####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS164_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS164_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.19 1.19 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.19 1.19 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 1.00 1.22 LCS_AVERAGE: 67.47 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 44 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 64 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 57 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 14 37 109 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 5 26 36 97 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 67 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 45 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 4 34 81 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 5 92 111 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 68 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 5 81 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 5 89 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 57 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 56 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 56 96 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 23 90 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 27 92 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 12 90 112 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 12 90 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 3 71 109 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 39 64 114 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 11 18 52 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 32 96 113 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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P 282 P 282 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 83 135 135 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 83 135 135 59 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 83 135 135 56 96 112 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 83 135 135 15 83 108 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 83 135 135 11 90 112 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 27 135 135 3 3 4 57 117 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 27 135 135 0 49 100 115 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 89.16 ( 67.47 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 96 114 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 71.11 84.44 94.07 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.51 0.90 0.99 1.06 1.15 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 GDT RMS_ALL_AT 1.56 1.39 1.22 1.20 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.110 0 0.016 0.016 1.287 69.545 69.545 - LGA K 166 K 166 1.152 0 0.030 0.136 2.889 69.545 55.354 2.889 LGA W 167 W 167 0.910 0 0.083 0.242 1.578 81.818 71.558 1.578 LGA I 168 I 168 1.870 0 0.048 1.519 6.203 45.455 34.545 6.203 LGA S 169 S 169 2.846 0 0.513 0.499 5.691 35.909 24.848 5.691 LGA G 170 G 170 1.404 0 0.184 0.184 1.414 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.226 0 0.000 1.414 5.471 65.455 50.682 1.948 LGA A 172 A 172 1.145 0 0.034 0.029 1.261 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.479 0 0.057 0.300 1.465 95.455 87.532 1.465 LGA Y 174 Y 174 0.238 0 0.000 0.118 0.804 100.000 93.939 0.804 LGA G 175 G 175 0.303 0 0.057 0.057 0.348 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.602 0 0.006 0.161 0.841 81.818 87.879 0.619 LGA Q 177 Q 177 1.005 0 0.076 0.328 1.534 77.727 74.747 0.914 LGA L 178 L 178 0.953 0 0.038 0.108 1.168 77.727 75.682 1.099 LGA N 179 N 179 0.749 0 0.185 0.694 4.282 77.727 48.864 4.282 LGA K 180 K 180 3.324 0 0.309 0.972 13.359 29.545 13.131 13.359 LGA K 181 K 181 1.625 0 0.368 0.985 8.397 74.545 36.364 8.397 LGA T 182 T 182 0.571 0 0.044 1.137 3.411 77.727 65.714 3.411 LGA S 183 S 183 1.620 0 0.168 0.151 1.834 54.545 53.333 1.729 LGA K 184 K 184 1.360 0 0.070 0.816 2.326 61.818 61.010 2.326 LGA L 185 L 185 0.719 0 0.056 0.060 0.754 81.818 84.091 0.366 LGA D 186 D 186 0.356 0 0.075 0.095 0.858 90.909 95.455 0.151 LGA P 187 P 187 0.601 0 0.000 0.099 1.447 78.182 82.338 0.620 LGA V 188 V 188 0.922 0 0.065 0.061 1.112 81.818 79.481 1.112 LGA E 189 E 189 0.993 0 0.047 0.515 2.707 81.818 72.121 2.707 LGA D 190 D 190 1.084 0 0.035 0.051 1.441 73.636 69.545 1.441 LGA E 191 E 191 0.720 0 0.066 0.120 1.309 86.364 82.020 1.309 LGA A 192 A 192 0.295 0 0.018 0.029 0.454 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.510 0 0.050 0.644 3.260 95.455 71.919 3.207 LGA V 194 V 194 0.528 0 0.039 0.055 0.674 90.909 87.013 0.588 LGA V 195 V 195 0.062 0 0.000 0.046 0.243 100.000 100.000 0.118 LGA Q 196 Q 196 0.331 0 0.042 0.277 1.428 100.000 88.485 1.261 LGA L 197 L 197 0.335 0 0.019 0.048 0.532 100.000 95.455 0.532 LGA I 198 I 198 0.277 0 0.085 0.120 0.536 100.000 97.727 0.264 LGA F 199 F 199 0.367 0 0.036 0.123 0.628 100.000 96.694 0.251 LGA N 200 N 200 0.485 0 0.063 0.873 3.151 100.000 78.864 3.151 LGA I 201 I 201 0.157 0 0.040 0.060 0.260 100.000 100.000 0.090 LGA F 202 F 202 0.375 0 0.000 0.084 0.988 95.455 88.430 0.988 LGA L 203 L 203 0.566 0 0.000 0.077 1.111 95.455 86.591 0.957 LGA N 204 N 204 0.228 0 0.042 0.094 1.052 100.000 86.818 1.050 LGA G 205 G 205 0.427 0 0.048 0.048 0.501 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.609 0 0.066 0.495 1.526 77.727 80.455 0.420 LGA N 207 N 207 1.508 0 0.081 0.281 2.178 58.182 52.955 1.969 LGA G 208 G 208 1.335 0 0.000 0.000 1.524 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.557 0 0.065 0.135 2.077 61.818 54.343 1.975 LGA D 210 D 210 1.396 0 0.078 0.687 1.724 65.455 65.682 1.386 LGA Y 211 Y 211 1.954 0 0.070 0.356 2.201 50.909 48.788 1.837 LGA S 212 S 212 2.485 0 0.701 0.766 6.187 31.364 21.818 6.187 LGA Y 213 Y 213 2.790 0 0.126 1.627 14.540 45.455 15.303 14.540 LGA A 215 A 215 0.991 0 0.163 0.171 1.813 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.456 0 0.024 0.198 0.675 100.000 97.727 0.255 LGA A 217 A 217 0.492 0 0.016 0.044 0.586 90.909 89.091 - LGA S 218 S 218 0.710 0 0.046 0.097 1.281 81.818 79.091 1.281 LGA H 219 H 219 0.548 0 0.047 0.061 0.631 81.818 81.818 0.631 LGA L 220 L 220 0.410 0 0.024 0.107 0.447 100.000 100.000 0.447 LGA T 221 T 221 0.391 0 0.000 0.035 0.496 100.000 100.000 0.386 LGA N 222 N 222 0.463 0 0.043 0.064 0.741 100.000 90.909 0.705 LGA L 223 L 223 0.500 0 0.036 0.065 0.747 86.364 84.091 0.747 LGA Q 224 Q 224 0.316 0 0.070 0.823 4.823 100.000 62.828 4.823 LGA I 225 I 225 0.191 0 0.060 0.110 0.433 100.000 100.000 0.433 LGA P 226 P 226 0.513 0 0.071 0.077 0.795 90.909 87.013 0.795 LGA T 227 T 227 0.346 0 0.053 0.149 0.529 95.455 97.403 0.298 LGA P 228 P 228 0.760 0 0.065 0.083 0.844 86.364 84.416 0.844 LGA S 229 S 229 0.646 0 0.064 0.079 0.725 90.909 87.879 0.725 LGA G 230 G 230 0.382 0 0.025 0.025 0.517 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.302 0 0.072 0.697 3.117 90.909 80.808 3.117 LGA K 232 K 232 0.174 0 0.129 0.898 3.631 95.455 74.545 3.631 LGA R 233 R 233 0.231 0 0.043 1.310 7.888 100.000 52.231 7.888 LGA W 234 W 234 0.595 0 0.081 0.096 0.738 81.818 85.714 0.373 LGA N 235 N 235 1.162 0 0.128 0.989 3.132 73.636 60.000 1.783 LGA Q 236 Q 236 0.285 0 0.052 0.869 3.509 95.455 80.202 0.579 LGA Y 237 Y 237 1.041 0 0.027 0.379 2.455 73.636 59.848 2.455 LGA T 238 T 238 0.884 0 0.017 0.268 1.383 81.818 79.481 1.383 LGA I 239 I 239 0.578 0 0.024 0.083 0.676 81.818 90.909 0.468 LGA K 240 K 240 0.955 0 0.066 0.644 5.090 81.818 55.960 5.090 LGA A 241 A 241 0.987 0 0.048 0.054 1.161 77.727 75.273 - LGA I 242 I 242 0.147 0 0.017 0.068 0.970 100.000 95.455 0.970 LGA L 243 L 243 0.387 0 0.022 0.106 0.733 90.909 86.364 0.530 LGA Q 244 Q 244 0.693 0 0.000 0.265 1.089 81.818 80.000 1.089 LGA N 245 N 245 0.825 0 0.038 0.097 0.874 81.818 81.818 0.849 LGA E 246 E 246 0.803 0 0.028 0.695 1.669 81.818 76.566 1.405 LGA V 247 V 247 0.589 0 0.021 0.059 0.693 81.818 87.013 0.439 LGA Y 248 Y 248 0.508 0 0.028 0.160 1.349 81.818 85.000 1.349 LGA I 249 I 249 0.602 0 0.067 0.100 1.067 90.909 84.318 1.067 LGA G 250 G 250 0.587 0 0.029 0.029 0.690 81.818 81.818 - LGA T 251 T 251 0.707 0 0.081 0.097 0.835 81.818 81.818 0.711 LGA V 252 V 252 0.801 0 0.037 0.151 1.021 81.818 79.481 1.021 LGA K 253 K 253 0.822 0 0.016 0.131 1.180 73.636 76.364 0.528 LGA Y 254 Y 254 0.975 0 0.038 0.348 1.964 77.727 69.697 1.964 LGA K 255 K 255 0.864 0 0.029 0.601 3.087 73.636 59.798 2.873 LGA V 256 V 256 1.217 0 0.051 0.078 1.475 65.455 65.455 1.475 LGA R 257 R 257 1.097 0 0.090 1.090 4.113 73.636 51.240 3.904 LGA E 258 E 258 1.556 0 0.164 1.082 5.947 48.636 31.515 5.947 LGA K 259 K 259 1.215 0 0.078 0.639 3.728 69.545 50.505 3.670 LGA T 260 T 260 1.664 0 0.012 0.178 2.610 50.909 43.896 2.239 LGA K 261 K 261 1.311 0 0.062 0.585 3.277 65.455 55.556 3.277 LGA D 262 D 262 1.856 0 0.064 0.195 2.355 47.727 46.136 2.355 LGA G 263 G 263 1.425 0 0.112 0.112 1.785 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.948 0 0.024 0.491 2.703 44.545 45.455 2.703 LGA R 265 R 265 1.933 0 0.125 1.030 3.648 41.364 42.645 2.098 LGA T 266 T 266 2.116 0 0.030 0.122 2.267 38.182 40.000 1.875 LGA I 267 I 267 2.012 0 0.011 0.080 2.949 41.364 38.409 2.949 LGA R 268 R 268 1.744 0 0.033 0.998 2.714 50.909 51.570 2.320 LGA P 269 P 269 2.218 0 0.000 0.067 2.451 41.364 40.000 2.451 LGA E 270 E 270 2.139 0 0.012 0.911 5.321 41.364 27.677 4.662 LGA K 271 K 271 2.211 0 0.048 0.626 2.593 44.545 52.121 1.316 LGA E 272 E 272 1.466 0 0.060 0.076 2.430 65.909 53.333 2.430 LGA Q 273 Q 273 1.230 0 0.044 0.058 1.807 65.455 60.606 1.732 LGA I 274 I 274 0.631 0 0.047 0.047 0.869 81.818 84.091 0.596 LGA V 275 V 275 0.305 0 0.045 0.085 0.389 100.000 100.000 0.302 LGA V 276 V 276 0.646 0 0.000 0.016 0.866 81.818 81.818 0.866 LGA Q 277 Q 277 0.558 0 0.045 0.606 2.768 86.364 66.869 2.768 LGA D 278 D 278 0.449 0 0.074 0.178 1.151 95.455 88.864 1.151 LGA A 279 A 279 0.539 0 0.028 0.060 0.638 95.455 92.727 - LGA H 280 H 280 0.181 0 0.042 0.262 0.929 100.000 94.545 0.732 LGA A 281 A 281 0.179 0 0.000 0.000 0.283 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.474 0 0.026 0.064 0.762 95.455 92.208 0.762 LGA I 283 I 283 0.523 0 0.050 0.085 0.797 86.364 88.636 0.593 LGA I 284 I 284 0.653 0 0.013 0.053 0.839 81.818 88.636 0.405 LGA D 285 D 285 1.066 0 0.035 0.622 2.080 69.545 66.136 2.080 LGA K 286 K 286 1.142 0 0.023 0.258 1.328 65.455 67.273 1.161 LGA E 287 E 287 1.301 0 0.057 0.386 2.223 65.455 56.162 2.049 LGA Q 288 Q 288 0.955 0 0.000 0.195 1.521 77.727 71.111 1.210 LGA F 289 F 289 0.866 0 0.038 0.078 1.043 81.818 77.355 1.041 LGA Q 290 Q 290 1.216 0 0.041 0.845 1.992 65.455 65.859 1.992 LGA Q 291 Q 291 1.000 0 0.000 0.208 1.387 73.636 70.909 1.387 LGA S 292 S 292 0.682 0 0.085 0.710 2.745 81.818 72.727 2.745 LGA Q 293 Q 293 1.130 0 0.037 0.270 1.425 69.545 67.273 1.360 LGA V 294 V 294 1.364 0 0.035 0.069 1.511 65.455 63.377 1.461 LGA K 295 K 295 0.818 0 0.044 0.163 1.130 77.727 80.000 0.877 LGA I 296 I 296 1.217 0 0.022 0.080 1.779 62.273 66.136 0.922 LGA A 297 A 297 2.009 0 0.084 0.096 2.732 38.636 38.545 - LGA N 298 N 298 1.630 0 0.057 0.575 2.654 41.818 54.318 2.290 LGA K 299 K 299 3.792 0 0.427 0.971 14.354 25.909 11.515 14.354 LGA V 300 V 300 2.650 0 0.073 0.083 4.740 30.000 19.740 4.301 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.188 1.155 2.007 76.596 71.061 57.051 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.19 91.296 95.903 10.478 LGA_LOCAL RMSD: 1.188 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.188 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.188 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.336971 * X + 0.548647 * Y + -0.765139 * Z + 146.827713 Y_new = -0.834736 * X + -0.201815 * Y + -0.512335 * Z + 151.737488 Z_new = -0.435507 * X + 0.811331 * Y + 0.389969 * Z + 145.499817 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.187116 0.450602 1.122745 [DEG: -68.0167 25.8176 64.3286 ] ZXZ: -0.980767 1.170198 -0.492638 [DEG: -56.1938 67.0474 -28.2261 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS164_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS164_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.19 95.903 1.19 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS164_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.426 186.874 153.523 1.00 95.88 N ATOM 1346 CA GLY 165 151.925 187.775 154.565 1.00 95.88 C ATOM 1347 C GLY 165 150.418 187.728 154.711 1.00 95.88 C ATOM 1348 O GLY 165 149.832 188.589 155.333 1.00 95.88 O ATOM 1349 N LYS 166 149.748 186.709 154.064 1.00 95.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.312 186.511 154.191 1.00 95.00 C ATOM 1351 C LYS 166 147.965 185.801 155.500 1.00 95.00 C ATOM 1352 CB LYS 166 147.764 185.728 153.009 1.00 95.00 C ATOM 1353 O LYS 166 148.829 185.147 156.096 1.00 95.00 O ATOM 1354 CG LYS 166 147.891 186.442 151.668 1.00 95.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.388 185.584 150.519 1.00 95.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.486 186.317 149.190 1.00 95.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.097 185.447 148.045 1.00 95.00 N ATOM 1358 N TRP 167 146.778 185.999 155.997 1.00 97.25 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.336 185.389 157.254 1.00 97.25 C ATOM 1360 C TRP 167 145.865 183.947 156.999 1.00 97.25 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.222 186.209 157.907 1.00 97.25 C ATOM 1362 O TRP 167 145.181 183.682 156.009 1.00 97.25 O ATOM 1363 CG TRP 167 144.866 185.724 159.277 1.00 97.25 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.766 185.012 159.648 1.00 97.25 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.593 185.986 160.486 1.00 97.25 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.887 185.374 161.544 1.00 97.25 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 146.789 186.657 160.770 1.00 97.25 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.770 184.791 161.008 1.00 97.25 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.497 186.097 163.125 1.00 97.25 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.328 185.422 162.871 1.00 97.25 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.231 186.710 162.087 1.00 97.25 C ATOM 1372 N ILE 168 146.180 182.959 157.881 1.00 95.56 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.008 181.540 157.562 1.00 95.56 C ATOM 1374 C ILE 168 145.412 180.818 158.770 1.00 95.56 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.344 180.891 157.148 1.00 95.56 C ATOM 1376 O ILE 168 145.065 179.638 158.683 1.00 95.56 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.424 181.174 158.194 1.00 95.56 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.774 181.376 155.764 1.00 95.56 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.717 180.387 157.977 1.00 95.56 C ATOM 1380 N SER 169 145.234 181.426 159.943 1.00 95.06 N ATOM 1381 CA SER 169 144.979 180.740 161.205 1.00 95.06 C ATOM 1382 C SER 169 143.489 180.729 161.541 1.00 95.06 C ATOM 1383 CB SER 169 145.764 181.384 162.337 1.00 95.06 C ATOM 1384 O SER 169 143.116 180.798 162.702 1.00 95.06 O ATOM 1385 OG SER 169 147.139 181.481 162.029 1.00 95.06 O ATOM 1386 N GLY 170 142.653 180.668 160.583 1.00 93.44 N ATOM 1387 CA GLY 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