####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS148_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS148_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 64 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 64 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 75 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 57 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 73 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 61 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 57 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 51 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 52 67 95 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 44 111 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 75 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 36 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 23 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 72 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 74 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 65 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 75 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 42 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 23 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 14 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 14 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 10 98 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 4 30 52 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 15 23 33 121 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 68 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 75 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 65 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 52 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 48 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 46 103 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 47 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 116 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 85.93 92.59 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.62 0.70 0.78 0.86 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.94 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.731 0 0.022 0.022 0.821 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.752 0 0.059 0.154 1.582 81.818 74.747 1.582 LGA W 167 W 167 0.573 0 0.051 0.095 0.823 81.818 85.714 0.573 LGA I 168 I 168 0.994 0 0.046 1.562 4.634 74.545 54.318 4.634 LGA S 169 S 169 1.543 0 0.155 0.238 4.377 59.091 43.333 4.377 LGA G 170 G 170 1.098 0 0.222 0.222 1.290 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.016 0 0.000 1.320 4.284 78.182 62.500 1.044 LGA A 172 A 172 0.481 0 0.047 0.059 0.663 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.446 0 0.000 0.066 0.856 100.000 92.208 0.856 LGA Y 174 Y 174 0.467 0 0.040 0.178 1.012 90.909 83.485 1.012 LGA G 175 G 175 0.269 0 0.062 0.062 0.269 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.239 0 0.032 0.149 0.398 100.000 100.000 0.163 LGA Q 177 Q 177 0.528 0 0.056 0.252 0.924 86.364 85.859 0.715 LGA L 178 L 178 0.478 0 0.079 0.099 0.904 90.909 86.364 0.904 LGA N 179 N 179 0.907 0 0.175 0.615 4.388 70.909 45.455 4.388 LGA K 180 K 180 3.961 0 0.288 0.969 13.783 20.455 9.091 13.783 LGA K 181 K 181 1.242 0 0.371 1.005 7.903 82.273 41.616 7.903 LGA T 182 T 182 0.534 0 0.059 1.110 3.357 77.727 65.714 3.357 LGA S 183 S 183 1.042 0 0.134 0.122 1.409 69.545 68.182 1.320 LGA K 184 K 184 1.029 0 0.054 0.809 2.435 69.545 67.879 2.435 LGA L 185 L 185 0.553 0 0.055 0.071 0.589 86.364 90.909 0.477 LGA D 186 D 186 0.122 0 0.057 0.096 0.523 100.000 97.727 0.472 LGA P 187 P 187 0.511 0 0.000 0.061 1.113 82.273 84.675 0.661 LGA V 188 V 188 0.744 0 0.000 0.024 0.841 81.818 81.818 0.841 LGA E 189 E 189 0.799 0 0.013 0.307 1.664 81.818 78.384 1.664 LGA D 190 D 190 0.751 0 0.023 0.055 0.938 81.818 81.818 0.938 LGA E 191 E 191 0.543 0 0.037 0.072 0.788 90.909 85.859 0.788 LGA A 192 A 192 0.398 0 0.000 0.000 0.480 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.416 0 0.022 0.657 2.937 100.000 79.798 2.685 LGA V 194 V 194 0.395 0 0.036 0.047 0.461 100.000 100.000 0.461 LGA V 195 V 195 0.142 0 0.000 0.000 0.241 100.000 100.000 0.151 LGA Q 196 Q 196 0.233 0 0.027 0.262 1.433 100.000 88.485 1.241 LGA L 197 L 197 0.256 0 0.028 0.041 0.495 100.000 100.000 0.430 LGA I 198 I 198 0.258 0 0.087 0.096 0.443 100.000 100.000 0.381 LGA F 199 F 199 0.239 0 0.041 0.075 0.359 100.000 100.000 0.113 LGA N 200 N 200 0.305 0 0.040 0.738 1.913 100.000 87.273 1.913 LGA I 201 I 201 0.123 0 0.036 0.052 0.214 100.000 100.000 0.027 LGA F 202 F 202 0.175 0 0.000 0.038 0.550 100.000 96.694 0.550 LGA L 203 L 203 0.384 0 0.000 0.055 0.772 100.000 93.182 0.711 LGA N 204 N 204 0.238 0 0.027 0.102 1.212 100.000 91.136 0.946 LGA G 205 G 205 0.347 0 0.052 0.052 0.384 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.487 0 0.021 0.033 0.810 90.909 95.455 0.164 LGA N 207 N 207 1.092 0 0.071 0.275 1.865 69.545 65.682 1.425 LGA G 208 G 208 1.166 0 0.000 0.000 1.394 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.256 0 0.024 0.681 1.892 69.545 69.697 1.660 LGA D 210 D 210 1.145 0 0.105 0.726 1.659 69.545 67.727 1.481 LGA Y 211 Y 211 1.643 0 0.109 0.417 1.853 54.545 56.970 1.442 LGA S 212 S 212 2.142 0 0.692 0.757 5.842 39.545 28.182 5.842 LGA Y 213 Y 213 2.964 0 0.150 1.622 14.834 38.636 13.030 14.834 LGA A 215 A 215 0.754 0 0.206 0.220 1.806 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.279 0 0.042 0.180 0.464 100.000 100.000 0.464 LGA A 217 A 217 0.136 0 0.036 0.050 0.269 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.344 0 0.052 0.106 1.123 100.000 91.212 1.123 LGA H 219 H 219 0.205 0 0.026 0.038 0.317 100.000 100.000 0.317 LGA L 220 L 220 0.247 0 0.008 0.088 0.418 100.000 100.000 0.418 LGA T 221 T 221 0.177 0 0.023 0.046 0.334 100.000 100.000 0.199 LGA N 222 N 222 0.320 0 0.041 0.050 0.488 100.000 100.000 0.363 LGA L 223 L 223 0.498 0 0.049 0.056 0.835 100.000 90.909 0.724 LGA Q 224 Q 224 0.503 0 0.032 0.819 4.448 81.818 60.404 4.448 LGA I 225 I 225 0.520 0 0.049 0.139 0.558 86.364 90.909 0.121 LGA P 226 P 226 0.636 0 0.061 0.068 0.829 81.818 81.818 0.811 LGA T 227 T 227 0.319 0 0.030 0.155 0.484 100.000 100.000 0.332 LGA P 228 P 228 0.902 0 0.085 0.087 0.999 81.818 81.818 0.999 LGA S 229 S 229 0.903 0 0.132 0.124 1.110 86.364 82.121 0.989 LGA G 230 G 230 0.489 0 0.067 0.067 0.623 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.359 0 0.108 0.684 2.823 90.909 81.818 2.823 LGA K 232 K 232 0.357 0 0.154 0.865 3.374 95.455 73.939 3.374 LGA R 233 R 233 0.281 0 0.033 0.997 4.982 100.000 63.967 4.982 LGA W 234 W 234 0.241 0 0.045 0.104 0.605 100.000 97.403 0.384 LGA N 235 N 235 0.489 0 0.017 0.846 1.980 90.909 85.000 1.980 LGA Q 236 Q 236 0.311 0 0.031 0.892 3.721 100.000 82.222 0.655 LGA Y 237 Y 237 0.848 0 0.039 0.356 2.172 86.364 67.727 2.172 LGA T 238 T 238 0.650 0 0.021 0.291 1.034 81.818 79.481 1.034 LGA I 239 I 239 0.415 0 0.000 0.090 0.555 95.455 97.727 0.400 LGA K 240 K 240 0.615 0 0.061 0.597 4.299 81.818 62.424 4.299 LGA A 241 A 241 0.637 0 0.055 0.057 0.752 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.325 0 0.044 0.062 0.920 100.000 90.909 0.920 LGA L 243 L 243 0.151 0 0.009 0.123 0.551 95.455 97.727 0.233 LGA Q 244 Q 244 0.325 0 0.000 0.299 1.220 95.455 88.283 1.220 LGA N 245 N 245 0.380 0 0.000 0.102 0.662 100.000 93.182 0.662 LGA E 246 E 246 0.349 0 0.003 0.601 1.800 100.000 88.687 1.398 LGA V 247 V 247 0.219 0 0.021 0.061 0.250 100.000 100.000 0.209 LGA Y 248 Y 248 0.308 0 0.000 0.098 1.073 100.000 88.030 1.073 LGA I 249 I 249 0.270 0 0.073 0.098 0.407 100.000 100.000 0.374 LGA G 250 G 250 0.199 0 0.042 0.042 0.263 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.184 0 0.044 0.052 0.370 100.000 100.000 0.324 LGA V 252 V 252 0.303 0 0.053 0.123 0.713 100.000 97.403 0.713 LGA K 253 K 253 0.461 0 0.011 0.131 0.605 95.455 89.899 0.605 LGA Y 254 Y 254 0.544 0 0.048 0.346 2.307 90.909 75.909 2.307 LGA K 255 K 255 0.674 0 0.066 0.125 0.837 81.818 81.818 0.740 LGA V 256 V 256 0.759 0 0.094 0.104 0.874 81.818 81.818 0.874 LGA R 257 R 257 1.057 0 0.085 1.088 5.554 65.455 45.455 3.272 LGA E 258 E 258 1.164 0 0.046 0.980 4.747 61.818 44.848 4.747 LGA K 259 K 259 1.687 0 0.000 0.152 2.678 54.545 44.242 2.678 LGA T 260 T 260 1.614 0 0.023 0.119 2.074 47.727 53.247 1.462 LGA K 261 K 261 2.417 0 0.025 1.032 8.688 35.455 20.808 8.688 LGA D 262 D 262 2.161 0 0.076 0.667 3.231 38.182 33.409 3.222 LGA G 263 G 263 2.131 0 0.109 0.109 2.282 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.450 0 0.000 0.474 1.591 61.818 65.657 0.857 LGA R 265 R 265 1.340 0 0.084 1.012 3.260 65.455 61.488 3.260 LGA T 266 T 266 1.060 0 0.014 0.112 1.190 69.545 72.468 1.055 LGA I 267 I 267 0.828 0 0.035 0.081 1.017 77.727 79.773 0.989 LGA R 268 R 268 0.512 0 0.000 0.977 2.620 90.909 75.868 2.620 LGA P 269 P 269 0.283 0 0.000 0.008 0.448 100.000 100.000 0.448 LGA E 270 E 270 0.263 0 0.000 0.849 3.330 100.000 76.566 2.418 LGA K 271 K 271 0.325 0 0.047 0.647 3.615 100.000 68.687 3.121 LGA E 272 E 272 0.212 0 0.053 0.071 1.270 100.000 86.465 1.270 LGA Q 273 Q 273 0.238 0 0.019 0.072 0.630 100.000 93.939 0.597 LGA I 274 I 274 0.195 0 0.053 0.071 0.363 100.000 100.000 0.363 LGA V 275 V 275 0.080 0 0.022 0.023 0.306 100.000 100.000 0.306 LGA V 276 V 276 0.255 0 0.000 0.049 0.568 100.000 94.805 0.501 LGA Q 277 Q 277 0.257 0 0.048 0.638 3.198 100.000 75.960 3.198 LGA D 278 D 278 0.270 0 0.030 0.150 0.491 100.000 100.000 0.491 LGA A 279 A 279 0.330 0 0.015 0.044 0.355 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.227 0 0.035 0.259 0.633 100.000 92.727 0.633 LGA A 281 A 281 0.254 0 0.000 0.000 0.342 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.260 0 0.000 0.025 0.444 100.000 100.000 0.431 LGA I 283 I 283 0.443 0 0.049 0.084 0.758 90.909 90.909 0.553 LGA I 284 I 284 0.423 0 0.000 0.084 0.454 100.000 100.000 0.359 LGA D 285 D 285 0.757 0 0.071 0.930 3.284 81.818 67.727 1.394 LGA K 286 K 286 0.638 0 0.037 0.275 1.310 81.818 80.000 1.310 LGA E 287 E 287 0.574 0 0.032 0.159 1.194 86.364 78.384 0.907 LGA Q 288 Q 288 0.416 0 0.000 0.269 1.782 100.000 84.848 1.066 LGA F 289 F 289 0.361 0 0.034 0.111 0.584 100.000 95.041 0.556 LGA Q 290 Q 290 0.532 0 0.000 1.175 3.419 95.455 75.354 3.419 LGA Q 291 Q 291 0.343 0 0.000 0.257 1.042 100.000 92.121 1.042 LGA S 292 S 292 0.167 0 0.051 0.049 0.409 100.000 100.000 0.095 LGA Q 293 Q 293 0.517 0 0.044 0.221 0.865 86.364 85.859 0.865 LGA V 294 V 294 0.634 0 0.018 0.041 0.773 81.818 81.818 0.593 LGA K 295 K 295 0.430 0 0.060 0.172 0.938 90.909 95.960 0.472 LGA I 296 I 296 0.783 0 0.020 0.066 1.256 73.636 80.000 0.628 LGA A 297 A 297 1.280 0 0.134 0.157 2.060 58.636 60.000 - LGA N 298 N 298 1.010 0 0.033 0.557 2.419 59.091 70.682 1.315 LGA K 299 K 299 3.292 0 0.292 0.922 13.971 43.182 19.192 13.971 LGA V 300 V 300 2.175 0 0.099 0.100 5.142 44.545 26.494 5.142 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.926 0.884 1.839 86.064 80.193 65.531 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.370 97.833 13.158 LGA_LOCAL RMSD: 0.926 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.926 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.926 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.963245 * X + -0.181799 * Y + -0.197756 * Z + 151.811157 Y_new = 0.254774 * X + 0.384971 * Y + 0.887067 * Z + 149.247803 Z_new = -0.085138 * X + -0.904846 * Y + 0.417139 * Z + 145.969513 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.258574 0.085241 -1.138828 [DEG: 14.8152 4.8839 -65.2500 ] ZXZ: -2.922247 1.140501 -3.047778 [DEG: -167.4324 65.3459 -174.6248 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS148_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS148_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.833 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS148_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 14653 N GLY 165 152.967 186.976 153.787 1.00 85.11 N ATOM 14654 CA GLY 165 152.256 187.733 154.825 1.00 85.29 C ATOM 14655 C GLY 165 150.735 187.555 154.818 1.00 86.97 C ATOM 14656 O GLY 165 150.020 188.331 155.452 1.00 84.71 O ATOM 14657 N LYS 166 150.219 186.548 154.110 1.00 86.18 N ATOM 14658 CA LYS 166 148.784 186.240 154.066 1.00 86.13 C ATOM 14659 C LYS 166 148.368 185.475 155.326 1.00 87.06 C ATOM 14660 O LYS 166 149.082 184.594 155.801 1.00 85.44 O ATOM 14661 CB LYS 166 148.423 185.472 152.779 1.00 84.73 C ATOM 14662 CG LYS 166 148.669 186.307 151.501 1.00 82.07 C ATOM 14663 CD LYS 166 148.327 185.561 150.204 1.00 78.88 C ATOM 14664 CE LYS 166 148.584 186.483 148.999 1.00 74.01 C ATOM 14665 NZ LYS 166 148.374 185.842 147.675 1.00 67.54 N ATOM 14666 N TRP 167 147.186 185.788 155.841 1.00 86.60 N ATOM 14667 CA TRP 167 146.604 185.070 156.974 1.00 87.24 C ATOM 14668 C TRP 167 145.829 183.848 156.484 1.00 86.57 C ATOM 14669 O TRP 167 144.812 183.979 155.806 1.00 84.09 O ATOM 14670 CB TRP 167 145.714 186.007 157.787 1.00 86.84 C ATOM 14671 CG TRP 167 145.239 185.396 159.063 1.00 87.30 C ATOM 14672 CD1 TRP 167 144.093 184.704 159.233 1.00 84.27 C ATOM 14673 CD2 TRP 167 145.929 185.379 160.352 1.00 85.84 C ATOM 14674 NE1 TRP 167 144.015 184.261 160.550 1.00 83.99 N ATOM 14675 CE2 TRP 167 145.120 184.654 161.262 1.00 85.23 C ATOM 14676 CE3 TRP 167 147.148 185.905 160.817 1.00 85.22 C ATOM 14677 CZ2 TRP 167 145.514 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