####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS145_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS145_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 59 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 49 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 65 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 62 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 68 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 38 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 47 75 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 21 97 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 40 113 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 37 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 62 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 68 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 65 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 62 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 65 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 65 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 56 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 26 95 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 54 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 52 103 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 84.44 94.07 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.56 0.72 0.75 0.85 0.88 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.08 0.97 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.910 0 0.032 0.032 1.003 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.875 0 0.053 0.166 1.940 81.818 72.929 1.940 LGA W 167 W 167 0.532 0 0.085 0.120 1.026 77.727 87.143 0.661 LGA I 168 I 168 0.547 0 0.075 0.284 1.526 82.273 72.045 1.321 LGA S 169 S 169 0.549 0 0.139 0.682 2.144 81.818 77.576 2.144 LGA G 170 G 170 0.692 0 0.015 0.015 0.783 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.741 0 0.088 1.251 4.564 77.727 62.273 1.224 LGA A 172 A 172 0.806 0 0.062 0.087 0.980 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.458 0 0.019 0.146 1.317 95.455 84.935 1.317 LGA Y 174 Y 174 0.377 0 0.045 0.140 1.003 100.000 88.030 1.003 LGA G 175 G 175 0.388 0 0.059 0.059 0.415 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.519 0 0.067 0.132 0.578 86.364 93.939 0.113 LGA Q 177 Q 177 0.845 0 0.059 0.146 1.103 86.364 82.020 0.717 LGA L 178 L 178 0.654 0 0.099 0.134 0.930 86.364 84.091 0.882 LGA N 179 N 179 0.946 0 0.178 0.710 4.718 70.000 43.636 4.718 LGA K 180 K 180 3.388 0 0.254 0.939 12.707 29.545 13.131 12.707 LGA K 181 K 181 1.678 0 0.368 0.985 8.523 74.545 36.364 8.523 LGA T 182 T 182 0.555 0 0.060 1.114 3.323 86.364 70.649 3.323 LGA S 183 S 183 1.032 0 0.131 0.119 1.410 69.545 68.182 1.385 LGA K 184 K 184 0.936 0 0.062 0.891 3.352 73.636 65.657 3.352 LGA L 185 L 185 0.594 0 0.065 0.086 0.656 81.818 90.909 0.425 LGA D 186 D 186 0.252 0 0.055 0.212 0.828 95.455 95.455 0.315 LGA P 187 P 187 0.517 0 0.000 0.000 1.023 82.273 84.675 0.579 LGA V 188 V 188 0.854 0 0.000 0.038 0.948 81.818 81.818 0.921 LGA E 189 E 189 0.929 0 0.012 0.191 1.554 81.818 74.747 1.554 LGA D 190 D 190 0.959 0 0.043 0.076 1.757 81.818 68.182 1.757 LGA E 191 E 191 0.576 0 0.049 0.138 0.712 90.909 87.879 0.591 LGA A 192 A 192 0.385 0 0.007 0.000 0.445 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.491 0 0.027 0.559 2.447 100.000 83.636 1.818 LGA V 194 V 194 0.393 0 0.057 0.056 0.578 100.000 97.403 0.440 LGA V 195 V 195 0.148 0 0.000 0.018 0.211 100.000 100.000 0.134 LGA Q 196 Q 196 0.275 0 0.030 0.217 1.382 100.000 90.303 1.086 LGA L 197 L 197 0.214 0 0.033 0.079 0.471 100.000 100.000 0.379 LGA I 198 I 198 0.155 0 0.106 0.113 0.347 100.000 100.000 0.261 LGA F 199 F 199 0.283 0 0.051 0.069 0.421 100.000 100.000 0.235 LGA N 200 N 200 0.314 0 0.031 0.583 1.220 100.000 91.364 1.220 LGA I 201 I 201 0.205 0 0.051 0.055 0.412 100.000 100.000 0.376 LGA F 202 F 202 0.164 0 0.051 0.084 0.471 100.000 100.000 0.471 LGA L 203 L 203 0.413 0 0.042 0.117 0.918 95.455 90.909 0.751 LGA N 204 N 204 0.229 0 0.057 0.068 1.059 95.455 88.864 0.824 LGA G 205 G 205 0.384 0 0.088 0.088 0.677 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.492 0 0.029 0.477 1.729 90.909 87.045 0.444 LGA N 207 N 207 1.310 0 0.087 0.405 2.033 65.455 60.227 1.532 LGA G 208 G 208 1.687 0 0.000 0.000 2.041 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.529 0 0.050 0.253 2.879 61.818 49.091 2.879 LGA D 210 D 210 1.423 0 0.058 0.824 2.086 65.455 60.227 2.086 LGA Y 211 Y 211 1.803 0 0.136 0.521 2.149 54.545 50.000 1.550 LGA S 212 S 212 2.395 0 0.685 0.740 6.178 34.545 23.939 6.178 LGA Y 213 Y 213 2.913 0 0.213 1.626 14.648 38.636 13.030 14.648 LGA A 215 A 215 1.125 0 0.212 0.228 2.060 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.483 0 0.023 0.206 0.566 95.455 95.455 0.438 LGA A 217 A 217 0.231 0 0.037 0.052 0.339 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.516 0 0.055 0.076 1.167 95.455 88.182 1.167 LGA H 219 H 219 0.419 0 0.016 0.118 0.696 100.000 90.909 0.696 LGA L 220 L 220 0.288 0 0.018 0.100 0.364 100.000 100.000 0.364 LGA T 221 T 221 0.112 0 0.032 0.040 0.401 100.000 100.000 0.106 LGA N 222 N 222 0.283 0 0.040 0.065 0.539 95.455 97.727 0.120 LGA L 223 L 223 0.569 0 0.052 0.080 0.949 90.909 86.364 0.949 LGA Q 224 Q 224 0.566 0 0.074 0.752 4.076 77.727 56.566 3.879 LGA I 225 I 225 0.462 0 0.061 0.090 0.462 100.000 100.000 0.197 LGA P 226 P 226 0.531 0 0.039 0.045 0.716 90.909 87.013 0.667 LGA T 227 T 227 0.195 0 0.022 0.252 0.730 100.000 97.403 0.374 LGA P 228 P 228 0.586 0 0.269 0.288 0.889 86.364 84.416 0.889 LGA S 229 S 229 0.571 0 0.142 0.131 0.912 81.818 81.818 0.708 LGA G 230 G 230 0.697 0 0.000 0.000 0.869 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.640 0 0.161 0.700 2.694 82.273 75.960 2.694 LGA K 232 K 232 0.399 0 0.168 0.837 2.801 95.455 77.576 2.801 LGA R 233 R 233 0.331 0 0.024 1.308 7.614 100.000 51.901 7.614 LGA W 234 W 234 0.213 0 0.112 0.169 0.416 100.000 100.000 0.216 LGA N 235 N 235 0.867 0 0.016 0.767 2.298 81.818 76.364 2.298 LGA Q 236 Q 236 0.696 0 0.045 0.898 3.470 86.364 74.949 0.724 LGA Y 237 Y 237 0.516 0 0.048 0.443 1.992 90.909 76.970 1.992 LGA T 238 T 238 0.383 0 0.020 0.277 0.968 100.000 94.805 0.968 LGA I 239 I 239 0.250 0 0.008 0.084 0.332 100.000 100.000 0.273 LGA K 240 K 240 0.406 0 0.081 0.513 3.311 95.455 74.545 3.311 LGA A 241 A 241 0.575 0 0.103 0.110 0.931 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.261 0 0.054 0.067 0.931 100.000 90.909 0.931 LGA L 243 L 243 0.197 0 0.018 0.142 0.480 100.000 100.000 0.137 LGA Q 244 Q 244 0.353 0 0.116 0.471 1.915 86.818 79.394 1.706 LGA N 245 N 245 0.403 0 0.000 0.154 0.734 100.000 95.455 0.734 LGA E 246 E 246 0.299 0 0.000 0.381 1.110 100.000 92.121 1.110 LGA V 247 V 247 0.148 0 0.050 0.157 0.392 100.000 100.000 0.298 LGA Y 248 Y 248 0.335 0 0.038 0.123 0.833 100.000 93.939 0.833 LGA I 249 I 249 0.414 0 0.000 0.037 0.560 100.000 95.455 0.560 LGA G 250 G 250 0.153 0 0.035 0.035 0.506 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.401 0 0.054 0.095 0.482 100.000 100.000 0.382 LGA V 252 V 252 0.378 0 0.078 0.110 0.764 95.455 97.403 0.471 LGA K 253 K 253 0.373 0 0.068 0.153 1.004 95.455 88.081 1.004 LGA Y 254 Y 254 0.614 0 0.056 0.373 2.836 90.909 70.152 2.836 LGA K 255 K 255 0.725 0 0.247 0.640 2.061 74.091 71.919 0.372 LGA V 256 V 256 0.697 0 0.071 0.104 0.710 81.818 81.818 0.642 LGA R 257 R 257 0.628 0 0.072 1.213 5.760 81.818 57.686 4.324 LGA E 258 E 258 0.739 0 0.029 1.042 5.084 73.636 50.909 5.084 LGA K 259 K 259 1.178 0 0.019 0.308 2.134 65.455 64.242 2.134 LGA T 260 T 260 1.399 0 0.017 0.069 1.665 65.455 59.221 1.665 LGA K 261 K 261 1.344 0 0.091 0.850 5.757 65.455 44.444 5.757 LGA D 262 D 262 1.683 0 0.042 0.572 3.278 50.909 39.773 3.278 LGA G 263 G 263 1.379 0 0.128 0.128 1.486 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.353 0 0.028 0.515 2.196 65.455 60.808 2.196 LGA R 265 R 265 1.002 0 0.090 0.978 3.116 73.636 59.504 3.116 LGA T 266 T 266 1.172 0 0.051 0.188 1.537 65.455 63.377 1.139 LGA I 267 I 267 0.903 0 0.074 0.125 1.246 77.727 77.727 1.194 LGA R 268 R 268 0.902 0 0.000 0.961 2.213 81.818 65.620 2.208 LGA P 269 P 269 1.129 0 0.004 0.029 1.246 73.636 70.130 1.245 LGA E 270 E 270 0.947 0 0.021 0.945 3.796 77.727 62.424 2.420 LGA K 271 K 271 0.945 0 0.080 0.746 3.231 77.727 62.222 3.138 LGA E 272 E 272 0.912 0 0.119 0.187 1.862 81.818 67.879 1.625 LGA Q 273 Q 273 0.900 0 0.067 0.153 1.200 77.727 80.000 0.989 LGA I 274 I 274 0.631 0 0.071 0.121 1.011 81.818 79.773 1.011 LGA V 275 V 275 0.320 0 0.039 0.045 0.378 100.000 100.000 0.378 LGA V 276 V 276 0.336 0 0.000 0.024 0.471 100.000 100.000 0.471 LGA Q 277 Q 277 0.261 0 0.053 0.844 4.161 95.455 72.525 4.161 LGA D 278 D 278 0.185 0 0.036 0.102 0.628 100.000 97.727 0.628 LGA A 279 A 279 0.334 0 0.033 0.048 0.394 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.156 0 0.040 0.179 0.496 100.000 100.000 0.338 LGA A 281 A 281 0.273 0 0.000 0.000 0.434 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.261 0 0.000 0.041 0.501 100.000 97.403 0.501 LGA I 283 I 283 0.406 0 0.025 0.057 0.572 95.455 95.455 0.434 LGA I 284 I 284 0.437 0 0.021 0.127 0.534 90.909 95.455 0.270 LGA D 285 D 285 1.017 0 0.116 1.005 3.569 73.636 59.091 1.609 LGA K 286 K 286 0.971 0 0.051 0.300 1.098 77.727 74.545 1.064 LGA E 287 E 287 1.011 0 0.046 0.529 1.810 77.727 69.293 1.810 LGA Q 288 Q 288 0.744 0 0.000 0.435 1.912 81.818 78.384 0.570 LGA F 289 F 289 0.714 0 0.045 0.130 0.940 81.818 81.818 0.919 LGA Q 290 Q 290 0.975 0 0.018 1.122 3.056 81.818 67.475 3.056 LGA Q 291 Q 291 0.746 0 0.004 0.270 1.072 81.818 80.000 1.072 LGA S 292 S 292 0.573 0 0.067 0.681 2.499 81.818 74.545 2.499 LGA Q 293 Q 293 0.918 0 0.035 0.195 1.170 73.636 69.091 1.170 LGA V 294 V 294 1.085 0 0.021 0.059 1.210 69.545 67.792 1.055 LGA K 295 K 295 0.706 0 0.109 0.203 1.392 77.727 90.101 0.485 LGA I 296 I 296 0.995 0 0.041 0.060 1.462 73.636 75.682 0.607 LGA A 297 A 297 1.624 0 0.146 0.172 2.447 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.900 0 0.035 0.191 1.837 62.273 68.409 1.638 LGA K 299 K 299 3.230 0 0.348 1.048 13.877 40.000 17.980 13.877 LGA V 300 V 300 2.291 0 0.112 0.125 4.296 44.545 28.571 4.294 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.928 0.899 1.833 84.283 78.267 63.346 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.185 97.927 13.129 LGA_LOCAL RMSD: 0.928 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.928 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.928 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.705536 * X + -0.366106 * Y + -0.606783 * Z + 155.907379 Y_new = 0.478902 * X + 0.877440 * Y + 0.027434 * Z + 153.269562 Z_new = 0.522372 * X + -0.309945 * Y + 0.794394 * Z + 141.075546 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.596340 -0.549630 -0.372000 [DEG: 34.1678 -31.4915 -21.3140 ] ZXZ: -1.615977 0.652787 2.106306 [DEG: -92.5887 37.4019 120.6824 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS145_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS145_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.927 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS145_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT 4bqq_A 4kis_C 4kis_A 4kis_D 4kis_B ATOM 2717 N GLY 165 152.852 187.115 153.667 1.00 86.94 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.090 187.766 154.736 1.00 86.94 C ATOM 2722 C GLY 165 150.568 187.583 154.643 1.00 86.94 C ATOM 2723 O GLY 165 149.833 188.271 155.347 1.00 86.94 O ATOM 2724 N LYS 166 150.062 186.677 153.791 1.00 88.25 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.627 186.339 153.748 1.00 88.25 C ATOM 2728 C LYS 166 148.254 185.510 154.996 1.00 88.25 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.258 185.640 152.418 1.00 88.25 C ATOM 2732 O LYS 166 149.015 184.642 155.428 1.00 88.25 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.491 186.477 151.141 1.00 88.25 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.164 185.701 149.840 1.00 88.25 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.374 186.585 148.594 1.00 88.25 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.067 185.901 147.301 1.00 88.25 N ATOM 2746 N TRP 167 147.071 185.731 155.568 1.00 90.06 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.566 185.036 156.759 1.00 90.06 C ATOM 2750 C TRP 167 145.805 183.754 156.380 1.00 90.06 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.712 185.998 157.587 1.00 90.06 C ATOM 2754 O TRP 167 144.689 183.781 155.865 1.00 90.06 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.236 185.438 158.893 1.00 90.06 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.040 184.846 159.120 1.00 90.06 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.933 185.435 160.177 1.00 90.06 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.090 184.820 161.149 1.00 90.06 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.185 185.908 160.623 1.00 90.06 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.950 184.483 160.453 1.00 90.06 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 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ATOM 2837 CA PRO 173 142.851 188.135 165.630 1.00 93.00 C ATOM 2839 C PRO 173 141.848 189.256 165.931 1.00 93.00 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.289 188.654 165.758 1.00 93.00 C ATOM 2843 O PRO 173 141.494 190.017 165.040 1.00 93.00 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.966 188.322 164.427 1.00 93.00 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.831 188.063 163.446 1.00 93.00 C ATOM 2850 N TYR 174 141.457 189.401 167.197 1.00 94.62 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.695 190.569 167.658 1.00 94.62 C ATOM 2854 C TYR 174 141.436 191.868 167.324 1.00 94.62 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.521 190.455 169.170 1.00 94.62 C ATOM 2858 O TYR 174 142.658 191.906 167.479 1.00 94.62 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.630 191.520 169.769 1.00 94.62 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 140.192 192.564 170.529 1.00 94.62 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.239 191.471 169.558 1.00 94.62 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.364 193.568 171.064 1.00 94.62 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.405 192.447 170.131 1.00 94.62 C ATOM 2868 OH TYR 174 137.158 194.475 171.368 1.00 94.62 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.966 193.507 170.870 1.00 94.62 C ATOM 2871 N GLY 175 140.731 192.903 166.877 1.00 94.56 N ATOM 2873 CA GLY 175 141.322 194.114 166.297 1.00 94.56 C ATOM 2876 C GLY 175 141.432 194.075 164.770 1.00 94.56 C ATOM 2877 O GLY 175 141.670 195.113 164.161 1.00 94.56 O ATOM 2878 N TYR 176 141.247 192.910 164.137 1.00 95.69 N ATOM 2880 CA TYR 176 141.470 192.709 162.705 1.00 95.69 C ATOM 2882 C TYR 176 140.346 191.913 162.028 1.00 95.69 C ATOM 2883 CB TYR 176 142.797 191.968 162.488 1.00 95.69 C ATOM 2886 O TYR 176 139.805 190.952 162.571 1.00 95.69 O ATOM 2887 CG TYR 176 144.059 192.747 162.796 1.00 95.69 C ATOM 2888 CD1 TYR 176 144.501 193.722 161.884 1.00 95.69 C ATOM 2890 CD2 TYR 176 144.825 192.466 163.946 1.00 95.69 C ATOM 2892 CE1 TYR 176 145.700 194.418 162.112 1.00 95.69 C ATOM 2894 CE2 TYR 176 146.044 193.141 164.162 1.00 95.69 C ATOM 2896 OH TYR 176 147.652 194.781 163.447 1.00 95.69 O ATOM 2898 CZ TYR 176 146.481 194.123 163.247 1.00 95.69 C ATOM 2899 N GLN 177 140.088 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