####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS163_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS163_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 43 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 48 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 63 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 58 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 60 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 48 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 64 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 45 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 10 17 68 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 57 111 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 58 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 22 101 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 31 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 64 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 59 111 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 57 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 28 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 19 94 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 5 93 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 19 93 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 15 53 121 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 32 51 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 13 118 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 38 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 62 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 52 111 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 58 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 49 107 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 27 92 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 44 103 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 22 51 100 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 61 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 65 112 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.15 82.96 91.85 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.58 0.71 0.80 0.90 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.13 1.03 1.00 0.99 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.903 0 0.027 0.027 0.971 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.890 0 0.036 0.148 1.988 81.818 72.929 1.988 LGA W 167 W 167 0.487 0 0.117 0.138 1.053 82.273 85.844 0.820 LGA I 168 I 168 0.611 0 0.181 0.258 1.622 78.636 70.227 1.048 LGA S 169 S 169 0.494 0 0.023 0.596 2.472 100.000 89.697 2.472 LGA G 170 G 170 0.730 0 0.000 0.000 0.730 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.575 0 0.064 1.242 4.327 81.818 66.364 1.036 LGA A 172 A 172 0.784 0 0.038 0.032 0.923 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.462 0 0.041 0.078 0.996 95.455 89.610 0.996 LGA Y 174 Y 174 0.414 0 0.000 0.183 0.947 95.455 86.364 0.947 LGA G 175 G 175 0.402 0 0.083 0.083 0.417 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.572 0 0.000 0.169 0.725 81.818 87.879 0.577 LGA Q 177 Q 177 0.814 0 0.055 0.215 1.342 86.364 82.020 0.641 LGA L 178 L 178 0.627 0 0.043 0.082 0.900 86.364 84.091 0.855 LGA N 179 N 179 0.939 0 0.183 0.702 4.672 74.545 43.636 4.672 LGA K 180 K 180 3.822 0 0.282 0.957 13.256 20.455 9.091 13.256 LGA K 181 K 181 1.165 0 0.394 0.949 7.701 86.818 43.636 7.701 LGA T 182 T 182 0.447 0 0.060 1.126 3.255 86.818 73.247 3.255 LGA S 183 S 183 1.268 0 0.170 0.153 1.525 69.545 65.758 1.457 LGA K 184 K 184 1.026 0 0.062 0.775 2.021 73.636 69.899 2.021 LGA L 185 L 185 0.339 0 0.043 0.056 0.384 100.000 100.000 0.244 LGA D 186 D 186 0.185 0 0.082 0.114 0.709 95.455 95.455 0.329 LGA P 187 P 187 0.491 0 0.000 0.050 1.155 86.818 84.675 0.614 LGA V 188 V 188 0.907 0 0.060 0.059 1.051 81.818 79.481 1.051 LGA E 189 E 189 0.955 0 0.061 0.373 2.088 81.818 75.152 2.088 LGA D 190 D 190 1.112 0 0.036 0.051 1.507 73.636 67.727 1.507 LGA E 191 E 191 0.876 0 0.057 0.136 1.264 82.273 80.202 1.264 LGA A 192 A 192 0.456 0 0.021 0.030 0.571 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.458 0 0.047 0.611 2.842 100.000 77.778 2.530 LGA V 194 V 194 0.541 0 0.048 0.059 0.631 90.909 87.013 0.579 LGA V 195 V 195 0.248 0 0.000 0.032 0.468 100.000 100.000 0.322 LGA Q 196 Q 196 0.320 0 0.035 0.248 1.534 100.000 86.869 1.374 LGA L 197 L 197 0.269 0 0.026 0.048 0.418 100.000 100.000 0.376 LGA I 198 I 198 0.381 0 0.071 0.101 0.452 100.000 100.000 0.272 LGA F 199 F 199 0.398 0 0.035 0.077 0.511 95.455 96.694 0.371 LGA N 200 N 200 0.386 0 0.022 0.637 1.534 100.000 89.545 1.237 LGA I 201 I 201 0.357 0 0.043 0.058 0.418 100.000 100.000 0.342 LGA F 202 F 202 0.393 0 0.000 0.059 0.547 90.909 96.694 0.439 LGA L 203 L 203 0.679 0 0.000 0.111 1.149 81.818 79.773 0.862 LGA N 204 N 204 0.449 0 0.054 0.072 0.813 90.909 88.636 0.813 LGA G 205 G 205 0.498 0 0.059 0.059 0.498 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.492 0 0.030 0.757 3.038 86.364 78.636 0.463 LGA N 207 N 207 1.069 0 0.085 0.304 1.292 69.545 71.591 1.011 LGA G 208 G 208 1.569 0 0.038 0.038 2.008 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.643 0 0.077 0.143 2.133 50.909 48.081 2.131 LGA D 210 D 210 1.592 0 0.058 0.795 1.961 54.545 54.545 1.961 LGA Y 211 Y 211 1.993 0 0.090 0.472 2.087 47.727 47.727 1.608 LGA S 212 S 212 2.480 0 0.698 0.771 6.066 31.364 21.818 6.066 LGA Y 213 Y 213 2.854 0 0.139 1.584 14.466 41.818 14.091 14.466 LGA A 215 A 215 1.039 0 0.166 0.172 1.947 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.379 0 0.015 0.219 0.663 100.000 97.727 0.265 LGA A 217 A 217 0.410 0 0.023 0.048 0.512 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.673 0 0.044 0.093 1.339 86.364 82.121 1.339 LGA H 219 H 219 0.458 0 0.035 0.054 0.642 100.000 90.909 0.642 LGA L 220 L 220 0.468 0 0.029 0.106 0.537 100.000 97.727 0.537 LGA T 221 T 221 0.277 0 0.000 0.027 0.363 100.000 100.000 0.327 LGA N 222 N 222 0.268 0 0.040 0.048 0.409 100.000 100.000 0.286 LGA L 223 L 223 0.654 0 0.044 0.099 1.136 81.818 77.727 1.092 LGA Q 224 Q 224 0.465 0 0.088 0.811 4.354 100.000 67.879 4.354 LGA I 225 I 225 0.518 0 0.061 0.100 0.518 95.455 97.727 0.244 LGA P 226 P 226 0.614 0 0.085 0.098 0.820 86.364 84.416 0.820 LGA T 227 T 227 0.231 0 0.059 0.163 0.524 95.455 97.403 0.267 LGA P 228 P 228 0.819 0 0.106 0.129 0.982 81.818 81.818 0.881 LGA S 229 S 229 0.699 0 0.069 0.072 0.871 90.909 87.879 0.871 LGA G 230 G 230 0.490 0 0.000 0.000 0.768 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.530 0 0.089 0.704 3.460 82.273 74.949 3.460 LGA K 232 K 232 0.525 0 0.135 0.923 3.991 90.909 67.071 3.991 LGA R 233 R 233 0.283 0 0.035 1.344 8.109 100.000 52.231 8.109 LGA W 234 W 234 0.228 0 0.074 0.102 0.451 100.000 100.000 0.138 LGA N 235 N 235 0.802 0 0.089 1.009 3.562 81.818 65.227 1.794 LGA Q 236 Q 236 0.535 0 0.054 0.849 3.239 86.364 74.949 0.702 LGA Y 237 Y 237 0.552 0 0.025 0.336 2.057 90.909 75.758 2.057 LGA T 238 T 238 0.361 0 0.018 0.207 0.711 100.000 97.403 0.711 LGA I 239 I 239 0.340 0 0.011 0.086 0.403 100.000 100.000 0.233 LGA K 240 K 240 0.485 0 0.065 0.624 4.083 100.000 73.737 4.083 LGA A 241 A 241 0.428 0 0.048 0.051 0.577 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.293 0 0.017 0.057 1.011 100.000 88.864 1.011 LGA L 243 L 243 0.284 0 0.032 0.124 0.436 100.000 100.000 0.333 LGA Q 244 Q 244 0.254 0 0.014 0.337 1.429 95.455 88.283 1.196 LGA N 245 N 245 0.461 0 0.029 0.091 0.587 95.455 95.455 0.587 LGA E 246 E 246 0.409 0 0.037 0.319 1.099 100.000 92.121 0.926 LGA V 247 V 247 0.168 0 0.023 0.070 0.251 100.000 100.000 0.075 LGA Y 248 Y 248 0.381 0 0.027 0.155 1.472 100.000 83.788 1.472 LGA I 249 I 249 0.405 0 0.049 0.078 0.784 100.000 90.909 0.784 LGA G 250 G 250 0.244 0 0.041 0.041 0.391 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.383 0 0.079 0.094 0.584 95.455 94.805 0.431 LGA V 252 V 252 0.376 0 0.042 0.123 0.836 95.455 97.403 0.479 LGA K 253 K 253 0.536 0 0.032 0.212 0.767 86.364 89.899 0.374 LGA Y 254 Y 254 0.756 0 0.043 0.317 2.948 81.818 65.758 2.948 LGA K 255 K 255 0.910 0 0.045 0.169 1.292 77.727 76.364 0.868 LGA V 256 V 256 0.952 0 0.072 0.083 0.974 81.818 81.818 0.944 LGA R 257 R 257 0.881 0 0.022 1.135 5.744 77.727 52.562 4.449 LGA E 258 E 258 0.916 0 0.033 0.925 4.727 70.000 50.303 4.727 LGA K 259 K 259 1.412 0 0.000 0.119 1.865 65.455 57.374 1.865 LGA T 260 T 260 1.511 0 0.029 0.071 1.677 54.545 52.987 1.651 LGA K 261 K 261 1.846 0 0.037 0.671 5.864 47.727 33.535 5.864 LGA D 262 D 262 1.979 0 0.068 0.234 2.577 47.727 43.182 2.577 LGA G 263 G 263 1.614 0 0.071 0.071 1.699 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.378 0 0.040 0.490 2.170 61.818 57.576 2.170 LGA R 265 R 265 0.952 0 0.081 1.024 3.889 77.727 57.851 3.889 LGA T 266 T 266 1.023 0 0.028 0.151 1.182 69.545 67.792 1.026 LGA I 267 I 267 0.911 0 0.009 0.100 1.204 77.727 77.727 1.204 LGA R 268 R 268 0.879 0 0.029 0.975 2.618 81.818 68.430 2.401 LGA P 269 P 269 1.152 0 0.000 0.044 1.366 65.455 65.455 1.366 LGA E 270 E 270 1.072 0 0.042 0.829 3.350 65.455 52.929 2.553 LGA K 271 K 271 1.103 0 0.056 0.744 5.035 65.455 45.051 5.035 LGA E 272 E 272 0.994 0 0.053 0.537 2.820 77.727 66.869 0.945 LGA Q 273 Q 273 1.072 0 0.056 0.095 1.261 65.455 65.455 1.078 LGA I 274 I 274 0.823 0 0.106 0.102 1.078 77.727 79.773 0.867 LGA V 275 V 275 0.511 0 0.027 0.058 0.578 90.909 92.208 0.493 LGA V 276 V 276 0.512 0 0.000 0.019 0.579 90.909 87.013 0.579 LGA Q 277 Q 277 0.480 0 0.053 0.731 3.951 95.455 69.899 3.951 LGA D 278 D 278 0.314 0 0.100 0.167 0.988 95.455 93.182 0.988 LGA A 279 A 279 0.318 0 0.019 0.059 0.420 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.169 0 0.046 0.214 0.612 100.000 96.364 0.424 LGA A 281 A 281 0.210 0 0.000 0.000 0.351 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.314 0 0.049 0.085 0.643 100.000 94.805 0.643 LGA I 283 I 283 0.535 0 0.062 0.087 0.924 86.364 86.364 0.703 LGA I 284 I 284 0.472 0 0.003 0.106 0.584 90.909 95.455 0.415 LGA D 285 D 285 0.859 0 0.089 0.976 3.688 81.818 63.182 1.595 LGA K 286 K 286 0.874 0 0.023 0.288 1.698 81.818 72.929 1.698 LGA E 287 E 287 0.898 0 0.026 0.306 1.367 81.818 80.000 1.367 LGA Q 288 Q 288 0.673 0 0.000 0.399 1.916 81.818 78.384 0.658 LGA F 289 F 289 0.608 0 0.041 0.087 0.880 81.818 81.818 0.876 LGA Q 290 Q 290 0.854 0 0.015 0.417 2.832 81.818 68.687 1.346 LGA Q 291 Q 291 0.755 0 0.007 0.262 1.339 81.818 80.000 1.339 LGA S 292 S 292 0.545 0 0.072 0.698 2.487 81.818 74.545 2.487 LGA Q 293 Q 293 0.850 0 0.032 0.214 1.125 73.636 78.182 0.923 LGA V 294 V 294 1.155 0 0.030 0.070 1.241 65.455 65.455 1.241 LGA K 295 K 295 0.712 0 0.037 0.156 1.002 77.727 80.000 0.899 LGA I 296 I 296 1.064 0 0.035 0.063 1.493 69.545 73.636 0.650 LGA A 297 A 297 1.691 0 0.083 0.097 2.322 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.165 0 0.098 0.548 2.282 55.000 65.227 2.094 LGA K 299 K 299 3.335 0 0.427 0.923 13.901 40.000 17.980 13.901 LGA V 300 V 300 2.479 0 0.067 0.072 4.613 35.455 21.558 4.613 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.984 0.954 1.870 83.101 77.066 62.827 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.815 97.690 12.459 LGA_LOCAL RMSD: 0.984 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.984 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.984 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.742768 * X + 0.470008 * Y + 0.476853 * Z + 155.425049 Y_new = 0.635478 * X + -0.719169 * Y + -0.281005 * Z + 151.518448 Z_new = 0.210863 * X + 0.511751 * Y + -0.832855 * Z + 141.915634 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.707710 -0.212458 2.590613 [DEG: 40.5488 -12.1729 148.4312 ] ZXZ: 1.038289 2.555043 0.390845 [DEG: 59.4896 146.3932 22.3937 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS163_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS163_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.690 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS163_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.775 186.942 153.492 1.00 97.06 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.144 187.721 154.557 1.00 97.06 C ATOM 1347 C GLY 165 150.639 187.549 154.597 1.00 97.06 C ATOM 1348 O GLY 165 149.942 188.312 155.272 1.00 97.06 O ATOM 1349 N LYS 166 150.057 186.560 153.772 1.00 96.56 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.632 186.244 153.813 1.00 96.56 C ATOM 1351 C LYS 166 148.283 185.451 155.064 1.00 96.56 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.218 185.473 152.561 1.00 96.56 C ATOM 1353 O LYS 166 149.081 184.633 155.533 1.00 96.56 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.485 186.205 151.266 1.00 96.56 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.096 185.367 150.050 1.00 96.56 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.397 186.089 148.741 1.00 96.56 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.038 185.253 147.560 1.00 96.56 N ATOM 1358 N TRP 167 147.102 185.772 155.591 1.00 97.88 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.615 185.045 156.758 1.00 97.88 C ATOM 1360 C TRP 167 145.902 183.756 156.335 1.00 97.88 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.654 185.917 157.584 1.00 97.88 C ATOM 1362 O TRP 167 144.732 183.786 155.955 1.00 97.88 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.287 185.316 158.908 1.00 97.88 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.183 184.567 159.205 1.00 97.88 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.006 185.445 160.140 1.00 97.88 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.299 184.743 161.116 1.00 97.88 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.204 186.090 160.495 1.00 97.88 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.175 184.214 160.520 1.00 97.88 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.903 185.295 162.768 1.00 97.88 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.736 184.652 162.448 1.00 97.88 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.641 186.005 161.807 1.00 97.88 C ATOM 1372 N ILE 168 146.363 182.525 156.564 1.00 96.25 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.036 181.280 155.878 1.00 96.25 C ATOM 1374 C ILE 168 145.096 180.449 156.764 1.00 96.25 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.290 180.475 155.517 1.00 96.25 C ATOM 1376 O ILE 168 144.226 179.747 156.240 1.00 96.25 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.268 181.336 154.699 1.00 96.25 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.918 179.194 154.760 1.00 96.25 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.619 182.062 153.537 1.00 96.25 C ATOM 1380 N SER 169 145.293 180.558 158.078 1.00 97.62 N ATOM 1381 CA SER 169 144.591 179.619 158.931 1.00 97.62 C ATOM 1382 C SER 169 144.077 180.301 160.208 1.00 97.62 C ATOM 1383 CB SER 169 145.490 178.440 159.319 1.00 97.62 C ATOM 1384 O SER 169 144.770 181.128 160.795 1.00 97.62 O ATOM 1385 OG SER 169 144.786 177.479 160.065 1.00 97.62 O ATOM 1386 N GLY 170 142.893 179.892 160.568 1.00 96.31 N ATOM 1387 CA GLY 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