####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS145_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS145_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 52 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 48 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 68 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 59 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 48 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 42 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 61 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 70 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 46 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 23 52 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 66 111 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 62 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 21 112 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 21 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 50 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 70 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 70 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 68 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 62 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 60 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 66 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 59 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 57 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 20 95 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 54 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 5 8 99 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 116 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 85.93 94.07 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.54 0.69 0.77 0.84 0.88 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 1.10 0.97 0.94 0.93 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.878 0 0.030 0.030 0.904 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.833 0 0.044 0.161 2.003 81.818 71.515 2.003 LGA W 167 W 167 0.506 0 0.065 0.131 0.993 81.818 87.013 0.800 LGA I 168 I 168 0.681 0 0.080 0.199 1.388 82.273 75.909 0.920 LGA S 169 S 169 0.776 0 0.126 0.659 2.613 77.727 70.000 2.613 LGA G 170 G 170 0.931 0 0.000 0.000 0.931 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.883 0 0.085 1.280 4.692 77.727 60.227 1.256 LGA A 172 A 172 0.899 0 0.056 0.075 1.060 86.364 82.182 - LGA P 173 P 173 0.496 0 0.017 0.111 1.169 95.455 84.935 1.169 LGA Y 174 Y 174 0.453 0 0.037 0.181 0.920 100.000 87.879 0.844 LGA G 175 G 175 0.464 0 0.049 0.049 0.474 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.552 0 0.064 0.145 0.618 86.364 92.424 0.168 LGA Q 177 Q 177 0.881 0 0.058 0.195 1.217 86.364 82.020 0.740 LGA L 178 L 178 0.698 0 0.091 0.118 0.999 86.364 84.091 0.999 LGA N 179 N 179 0.925 0 0.176 0.709 4.657 70.000 43.636 4.657 LGA K 180 K 180 3.473 0 0.266 0.942 12.889 28.182 12.525 12.889 LGA K 181 K 181 1.531 0 0.373 0.982 8.376 78.636 38.182 8.376 LGA T 182 T 182 0.445 0 0.053 1.107 3.228 82.273 70.649 3.228 LGA S 183 S 183 1.151 0 0.136 0.125 1.578 69.545 63.333 1.545 LGA K 184 K 184 0.972 0 0.062 0.903 3.195 73.636 65.657 3.195 LGA L 185 L 185 0.577 0 0.061 0.079 0.580 86.364 93.182 0.375 LGA D 186 D 186 0.286 0 0.057 0.167 0.667 95.455 95.455 0.309 LGA P 187 P 187 0.623 0 0.000 0.000 1.169 82.273 82.078 0.654 LGA V 188 V 188 0.977 0 0.000 0.038 1.067 81.818 77.143 1.062 LGA E 189 E 189 1.042 0 0.000 0.250 1.940 65.455 67.475 1.940 LGA D 190 D 190 1.019 0 0.029 0.040 1.482 73.636 69.545 1.482 LGA E 191 E 191 0.687 0 0.059 0.135 0.832 90.909 85.859 0.769 LGA A 192 A 192 0.436 0 0.012 0.000 0.519 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.528 0 0.016 0.609 2.871 90.909 74.949 2.445 LGA V 194 V 194 0.414 0 0.049 0.058 0.536 100.000 97.403 0.474 LGA V 195 V 195 0.171 0 0.000 0.000 0.242 100.000 100.000 0.183 LGA Q 196 Q 196 0.298 0 0.031 0.230 1.501 100.000 86.869 1.241 LGA L 197 L 197 0.231 0 0.036 0.072 0.427 100.000 100.000 0.365 LGA I 198 I 198 0.162 0 0.104 0.109 0.323 100.000 100.000 0.234 LGA F 199 F 199 0.265 0 0.056 0.078 0.390 100.000 100.000 0.145 LGA N 200 N 200 0.308 0 0.000 0.571 1.277 100.000 91.364 1.277 LGA I 201 I 201 0.177 0 0.047 0.051 0.356 100.000 100.000 0.258 LGA F 202 F 202 0.158 0 0.042 0.144 0.416 100.000 100.000 0.288 LGA L 203 L 203 0.422 0 0.044 0.105 0.917 95.455 90.909 0.780 LGA N 204 N 204 0.227 0 0.054 0.067 1.077 95.455 88.864 0.873 LGA G 205 G 205 0.324 0 0.081 0.081 0.615 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.433 0 0.000 0.453 1.759 90.909 87.045 0.373 LGA N 207 N 207 1.177 0 0.071 0.304 1.486 69.545 67.500 1.374 LGA G 208 G 208 1.542 0 0.008 0.008 1.920 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.354 0 0.054 0.234 2.403 65.455 56.162 2.403 LGA D 210 D 210 1.294 0 0.069 0.827 2.214 69.545 62.273 2.214 LGA Y 211 Y 211 1.730 0 0.143 0.557 2.176 54.545 51.212 1.512 LGA S 212 S 212 2.288 0 0.686 0.724 5.965 36.364 25.152 5.965 LGA Y 213 Y 213 3.033 0 0.213 1.628 14.807 36.364 12.273 14.807 LGA A 215 A 215 0.998 0 0.210 0.225 2.019 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.455 0 0.022 0.198 0.524 95.455 93.182 0.524 LGA A 217 A 217 0.200 0 0.034 0.049 0.355 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.384 0 0.059 0.078 1.079 100.000 91.212 1.079 LGA H 219 H 219 0.249 0 0.021 0.051 0.487 100.000 100.000 0.487 LGA L 220 L 220 0.205 0 0.023 0.103 0.349 100.000 100.000 0.349 LGA T 221 T 221 0.137 0 0.023 0.029 0.422 100.000 100.000 0.191 LGA N 222 N 222 0.284 0 0.034 0.059 0.535 95.455 97.727 0.229 LGA L 223 L 223 0.491 0 0.050 0.077 0.889 100.000 90.909 0.839 LGA Q 224 Q 224 0.504 0 0.061 0.771 4.005 82.273 61.616 4.005 LGA I 225 I 225 0.455 0 0.068 0.100 0.455 100.000 100.000 0.107 LGA P 226 P 226 0.527 0 0.044 0.047 0.736 90.909 87.013 0.730 LGA T 227 T 227 0.201 0 0.024 0.221 0.770 100.000 97.403 0.292 LGA P 228 P 228 0.761 0 0.221 0.247 1.019 81.818 79.481 0.956 LGA S 229 S 229 0.678 0 0.136 0.128 0.993 86.364 84.848 0.993 LGA G 230 G 230 0.509 0 0.000 0.000 0.751 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.665 0 0.153 0.686 2.891 82.273 75.960 2.891 LGA K 232 K 232 0.589 0 0.157 0.863 3.583 81.818 63.030 3.583 LGA R 233 R 233 0.494 0 0.020 1.322 7.671 95.455 50.248 7.671 LGA W 234 W 234 0.251 0 0.089 0.141 0.334 100.000 100.000 0.252 LGA N 235 N 235 0.745 0 0.023 0.852 2.169 81.818 74.318 2.169 LGA Q 236 Q 236 0.685 0 0.036 0.726 3.175 81.818 72.929 0.869 LGA Y 237 Y 237 0.602 0 0.045 0.395 2.269 86.364 71.818 2.269 LGA T 238 T 238 0.406 0 0.019 0.272 0.735 100.000 94.805 0.735 LGA I 239 I 239 0.350 0 0.019 0.079 0.428 100.000 100.000 0.186 LGA K 240 K 240 0.471 0 0.077 0.546 3.536 95.455 73.737 3.536 LGA A 241 A 241 0.547 0 0.082 0.088 0.812 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.321 0 0.060 0.070 0.838 95.455 88.636 0.838 LGA L 243 L 243 0.266 0 0.000 0.140 0.383 100.000 100.000 0.175 LGA Q 244 Q 244 0.310 0 0.099 0.426 1.825 90.909 81.212 1.510 LGA N 245 N 245 0.384 0 0.000 0.140 0.675 100.000 97.727 0.675 LGA E 246 E 246 0.298 0 0.000 0.466 1.336 100.000 90.303 1.336 LGA V 247 V 247 0.065 0 0.064 0.173 0.374 100.000 100.000 0.305 LGA Y 248 Y 248 0.369 0 0.044 0.140 0.883 100.000 92.424 0.883 LGA I 249 I 249 0.379 0 0.000 0.027 0.560 100.000 95.455 0.543 LGA G 250 G 250 0.162 0 0.053 0.053 0.393 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.308 0 0.051 0.092 0.451 100.000 100.000 0.410 LGA V 252 V 252 0.299 0 0.099 0.127 0.824 95.455 97.403 0.450 LGA K 253 K 253 0.383 0 0.088 0.163 0.964 95.455 89.899 0.964 LGA Y 254 Y 254 0.577 0 0.048 0.315 2.498 95.455 74.848 2.498 LGA K 255 K 255 0.746 0 0.212 0.208 1.837 74.091 73.131 0.932 LGA V 256 V 256 0.627 0 0.106 0.125 0.754 86.364 84.416 0.632 LGA R 257 R 257 0.697 0 0.044 1.193 5.659 81.818 57.686 4.190 LGA E 258 E 258 0.760 0 0.029 0.971 4.717 73.636 54.343 4.717 LGA K 259 K 259 1.283 0 0.013 0.287 2.254 65.455 59.192 2.254 LGA T 260 T 260 1.568 0 0.022 0.070 1.705 54.545 52.987 1.705 LGA K 261 K 261 1.913 0 0.067 0.806 6.626 50.909 33.737 6.626 LGA D 262 D 262 2.061 0 0.076 0.793 3.633 44.545 34.091 3.633 LGA G 263 G 263 1.542 0 0.134 0.134 1.621 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.244 0 0.035 0.514 2.226 61.818 62.626 2.226 LGA R 265 R 265 0.891 0 0.094 0.977 3.433 77.727 63.306 3.433 LGA T 266 T 266 0.881 0 0.054 0.177 1.176 81.818 79.481 0.880 LGA I 267 I 267 0.569 0 0.074 0.125 0.995 81.818 81.818 0.814 LGA R 268 R 268 0.588 0 0.000 0.992 2.596 81.818 71.405 2.596 LGA P 269 P 269 0.760 0 0.000 0.006 0.857 81.818 81.818 0.802 LGA E 270 E 270 0.824 0 0.034 0.874 3.296 81.818 66.465 2.134 LGA K 271 K 271 0.900 0 0.093 0.681 4.578 77.727 52.525 4.508 LGA E 272 E 272 0.769 0 0.105 0.386 1.916 77.727 71.111 1.396 LGA Q 273 Q 273 0.791 0 0.053 0.163 1.050 77.727 78.182 1.023 LGA I 274 I 274 0.655 0 0.068 0.106 0.935 81.818 81.818 0.935 LGA V 275 V 275 0.324 0 0.024 0.029 0.369 100.000 100.000 0.369 LGA V 276 V 276 0.383 0 0.000 0.045 0.491 100.000 100.000 0.491 LGA Q 277 Q 277 0.291 0 0.059 0.788 4.079 95.455 72.525 4.079 LGA D 278 D 278 0.223 0 0.049 0.137 0.720 100.000 97.727 0.720 LGA A 279 A 279 0.326 0 0.027 0.044 0.376 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.212 0 0.039 0.174 0.444 100.000 100.000 0.377 LGA A 281 A 281 0.421 0 0.000 0.000 0.599 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.311 0 0.000 0.025 0.571 100.000 97.403 0.571 LGA I 283 I 283 0.497 0 0.000 0.055 0.686 90.909 88.636 0.534 LGA I 284 I 284 0.493 0 0.019 0.125 0.534 95.455 97.727 0.322 LGA D 285 D 285 0.914 0 0.101 1.015 3.624 81.818 63.182 1.543 LGA K 286 K 286 0.850 0 0.048 0.299 1.125 81.818 78.182 1.125 LGA E 287 E 287 0.880 0 0.048 0.450 1.513 81.818 74.747 1.513 LGA Q 288 Q 288 0.659 0 0.000 0.427 1.935 81.818 78.384 0.588 LGA F 289 F 289 0.588 0 0.032 0.123 0.860 81.818 81.818 0.838 LGA Q 290 Q 290 0.806 0 0.030 0.157 1.277 81.818 80.000 0.583 LGA Q 291 Q 291 0.728 0 0.000 0.251 1.123 81.818 80.000 1.123 LGA S 292 S 292 0.499 0 0.065 0.686 2.461 86.364 80.606 2.461 LGA Q 293 Q 293 0.807 0 0.037 0.186 1.083 77.727 78.182 1.041 LGA V 294 V 294 1.064 0 0.028 0.071 1.204 69.545 67.792 1.128 LGA K 295 K 295 0.694 0 0.077 0.166 1.221 77.727 90.101 0.492 LGA I 296 I 296 0.969 0 0.039 0.061 1.453 73.636 77.955 0.457 LGA A 297 A 297 1.606 0 0.128 0.154 2.423 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.981 0 0.038 0.251 2.108 62.273 64.773 2.108 LGA K 299 K 299 3.171 0 0.334 0.980 14.126 43.182 19.394 14.126 LGA V 300 V 300 2.094 0 0.100 0.110 4.121 44.545 29.610 4.060 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.925 0.892 1.845 84.397 78.545 63.804 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.741 98.096 13.173 LGA_LOCAL RMSD: 0.925 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.925 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.925 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.100066 * X + -0.609309 * Y + -0.786594 * Z + 154.892929 Y_new = 0.821933 * X + 0.496145 * Y + -0.279761 * Z + 152.773331 Z_new = 0.560726 * X + -0.618533 * Y + 0.550458 * Z + 141.327728 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.449648 -0.595262 -0.843566 [DEG: 83.0587 -34.1060 -48.3328 ] ZXZ: -1.229087 0.987883 2.405175 [DEG: -70.4215 56.6015 137.8064 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS145_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS145_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 98.096 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS145_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT 4bqq_A 4kis_C 4kis_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 152.849 187.117 153.603 1.00 88.25 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.141 187.818 154.680 1.00 88.25 C ATOM 2722 C GLY 165 150.615 187.652 154.656 1.00 88.25 C ATOM 2723 O GLY 165 149.912 188.363 155.368 1.00 88.25 O ATOM 2724 N LYS 166 150.069 186.731 153.847 1.00 88.75 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.630 186.419 153.846 1.00 88.75 C ATOM 2728 C LYS 166 148.271 185.616 155.113 1.00 88.75 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.229 185.700 152.539 1.00 88.75 C ATOM 2732 O LYS 166 149.039 184.761 155.556 1.00 88.75 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.450 186.514 151.248 1.00 88.75 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.095 185.721 149.967 1.00 88.75 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.339 186.583 148.714 1.00 88.75 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.978 185.913 147.431 1.00 88.75 N ATOM 2746 N TRP 167 147.089 185.839 155.682 1.00 91.19 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.587 185.150 156.877 1.00 91.19 C ATOM 2750 C TRP 167 145.800 183.884 156.503 1.00 91.19 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.753 186.116 157.716 1.00 91.19 C ATOM 2754 O TRP 167 144.724 183.938 155.914 1.00 91.19 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.299 185.554 159.030 1.00 91.19 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.097 184.990 159.296 1.00 91.19 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.045 185.516 160.283 1.00 91.19 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.223 184.913 161.281 1.00 91.19 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.327 185.952 160.680 1.00 91.19 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 144.046 184.617 160.629 1.00 91.19 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 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ATOM 2837 CA PRO 173 142.898 188.183 165.644 1.00 92.62 C ATOM 2839 C PRO 173 141.934 189.335 165.953 1.00 92.62 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.354 188.653 165.749 1.00 92.62 C ATOM 2843 O PRO 173 141.593 190.104 165.063 1.00 92.62 O ATOM 2844 CG PRO 173 145.020 188.160 164.464 1.00 92.62 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.880 188.008 163.469 1.00 92.62 C ATOM 2850 N TYR 174 141.555 189.490 167.222 1.00 94.50 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.777 190.647 167.679 1.00 94.50 C ATOM 2854 C TYR 174 141.482 191.959 167.326 1.00 94.50 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.628 190.549 169.195 1.00 94.50 C ATOM 2858 O TYR 174 142.702 192.028 167.480 1.00 94.50 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.685 191.574 169.781 1.00 94.50 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.175 192.570 170.645 1.00 94.50 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.313 191.530 169.459 1.00 94.50 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.290 193.514 171.194 1.00 94.50 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.425 192.460 170.025 1.00 94.50 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.062 194.359 171.443 1.00 94.50 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.913 193.457 170.895 1.00 94.50 C ATOM 2871 N GLY 175 140.752 192.973 166.865 1.00 95.06 N ATOM 2873 CA GLY 175 141.331 194.193 166.292 1.00 95.06 C ATOM 2876 C GLY 175 141.477 194.149 164.770 1.00 95.06 C ATOM 2877 O GLY 175 141.704 195.190 164.161 1.00 95.06 O ATOM 2878 N TYR 176 141.332 192.978 164.140 1.00 95.69 N ATOM 2880 CA TYR 176 141.530 192.786 162.704 1.00 95.69 C ATOM 2882 C TYR 176 140.393 191.996 162.048 1.00 95.69 C ATOM 2883 CB TYR 176 142.853 192.056 162.443 1.00 95.69 C ATOM 2886 O TYR 176 139.851 191.043 162.605 1.00 95.69 O ATOM 2887 CG TYR 176 144.115 192.822 162.780 1.00 95.69 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 144.580 193.817 161.900 1.00 95.69 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 144.855 192.509 163.937 1.00 95.69 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 145.783 194.492 162.168 1.00 95.69 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 146.080 193.156 164.187 1.00 95.69 C ATOM 2896 OH TYR 176 147.749 194.741 163.524 1.00 95.69 O ATOM 2898 CZ TYR 176 146.548 194.149 163.301 1.00 95.69 C ATOM 2899 N GLN 177 140.126 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