####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS163_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS163_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 56 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 34 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 57 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 57 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 57 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 39 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 57 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 36 109 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 4 10 43 65 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 51 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 57 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 17 101 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 17 108 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 54 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 46 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 57 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 57 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 56 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 32 107 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 21 96 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 5 92 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 21 87 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 68 123 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 31 48 122 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 8 79 109 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 39 110 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 52 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 44 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 55 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 44 109 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 34 91 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 44 106 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 20 48 97 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 119 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 64 112 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 47.41 82.96 93.33 96.30 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.58 0.73 0.79 0.85 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 1.16 1.03 0.99 0.98 0.98 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.958 0 0.046 0.046 1.029 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.912 0 0.037 0.149 2.081 81.818 66.465 2.081 LGA W 167 W 167 0.515 0 0.108 0.135 1.041 77.727 85.844 0.696 LGA I 168 I 168 0.621 0 0.169 0.242 1.626 78.636 72.273 0.975 LGA S 169 S 169 0.543 0 0.016 0.594 2.493 86.364 80.606 2.493 LGA G 170 G 170 0.761 0 0.006 0.006 0.762 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.691 0 0.065 1.242 4.297 81.818 68.409 0.918 LGA A 172 A 172 0.848 0 0.034 0.028 1.006 81.818 78.545 - LGA P 173 P 173 0.491 0 0.045 0.083 1.057 95.455 87.273 1.057 LGA Y 174 Y 174 0.442 0 0.000 0.180 0.965 95.455 86.364 0.965 LGA G 175 G 175 0.419 0 0.079 0.079 0.437 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.598 0 0.014 0.159 0.730 81.818 86.364 0.506 LGA Q 177 Q 177 0.832 0 0.070 0.242 1.465 86.364 82.020 0.671 LGA L 178 L 178 0.629 0 0.040 0.077 0.935 86.364 84.091 0.757 LGA N 179 N 179 1.017 0 0.167 0.676 4.702 66.818 39.773 4.702 LGA K 180 K 180 3.727 0 0.274 0.953 13.189 20.455 9.091 13.189 LGA K 181 K 181 1.212 0 0.392 0.954 7.789 86.818 43.636 7.789 LGA T 182 T 182 0.440 0 0.055 1.126 3.197 86.818 73.247 3.197 LGA S 183 S 183 1.263 0 0.166 0.146 1.507 69.545 65.758 1.436 LGA K 184 K 184 1.078 0 0.060 0.779 1.948 73.636 69.495 1.948 LGA L 185 L 185 0.334 0 0.043 0.052 0.400 100.000 100.000 0.248 LGA D 186 D 186 0.163 0 0.070 0.100 0.643 95.455 95.455 0.318 LGA P 187 P 187 0.455 0 0.000 0.055 1.114 86.818 87.273 0.567 LGA V 188 V 188 0.941 0 0.060 0.056 1.110 81.818 79.481 1.110 LGA E 189 E 189 0.954 0 0.049 0.432 2.290 81.818 75.152 2.290 LGA D 190 D 190 1.080 0 0.046 0.064 1.520 77.727 69.773 1.520 LGA E 191 E 191 0.869 0 0.054 0.126 1.393 82.273 78.384 1.393 LGA A 192 A 192 0.447 0 0.005 0.026 0.564 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.476 0 0.052 0.619 2.896 100.000 77.778 2.705 LGA V 194 V 194 0.553 0 0.039 0.051 0.624 90.909 87.013 0.584 LGA V 195 V 195 0.256 0 0.000 0.034 0.447 100.000 100.000 0.354 LGA Q 196 Q 196 0.315 0 0.044 0.243 1.497 100.000 88.485 1.284 LGA L 197 L 197 0.264 0 0.022 0.042 0.443 100.000 100.000 0.396 LGA I 198 I 198 0.380 0 0.078 0.099 0.474 100.000 100.000 0.330 LGA F 199 F 199 0.411 0 0.040 0.091 0.509 95.455 95.041 0.337 LGA N 200 N 200 0.442 0 0.030 0.655 1.525 95.455 87.273 1.319 LGA I 201 I 201 0.360 0 0.031 0.055 0.423 100.000 100.000 0.327 LGA F 202 F 202 0.403 0 0.000 0.063 0.596 90.909 91.736 0.596 LGA L 203 L 203 0.677 0 0.000 0.118 1.194 81.818 79.773 0.908 LGA N 204 N 204 0.439 0 0.055 0.080 0.911 90.909 88.636 0.911 LGA G 205 G 205 0.478 0 0.056 0.056 0.478 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.456 0 0.039 0.630 2.693 86.364 79.773 0.318 LGA N 207 N 207 0.957 0 0.090 0.296 1.312 73.636 75.682 0.832 LGA G 208 G 208 1.459 0 0.000 0.000 1.888 58.182 58.182 - LGA K 209 K 209 1.550 0 0.071 0.137 2.110 61.818 52.929 2.110 LGA D 210 D 210 1.541 0 0.062 0.788 2.009 54.545 52.955 2.009 LGA Y 211 Y 211 1.945 0 0.086 0.452 2.014 50.909 49.848 1.584 LGA S 212 S 212 2.524 0 0.713 0.770 6.089 28.636 20.000 6.089 LGA Y 213 Y 213 2.827 0 0.131 1.591 14.498 45.455 15.303 14.498 LGA A 215 A 215 0.960 0 0.164 0.171 1.835 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.343 0 0.019 0.206 0.587 100.000 97.727 0.250 LGA A 217 A 217 0.404 0 0.023 0.047 0.497 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.603 0 0.042 0.085 1.241 90.909 85.152 1.241 LGA H 219 H 219 0.428 0 0.040 0.061 0.610 100.000 94.545 0.610 LGA L 220 L 220 0.442 0 0.030 0.102 0.531 100.000 97.727 0.531 LGA T 221 T 221 0.268 0 0.000 0.030 0.370 100.000 100.000 0.316 LGA N 222 N 222 0.310 0 0.045 0.057 0.483 100.000 100.000 0.319 LGA L 223 L 223 0.663 0 0.048 0.091 1.159 81.818 77.727 1.087 LGA Q 224 Q 224 0.477 0 0.085 0.808 4.358 100.000 67.879 4.358 LGA I 225 I 225 0.493 0 0.060 0.097 0.493 100.000 100.000 0.203 LGA P 226 P 226 0.631 0 0.085 0.097 0.845 86.364 84.416 0.845 LGA T 227 T 227 0.215 0 0.050 0.159 0.529 95.455 97.403 0.221 LGA P 228 P 228 0.856 0 0.099 0.120 0.994 86.364 84.416 0.920 LGA S 229 S 229 0.714 0 0.066 0.066 0.809 90.909 87.879 0.768 LGA G 230 G 230 0.556 0 0.000 0.000 0.709 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.422 0 0.076 0.696 3.212 90.909 80.808 3.212 LGA K 232 K 232 0.495 0 0.148 0.915 3.835 95.455 71.111 3.835 LGA R 233 R 233 0.229 0 0.043 1.373 8.234 100.000 51.901 8.234 LGA W 234 W 234 0.268 0 0.080 0.104 0.401 100.000 100.000 0.061 LGA N 235 N 235 0.846 0 0.103 1.011 3.459 81.818 64.091 1.750 LGA Q 236 Q 236 0.587 0 0.050 0.849 3.159 86.364 76.768 0.726 LGA Y 237 Y 237 0.560 0 0.020 0.332 2.013 90.909 77.121 2.013 LGA T 238 T 238 0.380 0 0.009 0.192 0.676 100.000 97.403 0.676 LGA I 239 I 239 0.376 0 0.028 0.083 0.431 100.000 100.000 0.214 LGA K 240 K 240 0.495 0 0.068 0.630 4.068 100.000 73.737 4.068 LGA A 241 A 241 0.462 0 0.044 0.050 0.618 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.339 0 0.018 0.059 1.050 100.000 88.864 1.050 LGA L 243 L 243 0.326 0 0.027 0.135 0.471 100.000 100.000 0.256 LGA Q 244 Q 244 0.275 0 0.017 0.344 1.525 95.455 86.667 1.308 LGA N 245 N 245 0.441 0 0.051 0.124 0.665 100.000 95.455 0.665 LGA E 246 E 246 0.417 0 0.035 0.397 1.302 100.000 90.303 1.158 LGA V 247 V 247 0.178 0 0.016 0.081 0.256 100.000 100.000 0.088 LGA Y 248 Y 248 0.352 0 0.031 0.162 1.393 100.000 83.788 1.393 LGA I 249 I 249 0.364 0 0.064 0.094 0.734 100.000 93.182 0.734 LGA G 250 G 250 0.229 0 0.039 0.039 0.386 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.404 0 0.081 0.101 0.634 95.455 94.805 0.485 LGA V 252 V 252 0.418 0 0.032 0.111 0.868 90.909 94.805 0.454 LGA K 253 K 253 0.598 0 0.019 0.220 0.845 86.364 87.879 0.446 LGA Y 254 Y 254 0.834 0 0.034 0.327 2.962 81.818 63.030 2.962 LGA K 255 K 255 0.931 0 0.038 0.181 1.133 77.727 76.364 0.694 LGA V 256 V 256 0.934 0 0.066 0.076 0.939 81.818 81.818 0.934 LGA R 257 R 257 0.833 0 0.022 1.125 5.511 77.727 52.562 4.444 LGA E 258 E 258 0.836 0 0.033 0.939 4.672 73.636 51.919 4.672 LGA K 259 K 259 1.284 0 0.000 0.134 1.783 65.455 58.990 1.783 LGA T 260 T 260 1.452 0 0.026 0.062 1.618 58.182 55.065 1.618 LGA K 261 K 261 1.809 0 0.044 0.721 6.223 47.727 32.323 6.223 LGA D 262 D 262 1.907 0 0.059 0.244 2.388 50.909 51.136 2.388 LGA G 263 G 263 1.505 0 0.066 0.066 1.605 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.260 0 0.041 0.500 2.226 65.455 62.424 2.226 LGA R 265 R 265 0.875 0 0.064 1.036 3.828 77.727 57.851 3.828 LGA T 266 T 266 0.950 0 0.035 0.144 1.169 77.727 74.805 0.942 LGA I 267 I 267 0.889 0 0.023 0.100 1.156 77.727 77.727 1.156 LGA R 268 R 268 0.921 0 0.023 0.976 2.472 81.818 70.909 2.472 LGA P 269 P 269 1.099 0 0.012 0.047 1.276 69.545 67.792 1.276 LGA E 270 E 270 1.094 0 0.039 0.847 3.575 65.455 52.121 2.809 LGA K 271 K 271 1.126 0 0.054 0.738 5.078 65.455 45.051 5.078 LGA E 272 E 272 0.965 0 0.053 0.464 2.508 81.818 66.869 1.060 LGA Q 273 Q 273 1.061 0 0.046 0.081 1.236 65.455 65.455 1.076 LGA I 274 I 274 0.863 0 0.096 0.093 1.118 77.727 79.773 0.892 LGA V 275 V 275 0.569 0 0.023 0.062 0.647 90.909 89.610 0.520 LGA V 276 V 276 0.586 0 0.000 0.009 0.647 86.364 84.416 0.647 LGA Q 277 Q 277 0.547 0 0.057 0.732 4.063 86.364 65.253 4.063 LGA D 278 D 278 0.348 0 0.101 0.163 0.938 95.455 93.182 0.938 LGA A 279 A 279 0.347 0 0.029 0.061 0.440 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.168 0 0.042 0.237 0.640 100.000 96.364 0.479 LGA A 281 A 281 0.201 0 0.000 0.000 0.353 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.285 0 0.046 0.078 0.579 100.000 94.805 0.579 LGA I 283 I 283 0.534 0 0.050 0.082 0.894 86.364 86.364 0.700 LGA I 284 I 284 0.489 0 0.018 0.093 0.635 90.909 95.455 0.434 LGA D 285 D 285 0.894 0 0.093 0.985 3.593 81.818 65.000 1.430 LGA K 286 K 286 0.878 0 0.034 0.276 1.701 81.818 72.929 1.701 LGA E 287 E 287 0.892 0 0.028 0.335 1.420 81.818 80.000 1.420 LGA Q 288 Q 288 0.679 0 0.000 0.407 2.037 81.818 75.152 0.736 LGA F 289 F 289 0.616 0 0.039 0.067 0.793 81.818 81.818 0.782 LGA Q 290 Q 290 0.864 0 0.025 0.424 2.876 81.818 68.687 1.486 LGA Q 291 Q 291 0.782 0 0.010 0.237 1.269 81.818 80.000 1.269 LGA S 292 S 292 0.569 0 0.081 0.698 2.543 81.818 72.727 2.543 LGA Q 293 Q 293 0.885 0 0.034 0.233 1.124 73.636 76.364 0.998 LGA V 294 V 294 1.145 0 0.023 0.063 1.231 65.455 65.455 1.231 LGA K 295 K 295 0.713 0 0.030 0.158 0.979 81.818 81.818 0.960 LGA I 296 I 296 1.067 0 0.027 0.064 1.491 69.545 71.591 0.723 LGA A 297 A 297 1.653 0 0.088 0.099 2.285 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.208 0 0.091 0.560 2.206 55.000 65.227 2.107 LGA K 299 K 299 3.272 0 0.432 0.947 13.837 40.000 17.980 13.837 LGA V 300 V 300 2.551 0 0.082 0.088 4.730 32.727 20.000 4.730 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.974 0.945 1.865 83.418 77.160 62.628 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 94.815 97.752 12.564 LGA_LOCAL RMSD: 0.974 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.974 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.974 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.436332 * X + 0.047989 * Y + 0.898505 * Z + 155.790359 Y_new = -0.884089 * X + 0.208577 * Y + 0.418190 * Z + 152.246826 Z_new = -0.167339 * X + -0.976828 * Y + 0.133436 * Z + 141.584900 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.112331 0.168130 -1.435036 [DEG: -63.7319 9.6331 -82.2215 ] ZXZ: 2.006407 1.436962 -2.971931 [DEG: 114.9586 82.3318 -170.2791 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS163_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS163_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.752 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS163_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.764 186.837 153.381 1.00 97.19 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.139 187.636 154.437 1.00 97.19 C ATOM 1347 C GLY 165 150.629 187.480 154.497 1.00 97.19 C ATOM 1348 O GLY 165 149.948 188.209 155.219 1.00 97.19 O ATOM 1349 N LYS 166 150.070 186.502 153.724 1.00 96.25 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.647 186.179 153.774 1.00 96.25 C ATOM 1351 C LYS 166 148.294 185.413 155.041 1.00 96.25 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.216 185.388 152.540 1.00 96.25 C ATOM 1353 O LYS 166 149.095 184.619 155.530 1.00 96.25 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.480 186.120 151.224 1.00 96.25 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.066 185.259 150.031 1.00 96.25 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.357 185.969 148.714 1.00 96.25 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.982 185.122 147.542 1.00 96.25 N ATOM 1358 N TRP 167 147.116 185.689 155.553 1.00 97.88 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.622 184.976 156.720 1.00 97.88 C ATOM 1360 C TRP 167 145.889 183.703 156.309 1.00 97.88 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.684 185.875 157.554 1.00 97.88 C ATOM 1362 O TRP 167 144.733 183.739 155.900 1.00 97.88 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.308 185.264 158.869 1.00 97.88 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.164 184.574 159.161 1.00 97.88 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.039 185.358 160.093 1.00 97.88 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.298 184.665 161.076 1.00 97.88 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.266 185.931 160.451 1.00 97.88 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.167 184.185 160.478 1.00 97.88 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.938 185.126 162.727 1.00 97.88 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.733 184.558 162.402 1.00 97.88 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.695 185.823 161.769 1.00 97.88 C ATOM 1372 N ILE 168 146.392 182.498 156.517 1.00 95.50 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.016 181.274 155.836 1.00 95.50 C ATOM 1374 C ILE 168 145.094 180.439 156.725 1.00 95.50 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.261 180.444 155.440 1.00 95.50 C ATOM 1376 O ILE 168 144.218 179.728 156.234 1.00 95.50 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.216 181.288 154.588 1.00 95.50 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.851 179.163 154.695 1.00 95.50 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.541 181.990 153.417 1.00 95.50 C ATOM 1380 N SER 169 145.236 180.537 158.072 1.00 97.75 N ATOM 1381 CA SER 169 144.533 179.601 158.941 1.00 97.75 C ATOM 1382 C SER 169 144.030 180.280 160.205 1.00 97.75 C ATOM 1383 CB SER 169 145.450 178.428 159.312 1.00 97.75 C ATOM 1384 O SER 169 144.728 181.115 160.786 1.00 97.75 O ATOM 1385 OG SER 169 144.744 177.460 160.062 1.00 97.75 O ATOM 1386 N GLY 170 142.841 179.940 160.578 1.00 95.94 N ATOM 1387 CA GLY 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