####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS112_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS112_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 45 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 57 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 61 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 68 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 35 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 50 117 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 108 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 61 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 35 108 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 35 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 66 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 66 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 57 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 57 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 66 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 57 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 57 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 24 94 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 46 109 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 62 117 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 110 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 81.48 94.07 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.53 0.72 0.78 0.84 0.88 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.07 0.98 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.864 0 0.025 0.025 0.934 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.819 0 0.018 0.200 2.300 81.818 68.283 2.300 LGA W 167 W 167 0.520 0 0.087 0.141 0.860 81.818 88.312 0.612 LGA I 168 I 168 0.486 0 0.193 0.372 1.953 83.182 70.682 1.953 LGA S 169 S 169 0.387 0 0.000 0.713 2.594 100.000 87.879 2.594 LGA G 170 G 170 0.622 0 0.019 0.019 0.622 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.603 0 0.022 1.307 4.543 81.818 64.318 1.288 LGA A 172 A 172 0.797 0 0.036 0.031 0.940 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.356 0 0.047 0.092 1.035 95.455 87.273 1.035 LGA Y 174 Y 174 0.211 0 0.000 0.157 0.770 100.000 92.424 0.770 LGA G 175 G 175 0.405 0 0.072 0.072 0.411 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.494 0 0.022 0.154 0.689 90.909 90.909 0.509 LGA Q 177 Q 177 0.793 0 0.046 0.505 1.636 81.818 76.566 1.174 LGA L 178 L 178 0.795 0 0.038 0.085 1.119 81.818 79.773 1.119 LGA N 179 N 179 0.917 0 0.178 0.640 4.395 73.636 45.000 4.395 LGA K 180 K 180 3.522 0 0.314 0.979 13.233 27.727 12.323 13.233 LGA K 181 K 181 1.600 0 0.345 0.979 8.249 74.545 36.364 8.249 LGA T 182 T 182 0.536 0 0.048 1.117 3.258 81.818 68.052 3.258 LGA S 183 S 183 1.179 0 0.196 0.174 1.398 73.636 70.909 1.398 LGA K 184 K 184 1.001 0 0.046 0.774 2.190 69.545 67.879 2.190 LGA L 185 L 185 0.569 0 0.034 0.048 0.667 81.818 90.909 0.316 LGA D 186 D 186 0.325 0 0.082 0.089 0.757 95.455 97.727 0.194 LGA P 187 P 187 0.525 0 0.000 0.119 1.441 78.182 82.338 0.595 LGA V 188 V 188 1.003 0 0.046 0.037 1.231 69.545 67.792 1.231 LGA E 189 E 189 0.982 0 0.067 0.530 2.517 81.818 73.939 2.517 LGA D 190 D 190 0.967 0 0.000 0.072 1.166 81.818 73.636 1.166 LGA E 191 E 191 0.771 0 0.062 0.109 1.255 86.364 80.202 1.255 LGA A 192 A 192 0.371 0 0.000 0.020 0.477 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.418 0 0.060 0.662 3.098 100.000 75.758 3.098 LGA V 194 V 194 0.488 0 0.036 0.051 0.543 100.000 97.403 0.480 LGA V 195 V 195 0.185 0 0.000 0.046 0.361 100.000 100.000 0.222 LGA Q 196 Q 196 0.263 0 0.042 0.280 1.413 100.000 88.485 1.407 LGA L 197 L 197 0.245 0 0.033 0.060 0.420 100.000 100.000 0.420 LGA I 198 I 198 0.343 0 0.077 0.121 0.524 100.000 97.727 0.321 LGA F 199 F 199 0.289 0 0.043 0.063 0.417 100.000 100.000 0.387 LGA N 200 N 200 0.318 0 0.045 0.661 1.598 100.000 89.545 1.598 LGA I 201 I 201 0.216 0 0.033 0.071 0.338 100.000 100.000 0.218 LGA F 202 F 202 0.321 0 0.000 0.088 0.562 100.000 96.694 0.562 LGA L 203 L 203 0.452 0 0.025 0.120 1.050 100.000 88.864 0.840 LGA N 204 N 204 0.244 0 0.053 0.113 0.895 95.455 90.909 0.619 LGA G 205 G 205 0.592 0 0.049 0.049 0.613 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.654 0 0.030 0.605 2.175 81.818 78.636 0.695 LGA N 207 N 207 1.347 0 0.091 0.275 1.559 65.455 63.636 1.337 LGA G 208 G 208 1.641 0 0.023 0.023 1.987 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.538 0 0.074 0.128 2.053 61.818 52.929 2.049 LGA D 210 D 210 1.401 0 0.084 0.456 1.431 65.455 69.545 0.878 LGA Y 211 Y 211 1.908 0 0.070 0.453 2.218 50.909 48.788 1.631 LGA S 212 S 212 2.349 0 0.707 0.790 5.903 34.545 24.848 5.903 LGA Y 213 Y 213 2.879 0 0.123 1.619 14.737 38.636 13.030 14.737 LGA A 215 A 215 1.079 0 0.166 0.173 2.055 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.382 0 0.000 0.175 0.562 100.000 97.727 0.291 LGA A 217 A 217 0.376 0 0.023 0.046 0.453 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.543 0 0.045 0.078 1.269 90.909 85.152 1.269 LGA H 219 H 219 0.373 0 0.060 0.065 0.631 100.000 94.545 0.631 LGA L 220 L 220 0.311 0 0.026 0.139 0.514 100.000 97.727 0.514 LGA T 221 T 221 0.092 0 0.010 0.043 0.201 100.000 100.000 0.150 LGA N 222 N 222 0.181 0 0.036 0.082 0.389 100.000 100.000 0.322 LGA L 223 L 223 0.571 0 0.032 0.064 1.017 81.818 79.773 0.939 LGA Q 224 Q 224 0.453 0 0.098 0.860 4.509 100.000 68.081 4.509 LGA I 225 I 225 0.480 0 0.077 0.118 0.480 100.000 100.000 0.368 LGA P 226 P 226 0.627 0 0.080 0.097 1.001 86.364 82.078 1.001 LGA T 227 T 227 0.208 0 0.059 0.157 0.420 100.000 100.000 0.299 LGA P 228 P 228 0.708 0 0.052 0.075 0.743 81.818 84.416 0.658 LGA S 229 S 229 0.584 0 0.063 0.138 1.015 90.909 85.152 1.015 LGA G 230 G 230 0.558 0 0.043 0.043 0.777 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.474 0 0.070 0.698 2.918 86.818 80.000 2.918 LGA K 232 K 232 0.569 0 0.141 0.900 3.741 81.818 63.030 3.741 LGA R 233 R 233 0.413 0 0.049 1.322 7.635 100.000 52.397 7.635 LGA W 234 W 234 0.247 0 0.052 0.087 0.404 100.000 100.000 0.123 LGA N 235 N 235 0.600 0 0.087 0.919 2.827 86.364 75.227 2.827 LGA Q 236 Q 236 0.452 0 0.048 0.869 3.417 100.000 81.010 0.585 LGA Y 237 Y 237 0.498 0 0.027 0.346 2.094 95.455 78.636 2.094 LGA T 238 T 238 0.299 0 0.000 0.231 0.741 100.000 97.403 0.741 LGA I 239 I 239 0.280 0 0.014 0.092 0.320 100.000 100.000 0.202 LGA K 240 K 240 0.498 0 0.062 0.673 4.637 100.000 70.101 4.637 LGA A 241 A 241 0.436 0 0.040 0.044 0.605 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.306 0 0.020 0.071 0.966 100.000 90.909 0.966 LGA L 243 L 243 0.245 0 0.048 0.146 0.528 95.455 97.727 0.342 LGA Q 244 Q 244 0.227 0 0.000 0.258 1.162 95.455 90.101 1.162 LGA N 245 N 245 0.578 0 0.041 0.082 0.702 81.818 81.818 0.582 LGA E 246 E 246 0.524 0 0.051 0.731 2.529 86.364 77.778 0.545 LGA V 247 V 247 0.283 0 0.022 0.102 0.343 100.000 100.000 0.225 LGA Y 248 Y 248 0.390 0 0.049 0.171 1.315 95.455 88.182 1.315 LGA I 249 I 249 0.425 0 0.057 0.087 0.831 100.000 90.909 0.831 LGA G 250 G 250 0.396 0 0.046 0.046 0.503 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.509 0 0.080 0.096 0.680 86.364 84.416 0.596 LGA V 252 V 252 0.482 0 0.026 0.111 0.661 90.909 92.208 0.563 LGA K 253 K 253 0.480 0 0.016 0.251 0.709 90.909 87.879 0.509 LGA Y 254 Y 254 0.630 0 0.047 0.311 2.940 81.818 65.758 2.940 LGA K 255 K 255 0.722 0 0.064 0.560 3.806 81.818 58.586 3.437 LGA V 256 V 256 0.891 0 0.086 0.132 0.987 81.818 81.818 0.885 LGA R 257 R 257 0.717 0 0.037 1.095 5.338 81.818 56.033 4.004 LGA E 258 E 258 1.002 0 0.105 0.909 4.493 65.909 48.889 4.493 LGA K 259 K 259 1.087 0 0.000 0.149 1.199 69.545 69.091 1.005 LGA T 260 T 260 1.296 0 0.028 0.150 1.778 65.455 63.377 1.420 LGA K 261 K 261 1.431 0 0.035 0.734 5.417 58.182 43.636 5.417 LGA D 262 D 262 1.661 0 0.052 0.904 3.820 50.909 38.864 3.820 LGA G 263 G 263 1.232 0 0.064 0.064 1.350 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.408 0 0.052 0.541 2.127 58.182 59.192 2.127 LGA R 265 R 265 1.096 0 0.066 1.018 3.197 65.455 57.355 3.197 LGA T 266 T 266 1.167 0 0.034 0.113 1.417 65.455 65.455 1.151 LGA I 267 I 267 0.983 0 0.008 0.091 1.352 69.545 69.545 1.352 LGA R 268 R 268 0.853 0 0.011 1.062 2.715 81.818 63.306 2.691 LGA P 269 P 269 1.008 0 0.017 0.068 1.372 73.636 70.130 1.372 LGA E 270 E 270 0.774 0 0.011 0.877 3.706 81.818 63.030 2.772 LGA K 271 K 271 0.702 0 0.054 0.697 2.759 81.818 69.091 2.336 LGA E 272 E 272 0.832 0 0.112 0.104 2.455 81.818 64.848 2.455 LGA Q 273 Q 273 0.842 0 0.032 0.068 1.021 81.818 80.000 0.850 LGA I 274 I 274 0.573 0 0.078 0.080 0.711 81.818 81.818 0.711 LGA V 275 V 275 0.289 0 0.036 0.063 0.472 100.000 100.000 0.429 LGA V 276 V 276 0.386 0 0.000 0.040 0.569 100.000 97.403 0.469 LGA Q 277 Q 277 0.442 0 0.055 0.677 3.524 100.000 73.131 3.524 LGA D 278 D 278 0.309 0 0.115 0.161 0.672 95.455 90.909 0.672 LGA A 279 A 279 0.433 0 0.039 0.063 0.528 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.249 0 0.047 0.215 0.480 100.000 100.000 0.331 LGA A 281 A 281 0.303 0 0.000 0.000 0.504 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.281 0 0.016 0.052 0.734 95.455 92.208 0.734 LGA I 283 I 283 0.435 0 0.044 0.101 0.786 90.909 90.909 0.710 LGA I 284 I 284 0.477 0 0.000 0.061 0.576 90.909 95.455 0.371 LGA D 285 D 285 0.808 0 0.052 1.034 4.186 81.818 62.955 1.719 LGA K 286 K 286 0.797 0 0.024 0.241 1.491 81.818 76.364 1.491 LGA E 287 E 287 0.906 0 0.035 0.281 1.005 81.818 80.000 0.915 LGA Q 288 Q 288 0.679 0 0.000 0.295 1.775 81.818 74.747 1.775 LGA F 289 F 289 0.617 0 0.041 0.147 1.022 81.818 80.331 0.968 LGA Q 290 Q 290 0.947 0 0.052 1.151 3.006 81.818 67.475 3.006 LGA Q 291 Q 291 0.785 0 0.016 0.169 1.142 81.818 78.182 1.142 LGA S 292 S 292 0.579 0 0.067 0.690 2.642 81.818 72.727 2.642 LGA Q 293 Q 293 0.869 0 0.032 0.270 1.496 73.636 72.727 1.448 LGA V 294 V 294 1.062 0 0.030 0.082 1.137 73.636 70.130 1.137 LGA K 295 K 295 0.636 0 0.046 0.166 1.021 81.818 80.000 1.021 LGA I 296 I 296 1.041 0 0.031 0.097 1.424 69.545 71.591 0.911 LGA A 297 A 297 1.596 0 0.067 0.082 2.164 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.101 0 0.097 0.571 2.356 55.000 69.091 1.802 LGA K 299 K 299 3.113 0 0.435 0.874 13.695 47.273 21.212 13.695 LGA V 300 V 300 2.272 0 0.087 0.128 4.641 41.364 26.234 4.641 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.926 0.897 1.842 84.047 77.490 60.581 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 94.630 97.745 13.156 LGA_LOCAL RMSD: 0.926 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.926 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.926 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.706370 * X + -0.365063 * Y + -0.606441 * Z + 155.842896 Y_new = 0.478280 * X + 0.877738 * Y + 0.028715 * Z + 153.245956 Z_new = 0.521814 * X + -0.310332 * Y + 0.794610 * Z + 141.098785 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.595188 -0.548976 -0.372330 [DEG: 34.1018 -31.4540 -21.3330 ] ZXZ: -1.618110 0.652432 2.107323 [DEG: -92.7109 37.3816 120.7407 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS112_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS112_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.745 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS112_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT casp16.T1228v1.chA.T1228v1_unrelaxed_rank_002_alphafold2_multimer_v3_model_5_seed_000 ATOM 1345 N GLY 165 152.780 186.971 153.588 1.00 39.37 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.162 187.760 154.632 1.00 37.08 C ATOM 1347 C GLY 165 150.658 187.599 154.689 1.00 32.05 C ATOM 1348 O GLY 165 149.972 188.397 155.336 1.00 30.67 O ATOM 1349 N LYS 166 150.098 186.604 153.993 1.00 30.63 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.664 186.330 154.000 1.00 30.35 C ATOM 1351 C LYS 166 148.255 185.548 155.240 1.00 29.45 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.252 185.570 152.739 1.00 34.67 C ATOM 1353 O LYS 166 149.057 184.798 155.800 1.00 28.61 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.489 186.334 151.447 1.00 35.86 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.971 185.583 150.234 1.00 40.56 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.214 186.350 148.946 1.00 46.20 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.656 185.627 147.760 1.00 55.08 N ATOM 1358 N TRP 167 147.106 185.863 155.668 1.00 31.22 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.545 185.115 156.783 1.00 32.69 C ATOM 1360 C TRP 167 145.816 183.872 156.290 1.00 39.51 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.579 185.994 157.586 1.00 31.61 C ATOM 1362 O TRP 167 144.717 183.952 155.744 1.00 46.67 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.142 185.383 158.887 1.00 33.35 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.006 184.674 159.127 1.00 37.44 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.846 185.438 160.130 1.00 36.31 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.068 184.737 161.075 1.00 41.66 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.064 186.015 160.527 1.00 37.02 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.950 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ATOM 1403 N PRO 173 142.620 187.571 164.218 1.00 41.89 N ATOM 1404 CA PRO 173 142.800 187.999 165.618 1.00 47.44 C ATOM 1405 C PRO 173 141.917 189.202 165.981 1.00 43.90 C ATOM 1406 CB PRO 173 144.274 188.381 165.667 1.00 45.11 C ATOM 1407 O PRO 173 141.512 189.949 165.095 1.00 39.92 O ATOM 1408 CG PRO 173 144.869 187.828 164.411 1.00 42.51 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.749 187.583 163.427 1.00 38.64 C ATOM 1410 N TYR 174 141.614 189.297 167.261 1.00 48.86 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.794 190.394 167.756 1.00 44.15 C ATOM 1412 C TYR 174 141.379 191.740 167.347 1.00 36.66 C ATOM 1413 CB TYR 174 140.637 190.321 169.292 1.00 45.28 C ATOM 1414 O TYR 174 142.588 191.971 167.534 1.00 34.51 O ATOM 1415 CG TYR 174 139.707 191.357 169.841 1.00 38.19 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.197 192.462 170.529 1.00 33.40 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.322 191.244 169.694 1.00 40.13 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.334 193.428 171.055 1.00 32.41 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.453 192.188 170.214 1.00 40.06 C ATOM 1420 OH TYR 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1.00 55.35 C ATOM 1455 N ASN 179 140.664 190.572 154.967 1.00 38.51 N ATOM 1456 CA ASN 179 140.304 191.055 153.633 1.00 42.04 C ATOM 1457 C ASN 179 140.182 189.904 152.638 1.00 40.84 C ATOM 1458 CB ASN 179 141.336 192.059 153.145 1.00 40.34 C ATOM 1459 O ASN 179 141.168 189.266 152.292 1.00 36.43 O ATOM 1460 CG ASN 179 140.900 192.734 151.844 1.00 47.74 C ATOM 1461 ND2 ASN 179 141.183 194.019 151.719 1.00 54.95 N ATOM 1462 OD1 ASN 179 140.333 192.081 150.963 1.00 49.07 O ATOM 1463 N LYS 180 139.103 189.649 152.177 1.00 46.67 N ATOM 1464 CA LYS 180 138.828 188.512 151.301 1.00 46.48 C ATOM 1465 C LYS 180 139.555 188.633 149.982 1.00 47.44 C ATOM 1466 CB LYS 180 137.317 188.374 151.077 1.00 51.96 C ATOM 1467 O LYS 180 139.860 187.639 149.327 1.00 54.17 O ATOM 1468 CG LYS 180 136.545 187.955 152.311 1.00 51.72 C ATOM 1469 CD LYS 180 135.059 187.765 152.011 1.00 55.89 C ATOM 1470 CE LYS 180 134.281 187.349 153.260 1.00 55.75 C ATOM 1471 NZ LYS 180 132.822 187.205 152.957 1.00 58.75 N ATOM 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ATOM 1869 CB LYS 232 129.009 189.398 179.052 1.00 53.29 C ATOM 1870 O LYS 232 131.900 190.659 179.521 1.00 42.91 O ATOM 1871 CG LYS 232 127.741 189.650 178.232 1.00 53.29 C ATOM 1872 CD LYS 232 126.503 189.688 179.094 1.00 56.02 C ATOM 1873 CE LYS 232 125.235 189.921 178.276 1.00 55.35 C ATOM 1874 NZ LYS 232 124.033 189.953 179.126 1.00 58.16 N ATOM 1875 N ARG 233 132.079 188.445 179.541 1.00 46.10 N ATOM 1876 CA ARG 233 133.135 188.473 180.543 1.00 43.81 C ATOM 1877 C ARG 233 134.495 188.202 179.938 1.00 44.84 C ATOM 1878 CB ARG 233 132.843 187.463 181.654 1.00 51.61 C ATOM 1879 O ARG 233 134.681 187.161 179.292 1.00 52.68 O ATOM 1880 CG ARG 233 131.988 188.007 182.791 1.00 52.08 C ATOM 1881 CD ARG 233 131.829 187.006 183.924 1.00 54.95 C ATOM 1882 NE ARG 233 131.070 187.557 185.016 1.00 54.04 N ATOM 1883 NH1 ARG 233 131.235 185.660 186.351 1.00 57.72 N ATOM 1884 NH2 ARG 233 130.068 187.498 187.085 1.00 57.29 N ATOM 1885 CZ ARG 233 130.794 186.906 186.167 1.00 53.29 C ATOM 1886 N TRP 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C ALA 241 147.619 187.715 173.848 1.00 42.75 C ATOM 1956 CB ALA 241 146.426 185.563 174.352 1.00 54.17 C ATOM 1957 O ALA 241 148.447 187.740 172.945 1.00 45.02 O ATOM 1958 N ILE 242 146.753 188.609 174.021 1.00 38.90 N ATOM 1959 CA ILE 242 146.723 189.803 173.207 1.00 36.90 C ATOM 1960 C ILE 242 148.027 190.588 173.388 1.00 31.56 C ATOM 1961 CB ILE 242 145.510 190.701 173.547 1.00 35.04 C ATOM 1962 O ILE 242 148.620 191.040 172.408 1.00 30.51 O ATOM 1963 CG1 ILE 242 144.230 190.056 173.026 1.00 42.12 C ATOM 1964 CG2 ILE 242 145.714 192.103 172.943 1.00 30.63 C ATOM 1965 CD1 ILE 242 142.960 190.776 173.486 1.00 37.81 C ATOM 1966 N LEU 243 148.517 190.681 174.584 1.00 29.26 N ATOM 1967 CA LEU 243 149.688 191.464 174.918 1.00 27.18 C ATOM 1968 C LEU 243 150.948 190.809 174.350 1.00 30.88 C ATOM 1969 CB LEU 243 149.831 191.608 176.418 1.00 25.86 C ATOM 1970 O LEU 243 151.970 191.474 174.124 1.00 30.27 O ATOM 1971 CG LEU 243 148.839 192.566 177.121 1.00 22.51 C ATOM 1972 CD1 LEU 243 148.880 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O ATOM 2197 CG GLU 270 163.457 180.074 166.509 1.00 53.66 C ATOM 2198 CD GLU 270 164.398 181.032 167.231 1.00 54.56 C ATOM 2199 OE1 GLU 270 164.052 181.525 168.326 1.00 58.60 O ATOM 2200 OE2 GLU 270 165.483 181.277 166.674 1.00 56.58 O ATOM 2201 N LYS 271 164.196 177.787 162.544 1.00 46.20 N ATOM 2202 CA LYS 271 164.579 177.777 161.135 1.00 48.34 C ATOM 2203 C LYS 271 163.440 177.251 160.256 1.00 46.38 C ATOM 2204 CB LYS 271 165.827 176.921 160.920 1.00 51.03 C ATOM 2205 O LYS 271 163.421 177.490 159.043 1.00 53.92 O ATOM 2206 CG LYS 271 167.060 177.469 161.624 1.00 54.69 C ATOM 2207 CD LYS 271 168.287 176.603 161.354 1.00 55.89 C ATOM 2208 CE LYS 271 169.515 177.117 162.095 1.00 54.56 C ATOM 2209 NZ LYS 271 170.707 176.239 161.886 1.00 55.75 N ATOM 2210 N GLU 272 162.500 176.664 160.809 1.00 41.74 N ATOM 2211 CA GLU 272 161.408 176.059 160.056 1.00 47.44 C ATOM 2212 C GLU 272 160.133 176.877 160.194 1.00 45.55 C ATOM 2213 CB GLU 272 161.171 174.622 160.526 1.00 47.15 C ATOM 2214 O GLU 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