####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS147_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS147_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 72 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 73 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 75 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 58 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 13 93 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 58 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 73 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 37 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 5 6 108 123 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 26 111 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 28 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 17 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 75 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 58 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 53 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 25 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 25 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 25 105 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 23 58 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 11 19 46 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 53 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 70 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 70 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 21 97 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 25 107 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 6 8 105 124 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 92 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 83.70 91.11 95.56 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.51 0.60 0.73 0.79 0.83 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 GDT RMS_ALL_AT 1.00 0.98 0.98 0.97 0.97 0.97 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.643 0 0.000 0.000 0.755 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.689 0 0.072 0.113 1.028 81.818 78.182 1.028 LGA W 167 W 167 0.532 0 0.038 0.105 0.805 81.818 88.312 0.681 LGA I 168 I 168 1.085 0 0.034 0.793 2.981 65.909 59.091 2.981 LGA S 169 S 169 1.530 0 0.192 0.262 3.224 61.818 50.606 3.224 LGA G 170 G 170 0.868 0 0.129 0.129 1.189 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.710 0 0.019 1.311 4.282 90.909 70.909 0.937 LGA A 172 A 172 0.331 0 0.064 0.091 0.518 100.000 96.364 - LGA P 173 P 173 0.369 0 0.034 0.105 0.914 100.000 92.208 0.914 LGA Y 174 Y 174 0.351 0 0.077 0.216 0.825 95.455 86.364 0.778 LGA G 175 G 175 0.188 0 0.051 0.051 0.215 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.151 0 0.061 0.151 0.280 100.000 100.000 0.175 LGA Q 177 Q 177 0.412 0 0.053 0.175 0.945 100.000 93.939 0.603 LGA L 178 L 178 0.372 0 0.108 0.147 0.879 90.909 88.636 0.879 LGA N 179 N 179 1.048 0 0.183 0.683 4.689 63.636 40.455 4.689 LGA K 180 K 180 4.375 0 0.277 0.951 13.777 13.182 5.859 13.777 LGA K 181 K 181 0.920 0 0.369 1.261 9.491 86.364 43.838 9.491 LGA T 182 T 182 0.603 0 0.073 1.110 3.381 82.273 68.312 3.381 LGA S 183 S 183 1.051 0 0.146 0.133 1.444 69.545 68.182 1.349 LGA K 184 K 184 1.068 0 0.065 0.898 3.119 69.545 62.020 3.119 LGA L 185 L 185 0.543 0 0.063 0.086 0.565 86.364 86.364 0.510 LGA D 186 D 186 0.136 0 0.056 0.156 1.009 100.000 91.136 0.660 LGA P 187 P 187 0.334 0 0.000 0.358 0.876 90.909 89.610 0.606 LGA V 188 V 188 0.528 0 0.000 0.023 0.578 86.364 84.416 0.578 LGA E 189 E 189 0.625 0 0.000 0.264 1.619 81.818 76.566 1.619 LGA D 190 D 190 0.611 0 0.041 0.051 0.965 90.909 86.364 0.965 LGA E 191 E 191 0.386 0 0.046 0.105 0.511 95.455 97.980 0.401 LGA A 192 A 192 0.236 0 0.000 0.000 0.290 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.269 0 0.032 0.618 2.546 100.000 85.051 2.124 LGA V 194 V 194 0.242 0 0.042 0.046 0.330 100.000 100.000 0.320 LGA V 195 V 195 0.049 0 0.000 0.015 0.091 100.000 100.000 0.089 LGA Q 196 Q 196 0.162 0 0.026 0.247 1.334 100.000 90.303 1.029 LGA L 197 L 197 0.162 0 0.023 0.064 0.401 100.000 100.000 0.370 LGA I 198 I 198 0.135 0 0.100 0.101 0.323 100.000 100.000 0.282 LGA F 199 F 199 0.202 0 0.053 0.069 0.318 100.000 100.000 0.153 LGA N 200 N 200 0.246 0 0.032 0.613 1.778 100.000 89.318 1.778 LGA I 201 I 201 0.067 0 0.057 0.064 0.259 100.000 100.000 0.165 LGA F 202 F 202 0.077 0 0.000 0.033 0.495 100.000 100.000 0.495 LGA L 203 L 203 0.276 0 0.000 0.069 0.645 100.000 95.455 0.645 LGA N 204 N 204 0.199 0 0.032 0.087 1.227 100.000 88.864 0.908 LGA G 205 G 205 0.272 0 0.073 0.073 0.361 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.502 0 0.000 0.086 0.874 86.364 93.182 0.125 LGA N 207 N 207 1.234 0 0.074 0.363 2.271 69.545 62.273 1.492 LGA G 208 G 208 1.318 0 0.000 0.000 1.379 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.341 0 0.041 0.661 2.313 65.455 61.010 2.313 LGA D 210 D 210 1.170 0 0.073 0.834 2.356 69.545 62.273 2.356 LGA Y 211 Y 211 1.601 0 0.111 0.472 1.944 58.182 59.394 1.288 LGA S 212 S 212 2.169 0 0.689 0.744 5.878 39.545 28.182 5.878 LGA Y 213 Y 213 3.033 0 0.190 1.627 14.945 36.364 12.273 14.945 LGA A 215 A 215 1.010 0 0.213 0.227 2.082 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.395 0 0.030 0.215 0.562 100.000 93.182 0.532 LGA A 217 A 217 0.190 0 0.036 0.048 0.326 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.526 0 0.053 0.080 1.269 95.455 88.182 1.269 LGA H 219 H 219 0.219 0 0.008 0.072 0.330 100.000 100.000 0.330 LGA L 220 L 220 0.195 0 0.021 0.075 0.330 100.000 100.000 0.330 LGA T 221 T 221 0.249 0 0.026 0.033 0.456 100.000 100.000 0.291 LGA N 222 N 222 0.288 0 0.034 0.040 0.460 100.000 100.000 0.432 LGA L 223 L 223 0.419 0 0.054 0.071 0.688 100.000 95.455 0.612 LGA Q 224 Q 224 0.559 0 0.060 0.770 4.044 82.273 61.616 4.044 LGA I 225 I 225 0.634 0 0.059 0.109 0.669 81.818 88.636 0.259 LGA P 226 P 226 0.738 0 0.054 0.060 0.900 81.818 81.818 0.858 LGA T 227 T 227 0.111 0 0.030 0.205 0.629 100.000 97.403 0.244 LGA P 228 P 228 0.617 0 0.186 0.196 0.913 90.909 87.013 0.913 LGA S 229 S 229 0.499 0 0.145 0.135 1.113 90.909 85.152 1.113 LGA G 230 G 230 0.555 0 0.022 0.022 1.043 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.862 0 0.136 0.671 3.294 73.636 67.475 3.294 LGA K 232 K 232 0.790 0 0.188 0.843 4.032 77.727 56.566 4.032 LGA R 233 R 233 0.401 0 0.040 1.321 7.654 95.455 51.074 7.654 LGA W 234 W 234 0.227 0 0.076 0.127 0.590 100.000 97.403 0.417 LGA N 235 N 235 0.669 0 0.024 0.840 2.107 81.818 74.318 2.107 LGA Q 236 Q 236 0.567 0 0.035 0.777 3.391 86.364 74.949 0.636 LGA Y 237 Y 237 0.569 0 0.046 0.402 1.886 86.364 75.455 1.886 LGA T 238 T 238 0.386 0 0.006 0.262 0.849 100.000 94.805 0.849 LGA I 239 I 239 0.254 0 0.018 0.078 0.351 100.000 100.000 0.267 LGA K 240 K 240 0.397 0 0.068 0.564 3.603 95.455 75.758 3.603 LGA A 241 A 241 0.473 0 0.105 0.112 0.839 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.296 0 0.053 0.069 0.851 100.000 90.909 0.851 LGA L 243 L 243 0.188 0 0.012 0.120 0.491 100.000 100.000 0.118 LGA Q 244 Q 244 0.281 0 0.068 0.388 1.590 95.455 84.848 1.434 LGA N 245 N 245 0.335 0 0.000 0.120 0.656 100.000 97.727 0.656 LGA E 246 E 246 0.285 0 0.000 0.477 1.459 100.000 90.303 1.205 LGA V 247 V 247 0.230 0 0.061 0.119 0.316 100.000 100.000 0.092 LGA Y 248 Y 248 0.320 0 0.026 0.083 1.024 100.000 88.030 1.024 LGA I 249 I 249 0.263 0 0.000 0.042 0.361 100.000 100.000 0.307 LGA G 250 G 250 0.207 0 0.083 0.083 0.357 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.106 0 0.058 0.086 0.288 100.000 100.000 0.252 LGA V 252 V 252 0.161 0 0.096 0.147 0.512 100.000 97.403 0.512 LGA K 253 K 253 0.587 0 0.048 0.113 0.936 81.818 81.818 0.936 LGA Y 254 Y 254 0.722 0 0.067 0.381 2.804 81.818 67.121 2.804 LGA K 255 K 255 0.733 0 0.201 0.271 1.751 77.727 76.566 1.751 LGA V 256 V 256 0.563 0 0.090 0.128 0.835 86.364 84.416 0.835 LGA R 257 R 257 1.032 0 0.094 1.074 5.498 69.545 49.917 3.423 LGA E 258 E 258 1.056 0 0.037 1.045 4.844 69.545 48.283 4.844 LGA K 259 K 259 1.762 0 0.017 0.102 2.949 50.909 40.202 2.949 LGA T 260 T 260 1.615 0 0.029 0.083 2.139 47.727 51.169 1.626 LGA K 261 K 261 2.235 0 0.049 0.993 7.779 41.364 25.657 7.779 LGA D 262 D 262 2.099 0 0.071 0.699 3.383 38.182 33.409 3.383 LGA G 263 G 263 2.425 0 0.126 0.126 2.782 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.895 0 0.000 0.473 2.254 50.909 51.515 0.616 LGA R 265 R 265 1.675 0 0.089 1.038 3.901 54.545 49.091 3.901 LGA T 266 T 266 1.223 0 0.023 0.154 1.374 65.455 67.792 1.202 LGA I 267 I 267 0.895 0 0.061 0.108 1.172 73.636 73.636 1.172 LGA R 268 R 268 0.310 0 0.000 0.975 2.640 95.455 77.686 1.956 LGA P 269 P 269 0.419 0 0.000 0.018 0.444 100.000 100.000 0.293 LGA E 270 E 270 0.583 0 0.044 0.890 3.246 86.364 68.485 2.108 LGA K 271 K 271 0.713 0 0.078 0.679 4.637 81.818 52.323 4.293 LGA E 272 E 272 0.442 0 0.072 0.147 1.236 95.455 88.081 1.236 LGA Q 273 Q 273 0.201 0 0.056 0.137 0.861 100.000 93.939 0.861 LGA I 274 I 274 0.226 0 0.046 0.074 0.437 100.000 100.000 0.437 LGA V 275 V 275 0.242 0 0.033 0.036 0.340 100.000 100.000 0.340 LGA V 276 V 276 0.136 0 0.000 0.029 0.300 100.000 100.000 0.300 LGA Q 277 Q 277 0.124 0 0.056 0.651 3.044 100.000 75.960 3.044 LGA D 278 D 278 0.127 0 0.038 0.184 0.556 100.000 95.455 0.556 LGA A 279 A 279 0.192 0 0.011 0.039 0.203 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.201 0 0.038 0.231 0.612 100.000 92.727 0.612 LGA A 281 A 281 0.277 0 0.000 0.000 0.351 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.219 0 0.022 0.040 0.384 100.000 100.000 0.384 LGA I 283 I 283 0.407 0 0.022 0.067 0.567 95.455 95.455 0.444 LGA I 284 I 284 0.377 0 0.013 0.072 0.403 100.000 100.000 0.226 LGA D 285 D 285 0.621 0 0.032 0.409 1.451 81.818 79.773 1.451 LGA K 286 K 286 0.643 0 0.023 0.273 1.360 81.818 80.000 1.360 LGA E 287 E 287 0.710 0 0.036 0.178 1.355 81.818 76.364 1.355 LGA Q 288 Q 288 0.525 0 0.015 0.267 1.904 90.909 78.788 1.091 LGA F 289 F 289 0.452 0 0.053 0.112 0.620 86.364 88.430 0.620 LGA Q 290 Q 290 0.639 0 0.020 1.146 3.384 81.818 71.111 3.384 LGA Q 291 Q 291 0.425 0 0.000 0.205 0.815 95.455 89.899 0.815 LGA S 292 S 292 0.204 0 0.066 0.082 0.432 100.000 100.000 0.167 LGA Q 293 Q 293 0.561 0 0.037 0.205 0.846 86.364 83.838 0.776 LGA V 294 V 294 0.743 0 0.000 0.053 0.869 81.818 81.818 0.737 LGA K 295 K 295 0.505 0 0.075 0.181 1.183 82.273 88.081 0.478 LGA I 296 I 296 0.829 0 0.029 0.062 1.388 73.636 82.273 0.426 LGA A 297 A 297 1.480 0 0.136 0.162 2.428 55.000 54.182 - LGA N 298 N 298 1.353 0 0.051 0.464 2.725 49.091 65.682 1.199 LGA K 299 K 299 3.602 0 0.334 1.098 14.317 34.545 15.354 14.317 LGA V 300 V 300 2.214 0 0.181 0.768 3.488 32.727 26.494 3.363 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.964 0.941 1.891 85.111 79.586 65.378 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.96 94.815 97.502 12.686 LGA_LOCAL RMSD: 0.964 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.964 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.964 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.323175 * X + 0.944619 * Y + -0.057034 * Z + 162.601257 Y_new = 0.030412 * X + 0.049870 * Y + 0.998293 * Z + 160.184540 Z_new = 0.945851 * X + -0.324357 * Y + -0.012611 * Z + 145.738754 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.093829 -1.240205 -1.609658 [DEG: 5.3760 -71.0585 -92.2266 ] ZXZ: -3.084523 1.583408 1.901156 [DEG: -176.7302 90.7226 108.9282 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS147_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS147_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.96 97.502 0.96 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS147_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT 6drw 4kis STOICH A4 ATOM 2717 N GLY 165 153.102 187.042 153.755 1.00 87.25 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.355 187.772 154.783 1.00 87.25 C ATOM 2722 C GLY 165 150.840 187.528 154.761 1.00 87.25 C ATOM 2723 O GLY 165 150.085 188.303 155.339 1.00 87.25 O ATOM 2724 N LYS 166 150.358 186.479 154.075 1.00 88.22 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.923 186.144 154.023 1.00 88.22 C ATOM 2728 C LYS 166 148.510 185.358 155.272 1.00 88.22 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.566 185.413 152.714 1.00 88.22 C ATOM 2732 O LYS 166 149.209 184.439 155.706 1.00 88.22 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.779 186.304 151.476 1.00 88.22 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.624 185.560 150.137 1.00 88.22 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.740 186.582 148.992 1.00 88.22 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.947 185.959 147.657 1.00 88.22 N ATOM 2746 N TRP 167 147.334 185.662 155.814 1.00 90.54 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.748 184.965 156.956 1.00 90.54 C ATOM 2750 C TRP 167 145.934 183.744 156.510 1.00 90.54 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.914 185.929 157.791 1.00 90.54 C ATOM 2754 O TRP 167 145.036 183.824 155.674 1.00 90.54 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.423 185.327 159.072 1.00 90.54 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.263 184.655 159.262 1.00 90.54 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.104 185.326 160.360 1.00 90.54 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.295 184.621 161.298 1.00 90.54 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.326 185.854 160.829 1.00 90.54 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.187 184.234 160.578 1.00 90.54 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.894 184.993 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PRO 173 143.165 187.931 165.821 1.00 88.64 C ATOM 2839 C PRO 173 142.131 189.029 166.085 1.00 88.64 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.583 188.505 165.868 1.00 88.64 C ATOM 2843 O PRO 173 141.701 189.700 165.155 1.00 88.64 O ATOM 2844 CG PRO 173 145.265 187.942 164.625 1.00 88.64 C ATOM 2847 CD PRO 173 144.128 187.693 163.648 1.00 88.64 C ATOM 2850 N TYR 174 141.785 189.240 167.354 1.00 90.22 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.984 190.397 167.755 1.00 90.22 C ATOM 2854 C TYR 174 141.657 191.696 167.302 1.00 90.22 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.844 190.374 169.276 1.00 90.22 C ATOM 2858 O TYR 174 142.882 191.753 167.298 1.00 90.22 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.867 191.393 169.814 1.00 90.22 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.316 192.423 170.660 1.00 90.22 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.504 191.309 169.467 1.00 90.22 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.400 193.363 171.165 1.00 90.22 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.584 192.235 169.986 1.00 90.22 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.153 194.176 171.325 1.00 90.22 O ATOM 2870 CZ TYR 174 138.032 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