####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS112_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS112_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 35 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 54 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 62 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 43 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 4 6 57 119 125 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 31 105 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 35 106 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 35 107 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 67 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 62 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 62 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 62 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 62 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 61 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 61 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 30 99 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 27 96 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 95 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 21 96 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 11 66 117 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 26 61 120 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 9 15 49 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 46 101 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 62 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 62 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 41 104 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 37 91 120 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 51 107 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 6 61 87 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 93 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 68 109 121 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 50.37 80.74 89.63 96.30 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.55 0.66 0.82 0.87 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.13 1.02 1.02 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.838 0 0.041 0.041 0.934 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.815 0 0.026 0.190 2.430 81.818 68.283 2.430 LGA W 167 W 167 0.551 0 0.068 0.143 0.886 81.818 87.013 0.559 LGA I 168 I 168 0.599 0 0.201 0.365 2.109 78.636 65.000 2.109 LGA S 169 S 169 0.531 0 0.000 0.799 2.886 90.909 78.788 2.886 LGA G 170 G 170 0.622 0 0.014 0.014 0.622 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.527 0 0.011 1.424 4.620 81.818 62.500 1.539 LGA A 172 A 172 0.578 0 0.024 0.019 0.729 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.200 0 0.036 0.151 1.048 100.000 92.468 1.048 LGA Y 174 Y 174 0.230 0 0.000 0.160 0.668 100.000 92.424 0.668 LGA G 175 G 175 0.251 0 0.058 0.058 0.271 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.357 0 0.029 0.147 0.617 100.000 95.455 0.568 LGA Q 177 Q 177 0.602 0 0.070 0.692 2.830 86.364 74.141 0.783 LGA L 178 L 178 0.629 0 0.032 0.290 1.569 86.364 80.227 1.569 LGA N 179 N 179 0.892 0 0.160 0.654 4.359 70.000 45.000 4.359 LGA K 180 K 180 3.588 0 0.323 0.973 13.529 27.727 12.323 13.529 LGA K 181 K 181 1.488 0 0.343 1.016 8.526 82.273 39.798 8.526 LGA T 182 T 182 0.571 0 0.049 1.108 3.297 77.727 68.052 3.297 LGA S 183 S 183 1.172 0 0.189 0.176 1.509 69.545 65.758 1.509 LGA K 184 K 184 1.038 0 0.058 0.792 2.271 69.545 67.879 2.271 LGA L 185 L 185 0.558 0 0.038 0.155 0.931 86.364 88.636 0.532 LGA D 186 D 186 0.254 0 0.069 0.095 0.605 95.455 97.727 0.195 LGA P 187 P 187 0.452 0 0.000 0.200 1.328 86.818 89.870 0.481 LGA V 188 V 188 0.866 0 0.037 0.039 1.092 81.818 79.481 1.092 LGA E 189 E 189 0.869 0 0.026 0.720 3.487 81.818 69.495 3.487 LGA D 190 D 190 0.799 0 0.000 0.081 0.961 81.818 81.818 0.869 LGA E 191 E 191 0.621 0 0.067 0.116 0.972 90.909 85.859 0.972 LGA A 192 A 192 0.280 0 0.025 0.038 0.406 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.345 0 0.062 0.722 3.599 100.000 75.152 3.599 LGA V 194 V 194 0.488 0 0.039 0.059 0.560 100.000 94.805 0.560 LGA V 195 V 195 0.229 0 0.000 0.050 0.366 100.000 100.000 0.274 LGA Q 196 Q 196 0.261 0 0.046 0.317 1.627 100.000 85.253 1.576 LGA L 197 L 197 0.243 0 0.027 0.226 0.901 100.000 95.455 0.901 LGA I 198 I 198 0.460 0 0.078 0.129 0.697 100.000 95.455 0.444 LGA F 199 F 199 0.387 0 0.041 0.087 0.549 100.000 96.694 0.400 LGA N 200 N 200 0.367 0 0.064 0.823 2.684 95.455 82.045 2.684 LGA I 201 I 201 0.298 0 0.014 0.090 0.484 100.000 100.000 0.376 LGA F 202 F 202 0.525 0 0.000 0.094 0.867 86.364 83.471 0.867 LGA L 203 L 203 0.562 0 0.028 0.101 0.968 86.364 84.091 0.824 LGA N 204 N 204 0.461 0 0.040 0.116 1.154 90.909 84.318 0.759 LGA G 205 G 205 0.751 0 0.037 0.037 0.765 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.706 0 0.020 0.545 2.108 77.727 76.818 0.452 LGA N 207 N 207 1.413 0 0.073 0.292 1.758 58.182 60.000 1.317 LGA G 208 G 208 1.797 0 0.000 0.000 2.071 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.761 0 0.082 0.148 2.373 50.909 45.253 2.373 LGA D 210 D 210 1.644 0 0.073 0.321 1.644 54.545 60.227 0.991 LGA Y 211 Y 211 2.141 0 0.053 0.436 2.341 41.364 45.606 1.819 LGA S 212 S 212 2.671 0 0.699 0.737 5.990 25.909 18.182 5.990 LGA Y 213 Y 213 2.810 0 0.130 1.621 14.635 41.818 14.394 14.635 LGA A 215 A 215 1.273 0 0.167 0.171 2.147 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.493 0 0.019 0.174 0.715 95.455 95.455 0.193 LGA A 217 A 217 0.499 0 0.023 0.051 0.563 90.909 89.091 - LGA S 218 S 218 0.683 0 0.046 0.056 1.296 86.364 82.121 1.296 LGA H 219 H 219 0.448 0 0.054 0.075 0.674 100.000 89.091 0.674 LGA L 220 L 220 0.377 0 0.025 0.230 0.679 100.000 95.455 0.679 LGA T 221 T 221 0.097 0 0.033 0.066 0.324 100.000 100.000 0.324 LGA N 222 N 222 0.186 0 0.046 0.174 0.751 100.000 93.182 0.751 LGA L 223 L 223 0.545 0 0.025 0.209 1.138 90.909 84.318 0.798 LGA Q 224 Q 224 0.474 0 0.083 0.788 4.083 100.000 70.303 4.083 LGA I 225 I 225 0.557 0 0.060 0.127 0.560 86.364 90.909 0.519 LGA P 226 P 226 0.636 0 0.075 0.128 1.129 90.909 84.675 1.129 LGA T 227 T 227 0.134 0 0.057 0.184 0.525 100.000 97.403 0.224 LGA P 228 P 228 0.596 0 0.050 0.093 0.659 90.909 92.208 0.429 LGA S 229 S 229 0.598 0 0.052 0.407 2.089 90.909 80.606 2.089 LGA G 230 G 230 0.471 0 0.024 0.024 0.758 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.601 0 0.067 0.698 2.929 82.273 75.960 2.929 LGA K 232 K 232 0.669 0 0.129 0.853 3.376 81.818 65.051 3.376 LGA R 233 R 233 0.408 0 0.058 1.250 6.801 95.455 53.884 6.801 LGA W 234 W 234 0.315 0 0.051 0.082 0.455 100.000 100.000 0.154 LGA N 235 N 235 0.748 0 0.081 0.850 2.604 86.364 69.318 2.604 LGA Q 236 Q 236 0.524 0 0.053 0.874 3.533 90.909 73.131 1.883 LGA Y 237 Y 237 0.340 0 0.039 0.378 1.977 100.000 84.091 1.977 LGA T 238 T 238 0.286 0 0.024 0.461 1.393 100.000 92.468 1.393 LGA I 239 I 239 0.272 0 0.045 0.162 0.523 100.000 97.727 0.523 LGA K 240 K 240 0.426 0 0.066 0.657 4.337 100.000 74.545 4.337 LGA A 241 A 241 0.472 0 0.047 0.054 0.643 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.276 0 0.025 0.082 0.944 100.000 90.909 0.944 LGA L 243 L 243 0.111 0 0.046 0.099 0.414 100.000 100.000 0.204 LGA Q 244 Q 244 0.098 0 0.000 0.264 1.104 100.000 92.121 1.104 LGA N 245 N 245 0.403 0 0.058 0.089 0.520 95.455 97.727 0.407 LGA E 246 E 246 0.481 0 0.020 0.709 2.431 100.000 85.051 0.592 LGA V 247 V 247 0.292 0 0.000 0.528 1.246 100.000 90.130 1.150 LGA Y 248 Y 248 0.406 0 0.038 0.165 1.356 95.455 86.818 1.356 LGA I 249 I 249 0.479 0 0.087 0.109 0.900 100.000 90.909 0.885 LGA G 250 G 250 0.490 0 0.032 0.032 0.621 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.506 0 0.080 0.140 0.592 95.455 92.208 0.592 LGA V 252 V 252 0.476 0 0.021 0.168 0.900 90.909 89.610 0.900 LGA K 253 K 253 0.496 0 0.023 0.238 0.800 90.909 91.919 0.261 LGA Y 254 Y 254 0.766 0 0.039 0.327 3.001 81.818 62.576 3.001 LGA K 255 K 255 1.057 0 0.071 0.229 1.888 65.455 65.657 1.401 LGA V 256 V 256 1.246 0 0.090 0.180 1.564 69.545 65.714 1.207 LGA R 257 R 257 1.278 0 0.040 1.114 5.859 61.818 44.132 3.396 LGA E 258 E 258 1.439 0 0.116 1.094 5.615 55.000 37.172 5.615 LGA K 259 K 259 1.635 0 0.000 0.175 1.855 50.909 54.141 1.444 LGA T 260 T 260 1.776 0 0.021 0.199 2.396 50.909 49.091 1.885 LGA K 261 K 261 1.920 0 0.033 0.764 6.078 47.727 34.343 6.078 LGA D 262 D 262 2.042 0 0.046 0.880 4.083 44.545 31.364 4.083 LGA G 263 G 263 1.661 0 0.073 0.073 1.754 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.488 0 0.041 0.548 1.829 54.545 60.808 1.829 LGA R 265 R 265 1.200 0 0.086 0.983 3.384 65.455 58.678 3.384 LGA T 266 T 266 1.215 0 0.035 0.126 1.564 61.818 63.377 1.206 LGA I 267 I 267 0.953 0 0.010 0.096 1.026 77.727 79.773 0.924 LGA R 268 R 268 0.775 0 0.000 1.046 2.853 81.818 61.983 2.713 LGA P 269 P 269 0.690 0 0.018 0.130 1.248 81.818 79.481 1.248 LGA E 270 E 270 0.542 0 0.004 0.948 3.329 90.909 69.495 2.672 LGA K 271 K 271 0.428 0 0.047 0.731 3.386 100.000 71.515 2.842 LGA E 272 E 272 0.640 0 0.114 0.104 2.194 81.818 68.283 2.194 LGA Q 273 Q 273 0.897 0 0.047 0.094 1.168 81.818 80.000 0.942 LGA I 274 I 274 0.709 0 0.075 0.073 0.876 81.818 81.818 0.869 LGA V 275 V 275 0.377 0 0.021 0.041 0.517 100.000 97.403 0.478 LGA V 276 V 276 0.452 0 0.000 0.056 0.619 100.000 94.805 0.515 LGA Q 277 Q 277 0.458 0 0.040 0.613 3.206 95.455 71.919 3.206 LGA D 278 D 278 0.364 0 0.097 0.164 0.585 95.455 90.909 0.585 LGA A 279 A 279 0.435 0 0.037 0.072 0.535 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.201 0 0.049 0.162 0.443 100.000 100.000 0.285 LGA A 281 A 281 0.340 0 0.000 0.000 0.559 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.402 0 0.027 0.096 1.076 90.909 84.675 1.076 LGA I 283 I 283 0.517 0 0.051 0.122 0.863 86.364 84.091 0.810 LGA I 284 I 284 0.529 0 0.000 0.080 0.775 81.818 88.636 0.775 LGA D 285 D 285 0.842 0 0.048 0.527 2.216 81.818 68.409 1.876 LGA K 286 K 286 0.848 0 0.014 0.324 2.180 81.818 66.869 2.011 LGA E 287 E 287 0.860 0 0.046 0.293 1.564 81.818 72.929 1.378 LGA Q 288 Q 288 0.577 0 0.000 0.228 1.146 86.364 82.020 1.146 LGA F 289 F 289 0.586 0 0.047 0.149 1.005 81.818 80.331 0.939 LGA Q 290 Q 290 0.901 0 0.058 1.061 3.026 81.818 73.131 3.026 LGA Q 291 Q 291 0.697 0 0.000 0.197 1.337 81.818 76.364 1.337 LGA S 292 S 292 0.574 0 0.068 0.714 2.559 81.818 72.727 2.559 LGA Q 293 Q 293 0.873 0 0.029 0.315 1.705 73.636 69.495 1.513 LGA V 294 V 294 1.056 0 0.036 0.089 1.126 73.636 70.130 1.126 LGA K 295 K 295 0.639 0 0.041 0.130 0.980 81.818 87.879 0.525 LGA I 296 I 296 1.140 0 0.033 0.108 1.563 65.909 67.955 0.970 LGA A 297 A 297 1.659 0 0.078 0.091 2.214 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.041 0 0.103 0.570 2.385 55.000 66.818 1.823 LGA K 299 K 299 3.325 0 0.438 0.894 13.792 40.000 17.980 13.792 LGA V 300 V 300 2.520 0 0.130 0.171 4.757 30.000 18.961 4.757 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.993 0.966 1.877 82.916 76.127 58.839 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 94.259 97.300 12.346 LGA_LOCAL RMSD: 0.993 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.994 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.993 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.621999 * X + 0.259407 * Y + 0.738800 * Z + 157.574921 Y_new = 0.766298 * X + 0.395603 * Y + 0.506247 * Z + 152.469971 Z_new = -0.160948 * X + 0.881026 * Y + -0.444848 * Z + 141.357620 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.252627 0.161651 2.038372 [DEG: 129.0660 9.2619 116.7901 ] ZXZ: 2.171540 2.031801 -0.180690 [DEG: 124.4200 116.4136 -10.3527 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS112_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS112_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.300 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS112_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT casp16.T1228v1.chA.T1228v1_unrelaxed_rank_004_alphafold2_multimer_v3_model_1_seed_000 ATOM 1345 N GLY 165 152.811 186.796 153.507 1.00 37.81 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.212 187.575 154.575 1.00 35.47 C ATOM 1347 C GLY 165 150.707 187.412 154.665 1.00 31.18 C ATOM 1348 O GLY 165 150.034 188.158 155.380 1.00 30.51 O ATOM 1349 N LYS 166 150.155 186.463 153.924 1.00 30.80 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.723 186.205 153.964 1.00 30.80 C ATOM 1351 C LYS 166 148.334 185.418 155.213 1.00 30.80 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.287 185.446 152.713 1.00 35.80 C ATOM 1353 O LYS 166 149.149 184.685 155.763 1.00 29.53 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.443 186.240 151.424 1.00 38.51 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.902 185.468 150.227 1.00 42.99 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.027 186.278 148.940 1.00 49.17 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.536 185.506 147.747 1.00 54.82 N ATOM 1358 N TRP 167 147.129 185.717 155.664 1.00 32.18 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.608 184.960 156.795 1.00 33.31 C ATOM 1360 C TRP 167 145.915 183.689 156.329 1.00 39.30 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.641 185.816 157.618 1.00 33.06 C ATOM 1362 O TRP 167 144.844 183.734 155.737 1.00 46.86 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.248 185.203 158.931 1.00 34.77 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.117 184.483 159.198 1.00 39.85 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.985 185.263 160.159 1.00 37.50 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.238 184.554 161.123 1.00 42.67 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.205 185.843 160.532 1.00 38.32 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.100 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ATOM 1403 N PRO 173 142.695 187.428 164.342 1.00 45.37 N ATOM 1404 CA PRO 173 142.853 187.886 165.720 1.00 51.72 C ATOM 1405 C PRO 173 141.987 189.092 166.073 1.00 45.65 C ATOM 1406 CB PRO 173 144.336 188.249 165.795 1.00 49.07 C ATOM 1407 O PRO 173 141.601 189.854 165.170 1.00 39.10 O ATOM 1408 CG PRO 173 144.883 187.922 164.451 1.00 43.81 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.742 187.501 163.557 1.00 41.36 C ATOM 1410 N TYR 174 141.688 189.237 167.336 1.00 49.81 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.874 190.350 167.822 1.00 43.40 C ATOM 1412 C TYR 174 141.464 191.673 167.373 1.00 35.80 C ATOM 1413 CB TYR 174 140.732 190.309 169.336 1.00 44.07 C ATOM 1414 O TYR 174 142.651 191.944 167.576 1.00 34.35 O ATOM 1415 CG TYR 174 139.765 191.310 169.881 1.00 37.56 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.209 192.432 170.594 1.00 32.46 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.391 191.177 169.706 1.00 39.17 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.321 193.368 171.109 1.00 31.61 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.487 192.097 170.198 1.00 40.56 C ATOM 1420 OH TYR 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194.265 163.468 1.00 29.23 C ATOM 1438 N GLN 177 140.237 192.063 160.767 1.00 39.10 N ATOM 1439 CA GLN 177 139.396 191.237 159.895 1.00 45.55 C ATOM 1440 C GLN 177 140.136 190.803 158.649 1.00 41.36 C ATOM 1441 CB GLN 177 138.134 192.046 159.496 1.00 50.03 C ATOM 1442 O GLN 177 141.095 191.449 158.219 1.00 34.56 O ATOM 1443 CG GLN 177 138.185 192.561 158.062 1.00 45.55 C ATOM 1444 CD GLN 177 136.944 193.353 157.699 1.00 51.49 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 136.818 193.717 156.420 1.00 55.75 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 136.085 193.649 158.546 1.00 57.00 O ATOM 1447 N LEU 178 139.768 189.675 158.200 1.00 48.04 N ATOM 1448 CA LEU 178 140.424 189.140 157.006 1.00 43.15 C ATOM 1449 C LEU 178 139.854 189.758 155.743 1.00 42.43 C ATOM 1450 CB LEU 178 140.295 187.598 156.955 1.00 50.14 C ATOM 1451 O LEU 178 138.638 189.747 155.538 1.00 49.49 O ATOM 1452 CG LEU 178 141.243 186.864 156.012 1.00 44.93 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 142.560 186.575 156.730 1.00 41.66 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 140.600 185.582 155.501 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ATOM 1869 CB LYS 232 129.066 189.268 178.984 1.00 53.41 C ATOM 1870 O LYS 232 131.941 190.606 179.488 1.00 45.83 O ATOM 1871 CG LYS 232 127.866 189.723 178.212 1.00 54.04 C ATOM 1872 CD LYS 232 126.613 189.786 179.085 1.00 55.08 C ATOM 1873 CE LYS 232 125.394 190.220 178.291 1.00 56.86 C ATOM 1874 NZ LYS 232 124.164 190.300 179.149 1.00 59.52 N ATOM 1875 N ARG 233 132.100 188.391 179.585 1.00 45.65 N ATOM 1876 CA ARG 233 133.149 188.481 180.619 1.00 42.99 C ATOM 1877 C ARG 233 134.521 188.204 180.020 1.00 42.43 C ATOM 1878 CB ARG 233 132.864 187.463 181.728 1.00 50.14 C ATOM 1879 O ARG 233 134.737 187.179 179.352 1.00 49.17 O ATOM 1880 CG ARG 233 132.459 188.104 183.048 1.00 50.14 C ATOM 1881 CD ARG 233 132.290 187.098 184.153 1.00 53.92 C ATOM 1882 NE ARG 233 131.817 187.711 185.400 1.00 53.16 N ATOM 1883 NH1 ARG 233 131.797 185.746 186.608 1.00 58.31 N ATOM 1884 NH2 ARG 233 131.198 187.712 187.604 1.00 58.01 N ATOM 1885 CZ ARG 233 131.607 187.046 186.541 1.00 53.66 C ATOM 1886 N TRP 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C ALA 241 147.523 187.812 173.920 1.00 44.49 C ATOM 1956 CB ALA 241 146.348 185.665 174.450 1.00 55.75 C ATOM 1957 O ALA 241 148.352 187.822 172.998 1.00 46.29 O ATOM 1958 N ILE 242 146.699 188.675 174.130 1.00 41.51 N ATOM 1959 CA ILE 242 146.658 189.846 173.261 1.00 38.90 C ATOM 1960 C ILE 242 147.940 190.660 173.441 1.00 32.78 C ATOM 1961 CB ILE 242 145.431 190.732 173.580 1.00 37.20 C ATOM 1962 O ILE 242 148.541 191.105 172.462 1.00 31.35 O ATOM 1963 CG1 ILE 242 144.143 190.041 173.134 1.00 44.84 C ATOM 1964 CG2 ILE 242 145.578 192.100 172.922 1.00 32.05 C ATOM 1965 CD1 ILE 242 142.873 190.767 173.538 1.00 39.24 C ATOM 1966 N LEU 243 148.409 190.744 174.649 1.00 30.11 N ATOM 1967 CA LEU 243 149.592 191.547 174.968 1.00 26.93 C ATOM 1968 C LEU 243 150.846 190.894 174.395 1.00 30.47 C ATOM 1969 CB LEU 243 149.727 191.728 176.479 1.00 24.91 C ATOM 1970 O LEU 243 151.847 191.574 174.150 1.00 30.43 O ATOM 1971 CG LEU 243 148.788 192.739 177.153 1.00 22.33 C ATOM 1972 CD1 LEU 243 148.733 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O ATOM 2197 CG GLU 270 162.991 180.664 166.369 1.00 50.47 C ATOM 2198 CD GLU 270 163.897 181.638 167.119 1.00 51.96 C ATOM 2199 OE1 GLU 270 163.393 182.431 167.939 1.00 56.86 O ATOM 2200 OE2 GLU 270 165.118 181.594 166.850 1.00 57.14 O ATOM 2201 N LYS 271 164.082 177.887 162.808 1.00 46.76 N ATOM 2202 CA LYS 271 164.511 177.838 161.408 1.00 49.28 C ATOM 2203 C LYS 271 163.426 177.251 160.519 1.00 46.95 C ATOM 2204 CB LYS 271 165.802 177.032 161.266 1.00 50.69 C ATOM 2205 O LYS 271 163.426 177.465 159.306 1.00 55.62 O ATOM 2206 CG LYS 271 166.945 177.535 162.158 1.00 55.08 C ATOM 2207 CD LYS 271 168.247 176.805 161.854 1.00 55.62 C ATOM 2208 CE LYS 271 169.373 177.275 162.748 1.00 56.44 C ATOM 2209 NZ LYS 271 170.673 176.623 162.410 1.00 57.57 N ATOM 2210 N GLU 272 162.470 176.635 161.042 1.00 42.83 N ATOM 2211 CA GLU 272 161.426 175.971 160.264 1.00 48.86 C ATOM 2212 C GLU 272 160.122 176.758 160.312 1.00 44.93 C ATOM 2213 CB GLU 272 161.198 174.547 160.775 1.00 46.48 C ATOM 2214 O GLU 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