801 0 0.069 0.092 0.903 86.364 84.416 0.903 LGA S 229 S 229 0.659 0 0.064 0.072 0.743 81.818 81.818 0.670 LGA G 230 G 230 0.608 0 0.016 0.016 0.664 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.383 0 0.068 0.699 3.386 90.909 80.808 3.386 LGA K 232 K 232 0.083 0 0.115 0.931 3.616 95.455 74.545 3.616 LGA R 233 R 233 0.282 0 0.044 1.341 8.289 100.000 51.901 8.289 LGA W 234 W 234 0.645 0 0.075 0.097 0.818 81.818 85.714 0.347 LGA N 235 N 235 1.140 0 0.113 1.010 3.456 73.636 60.000 1.713 LGA Q 236 Q 236 0.175 0 0.049 0.932 3.658 95.455 80.202 0.849 LGA Y 237 Y 237 1.165 0 0.023 0.349 2.638 69.545 53.030 2.638 LGA T 238 T 238 0.910 0 0.010 0.252 1.417 81.818 79.481 1.417 LGA I 239 I 239 0.611 0 0.011 0.086 0.712 81.818 88.636 0.447 LGA K 240 K 240 1.022 0 0.053 0.650 5.381 77.727 52.323 5.381 LGA A 241 A 241 0.999 0 0.031 0.042 1.171 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.143 0 0.018 0.066 1.000 100.000 95.455 1.000 LGA L 243 L 243 0.458 0 0.034 0.109 0.797 90.909 86.364 0.593 LGA Q 244 Q 244 0.810 0 0.010 0.267 1.119 77.727 78.182 1.119 LGA N 245 N 245 0.862 0 0.028 0.097 0.930 81.818 81.818 0.918 LGA E 246 E 246 0.784 0 0.039 0.647 1.583 81.818 76.566 1.338 LGA V 247 V 247 0.508 0 0.008 0.072 0.609 90.909 94.805 0.414 LGA Y 248 Y 248 0.549 0 0.026 0.145 1.348 81.818 79.091 1.348 LGA I 249 I 249 0.688 0 0.061 0.095 1.167 86.364 80.000 1.167 LGA G 250 G 250 0.578 0 0.059 0.059 0.689 81.818 81.818 - LGA T 251 T 251 0.695 0 0.085 0.103 0.807 81.818 81.818 0.688 LGA V 252 V 252 0.801 0 0.040 0.146 0.982 81.818 81.818 0.982 LGA K 253 K 253 0.909 0 0.011 0.199 1.291 73.636 80.404 0.462 LGA Y 254 Y 254 1.084 0 0.045 0.359 2.188 65.455 60.758 2.188 LGA K 255 K 255 0.982 0 0.032 0.629 3.161 69.545 56.162 2.857 LGA V 256 V 256 1.361 0 0.048 0.065 1.561 65.455 63.377 1.561 LGA R 257 R 257 1.207 0 0.092 1.096 4.381 73.636 49.752 4.251 LGA E 258 E 258 1.627 0 0.148 1.092 5.970 51.364 32.727 5.970 LGA K 259 K 259 1.315 0 0.056 0.695 3.975 65.455 47.273 3.851 LGA T 260 T 260 1.643 0 0.010 0.198 2.612 54.545 47.792 2.214 LGA K 261 K 261 1.317 0 0.074 0.624 3.510 58.182 50.101 3.510 LGA D 262 D 262 1.977 0 0.055 0.205 2.485 47.727 44.545 2.485 LGA G 263 G 263 1.489 0 0.103 0.103 1.818 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.926 0 0.000 0.473 2.582 44.545 42.626 2.582 LGA R 265 R 265 1.999 0 0.094 1.036 3.902 41.364 40.496 2.547 LGA T 266 T 266 2.246 0 0.031 0.149 2.424 38.182 40.000 1.937 LGA I 267 I 267 2.123 0 0.009 0.086 3.138 38.182 34.318 3.138 LGA R 268 R 268 1.840 0 0.030 1.014 2.780 44.545 47.934 2.402 LGA P 269 P 269 2.416 0 0.009 0.047 2.616 41.364 36.883 2.616 LGA E 270 E 270 2.370 0 0.009 0.869 5.593 38.182 23.838 4.791 LGA K 271 K 271 2.358 0 0.048 0.667 2.724 38.182 47.475 1.442 LGA E 272 E 272 1.590 0 0.080 0.123 2.513 62.273 49.091 2.513 LGA Q 273 Q 273 1.370 0 0.038 0.052 2.191 58.182 51.313 2.015 LGA I 274 I 274 0.614 0 0.057 0.086 0.903 81.818 84.091 0.414 LGA V 275 V 275 0.338 0 0.051 0.083 0.435 100.000 100.000 0.315 LGA V 276 V 276 0.582 0 0.000 0.015 0.835 81.818 81.818 0.835 LGA Q 277 Q 277 0.605 0 0.059 0.644 3.091 81.818 62.828 3.044 LGA D 278 D 278 0.525 0 0.099 0.188 1.221 81.818 82.045 1.221 LGA A 279 A 279 0.534 0 0.038 0.058 0.617 95.455 92.727 - LGA H 280 H 280 0.184 0 0.044 0.298 0.990 100.000 92.727 0.825 LGA A 281 A 281 0.206 0 0.000 0.000 0.235 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.472 0 0.028 0.070 0.783 90.909 89.610 0.783 LGA I 283 I 283 0.542 0 0.056 0.090 0.857 81.818 86.364 0.613 LGA I 284 I 284 0.681 0 0.000 0.078 0.870 81.818 86.364 0.432 LGA D 285 D 285 1.032 0 0.039 0.587 1.994 69.545 65.682 1.994 LGA K 286 K 286 1.035 0 0.010 0.262 1.290 69.545 70.909 1.290 LGA E 287 E 287 1.238 0 0.042 0.635 2.730 65.455 53.535 2.730 LGA Q 288 Q 288 0.939 0 0.000 0.190 1.519 77.727 71.111 1.242 LGA F 289 F 289 0.872 0 0.042 0.095 1.062 81.818 75.868 1.059 LGA Q 290 Q 290 1.185 0 0.041 0.838 2.450 65.455 60.808 2.450 LGA Q 291 Q 291 1.005 0 0.000 0.243 1.333 73.636 70.909 1.307 LGA S 292 S 292 0.638 0 0.085 0.701 2.764 81.818 72.727 2.764 LGA Q 293 Q 293 1.098 0 0.035 0.225 1.378 69.545 69.091 1.254 LGA V 294 V 294 1.346 0 0.029 0.067 1.492 65.455 65.455 1.439 LGA K 295 K 295 0.782 0 0.041 0.153 1.104 77.727 80.000 0.944 LGA I 296 I 296 1.231 0 0.035 0.073 1.799 62.273 67.955 0.947 LGA A 297 A 297 2.058 0 0.096 0.111 2.850 38.636 38.545 - LGA N 298 N 298 1.609 0 0.075 0.576 2.675 41.818 54.318 2.326 LGA K 299 K 299 3.689 0 0.426 0.969 14.291 31.818 14.141 14.291 LGA V 300 V 300 2.543 0 0.061 0.072 4.674 30.000 19.740 4.253 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.214 1.182 2.032 75.084 69.619 56.226 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.21 90.926 95.744 10.273 LGA_LOCAL RMSD: 1.214 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.214 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.214 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.309496 * X + 0.481277 * Y + -0.820113 * Z + 146.801773 Y_new = -0.909423 * X + -0.102132 * Y + -0.403135 * Z + 151.663422 Z_new = -0.277780 * X + 0.870598 * Y + 0.406075 * Z + 145.810715 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.242770 0.281482 1.134361 [DEG: -71.2055 16.1277 64.9941 ] ZXZ: -1.113923 1.152641 -0.308857 [DEG: -63.8231 66.0415 -17.6962 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS164_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS164_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.21 95.744 1.21 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS164_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.393 186.912 153.639 1.00 94.19 N ATOM 1346 CA GLY 165 151.883 187.756 154.697 1.00 94.19 C ATOM 1347 C GLY 165 150.364 187.712 154.837 1.00 94.19 C ATOM 1348 O GLY 165 149.759 188.590 155.449 1.00 94.19 O ATOM 1349 N LYS 166 149.774 186.725 154.145 1.00 93.38 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.335 186.505 154.273 1.00 93.38 C ATOM 1351 C LYS 166 148.010 185.789 155.581 1.00 93.38 C ATOM 1352 CB LYS 166 147.815 185.694 153.089 1.00 93.38 C ATOM 1353 O LYS 166 148.862 185.172 156.189 1.00 93.38 O ATOM 1354 CG LYS 166 147.965 186.396 151.744 1.00 93.38 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.494 185.504 150.598 1.00 93.38 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.623 186.215 149.256 1.00 93.38 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.270 185.307 148.123 1.00 93.38 N ATOM 1358 N TRP 167 146.786 185.998 156.007 1.00 95.12 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.366 185.373 157.253 1.00 95.12 C ATOM 1360 C TRP 167 145.902 183.944 157.022 1.00 95.12 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.247 186.169 157.897 1.00 95.12 C ATOM 1362 O TRP 167 145.131 183.655 156.101 1.00 95.12 O ATOM 1363 CG TRP 167 144.905 185.729 159.291 1.00 95.12 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.822 185.002 159.683 1.00 95.12 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.637 186.028 160.482 1.00 95.12 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.949 185.428 161.564 1.00 95.12 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 146.820 186.727 160.746 1.00 95.12 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.846 184.800 161.041 1.00 95.12 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.554 186.223 163.113 1.00 95.12 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.397 185.523 162.881 1.00 95.12 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.268 186.822 162.061 1.00 95.12 C ATOM 1372 N ILE 168 146.213 182.986 157.919 1.00 93.56 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.062 181.555 157.600 1.00 93.56 C ATOM 1374 C ILE 168 145.450 180.826 158.796 1.00 93.56 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.416 180.913 157.216 1.00 93.56 C ATOM 1376 O ILE 168 145.089 179.652 158.691 1.00 93.56 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.484 181.266 158.260 1.00 93.56 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.845 181.366 155.817 1.00 93.56 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.797 180.499 158.073 1.00 93.56 C ATOM 1380 N SER 169 145.299 181.385 159.892 1.00 93.06 N ATOM 1381 CA SER 169 145.073 180.683 161.154 1.00 93.06 C ATOM 1382 C SER 169 143.587 180.639 161.495 1.00 93.06 C ATOM 1383 CB SER 169 145.848 181.373 162.288 1.00 93.06 C ATOM 1384 O SER 169 143.219 180.651 162.678 1.00 93.06 O ATOM 1385 OG SER 169 147.234 181.383 161.999 1.00 93.06 O ATOM 1386 N GLY 170 142.784 180.741 160.547 1.00 92.25 N ATOM 1387 CA GLY 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