####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS148_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS148_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.98 1.04 LCS_AVERAGE: 98.36 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 59 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 66 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 61 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 7 82 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 73 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 60 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 55 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 43 66 87 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 18 108 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 69 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 42 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 24 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 73 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 133 135 135 69 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 133 135 135 61 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 133 135 135 27 104 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 133 135 135 33 104 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 133 135 135 11 104 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 133 135 135 11 104 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 133 135 135 16 77 117 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 133 135 135 4 26 43 124 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 133 135 135 3 7 15 38 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 133 135 135 56 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 73 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 58 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 45 97 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 49 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 119 135 135 7 31 53 123 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 0 3 50 119 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.45 ( 98.36 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 110 120 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 81.48 88.89 93.33 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.50 0.63 0.74 0.89 0.98 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 GDT RMS_ALL_AT 1.10 1.06 1.06 1.04 1.04 1.04 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.723 0 0.019 0.019 0.834 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.764 0 0.062 0.212 1.889 81.818 74.747 1.889 LGA W 167 W 167 0.574 0 0.051 0.092 0.845 81.818 85.714 0.599 LGA I 168 I 168 0.981 0 0.038 1.547 4.518 70.000 52.045 4.518 LGA S 169 S 169 1.535 0 0.150 0.224 4.031 62.273 46.970 4.031 LGA G 170 G 170 0.883 0 0.197 0.197 1.434 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.980 0 0.000 1.331 4.212 86.364 66.591 1.071 LGA A 172 A 172 0.496 0 0.036 0.044 0.653 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.343 0 0.025 0.333 1.447 100.000 92.468 1.447 LGA Y 174 Y 174 0.452 0 0.027 0.154 0.871 95.455 86.364 0.871 LGA G 175 G 175 0.215 0 0.056 0.056 0.215 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.173 0 0.033 0.151 0.398 100.000 100.000 0.167 LGA Q 177 Q 177 0.474 0 0.057 0.275 0.931 100.000 93.939 0.872 LGA L 178 L 178 0.465 0 0.075 0.100 0.880 95.455 93.182 0.880 LGA N 179 N 179 0.865 0 0.172 0.613 4.255 66.364 43.182 4.255 LGA K 180 K 180 4.007 0 0.288 0.970 13.842 19.091 8.485 13.842 LGA K 181 K 181 1.216 0 0.375 1.004 7.793 82.273 41.616 7.793 LGA T 182 T 182 0.618 0 0.057 1.112 3.530 77.727 64.675 3.530 LGA S 183 S 183 1.077 0 0.125 0.113 1.419 69.545 68.182 1.333 LGA K 184 K 184 1.100 0 0.057 0.816 2.530 69.545 64.848 2.530 LGA L 185 L 185 0.629 0 0.060 0.070 0.695 81.818 81.818 0.561 LGA D 186 D 186 0.148 0 0.054 0.089 0.559 100.000 95.455 0.559 LGA P 187 P 187 0.446 0 0.020 0.364 1.105 86.818 87.273 0.567 LGA V 188 V 188 0.602 0 0.000 0.021 0.699 81.818 81.818 0.686 LGA E 189 E 189 0.704 0 0.000 0.323 1.705 81.818 76.566 1.705 LGA D 190 D 190 0.700 0 0.024 0.053 0.922 86.364 84.091 0.922 LGA E 191 E 191 0.473 0 0.031 0.083 0.720 95.455 91.919 0.720 LGA A 192 A 192 0.293 0 0.000 0.000 0.353 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.352 0 0.030 0.648 2.820 100.000 83.838 2.538 LGA V 194 V 194 0.373 0 0.030 0.043 0.461 100.000 100.000 0.461 LGA V 195 V 195 0.100 0 0.000 0.000 0.178 100.000 100.000 0.082 LGA Q 196 Q 196 0.184 0 0.031 0.268 1.335 100.000 90.303 1.128 LGA L 197 L 197 0.234 0 0.016 0.036 0.477 100.000 100.000 0.451 LGA I 198 I 198 0.281 0 0.082 0.092 0.445 100.000 100.000 0.372 LGA F 199 F 199 0.198 0 0.045 0.081 0.374 100.000 100.000 0.172 LGA N 200 N 200 0.240 0 0.046 0.762 2.169 100.000 87.727 2.169 LGA I 201 I 201 0.182 0 0.028 0.056 0.289 100.000 100.000 0.289 LGA F 202 F 202 0.153 0 0.000 0.043 0.508 100.000 98.347 0.508 LGA L 203 L 203 0.283 0 0.000 0.071 0.807 100.000 93.182 0.737 LGA N 204 N 204 0.272 0 0.029 0.090 1.173 100.000 88.864 0.795 LGA G 205 G 205 0.651 0 0.043 0.043 0.734 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.908 0 0.015 0.794 2.166 73.636 68.182 1.488 LGA N 207 N 207 1.789 0 0.070 0.272 2.517 54.545 46.591 2.152 LGA G 208 G 208 1.813 0 0.016 0.016 2.027 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.829 0 0.048 0.151 2.365 54.545 46.869 2.218 LGA D 210 D 210 1.631 0 0.085 0.704 1.771 54.545 60.227 1.333 LGA Y 211 Y 211 2.086 0 0.125 0.418 2.370 47.727 46.667 1.833 LGA S 212 S 212 2.383 0 0.692 0.768 5.998 31.364 22.727 5.998 LGA Y 213 Y 213 2.966 0 0.145 1.636 14.805 41.818 14.091 14.805 LGA A 215 A 215 1.165 0 0.204 0.217 2.100 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.512 0 0.030 0.181 0.601 90.909 93.182 0.404 LGA A 217 A 217 0.324 0 0.028 0.042 0.407 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.622 0 0.042 0.072 1.302 90.909 85.152 1.302 LGA H 219 H 219 0.442 0 0.031 0.050 0.604 100.000 89.091 0.582 LGA L 220 L 220 0.270 0 0.033 0.092 0.409 100.000 100.000 0.409 LGA T 221 T 221 0.193 0 0.022 0.042 0.276 100.000 100.000 0.276 LGA N 222 N 222 0.239 0 0.028 0.049 0.481 100.000 100.000 0.481 LGA L 223 L 223 0.477 0 0.045 0.053 0.790 100.000 90.909 0.790 LGA Q 224 Q 224 0.497 0 0.043 0.415 2.795 86.364 68.889 2.795 LGA I 225 I 225 0.550 0 0.055 0.135 0.661 86.364 93.182 0.179 LGA P 226 P 226 0.808 0 0.068 0.077 0.955 81.818 81.818 0.940 LGA T 227 T 227 0.225 0 0.033 0.142 0.493 100.000 100.000 0.227 LGA P 228 P 228 0.676 0 0.080 0.083 0.889 86.364 84.416 0.889 LGA S 229 S 229 0.528 0 0.131 0.123 1.001 86.364 82.121 1.001 LGA G 230 G 230 0.649 0 0.065 0.065 1.098 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.817 0 0.113 0.679 3.351 73.636 69.293 3.351 LGA K 232 K 232 0.656 0 0.151 0.844 3.681 82.273 63.232 3.681 LGA R 233 R 233 0.268 0 0.029 1.324 7.895 100.000 51.901 7.895 LGA W 234 W 234 0.375 0 0.047 0.100 0.697 100.000 97.403 0.430 LGA N 235 N 235 0.707 0 0.024 0.858 2.515 81.818 75.000 2.515 LGA Q 236 Q 236 0.441 0 0.036 0.902 3.443 95.455 83.030 0.550 LGA Y 237 Y 237 0.579 0 0.039 0.374 1.770 86.364 76.667 1.770 LGA T 238 T 238 0.538 0 0.020 0.296 1.269 90.909 84.675 1.269 LGA I 239 I 239 0.329 0 0.000 0.084 0.486 100.000 100.000 0.486 LGA K 240 K 240 0.487 0 0.060 0.565 3.820 95.455 72.323 3.820 LGA A 241 A 241 0.556 0 0.057 0.060 0.660 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.226 0 0.047 0.062 0.914 100.000 90.909 0.914 LGA L 243 L 243 0.157 0 0.029 0.124 0.585 95.455 97.727 0.236 LGA Q 244 Q 244 0.374 0 0.000 0.306 1.163 95.455 88.283 1.163 LGA N 245 N 245 0.427 0 0.000 0.096 0.712 100.000 93.182 0.712 LGA E 246 E 246 0.447 0 0.000 0.604 1.767 100.000 88.687 1.289 LGA V 247 V 247 0.307 0 0.014 0.062 0.352 100.000 100.000 0.174 LGA Y 248 Y 248 0.353 0 0.000 0.108 1.075 100.000 88.030 1.075 LGA I 249 I 249 0.289 0 0.072 0.100 0.422 100.000 100.000 0.381 LGA G 250 G 250 0.233 0 0.050 0.050 0.312 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.247 0 0.045 0.047 0.411 100.000 100.000 0.353 LGA V 252 V 252 0.308 0 0.048 0.121 0.682 100.000 97.403 0.682 LGA K 253 K 253 0.424 0 0.010 0.140 0.565 95.455 93.939 0.478 LGA Y 254 Y 254 0.640 0 0.053 0.359 2.359 81.818 72.879 2.359 LGA K 255 K 255 0.897 0 0.072 0.122 1.215 81.818 78.182 1.215 LGA V 256 V 256 0.813 0 0.061 0.076 0.911 81.818 81.818 0.907 LGA R 257 R 257 1.131 0 0.097 1.110 6.208 65.455 44.298 3.768 LGA E 258 E 258 1.229 0 0.047 0.955 4.762 58.182 42.424 4.762 LGA K 259 K 259 1.895 0 0.000 0.190 2.501 50.909 42.626 2.501 LGA T 260 T 260 2.011 0 0.026 0.181 2.457 41.364 41.818 1.999 LGA K 261 K 261 2.837 0 0.024 0.889 8.850 27.727 15.556 8.850 LGA D 262 D 262 2.674 0 0.079 0.134 2.674 27.273 31.364 2.130 LGA G 263 G 263 2.613 0 0.112 0.112 2.770 30.000 30.000 - LGA K 264 K 264 1.917 0 0.000 0.410 2.089 47.727 54.949 0.494 LGA R 265 R 265 1.670 0 0.086 0.973 3.022 58.182 54.711 3.022 LGA T 266 T 266 1.321 0 0.000 0.105 1.461 65.455 65.455 1.318 LGA I 267 I 267 0.996 0 0.027 0.075 1.162 73.636 73.636 1.162 LGA R 268 R 268 0.611 0 0.000 1.039 2.531 90.909 67.603 2.531 LGA P 269 P 269 0.295 0 0.000 0.014 0.475 100.000 100.000 0.475 LGA E 270 E 270 0.273 0 0.012 1.058 3.630 100.000 68.889 3.630 LGA K 271 K 271 0.473 0 0.054 0.731 4.734 95.455 60.404 4.734 LGA E 272 E 272 0.428 0 0.048 0.110 1.467 100.000 84.444 1.463 LGA Q 273 Q 273 0.363 0 0.027 0.080 0.651 100.000 95.960 0.551 LGA I 274 I 274 0.287 0 0.057 0.074 0.530 100.000 97.727 0.530 LGA V 275 V 275 0.062 0 0.010 0.022 0.311 100.000 100.000 0.311 LGA V 276 V 276 0.237 0 0.000 0.042 0.515 100.000 97.403 0.447 LGA Q 277 Q 277 0.152 0 0.047 0.644 3.127 100.000 77.172 3.127 LGA D 278 D 278 0.138 0 0.019 0.190 0.608 100.000 97.727 0.608 LGA A 279 A 279 0.268 0 0.022 0.049 0.313 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.159 0 0.039 0.237 0.606 100.000 94.545 0.606 LGA A 281 A 281 0.220 0 0.000 0.000 0.295 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.272 0 0.000 0.024 0.475 100.000 100.000 0.475 LGA I 283 I 283 0.424 0 0.044 0.077 0.727 90.909 90.909 0.554 LGA I 284 I 284 0.409 0 0.000 0.065 0.446 100.000 100.000 0.265 LGA D 285 D 285 0.578 0 0.022 0.102 0.905 81.818 81.818 0.905 LGA K 286 K 286 0.595 0 0.011 0.269 1.254 81.818 80.000 1.254 LGA E 287 E 287 0.711 0 0.018 0.213 1.516 81.818 72.929 1.476 LGA Q 288 Q 288 0.512 0 0.000 0.182 1.409 90.909 80.404 1.061 LGA F 289 F 289 0.394 0 0.032 0.105 0.647 100.000 93.388 0.636 LGA Q 290 Q 290 0.602 0 0.000 0.400 2.455 81.818 75.152 0.982 LGA Q 291 Q 291 0.474 0 0.000 0.217 1.077 95.455 88.081 1.077 LGA S 292 S 292 0.288 0 0.064 0.689 2.415 95.455 86.667 2.415 LGA Q 293 Q 293 0.648 0 0.038 0.248 0.995 81.818 81.818 0.995 LGA V 294 V 294 0.842 0 0.023 0.054 0.942 81.818 81.818 0.845 LGA K 295 K 295 0.567 0 0.067 0.163 1.075 77.727 90.101 0.491 LGA I 296 I 296 0.904 0 0.019 0.069 1.384 73.636 75.682 0.698 LGA A 297 A 297 1.473 0 0.116 0.141 2.243 55.000 54.182 - LGA N 298 N 298 1.150 0 0.023 0.579 2.086 55.000 68.636 1.265 LGA K 299 K 299 2.857 0 0.484 0.744 13.999 57.273 25.657 13.999 LGA V 300 V 300 3.005 0 0.067 0.072 6.378 23.182 13.506 6.378 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.034 1.003 1.918 84.007 78.060 63.422 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.03 93.704 97.001 11.900 LGA_LOCAL RMSD: 1.034 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.035 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.034 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.512850 * X + -0.682736 * Y + 0.520438 * Z + 151.482666 Y_new = -0.435464 * X + -0.315562 * Y + -0.843084 * Z + 150.914169 Z_new = 0.739835 * X + -0.659008 * Y + -0.135471 * Z + 143.262085 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.437617 -0.832825 -1.773540 [DEG: -139.6652 -47.7174 -101.6164 ] ZXZ: 0.553045 1.706685 2.298477 [DEG: 31.6872 97.7859 131.6930 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS148_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS148_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.03 97.001 1.03 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS148_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 5781 N GLY 165 152.984 186.946 153.798 1.00 86.44 N ATOM 5782 CA GLY 165 152.262 187.696 154.834 1.00 86.67 C ATOM 5783 C GLY 165 150.742 187.515 154.810 1.00 88.06 C ATOM 5784 O GLY 165 150.021 188.283 155.446 1.00 85.60 O ATOM 5785 N LYS 166 150.228 186.511 154.088 1.00 87.37 N ATOM 5786 CA LYS 166 148.795 186.193 154.046 1.00 87.22 C ATOM 5787 C LYS 166 148.391 185.423 155.309 1.00 87.95 C ATOM 5788 O LYS 166 149.110 184.538 155.769 1.00 86.18 O ATOM 5789 CB LYS 166 148.434 185.436 152.750 1.00 85.75 C ATOM 5790 CG LYS 166 148.692 186.263 151.465 1.00 82.88 C ATOM 5791 CD LYS 166 148.265 185.557 150.166 1.00 79.75 C ATOM 5792 CE LYS 166 148.520 186.473 148.953 1.00 74.90 C ATOM 5793 NZ LYS 166 148.073 185.932 147.639 1.00 68.45 N ATOM 5794 N TRP 167 147.218 185.743 155.851 1.00 87.93 N ATOM 5795 CA TRP 167 146.653 185.024 156.994 1.00 88.41 C ATOM 5796 C TRP 167 145.899 183.785 156.519 1.00 87.88 C ATOM 5797 O TRP 167 144.877 183.894 155.844 1.00 85.17 O ATOM 5798 CB TRP 167 145.756 185.956 157.801 1.00 87.78 C ATOM 5799 CG TRP 167 145.274 185.347 159.078 1.00 88.06 C ATOM 5800 CD1 TRP 167 144.130 184.646 159.246 1.00 85.24 C ATOM 5801 CD2 TRP 167 145.954 185.343 160.376 1.00 86.53 C ATOM 5802 NE1 TRP 167 144.040 184.216 160.566 1.00 84.75 N ATOM 5803 CE2 TRP 167 145.134 184.626 161.287 1.00 85.86 C ATOM 5804 CE3 TRP 167 147.163 185.885 160.852 1.00 85.76 C ATOM 5805 CZ2 TRP 167 145.516 184.447 162.638 1.00 85.48 C ATOM 5806 CZ3 TRP 167 147.533 185.709 162.192 1.00 84.02 C ATOM 5807 CH2 TRP 167 146.717 184.993 163.073 1.00 83.44 C ATOM 5808 N ILE 168 146.385 182.617 156.888 1.00 85.73 N ATOM 5809 CA ILE 168 145.860 181.318 156.438 1.00 83.86 C ATOM 5810 C ILE 168 145.459 180.386 157.590 1.00 82.73 C ATOM 5811 O ILE 168 145.136 179.218 157.369 1.00 76.79 O ATOM 5812 CB ILE 168 146.865 180.637 155.492 1.00 80.47 C ATOM 5813 CG1 ILE 168 148.233 180.444 156.174 1.00 76.71 C ATOM 5814 CG2 ILE 168 147.006 181.444 154.187 1.00 73.95 C ATOM 5815 CD1 ILE 168 149.152 179.521 155.386 1.00 70.18 C ATOM 5816 N SER 169 145.494 180.883 158.813 1.00 82.40 N ATOM 5817 CA SER 169 145.043 180.179 160.012 1.00 80.86 C ATOM 5818 C SER 169 143.557 180.446 160.284 1.00 80.08 C ATOM 5819 O SER 169 142.881 181.052 159.463 1.00 73.67 O ATOM 5820 CB SER 169 145.938 180.548 161.193 1.00 76.96 C ATOM 5821 OG SER 169 147.208 179.967 161.035 1.00 72.71 O ATOM 5822 N GLY 170 143.047 179.973 161.424 1.00 76.89 N ATOM 5823 CA 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