####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS112_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS112_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 57 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 59 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 63 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 60 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 60 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 41 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 59 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 42 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 6 54 123 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 26 112 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 60 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 32 109 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 27 112 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 59 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 58 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 59 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 59 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 59 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 58 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 45 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 37 92 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 54 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 6 63 121 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 5 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 85.19 94.07 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.34 0.54 0.66 0.74 0.81 0.85 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.97 0.94 0.92 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.891 0 0.043 0.043 0.940 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.819 0 0.021 0.173 2.294 81.818 68.283 2.294 LGA W 167 W 167 0.525 0 0.079 0.143 0.928 81.818 84.416 0.749 LGA I 168 I 168 0.584 0 0.145 0.603 2.592 78.636 65.455 2.592 LGA S 169 S 169 0.478 0 0.000 0.620 2.633 95.455 84.848 2.633 LGA G 170 G 170 0.686 0 0.000 0.000 0.686 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.594 0 0.033 1.294 4.588 81.818 64.318 1.372 LGA A 172 A 172 0.776 0 0.037 0.032 0.893 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.348 0 0.043 0.111 1.037 95.455 87.273 1.037 LGA Y 174 Y 174 0.288 0 0.000 0.159 0.740 100.000 92.424 0.740 LGA G 175 G 175 0.326 0 0.070 0.070 0.370 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.472 0 0.021 0.136 0.594 90.909 92.424 0.527 LGA Q 177 Q 177 0.768 0 0.060 0.466 1.776 81.818 78.384 0.973 LGA L 178 L 178 0.702 0 0.030 0.072 1.029 81.818 79.773 1.029 LGA N 179 N 179 0.934 0 0.173 0.668 4.418 70.000 45.000 4.418 LGA K 180 K 180 3.558 0 0.305 0.974 13.272 27.727 12.323 13.272 LGA K 181 K 181 1.535 0 0.351 0.974 8.149 78.636 38.182 8.149 LGA T 182 T 182 0.535 0 0.043 1.123 3.266 77.727 65.714 3.266 LGA S 183 S 183 1.206 0 0.191 0.169 1.493 69.545 68.182 1.493 LGA K 184 K 184 1.038 0 0.059 0.763 2.053 69.545 67.879 2.053 LGA L 185 L 185 0.550 0 0.028 0.041 0.619 81.818 88.636 0.347 LGA D 186 D 186 0.290 0 0.076 0.086 0.737 95.455 97.727 0.219 LGA P 187 P 187 0.561 0 0.000 0.095 1.446 78.182 82.338 0.660 LGA V 188 V 188 0.952 0 0.039 0.037 1.173 81.818 79.481 1.173 LGA E 189 E 189 0.960 0 0.050 0.533 2.670 81.818 73.939 2.670 LGA D 190 D 190 0.868 0 0.000 0.068 0.995 81.818 81.818 0.995 LGA E 191 E 191 0.681 0 0.059 0.127 1.220 90.909 84.040 1.220 LGA A 192 A 192 0.346 0 0.000 0.023 0.476 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.343 0 0.057 0.677 3.108 100.000 77.778 3.108 LGA V 194 V 194 0.437 0 0.032 0.058 0.503 100.000 97.403 0.503 LGA V 195 V 195 0.198 0 0.000 0.041 0.367 100.000 100.000 0.249 LGA Q 196 Q 196 0.277 0 0.040 0.277 1.456 100.000 88.485 1.360 LGA L 197 L 197 0.205 0 0.028 0.056 0.398 100.000 100.000 0.398 LGA I 198 I 198 0.303 0 0.078 0.117 0.487 100.000 100.000 0.301 LGA F 199 F 199 0.308 0 0.038 0.081 0.463 100.000 100.000 0.326 LGA N 200 N 200 0.370 0 0.045 0.703 1.910 100.000 89.318 1.910 LGA I 201 I 201 0.196 0 0.039 0.080 0.307 100.000 100.000 0.304 LGA F 202 F 202 0.334 0 0.000 0.100 0.706 100.000 91.736 0.706 LGA L 203 L 203 0.525 0 0.021 0.135 1.194 90.909 84.318 0.963 LGA N 204 N 204 0.289 0 0.045 0.085 1.122 95.455 86.591 0.931 LGA G 205 G 205 0.526 0 0.046 0.046 0.532 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.672 0 0.031 1.024 2.978 77.727 68.864 1.475 LGA N 207 N 207 1.493 0 0.076 0.214 1.719 58.182 54.545 1.617 LGA G 208 G 208 1.716 0 0.005 0.005 2.017 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.630 0 0.071 0.133 2.037 58.182 52.727 1.943 LGA D 210 D 210 1.530 0 0.072 0.682 1.576 58.182 58.182 1.452 LGA Y 211 Y 211 1.933 0 0.070 0.415 2.154 50.909 48.788 1.609 LGA S 212 S 212 2.259 0 0.697 0.785 5.731 34.545 24.848 5.731 LGA Y 213 Y 213 3.024 0 0.126 1.618 14.905 36.364 12.273 14.905 LGA A 215 A 215 1.135 0 0.171 0.179 2.191 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.387 0 0.025 0.176 0.594 100.000 97.727 0.365 LGA A 217 A 217 0.286 0 0.028 0.050 0.367 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.524 0 0.045 0.075 1.258 90.909 85.152 1.258 LGA H 219 H 219 0.219 0 0.046 0.062 0.517 100.000 98.182 0.517 LGA L 220 L 220 0.238 0 0.027 0.129 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA T 221 T 221 0.216 0 0.024 0.044 0.369 100.000 100.000 0.309 LGA N 222 N 222 0.283 0 0.040 0.096 0.494 100.000 100.000 0.225 LGA L 223 L 223 0.497 0 0.015 0.052 0.978 95.455 88.636 0.837 LGA Q 224 Q 224 0.519 0 0.093 0.842 4.163 90.909 66.263 4.163 LGA I 225 I 225 0.529 0 0.065 0.119 0.529 90.909 95.455 0.397 LGA P 226 P 226 0.643 0 0.077 0.088 0.872 90.909 87.013 0.872 LGA T 227 T 227 0.139 0 0.049 0.167 0.589 100.000 97.403 0.270 LGA P 228 P 228 0.710 0 0.057 0.071 0.797 86.364 87.013 0.718 LGA S 229 S 229 0.688 0 0.072 0.165 1.342 90.909 85.152 1.342 LGA G 230 G 230 0.420 0 0.033 0.033 0.712 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.648 0 0.075 0.699 3.137 82.273 74.949 3.137 LGA K 232 K 232 0.814 0 0.117 0.904 3.957 77.727 60.000 3.957 LGA R 233 R 233 0.630 0 0.054 1.043 4.694 81.818 54.711 4.694 LGA W 234 W 234 0.323 0 0.048 0.080 0.416 100.000 100.000 0.228 LGA N 235 N 235 0.614 0 0.078 0.903 2.705 86.364 73.182 2.705 LGA Q 236 Q 236 0.588 0 0.052 0.790 3.138 86.364 74.949 0.533 LGA Y 237 Y 237 0.551 0 0.044 0.386 2.229 90.909 73.333 2.229 LGA T 238 T 238 0.315 0 0.000 0.247 0.697 100.000 94.805 0.697 LGA I 239 I 239 0.315 0 0.026 0.093 0.316 100.000 100.000 0.196 LGA K 240 K 240 0.515 0 0.057 0.675 4.689 90.909 66.061 4.689 LGA A 241 A 241 0.526 0 0.038 0.046 0.705 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.322 0 0.000 0.063 0.922 100.000 90.909 0.922 LGA L 243 L 243 0.181 0 0.060 0.151 0.495 100.000 100.000 0.231 LGA Q 244 Q 244 0.172 0 0.000 0.249 1.151 100.000 90.303 1.151 LGA N 245 N 245 0.445 0 0.051 0.102 0.577 100.000 93.182 0.519 LGA E 246 E 246 0.423 0 0.027 0.761 2.728 100.000 89.899 0.485 LGA V 247 V 247 0.236 0 0.021 0.859 2.023 100.000 84.156 1.908 LGA Y 248 Y 248 0.313 0 0.046 0.173 1.290 100.000 91.061 1.290 LGA I 249 I 249 0.362 0 0.079 0.113 0.776 100.000 93.182 0.755 LGA G 250 G 250 0.336 0 0.028 0.028 0.456 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.425 0 0.086 0.112 0.586 95.455 89.610 0.513 LGA V 252 V 252 0.355 0 0.022 0.126 0.681 95.455 94.805 0.618 LGA K 253 K 253 0.398 0 0.000 0.220 0.637 95.455 95.960 0.302 LGA Y 254 Y 254 0.704 0 0.038 0.317 2.840 81.818 65.758 2.840 LGA K 255 K 255 0.879 0 0.051 0.168 1.014 81.818 80.000 0.632 LGA V 256 V 256 1.010 0 0.083 0.105 1.115 73.636 72.468 0.991 LGA R 257 R 257 0.925 0 0.040 1.084 5.716 73.636 51.570 3.999 LGA E 258 E 258 1.172 0 0.121 1.066 5.358 62.273 40.404 5.358 LGA K 259 K 259 1.115 0 0.000 0.149 1.301 65.455 69.091 0.870 LGA T 260 T 260 1.095 0 0.025 0.130 1.437 65.455 65.455 1.139 LGA K 261 K 261 1.292 0 0.029 0.745 5.984 65.455 44.444 5.984 LGA D 262 D 262 1.179 0 0.047 0.939 3.395 65.455 50.227 3.131 LGA G 263 G 263 0.876 0 0.064 0.064 1.034 77.727 77.727 - LGA K 264 K 264 0.918 0 0.037 0.544 1.753 73.636 78.788 1.753 LGA R 265 R 265 0.841 0 0.062 1.028 3.510 81.818 65.289 3.510 LGA T 266 T 266 0.763 0 0.053 0.127 1.241 77.727 79.481 0.739 LGA I 267 I 267 0.627 0 0.018 0.081 0.680 81.818 81.818 0.540 LGA R 268 R 268 0.518 0 0.026 1.024 2.620 86.364 69.091 2.513 LGA P 269 P 269 0.443 0 0.022 0.052 0.645 95.455 92.208 0.645 LGA E 270 E 270 0.407 0 0.000 0.851 3.205 100.000 75.354 2.631 LGA K 271 K 271 0.334 0 0.059 0.679 3.304 100.000 73.535 2.913 LGA E 272 E 272 0.431 0 0.121 0.106 1.959 95.455 75.758 1.959 LGA Q 273 Q 273 0.670 0 0.042 0.081 0.883 81.818 81.818 0.711 LGA I 274 I 274 0.578 0 0.075 0.070 0.747 81.818 81.818 0.697 LGA V 275 V 275 0.256 0 0.029 0.054 0.380 100.000 100.000 0.352 LGA V 276 V 276 0.419 0 0.000 0.032 0.556 100.000 94.805 0.529 LGA Q 277 Q 277 0.407 0 0.046 0.668 3.361 100.000 73.939 3.361 LGA D 278 D 278 0.299 0 0.094 0.166 0.629 100.000 95.455 0.629 LGA A 279 A 279 0.455 0 0.024 0.061 0.548 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.308 0 0.044 0.196 0.510 100.000 98.182 0.278 LGA A 281 A 281 0.281 0 0.000 0.000 0.505 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.367 0 0.021 0.055 0.792 90.909 87.013 0.792 LGA I 283 I 283 0.484 0 0.052 0.107 0.875 90.909 88.636 0.737 LGA I 284 I 284 0.477 0 0.000 0.039 0.586 90.909 95.455 0.471 LGA D 285 D 285 0.812 0 0.059 1.212 4.297 81.818 62.500 1.664 LGA K 286 K 286 0.848 0 0.025 0.238 1.426 81.818 76.364 1.426 LGA E 287 E 287 0.897 0 0.036 0.313 1.101 81.818 80.000 0.926 LGA Q 288 Q 288 0.592 0 0.000 0.229 1.264 86.364 80.202 1.264 LGA F 289 F 289 0.594 0 0.046 0.138 0.950 81.818 81.818 0.878 LGA Q 290 Q 290 0.898 0 0.050 1.176 3.065 81.818 65.859 3.065 LGA Q 291 Q 291 0.749 0 0.000 0.157 1.125 81.818 80.000 1.125 LGA S 292 S 292 0.603 0 0.071 0.702 2.686 81.818 72.727 2.686 LGA Q 293 Q 293 0.858 0 0.033 0.242 1.348 73.636 72.727 1.340 LGA V 294 V 294 1.042 0 0.039 0.069 1.138 73.636 70.130 1.138 LGA K 295 K 295 0.613 0 0.046 0.159 0.952 81.818 81.818 0.952 LGA I 296 I 296 1.019 0 0.039 0.103 1.388 69.545 69.545 1.032 LGA A 297 A 297 1.510 0 0.082 0.090 1.996 54.545 53.818 - LGA N 298 N 298 0.831 0 0.105 0.570 2.147 59.091 67.273 2.036 LGA K 299 K 299 3.024 0 0.436 0.932 13.507 46.364 20.808 13.507 LGA V 300 V 300 2.515 0 0.103 0.116 4.858 32.727 20.519 4.858 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.903 0.869 1.813 85.054 78.459 61.497 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 95.556 98.038 13.462 LGA_LOCAL RMSD: 0.903 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.903 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.903 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.661547 * X + 0.708852 * Y + -0.244714 * Z + 157.341919 Y_new = -0.569004 * X + 0.687039 * Y + 0.451898 * Z + 153.268402 Z_new = 0.488457 * X + -0.159708 * Y + 0.857848 * Z + 140.979309 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.710335 -0.510321 -0.184066 [DEG: -40.6992 -29.2392 -10.5462 ] ZXZ: -2.645279 0.539729 1.886804 [DEG: -151.5633 30.9242 108.1059 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS112_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS112_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 98.038 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS112_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT casp16.T1228v1.chA.T1228v1_unrelaxed_rank_005_alphafold2_multimer_v3_model_2_seed_000 ATOM 1345 N GLY 165 152.781 186.940 153.561 1.00 39.10 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.144 187.745 154.594 1.00 36.26 C ATOM 1347 C GLY 165 150.650 187.574 154.658 1.00 31.83 C ATOM 1348 O GLY 165 149.965 188.325 155.343 1.00 30.23 O ATOM 1349 N LYS 166 150.111 186.576 153.938 1.00 32.55 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.670 186.309 153.977 1.00 32.55 C ATOM 1351 C LYS 166 148.300 185.526 155.231 1.00 31.39 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.231 185.528 152.734 1.00 37.63 C ATOM 1353 O LYS 166 149.124 184.778 155.770 1.00 29.76 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.449 186.271 151.420 1.00 42.12 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.954 185.469 150.226 1.00 45.02 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.148 186.231 148.933 1.00 53.41 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.681 185.436 147.743 1.00 56.16 N ATOM 1358 N TRP 167 147.086 185.860 155.729 1.00 32.83 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.564 185.125 156.859 1.00 33.60 C ATOM 1360 C TRP 167 145.835 183.861 156.407 1.00 40.41 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.637 186.003 157.699 1.00 32.09 C ATOM 1362 O TRP 167 144.727 183.947 155.864 1.00 47.64 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.249 185.407 159.032 1.00 32.92 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.117 184.703 159.297 1.00 36.43 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.010 185.460 160.241 1.00 36.09 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.262 184.777 161.224 1.00 41.51 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.240 186.022 160.587 1.00 36.43 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.111 184.324 160.625 1.00 38.51 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.933 185.180 162.838 1.00 51.38 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.715 184.624 162.528 1.00 51.15 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.688 185.874 161.886 1.00 42.28 C ATOM 1372 N ILE 168 146.406 182.647 156.553 1.00 39.58 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.940 181.429 155.895 1.00 46.10 C ATOM 1374 C ILE 168 145.136 180.585 156.894 1.00 45.11 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.124 180.611 155.336 1.00 44.32 C ATOM 1376 O ILE 168 144.257 179.816 156.485 1.00 54.30 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.001 181.486 154.432 1.00 43.07 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.618 179.378 154.584 1.00 52.32 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.769 180.709 153.367 1.00 42.75 C ATOM 1380 N SER 169 145.467 180.593 158.150 1.00 42.12 N ATOM 1381 CA SER 169 144.804 179.640 159.028 1.00 48.04 C ATOM 1382 C SER 169 144.160 180.352 160.218 1.00 48.04 C ATOM 1383 CB SER 169 145.792 178.590 159.536 1.00 51.84 C ATOM 1384 O SER 169 144.720 181.308 160.749 1.00 50.58 O ATOM 1385 OG SER 169 145.152 177.680 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ATOM 1403 N PRO 173 142.657 187.542 164.198 1.00 43.65 N ATOM 1404 CA PRO 173 142.817 187.961 165.590 1.00 48.44 C ATOM 1405 C PRO 173 141.960 189.167 165.948 1.00 44.07 C ATOM 1406 CB PRO 173 144.304 188.294 165.693 1.00 44.58 C ATOM 1407 O PRO 173 141.570 189.935 165.068 1.00 39.64 O ATOM 1408 CG PRO 173 144.900 187.822 164.399 1.00 42.59 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.770 187.562 163.449 1.00 39.78 C ATOM 1410 N TYR 174 141.647 189.331 167.267 1.00 47.54 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.848 190.444 167.726 1.00 42.04 C ATOM 1412 C TYR 174 141.456 191.778 167.307 1.00 34.82 C ATOM 1413 CB TYR 174 140.714 190.408 169.274 1.00 42.67 C ATOM 1414 O TYR 174 142.652 192.009 167.490 1.00 32.50 O ATOM 1415 CG TYR 174 139.739 191.414 169.813 1.00 37.20 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.189 192.522 170.560 1.00 32.46 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.375 191.273 169.608 1.00 40.34 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.301 193.452 171.056 1.00 31.91 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.474 192.211 170.132 1.00 41.74 C ATOM 1420 OH TYR 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194.386 163.348 1.00 29.72 C ATOM 1438 N GLN 177 140.163 192.192 160.709 1.00 39.64 N ATOM 1439 CA GLN 177 139.319 191.392 159.833 1.00 46.95 C ATOM 1440 C GLN 177 140.068 190.958 158.600 1.00 41.74 C ATOM 1441 CB GLN 177 138.072 192.176 159.429 1.00 51.61 C ATOM 1442 O GLN 177 141.013 191.620 158.156 1.00 35.14 O ATOM 1443 CG GLN 177 138.356 193.348 158.491 1.00 44.07 C ATOM 1444 CD GLN 177 137.084 194.066 158.042 1.00 49.60 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 137.207 194.897 157.020 1.00 56.30 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 136.013 193.860 158.611 1.00 57.00 O ATOM 1447 N LEU 178 139.749 189.783 158.144 1.00 47.05 N ATOM 1448 CA LEU 178 140.431 189.245 156.947 1.00 41.51 C ATOM 1449 C LEU 178 139.857 189.863 155.693 1.00 41.59 C ATOM 1450 CB LEU 178 140.308 187.726 156.910 1.00 47.84 C ATOM 1451 O LEU 178 138.647 189.833 155.472 1.00 49.92 O ATOM 1452 CG LEU 178 141.077 187.024 155.788 1.00 45.46 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 142.582 187.122 156.038 1.00 39.78 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 140.640 185.574 155.680 1.00 56.16 C ATOM 1455 N ASN 179 140.724 190.548 154.997 1.00 38.00 N ATOM 1456 CA ASN 179 140.343 191.015 153.658 1.00 42.59 C ATOM 1457 C ASN 179 140.215 189.882 152.670 1.00 41.21 C ATOM 1458 CB ASN 179 141.333 192.074 153.164 1.00 40.63 C ATOM 1459 O ASN 179 141.214 189.240 152.328 1.00 37.81 O ATOM 1460 CG ASN 179 140.868 192.747 151.893 1.00 47.34 C ATOM 1461 ND2 ASN 179 141.016 194.068 151.822 1.00 55.08 N ATOM 1462 OD1 ASN 179 140.376 192.096 150.967 1.00 48.24 O ATOM 1463 N LYS 180 139.117 189.650 152.224 1.00 46.57 N ATOM 1464 CA LYS 180 138.846 188.493 151.371 1.00 47.54 C ATOM 1465 C LYS 180 139.566 188.622 150.034 1.00 47.15 C ATOM 1466 CB LYS 180 137.338 188.344 151.129 1.00 51.96 C ATOM 1467 O LYS 180 139.851 187.615 149.370 1.00 54.95 O ATOM 1468 CG LYS 180 136.568 187.915 152.375 1.00 52.68 C ATOM 1469 CD LYS 180 135.084 187.716 152.074 1.00 54.30 C ATOM 1470 CE LYS 180 134.310 187.301 153.311 1.00 56.16 C ATOM 1471 NZ LYS 180 132.856 187.112 153.013 1.00 57.57 N ATOM 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170.891 1.00 54.82 O ATOM 1852 OG SER 229 134.765 184.441 172.906 1.00 50.36 O ATOM 1853 N GLY 230 132.592 187.208 171.521 1.00 48.55 N ATOM 1854 CA GLY 230 131.281 187.798 171.747 1.00 53.79 C ATOM 1855 C GLY 230 130.733 187.578 173.127 1.00 49.28 C ATOM 1856 O GLY 230 129.565 187.862 173.409 1.00 56.86 O ATOM 1857 N LYS 231 131.589 187.050 173.977 1.00 44.07 N ATOM 1858 CA LYS 231 131.140 186.808 175.360 1.00 47.44 C ATOM 1859 C LYS 231 131.248 188.057 176.190 1.00 45.02 C ATOM 1860 CB LYS 231 131.974 185.673 175.978 1.00 49.07 C ATOM 1861 O LYS 231 131.890 189.038 175.821 1.00 40.92 O ATOM 1862 CG LYS 231 131.824 184.334 175.293 1.00 54.43 C ATOM 1863 CD LYS 231 132.597 183.242 176.015 1.00 54.43 C ATOM 1864 CE LYS 231 132.458 181.893 175.303 1.00 56.02 C ATOM 1865 NZ LYS 231 133.249 180.827 175.980 1.00 59.52 N ATOM 1866 N LYS 232 130.619 188.018 177.344 1.00 49.38 N ATOM 1867 CA LYS 232 130.505 189.208 178.214 1.00 45.83 C ATOM 1868 C LYS 232 131.716 189.329 179.114 1.00 42.91 C ATOM 1869 CB LYS 232 129.217 189.159 179.038 1.00 51.61 C ATOM 1870 O LYS 232 132.156 190.435 179.423 1.00 41.21 O ATOM 1871 CG LYS 232 127.951 189.342 178.217 1.00 53.66 C ATOM 1872 CD LYS 232 126.709 189.384 179.114 1.00 54.30 C ATOM 1873 CE LYS 232 125.441 189.566 178.293 1.00 55.48 C ATOM 1874 NZ LYS 232 124.232 189.618 179.159 1.00 58.16 N ATOM 1875 N ARG 233 132.199 188.228 179.577 1.00 47.84 N ATOM 1876 CA ARG 233 133.255 188.284 180.579 1.00 44.93 C ATOM 1877 C ARG 233 134.617 188.016 179.943 1.00 41.36 C ATOM 1878 CB ARG 233 132.992 187.272 181.692 1.00 52.32 C ATOM 1879 O ARG 233 134.813 186.989 179.264 1.00 47.34 O ATOM 1880 CG ARG 233 133.721 187.576 182.978 1.00 48.44 C ATOM 1881 CD ARG 233 133.330 186.616 184.101 1.00 52.32 C ATOM 1882 NE ARG 233 133.956 186.974 185.365 1.00 50.81 N ATOM 1883 NH1 ARG 233 133.239 185.082 186.485 1.00 56.44 N ATOM 1884 NH2 ARG 233 134.506 186.660 187.582 1.00 59.06 N ATOM 1885 CZ ARG 233 133.900 186.235 186.467 1.00 52.20 C ATOM 1886 N TRP 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C ALA 241 147.592 187.727 173.740 1.00 43.90 C ATOM 1956 CB ALA 241 146.422 185.567 174.217 1.00 55.35 C ATOM 1957 O ALA 241 148.432 187.792 172.854 1.00 45.65 O ATOM 1958 N ILE 242 146.707 188.642 173.990 1.00 41.06 N ATOM 1959 CA ILE 242 146.681 189.843 173.168 1.00 38.13 C ATOM 1960 C ILE 242 147.978 190.625 173.345 1.00 32.05 C ATOM 1961 CB ILE 242 145.457 190.723 173.485 1.00 36.03 C ATOM 1962 O ILE 242 148.590 191.066 172.376 1.00 30.92 O ATOM 1963 CG1 ILE 242 144.169 190.083 172.980 1.00 42.75 C ATOM 1964 CG2 ILE 242 145.635 192.133 172.901 1.00 30.23 C ATOM 1965 CD1 ILE 242 142.894 190.759 173.464 1.00 37.81 C ATOM 1966 N LEU 243 148.456 190.719 174.598 1.00 29.72 N ATOM 1967 CA LEU 243 149.640 191.515 174.916 1.00 26.93 C ATOM 1968 C LEU 243 150.892 190.872 174.374 1.00 30.55 C ATOM 1969 CB LEU 243 149.775 191.694 176.427 1.00 24.91 C ATOM 1970 O LEU 243 151.921 191.528 174.176 1.00 30.55 O ATOM 1971 CG LEU 243 148.769 192.638 177.100 1.00 22.05 C ATOM 1972 CD1 LEU 243 148.818 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O ATOM 2197 CG GLU 270 163.103 180.548 166.793 1.00 52.08 C ATOM 2198 CD GLU 270 163.937 181.655 167.432 1.00 52.20 C ATOM 2199 OE1 GLU 270 163.557 182.183 168.502 1.00 58.01 O ATOM 2200 OE2 GLU 270 164.995 181.992 166.827 1.00 54.82 O ATOM 2201 N LYS 271 164.111 178.067 162.943 1.00 45.11 N ATOM 2202 CA LYS 271 164.537 177.984 161.541 1.00 48.86 C ATOM 2203 C LYS 271 163.446 177.359 160.666 1.00 48.86 C ATOM 2204 CB LYS 271 165.824 177.175 161.424 1.00 54.04 C ATOM 2205 O LYS 271 163.457 177.497 159.449 1.00 56.72 O ATOM 2206 CG LYS 271 167.032 177.827 162.061 1.00 54.43 C ATOM 2207 CD LYS 271 168.284 176.980 161.919 1.00 56.30 C ATOM 2208 CE LYS 271 169.491 177.618 162.582 1.00 54.56 C ATOM 2209 NZ LYS 271 170.715 176.781 162.461 1.00 58.16 N ATOM 2210 N GLU 272 162.466 176.776 161.240 1.00 42.99 N ATOM 2211 CA GLU 272 161.420 176.108 160.474 1.00 46.38 C ATOM 2212 C GLU 272 160.119 176.914 160.517 1.00 43.23 C ATOM 2213 CB GLU 272 161.189 174.696 161.007 1.00 45.37 C ATOM 2214 O GLU 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