####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS122_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS122_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.13 1.13 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.13 1.13 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 110 182 - 292 1.00 1.16 LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 110 183 - 293 0.99 1.16 LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 110 184 - 294 1.00 1.16 LCS_AVERAGE: 78.05 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 40 104 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 46 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 5 22 97 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 5 88 118 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 52 102 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 60 104 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 22 100 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 8 64 114 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 5 39 100 119 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 110 135 135 30 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 110 135 135 69 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 110 135 135 65 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 110 135 135 67 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 110 135 135 59 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 110 135 135 58 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 110 135 135 35 101 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 110 135 135 33 94 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 110 135 135 18 101 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 110 135 135 11 102 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 110 135 135 11 57 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 110 135 135 3 18 76 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 110 135 135 3 11 22 60 118 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 110 135 135 41 103 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 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135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 110 135 135 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 110 135 135 69 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 110 135 135 68 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 105 135 135 67 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 37 135 135 55 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 37 135 135 35 100 118 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 37 135 135 53 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 37 135 135 5 18 113 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 37 135 135 11 50 115 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 92.68 ( 78.05 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 105 120 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 77.78 88.89 95.56 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.55 0.73 0.91 0.96 1.01 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 GDT RMS_ALL_AT 1.56 1.29 1.20 1.14 1.14 1.14 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 1.13 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.319 0 0.007 0.007 1.413 65.455 65.455 - LGA K 166 K 166 0.955 0 0.040 0.106 1.861 77.727 67.879 1.861 LGA W 167 W 167 0.654 0 0.038 0.208 0.907 90.909 84.416 0.875 LGA I 168 I 168 0.530 0 0.022 1.557 4.804 78.182 59.318 4.804 LGA S 169 S 169 1.818 0 0.635 0.554 5.013 62.273 43.333 5.013 LGA G 170 G 170 2.160 0 0.185 0.185 2.160 44.545 44.545 - LGA L 171 L 171 1.733 0 0.000 1.314 5.910 50.909 39.318 2.722 LGA A 172 A 172 1.508 0 0.037 0.035 1.606 58.182 56.727 - LGA P 173 P 173 0.888 0 0.048 0.347 1.876 77.727 72.727 1.876 LGA Y 174 Y 174 0.536 0 0.012 0.186 0.971 86.364 86.364 0.971 LGA G 175 G 175 0.399 0 0.075 0.075 0.399 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.633 0 0.016 0.127 0.792 81.818 89.394 0.151 LGA Q 177 Q 177 1.098 0 0.076 0.334 1.781 69.545 65.657 1.087 LGA L 178 L 178 1.224 0 0.087 0.117 1.605 61.818 63.636 1.017 LGA N 179 N 179 1.526 0 0.181 0.659 4.719 70.000 41.364 4.719 LGA K 180 K 180 2.235 0 0.318 0.957 12.504 53.182 24.242 12.504 LGA K 181 K 181 3.100 0 0.335 0.977 9.885 36.364 16.364 9.885 LGA T 182 T 182 1.403 0 0.056 1.112 3.237 74.545 59.740 3.237 LGA S 183 S 183 1.274 0 0.132 0.123 1.545 65.455 63.030 1.545 LGA K 184 K 184 0.878 0 0.049 0.818 2.961 77.727 66.869 2.961 LGA L 185 L 185 0.600 0 0.059 0.078 0.656 81.818 90.909 0.269 LGA D 186 D 186 0.622 0 0.049 0.076 0.840 81.818 84.091 0.577 LGA P 187 P 187 0.702 0 0.042 0.083 1.624 70.000 75.065 0.751 LGA V 188 V 188 0.850 0 0.000 0.009 0.973 81.818 81.818 0.973 LGA E 189 E 189 0.832 0 0.011 0.335 1.801 81.818 76.566 1.801 LGA D 190 D 190 0.728 0 0.045 0.157 0.924 86.364 84.091 0.924 LGA E 191 E 191 0.495 0 0.037 0.053 1.088 95.455 86.061 1.088 LGA A 192 A 192 0.177 0 0.000 0.000 0.313 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.260 0 0.026 0.654 2.807 100.000 81.818 2.683 LGA V 194 V 194 0.069 0 0.032 0.044 0.213 100.000 100.000 0.202 LGA V 195 V 195 0.274 0 0.000 0.000 0.446 100.000 100.000 0.330 LGA Q 196 Q 196 0.420 0 0.038 0.257 1.038 100.000 90.303 1.038 LGA L 197 L 197 0.398 0 0.013 0.050 0.457 100.000 100.000 0.315 LGA I 198 I 198 0.256 0 0.078 0.089 0.609 95.455 95.455 0.336 LGA F 199 F 199 0.543 0 0.043 0.103 0.819 81.818 85.124 0.650 LGA N 200 N 200 0.532 0 0.051 0.846 3.146 90.909 70.682 3.146 LGA I 201 I 201 0.487 0 0.035 0.047 0.528 90.909 93.182 0.334 LGA F 202 F 202 0.586 0 0.000 0.060 1.055 86.364 80.496 1.036 LGA L 203 L 203 0.791 0 0.000 0.058 1.352 81.818 75.682 1.209 LGA N 204 N 204 0.568 0 0.031 0.046 1.161 90.909 80.227 1.104 LGA G 205 G 205 0.304 0 0.045 0.045 0.349 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.349 0 0.000 0.123 0.553 90.909 93.182 0.527 LGA N 207 N 207 0.943 0 0.046 0.277 1.491 73.636 71.591 1.168 LGA G 208 G 208 1.023 0 0.000 0.000 1.023 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 0.903 0 0.053 0.113 1.751 81.818 67.879 1.751 LGA D 210 D 210 0.724 0 0.095 0.355 0.758 81.818 84.091 0.609 LGA Y 211 Y 211 1.335 0 0.096 0.356 1.694 65.455 63.030 1.203 LGA S 212 S 212 1.962 0 0.691 0.767 5.835 46.364 32.727 5.835 LGA Y 213 Y 213 2.883 0 0.157 1.629 14.724 41.818 14.091 14.724 LGA A 215 A 215 0.749 0 0.205 0.218 1.865 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.302 0 0.019 0.180 0.752 100.000 95.455 0.752 LGA A 217 A 217 0.051 0 0.015 0.037 0.240 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.462 0 0.053 0.110 1.221 100.000 91.212 1.221 LGA H 219 H 219 0.261 0 0.030 0.034 0.299 100.000 100.000 0.192 LGA L 220 L 220 0.274 0 0.025 0.074 0.404 100.000 100.000 0.404 LGA T 221 T 221 0.251 0 0.000 0.042 0.331 100.000 100.000 0.211 LGA N 222 N 222 0.386 0 0.037 0.057 0.515 100.000 97.727 0.515 LGA L 223 L 223 0.397 0 0.061 0.073 0.685 100.000 93.182 0.685 LGA Q 224 Q 224 0.484 0 0.020 0.806 3.830 90.909 68.889 3.830 LGA I 225 I 225 0.562 0 0.045 0.135 0.604 81.818 88.636 0.345 LGA P 226 P 226 0.642 0 0.072 0.075 0.879 81.818 81.818 0.879 LGA T 227 T 227 0.370 0 0.038 0.170 0.576 90.909 94.805 0.414 LGA P 228 P 228 0.950 0 0.082 0.091 1.088 81.818 77.143 1.088 LGA S 229 S 229 0.862 0 0.134 0.123 0.886 81.818 81.818 0.862 LGA G 230 G 230 0.619 0 0.031 0.031 0.666 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.258 0 0.116 0.679 2.522 86.818 86.061 2.522 LGA K 232 K 232 0.260 0 0.128 0.913 3.649 95.455 73.131 3.649 LGA R 233 R 233 0.099 0 0.016 1.255 7.187 100.000 54.050 7.187 LGA W 234 W 234 0.379 0 0.058 0.095 0.496 100.000 100.000 0.291 LGA N 235 N 235 0.636 0 0.061 0.859 2.312 81.818 74.318 1.262 LGA Q 236 Q 236 0.269 0 0.037 0.838 3.858 95.455 74.747 0.728 LGA Y 237 Y 237 1.202 0 0.026 0.393 2.610 69.545 55.455 2.610 LGA T 238 T 238 0.961 0 0.029 0.310 1.393 81.818 77.143 1.393 LGA I 239 I 239 0.664 0 0.014 0.091 0.796 81.818 86.364 0.392 LGA K 240 K 240 1.098 0 0.073 0.596 4.870 69.545 50.707 4.870 LGA A 241 A 241 1.202 0 0.037 0.039 1.306 65.455 65.455 - LGA I 242 I 242 0.374 0 0.048 0.057 0.691 90.909 90.909 0.691 LGA L 243 L 243 0.591 0 0.041 0.130 0.876 81.818 81.818 0.663 LGA Q 244 Q 244 0.958 0 0.012 0.278 1.347 73.636 74.545 1.347 LGA N 245 N 245 0.918 0 0.000 0.088 0.978 81.818 81.818 0.975 LGA E 246 E 246 0.768 0 0.000 0.617 1.645 81.818 76.566 1.645 LGA V 247 V 247 0.492 0 0.000 0.054 0.628 95.455 92.208 0.628 LGA Y 248 Y 248 0.472 0 0.000 0.104 0.874 95.455 93.939 0.874 LGA I 249 I 249 0.533 0 0.061 0.091 0.963 90.909 86.364 0.963 LGA G 250 G 250 0.303 0 0.026 0.026 0.383 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.599 0 0.039 0.046 0.792 81.818 81.818 0.669 LGA V 252 V 252 0.563 0 0.047 0.132 0.750 81.818 84.416 0.680 LGA K 253 K 253 0.286 0 0.000 0.088 0.536 95.455 97.980 0.194 LGA Y 254 Y 254 0.637 0 0.029 0.328 2.793 90.909 67.424 2.793 LGA K 255 K 255 0.425 0 0.063 0.558 2.809 90.909 69.697 2.312 LGA V 256 V 256 0.369 0 0.094 0.106 0.497 100.000 100.000 0.412 LGA R 257 R 257 0.380 0 0.058 1.100 4.945 90.909 60.826 4.535 LGA E 258 E 258 0.947 0 0.035 0.981 4.947 70.000 50.909 4.947 LGA K 259 K 259 1.684 0 0.000 0.729 2.538 45.455 50.303 1.501 LGA T 260 T 260 2.785 0 0.021 0.125 3.118 27.727 27.532 2.950 LGA K 261 K 261 4.166 0 0.043 0.838 11.091 6.818 3.232 11.091 LGA D 262 D 262 3.868 0 0.089 0.837 4.124 14.545 12.045 3.948 LGA G 263 G 263 2.154 0 0.127 0.127 2.599 45.455 45.455 - LGA K 264 K 264 1.677 0 0.000 0.515 5.022 50.909 38.788 5.022 LGA R 265 R 265 1.053 0 0.087 1.018 2.499 61.818 60.826 2.149 LGA T 266 T 266 1.011 0 0.011 0.135 1.669 73.636 70.390 0.831 LGA I 267 I 267 0.788 0 0.034 0.082 1.450 81.818 75.682 1.450 LGA R 268 R 268 0.538 0 0.002 0.961 2.617 81.818 79.008 2.617 LGA P 269 P 269 0.973 0 0.000 0.013 1.106 81.818 77.143 1.025 LGA E 270 E 270 1.109 0 0.000 0.961 4.406 65.455 45.253 4.234 LGA K 271 K 271 1.332 0 0.051 0.634 1.593 65.455 73.333 0.497 LGA E 272 E 272 0.812 0 0.061 0.061 1.102 81.818 80.000 1.102 LGA Q 273 Q 273 0.593 0 0.014 0.056 0.694 81.818 81.818 0.539 LGA I 274 I 274 0.478 0 0.048 0.090 0.572 95.455 93.182 0.572 LGA V 275 V 275 0.187 0 0.030 0.036 0.432 100.000 100.000 0.432 LGA V 276 V 276 0.401 0 0.000 0.039 0.539 100.000 94.805 0.511 LGA Q 277 Q 277 0.359 0 0.048 0.614 2.524 100.000 79.596 2.524 LGA D 278 D 278 0.244 0 0.029 0.172 0.673 100.000 97.727 0.673 LGA A 279 A 279 0.398 0 0.029 0.047 0.482 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.283 0 0.037 0.240 0.730 100.000 94.545 0.536 LGA A 281 A 281 0.222 0 0.000 0.000 0.356 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.252 0 0.002 0.028 0.527 95.455 94.805 0.527 LGA I 283 I 283 0.288 0 0.053 0.072 0.528 95.455 97.727 0.393 LGA I 284 I 284 0.578 0 0.012 0.061 0.703 86.364 86.364 0.483 LGA D 285 D 285 0.886 0 0.008 0.524 1.697 77.727 73.864 1.697 LGA K 286 K 286 1.147 0 0.014 0.277 1.286 65.455 70.909 0.744 LGA E 287 E 287 1.313 0 0.032 0.123 1.530 65.455 62.222 1.336 LGA Q 288 Q 288 1.036 0 0.000 0.219 1.380 69.545 69.091 1.097 LGA F 289 F 289 1.056 0 0.025 0.111 1.191 65.455 65.455 1.123 LGA Q 290 Q 290 1.439 0 0.000 1.167 2.380 65.455 59.596 2.380 LGA Q 291 Q 291 1.258 0 0.000 0.209 1.433 65.455 65.455 1.433 LGA S 292 S 292 1.047 0 0.046 0.040 1.263 65.455 70.909 0.858 LGA Q 293 Q 293 1.429 0 0.023 0.208 1.697 58.182 57.374 1.697 LGA V 294 V 294 1.634 0 0.020 0.040 1.814 54.545 52.987 1.704 LGA K 295 K 295 1.204 0 0.052 0.124 1.347 65.455 72.727 0.621 LGA I 296 I 296 1.425 0 0.023 0.064 1.690 58.182 60.000 1.439 LGA A 297 A 297 1.945 0 0.121 0.145 2.509 45.000 43.636 - LGA N 298 N 298 1.048 0 0.053 0.581 2.057 65.455 66.136 2.057 LGA K 299 K 299 1.776 0 0.000 0.574 7.029 51.364 28.485 7.029 LGA V 300 V 300 1.712 0 0.104 0.111 2.293 51.364 51.429 2.247 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.130 1.095 1.899 79.118 74.139 60.244 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.13 93.333 96.819 10.975 LGA_LOCAL RMSD: 1.130 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.130 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.130 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.246373 * X + 0.403622 * Y + -0.881130 * Z + 155.709793 Y_new = -0.909541 * X + -0.410279 * Y + 0.066380 * Z + 153.258209 Z_new = -0.334716 * X + 0.817778 * Y + 0.468192 * Z + 142.975433 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.835325 0.341304 1.050830 [DEG: -105.1564 19.5553 60.2081 ] ZXZ: -1.645989 1.083552 -0.388498 [DEG: -94.3082 62.0830 -22.2593 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS122_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS122_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.13 96.819 1.13 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS122_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.832 187.817 153.232 1.00 70.42 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.137 188.512 154.315 1.00 70.96 C ATOM 1347 C GLY 165 150.619 188.322 154.324 1.00 74.75 C ATOM 1348 O GLY 165 149.908 189.080 154.982 1.00 72.00 O ATOM 1349 N LYS 166 150.095 187.344 153.598 1.00 70.19 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.669 187.023 153.575 1.00 69.74 C ATOM 1351 C LYS 166 148.279 186.215 154.808 1.00 69.48 C ATOM 1352 O LYS 166 149.057 185.404 155.310 1.00 67.89 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.302 186.289 152.276 1.00 68.74 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.499 187.170 151.026 1.00 68.24 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.202 186.395 149.744 1.00 66.90 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.404 187.286 148.512 1.00 61.19 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.322 186.515 147.247 1.00 56.13 N ATOM 1358 N TRP 167 147.061 186.417 155.270 1.00 75.60 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.517 185.669 156.404 1.00 75.34 C ATOM 1360 C TRP 167 146.012 184.301 155.959 1.00 73.47 C ATOM 1361 O TRP 167 145.155 184.202 155.081 1.00 68.98 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.421 186.483 157.078 1.00 74.87 C ATOM 1363 CG TRP 167 144.912 185.852 158.329 1.00 76.67 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.756 185.171 158.465 1.00 70.69 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.577 185.800 159.632 1.00 76.47 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.743 185.075 160.512 1.00 76.11 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 146.794 186.298 160.132 1.00 78.18 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.645 184.723 159.769 1.00 72.43 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.102 184.845 161.861 1.00 77.69 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.154 186.071 161.466 1.00 70.82 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.318 185.348 162.323 1.00 71.71 C ATOM 1372 N ILE 168 146.512 183.254 156.589 1.00 70.83 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.223 181.851 156.234 1.00 66.28 C ATOM 1374 C ILE 168 145.756 181.002 157.424 1.00 64.50 C ATOM 1375 O ILE 168 145.534 179.799 157.265 1.00 58.51 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.457 181.205 155.574 1.00 61.68 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.688 181.236 156.516 1.00 57.24 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.767 181.890 154.233 1.00 56.19 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.824 180.340 156.052 1.00 51.23 C ATOM 1380 N SER 169 145.641 181.599 158.604 1.00 65.83 N ATOM 1381 CA SER 169 145.395 180.867 159.855 1.00 64.15 C ATOM 1382 C SER 169 143.914 180.651 160.186 1.00 65.05 C ATOM 1383 O SER 169 143.597 180.180 161.275 1.00 58.73 O ATOM 1384 CB SER 169 146.127 181.537 161.018 1.00 57.54 C ATOM 1385 OG SER 169 147.519 181.543 160.772 1.00 52.25 O ATOM 1386 N GLY 170 143.008 180.972 159.272 1.00 64.17 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.561 180.885 159.483 1.00 64.82 C ATOM 1388 C GLY 170 140.947 182.257 159.747 1.00 69.67 C ATOM 1389 O GLY 170 141.145 183.181 158.954 1.00 66.09 O ATOM 1390 N LEU 171 140.216 182.362 160.852 1.00 69.69 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.567 183.608 161.256 1.00 70.96 C ATOM 1392 C LEU 171 140.606 184.698 161.551 1.00 75.22 C ATOM 1393 O LEU 171 141.666 184.420 162.112 1.00 71.83 O ATOM 1394 CB LEU 171 138.684 183.354 162.485 1.00 64.35 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.426 182.510 162.191 1.00 56.36 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 136.793 182.023 163.487 1.00 48.96 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.393 183.323 161.421 1.00 48.78 C ATOM 1398 N ALA 172 140.257 185.928 161.199 1.00 75.61 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.043 187.091 161.579 1.00 78.54 C ATOM 1400 C ALA 172 141.116 187.204 163.122 1.00 80.97 C ATOM 1401 O ALA 172 140.124 186.937 163.805 1.00 79.34 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.428 188.334 160.940 1.00 76.56 C ATOM 1403 N PRO 173 142.257 187.574 163.679 1.00 81.16 N ATOM 1404 CA PRO 173 142.370 187.824 165.111 1.00 82.52 C ATOM 1405 C PRO 173 141.572 189.068 165.503 1.00 84.31 C ATOM 1406 O PRO 173 141.307 189.944 164.677 1.00 82.44 O ATOM 1407 CB PRO 173 143.870 187.982 165.369 1.00 79.81 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.389 188.549 164.049 1.00 77.54 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.501 187.894 162.993 1.00 80.91 C ATOM 1410 N TYR 174 141.209 189.172 166.773 1.00 85.15 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.509 190.331 167.315 1.00 86.41 C ATOM 1412 C TYR 174 141.262 191.625 167.008 1.00 87.22 C ATOM 1413 O TYR 174 142.473 191.682 167.182 1.00 84.42 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.330 190.140 168.817 1.00 85.38 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.525 191.249 169.471 1.00 86.52 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.144 192.197 170.296 1.00 77.00 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.138 191.327 169.238 1.00 77.10 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.392 193.219 170.888 1.00 76.21 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.385 192.351 169.818 1.00 76.11 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.006 193.301 170.648 1.00 84.88 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.266 194.296 171.214 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