####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS164_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS164_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.24 1.24 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.24 1.24 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 94 165 - 259 1.00 1.29 LCS_AVERAGE: 63.46 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 94 135 135 6 94 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 94 135 135 39 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 94 135 135 56 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 94 135 135 10 36 107 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 94 135 135 9 25 37 103 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 94 135 135 66 95 109 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 94 135 135 64 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 94 135 135 58 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 94 135 135 3 20 59 106 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 94 135 135 27 86 102 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 94 135 135 37 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 94 135 135 19 85 109 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 94 135 135 6 93 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 94 135 135 50 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 94 135 135 56 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 94 135 135 56 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 94 135 135 27 90 109 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 94 135 135 32 92 109 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 94 135 135 10 90 108 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 94 135 135 12 90 108 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 94 135 135 11 71 107 123 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 94 135 135 3 38 71 111 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 94 135 135 3 12 19 54 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 94 135 135 39 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 94 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT Q 273 Q 273 66 135 135 15 70 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 274 I 274 66 135 135 28 92 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 275 V 275 66 135 135 50 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 276 V 276 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 277 Q 277 66 135 135 63 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 278 D 278 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 279 A 279 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT H 280 H 280 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 66 135 135 64 95 109 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 66 135 135 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 65 135 135 41 95 109 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 63 135 135 27 78 106 119 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 63 135 135 25 92 107 123 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 27 135 135 3 3 4 103 117 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 27 135 135 0 37 100 114 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.82 ( 63.46 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 66 95 110 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.89 70.37 81.48 92.59 96.30 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.89 1.04 1.12 1.20 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 GDT RMS_ALL_AT 1.61 1.45 1.25 1.25 1.25 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 1.24 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.134 0 0.031 0.031 1.295 65.455 65.455 - LGA K 166 K 166 1.163 0 0.030 0.131 2.788 73.636 57.172 2.788 LGA W 167 W 167 0.893 0 0.062 0.235 1.386 77.727 72.468 1.368 LGA I 168 I 168 1.865 0 0.049 1.515 6.214 45.455 34.545 6.214 LGA S 169 S 169 2.707 0 0.530 0.507 5.521 35.909 24.848 5.521 LGA G 170 G 170 1.307 0 0.204 0.204 1.398 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.115 0 0.000 1.343 5.190 65.455 52.727 1.665 LGA A 172 A 172 1.182 0 0.030 0.024 1.319 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.556 0 0.054 0.332 1.608 86.364 77.662 1.608 LGA Y 174 Y 174 0.141 0 0.000 0.144 0.835 100.000 92.424 0.835 LGA G 175 G 175 0.296 0 0.065 0.065 0.349 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.639 0 0.023 0.150 0.887 81.818 84.848 0.607 LGA Q 177 Q 177 1.009 0 0.076 0.289 1.271 77.727 76.364 0.966 LGA L 178 L 178 0.998 0 0.044 0.090 1.224 73.636 71.591 1.067 LGA N 179 N 179 0.710 0 0.180 0.653 4.071 77.727 48.864 4.071 LGA K 180 K 180 3.210 0 0.303 0.972 13.198 29.545 13.131 13.198 LGA K 181 K 181 1.837 0 0.351 0.960 8.421 65.909 31.111 8.421 LGA T 182 T 182 0.644 0 0.049 1.130 3.442 77.727 65.714 3.442 LGA S 183 S 183 1.631 0 0.161 0.142 1.820 54.545 53.333 1.762 LGA K 184 K 184 1.392 0 0.056 0.769 2.063 61.818 61.010 2.063 LGA L 185 L 185 0.734 0 0.060 0.065 0.763 81.818 84.091 0.391 LGA D 186 D 186 0.403 0 0.074 0.092 0.827 86.364 93.182 0.225 LGA P 187 P 187 0.498 0 0.000 0.074 1.276 86.818 87.273 0.563 LGA V 188 V 188 0.908 0 0.059 0.056 1.053 81.818 79.481 1.053 LGA E 189 E 189 0.920 0 0.043 0.441 2.198 81.818 75.152 2.198 LGA D 190 D 190 0.989 0 0.035 0.050 1.365 81.818 73.636 1.365 LGA E 191 E 191 0.723 0 0.049 0.131 1.418 86.364 80.202 1.418 LGA A 192 A 192 0.352 0 0.014 0.016 0.500 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.502 0 0.057 0.639 3.112 95.455 73.737 3.051 LGA V 194 V 194 0.481 0 0.036 0.056 0.608 100.000 92.208 0.541 LGA V 195 V 195 0.110 0 0.000 0.045 0.284 100.000 100.000 0.159 LGA Q 196 Q 196 0.328 0 0.043 0.257 1.403 100.000 88.485 1.263 LGA L 197 L 197 0.297 0 0.016 0.031 0.521 100.000 95.455 0.521 LGA I 198 I 198 0.325 0 0.075 0.107 0.563 100.000 97.727 0.360 LGA F 199 F 199 0.375 0 0.044 0.097 0.586 95.455 95.041 0.328 LGA N 200 N 200 0.409 0 0.054 1.065 3.721 100.000 76.591 3.721 LGA I 201 I 201 0.147 0 0.033 0.057 0.264 100.000 100.000 0.166 LGA F 202 F 202 0.382 0 0.003 0.072 0.802 95.455 90.083 0.802 LGA L 203 L 203 0.528 0 0.000 0.094 1.168 90.909 84.318 0.954 LGA N 204 N 204 0.117 0 0.050 0.082 1.031 100.000 88.864 0.957 LGA G 205 G 205 0.500 0 0.058 0.058 0.560 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.749 0 0.049 0.219 1.252 73.636 84.545 0.113 LGA N 207 N 207 1.629 0 0.085 0.248 2.228 54.545 49.545 2.058 LGA G 208 G 208 1.420 0 0.000 0.000 1.605 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.681 0 0.078 0.135 2.670 58.182 46.061 2.617 LGA D 210 D 210 1.524 0 0.072 0.739 1.993 54.545 54.545 1.588 LGA Y 211 Y 211 2.035 0 0.082 0.345 2.292 44.545 46.667 1.928 LGA S 212 S 212 2.599 0 0.700 0.765 6.300 28.636 20.000 6.300 LGA Y 213 Y 213 2.714 0 0.125 1.626 14.272 48.636 16.667 14.272 LGA A 215 A 215 1.092 0 0.166 0.172 1.837 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.561 0 0.000 0.178 0.651 81.818 88.636 0.197 LGA A 217 A 217 0.690 0 0.022 0.047 0.798 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.915 0 0.044 0.093 1.409 81.818 76.364 1.409 LGA H 219 H 219 0.714 0 0.041 0.057 0.813 81.818 81.818 0.785 LGA L 220 L 220 0.512 0 0.000 0.093 0.574 81.818 90.909 0.424 LGA T 221 T 221 0.602 0 0.020 0.043 0.748 81.818 81.818 0.641 LGA N 222 N 222 0.720 0 0.043 0.071 1.013 81.818 77.727 1.013 LGA L 223 L 223 0.689 0 0.044 0.072 0.938 81.818 81.818 0.938 LGA Q 224 Q 224 0.464 0 0.090 0.828 5.101 95.455 60.606 5.101 LGA I 225 I 225 0.236 0 0.056 0.117 0.404 100.000 100.000 0.364 LGA P 226 P 226 0.602 0 0.075 0.087 0.738 81.818 81.818 0.719 LGA T 227 T 227 0.432 0 0.044 0.138 0.571 90.909 94.805 0.370 LGA P 228 P 228 0.761 0 0.064 0.085 0.887 86.364 84.416 0.887 LGA S 229 S 229 0.583 0 0.064 0.073 0.681 86.364 84.848 0.612 LGA G 230 G 230 0.588 0 0.009 0.009 0.642 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.382 0 0.060 0.696 3.268 90.909 80.808 3.268 LGA K 232 K 232 0.140 0 0.133 0.918 3.621 95.455 74.545 3.621 LGA R 233 R 233 0.320 0 0.051 1.367 8.494 100.000 51.901 8.494 LGA W 234 W 234 0.740 0 0.074 0.095 0.928 81.818 85.714 0.378 LGA N 235 N 235 1.263 0 0.116 0.997 3.377 69.545 56.136 1.900 LGA Q 236 Q 236 0.303 0 0.056 0.916 3.579 95.455 80.202 0.662 LGA Y 237 Y 237 1.112 0 0.028 0.352 2.427 69.545 58.485 2.427 LGA T 238 T 238 0.934 0 0.012 0.233 1.420 81.818 79.481 1.420 LGA I 239 I 239 0.637 0 0.031 0.083 0.745 81.818 84.091 0.529 LGA K 240 K 240 0.996 0 0.059 0.656 5.263 81.818 55.960 5.263 LGA A 241 A 241 0.960 0 0.046 0.054 1.120 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.133 0 0.021 0.072 1.042 100.000 91.136 1.042 LGA L 243 L 243 0.408 0 0.027 0.122 0.811 90.909 93.182 0.447 LGA Q 244 Q 244 0.792 0 0.000 0.281 1.152 77.727 78.182 1.137 LGA N 245 N 245 0.829 0 0.047 0.122 0.953 81.818 81.818 0.953 LGA E 246 E 246 0.753 0 0.023 0.676 1.691 81.818 76.566 1.391 LGA V 247 V 247 0.509 0 0.010 0.081 0.593 90.909 94.805 0.418 LGA Y 248 Y 248 0.471 0 0.020 0.154 1.306 90.909 88.030 1.306 LGA I 249 I 249 0.627 0 0.069 0.107 1.102 90.909 84.318 1.102 LGA G 250 G 250 0.517 0 0.044 0.044 0.623 86.364 86.364 - LGA T 251 T 251 0.702 0 0.094 0.110 0.823 81.818 81.818 0.701 LGA V 252 V 252 0.772 0 0.036 0.133 0.939 81.818 81.818 0.939 LGA K 253 K 253 0.889 0 0.019 0.203 1.235 73.636 80.404 0.432 LGA Y 254 Y 254 1.119 0 0.037 0.362 2.288 65.455 60.758 2.288 LGA K 255 K 255 1.100 0 0.034 0.635 3.190 65.455 54.343 2.865 LGA V 256 V 256 1.437 0 0.042 0.057 1.612 65.455 63.377 1.612 LGA R 257 R 257 1.224 0 0.088 1.091 4.461 69.545 48.264 4.223 LGA E 258 E 258 1.689 0 0.139 1.103 6.088 48.636 31.515 6.088 LGA K 259 K 259 1.501 0 0.035 0.714 3.904 58.182 44.040 3.772 LGA T 260 T 260 1.858 0 0.018 0.165 2.768 50.909 43.896 2.338 LGA K 261 K 261 1.556 0 0.073 0.650 4.001 50.909 40.606 4.001 LGA D 262 D 262 2.141 0 0.060 0.242 2.750 41.364 40.000 2.750 LGA G 263 G 263 1.665 0 0.098 0.098 1.916 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 2.058 0 0.000 0.482 2.765 41.364 38.384 2.765 LGA R 265 R 265 2.115 0 0.082 1.049 3.853 38.182 39.339 2.620 LGA T 266 T 266 2.310 0 0.024 0.121 2.470 38.182 38.182 2.044 LGA I 267 I 267 2.223 0 0.000 0.085 3.153 38.182 32.955 3.153 LGA R 268 R 268 1.923 0 0.028 1.015 2.821 44.545 47.934 2.393 LGA P 269 P 269 2.448 0 0.023 0.051 2.653 41.364 36.883 2.653 LGA E 270 E 270 2.404 0 0.014 0.866 5.689 35.455 22.626 4.867 LGA K 271 K 271 2.379 0 0.047 0.660 2.747 38.182 45.859 1.571 LGA E 272 E 272 1.654 0 0.063 0.125 2.513 58.182 47.273 2.513 LGA Q 273 Q 273 1.409 0 0.027 0.039 2.160 58.182 51.313 2.017 LGA I 274 I 274 0.674 0 0.056 0.077 0.953 81.818 84.091 0.497 LGA V 275 V 275 0.363 0 0.053 0.084 0.474 100.000 100.000 0.335 LGA V 276 V 276 0.570 0 0.000 0.000 0.805 86.364 84.416 0.805 LGA Q 277 Q 277 0.600 0 0.058 0.640 2.960 81.818 64.848 2.960 LGA D 278 D 278 0.477 0 0.086 0.200 1.169 90.909 86.591 1.169 LGA A 279 A 279 0.522 0 0.033 0.059 0.598 95.455 92.727 - LGA H 280 H 280 0.204 0 0.046 0.318 0.942 100.000 92.727 0.758 LGA A 281 A 281 0.214 0 0.000 0.000 0.237 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.442 0 0.038 0.075 0.756 90.909 89.610 0.756 LGA I 283 I 283 0.514 0 0.056 0.082 0.825 86.364 88.636 0.641 LGA I 284 I 284 0.660 0 0.017 0.070 0.856 81.818 88.636 0.413 LGA D 285 D 285 1.029 0 0.034 0.604 2.012 69.545 64.091 2.012 LGA K 286 K 286 1.052 0 0.015 0.265 1.334 65.455 67.273 1.334 LGA E 287 E 287 1.252 0 0.055 0.628 2.732 65.455 53.535 2.732 LGA Q 288 Q 288 0.953 0 0.000 0.214 1.654 77.727 71.111 1.363 LGA F 289 F 289 0.895 0 0.040 0.083 1.089 81.818 71.405 1.074 LGA Q 290 Q 290 1.231 0 0.040 0.830 2.510 65.455 59.596 2.510 LGA Q 291 Q 291 1.052 0 0.000 0.226 1.378 73.636 69.091 1.327 LGA S 292 S 292 0.661 0 0.085 0.704 2.741 81.818 72.727 2.741 LGA Q 293 Q 293 1.150 0 0.028 0.262 1.455 69.545 67.273 1.398 LGA V 294 V 294 1.394 0 0.027 0.064 1.541 65.455 63.377 1.475 LGA K 295 K 295 0.821 0 0.041 0.156 1.117 77.727 80.000 0.819 LGA I 296 I 296 1.276 0 0.025 0.072 1.868 58.182 64.091 0.977 LGA A 297 A 297 2.170 0 0.095 0.107 2.935 38.636 38.545 - LGA N 298 N 298 1.692 0 0.070 0.556 2.655 41.818 52.273 2.351 LGA K 299 K 299 3.706 0 0.425 0.954 14.337 31.818 14.141 14.337 LGA V 300 V 300 2.624 0 0.072 0.081 4.824 30.000 19.740 4.355 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.243 1.211 2.050 74.633 69.307 55.340 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.24 90.741 95.471 10.052 LGA_LOCAL RMSD: 1.243 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.243 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.243 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.878593 * X + 0.438998 * Y + 0.188031 * Z + 146.945190 Y_new = 0.476459 * X + -0.778894 * Y + -0.407811 * Z + 150.950409 Z_new = -0.032572 * X + 0.447889 * Y + -0.893496 * Z + 144.926926 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.496911 0.032578 2.676924 [DEG: 28.4709 1.8666 153.3764 ] ZXZ: 0.432025 2.675866 -0.072595 [DEG: 24.7532 153.3158 -4.1594 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS164_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS164_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.24 95.471 1.24 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS164_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.404 186.863 153.573 1.00 97.25 N ATOM 1346 CA GLY 165 151.882 187.733 154.621 1.00 97.25 C ATOM 1347 C GLY 165 150.384 187.652 154.763 1.00 97.25 C ATOM 1348 O GLY 165 149.786 188.506 155.437 1.00 97.25 O ATOM 1349 N LYS 166 149.749 186.711 154.097 1.00 96.38 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.314 186.481 154.233 1.00 96.38 C ATOM 1351 C LYS 166 147.990 185.791 155.546 1.00 96.38 C ATOM 1352 CB LYS 166 147.789 185.663 153.044 1.00 96.38 C ATOM 1353 O LYS 166 148.854 185.155 156.140 1.00 96.38 O ATOM 1354 CG LYS 166 147.954 186.347 151.700 1.00 96.38 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.478 185.443 150.561 1.00 96.38 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.623 186.133 149.210 1.00 96.38 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.238 185.223 148.075 1.00 96.38 N ATOM 1358 N TRP 167 146.762 185.952 155.984 1.00 97.25 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.333 185.323 157.230 1.00 97.25 C ATOM 1360 C TRP 167 145.876 183.883 156.986 1.00 97.25 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.208 186.113 157.891 1.00 97.25 C ATOM 1362 O TRP 167 145.124 183.617 156.040 1.00 97.25 O ATOM 1363 CG TRP 167 144.837 185.627 159.259 1.00 97.25 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.732 184.901 159.603 1.00 97.25 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.563 185.847 160.466 1.00 97.25 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.840 185.219 161.510 1.00 97.25 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 146.767 186.501 160.771 1.00 97.25 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.729 184.654 160.957 1.00 97.25 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.459 185.883 163.104 1.00 97.25 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.286 185.223 162.826 1.00 97.25 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.203 186.508 162.100 1.00 97.25 C ATOM 1372 N ILE 168 146.185 182.899 157.867 1.00 96.69 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.025 181.483 157.553 1.00 96.69 C ATOM 1374 C ILE 168 145.439 180.746 158.763 1.00 96.69 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.363 180.842 157.148 1.00 96.69 C ATOM 1376 O ILE 168 145.093 179.572 158.667 1.00 96.69 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.446 181.144 158.182 1.00 96.69 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.787 181.325 155.758 1.00 96.69 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.740 180.368 157.970 1.00 96.69 C ATOM 1380 N SER 169 145.264 181.289 159.843 1.00 95.94 N ATOM 1381 CA SER 169 145.049 180.609 161.104 1.00 95.94 C ATOM 1382 C SER 169 143.570 180.571 161.475 1.00 95.94 C ATOM 1383 CB SER 169 145.846 181.281 162.225 1.00 95.94 C ATOM 1384 O SER 169 143.222 180.574 162.660 1.00 95.94 O ATOM 1385 OG SER 169 147.222 181.312 161.924 1.00 95.94 O ATOM 1386 N GLY 170 142.714 180.645 160.562 1.00 94.56 N ATOM 1387 CA GLY 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1629 ND2 ASN 200 146.780 203.805 174.909 1.00 97.06 N ATOM 1630 OD1 ASN 200 148.855 203.168 175.497 1.00 97.06 O ATOM 1631 N ILE 201 146.601 200.598 179.273 1.00 97.38 N ATOM 1632 CA ILE 201 146.289 200.318 180.665 1.00 97.38 C ATOM 1633 C ILE 201 147.365 199.424 181.264 1.00 97.38 C ATOM 1634 CB ILE 201 144.906 199.664 180.811 1.00 97.38 C ATOM 1635 O ILE 201 147.823 199.674 182.401 1.00 97.38 O ATOM 1636 CG1 ILE 201 143.794 200.635 180.345 1.00 97.38 C ATOM 1637 CG2 ILE 201 144.655 199.244 182.280 1.00 97.38 C ATOM 1638 CD1 ILE 201 142.426 200.004 180.275 1.00 97.38 C ATOM 1639 N PHE 202 147.741 198.451 180.528 1.00 97.44 N ATOM 1640 CA PHE 202 148.739 197.530 181.018 1.00 97.44 C ATOM 1641 C PHE 202 150.058 198.230 181.256 1.00 97.44 C ATOM 1642 CB PHE 202 148.942 196.367 180.018 1.00 97.44 C ATOM 1643 O PHE 202 150.705 198.025 182.291 1.00 97.44 O ATOM 1644 CG PHE 202 149.951 195.357 180.481 1.00 97.44 C ATOM 1645 CD1 PHE 202 151.209 195.291 179.902 1.00 97.44 C ATOM 1646 CD2 PHE 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