####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS163_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS163_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 56 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 38 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 58 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 56 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 58 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 18 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 41 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 10 19 73 113 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 50 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 60 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 34 101 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 34 109 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 56 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 56 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 56 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 60 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 48 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 60 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 60 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 60 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 27 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 26 87 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 4 95 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 95 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 13 58 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 31 48 123 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 10 28 106 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 41 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 54 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 54 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 41 110 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 54 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 53 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 20 92 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 41 106 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 19 29 96 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 105 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 63 111 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 46.67 82.22 93.33 96.30 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.55 0.71 0.78 0.84 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 1.14 1.03 0.98 0.98 0.98 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.948 0 0.026 0.026 1.019 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.929 0 0.032 0.141 2.064 81.818 66.465 2.064 LGA W 167 W 167 0.554 0 0.090 0.129 1.036 77.727 83.247 0.721 LGA I 168 I 168 0.647 0 0.175 0.255 1.611 78.636 68.409 1.148 LGA S 169 S 169 0.591 0 0.061 0.611 2.531 81.818 75.758 2.531 LGA G 170 G 170 0.872 0 0.034 0.034 0.872 86.364 86.364 - LGA L 171 L 171 0.662 0 0.058 1.238 4.326 81.818 66.364 1.021 LGA A 172 A 172 0.806 0 0.031 0.026 0.943 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.448 0 0.040 0.075 0.978 95.455 89.610 0.978 LGA Y 174 Y 174 0.447 0 0.000 0.183 0.975 90.909 84.848 0.975 LGA G 175 G 175 0.381 0 0.077 0.077 0.411 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.496 0 0.018 0.156 0.646 90.909 90.909 0.541 LGA Q 177 Q 177 0.774 0 0.081 0.367 1.784 86.364 80.404 0.698 LGA L 178 L 178 0.553 0 0.046 0.085 0.834 86.364 84.091 0.830 LGA N 179 N 179 0.957 0 0.169 0.728 4.740 74.545 44.545 4.740 LGA K 180 K 180 3.783 0 0.275 0.957 13.229 20.455 9.091 13.229 LGA K 181 K 181 1.170 0 0.385 0.955 7.700 86.818 43.636 7.700 LGA T 182 T 182 0.443 0 0.041 1.134 3.254 86.818 70.909 3.254 LGA S 183 S 183 1.285 0 0.176 0.156 1.545 69.545 65.758 1.426 LGA K 184 K 184 1.066 0 0.060 0.784 2.000 73.636 68.081 2.000 LGA L 185 L 185 0.407 0 0.042 0.058 0.453 100.000 100.000 0.313 LGA D 186 D 186 0.178 0 0.081 0.126 0.725 95.455 95.455 0.305 LGA P 187 P 187 0.579 0 0.000 0.067 1.305 82.273 82.078 0.687 LGA V 188 V 188 0.972 0 0.053 0.048 1.165 77.727 72.468 1.165 LGA E 189 E 189 1.044 0 0.032 0.415 2.390 69.545 67.879 2.390 LGA D 190 D 190 1.146 0 0.031 0.046 1.466 69.545 67.500 1.466 LGA E 191 E 191 0.896 0 0.057 0.119 1.309 77.727 76.364 1.309 LGA A 192 A 192 0.483 0 0.019 0.027 0.607 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.480 0 0.056 0.618 2.883 100.000 77.778 2.628 LGA V 194 V 194 0.582 0 0.035 0.051 0.681 90.909 87.013 0.625 LGA V 195 V 195 0.256 0 0.000 0.046 0.471 100.000 100.000 0.370 LGA Q 196 Q 196 0.264 0 0.051 0.265 1.514 100.000 86.869 1.382 LGA L 197 L 197 0.237 0 0.030 0.047 0.440 100.000 100.000 0.408 LGA I 198 I 198 0.343 0 0.071 0.098 0.451 100.000 100.000 0.294 LGA F 199 F 199 0.300 0 0.036 0.090 0.411 100.000 100.000 0.267 LGA N 200 N 200 0.350 0 0.039 0.643 1.441 100.000 91.364 1.310 LGA I 201 I 201 0.302 0 0.035 0.055 0.364 100.000 100.000 0.315 LGA F 202 F 202 0.375 0 0.000 0.078 0.586 95.455 95.041 0.586 LGA L 203 L 203 0.627 0 0.001 0.119 1.105 81.818 79.773 0.825 LGA N 204 N 204 0.455 0 0.044 0.071 0.910 86.364 86.364 0.910 LGA G 205 G 205 0.459 0 0.057 0.057 0.459 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.459 0 0.037 0.826 3.314 90.909 76.818 0.527 LGA N 207 N 207 0.953 0 0.084 0.315 1.266 73.636 75.682 0.899 LGA G 208 G 208 1.528 0 0.023 0.023 1.961 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.517 0 0.072 0.129 2.003 61.818 54.343 2.003 LGA D 210 D 210 1.500 0 0.061 0.799 2.111 61.818 58.409 2.111 LGA Y 211 Y 211 1.889 0 0.082 0.430 2.033 50.909 49.848 1.550 LGA S 212 S 212 2.453 0 0.701 0.760 6.001 34.545 23.939 6.001 LGA Y 213 Y 213 2.913 0 0.133 1.590 14.565 38.636 13.030 14.565 LGA A 215 A 215 0.979 0 0.166 0.172 1.913 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.337 0 0.000 0.204 0.629 100.000 97.727 0.266 LGA A 217 A 217 0.341 0 0.023 0.044 0.405 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.597 0 0.039 0.077 1.260 90.909 85.152 1.260 LGA H 219 H 219 0.392 0 0.049 0.065 0.586 100.000 94.545 0.586 LGA L 220 L 220 0.359 0 0.017 0.109 0.542 100.000 97.727 0.542 LGA T 221 T 221 0.179 0 0.018 0.030 0.291 100.000 100.000 0.291 LGA N 222 N 222 0.136 0 0.045 0.056 0.307 100.000 100.000 0.173 LGA L 223 L 223 0.520 0 0.037 0.088 1.025 90.909 82.273 1.018 LGA Q 224 Q 224 0.360 0 0.077 0.805 4.356 100.000 68.485 4.356 LGA I 225 I 225 0.426 0 0.055 0.101 0.426 100.000 100.000 0.127 LGA P 226 P 226 0.481 0 0.073 0.087 0.661 95.455 89.610 0.661 LGA T 227 T 227 0.242 0 0.055 0.169 0.548 100.000 97.403 0.273 LGA P 228 P 228 0.895 0 0.115 0.128 1.052 81.818 79.481 0.965 LGA S 229 S 229 0.783 0 0.061 0.064 0.965 90.909 87.879 0.938 LGA G 230 G 230 0.408 0 0.029 0.029 0.607 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.456 0 0.080 0.697 3.286 90.909 78.788 3.286 LGA K 232 K 232 0.547 0 0.134 0.912 3.799 86.364 65.051 3.799 LGA R 233 R 233 0.403 0 0.037 1.380 8.158 95.455 50.248 8.158 LGA W 234 W 234 0.359 0 0.079 0.099 0.479 100.000 100.000 0.218 LGA N 235 N 235 0.852 0 0.106 1.001 3.444 81.818 64.091 1.807 LGA Q 236 Q 236 0.655 0 0.044 0.731 3.011 86.364 74.949 0.535 LGA Y 237 Y 237 0.643 0 0.030 0.371 2.138 86.364 71.818 2.138 LGA T 238 T 238 0.421 0 0.017 0.202 0.629 100.000 97.403 0.629 LGA I 239 I 239 0.363 0 0.035 0.072 0.389 100.000 100.000 0.199 LGA K 240 K 240 0.511 0 0.066 0.616 3.899 90.909 70.303 3.899 LGA A 241 A 241 0.554 0 0.050 0.058 0.693 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.321 0 0.012 0.062 0.958 100.000 90.909 0.958 LGA L 243 L 243 0.261 0 0.052 0.142 0.480 100.000 100.000 0.236 LGA Q 244 Q 244 0.253 0 0.028 0.375 1.578 95.455 86.667 1.237 LGA N 245 N 245 0.449 0 0.049 0.125 0.637 100.000 93.182 0.637 LGA E 246 E 246 0.430 0 0.037 0.340 1.088 100.000 90.101 0.996 LGA V 247 V 247 0.171 0 0.025 0.066 0.233 100.000 100.000 0.099 LGA Y 248 Y 248 0.310 0 0.033 0.160 1.347 100.000 89.697 1.347 LGA I 249 I 249 0.314 0 0.053 0.103 0.689 100.000 95.455 0.689 LGA G 250 G 250 0.196 0 0.049 0.049 0.339 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.424 0 0.071 0.087 0.589 95.455 94.805 0.441 LGA V 252 V 252 0.411 0 0.051 0.133 0.851 95.455 94.805 0.512 LGA K 253 K 253 0.485 0 0.037 0.207 0.758 90.909 89.899 0.464 LGA Y 254 Y 254 0.687 0 0.038 0.314 2.747 81.818 66.818 2.747 LGA K 255 K 255 0.814 0 0.049 0.193 1.376 77.727 74.545 1.020 LGA V 256 V 256 0.849 0 0.074 0.089 0.890 81.818 81.818 0.833 LGA R 257 R 257 0.812 0 0.024 1.117 5.268 77.727 54.545 4.011 LGA E 258 E 258 0.924 0 0.048 0.938 4.821 70.000 49.495 4.821 LGA K 259 K 259 1.260 0 0.000 0.126 1.782 65.455 58.990 1.782 LGA T 260 T 260 1.432 0 0.015 0.054 1.625 58.182 55.065 1.604 LGA K 261 K 261 1.896 0 0.038 0.721 6.405 44.545 30.909 6.405 LGA D 262 D 262 1.995 0 0.060 0.283 2.366 47.727 47.955 2.366 LGA G 263 G 263 1.546 0 0.071 0.071 1.643 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.231 0 0.044 0.498 2.104 61.818 60.808 2.104 LGA R 265 R 265 0.881 0 0.080 1.034 3.733 77.727 59.174 3.733 LGA T 266 T 266 0.971 0 0.042 0.151 1.266 73.636 72.468 0.976 LGA I 267 I 267 0.764 0 0.018 0.103 1.053 81.818 79.773 1.053 LGA R 268 R 268 0.862 0 0.030 0.976 2.535 81.818 68.430 2.535 LGA P 269 P 269 1.034 0 0.000 0.042 1.193 73.636 70.130 1.193 LGA E 270 E 270 0.944 0 0.038 0.855 3.397 81.818 63.838 2.635 LGA K 271 K 271 1.010 0 0.073 0.734 4.781 69.545 47.071 4.781 LGA E 272 E 272 0.911 0 0.082 0.468 2.627 81.818 66.869 1.087 LGA Q 273 Q 273 0.974 0 0.034 0.068 1.037 77.727 78.182 0.994 LGA I 274 I 274 0.849 0 0.097 0.098 1.139 77.727 79.773 0.936 LGA V 275 V 275 0.490 0 0.027 0.063 0.557 95.455 94.805 0.483 LGA V 276 V 276 0.579 0 0.000 0.006 0.640 86.364 84.416 0.640 LGA Q 277 Q 277 0.458 0 0.042 0.723 3.801 95.455 71.111 3.801 LGA D 278 D 278 0.218 0 0.100 0.150 0.715 100.000 97.727 0.715 LGA A 279 A 279 0.333 0 0.036 0.064 0.449 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.195 0 0.048 0.239 0.737 100.000 96.364 0.491 LGA A 281 A 281 0.208 0 0.000 0.000 0.383 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.349 0 0.024 0.068 0.622 95.455 89.610 0.622 LGA I 283 I 283 0.530 0 0.050 0.084 0.887 86.364 86.364 0.646 LGA I 284 I 284 0.444 0 0.016 0.099 0.579 90.909 95.455 0.458 LGA D 285 D 285 0.831 0 0.088 0.999 3.617 81.818 65.000 1.371 LGA K 286 K 286 0.869 0 0.040 0.265 1.484 81.818 76.364 1.484 LGA E 287 E 287 0.870 0 0.030 0.344 1.358 81.818 80.000 1.358 LGA Q 288 Q 288 0.649 0 0.000 0.376 1.883 81.818 78.384 0.666 LGA F 289 F 289 0.611 0 0.032 0.073 0.844 81.818 81.818 0.827 LGA Q 290 Q 290 0.852 0 0.025 0.494 3.136 81.818 67.677 1.430 LGA Q 291 Q 291 0.782 0 0.018 0.233 1.310 81.818 80.000 1.310 LGA S 292 S 292 0.543 0 0.085 0.699 2.508 81.818 72.727 2.508 LGA Q 293 Q 293 0.859 0 0.023 0.230 1.119 73.636 78.182 0.954 LGA V 294 V 294 1.177 0 0.023 0.060 1.288 65.455 65.455 1.288 LGA K 295 K 295 0.767 0 0.046 0.135 1.059 77.727 80.000 0.758 LGA I 296 I 296 1.069 0 0.037 0.070 1.504 65.909 69.773 0.708 LGA A 297 A 297 1.696 0 0.083 0.095 2.335 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.242 0 0.074 0.538 2.245 55.000 65.227 2.094 LGA K 299 K 299 3.353 0 0.429 0.914 13.999 40.000 17.778 13.999 LGA V 300 V 300 2.581 0 0.071 0.081 4.753 32.727 20.000 4.753 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.972 0.941 1.863 83.562 77.276 62.674 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 94.630 97.693 12.593 LGA_LOCAL RMSD: 0.972 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.972 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.972 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.735417 * X + 0.080596 * Y + -0.672804 * Z + 155.984680 Y_new = -0.568631 * X + -0.613417 * Y + 0.548068 * Z + 152.451187 Z_new = -0.368538 * X + 0.785636 * Y + 0.496947 * Z + 141.976028 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.483403 0.377436 1.006793 [DEG: -142.2885 21.6255 57.6850 ] ZXZ: -2.254378 1.050720 -0.438619 [DEG: -129.1663 60.2018 -25.1310 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS163_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS163_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.693 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS163_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.725 186.936 153.484 1.00 95.19 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.100 187.716 154.546 1.00 95.19 C ATOM 1347 C GLY 165 150.596 187.572 154.587 1.00 95.19 C ATOM 1348 O GLY 165 149.903 188.342 155.250 1.00 95.19 O ATOM 1349 N LYS 166 150.030 186.510 153.796 1.00 94.56 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.597 186.213 153.850 1.00 94.56 C ATOM 1351 C LYS 166 148.257 185.424 155.109 1.00 94.56 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.162 185.440 152.605 1.00 94.56 C ATOM 1353 O LYS 166 149.055 184.612 155.576 1.00 94.56 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.431 186.184 151.299 1.00 94.56 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.051 185.329 150.093 1.00 94.56 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.331 186.060 148.786 1.00 94.56 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.964 185.225 147.605 1.00 94.56 N ATOM 1358 N TRP 167 147.037 185.770 155.653 1.00 96.88 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.554 185.038 156.812 1.00 96.88 C ATOM 1360 C TRP 167 145.845 183.760 156.384 1.00 96.88 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.618 185.903 157.643 1.00 96.88 C ATOM 1362 O TRP 167 144.698 183.805 155.911 1.00 96.88 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.226 185.305 158.966 1.00 96.88 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.125 184.558 159.242 1.00 96.88 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.969 185.394 160.188 1.00 96.88 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.236 184.687 161.172 1.00 96.88 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.170 186.021 160.554 1.00 96.88 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.113 184.192 160.574 1.00 96.88 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.866 185.191 162.822 1.00 96.88 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.670 184.584 162.500 1.00 96.88 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.602 185.922 161.880 1.00 96.88 C ATOM 1372 N ILE 168 146.404 182.498 156.644 1.00 94.19 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.055 181.254 155.972 1.00 94.19 C ATOM 1374 C ILE 168 145.127 180.425 156.856 1.00 94.19 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.321 180.431 155.607 1.00 94.19 C ATOM 1376 O ILE 168 144.256 179.711 156.369 1.00 94.19 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.294 181.285 154.787 1.00 94.19 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.932 179.156 154.851 1.00 94.19 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.648 181.974 153.592 1.00 94.19 C ATOM 1380 N SER 169 145.327 180.502 158.205 1.00 94.00 N ATOM 1381 CA SER 169 144.626 179.548 159.063 1.00 94.00 C ATOM 1382 C SER 169 144.139 180.214 160.341 1.00 94.00 C ATOM 1383 CB SER 169 145.530 178.373 159.412 1.00 94.00 C ATOM 1384 O SER 169 144.891 180.914 161.027 1.00 94.00 O ATOM 1385 OG SER 169 144.822 177.386 160.140 1.00 94.00 O ATOM 1386 N GLY 170 142.988 180.005 160.649 1.00 90.56 N ATOM 1387 CA GLY 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