####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS163_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS163_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 38 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 47 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 61 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 59 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 61 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 43 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 63 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 5 113 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 9 15 58 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 35 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 61 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 103 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 33 107 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 63 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 63 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 56 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 56 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 56 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 63 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 56 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 61 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 61 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 61 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 54 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 54 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 46 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 56 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 47 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 27 92 125 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 45 113 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 18 55 89 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 107 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 65 115 126 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.15 85.19 93.33 96.30 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.57 0.69 0.76 0.81 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 GDT RMS_ALL_AT 1.08 1.00 0.96 0.96 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.957 0 0.036 0.036 1.033 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.919 0 0.025 0.142 2.167 81.818 66.465 2.167 LGA W 167 W 167 0.576 0 0.083 0.126 0.989 81.818 87.013 0.599 LGA I 168 I 168 0.660 0 0.163 0.255 1.580 74.091 67.955 1.049 LGA S 169 S 169 0.624 0 0.037 0.604 2.622 81.818 72.727 2.622 LGA G 170 G 170 0.762 0 0.023 0.023 0.762 86.364 86.364 - LGA L 171 L 171 0.657 0 0.056 1.296 4.566 81.818 65.909 1.075 LGA A 172 A 172 0.810 0 0.027 0.021 0.941 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.463 0 0.036 0.086 1.064 95.455 87.273 1.064 LGA Y 174 Y 174 0.440 0 0.000 0.146 0.883 95.455 86.364 0.883 LGA G 175 G 175 0.418 0 0.068 0.068 0.449 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.573 0 0.014 0.167 0.713 81.818 87.879 0.577 LGA Q 177 Q 177 0.778 0 0.074 0.295 1.746 86.364 80.404 0.662 LGA L 178 L 178 0.537 0 0.039 0.078 0.842 86.364 88.636 0.825 LGA N 179 N 179 1.002 0 0.173 0.727 4.778 66.818 39.773 4.778 LGA K 180 K 180 3.880 0 0.287 0.960 13.453 20.455 9.091 13.453 LGA K 181 K 181 1.094 0 0.403 0.980 7.883 91.364 45.657 7.883 LGA T 182 T 182 0.424 0 0.052 1.135 3.225 86.818 70.909 3.225 LGA S 183 S 183 1.302 0 0.169 0.151 1.541 69.545 65.758 1.404 LGA K 184 K 184 1.102 0 0.073 0.843 2.476 69.545 64.444 2.476 LGA L 185 L 185 0.406 0 0.049 0.052 0.463 100.000 100.000 0.254 LGA D 186 D 186 0.211 0 0.068 0.118 0.725 95.455 95.455 0.319 LGA P 187 P 187 0.516 0 0.000 0.102 1.260 82.273 84.675 0.588 LGA V 188 V 188 0.968 0 0.058 0.062 1.167 77.727 72.468 1.167 LGA E 189 E 189 1.001 0 0.042 0.514 2.725 77.727 70.303 2.725 LGA D 190 D 190 1.099 0 0.045 0.057 1.439 73.636 69.545 1.439 LGA E 191 E 191 0.866 0 0.058 0.119 1.246 82.273 80.202 1.246 LGA A 192 A 192 0.418 0 0.022 0.032 0.537 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.439 0 0.050 0.602 2.867 100.000 77.778 2.741 LGA V 194 V 194 0.584 0 0.038 0.058 0.677 90.909 87.013 0.638 LGA V 195 V 195 0.264 0 0.000 0.042 0.492 100.000 100.000 0.335 LGA Q 196 Q 196 0.275 0 0.047 0.269 1.568 100.000 86.869 1.376 LGA L 197 L 197 0.280 0 0.035 0.061 0.473 100.000 100.000 0.432 LGA I 198 I 198 0.414 0 0.079 0.112 0.505 100.000 97.727 0.338 LGA F 199 F 199 0.377 0 0.036 0.116 0.491 100.000 100.000 0.305 LGA N 200 N 200 0.430 0 0.046 0.653 1.443 100.000 91.364 1.443 LGA I 201 I 201 0.296 0 0.024 0.059 0.368 100.000 100.000 0.259 LGA F 202 F 202 0.345 0 0.000 0.072 0.659 95.455 93.388 0.659 LGA L 203 L 203 0.612 0 0.000 0.104 1.064 81.818 79.773 0.859 LGA N 204 N 204 0.438 0 0.033 0.063 0.924 95.455 88.636 0.924 LGA G 205 G 205 0.422 0 0.050 0.050 0.422 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.315 0 0.035 0.771 2.871 90.909 82.045 0.438 LGA N 207 N 207 0.805 0 0.082 0.308 1.166 77.727 77.727 0.766 LGA G 208 G 208 1.366 0 0.035 0.035 1.836 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.409 0 0.076 0.154 1.888 65.455 58.990 1.888 LGA D 210 D 210 1.386 0 0.075 0.793 2.042 65.455 60.227 2.042 LGA Y 211 Y 211 1.848 0 0.069 0.456 1.959 50.909 53.333 1.454 LGA S 212 S 212 2.466 0 0.705 0.760 5.985 34.545 23.939 5.985 LGA Y 213 Y 213 2.922 0 0.136 1.595 14.689 38.636 13.030 14.689 LGA A 215 A 215 1.017 0 0.166 0.175 1.974 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.354 0 0.000 0.209 0.673 100.000 97.727 0.267 LGA A 217 A 217 0.353 0 0.031 0.049 0.434 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.594 0 0.038 0.081 1.321 90.909 85.152 1.321 LGA H 219 H 219 0.343 0 0.037 0.058 0.570 100.000 96.364 0.570 LGA L 220 L 220 0.355 0 0.023 0.120 0.517 100.000 97.727 0.517 LGA T 221 T 221 0.111 0 0.018 0.041 0.225 100.000 100.000 0.195 LGA N 222 N 222 0.233 0 0.045 0.058 0.445 100.000 100.000 0.171 LGA L 223 L 223 0.573 0 0.032 0.059 0.977 86.364 84.091 0.877 LGA Q 224 Q 224 0.481 0 0.066 0.809 4.332 100.000 68.485 4.332 LGA I 225 I 225 0.460 0 0.060 0.098 0.460 100.000 100.000 0.361 LGA P 226 P 226 0.520 0 0.079 0.089 0.784 90.909 87.013 0.784 LGA T 227 T 227 0.325 0 0.054 0.179 0.644 95.455 92.208 0.407 LGA P 228 P 228 0.865 0 0.107 0.128 1.003 81.818 79.481 0.821 LGA S 229 S 229 0.804 0 0.069 0.074 1.014 90.909 85.152 0.962 LGA G 230 G 230 0.284 0 0.000 0.000 0.579 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.531 0 0.078 0.699 3.164 86.364 76.768 3.164 LGA K 232 K 232 0.566 0 0.142 0.897 3.838 86.364 65.051 3.838 LGA R 233 R 233 0.384 0 0.045 1.311 7.711 95.455 50.248 7.711 LGA W 234 W 234 0.328 0 0.092 0.110 0.468 100.000 100.000 0.190 LGA N 235 N 235 0.931 0 0.102 1.002 3.066 81.818 65.909 1.894 LGA Q 236 Q 236 0.621 0 0.041 0.735 2.955 86.364 77.778 0.621 LGA Y 237 Y 237 0.538 0 0.032 0.362 2.060 90.909 75.758 2.060 LGA T 238 T 238 0.388 0 0.000 0.219 0.702 100.000 97.403 0.702 LGA I 239 I 239 0.340 0 0.026 0.075 0.378 100.000 100.000 0.171 LGA K 240 K 240 0.485 0 0.072 0.621 3.887 100.000 74.343 3.887 LGA A 241 A 241 0.531 0 0.045 0.050 0.694 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.348 0 0.007 0.057 0.991 100.000 90.909 0.991 LGA L 243 L 243 0.239 0 0.035 0.125 0.379 100.000 100.000 0.235 LGA Q 244 Q 244 0.131 0 0.000 0.350 1.469 100.000 90.303 1.171 LGA N 245 N 245 0.400 0 0.049 0.120 0.568 100.000 95.455 0.568 LGA E 246 E 246 0.372 0 0.031 0.371 1.052 100.000 90.303 1.034 LGA V 247 V 247 0.132 0 0.041 0.074 0.229 100.000 100.000 0.158 LGA Y 248 Y 248 0.300 0 0.026 0.162 1.434 100.000 88.333 1.434 LGA I 249 I 249 0.319 0 0.040 0.069 0.685 100.000 95.455 0.660 LGA G 250 G 250 0.217 0 0.031 0.031 0.353 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.356 0 0.068 0.083 0.561 100.000 97.403 0.422 LGA V 252 V 252 0.387 0 0.045 0.128 0.822 95.455 94.805 0.567 LGA K 253 K 253 0.455 0 0.034 0.153 0.732 95.455 93.939 0.490 LGA Y 254 Y 254 0.700 0 0.038 0.327 2.828 81.818 65.758 2.828 LGA K 255 K 255 0.783 0 0.038 0.200 1.239 81.818 80.000 0.847 LGA V 256 V 256 0.785 0 0.076 0.099 0.889 81.818 81.818 0.755 LGA R 257 R 257 0.753 0 0.024 1.127 5.504 81.818 56.033 4.145 LGA E 258 E 258 0.891 0 0.055 0.900 4.711 70.000 50.303 4.711 LGA K 259 K 259 1.245 0 0.000 0.132 1.650 65.455 58.990 1.650 LGA T 260 T 260 1.417 0 0.031 0.070 1.654 58.182 59.221 1.525 LGA K 261 K 261 1.939 0 0.045 0.671 6.352 44.545 29.495 6.352 LGA D 262 D 262 1.919 0 0.051 0.531 3.191 50.909 40.909 3.191 LGA G 263 G 263 1.523 0 0.065 0.065 1.616 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.069 0 0.043 0.527 2.371 65.455 69.697 2.371 LGA R 265 R 265 0.741 0 0.092 1.004 3.335 81.818 64.793 3.335 LGA T 266 T 266 0.822 0 0.010 0.122 1.010 77.727 79.481 0.826 LGA I 267 I 267 0.714 0 0.014 0.090 0.980 81.818 81.818 0.980 LGA R 268 R 268 0.774 0 0.009 0.977 2.544 81.818 71.405 2.544 LGA P 269 P 269 0.938 0 0.000 0.064 1.210 81.818 77.143 1.210 LGA E 270 E 270 0.922 0 0.035 0.849 3.309 81.818 63.838 2.683 LGA K 271 K 271 0.971 0 0.063 0.730 4.827 81.818 52.525 4.827 LGA E 272 E 272 0.828 0 0.053 0.449 2.415 81.818 73.333 0.904 LGA Q 273 Q 273 0.948 0 0.059 0.078 1.140 77.727 80.000 0.976 LGA I 274 I 274 0.792 0 0.099 0.099 1.073 77.727 79.773 0.879 LGA V 275 V 275 0.390 0 0.024 0.062 0.474 100.000 100.000 0.399 LGA V 276 V 276 0.504 0 0.000 0.000 0.595 95.455 89.610 0.588 LGA Q 277 Q 277 0.346 0 0.044 0.703 3.569 100.000 75.152 3.569 LGA D 278 D 278 0.206 0 0.088 0.148 0.783 100.000 97.727 0.783 LGA A 279 A 279 0.320 0 0.029 0.059 0.453 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.219 0 0.042 0.204 0.575 100.000 96.364 0.317 LGA A 281 A 281 0.274 0 0.000 0.000 0.472 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.274 0 0.039 0.075 0.607 100.000 97.403 0.607 LGA I 283 I 283 0.525 0 0.051 0.087 0.859 86.364 86.364 0.710 LGA I 284 I 284 0.475 0 0.000 0.074 0.577 90.909 95.455 0.477 LGA D 285 D 285 0.833 0 0.088 0.992 3.682 81.818 65.000 1.423 LGA K 286 K 286 0.870 0 0.032 0.269 1.539 81.818 74.747 1.539 LGA E 287 E 287 0.866 0 0.039 0.301 1.126 81.818 80.000 1.126 LGA Q 288 Q 288 0.676 0 0.000 0.360 1.767 81.818 78.384 0.678 LGA F 289 F 289 0.602 0 0.055 0.076 0.774 81.818 81.818 0.766 LGA Q 290 Q 290 0.875 0 0.030 0.324 2.255 81.818 73.333 0.758 LGA Q 291 Q 291 0.768 0 0.021 0.223 1.374 81.818 80.000 1.374 LGA S 292 S 292 0.556 0 0.082 0.699 2.514 81.818 72.727 2.514 LGA Q 293 Q 293 0.849 0 0.036 0.259 1.097 73.636 76.364 0.989 LGA V 294 V 294 1.131 0 0.029 0.068 1.233 65.455 65.455 1.233 LGA K 295 K 295 0.692 0 0.047 0.171 0.976 81.818 81.818 0.903 LGA I 296 I 296 1.014 0 0.025 0.075 1.460 69.545 73.636 0.651 LGA A 297 A 297 1.611 0 0.077 0.092 2.208 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.139 0 0.071 0.516 2.174 55.000 65.227 2.003 LGA K 299 K 299 3.270 0 0.413 0.904 13.871 40.000 17.980 13.871 LGA V 300 V 300 2.501 0 0.057 0.079 4.757 32.727 20.000 4.757 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.951 0.920 1.853 84.421 78.190 63.147 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.95 95.370 97.927 12.840 LGA_LOCAL RMSD: 0.951 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.951 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.951 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.010644 * X + -0.953178 * Y + 0.302223 * Z + 155.689148 Y_new = -0.363264 * X + -0.277904 * Y + -0.889274 * Z + 151.862411 Z_new = 0.931625 * X + -0.119252 * Y + -0.343297 * Z + 141.325424 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.600089 -1.198860 -2.807261 [DEG: -91.6783 -68.6896 -160.8442 ] ZXZ: 0.327607 1.921222 1.698108 [DEG: 18.7705 110.0779 97.2944 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS163_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS163_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.95 97.927 0.95 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS163_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.730 186.976 153.446 1.00 96.88 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.114 187.767 154.497 1.00 96.88 C ATOM 1347 C GLY 165 150.597 187.611 154.568 1.00 96.88 C ATOM 1348 O GLY 165 149.911 188.373 155.265 1.00 96.88 O ATOM 1349 N LYS 166 150.019 186.548 153.809 1.00 96.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.590 186.253 153.859 1.00 96.00 C ATOM 1351 C LYS 166 148.227 185.498 155.132 1.00 96.00 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.162 185.462 152.619 1.00 96.00 C ATOM 1353 O LYS 166 149.047 184.733 155.649 1.00 96.00 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.380 186.216 151.314 1.00 96.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.965 185.375 150.121 1.00 96.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.222 186.080 148.796 1.00 96.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.850 185.247 147.624 1.00 96.00 N ATOM 1358 N TRP 167 147.039 185.773 155.651 1.00 98.19 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.534 185.018 156.795 1.00 98.19 C ATOM 1360 C TRP 167 145.826 183.754 156.354 1.00 98.19 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.572 185.887 157.613 1.00 98.19 C ATOM 1362 O TRP 167 144.712 183.787 155.833 1.00 98.19 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.161 185.277 158.922 1.00 98.19 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.044 184.523 159.165 1.00 98.19 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.864 185.355 160.159 1.00 98.19 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.110 184.655 161.124 1.00 98.19 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.052 185.989 160.563 1.00 98.19 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.010 184.142 160.483 1.00 98.19 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.688 185.139 162.810 1.00 98.19 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.517 184.528 162.450 1.00 98.19 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.458 185.862 161.886 1.00 98.19 C ATOM 1372 N ILE 168 146.328 182.518 156.627 1.00 96.19 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.999 181.267 155.940 1.00 96.19 C ATOM 1374 C ILE 168 145.098 180.407 156.826 1.00 96.19 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.272 180.477 155.554 1.00 96.19 C ATOM 1376 O ILE 168 144.269 179.650 156.328 1.00 96.19 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.223 181.387 154.763 1.00 96.19 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.904 179.231 154.769 1.00 96.19 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.585 182.057 153.558 1.00 96.19 C ATOM 1380 N SER 169 145.263 180.462 158.195 1.00 96.50 N ATOM 1381 CA SER 169 144.589 179.509 159.068 1.00 96.50 C ATOM 1382 C SER 169 144.019 180.207 160.308 1.00 96.50 C ATOM 1383 CB SER 169 145.545 178.404 159.496 1.00 96.50 C ATOM 1384 O SER 169 144.685 181.044 160.910 1.00 96.50 O ATOM 1385 OG SER 169 144.875 177.419 160.274 1.00 96.50 O ATOM 1386 N GLY 170 142.881 179.913 160.616 1.00 94.44 N ATOM 1387 CA GLY 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