####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS148_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS148_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 67 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 67 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 74 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 55 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 54 124 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 67 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 55 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 30 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 45 104 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 43 110 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 71 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 36 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 24 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 74 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 10 104 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 36 104 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 104 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 105 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 10 91 123 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 20 51 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 15 40 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 55 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 69 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 74 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 55 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 21 99 124 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 31 107 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 37 66 124 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 40 77 96 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 113 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 83.70 92.59 96.30 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.51 0.66 0.73 0.79 0.83 0.89 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 1.03 0.99 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.646 0 0.017 0.017 0.686 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.618 0 0.046 0.195 1.703 81.818 74.747 1.703 LGA W 167 W 167 0.441 0 0.052 0.115 0.759 90.909 90.909 0.669 LGA I 168 I 168 0.874 0 0.040 0.314 1.625 74.545 66.364 1.249 LGA S 169 S 169 1.594 0 0.143 0.220 4.423 59.091 43.333 4.423 LGA G 170 G 170 1.141 0 0.239 0.239 1.230 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.988 0 0.029 1.324 4.318 82.273 64.545 1.042 LGA A 172 A 172 0.539 0 0.043 0.053 0.690 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.343 0 0.029 0.338 1.563 100.000 87.792 1.563 LGA Y 174 Y 174 0.490 0 0.037 0.167 0.940 90.909 84.848 0.940 LGA G 175 G 175 0.277 0 0.065 0.065 0.292 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.263 0 0.033 0.148 0.439 100.000 100.000 0.235 LGA Q 177 Q 177 0.482 0 0.059 0.315 1.303 95.455 88.081 0.718 LGA L 178 L 178 0.441 0 0.076 0.097 0.913 90.909 90.909 0.913 LGA N 179 N 179 0.947 0 0.169 0.617 4.424 66.364 42.273 4.424 LGA K 180 K 180 3.908 0 0.294 0.972 13.682 20.455 9.091 13.682 LGA K 181 K 181 1.308 0 0.370 1.012 7.994 82.273 41.616 7.994 LGA T 182 T 182 0.581 0 0.058 1.110 3.385 81.818 68.052 3.385 LGA S 183 S 183 0.951 0 0.127 0.115 1.296 73.636 70.909 1.218 LGA K 184 K 184 0.960 0 0.063 0.814 2.488 73.636 69.697 2.488 LGA L 185 L 185 0.514 0 0.060 0.068 0.601 90.909 95.455 0.420 LGA D 186 D 186 0.091 0 0.059 0.093 0.499 100.000 100.000 0.440 LGA P 187 P 187 0.520 0 0.029 0.068 1.112 82.273 84.675 0.647 LGA V 188 V 188 0.691 0 0.000 0.028 0.764 81.818 81.818 0.764 LGA E 189 E 189 0.735 0 0.000 0.320 1.715 81.818 76.566 1.715 LGA D 190 D 190 0.664 0 0.024 0.045 0.748 86.364 84.091 0.739 LGA E 191 E 191 0.500 0 0.038 0.066 0.737 95.455 89.899 0.737 LGA A 192 A 192 0.330 0 0.000 0.000 0.398 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.338 0 0.021 0.658 2.845 100.000 83.838 2.599 LGA V 194 V 194 0.342 0 0.034 0.048 0.411 100.000 100.000 0.411 LGA V 195 V 195 0.111 0 0.000 0.000 0.213 100.000 100.000 0.147 LGA Q 196 Q 196 0.173 0 0.017 0.265 1.385 100.000 90.303 1.212 LGA L 197 L 197 0.206 0 0.011 0.053 0.430 100.000 100.000 0.424 LGA I 198 I 198 0.250 0 0.083 0.094 0.425 100.000 100.000 0.342 LGA F 199 F 199 0.200 0 0.044 0.084 0.311 100.000 100.000 0.055 LGA N 200 N 200 0.228 0 0.046 0.788 2.669 100.000 84.318 2.669 LGA I 201 I 201 0.087 0 0.031 0.046 0.164 100.000 100.000 0.088 LGA F 202 F 202 0.131 0 0.000 0.041 0.517 100.000 98.347 0.517 LGA L 203 L 203 0.338 0 0.000 0.063 0.847 100.000 93.182 0.782 LGA N 204 N 204 0.186 0 0.035 0.094 1.126 100.000 91.136 0.803 LGA G 205 G 205 0.527 0 0.045 0.045 0.595 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.758 0 0.011 0.220 1.149 73.636 82.273 0.302 LGA N 207 N 207 1.570 0 0.074 0.277 2.279 54.545 51.136 1.909 LGA G 208 G 208 1.619 0 0.000 0.000 1.766 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.611 0 0.036 0.480 1.841 58.182 67.879 0.863 LGA D 210 D 210 1.403 0 0.092 0.784 1.692 65.455 62.045 1.692 LGA Y 211 Y 211 1.852 0 0.120 0.400 2.012 50.909 49.848 1.552 LGA S 212 S 212 2.270 0 0.691 0.767 5.862 34.545 24.848 5.862 LGA Y 213 Y 213 2.982 0 0.144 1.624 14.959 41.818 14.091 14.959 LGA A 215 A 215 0.964 0 0.201 0.215 1.996 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.292 0 0.027 0.174 0.447 100.000 100.000 0.426 LGA A 217 A 217 0.211 0 0.032 0.048 0.348 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.518 0 0.044 0.097 1.323 95.455 88.182 1.323 LGA H 219 H 219 0.224 0 0.018 0.029 0.373 100.000 100.000 0.373 LGA L 220 L 220 0.303 0 0.024 0.092 0.487 100.000 100.000 0.487 LGA T 221 T 221 0.375 0 0.009 0.040 0.553 95.455 97.403 0.435 LGA N 222 N 222 0.441 0 0.027 0.044 0.626 90.909 95.455 0.475 LGA L 223 L 223 0.579 0 0.048 0.054 0.886 86.364 84.091 0.725 LGA Q 224 Q 224 0.674 0 0.019 0.829 4.206 81.818 62.222 4.206 LGA I 225 I 225 0.740 0 0.061 0.141 0.786 81.818 86.364 0.294 LGA P 226 P 226 0.835 0 0.073 0.080 1.024 81.818 79.481 0.976 LGA T 227 T 227 0.134 0 0.034 0.151 0.558 100.000 97.403 0.267 LGA P 228 P 228 0.698 0 0.077 0.080 0.923 86.364 84.416 0.923 LGA S 229 S 229 0.616 0 0.130 0.119 1.211 86.364 79.394 1.211 LGA G 230 G 230 0.471 0 0.065 0.065 1.109 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.898 0 0.117 0.684 3.341 73.636 65.657 3.341 LGA K 232 K 232 0.910 0 0.186 0.867 4.360 77.727 56.566 4.360 LGA R 233 R 233 0.533 0 0.025 1.372 8.259 90.909 48.595 8.259 LGA W 234 W 234 0.234 0 0.045 0.096 0.633 100.000 97.403 0.423 LGA N 235 N 235 0.590 0 0.020 0.855 2.390 86.364 76.591 2.390 LGA Q 236 Q 236 0.493 0 0.039 0.893 3.491 90.909 76.970 0.638 LGA Y 237 Y 237 0.596 0 0.045 0.357 2.150 86.364 71.818 2.150 LGA T 238 T 238 0.472 0 0.032 0.305 1.118 100.000 89.870 1.118 LGA I 239 I 239 0.295 0 0.023 0.090 0.402 100.000 100.000 0.387 LGA K 240 K 240 0.489 0 0.059 0.601 4.150 95.455 71.717 4.150 LGA A 241 A 241 0.549 0 0.051 0.054 0.643 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.306 0 0.051 0.067 0.898 100.000 90.909 0.898 LGA L 243 L 243 0.149 0 0.032 0.126 0.508 95.455 97.727 0.174 LGA Q 244 Q 244 0.245 0 0.021 0.305 1.241 95.455 88.283 1.241 LGA N 245 N 245 0.278 0 0.017 0.108 0.554 100.000 97.727 0.554 LGA E 246 E 246 0.304 0 0.000 0.655 1.895 100.000 87.071 1.531 LGA V 247 V 247 0.193 0 0.000 0.056 0.241 100.000 100.000 0.241 LGA Y 248 Y 248 0.288 0 0.000 0.092 1.069 100.000 88.030 1.069 LGA I 249 I 249 0.270 0 0.066 0.095 0.425 100.000 100.000 0.354 LGA G 250 G 250 0.210 0 0.037 0.037 0.268 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.128 0 0.043 0.049 0.307 100.000 100.000 0.260 LGA V 252 V 252 0.216 0 0.049 0.121 0.588 100.000 97.403 0.588 LGA K 253 K 253 0.433 0 0.022 0.104 0.534 95.455 93.939 0.529 LGA Y 254 Y 254 0.588 0 0.049 0.376 2.505 86.364 72.273 2.505 LGA K 255 K 255 0.685 0 0.054 0.119 1.127 81.818 80.000 1.127 LGA V 256 V 256 0.691 0 0.095 0.106 0.879 81.818 81.818 0.879 LGA R 257 R 257 0.993 0 0.092 1.081 6.277 73.636 45.950 4.048 LGA E 258 E 258 0.908 0 0.047 0.978 4.451 73.636 54.141 4.451 LGA K 259 K 259 1.436 0 0.000 0.290 1.928 61.818 57.374 1.728 LGA T 260 T 260 1.259 0 0.020 0.100 1.716 58.182 61.299 1.011 LGA K 261 K 261 2.075 0 0.022 1.063 8.822 44.545 27.071 8.822 LGA D 262 D 262 1.614 0 0.083 0.734 2.826 54.545 47.045 2.688 LGA G 263 G 263 1.759 0 0.110 0.110 2.060 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.212 0 0.000 0.484 1.598 65.455 63.838 1.261 LGA R 265 R 265 1.223 0 0.087 0.997 3.333 65.455 58.512 3.333 LGA T 266 T 266 0.853 0 0.011 0.113 0.974 81.818 84.416 0.778 LGA I 267 I 267 0.715 0 0.036 0.082 0.909 81.818 81.818 0.909 LGA R 268 R 268 0.289 0 0.000 0.963 2.414 100.000 83.802 2.211 LGA P 269 P 269 0.339 0 0.000 0.005 0.378 100.000 100.000 0.239 LGA E 270 E 270 0.480 0 0.000 0.843 3.187 100.000 74.545 2.379 LGA K 271 K 271 0.571 0 0.042 0.636 3.967 90.909 59.192 3.507 LGA E 272 E 272 0.315 0 0.045 0.077 1.089 100.000 90.101 1.089 LGA Q 273 Q 273 0.189 0 0.024 0.068 0.721 100.000 93.939 0.649 LGA I 274 I 274 0.197 0 0.055 0.071 0.387 100.000 100.000 0.387 LGA V 275 V 275 0.131 0 0.021 0.022 0.378 100.000 100.000 0.305 LGA V 276 V 276 0.158 0 0.000 0.046 0.446 100.000 100.000 0.373 LGA Q 277 Q 277 0.195 0 0.047 0.629 3.074 100.000 77.172 3.074 LGA D 278 D 278 0.250 0 0.040 0.174 0.483 100.000 100.000 0.459 LGA A 279 A 279 0.223 0 0.023 0.048 0.253 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.238 0 0.039 0.258 0.642 100.000 94.545 0.619 LGA A 281 A 281 0.330 0 0.000 0.000 0.407 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.332 0 0.021 0.026 0.529 95.455 94.805 0.502 LGA I 283 I 283 0.510 0 0.035 0.074 0.813 86.364 86.364 0.548 LGA I 284 I 284 0.461 0 0.005 0.059 0.485 100.000 100.000 0.374 LGA D 285 D 285 0.609 0 0.026 0.856 2.662 81.818 75.000 2.662 LGA K 286 K 286 0.564 0 0.026 0.278 1.459 81.818 80.000 1.459 LGA E 287 E 287 0.791 0 0.034 0.203 1.272 81.818 80.000 0.583 LGA Q 288 Q 288 0.575 0 0.000 0.377 0.974 90.909 85.859 0.974 LGA F 289 F 289 0.277 0 0.029 0.130 0.633 100.000 95.041 0.600 LGA Q 290 Q 290 0.503 0 0.000 0.867 2.744 95.455 83.838 2.744 LGA Q 291 Q 291 0.404 0 0.000 0.236 1.104 100.000 90.101 1.104 LGA S 292 S 292 0.210 0 0.065 0.684 2.335 100.000 89.697 2.335 LGA Q 293 Q 293 0.563 0 0.036 0.241 0.909 86.364 85.859 0.909 LGA V 294 V 294 0.808 0 0.023 0.062 0.910 81.818 81.818 0.852 LGA K 295 K 295 0.561 0 0.066 0.156 1.085 77.727 90.101 0.451 LGA I 296 I 296 0.873 0 0.030 0.063 1.371 73.636 80.000 0.606 LGA A 297 A 297 1.448 0 0.149 0.175 2.434 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.281 0 0.036 0.572 1.998 58.182 65.909 1.234 LGA K 299 K 299 2.772 0 0.240 0.780 14.465 42.273 18.788 14.465 LGA V 300 V 300 4.530 0 0.000 0.039 9.514 11.364 6.494 9.514 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.971 0.938 1.918 85.370 79.717 64.446 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 95.000 97.622 12.602 LGA_LOCAL RMSD: 0.971 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.971 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.971 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.341840 * X + -0.216413 * Y + 0.914500 * Z + 149.399185 Y_new = 0.310381 * X + 0.892516 * Y + 0.327230 * Z + 146.127426 Z_new = -0.887023 * X + 0.395703 * Y + -0.237927 * Z + 142.797180 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.404391 1.090857 2.112153 [DEG: 137.7615 62.5015 121.0175 ] ZXZ: 1.914424 1.811027 -1.151188 [DEG: 109.6884 103.7642 -65.9582 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS148_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS148_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.622 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS148_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 14653 N GLY 165 153.080 187.027 153.740 1.00 83.91 N ATOM 14654 CA GLY 165 152.361 187.801 154.761 1.00 83.99 C ATOM 14655 C GLY 165 150.840 187.639 154.735 1.00 85.57 C ATOM 14656 O GLY 165 150.123 188.423 155.361 1.00 83.09 O ATOM 14657 N LYS 166 150.314 186.640 154.021 1.00 83.98 N ATOM 14658 CA LYS 166 148.882 186.327 153.979 1.00 83.73 C ATOM 14659 C LYS 166 148.478 185.544 155.237 1.00 84.56 C ATOM 14660 O LYS 166 149.228 184.703 155.733 1.00 82.89 O ATOM 14661 CB LYS 166 148.519 185.581 152.676 1.00 82.42 C ATOM 14662 CG LYS 166 148.792 186.415 151.398 1.00 79.57 C ATOM 14663 CD LYS 166 148.386 185.714 150.090 1.00 77.06 C ATOM 14664 CE LYS 166 148.672 186.634 148.886 1.00 71.96 C ATOM 14665 NZ LYS 166 148.289 186.079 147.555 1.00 66.13 N ATOM 14666 N TRP 167 147.276 185.797 155.740 1.00 83.90 N ATOM 14667 CA TRP 167 146.726 185.082 156.896 1.00 84.24 C ATOM 14668 C TRP 167 146.050 183.779 156.458 1.00 83.37 C ATOM 14669 O TRP 167 145.039 183.800 155.754 1.00 81.19 O ATOM 14670 CB TRP 167 145.764 185.995 157.653 1.00 84.02 C ATOM 14671 CG TRP 167 145.288 185.411 158.944 1.00 84.66 C ATOM 14672 CD1 TRP 167 144.147 184.710 159.131 1.00 80.95 C ATOM 14673 CD2 TRP 167 145.966 185.448 160.242 1.00 82.63 C ATOM 14674 NE1 TRP 167 144.064 184.314 160.463 1.00 80.68 N ATOM 14675 CE2 TRP 167 145.159 184.746 161.170 1.00 81.98 C ATOM 14676 CE3 TRP 167 147.173 186.009 160.701 1.00 81.90 C ATOM 14677 CZ2 TRP 167 145.545 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