####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS147_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS147_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 62 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 68 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 75 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 59 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 52 123 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 73 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 48 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 24 41 55 112 126 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 64 115 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 74 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 42 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 42 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 75 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 73 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 59 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 59 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 27 109 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 3 124 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 117 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 86.67 92.59 96.30 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.51 0.59 0.70 0.75 0.79 0.84 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.98 0.93 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.696 0 0.036 0.036 0.873 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.702 0 0.075 0.136 1.036 81.818 80.000 1.036 LGA W 167 W 167 0.470 0 0.050 0.097 0.736 86.364 89.610 0.623 LGA I 168 I 168 1.021 0 0.069 1.349 3.856 65.909 53.636 3.856 LGA S 169 S 169 1.635 0 0.171 0.534 5.257 59.091 42.424 5.257 LGA G 170 G 170 0.908 0 0.192 0.192 1.320 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.884 0 0.000 1.310 4.377 86.364 66.591 1.027 LGA A 172 A 172 0.511 0 0.057 0.080 0.675 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.238 0 0.012 0.338 1.444 100.000 92.468 1.444 LGA Y 174 Y 174 0.354 0 0.041 0.192 0.998 100.000 89.394 0.998 LGA G 175 G 175 0.280 0 0.049 0.049 0.284 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.257 0 0.068 0.149 0.418 100.000 100.000 0.132 LGA Q 177 Q 177 0.504 0 0.060 0.203 1.049 90.909 86.061 0.559 LGA L 178 L 178 0.390 0 0.109 0.151 0.819 90.909 88.636 0.819 LGA N 179 N 179 1.002 0 0.175 0.672 4.684 66.818 42.045 4.684 LGA K 180 K 180 4.155 0 0.275 0.949 13.655 15.909 7.071 13.655 LGA K 181 K 181 1.165 0 0.402 1.248 9.771 77.727 38.182 9.771 LGA T 182 T 182 0.603 0 0.069 1.113 3.400 77.727 68.052 3.400 LGA S 183 S 183 0.916 0 0.138 0.127 1.269 78.182 73.939 1.125 LGA K 184 K 184 0.988 0 0.068 0.880 3.125 73.636 65.657 3.125 LGA L 185 L 185 0.520 0 0.066 0.082 0.596 86.364 93.182 0.482 LGA D 186 D 186 0.045 0 0.054 0.153 0.866 100.000 97.727 0.399 LGA P 187 P 187 0.415 0 0.000 0.362 1.065 86.818 87.273 0.676 LGA V 188 V 188 0.723 0 0.000 0.031 0.792 81.818 81.818 0.792 LGA E 189 E 189 0.783 0 0.011 0.283 1.692 81.818 76.566 1.692 LGA D 190 D 190 0.752 0 0.028 0.043 1.106 86.364 80.000 1.106 LGA E 191 E 191 0.501 0 0.044 0.109 0.633 90.909 89.899 0.517 LGA A 192 A 192 0.352 0 0.000 0.000 0.412 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.387 0 0.029 0.620 2.706 100.000 85.051 2.285 LGA V 194 V 194 0.341 0 0.042 0.049 0.471 100.000 100.000 0.427 LGA V 195 V 195 0.104 0 0.000 0.022 0.159 100.000 100.000 0.132 LGA Q 196 Q 196 0.215 0 0.032 0.244 1.386 100.000 90.303 1.133 LGA L 197 L 197 0.188 0 0.027 0.050 0.413 100.000 100.000 0.336 LGA I 198 I 198 0.167 0 0.101 0.102 0.296 100.000 100.000 0.296 LGA F 199 F 199 0.203 0 0.057 0.081 0.337 100.000 100.000 0.145 LGA N 200 N 200 0.309 0 0.038 1.018 3.519 100.000 76.591 3.519 LGA I 201 I 201 0.129 0 0.040 0.052 0.362 100.000 100.000 0.126 LGA F 202 F 202 0.155 0 0.000 0.028 0.519 100.000 98.347 0.519 LGA L 203 L 203 0.417 0 0.024 0.061 0.887 95.455 88.636 0.849 LGA N 204 N 204 0.214 0 0.000 0.146 1.179 100.000 91.136 0.861 LGA G 205 G 205 0.322 0 0.059 0.059 0.386 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.495 0 0.012 0.050 0.832 90.909 95.455 0.226 LGA N 207 N 207 1.207 0 0.102 0.384 2.462 69.545 60.455 1.664 LGA G 208 G 208 1.207 0 0.000 0.000 1.322 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.265 0 0.030 0.532 1.594 69.545 71.313 1.229 LGA D 210 D 210 1.096 0 0.095 0.840 2.381 69.545 62.273 2.381 LGA Y 211 Y 211 1.634 0 0.142 0.467 1.944 58.182 59.394 1.416 LGA S 212 S 212 2.127 0 0.686 0.756 5.929 39.545 28.182 5.929 LGA Y 213 Y 213 2.992 0 0.182 1.631 14.857 38.636 13.030 14.857 LGA A 215 A 215 0.881 0 0.206 0.219 1.938 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.354 0 0.038 0.212 0.550 100.000 95.455 0.550 LGA A 217 A 217 0.103 0 0.033 0.048 0.282 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.407 0 0.050 0.086 1.201 100.000 91.212 1.201 LGA H 219 H 219 0.164 0 0.022 0.048 0.311 100.000 100.000 0.311 LGA L 220 L 220 0.203 0 0.015 0.069 0.246 100.000 100.000 0.246 LGA T 221 T 221 0.182 0 0.035 0.042 0.447 100.000 100.000 0.179 LGA N 222 N 222 0.273 0 0.036 0.054 0.467 100.000 100.000 0.377 LGA L 223 L 223 0.454 0 0.053 0.065 0.720 100.000 93.182 0.637 LGA Q 224 Q 224 0.553 0 0.062 0.760 4.051 77.727 59.596 4.051 LGA I 225 I 225 0.564 0 0.058 0.109 0.605 81.818 90.909 0.235 LGA P 226 P 226 0.708 0 0.066 0.073 0.869 81.818 81.818 0.820 LGA T 227 T 227 0.237 0 0.035 0.172 0.481 100.000 100.000 0.287 LGA P 228 P 228 0.775 0 0.202 0.209 1.043 81.818 79.481 1.043 LGA S 229 S 229 0.702 0 0.157 0.151 1.239 86.364 82.121 1.239 LGA G 230 G 230 0.533 0 0.055 0.055 0.936 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.644 0 0.131 0.631 2.447 82.273 77.172 2.447 LGA K 232 K 232 0.561 0 0.227 0.851 3.692 86.364 65.051 3.692 LGA R 233 R 233 0.235 0 0.026 1.458 9.350 100.000 49.917 9.350 LGA W 234 W 234 0.142 0 0.068 0.133 0.542 100.000 97.403 0.354 LGA N 235 N 235 0.533 0 0.016 0.884 1.985 86.364 78.636 1.985 LGA Q 236 Q 236 0.357 0 0.042 0.765 3.468 95.455 81.010 0.980 LGA Y 237 Y 237 0.611 0 0.052 0.399 1.743 86.364 76.667 1.743 LGA T 238 T 238 0.526 0 0.024 0.262 0.916 95.455 89.610 0.916 LGA I 239 I 239 0.350 0 0.000 0.082 0.471 100.000 100.000 0.326 LGA K 240 K 240 0.525 0 0.066 0.595 4.033 86.364 67.677 4.033 LGA A 241 A 241 0.617 0 0.064 0.069 0.757 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.269 0 0.042 0.063 0.883 100.000 90.909 0.883 LGA L 243 L 243 0.114 0 0.035 0.128 0.515 95.455 97.727 0.170 LGA Q 244 Q 244 0.293 0 0.069 0.382 1.483 95.455 88.283 1.304 LGA N 245 N 245 0.312 0 0.000 0.131 0.624 100.000 97.727 0.624 LGA E 246 E 246 0.242 0 0.000 0.456 1.249 100.000 90.303 1.148 LGA V 247 V 247 0.154 0 0.041 0.100 0.253 100.000 100.000 0.253 LGA Y 248 Y 248 0.248 0 0.000 0.094 0.910 100.000 92.424 0.910 LGA I 249 I 249 0.208 0 0.000 0.029 0.337 100.000 100.000 0.318 LGA G 250 G 250 0.122 0 0.058 0.058 0.338 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.180 0 0.057 0.088 0.346 100.000 100.000 0.165 LGA V 252 V 252 0.238 0 0.070 0.120 0.568 100.000 97.403 0.568 LGA K 253 K 253 0.365 0 0.038 0.110 0.715 95.455 91.919 0.715 LGA Y 254 Y 254 0.581 0 0.071 0.380 2.429 90.909 74.697 2.429 LGA K 255 K 255 0.709 0 0.177 0.258 1.688 77.727 76.566 1.688 LGA V 256 V 256 0.542 0 0.093 0.126 0.775 81.818 81.818 0.775 LGA R 257 R 257 0.912 0 0.078 1.106 6.201 77.727 50.413 4.244 LGA E 258 E 258 0.875 0 0.036 1.052 4.779 73.636 51.919 4.779 LGA K 259 K 259 1.526 0 0.025 0.097 3.355 58.182 42.424 3.355 LGA T 260 T 260 1.364 0 0.041 0.191 1.909 58.182 61.299 1.314 LGA K 261 K 261 2.371 0 0.027 0.972 8.881 38.636 22.222 8.881 LGA D 262 D 262 1.931 0 0.106 0.217 2.026 47.727 54.773 1.157 LGA G 263 G 263 2.015 0 0.163 0.163 2.530 41.818 41.818 - LGA K 264 K 264 1.335 0 0.049 0.268 1.672 65.455 65.657 0.542 LGA R 265 R 265 1.265 0 0.120 1.018 3.636 65.455 56.860 3.636 LGA T 266 T 266 0.807 0 0.000 0.138 0.956 81.818 84.416 0.693 LGA I 267 I 267 0.668 0 0.044 0.083 0.813 81.818 81.818 0.813 LGA R 268 R 268 0.214 0 0.000 0.994 2.267 100.000 82.314 2.267 LGA P 269 P 269 0.445 0 0.000 0.007 0.494 100.000 100.000 0.423 LGA E 270 E 270 0.557 0 0.026 0.879 3.181 86.364 68.485 2.247 LGA K 271 K 271 0.669 0 0.073 0.659 4.383 81.818 54.545 3.942 LGA E 272 E 272 0.420 0 0.071 0.253 1.456 95.455 84.444 1.456 LGA Q 273 Q 273 0.191 0 0.048 0.112 0.776 100.000 93.939 0.776 LGA I 274 I 274 0.162 0 0.048 0.071 0.401 100.000 100.000 0.401 LGA V 275 V 275 0.222 0 0.024 0.027 0.441 100.000 100.000 0.441 LGA V 276 V 276 0.222 0 0.000 0.037 0.400 100.000 100.000 0.400 LGA Q 277 Q 277 0.206 0 0.057 0.636 2.797 100.000 79.596 2.797 LGA D 278 D 278 0.179 0 0.027 0.234 0.734 100.000 95.455 0.734 LGA A 279 A 279 0.277 0 0.017 0.041 0.309 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.250 0 0.036 0.215 0.533 100.000 96.364 0.499 LGA A 281 A 281 0.280 0 0.000 0.000 0.369 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.254 0 0.013 0.032 0.393 100.000 100.000 0.393 LGA I 283 I 283 0.426 0 0.015 0.055 0.589 95.455 95.455 0.429 LGA I 284 I 284 0.370 0 0.000 0.051 0.402 100.000 100.000 0.248 LGA D 285 D 285 0.627 0 0.023 0.503 1.622 81.818 77.955 1.622 LGA K 286 K 286 0.687 0 0.040 0.290 1.357 81.818 80.000 1.357 LGA E 287 E 287 0.819 0 0.033 0.156 1.139 81.818 80.000 0.807 LGA Q 288 Q 288 0.547 0 0.000 0.496 1.448 90.909 80.404 0.985 LGA F 289 F 289 0.376 0 0.049 0.098 0.597 100.000 95.041 0.571 LGA Q 290 Q 290 0.554 0 0.023 0.249 1.155 81.818 82.020 0.449 LGA Q 291 Q 291 0.504 0 0.000 0.281 1.102 90.909 84.040 1.102 LGA S 292 S 292 0.272 0 0.055 0.065 0.450 100.000 100.000 0.187 LGA Q 293 Q 293 0.575 0 0.044 0.196 0.833 86.364 83.838 0.833 LGA V 294 V 294 0.708 0 0.020 0.049 0.907 81.818 81.818 0.730 LGA K 295 K 295 0.401 0 0.114 0.229 1.137 86.818 94.141 0.379 LGA I 296 I 296 0.661 0 0.031 0.070 1.075 82.273 84.318 0.630 LGA A 297 A 297 1.164 0 0.137 0.163 1.931 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.770 0 0.052 0.626 1.902 70.000 74.318 1.535 LGA K 299 K 299 2.434 0 0.373 0.740 13.451 63.182 28.687 13.451 LGA V 300 V 300 3.230 0 0.057 0.067 6.481 23.182 13.247 6.481 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.908 0.874 1.890 86.333 80.608 65.867 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.741 97.856 13.389 LGA_LOCAL RMSD: 0.908 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.908 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.908 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.428756 * X + -0.892963 * Y + -0.137060 * Z + 151.420227 Y_new = 0.902309 * X + 0.415750 * Y + 0.113973 * Z + 154.450882 Z_new = -0.044791 * X + -0.172537 * Y + 0.983984 * Z + 146.974976 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.127205 0.044806 -0.173581 [DEG: 64.5841 2.5672 -9.9454 ] ZXZ: -2.264484 0.179214 -2.887597 [DEG: -129.7454 10.2682 -165.4471 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS147_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS147_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.856 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS147_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT 6drw 4kis STOICH A4 ATOM 2717 N GLY 165 153.075 187.020 153.847 1.00 88.29 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.289 187.730 154.858 1.00 88.29 C ATOM 2722 C GLY 165 150.775 187.493 154.763 1.00 88.29 C ATOM 2723 O GLY 165 150.006 188.202 155.407 1.00 88.29 O ATOM 2724 N LYS 166 150.311 186.515 153.970 1.00 88.81 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.882 186.177 153.864 1.00 88.81 C ATOM 2728 C LYS 166 148.444 185.369 155.097 1.00 88.81 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.569 185.474 152.522 1.00 88.81 C ATOM 2732 O LYS 166 149.127 184.437 155.530 1.00 88.81 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.870 186.345 151.279 1.00 88.81 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.644 185.644 149.916 1.00 88.81 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.931 186.631 148.759 1.00 88.81 C ATOM 2742 NZ LYS 166 149.006 186.013 147.399 1.00 88.81 N ATOM 2746 N TRP 167 147.279 185.687 155.655 1.00 91.43 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.689 185.001 156.801 1.00 91.43 C ATOM 2750 C TRP 167 145.868 183.778 156.362 1.00 91.43 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.870 185.981 157.638 1.00 91.43 C ATOM 2754 O TRP 167 144.879 183.864 155.641 1.00 91.43 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.328 185.402 158.913 1.00 91.43 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.138 184.779 159.071 1.00 91.43 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.957 185.400 160.229 1.00 91.43 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.075 184.762 161.152 1.00 91.43 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.182 185.887 160.734 1.00 91.43 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.978 184.402 160.393 1.00 91.43 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.620 185.119 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PRO 173 142.987 187.931 165.861 1.00 90.00 C ATOM 2839 C PRO 173 142.099 189.156 166.096 1.00 90.00 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.473 188.260 165.980 1.00 90.00 C ATOM 2843 O PRO 173 141.850 189.928 165.178 1.00 90.00 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.897 188.556 164.542 1.00 90.00 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.922 187.792 163.656 1.00 90.00 C ATOM 2850 N TYR 174 141.660 189.343 167.341 1.00 92.02 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.877 190.512 167.747 1.00 92.02 C ATOM 2854 C TYR 174 141.588 191.811 167.366 1.00 92.02 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.711 190.462 169.264 1.00 92.02 C ATOM 2858 O TYR 174 142.798 191.884 167.561 1.00 92.02 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.778 191.520 169.800 1.00 92.02 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.270 192.536 170.641 1.00 92.02 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.415 191.492 169.449 1.00 92.02 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.393 193.518 171.136 1.00 92.02 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.534 192.461 169.958 1.00 92.02 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.180 194.428 171.278 1.00 92.02 O ATOM 2870 CZ TYR 174 138.023 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