####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS164_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS164_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.20 1.20 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.20 1.20 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 94 165 - 259 0.98 1.24 LCS_AVERAGE: 66.65 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 94 135 135 47 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 94 135 135 61 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 94 135 135 55 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 94 135 135 6 32 109 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 94 135 135 6 22 56 98 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 94 135 135 51 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 94 135 135 3 4 60 76 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 94 135 135 27 84 107 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 94 135 135 13 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 94 135 135 5 85 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 94 135 135 6 90 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 94 135 135 51 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 94 135 135 64 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 94 135 135 55 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 94 135 135 50 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 94 135 135 29 88 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 94 135 135 25 89 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 94 135 135 12 89 110 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 94 135 135 10 89 111 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 94 135 135 10 70 109 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 94 135 135 3 33 60 116 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 94 135 135 3 12 20 52 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 94 135 135 32 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 94 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT P 282 P 282 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 83 135 135 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 83 135 135 62 98 112 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 83 135 135 55 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 83 135 135 50 98 111 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 83 135 135 25 79 108 124 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 76 135 135 12 87 109 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 27 135 135 3 3 4 98 118 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 27 135 135 0 54 100 116 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 88.88 ( 66.65 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 68 98 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 50.37 72.59 83.70 94.07 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.53 0.85 1.01 1.08 1.16 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 GDT RMS_ALL_AT 1.58 1.38 1.23 1.21 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 1.20 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.032 0 0.010 0.010 1.196 69.545 69.545 - LGA K 166 K 166 1.139 0 0.018 0.135 2.722 73.636 57.172 2.722 LGA W 167 W 167 0.938 0 0.059 0.229 1.481 69.545 68.961 1.404 LGA I 168 I 168 1.844 0 0.038 1.535 6.226 45.455 34.545 6.226 LGA S 169 S 169 2.756 0 0.548 0.512 5.614 35.909 24.848 5.614 LGA G 170 G 170 1.341 0 0.193 0.193 1.351 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.121 0 0.000 1.357 5.218 65.455 52.727 1.722 LGA A 172 A 172 1.087 0 0.034 0.026 1.210 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.409 0 0.052 0.335 1.473 95.455 89.870 1.473 LGA Y 174 Y 174 0.116 0 0.000 0.148 0.805 100.000 92.424 0.805 LGA G 175 G 175 0.216 0 0.065 0.065 0.308 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.503 0 0.024 0.145 0.796 86.364 90.909 0.585 LGA Q 177 Q 177 0.959 0 0.075 0.411 1.495 81.818 78.182 1.094 LGA L 178 L 178 0.960 0 0.048 0.092 1.143 77.727 75.682 1.072 LGA N 179 N 179 0.790 0 0.176 0.676 4.131 77.727 48.864 4.131 LGA K 180 K 180 3.294 0 0.302 0.973 13.210 29.545 13.131 13.210 LGA K 181 K 181 1.745 0 0.338 0.961 8.331 65.909 32.525 8.331 LGA T 182 T 182 0.737 0 0.049 1.136 3.557 77.727 64.675 3.557 LGA S 183 S 183 1.587 0 0.167 0.149 1.814 58.182 55.758 1.719 LGA K 184 K 184 1.306 0 0.055 0.770 2.169 61.818 61.010 2.169 LGA L 185 L 185 0.741 0 0.053 0.063 0.782 81.818 84.091 0.477 LGA D 186 D 186 0.403 0 0.077 0.098 0.794 95.455 97.727 0.271 LGA P 187 P 187 0.636 0 0.000 0.066 1.426 73.636 77.143 0.767 LGA V 188 V 188 0.871 0 0.059 0.050 1.007 81.818 79.481 1.007 LGA E 189 E 189 0.961 0 0.042 0.432 2.371 81.818 75.152 2.371 LGA D 190 D 190 1.045 0 0.018 0.042 1.393 77.727 71.591 1.393 LGA E 191 E 191 0.667 0 0.066 0.113 1.233 90.909 84.040 1.233 LGA A 192 A 192 0.316 0 0.020 0.026 0.475 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.561 0 0.055 0.645 3.193 90.909 71.717 3.074 LGA V 194 V 194 0.482 0 0.014 0.045 0.638 95.455 89.610 0.538 LGA V 195 V 195 0.041 0 0.000 0.043 0.241 100.000 100.000 0.085 LGA Q 196 Q 196 0.342 0 0.044 0.266 1.336 100.000 90.303 1.231 LGA L 197 L 197 0.358 0 0.028 0.031 0.559 100.000 95.455 0.559 LGA I 198 I 198 0.231 0 0.082 0.103 0.455 100.000 100.000 0.259 LGA F 199 F 199 0.316 0 0.038 0.096 0.556 100.000 98.347 0.225 LGA N 200 N 200 0.408 0 0.053 1.040 3.752 100.000 74.318 3.752 LGA I 201 I 201 0.072 0 0.032 0.053 0.178 100.000 100.000 0.123 LGA F 202 F 202 0.303 0 0.000 0.077 0.794 100.000 91.736 0.794 LGA L 203 L 203 0.434 0 0.000 0.085 1.056 100.000 88.864 0.842 LGA N 204 N 204 0.154 0 0.041 0.091 1.039 100.000 88.864 0.963 LGA G 205 G 205 0.525 0 0.048 0.048 0.603 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.749 0 0.053 0.297 1.229 73.636 82.273 0.323 LGA N 207 N 207 1.633 0 0.089 0.294 2.204 54.545 49.545 2.024 LGA G 208 G 208 1.553 0 0.000 0.000 1.713 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.675 0 0.061 0.116 2.650 58.182 46.061 2.594 LGA D 210 D 210 1.496 0 0.076 0.740 1.923 61.818 58.182 1.517 LGA Y 211 Y 211 1.974 0 0.069 0.314 2.347 50.909 47.727 2.001 LGA S 212 S 212 2.446 0 0.704 0.763 6.162 31.364 21.818 6.162 LGA Y 213 Y 213 2.823 0 0.131 1.622 14.408 45.455 15.303 14.408 LGA A 215 A 215 1.039 0 0.162 0.169 1.863 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.480 0 0.021 0.193 0.665 95.455 95.455 0.255 LGA A 217 A 217 0.515 0 0.017 0.047 0.594 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.750 0 0.041 0.090 1.286 81.818 79.091 1.286 LGA H 219 H 219 0.597 0 0.044 0.060 0.667 81.818 81.818 0.667 LGA L 220 L 220 0.409 0 0.030 0.099 0.493 100.000 100.000 0.493 LGA T 221 T 221 0.397 0 0.000 0.035 0.487 100.000 100.000 0.413 LGA N 222 N 222 0.505 0 0.046 0.069 0.782 95.455 88.636 0.738 LGA L 223 L 223 0.488 0 0.037 0.070 0.814 90.909 86.364 0.814 LGA Q 224 Q 224 0.324 0 0.085 0.817 4.796 95.455 61.616 4.796 LGA I 225 I 225 0.265 0 0.059 0.116 0.316 100.000 100.000 0.273 LGA P 226 P 226 0.535 0 0.071 0.082 0.706 86.364 84.416 0.696 LGA T 227 T 227 0.313 0 0.049 0.139 0.519 95.455 97.403 0.237 LGA P 228 P 228 0.798 0 0.079 0.098 0.935 86.364 84.416 0.935 LGA S 229 S 229 0.624 0 0.053 0.067 0.719 90.909 87.879 0.719 LGA G 230 G 230 0.494 0 0.042 0.042 0.552 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.347 0 0.062 0.694 3.232 90.909 80.808 3.232 LGA K 232 K 232 0.220 0 0.130 0.924 3.717 95.455 73.131 3.717 LGA R 233 R 233 0.182 0 0.046 1.362 8.322 100.000 51.901 8.322 LGA W 234 W 234 0.624 0 0.064 0.088 0.739 81.818 85.714 0.467 LGA N 235 N 235 1.100 0 0.131 0.977 3.278 73.636 60.000 1.862 LGA Q 236 Q 236 0.261 0 0.057 0.848 3.474 95.455 81.010 0.578 LGA Y 237 Y 237 1.123 0 0.023 0.387 2.556 69.545 54.242 2.556 LGA T 238 T 238 0.931 0 0.000 0.238 1.349 81.818 79.481 1.349 LGA I 239 I 239 0.611 0 0.023 0.075 0.700 81.818 88.636 0.464 LGA K 240 K 240 0.985 0 0.063 0.639 5.084 81.818 55.960 5.084 LGA A 241 A 241 1.014 0 0.048 0.054 1.181 73.636 72.000 - LGA I 242 I 242 0.166 0 0.023 0.069 0.940 100.000 95.455 0.940 LGA L 243 L 243 0.426 0 0.044 0.128 0.800 90.909 86.364 0.509 LGA Q 244 Q 244 0.747 0 0.016 0.285 1.121 77.727 78.182 1.121 LGA N 245 N 245 0.867 0 0.054 0.127 1.004 81.818 79.773 1.004 LGA E 246 E 246 0.826 0 0.034 0.689 1.663 81.818 78.586 1.392 LGA V 247 V 247 0.623 0 0.005 0.061 0.706 81.818 84.416 0.504 LGA Y 248 Y 248 0.558 0 0.029 0.155 1.229 81.818 83.485 1.229 LGA I 249 I 249 0.653 0 0.070 0.119 1.121 90.909 84.318 1.121 LGA G 250 G 250 0.597 0 0.064 0.064 0.686 81.818 81.818 - LGA T 251 T 251 0.759 0 0.084 0.099 0.851 81.818 81.818 0.739 LGA V 252 V 252 0.810 0 0.045 0.158 1.015 81.818 79.481 1.015 LGA K 253 K 253 0.793 0 0.000 0.187 1.167 77.727 84.040 0.447 LGA Y 254 Y 254 0.960 0 0.044 0.370 2.102 77.727 67.576 2.102 LGA K 255 K 255 0.875 0 0.033 0.634 3.347 73.636 58.788 3.076 LGA V 256 V 256 1.212 0 0.054 0.064 1.425 65.455 65.455 1.425 LGA R 257 R 257 1.097 0 0.083 1.077 4.163 73.636 52.727 3.947 LGA E 258 E 258 1.589 0 0.164 1.105 6.171 48.636 30.707 6.171 LGA K 259 K 259 1.325 0 0.063 0.681 3.778 65.455 48.687 3.631 LGA T 260 T 260 1.837 0 0.018 0.184 2.828 50.909 43.896 2.420 LGA K 261 K 261 1.548 0 0.075 0.636 3.783 50.909 42.424 3.783 LGA D 262 D 262 2.100 0 0.058 0.231 2.528 41.364 40.000 2.528 LGA G 263 G 263 1.505 0 0.108 0.108 1.794 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.989 0 0.013 0.487 2.657 44.545 42.626 2.657 LGA R 265 R 265 1.876 0 0.115 1.050 3.472 44.545 42.314 2.659 LGA T 266 T 266 2.113 0 0.030 0.131 2.255 38.182 40.000 1.894 LGA I 267 I 267 1.938 0 0.000 0.096 2.896 47.727 41.591 2.896 LGA R 268 R 268 1.698 0 0.022 1.002 2.706 50.909 51.570 2.487 LGA P 269 P 269 2.216 0 0.019 0.046 2.464 41.364 40.000 2.464 LGA E 270 E 270 2.042 0 0.024 0.865 5.243 44.545 30.101 4.455 LGA K 271 K 271 2.079 0 0.062 0.647 2.456 44.545 53.333 1.075 LGA E 272 E 272 1.416 0 0.084 0.093 2.554 65.909 52.121 2.554 LGA Q 273 Q 273 1.161 0 0.021 0.043 1.731 65.455 60.606 1.669 LGA I 274 I 274 0.585 0 0.053 0.069 0.826 81.818 84.091 0.490 LGA V 275 V 275 0.266 0 0.052 0.082 0.342 100.000 100.000 0.303 LGA V 276 V 276 0.614 0 0.000 0.020 0.846 81.818 81.818 0.846 LGA Q 277 Q 277 0.553 0 0.047 0.627 2.818 90.909 68.889 2.818 LGA D 278 D 278 0.398 0 0.092 0.188 1.050 100.000 93.409 1.050 LGA A 279 A 279 0.513 0 0.026 0.058 0.595 95.455 92.727 - LGA H 280 H 280 0.235 0 0.041 0.279 0.930 100.000 92.727 0.781 LGA A 281 A 281 0.226 0 0.000 0.000 0.320 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.536 0 0.024 0.065 0.828 86.364 84.416 0.828 LGA I 283 I 283 0.561 0 0.059 0.084 0.842 81.818 86.364 0.592 LGA I 284 I 284 0.690 0 0.011 0.072 0.889 81.818 86.364 0.424 LGA D 285 D 285 1.015 0 0.028 0.700 2.218 69.545 64.091 2.218 LGA K 286 K 286 1.127 0 0.010 0.257 1.247 65.455 67.273 1.121 LGA E 287 E 287 1.249 0 0.054 0.614 2.704 65.455 53.535 2.704 LGA Q 288 Q 288 0.926 0 0.000 0.227 1.656 77.727 71.111 1.269 LGA F 289 F 289 0.911 0 0.040 0.098 1.116 81.818 71.405 1.116 LGA Q 290 Q 290 1.184 0 0.033 0.808 2.204 65.455 60.808 2.204 LGA Q 291 Q 291 0.994 0 0.023 0.219 1.291 77.727 72.727 1.291 LGA S 292 S 292 0.654 0 0.088 0.703 2.693 81.818 72.727 2.693 LGA Q 293 Q 293 1.115 0 0.036 0.257 1.402 69.545 67.273 1.325 LGA V 294 V 294 1.332 0 0.019 0.059 1.494 65.455 65.455 1.425 LGA K 295 K 295 0.825 0 0.043 0.130 1.207 77.727 80.000 0.640 LGA I 296 I 296 1.258 0 0.029 0.076 1.858 62.273 67.955 0.997 LGA A 297 A 297 2.094 0 0.089 0.103 2.893 38.636 38.545 - LGA N 298 N 298 1.782 0 0.076 0.584 2.922 41.818 54.318 2.269 LGA K 299 K 299 3.950 0 0.417 0.928 14.621 25.909 11.515 14.621 LGA V 300 V 300 2.644 0 0.076 0.079 4.689 27.273 18.182 4.207 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.201 1.170 2.025 76.027 70.404 55.844 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.20 91.667 95.965 10.377 LGA_LOCAL RMSD: 1.201 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.201 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.201 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.740822 * X + 0.264912 * Y + 0.617256 * Z + 147.114349 Y_new = 0.449111 * X + -0.878684 * Y + -0.161905 * Z + 151.675400 Z_new = 0.499482 * X + 0.397160 * Y + -0.769923 * Z + 144.488190 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.544991 -0.523001 2.665351 [DEG: 31.2257 -29.9657 152.7134 ] ZXZ: 1.314276 2.449517 0.899024 [DEG: 75.3025 140.3470 51.5103 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS164_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS164_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.20 95.965 1.20 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS164_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.485 186.911 153.672 1.00 94.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 151.969 187.780 154.720 1.00 94.00 C ATOM 1347 C GLY 165 150.460 187.723 154.851 1.00 94.00 C ATOM 1348 O GLY 165 149.852 188.612 155.455 1.00 94.00 O ATOM 1349 N LYS 166 149.799 186.705 154.181 1.00 92.31 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.357 186.483 154.299 1.00 92.31 C ATOM 1351 C LYS 166 148.010 185.755 155.594 1.00 92.31 C ATOM 1352 CB LYS 166 147.831 185.693 153.099 1.00 92.31 C ATOM 1353 O LYS 166 148.854 185.078 156.170 1.00 92.31 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.006 186.405 151.761 1.00 92.31 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.537 185.544 150.603 1.00 92.31 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.704 186.269 149.264 1.00 92.31 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.282 185.392 148.115 1.00 92.31 N ATOM 1358 N TRP 167 146.804 186.029 156.102 1.00 95.69 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.384 185.379 157.343 1.00 95.69 C ATOM 1360 C TRP 167 145.885 183.966 157.068 1.00 95.69 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.268 186.198 158.011 1.00 95.69 C ATOM 1362 O TRP 167 145.109 183.726 156.150 1.00 95.69 O ATOM 1363 CG TRP 167 144.900 185.694 159.385 1.00 95.69 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.784 184.975 159.717 1.00 95.69 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.638 185.890 160.585 1.00 95.69 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.922 185.255 161.625 1.00 95.69 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 146.855 186.524 160.900 1.00 95.69 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.786 184.716 161.071 1.00 95.69 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.545 185.880 163.221 1.00 95.69 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.361 185.242 162.954 1.00 95.69 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.289 186.515 162.203 1.00 95.69 C ATOM 1372 N ILE 168 146.240 182.906 157.869 1.00 93.50 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.071 181.498 157.542 1.00 93.50 C ATOM 1374 C ILE 168 145.496 180.751 158.752 1.00 93.50 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.398 180.857 157.088 1.00 93.50 C ATOM 1376 O ILE 168 145.188 179.564 158.651 1.00 93.50 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.498 181.136 158.113 1.00 93.50 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.808 181.370 155.706 1.00 93.50 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.745 180.280 157.943 1.00 93.50 C ATOM 1380 N SER 169 145.298 181.395 159.877 1.00 93.25 N ATOM 1381 CA SER 169 145.075 180.685 161.127 1.00 93.25 C ATOM 1382 C SER 169 143.587 180.613 161.490 1.00 93.25 C ATOM 1383 CB SER 169 145.843 181.345 162.272 1.00 93.25 C ATOM 1384 O SER 169 143.219 180.514 162.657 1.00 93.25 O ATOM 1385 OG SER 169 147.237 181.385 161.982 1.00 93.25 O ATOM 1386 N GLY 170 142.727 180.666 160.527 1.00 91.88 N ATOM 1387 CA GLY 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