####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS145_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS145_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 61 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 41 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 65 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 65 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 65 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 47 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 5 92 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 90 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 35 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 35 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 62 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 61 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 58 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 63 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 41 102 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 24 82 118 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 59 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 55 105 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 4 125 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 66 109 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.89 80.74 88.89 96.30 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.55 0.65 0.82 0.88 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.15 1.03 1.02 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.839 0 0.025 0.025 0.971 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.897 0 0.063 0.158 1.971 81.818 71.313 1.971 LGA W 167 W 167 0.590 0 0.082 0.115 1.045 77.727 85.844 0.548 LGA I 168 I 168 0.692 0 0.087 0.286 1.852 77.727 67.955 1.585 LGA S 169 S 169 0.596 0 0.132 0.729 2.526 81.818 75.758 2.526 LGA G 170 G 170 0.681 0 0.000 0.000 0.681 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.631 0 0.058 1.391 4.664 81.818 64.318 1.263 LGA A 172 A 172 0.717 0 0.044 0.057 0.904 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.320 0 0.000 0.066 0.829 100.000 92.208 0.829 LGA Y 174 Y 174 0.281 0 0.030 0.160 0.777 100.000 92.424 0.777 LGA G 175 G 175 0.269 0 0.060 0.060 0.295 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.421 0 0.062 0.145 0.515 100.000 98.485 0.198 LGA Q 177 Q 177 0.651 0 0.068 0.357 2.127 86.364 77.172 0.769 LGA L 178 L 178 0.506 0 0.087 0.124 1.017 86.364 84.318 1.017 LGA N 179 N 179 0.908 0 0.169 0.701 4.636 74.545 45.909 4.636 LGA K 180 K 180 3.536 0 0.274 0.944 13.232 27.727 12.323 13.232 LGA K 181 K 181 1.567 0 0.357 1.016 8.680 78.636 38.182 8.680 LGA T 182 T 182 0.609 0 0.055 1.102 3.393 81.818 70.390 3.393 LGA S 183 S 183 1.068 0 0.143 0.128 1.469 69.545 68.182 1.469 LGA K 184 K 184 1.031 0 0.064 0.891 3.244 69.545 63.838 3.244 LGA L 185 L 185 0.640 0 0.070 0.074 0.720 81.818 81.818 0.506 LGA D 186 D 186 0.123 0 0.059 0.151 0.672 95.455 95.455 0.288 LGA P 187 P 187 0.464 0 0.009 0.050 1.081 86.818 87.273 0.562 LGA V 188 V 188 0.734 0 0.000 0.052 0.832 81.818 81.818 0.806 LGA E 189 E 189 0.818 0 0.000 0.325 2.181 81.818 73.333 2.181 LGA D 190 D 190 0.802 0 0.000 0.033 0.998 81.818 81.818 0.998 LGA E 191 E 191 0.509 0 0.057 0.128 0.636 90.909 91.919 0.508 LGA A 192 A 192 0.333 0 0.000 0.000 0.379 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.443 0 0.027 0.655 3.128 100.000 76.768 2.913 LGA V 194 V 194 0.376 0 0.041 0.053 0.485 100.000 100.000 0.466 LGA V 195 V 195 0.156 0 0.000 0.023 0.196 100.000 100.000 0.191 LGA Q 196 Q 196 0.268 0 0.032 0.261 1.573 100.000 86.869 1.390 LGA L 197 L 197 0.238 0 0.025 0.127 0.623 100.000 97.727 0.623 LGA I 198 I 198 0.313 0 0.093 0.096 0.393 100.000 100.000 0.393 LGA F 199 F 199 0.367 0 0.045 0.075 0.475 100.000 100.000 0.297 LGA N 200 N 200 0.333 0 0.031 0.654 2.063 100.000 87.727 2.063 LGA I 201 I 201 0.353 0 0.055 0.057 0.513 100.000 97.727 0.513 LGA F 202 F 202 0.370 0 0.044 0.068 0.744 100.000 91.736 0.740 LGA L 203 L 203 0.503 0 0.000 0.053 0.845 90.909 88.636 0.732 LGA N 204 N 204 0.429 0 0.069 0.087 1.278 90.909 84.318 0.962 LGA G 205 G 205 0.604 0 0.076 0.076 0.604 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.628 0 0.020 0.454 1.796 77.727 80.455 0.434 LGA N 207 N 207 1.394 0 0.068 0.349 2.052 58.182 58.409 1.400 LGA G 208 G 208 1.826 0 0.000 0.000 2.180 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.800 0 0.062 0.252 2.855 50.909 44.040 2.855 LGA D 210 D 210 1.727 0 0.073 0.739 1.891 54.545 58.409 1.526 LGA Y 211 Y 211 2.076 0 0.132 0.523 2.309 44.545 45.606 1.707 LGA S 212 S 212 2.649 0 0.684 0.719 6.265 28.636 20.000 6.265 LGA Y 213 Y 213 2.876 0 0.202 1.618 14.521 41.818 14.091 14.521 LGA A 215 A 215 1.252 0 0.223 0.239 2.091 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.551 0 0.033 0.192 0.669 90.909 93.182 0.240 LGA A 217 A 217 0.381 0 0.056 0.068 0.454 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.648 0 0.058 0.129 1.419 86.364 82.121 1.419 LGA H 219 H 219 0.555 0 0.018 0.074 0.726 90.909 85.455 0.726 LGA L 220 L 220 0.344 0 0.026 0.150 0.587 100.000 97.727 0.587 LGA T 221 T 221 0.160 0 0.035 0.039 0.382 100.000 100.000 0.192 LGA N 222 N 222 0.337 0 0.034 0.064 0.673 95.455 95.455 0.349 LGA L 223 L 223 0.584 0 0.033 0.075 0.977 81.818 81.818 0.792 LGA Q 224 Q 224 0.570 0 0.058 0.731 3.693 77.727 58.182 3.656 LGA I 225 I 225 0.473 0 0.059 0.085 0.497 100.000 100.000 0.226 LGA P 226 P 226 0.584 0 0.042 0.047 0.802 90.909 87.013 0.785 LGA T 227 T 227 0.127 0 0.022 0.242 0.789 100.000 97.403 0.258 LGA P 228 P 228 0.530 0 0.227 0.244 0.766 90.909 89.610 0.738 LGA S 229 S 229 0.558 0 0.163 0.172 1.490 86.364 79.394 1.490 LGA G 230 G 230 0.530 0 0.000 0.000 0.834 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.734 0 0.155 0.678 2.762 82.273 75.960 2.762 LGA K 232 K 232 0.513 0 0.156 0.821 2.737 90.909 73.535 2.737 LGA R 233 R 233 0.420 0 0.022 1.226 6.740 100.000 55.537 6.740 LGA W 234 W 234 0.332 0 0.080 0.142 0.415 100.000 100.000 0.124 LGA N 235 N 235 0.882 0 0.012 0.922 2.297 81.818 72.500 2.297 LGA Q 236 Q 236 0.718 0 0.040 0.786 3.382 86.364 73.535 1.605 LGA Y 237 Y 237 0.277 0 0.046 0.405 1.976 95.455 82.576 1.976 LGA T 238 T 238 0.322 0 0.010 0.333 1.158 100.000 92.468 1.158 LGA I 239 I 239 0.263 0 0.008 0.074 0.366 100.000 100.000 0.366 LGA K 240 K 240 0.337 0 0.062 0.573 3.733 100.000 77.778 3.733 LGA A 241 A 241 0.499 0 0.073 0.078 0.691 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.286 0 0.045 0.056 0.906 100.000 90.909 0.906 LGA L 243 L 243 0.078 0 0.009 0.119 0.332 100.000 100.000 0.158 LGA Q 244 Q 244 0.213 0 0.076 0.392 1.556 95.455 86.667 1.404 LGA N 245 N 245 0.304 0 0.000 0.235 0.738 100.000 97.727 0.738 LGA E 246 E 246 0.371 0 0.000 0.509 1.350 100.000 90.303 1.350 LGA V 247 V 247 0.184 0 0.026 0.489 1.157 100.000 92.468 0.990 LGA Y 248 Y 248 0.414 0 0.035 0.113 0.967 100.000 90.909 0.967 LGA I 249 I 249 0.501 0 0.000 0.033 0.716 95.455 88.636 0.696 LGA G 250 G 250 0.274 0 0.036 0.036 0.422 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.392 0 0.049 0.079 0.454 100.000 100.000 0.388 LGA V 252 V 252 0.393 0 0.067 0.112 0.827 95.455 92.208 0.683 LGA K 253 K 253 0.480 0 0.059 0.186 0.902 95.455 91.919 0.738 LGA Y 254 Y 254 0.768 0 0.046 0.365 2.935 81.818 66.061 2.935 LGA K 255 K 255 1.160 0 0.038 0.184 1.300 65.455 69.091 0.698 LGA V 256 V 256 1.128 0 0.092 0.113 1.257 69.545 67.792 1.146 LGA R 257 R 257 1.283 0 0.059 1.228 5.912 65.455 46.446 3.288 LGA E 258 E 258 1.438 0 0.064 1.132 5.058 58.182 36.970 5.058 LGA K 259 K 259 1.626 0 0.032 0.116 1.914 50.909 50.909 1.914 LGA T 260 T 260 1.790 0 0.028 0.105 2.065 50.909 49.091 1.904 LGA K 261 K 261 1.892 0 0.095 0.866 6.558 50.909 33.737 6.558 LGA D 262 D 262 1.976 0 0.033 0.536 3.421 50.909 38.182 3.421 LGA G 263 G 263 1.853 0 0.105 0.105 1.974 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.419 0 0.000 0.589 2.154 65.455 57.576 2.154 LGA R 265 R 265 1.125 0 0.184 0.962 3.375 65.455 58.678 3.375 LGA T 266 T 266 1.237 0 0.059 0.175 1.407 65.455 65.455 1.313 LGA I 267 I 267 0.900 0 0.059 0.105 1.211 77.727 79.773 0.848 LGA R 268 R 268 0.845 0 0.000 0.943 2.890 81.818 66.942 2.199 LGA P 269 P 269 0.732 0 0.000 0.038 0.904 81.818 81.818 0.904 LGA E 270 E 270 0.709 0 0.018 0.920 3.210 81.818 66.465 2.381 LGA K 271 K 271 0.592 0 0.060 0.719 3.532 81.818 61.616 3.330 LGA E 272 E 272 0.745 0 0.104 0.166 1.905 81.818 67.879 1.681 LGA Q 273 Q 273 0.919 0 0.056 0.120 1.210 77.727 78.182 1.210 LGA I 274 I 274 0.756 0 0.087 0.111 1.090 81.818 79.773 1.090 LGA V 275 V 275 0.399 0 0.013 0.021 0.449 100.000 100.000 0.449 LGA V 276 V 276 0.436 0 0.000 0.043 0.523 100.000 97.403 0.523 LGA Q 277 Q 277 0.325 0 0.058 0.649 3.160 100.000 73.939 3.160 LGA D 278 D 278 0.231 0 0.051 0.118 0.690 100.000 97.727 0.690 LGA A 279 A 279 0.380 0 0.030 0.047 0.425 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.121 0 0.039 0.130 0.361 100.000 100.000 0.293 LGA A 281 A 281 0.288 0 0.000 0.000 0.429 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.385 0 0.011 0.031 0.724 95.455 89.610 0.724 LGA I 283 I 283 0.450 0 0.018 0.065 0.667 90.909 90.909 0.534 LGA I 284 I 284 0.496 0 0.009 0.059 0.605 90.909 95.455 0.370 LGA D 285 D 285 0.874 0 0.064 0.279 1.985 81.818 73.864 1.368 LGA K 286 K 286 0.973 0 0.022 0.318 1.394 73.636 72.727 0.783 LGA E 287 E 287 1.037 0 0.037 0.226 1.592 73.636 67.475 1.592 LGA Q 288 Q 288 0.639 0 0.000 0.174 1.262 86.364 82.020 0.955 LGA F 289 F 289 0.649 0 0.041 0.130 0.951 81.818 81.818 0.911 LGA Q 290 Q 290 0.973 0 0.018 1.073 2.959 81.818 74.141 2.959 LGA Q 291 Q 291 0.718 0 0.000 0.215 1.297 81.818 80.000 1.297 LGA S 292 S 292 0.533 0 0.061 0.688 2.455 81.818 77.576 2.455 LGA Q 293 Q 293 0.946 0 0.051 0.180 1.260 73.636 69.091 1.195 LGA V 294 V 294 1.070 0 0.050 0.068 1.175 69.545 72.468 0.899 LGA K 295 K 295 0.736 0 0.105 0.188 1.449 77.727 80.000 0.577 LGA I 296 I 296 1.151 0 0.039 0.062 1.655 65.909 69.773 0.672 LGA A 297 A 297 1.780 0 0.161 0.196 2.574 45.000 46.182 - LGA N 298 N 298 0.884 0 0.021 0.730 2.166 59.091 67.273 2.166 LGA K 299 K 299 3.243 0 0.314 0.984 13.864 40.000 17.980 13.864 LGA V 300 V 300 2.449 0 0.106 0.126 4.484 38.636 25.195 4.270 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.996 0.964 1.858 82.926 77.146 61.895 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 94.259 97.245 12.323 LGA_LOCAL RMSD: 0.996 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.996 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.996 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.622728 * X + 0.259037 * Y + 0.738316 * Z + 157.615295 Y_new = 0.765784 * X + 0.395428 * Y + 0.507160 * Z + 152.482666 Z_new = -0.160577 * X + 0.881213 * Y + -0.444611 * Z + 141.339172 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.253528 0.161276 2.038073 [DEG: 129.1176 9.2404 116.7729 ] ZXZ: 2.172686 2.031536 -0.180246 [DEG: 124.4858 116.3984 -10.3273 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS145_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS145_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.245 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS145_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT 4bqq_A 4kis_C 4kis_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 152.910 186.896 153.598 1.00 89.25 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.178 187.548 154.687 1.00 89.25 C ATOM 2722 C GLY 165 150.652 187.385 154.621 1.00 89.25 C ATOM 2723 O GLY 165 149.940 188.098 155.322 1.00 89.25 O ATOM 2724 N LYS 166 150.122 186.469 153.793 1.00 90.00 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.685 186.141 153.779 1.00 90.00 C ATOM 2728 C LYS 166 148.322 185.333 155.039 1.00 90.00 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.286 185.399 152.483 1.00 90.00 C ATOM 2732 O LYS 166 149.067 184.445 155.458 1.00 90.00 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.482 186.188 151.168 1.00 90.00 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.152 185.335 149.919 1.00 90.00 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.283 186.128 148.603 1.00 90.00 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.071 185.294 147.378 1.00 90.00 N ATOM 2746 N TRP 167 147.154 185.585 155.627 1.00 91.75 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.644 184.873 156.801 1.00 91.75 C ATOM 2750 C TRP 167 145.896 183.594 156.390 1.00 91.75 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.777 185.812 157.639 1.00 91.75 C ATOM 2754 O TRP 167 144.791 183.628 155.852 1.00 91.75 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.317 185.229 158.939 1.00 91.75 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.145 184.589 159.165 1.00 91.75 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.025 185.230 160.215 1.00 91.75 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.210 184.575 161.185 1.00 91.75 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.272 185.727 160.646 1.00 91.75 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.074 184.210 160.495 1.00 91.75 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 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ATOM 2837 CA PRO 173 142.919 187.990 165.669 1.00 92.88 C ATOM 2839 C PRO 173 141.986 189.163 166.000 1.00 92.88 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.391 188.414 165.730 1.00 92.88 C ATOM 2843 O PRO 173 141.678 189.960 165.122 1.00 92.88 O ATOM 2844 CG PRO 173 145.025 187.683 164.543 1.00 92.88 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.910 187.678 163.518 1.00 92.88 C ATOM 2850 N TYR 174 141.592 189.304 167.268 1.00 94.75 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.814 190.461 167.734 1.00 94.75 C ATOM 2854 C TYR 174 141.515 191.776 167.384 1.00 94.75 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.662 190.364 169.252 1.00 94.75 C ATOM 2858 O TYR 174 142.730 191.857 167.560 1.00 94.75 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.726 191.399 169.839 1.00 94.75 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.231 192.434 170.649 1.00 94.75 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.346 191.329 169.563 1.00 94.75 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.353 193.396 171.184 1.00 94.75 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.465 192.272 170.118 1.00 94.75 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.124 194.237 171.447 1.00 94.75 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.969 193.314 170.924 1.00 94.75 C ATOM 2871 N GLY 175 140.787 192.780 166.906 1.00 94.81 N ATOM 2873 CA GLY 175 141.356 193.999 166.323 1.00 94.81 C ATOM 2876 C GLY 175 141.467 193.960 164.797 1.00 94.81 C ATOM 2877 O GLY 175 141.695 195.003 164.189 1.00 94.81 O ATOM 2878 N TYR 176 141.297 192.796 164.162 1.00 95.75 N ATOM 2880 CA TYR 176 141.497 192.605 162.725 1.00 95.75 C ATOM 2882 C TYR 176 140.381 191.782 162.071 1.00 95.75 C ATOM 2883 CB TYR 176 142.841 191.904 162.478 1.00 95.75 C ATOM 2886 O TYR 176 139.879 190.812 162.638 1.00 95.75 O ATOM 2887 CG TYR 176 144.080 192.711 162.817 1.00 95.75 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 144.521 193.693 161.916 1.00 95.75 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 144.814 192.457 163.993 1.00 95.75 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 145.693 194.423 162.175 1.00 95.75 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 146.009 193.165 164.241 1.00 95.75 C ATOM 2896 OH TYR 176 147.619 194.812 163.543 1.00 95.75 O ATOM 2898 CZ TYR 176 146.454 194.148 163.329 1.00 95.75 C ATOM 2899 N GLN 177 140.084 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