####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS148_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS148_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 66 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 67 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 56 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 66 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 57 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 46 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 46 97 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 107 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 72 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 38 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 24 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 74 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 9 105 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 38 105 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 105 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 105 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 10 88 121 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 20 54 127 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 15 38 130 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 60 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 66 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 72 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 57 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 21 97 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 29 107 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 37 83 125 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 37 75 93 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 112 123 129 132 134 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 82.96 91.11 95.56 97.78 99.26 99.26 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.64 0.73 0.81 0.91 0.91 0.91 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.03 1.01 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.663 0 0.026 0.026 0.697 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.632 0 0.047 0.197 1.720 81.818 74.747 1.720 LGA W 167 W 167 0.424 0 0.051 0.112 0.718 95.455 93.506 0.582 LGA I 168 I 168 0.802 0 0.043 0.313 1.560 74.545 66.364 1.199 LGA S 169 S 169 1.470 0 0.141 0.217 4.285 66.818 48.485 4.285 LGA G 170 G 170 1.189 0 0.241 0.241 1.205 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.947 0 0.029 1.327 4.330 82.273 64.545 1.070 LGA A 172 A 172 0.530 0 0.036 0.048 0.681 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.292 0 0.032 0.335 1.548 100.000 90.390 1.548 LGA Y 174 Y 174 0.450 0 0.037 0.171 0.946 90.909 84.848 0.946 LGA G 175 G 175 0.269 0 0.062 0.062 0.274 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.253 0 0.023 0.148 0.429 100.000 100.000 0.225 LGA Q 177 Q 177 0.465 0 0.062 0.310 1.300 100.000 90.101 0.709 LGA L 178 L 178 0.402 0 0.075 0.092 0.858 90.909 90.909 0.858 LGA N 179 N 179 0.965 0 0.167 0.613 4.441 70.909 44.545 4.441 LGA K 180 K 180 3.868 0 0.298 0.972 13.651 20.455 9.091 13.651 LGA K 181 K 181 1.379 0 0.370 1.012 8.084 82.273 41.616 8.084 LGA T 182 T 182 0.568 0 0.057 1.110 3.351 86.364 70.649 3.351 LGA S 183 S 183 0.924 0 0.131 0.117 1.258 82.273 76.667 1.177 LGA K 184 K 184 0.948 0 0.059 0.811 2.488 73.636 69.697 2.488 LGA L 185 L 185 0.491 0 0.063 0.069 0.584 95.455 97.727 0.419 LGA D 186 D 186 0.078 0 0.058 0.094 0.490 100.000 100.000 0.422 LGA P 187 P 187 0.501 0 0.023 0.064 1.093 82.273 84.675 0.639 LGA V 188 V 188 0.680 0 0.000 0.025 0.752 81.818 81.818 0.752 LGA E 189 E 189 0.723 0 0.000 0.321 1.705 81.818 76.566 1.705 LGA D 190 D 190 0.655 0 0.017 0.048 0.745 86.364 84.091 0.737 LGA E 191 E 191 0.484 0 0.031 0.067 0.741 95.455 91.919 0.741 LGA A 192 A 192 0.315 0 0.000 0.000 0.381 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.334 0 0.019 0.658 2.842 100.000 83.838 2.586 LGA V 194 V 194 0.340 0 0.024 0.044 0.417 100.000 100.000 0.417 LGA V 195 V 195 0.090 0 0.000 0.000 0.191 100.000 100.000 0.116 LGA Q 196 Q 196 0.188 0 0.026 0.266 1.387 100.000 88.485 1.218 LGA L 197 L 197 0.224 0 0.010 0.055 0.437 100.000 100.000 0.427 LGA I 198 I 198 0.247 0 0.084 0.095 0.433 100.000 100.000 0.358 LGA F 199 F 199 0.237 0 0.037 0.085 0.369 100.000 100.000 0.116 LGA N 200 N 200 0.264 0 0.050 0.773 2.580 100.000 84.318 2.580 LGA I 201 I 201 0.107 0 0.029 0.049 0.177 100.000 100.000 0.082 LGA F 202 F 202 0.158 0 0.000 0.044 0.592 100.000 95.041 0.592 LGA L 203 L 203 0.399 0 0.000 0.065 0.928 100.000 90.909 0.855 LGA N 204 N 204 0.226 0 0.032 0.093 1.168 100.000 88.864 0.882 LGA G 205 G 205 0.474 0 0.044 0.044 0.549 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.709 0 0.011 0.214 1.109 73.636 82.273 0.239 LGA N 207 N 207 1.515 0 0.073 0.277 2.266 54.545 51.136 1.869 LGA G 208 G 208 1.556 0 0.000 0.000 1.711 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.573 0 0.040 0.486 1.809 61.818 69.495 0.932 LGA D 210 D 210 1.367 0 0.094 0.780 1.704 65.455 63.864 1.704 LGA Y 211 Y 211 1.827 0 0.121 0.402 2.007 50.909 49.848 1.545 LGA S 212 S 212 2.286 0 0.692 0.767 5.912 34.545 24.848 5.912 LGA Y 213 Y 213 2.924 0 0.147 1.626 14.891 41.818 14.091 14.891 LGA A 215 A 215 0.963 0 0.202 0.216 1.975 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.280 0 0.030 0.174 0.463 100.000 100.000 0.428 LGA A 217 A 217 0.211 0 0.027 0.044 0.354 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.540 0 0.046 0.093 1.314 95.455 88.182 1.314 LGA H 219 H 219 0.272 0 0.026 0.033 0.392 100.000 100.000 0.392 LGA L 220 L 220 0.316 0 0.015 0.092 0.516 100.000 97.727 0.516 LGA T 221 T 221 0.346 0 0.022 0.045 0.496 100.000 100.000 0.408 LGA N 222 N 222 0.400 0 0.029 0.045 0.561 95.455 97.727 0.490 LGA L 223 L 223 0.546 0 0.048 0.053 0.856 90.909 86.364 0.725 LGA Q 224 Q 224 0.622 0 0.025 0.831 4.318 81.818 61.414 4.318 LGA I 225 I 225 0.712 0 0.057 0.143 0.766 81.818 86.364 0.239 LGA P 226 P 226 0.830 0 0.070 0.079 1.014 81.818 79.481 0.976 LGA T 227 T 227 0.135 0 0.020 0.150 0.514 100.000 97.403 0.230 LGA P 228 P 228 0.705 0 0.079 0.081 0.919 81.818 81.818 0.919 LGA S 229 S 229 0.602 0 0.128 0.119 1.164 86.364 82.121 1.164 LGA G 230 G 230 0.513 0 0.068 0.068 1.073 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.850 0 0.116 0.678 3.229 73.636 67.475 3.229 LGA K 232 K 232 0.833 0 0.184 0.864 4.189 77.727 56.566 4.189 LGA R 233 R 233 0.456 0 0.029 1.366 8.228 95.455 50.248 8.228 LGA W 234 W 234 0.267 0 0.041 0.090 0.627 100.000 97.403 0.424 LGA N 235 N 235 0.583 0 0.030 0.861 2.448 86.364 76.591 2.448 LGA Q 236 Q 236 0.454 0 0.036 0.885 3.529 90.909 76.162 0.540 LGA Y 237 Y 237 0.628 0 0.049 0.364 2.238 86.364 70.455 2.238 LGA T 238 T 238 0.492 0 0.022 0.302 1.168 100.000 89.870 1.168 LGA I 239 I 239 0.292 0 0.015 0.089 0.404 100.000 100.000 0.404 LGA K 240 K 240 0.520 0 0.063 0.601 4.217 86.364 64.444 4.217 LGA A 241 A 241 0.576 0 0.056 0.058 0.667 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.251 0 0.047 0.062 0.879 100.000 90.909 0.879 LGA L 243 L 243 0.156 0 0.028 0.126 0.530 95.455 97.727 0.222 LGA Q 244 Q 244 0.302 0 0.009 0.304 1.236 95.455 88.283 1.236 LGA N 245 N 245 0.321 0 0.000 0.104 0.585 100.000 97.727 0.585 LGA E 246 E 246 0.336 0 0.000 0.651 1.840 100.000 87.071 1.524 LGA V 247 V 247 0.175 0 0.016 0.058 0.220 100.000 100.000 0.220 LGA Y 248 Y 248 0.272 0 0.000 0.094 1.045 100.000 91.061 1.045 LGA I 249 I 249 0.268 0 0.069 0.098 0.403 100.000 100.000 0.396 LGA G 250 G 250 0.194 0 0.034 0.034 0.254 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.176 0 0.043 0.048 0.354 100.000 100.000 0.299 LGA V 252 V 252 0.226 0 0.054 0.123 0.573 100.000 97.403 0.573 LGA K 253 K 253 0.388 0 0.023 0.104 0.501 95.455 97.980 0.450 LGA Y 254 Y 254 0.615 0 0.049 0.377 2.604 90.909 72.424 2.604 LGA K 255 K 255 0.806 0 0.058 0.121 1.148 81.818 80.000 1.148 LGA V 256 V 256 0.774 0 0.094 0.106 0.940 81.818 81.818 0.940 LGA R 257 R 257 1.094 0 0.094 1.082 6.227 65.455 43.471 3.936 LGA E 258 E 258 1.085 0 0.041 0.977 4.584 69.545 50.101 4.584 LGA K 259 K 259 1.646 0 0.007 0.302 2.155 54.545 49.697 1.951 LGA T 260 T 260 1.452 0 0.021 0.102 1.945 58.182 61.299 1.200 LGA K 261 K 261 2.273 0 0.017 1.059 8.959 41.364 24.646 8.959 LGA D 262 D 262 1.818 0 0.084 0.739 3.018 50.909 42.273 2.906 LGA G 263 G 263 2.008 0 0.111 0.111 2.301 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.411 0 0.000 0.482 1.644 61.818 62.222 1.037 LGA R 265 R 265 1.398 0 0.088 0.996 3.355 65.455 56.033 3.355 LGA T 266 T 266 0.988 0 0.000 0.115 1.134 73.636 77.143 0.907 LGA I 267 I 267 0.795 0 0.037 0.080 0.973 81.818 81.818 0.973 LGA R 268 R 268 0.354 0 0.007 0.962 2.524 95.455 78.017 2.196 LGA P 269 P 269 0.255 0 0.000 0.014 0.287 100.000 100.000 0.189 LGA E 270 E 270 0.412 0 0.000 0.845 3.170 100.000 74.545 2.310 LGA K 271 K 271 0.504 0 0.039 0.637 3.910 95.455 63.232 3.450 LGA E 272 E 272 0.276 0 0.044 0.081 1.165 100.000 88.283 1.165 LGA Q 273 Q 273 0.239 0 0.017 0.066 0.721 100.000 93.939 0.671 LGA I 274 I 274 0.251 0 0.054 0.070 0.466 100.000 100.000 0.466 LGA V 275 V 275 0.068 0 0.021 0.023 0.329 100.000 100.000 0.291 LGA V 276 V 276 0.197 0 0.000 0.040 0.453 100.000 100.000 0.393 LGA Q 277 Q 277 0.213 0 0.049 0.630 3.048 100.000 77.172 3.048 LGA D 278 D 278 0.251 0 0.031 0.171 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA A 279 A 279 0.254 0 0.020 0.047 0.292 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.231 0 0.040 0.258 0.632 100.000 92.727 0.624 LGA A 281 A 281 0.311 0 0.000 0.000 0.394 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.319 0 0.010 0.026 0.530 95.455 94.805 0.514 LGA I 283 I 283 0.499 0 0.040 0.074 0.801 90.909 88.636 0.537 LGA I 284 I 284 0.451 0 0.000 0.052 0.485 100.000 100.000 0.346 LGA D 285 D 285 0.614 0 0.000 0.843 2.549 81.818 75.000 2.549 LGA K 286 K 286 0.598 0 0.025 0.277 1.396 81.818 80.000 1.396 LGA E 287 E 287 0.837 0 0.018 0.202 1.291 81.818 80.000 0.643 LGA Q 288 Q 288 0.588 0 0.000 0.373 0.950 90.909 85.859 0.950 LGA F 289 F 289 0.334 0 0.033 0.131 0.661 100.000 93.388 0.621 LGA Q 290 Q 290 0.592 0 0.000 0.842 2.558 86.364 77.778 2.558 LGA Q 291 Q 291 0.505 0 0.000 0.238 1.172 90.909 84.040 1.172 LGA S 292 S 292 0.296 0 0.068 0.682 2.375 95.455 86.667 2.375 LGA Q 293 Q 293 0.659 0 0.043 0.243 0.976 81.818 81.818 0.976 LGA V 294 V 294 0.931 0 0.018 0.059 1.048 81.818 77.143 1.001 LGA K 295 K 295 0.619 0 0.064 0.156 1.096 77.727 90.101 0.433 LGA I 296 I 296 0.928 0 0.028 0.064 1.407 73.636 75.682 0.714 LGA A 297 A 297 1.535 0 0.147 0.173 2.493 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.282 0 0.041 0.569 1.882 58.182 65.909 1.341 LGA K 299 K 299 2.604 0 0.230 0.773 14.326 45.455 20.202 14.326 LGA V 300 V 300 4.820 0 0.000 0.036 9.801 10.455 5.974 9.801 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.994 0.963 1.925 85.296 79.393 64.385 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 134 0.91 94.444 97.407 13.281 LGA_LOCAL RMSD: 0.909 Number of atoms: 134 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.996 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.994 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.125699 * X + 0.972515 * Y + 0.195996 * Z + 150.343033 Y_new = -0.542114 * X + -0.098123 * Y + 0.834557 * Z + 145.590668 Z_new = 0.830850 * X + -0.211155 * Y + 0.514880 * Z + 141.933365 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.342954 -0.980634 -0.389188 [DEG: -76.9456 -56.1862 -22.2988 ] ZXZ: 2.910922 1.029929 1.819671 [DEG: 166.7836 59.0106 104.2595 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS148_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS148_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 134 0.91 97.407 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS148_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 5781 N GLY 165 153.071 187.021 153.685 1.00 83.81 N ATOM 5782 CA GLY 165 152.353 187.785 154.711 1.00 83.88 C ATOM 5783 C GLY 165 150.831 187.619 154.682 1.00 85.36 C ATOM 5784 O GLY 165 150.114 188.399 155.316 1.00 82.59 O ATOM 5785 N LYS 166 150.308 186.621 153.963 1.00 84.08 N ATOM 5786 CA LYS 166 148.877 186.307 153.914 1.00 83.84 C ATOM 5787 C LYS 166 148.469 185.516 155.165 1.00 84.39 C ATOM 5788 O LYS 166 149.217 184.668 155.650 1.00 82.27 O ATOM 5789 CB LYS 166 148.517 185.573 152.605 1.00 82.51 C ATOM 5790 CG LYS 166 148.794 186.419 151.334 1.00 79.55 C ATOM 5791 CD LYS 166 148.388 185.730 150.018 1.00 77.23 C ATOM 5792 CE LYS 166 148.674 186.669 148.825 1.00 71.88 C ATOM 5793 NZ LYS 166 148.290 186.130 147.488 1.00 66.12 N ATOM 5794 N TRP 167 147.271 185.777 155.671 1.00 83.90 N ATOM 5795 CA TRP 167 146.721 185.050 156.819 1.00 84.21 C ATOM 5796 C TRP 167 146.043 183.755 156.364 1.00 83.29 C ATOM 5797 O TRP 167 145.032 183.786 155.667 1.00 80.81 O ATOM 5798 CB TRP 167 145.756 185.953 157.583 1.00 83.94 C ATOM 5799 CG TRP 167 145.277 185.360 158.868 1.00 84.44 C ATOM 5800 CD1 TRP 167 144.142 184.654 159.046 1.00 80.81 C ATOM 5801 CD2 TRP 167 145.955 185.388 160.166 1.00 82.57 C ATOM 5802 NE1 TRP 167 144.057 184.247 160.375 1.00 80.60 N ATOM 5803 CE2 TRP 167 145.149 184.676 161.090 1.00 81.80 C ATOM 5804 CE3 TRP 167 147.161 185.950 160.632 1.00 81.62 C ATOM 5805 CZ2 TRP 167 145.532 184.520 162.440 1.00 81.46 C ATOM 5806 CZ3 TRP 167 147.534 185.799 161.975 1.00 79.42 C ATOM 5807 CH2 TRP 167 146.729 185.089 162.866 1.00 78.84 C ATOM 5808 N ILE 168 146.585 182.616 156.774 1.00 80.94 N ATOM 5809 CA ILE 168 146.170 181.268 156.343 1.00 79.05 C ATOM 5810 C ILE 168 145.456 180.487 157.459 1.00 77.54 C ATOM 5811 O ILE 168 144.913 179.407 157.244 1.00 72.25 O ATOM 5812 CB ILE 168 147.405 180.501 155.808 1.00 75.92 C ATOM 5813 CG1 ILE 168 148.300 181.332 154.852 1.00 71.71 C ATOM 5814 CG2 ILE 168 146.998 179.202 155.095 1.00 69.61 C ATOM 5815 CD1 ILE 168 147.580 181.849 153.599 1.00 65.98 C ATOM 5816 N SER 169 145.449 181.034 158.671 1.00 77.13 N ATOM 5817 CA SER 169 144.823 180.411 159.836 1.00 75.58 C ATOM 5818 C SER 169 143.300 180.617 159.866 1.00 74.49 C ATOM 5819 O SER 169 142.718 181.144 158.921 1.00 69.13 O ATOM 5820 CB SER 169 145.515 180.910 161.104 1.00 72.21 C ATOM 5821 OG SER 169 146.809 180.368 161.185 1.00 67.61 O ATOM 5822 N GLY 170 142.648 180.162 160.938 1.00 71.38 N ATOM 5823 CA 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OG SER 218 138.188 191.860 187.079 1.00 69.59 O ATOM 6204 N HIS 219 138.057 195.360 184.308 1.00 87.14 N ATOM 6205 CA HIS 219 137.783 196.706 183.812 1.00 87.37 C ATOM 6206 C HIS 219 137.035 196.688 182.476 1.00 88.03 C ATOM 6207 O HIS 219 135.993 197.325 182.347 1.00 86.20 O ATOM 6208 CB HIS 219 139.103 197.478 183.705 1.00 86.87 C ATOM 6209 CG HIS 219 138.902 198.923 183.346 1.00 86.02 C ATOM 6210 ND1 HIS 219 138.310 199.881 184.146 1.00 76.43 N ATOM 6211 CD2 HIS 219 139.250 199.544 182.176 1.00 77.23 C ATOM 6212 CE1 HIS 219 138.310 201.038 183.467 1.00 78.44 C ATOM 6213 NE2 HIS 219 138.876 200.873 182.276 1.00 79.96 N ATOM 6214 N LEU 220 137.497 195.884 181.506 1.00 87.36 N ATOM 6215 CA LEU 220 136.806 195.719 180.219 1.00 87.11 C ATOM 6216 C LEU 220 135.411 195.101 180.381 1.00 87.28 C ATOM 6217 O LEU 220 134.479 195.491 179.684 1.00 85.40 O ATOM 6218 CB LEU 220 137.658 194.841 179.294 1.00 86.70 C ATOM 6219 CG LEU 220 139.007 195.446 178.867 1.00 85.31 C ATOM 6220 CD1 LEU 220 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O THR 227 134.313 189.282 172.129 1.00 83.37 O ATOM 6273 CB THR 227 135.230 188.236 175.150 1.00 82.24 C ATOM 6274 OG1 THR 227 134.348 187.261 174.653 1.00 74.63 O ATOM 6275 CG2 THR 227 134.953 188.407 176.641 1.00 75.59 C ATOM 6276 N PRO 228 136.503 188.910 172.396 1.00 81.28 N ATOM 6277 CA PRO 228 136.721 188.524 170.990 1.00 80.32 C ATOM 6278 C PRO 228 135.781 187.427 170.476 1.00 80.25 C ATOM 6279 O PRO 228 135.459 187.384 169.293 1.00 77.69 O ATOM 6280 CB PRO 228 138.177 188.052 170.939 1.00 79.53 C ATOM 6281 CG PRO 228 138.855 188.851 172.045 1.00 76.01 C ATOM 6282 CD PRO 228 137.771 188.973 173.112 1.00 78.96 C ATOM 6283 N SER 229 135.316 186.545 171.353 1.00 79.33 N ATOM 6284 CA SER 229 134.344 185.491 171.034 1.00 77.49 C ATOM 6285 C SER 229 132.882 185.873 171.335 1.00 77.17 C ATOM 6286 O SER 229 132.032 184.985 171.421 1.00 72.92 O ATOM 6287 CB SER 229 134.736 184.189 171.742 1.00 74.67 C ATOM 6288 OG SER 229 134.650 184.319 173.147 1.00 68.26 O ATOM 6289 N GLY 230 132.581 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