####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS147_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS147_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 50 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 56 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 73 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 49 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 56 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 56 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 49 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 45 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 35 53 107 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 51 111 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 67 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 29 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 23 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 73 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 74 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 75 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 71 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 66 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 32 110 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 29 110 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 20 109 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 12 109 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 20 94 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 12 25 59 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 16 23 127 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 61 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 61 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 68 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 61 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 43 106 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 47 111 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 62 87 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 3 124 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 112 124 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 82.96 91.85 95.56 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.65 0.75 0.82 0.86 0.91 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.04 1.00 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.796 0 0.019 0.019 0.885 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.815 0 0.062 0.132 1.449 81.818 76.364 1.449 LGA W 167 W 167 0.556 0 0.036 0.109 0.833 81.818 88.312 0.690 LGA I 168 I 168 1.194 0 0.029 0.919 3.014 65.909 54.545 3.014 LGA S 169 S 169 1.785 0 0.151 0.234 4.691 55.000 40.000 4.691 LGA G 170 G 170 1.181 0 0.225 0.225 1.456 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.082 0 0.000 1.315 4.445 78.182 62.500 1.038 LGA A 172 A 172 0.548 0 0.066 0.094 0.724 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.470 0 0.000 0.131 1.115 100.000 89.870 1.115 LGA Y 174 Y 174 0.461 0 0.058 0.212 1.023 95.455 85.000 0.985 LGA G 175 G 175 0.400 0 0.051 0.051 0.400 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.335 0 0.061 0.155 0.374 100.000 100.000 0.104 LGA Q 177 Q 177 0.546 0 0.063 0.216 1.087 90.909 84.040 0.600 LGA L 178 L 178 0.431 0 0.101 0.132 0.873 90.909 88.636 0.873 LGA N 179 N 179 0.953 0 0.169 0.670 4.646 70.909 44.091 4.646 LGA K 180 K 180 4.102 0 0.288 0.959 13.718 15.909 7.071 13.718 LGA K 181 K 181 1.112 0 0.404 1.007 7.846 82.273 41.616 7.846 LGA T 182 T 182 0.548 0 0.069 1.112 3.331 82.273 70.649 3.331 LGA S 183 S 183 1.097 0 0.152 0.138 1.495 69.545 68.182 1.393 LGA K 184 K 184 1.093 0 0.059 0.888 2.976 69.545 63.232 2.976 LGA L 185 L 185 0.511 0 0.064 0.084 0.557 90.909 93.182 0.443 LGA D 186 D 186 0.099 0 0.054 0.144 0.884 100.000 97.727 0.469 LGA P 187 P 187 0.468 0 0.000 0.364 1.147 86.818 87.273 0.748 LGA V 188 V 188 0.804 0 0.000 0.034 0.876 81.818 81.818 0.876 LGA E 189 E 189 0.880 0 0.012 0.264 1.755 81.818 76.566 1.755 LGA D 190 D 190 0.899 0 0.043 0.052 1.489 81.818 73.636 1.489 LGA E 191 E 191 0.584 0 0.041 0.110 0.726 90.909 87.879 0.611 LGA A 192 A 192 0.382 0 0.000 0.000 0.439 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.439 0 0.031 0.599 2.669 100.000 81.010 2.161 LGA V 194 V 194 0.389 0 0.044 0.051 0.533 100.000 97.403 0.481 LGA V 195 V 195 0.126 0 0.000 0.011 0.192 100.000 100.000 0.140 LGA Q 196 Q 196 0.241 0 0.020 0.234 1.379 100.000 90.303 1.164 LGA L 197 L 197 0.243 0 0.015 0.056 0.482 100.000 100.000 0.442 LGA I 198 I 198 0.187 0 0.098 0.099 0.327 100.000 100.000 0.324 LGA F 199 F 199 0.247 0 0.049 0.071 0.352 100.000 100.000 0.138 LGA N 200 N 200 0.308 0 0.033 0.650 2.220 100.000 90.000 2.220 LGA I 201 I 201 0.118 0 0.045 0.054 0.241 100.000 100.000 0.217 LGA F 202 F 202 0.133 0 0.000 0.010 0.553 100.000 96.694 0.553 LGA L 203 L 203 0.461 0 0.027 0.062 0.897 95.455 88.636 0.875 LGA N 204 N 204 0.252 0 0.026 0.083 1.343 100.000 86.818 1.068 LGA G 205 G 205 0.416 0 0.063 0.063 0.452 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.653 0 0.000 0.191 1.052 77.727 86.591 0.136 LGA N 207 N 207 1.429 0 0.101 0.409 2.761 65.455 55.227 1.850 LGA G 208 G 208 1.451 0 0.000 0.000 1.644 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.571 0 0.027 0.636 1.883 61.818 69.697 0.770 LGA D 210 D 210 1.416 0 0.084 0.794 1.778 69.545 65.909 1.778 LGA Y 211 Y 211 1.736 0 0.137 0.438 2.013 54.545 53.485 1.505 LGA S 212 S 212 2.230 0 0.688 0.751 5.937 36.364 26.061 5.937 LGA Y 213 Y 213 2.994 0 0.185 1.627 14.839 38.636 13.030 14.839 LGA A 215 A 215 0.981 0 0.206 0.219 2.012 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.383 0 0.030 0.205 0.519 100.000 97.727 0.478 LGA A 217 A 217 0.166 0 0.036 0.049 0.306 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.461 0 0.047 0.076 1.194 100.000 91.212 1.194 LGA H 219 H 219 0.231 0 0.021 0.049 0.379 100.000 100.000 0.379 LGA L 220 L 220 0.213 0 0.027 0.070 0.277 100.000 100.000 0.277 LGA T 221 T 221 0.182 0 0.030 0.040 0.452 100.000 100.000 0.208 LGA N 222 N 222 0.276 0 0.033 0.059 0.500 100.000 100.000 0.368 LGA L 223 L 223 0.502 0 0.055 0.061 0.788 95.455 88.636 0.712 LGA Q 224 Q 224 0.585 0 0.060 0.757 3.957 77.727 60.202 3.957 LGA I 225 I 225 0.580 0 0.059 0.111 0.624 81.818 90.909 0.211 LGA P 226 P 226 0.734 0 0.067 0.075 0.910 81.818 81.818 0.863 LGA T 227 T 227 0.158 0 0.034 0.171 0.571 100.000 97.403 0.261 LGA P 228 P 228 0.788 0 0.214 0.220 1.085 81.818 77.143 1.085 LGA S 229 S 229 0.742 0 0.166 0.157 1.381 86.364 79.394 1.381 LGA G 230 G 230 0.517 0 0.052 0.052 0.964 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.675 0 0.137 0.627 2.545 78.182 74.141 2.545 LGA K 232 K 232 0.648 0 0.193 0.857 3.996 82.273 61.010 3.996 LGA R 233 R 233 0.261 0 0.008 1.414 8.744 100.000 51.901 8.744 LGA W 234 W 234 0.183 0 0.069 0.130 0.583 100.000 97.403 0.397 LGA N 235 N 235 0.594 0 0.013 0.889 2.128 86.364 76.591 2.128 LGA Q 236 Q 236 0.445 0 0.038 0.712 3.279 95.455 79.192 1.090 LGA Y 237 Y 237 0.609 0 0.045 0.406 1.932 86.364 76.667 1.932 LGA T 238 T 238 0.527 0 0.024 0.277 0.973 95.455 89.610 0.973 LGA I 239 I 239 0.317 0 0.000 0.079 0.447 100.000 100.000 0.361 LGA K 240 K 240 0.475 0 0.061 0.636 4.011 90.909 69.697 4.011 LGA A 241 A 241 0.597 0 0.080 0.084 0.808 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.328 0 0.043 0.063 0.956 100.000 90.909 0.956 LGA L 243 L 243 0.103 0 0.037 0.130 0.489 100.000 100.000 0.150 LGA Q 244 Q 244 0.207 0 0.062 0.392 1.575 95.455 86.667 1.347 LGA N 245 N 245 0.244 0 0.000 0.105 0.553 100.000 97.727 0.553 LGA E 246 E 246 0.241 0 0.000 0.482 1.326 100.000 90.303 1.279 LGA V 247 V 247 0.178 0 0.057 0.119 0.242 100.000 100.000 0.202 LGA Y 248 Y 248 0.294 0 0.027 0.088 1.043 100.000 88.030 1.043 LGA I 249 I 249 0.272 0 0.000 0.034 0.351 100.000 100.000 0.306 LGA G 250 G 250 0.211 0 0.052 0.052 0.270 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.069 0 0.054 0.080 0.236 100.000 100.000 0.236 LGA V 252 V 252 0.227 0 0.077 0.137 0.676 100.000 97.403 0.676 LGA K 253 K 253 0.519 0 0.032 0.091 0.962 81.818 81.818 0.962 LGA Y 254 Y 254 0.584 0 0.068 0.367 2.530 86.364 72.273 2.530 LGA K 255 K 255 0.722 0 0.135 0.266 1.484 77.727 78.182 1.484 LGA V 256 V 256 0.637 0 0.104 0.124 0.788 81.818 81.818 0.788 LGA R 257 R 257 0.952 0 0.089 1.077 5.778 73.636 50.248 3.861 LGA E 258 E 258 0.923 0 0.033 1.057 4.543 73.636 51.919 4.543 LGA K 259 K 259 1.461 0 0.034 0.145 2.402 61.818 51.515 2.402 LGA T 260 T 260 1.605 0 0.042 0.160 2.059 51.364 51.169 1.600 LGA K 261 K 261 2.362 0 0.064 0.816 7.300 35.455 20.808 7.300 LGA D 262 D 262 2.564 0 0.068 0.278 2.946 32.727 30.000 2.914 LGA G 263 G 263 2.201 0 0.168 0.168 2.302 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.441 0 0.027 0.560 1.590 61.818 63.838 1.341 LGA R 265 R 265 1.224 0 0.182 0.983 2.065 69.545 64.793 2.065 LGA T 266 T 266 0.894 0 0.030 0.143 1.037 77.727 79.481 0.903 LGA I 267 I 267 0.711 0 0.049 0.090 0.905 81.818 81.818 0.905 LGA R 268 R 268 0.293 0 0.000 0.971 2.614 100.000 78.182 2.057 LGA P 269 P 269 0.231 0 0.000 0.014 0.261 100.000 100.000 0.177 LGA E 270 E 270 0.414 0 0.019 0.858 2.997 100.000 75.556 2.101 LGA K 271 K 271 0.467 0 0.065 0.669 4.118 100.000 62.626 3.719 LGA E 272 E 272 0.254 0 0.061 0.149 1.263 100.000 90.101 1.263 LGA Q 273 Q 273 0.283 0 0.048 0.112 0.787 100.000 93.939 0.787 LGA I 274 I 274 0.249 0 0.051 0.089 0.456 100.000 100.000 0.456 LGA V 275 V 275 0.115 0 0.026 0.033 0.268 100.000 100.000 0.268 LGA V 276 V 276 0.279 0 0.000 0.032 0.514 100.000 97.403 0.514 LGA Q 277 Q 277 0.247 0 0.051 0.660 3.206 100.000 75.960 3.206 LGA D 278 D 278 0.303 0 0.041 0.163 0.464 100.000 100.000 0.377 LGA A 279 A 279 0.331 0 0.029 0.046 0.331 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.267 0 0.041 0.220 0.550 100.000 92.727 0.550 LGA A 281 A 281 0.344 0 0.000 0.000 0.442 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.309 0 0.014 0.028 0.437 100.000 100.000 0.431 LGA I 283 I 283 0.484 0 0.027 0.062 0.657 90.909 93.182 0.445 LGA I 284 I 284 0.404 0 0.006 0.056 0.438 100.000 100.000 0.296 LGA D 285 D 285 0.663 0 0.051 0.277 1.587 81.818 77.955 0.652 LGA K 286 K 286 0.662 0 0.019 0.298 1.412 81.818 80.000 1.412 LGA E 287 E 287 0.748 0 0.042 0.309 1.030 81.818 80.000 1.030 LGA Q 288 Q 288 0.483 0 0.000 0.477 1.401 95.455 84.242 0.975 LGA F 289 F 289 0.387 0 0.053 0.112 0.613 100.000 93.388 0.601 LGA Q 290 Q 290 0.629 0 0.000 1.129 3.390 81.818 71.111 3.390 LGA Q 291 Q 291 0.436 0 0.000 0.276 1.079 95.455 90.101 1.079 LGA S 292 S 292 0.225 0 0.056 0.065 0.473 100.000 100.000 0.190 LGA Q 293 Q 293 0.606 0 0.041 0.201 0.941 86.364 83.838 0.792 LGA V 294 V 294 0.865 0 0.014 0.057 0.978 81.818 81.818 0.900 LGA K 295 K 295 0.622 0 0.121 0.225 1.415 77.727 86.061 0.541 LGA I 296 I 296 0.851 0 0.026 0.066 1.333 73.636 77.955 0.590 LGA A 297 A 297 1.421 0 0.134 0.159 2.285 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.185 0 0.049 0.628 2.026 55.000 64.318 1.372 LGA K 299 K 299 2.430 0 0.348 0.717 13.538 63.182 28.687 13.538 LGA V 300 V 300 3.616 0 0.068 0.077 6.996 17.727 10.130 6.996 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.977 0.944 1.871 85.384 79.473 65.027 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.630 97.456 12.531 LGA_LOCAL RMSD: 0.977 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.977 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.977 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.090679 * X + 0.741026 * Y + 0.665326 * Z + 154.498383 Y_new = -0.376214 * X + -0.593084 * Y + 0.711839 * Z + 151.664749 Z_new = 0.922085 * X + -0.314854 * Y + 0.225004 * Z + 148.463120 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.334276 -1.173434 -0.950320 [DEG: -76.4484 -67.2328 -54.4493 ] ZXZ: 2.389956 1.343850 1.899842 [DEG: 136.9344 76.9969 108.8529 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS147_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS147_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.456 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS147_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT 6drw 4kis STOICH A4 ATOM 2717 N GLY 165 152.940 186.957 153.672 1.00 88.66 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.209 187.703 154.701 1.00 88.66 C ATOM 2722 C GLY 165 150.690 187.496 154.671 1.00 88.66 C ATOM 2723 O GLY 165 149.958 188.265 155.287 1.00 88.66 O ATOM 2724 N LYS 166 150.187 186.484 153.946 1.00 89.52 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.753 186.157 153.902 1.00 89.52 C ATOM 2728 C LYS 166 148.356 185.368 155.159 1.00 89.52 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.386 185.437 152.585 1.00 89.52 C ATOM 2732 O LYS 166 149.082 184.477 155.604 1.00 89.52 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.612 186.322 151.339 1.00 89.52 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.379 185.606 149.991 1.00 89.52 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.492 186.625 148.836 1.00 89.52 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.550 186.015 147.477 1.00 89.52 N ATOM 2746 N TRP 167 147.185 185.662 155.717 1.00 91.24 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.625 184.984 156.883 1.00 91.24 C ATOM 2750 C TRP 167 145.808 183.754 156.471 1.00 91.24 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.797 185.969 157.704 1.00 91.24 C ATOM 2754 O TRP 167 144.870 183.833 155.683 1.00 91.24 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.277 185.408 158.992 1.00 91.24 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.092 184.784 159.185 1.00 91.24 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.936 185.422 160.292 1.00 91.24 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.078 184.794 161.243 1.00 91.24 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.176 185.913 160.758 1.00 91.24 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.962 184.429 160.516 1.00 91.24 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.677 185.159 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