####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS147_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS147_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 70 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 13 102 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 78 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 78 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 43 106 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 46 110 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 23 107 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 75 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 49 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 19 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 76 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 70 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 28 102 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 50 106 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 44 86 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 3 127 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 111 125 130 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 82.22 92.59 96.30 97.78 99.26 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.63 0.71 0.77 0.85 0.85 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.93 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.493 0 0.007 0.007 0.538 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.507 0 0.070 0.115 1.096 90.909 82.222 1.096 LGA W 167 W 167 0.253 0 0.054 0.084 0.749 95.455 92.208 0.749 LGA I 168 I 168 0.689 0 0.057 1.443 4.068 82.273 61.136 4.068 LGA S 169 S 169 1.357 0 0.119 0.212 3.548 73.636 55.455 3.548 LGA G 170 G 170 0.570 0 0.120 0.120 0.999 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.542 0 0.000 1.310 4.187 90.909 72.955 0.793 LGA A 172 A 172 0.302 0 0.054 0.075 0.447 100.000 100.000 - LGA P 173 P 173 0.424 0 0.020 0.354 1.602 100.000 87.792 1.602 LGA Y 174 Y 174 0.432 0 0.051 0.197 0.816 95.455 86.364 0.738 LGA G 175 G 175 0.253 0 0.046 0.046 0.272 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.198 0 0.059 0.154 0.389 100.000 100.000 0.178 LGA Q 177 Q 177 0.303 0 0.059 0.167 0.830 100.000 97.980 0.471 LGA L 178 L 178 0.258 0 0.102 0.143 0.772 95.455 95.455 0.701 LGA N 179 N 179 1.102 0 0.187 0.639 4.645 62.273 38.864 4.645 LGA K 180 K 180 4.014 0 0.286 0.958 13.649 19.091 8.485 13.649 LGA K 181 K 181 1.455 0 0.357 0.986 7.802 73.636 37.778 7.802 LGA T 182 T 182 0.670 0 0.060 1.103 3.386 86.364 72.987 3.386 LGA S 183 S 183 0.700 0 0.155 0.138 0.992 86.364 84.848 0.917 LGA K 184 K 184 0.830 0 0.064 0.887 3.152 77.727 67.475 3.152 LGA L 185 L 185 0.439 0 0.067 0.084 0.563 95.455 97.727 0.432 LGA D 186 D 186 0.100 0 0.052 0.140 0.708 100.000 97.727 0.215 LGA P 187 P 187 0.425 0 0.000 0.364 1.012 86.818 87.273 0.665 LGA V 188 V 188 0.581 0 0.000 0.027 0.612 81.818 81.818 0.593 LGA E 189 E 189 0.610 0 0.011 0.251 1.348 81.818 80.000 1.348 LGA D 190 D 190 0.560 0 0.036 0.051 1.048 90.909 84.318 1.048 LGA E 191 E 191 0.364 0 0.044 0.107 0.464 100.000 100.000 0.405 LGA A 192 A 192 0.213 0 0.000 0.000 0.270 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.213 0 0.016 0.597 2.267 100.000 87.677 1.711 LGA V 194 V 194 0.176 0 0.039 0.048 0.266 100.000 100.000 0.266 LGA V 195 V 195 0.037 0 0.000 0.009 0.118 100.000 100.000 0.112 LGA Q 196 Q 196 0.096 0 0.024 0.243 1.223 100.000 90.303 1.003 LGA L 197 L 197 0.078 0 0.019 0.060 0.236 100.000 100.000 0.220 LGA I 198 I 198 0.174 0 0.105 0.104 0.296 100.000 100.000 0.296 LGA F 199 F 199 0.201 0 0.051 0.084 0.320 100.000 100.000 0.075 LGA N 200 N 200 0.266 0 0.045 0.931 3.141 100.000 79.318 3.141 LGA I 201 I 201 0.179 0 0.043 0.056 0.372 100.000 100.000 0.190 LGA F 202 F 202 0.148 0 0.000 0.011 0.313 100.000 100.000 0.313 LGA L 203 L 203 0.298 0 0.000 0.068 0.589 100.000 95.455 0.541 LGA N 204 N 204 0.252 0 0.028 0.139 1.183 95.455 88.864 0.683 LGA G 205 G 205 0.605 0 0.064 0.064 0.649 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.807 0 0.000 0.074 1.164 73.636 82.273 0.301 LGA N 207 N 207 1.564 0 0.098 0.366 2.516 54.545 49.773 1.841 LGA G 208 G 208 1.709 0 0.000 0.000 1.885 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.704 0 0.032 0.694 1.960 58.182 68.283 1.186 LGA D 210 D 210 1.499 0 0.097 0.688 1.725 61.818 64.091 1.725 LGA Y 211 Y 211 1.812 0 0.132 0.395 1.932 54.545 52.121 1.532 LGA S 212 S 212 2.239 0 0.690 0.759 5.855 36.364 26.061 5.855 LGA Y 213 Y 213 3.064 0 0.181 1.632 15.105 36.364 12.273 15.105 LGA A 215 A 215 0.951 0 0.208 0.221 2.023 95.455 84.000 - LGA I 216 I 216 0.277 0 0.035 0.207 0.509 100.000 97.727 0.468 LGA A 217 A 217 0.299 0 0.035 0.048 0.553 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.595 0 0.046 0.083 1.376 90.909 85.152 1.376 LGA H 219 H 219 0.266 0 0.013 0.051 0.515 95.455 98.182 0.435 LGA L 220 L 220 0.423 0 0.014 0.072 0.653 90.909 95.455 0.358 LGA T 221 T 221 0.703 0 0.025 0.032 1.030 77.727 79.481 0.732 LGA N 222 N 222 0.820 0 0.032 0.066 1.085 77.727 79.773 0.806 LGA L 223 L 223 0.906 0 0.060 0.063 1.128 81.818 79.773 0.813 LGA Q 224 Q 224 1.095 0 0.064 0.769 3.576 65.909 53.737 3.576 LGA I 225 I 225 1.019 0 0.059 0.115 1.031 73.636 77.727 0.592 LGA P 226 P 226 1.067 0 0.070 0.073 1.234 73.636 70.130 1.147 LGA T 227 T 227 0.399 0 0.028 0.172 1.023 95.455 87.273 0.635 LGA P 228 P 228 0.499 0 0.204 0.213 0.888 95.455 92.208 0.888 LGA S 229 S 229 0.444 0 0.163 0.156 1.751 91.364 80.303 1.751 LGA G 230 G 230 0.740 0 0.047 0.047 1.516 74.545 74.545 - LGA K 231 K 231 1.297 0 0.136 0.611 3.214 62.273 57.172 3.214 LGA K 232 K 232 1.309 0 0.176 0.881 4.794 61.818 43.838 4.794 LGA R 233 R 233 0.907 0 0.029 1.314 7.693 77.727 42.810 7.693 LGA W 234 W 234 0.406 0 0.057 0.111 0.588 90.909 94.805 0.409 LGA N 235 N 235 0.758 0 0.023 0.918 2.266 81.818 72.500 2.266 LGA Q 236 Q 236 0.725 0 0.034 0.761 3.094 81.818 74.949 0.384 LGA Y 237 Y 237 0.428 0 0.050 0.378 2.198 95.455 73.485 2.198 LGA T 238 T 238 0.267 0 0.029 0.277 0.851 100.000 94.805 0.851 LGA I 239 I 239 0.214 0 0.017 0.089 0.290 100.000 100.000 0.249 LGA K 240 K 240 0.325 0 0.068 0.620 3.978 100.000 75.758 3.978 LGA A 241 A 241 0.406 0 0.075 0.080 0.619 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.431 0 0.053 0.067 0.934 100.000 90.909 0.934 LGA L 243 L 243 0.234 0 0.040 0.126 0.483 100.000 100.000 0.110 LGA Q 244 Q 244 0.157 0 0.068 0.386 1.812 100.000 85.253 1.524 LGA N 245 N 245 0.230 0 0.000 0.120 0.563 100.000 97.727 0.563 LGA E 246 E 246 0.322 0 0.000 0.477 1.547 100.000 88.687 1.257 LGA V 247 V 247 0.297 0 0.027 0.102 0.418 100.000 100.000 0.257 LGA Y 248 Y 248 0.329 0 0.011 0.080 1.084 100.000 88.030 1.084 LGA I 249 I 249 0.320 0 0.009 0.043 0.386 100.000 100.000 0.259 LGA G 250 G 250 0.300 0 0.046 0.046 0.345 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.061 0 0.053 0.075 0.231 100.000 100.000 0.231 LGA V 252 V 252 0.066 0 0.066 0.120 0.411 100.000 100.000 0.361 LGA K 253 K 253 0.512 0 0.045 0.132 0.858 86.364 83.838 0.858 LGA Y 254 Y 254 0.766 0 0.062 0.333 2.745 86.364 65.909 2.745 LGA K 255 K 255 0.800 0 0.134 0.254 1.370 77.727 78.182 1.370 LGA V 256 V 256 0.652 0 0.104 0.156 0.811 81.818 81.818 0.733 LGA R 257 R 257 1.112 0 0.073 1.110 6.409 65.455 42.314 4.678 LGA E 258 E 258 0.988 0 0.021 1.054 4.343 69.545 51.111 4.343 LGA K 259 K 259 1.355 0 0.024 0.268 1.915 65.455 58.990 1.745 LGA T 260 T 260 0.633 0 0.043 0.123 1.280 77.727 84.675 0.479 LGA K 261 K 261 1.217 0 0.088 1.066 9.212 73.636 43.030 9.212 LGA D 262 D 262 0.513 0 0.088 0.715 2.226 81.818 72.727 1.920 LGA G 263 G 263 1.639 0 0.133 0.133 2.304 51.364 51.364 - LGA K 264 K 264 1.597 0 0.000 0.597 3.822 58.182 41.212 3.822 LGA R 265 R 265 1.518 0 0.105 0.943 3.105 58.182 49.421 3.105 LGA T 266 T 266 1.238 0 0.024 0.151 1.299 65.455 67.792 1.267 LGA I 267 I 267 0.989 0 0.044 0.082 1.329 69.545 75.682 0.893 LGA R 268 R 268 0.631 0 0.000 0.978 2.644 81.818 71.074 2.644 LGA P 269 P 269 0.603 0 0.000 0.018 0.708 86.364 84.416 0.708 LGA E 270 E 270 0.492 0 0.023 0.875 3.398 95.455 73.939 1.995 LGA K 271 K 271 0.327 0 0.063 0.659 3.897 100.000 67.879 3.538 LGA E 272 E 272 0.155 0 0.061 0.114 0.926 100.000 93.939 0.926 LGA Q 273 Q 273 0.249 0 0.037 0.110 0.716 100.000 93.939 0.716 LGA I 274 I 274 0.276 0 0.038 0.089 0.718 100.000 97.727 0.718 LGA V 275 V 275 0.134 0 0.029 0.023 0.348 100.000 100.000 0.236 LGA V 276 V 276 0.070 0 0.000 0.042 0.201 100.000 100.000 0.192 LGA Q 277 Q 277 0.125 0 0.055 0.665 3.236 100.000 75.960 3.236 LGA D 278 D 278 0.231 0 0.036 0.189 0.484 100.000 100.000 0.484 LGA A 279 A 279 0.163 0 0.030 0.048 0.200 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.219 0 0.038 0.198 0.669 100.000 94.545 0.669 LGA A 281 A 281 0.311 0 0.000 0.000 0.365 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.300 0 0.000 0.032 0.368 100.000 100.000 0.368 LGA I 283 I 283 0.429 0 0.009 0.045 0.582 95.455 95.455 0.420 LGA I 284 I 284 0.367 0 0.000 0.063 0.367 100.000 100.000 0.240 LGA D 285 D 285 0.450 0 0.035 0.187 0.942 100.000 93.182 0.942 LGA K 286 K 286 0.419 0 0.018 0.267 1.528 100.000 90.505 1.528 LGA E 287 E 287 0.494 0 0.028 0.221 0.696 100.000 91.919 0.533 LGA Q 288 Q 288 0.398 0 0.000 0.151 0.628 100.000 97.980 0.628 LGA F 289 F 289 0.298 0 0.038 0.094 0.528 100.000 96.694 0.519 LGA Q 290 Q 290 0.359 0 0.023 1.156 3.756 100.000 76.970 3.756 LGA Q 291 Q 291 0.216 0 0.000 0.276 0.962 100.000 97.980 0.962 LGA S 292 S 292 0.171 0 0.059 0.674 2.081 100.000 89.697 2.081 LGA Q 293 Q 293 0.319 0 0.038 0.231 0.698 95.455 91.919 0.698 LGA V 294 V 294 0.532 0 0.028 0.052 0.712 86.364 89.610 0.485 LGA K 295 K 295 0.566 0 0.103 0.185 1.290 82.273 82.020 0.642 LGA I 296 I 296 0.694 0 0.022 0.064 1.143 77.727 84.318 0.210 LGA A 297 A 297 1.130 0 0.133 0.158 1.980 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 1.204 0 0.040 0.621 2.246 59.091 64.318 1.141 LGA K 299 K 299 2.564 0 0.364 0.741 13.477 60.455 27.475 13.477 LGA V 300 V 300 3.176 0 0.054 0.062 6.464 23.182 13.247 6.464 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.916 0.882 1.866 86.283 80.273 64.752 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 94.630 97.550 13.283 LGA_LOCAL RMSD: 0.916 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.916 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.916 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.775730 * X + 0.374063 * Y + 0.508252 * Z + 151.131470 Y_new = -0.536232 * X + 0.815335 * Y + 0.218367 * Z + 145.792328 Z_new = -0.332712 * X + -0.441935 * Y + 0.833064 * Z + 140.651337 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.604837 0.339178 -0.487743 [DEG: -34.6546 19.4335 -27.9456 ] ZXZ: 1.976593 0.586172 -2.496267 [DEG: 113.2505 33.5852 -143.0256 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS147_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS147_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.550 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS147_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT 6drw 4kis STOICH A4 ATOM 2717 N GLY 165 153.297 187.021 153.620 1.00 87.08 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.559 187.758 154.651 1.00 87.08 C ATOM 2722 C GLY 165 151.037 187.576 154.587 1.00 87.08 C ATOM 2723 O GLY 165 150.304 188.368 155.173 1.00 87.08 O ATOM 2724 N LYS 166 150.535 186.562 153.867 1.00 88.52 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.097 186.251 153.812 1.00 88.52 C ATOM 2728 C LYS 166 148.668 185.472 155.058 1.00 88.52 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.732 185.498 152.520 1.00 88.52 C ATOM 2732 O LYS 166 149.361 184.560 155.514 1.00 88.52 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.955 186.332 151.244 1.00 88.52 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.733 185.493 149.974 1.00 88.52 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.800 186.378 148.721 1.00 88.52 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.905 185.578 147.472 1.00 88.52 N ATOM 2746 N TRP 167 147.486 185.782 155.578 1.00 89.62 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.888 185.099 156.717 1.00 89.62 C ATOM 2750 C TRP 167 146.073 183.880 156.261 1.00 89.62 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.064 186.091 157.531 1.00 89.62 C ATOM 2754 O TRP 167 145.063 183.989 155.574 1.00 89.62 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.548 185.525 158.814 1.00 89.62 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.377 184.873 158.986 1.00 89.62 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.208 185.519 160.115 1.00 89.62 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.370 184.837 161.043 1.00 89.62 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.438 186.014 160.601 1.00 89.62 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.265 184.480 160.305 1.00 89.62 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.955 185.162 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PRO 173 143.217 187.932 165.757 1.00 89.31 C ATOM 2839 C PRO 173 142.287 189.124 166.005 1.00 89.31 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.691 188.320 165.862 1.00 89.31 C ATOM 2843 O PRO 173 142.000 189.886 165.088 1.00 89.31 O ATOM 2844 CG PRO 173 145.052 188.685 164.423 1.00 89.31 C ATOM 2847 CD PRO 173 144.167 187.798 163.561 1.00 89.31 C ATOM 2850 N TYR 174 141.852 189.292 167.253 1.00 90.70 N ATOM 2852 CA TYR 174 141.034 190.433 167.672 1.00 90.70 C ATOM 2854 C TYR 174 141.693 191.758 167.277 1.00 90.70 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.876 190.366 169.191 1.00 90.70 C ATOM 2858 O TYR 174 142.908 191.867 167.382 1.00 90.70 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.889 191.366 169.748 1.00 90.70 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.332 192.389 170.608 1.00 90.70 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.527 191.273 169.405 1.00 90.70 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.407 193.311 171.131 1.00 90.70 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.599 192.185 169.939 1.00 90.70 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.154 194.105 171.304 1.00 90.70 O ATOM 2870 CZ TYR 174 138.039 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