####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS110_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS110_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.97 1.02 LCS_AVERAGE: 98.36 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 63 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 64 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 72 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 56 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 7 61 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 71 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 56 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 35 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 25 41 52 104 123 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 43 108 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 73 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 34 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 25 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 71 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 78 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 73 108 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 74 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 56 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 19 99 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 3 108 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 119 135 135 3 32 60 98 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 3 84 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.45 ( 98.36 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 109 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 80.74 88.89 94.07 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.53 0.62 0.75 0.88 0.96 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.05 1.06 1.04 1.03 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.770 0 0.025 0.025 0.927 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.835 0 0.053 0.260 2.435 81.818 68.283 2.435 LGA W 167 W 167 0.671 0 0.046 0.105 0.963 81.818 85.714 0.654 LGA I 168 I 168 1.106 0 0.066 0.832 3.343 65.909 54.318 3.343 LGA S 169 S 169 1.686 0 0.133 0.212 4.235 62.273 45.455 4.235 LGA G 170 G 170 0.856 0 0.202 0.202 1.498 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.938 0 0.000 1.348 4.248 86.364 66.591 1.135 LGA A 172 A 172 0.486 0 0.044 0.051 0.665 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.377 0 0.015 0.074 0.728 100.000 94.805 0.728 LGA Y 174 Y 174 0.438 0 0.038 0.183 0.972 95.455 86.364 0.972 LGA G 175 G 175 0.182 0 0.057 0.057 0.230 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.138 0 0.025 0.147 0.370 100.000 100.000 0.162 LGA Q 177 Q 177 0.464 0 0.054 0.264 0.913 100.000 95.960 0.812 LGA L 178 L 178 0.485 0 0.079 0.101 0.944 95.455 88.636 0.944 LGA N 179 N 179 0.860 0 0.178 0.601 4.168 66.364 43.182 4.168 LGA K 180 K 180 4.124 0 0.297 0.966 13.953 19.091 8.485 13.953 LGA K 181 K 181 1.132 0 0.346 0.992 7.609 82.273 41.616 7.609 LGA T 182 T 182 0.630 0 0.051 1.102 3.535 82.273 67.273 3.535 LGA S 183 S 183 1.153 0 0.123 0.115 1.476 69.545 68.182 1.309 LGA K 184 K 184 1.197 0 0.058 0.840 2.666 65.455 61.414 2.666 LGA L 185 L 185 0.683 0 0.063 0.068 0.742 81.818 81.818 0.633 LGA D 186 D 186 0.204 0 0.056 0.084 0.655 100.000 93.182 0.614 LGA P 187 P 187 0.428 0 0.016 0.094 0.973 90.909 89.610 0.594 LGA V 188 V 188 0.553 0 0.000 0.017 0.632 81.818 81.818 0.631 LGA E 189 E 189 0.646 0 0.023 0.317 1.688 81.818 78.384 1.688 LGA D 190 D 190 0.628 0 0.036 0.054 0.783 86.364 84.091 0.783 LGA E 191 E 191 0.437 0 0.040 0.065 0.635 95.455 93.939 0.635 LGA A 192 A 192 0.260 0 0.000 0.000 0.336 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.307 0 0.033 0.660 2.823 100.000 83.838 2.579 LGA V 194 V 194 0.331 0 0.026 0.048 0.417 100.000 100.000 0.417 LGA V 195 V 195 0.096 0 0.000 0.000 0.165 100.000 100.000 0.104 LGA Q 196 Q 196 0.202 0 0.016 0.268 1.344 100.000 90.303 1.135 LGA L 197 L 197 0.236 0 0.014 0.073 0.520 100.000 97.727 0.520 LGA I 198 I 198 0.288 0 0.090 0.098 0.437 100.000 100.000 0.361 LGA F 199 F 199 0.248 0 0.044 0.077 0.365 100.000 100.000 0.159 LGA N 200 N 200 0.285 0 0.047 0.915 3.291 100.000 79.318 3.291 LGA I 201 I 201 0.139 0 0.029 0.041 0.207 100.000 100.000 0.207 LGA F 202 F 202 0.175 0 0.000 0.050 0.508 100.000 98.347 0.508 LGA L 203 L 203 0.335 0 0.000 0.064 0.790 100.000 93.182 0.754 LGA N 204 N 204 0.269 0 0.026 0.108 1.250 100.000 88.864 0.855 LGA G 205 G 205 0.576 0 0.054 0.054 0.665 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.839 0 0.013 0.215 1.254 73.636 80.000 0.349 LGA N 207 N 207 1.619 0 0.060 0.290 2.449 54.545 51.136 1.981 LGA G 208 G 208 1.609 0 0.000 0.000 1.787 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.643 0 0.038 0.383 1.719 58.182 60.606 1.471 LGA D 210 D 210 1.496 0 0.090 0.718 1.613 61.818 63.864 1.277 LGA Y 211 Y 211 1.987 0 0.120 0.408 2.209 50.909 48.788 1.742 LGA S 212 S 212 2.420 0 0.690 0.760 6.076 31.364 21.818 6.076 LGA Y 213 Y 213 2.963 0 0.161 1.627 14.809 41.818 14.091 14.809 LGA A 215 A 215 1.107 0 0.208 0.223 2.043 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.485 0 0.034 0.180 0.598 95.455 95.455 0.394 LGA A 217 A 217 0.326 0 0.033 0.048 0.424 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.529 0 0.051 0.093 1.270 90.909 85.152 1.270 LGA H 219 H 219 0.355 0 0.020 0.040 0.555 100.000 94.545 0.555 LGA L 220 L 220 0.223 0 0.014 0.088 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA T 221 T 221 0.106 0 0.019 0.039 0.243 100.000 100.000 0.183 LGA N 222 N 222 0.182 0 0.032 0.056 0.391 100.000 100.000 0.367 LGA L 223 L 223 0.468 0 0.041 0.050 0.810 100.000 90.909 0.782 LGA Q 224 Q 224 0.473 0 0.032 0.797 4.255 90.909 64.444 4.255 LGA I 225 I 225 0.520 0 0.055 0.139 0.595 86.364 93.182 0.239 LGA P 226 P 226 0.696 0 0.064 0.072 0.843 81.818 81.818 0.830 LGA T 227 T 227 0.120 0 0.034 0.157 0.429 100.000 100.000 0.204 LGA P 228 P 228 0.645 0 0.083 0.085 0.849 90.909 87.013 0.849 LGA S 229 S 229 0.553 0 0.130 0.126 1.044 86.364 82.121 1.044 LGA G 230 G 230 0.400 0 0.062 0.062 0.948 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.701 0 0.108 0.682 3.223 82.273 74.949 3.223 LGA K 232 K 232 0.579 0 0.150 0.857 3.649 90.909 67.071 3.649 LGA R 233 R 233 0.281 0 0.029 1.360 8.077 100.000 53.554 8.077 LGA W 234 W 234 0.300 0 0.062 0.113 0.676 100.000 97.403 0.431 LGA N 235 N 235 0.738 0 0.008 0.835 2.410 81.818 76.364 2.410 LGA Q 236 Q 236 0.547 0 0.031 0.893 3.193 90.909 82.828 0.761 LGA Y 237 Y 237 0.426 0 0.035 0.378 1.592 95.455 81.061 1.592 LGA T 238 T 238 0.365 0 0.011 0.291 1.020 100.000 92.468 1.020 LGA I 239 I 239 0.282 0 0.010 0.093 0.468 100.000 100.000 0.468 LGA K 240 K 240 0.337 0 0.063 0.605 3.734 100.000 77.778 3.734 LGA A 241 A 241 0.353 0 0.058 0.061 0.462 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.327 0 0.045 0.063 0.884 100.000 90.909 0.884 LGA L 243 L 243 0.206 0 0.020 0.127 0.587 95.455 97.727 0.176 LGA Q 244 Q 244 0.327 0 0.000 0.326 1.346 95.455 88.283 1.346 LGA N 245 N 245 0.426 0 0.000 0.097 0.727 100.000 93.182 0.727 LGA E 246 E 246 0.426 0 0.000 0.640 2.031 100.000 87.273 1.317 LGA V 247 V 247 0.347 0 0.020 0.064 0.375 100.000 100.000 0.222 LGA Y 248 Y 248 0.368 0 0.013 0.103 1.112 100.000 88.030 1.112 LGA I 249 I 249 0.314 0 0.071 0.096 0.437 100.000 100.000 0.349 LGA G 250 G 250 0.254 0 0.046 0.046 0.311 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.249 0 0.041 0.049 0.433 100.000 100.000 0.339 LGA V 252 V 252 0.342 0 0.053 0.116 0.703 100.000 97.403 0.703 LGA K 253 K 253 0.432 0 0.000 0.163 0.612 95.455 91.919 0.585 LGA Y 254 Y 254 0.629 0 0.047 0.366 2.644 86.364 70.909 2.644 LGA K 255 K 255 0.899 0 0.067 0.140 1.136 81.818 80.000 1.136 LGA V 256 V 256 0.838 0 0.090 0.103 0.932 81.818 81.818 0.908 LGA R 257 R 257 1.218 0 0.089 1.070 5.609 65.455 45.455 3.473 LGA E 258 E 258 1.401 0 0.052 0.971 4.908 58.182 40.808 4.908 LGA K 259 K 259 2.008 0 0.000 0.165 2.756 44.545 38.586 2.756 LGA T 260 T 260 1.961 0 0.018 0.106 2.386 44.545 47.273 1.880 LGA K 261 K 261 2.560 0 0.020 0.692 6.795 30.000 19.394 6.795 LGA D 262 D 262 2.523 0 0.065 0.527 3.529 32.727 27.045 3.529 LGA G 263 G 263 2.579 0 0.109 0.109 2.785 30.000 30.000 - LGA K 264 K 264 2.043 0 0.000 0.489 2.177 44.545 52.121 0.364 LGA R 265 R 265 1.776 0 0.090 0.978 3.085 50.909 52.066 3.085 LGA T 266 T 266 1.414 0 0.000 0.109 1.559 61.818 63.377 1.423 LGA I 267 I 267 1.053 0 0.035 0.087 1.264 65.455 67.500 1.197 LGA R 268 R 268 0.725 0 0.000 0.966 2.546 81.818 68.430 2.546 LGA P 269 P 269 0.508 0 0.000 0.016 0.721 90.909 87.013 0.721 LGA E 270 E 270 0.287 0 0.017 1.108 3.573 100.000 71.919 3.573 LGA K 271 K 271 0.274 0 0.042 0.647 3.479 100.000 70.505 2.977 LGA E 272 E 272 0.305 0 0.041 0.059 1.272 100.000 84.444 1.272 LGA Q 273 Q 273 0.324 0 0.021 0.072 0.660 100.000 93.939 0.561 LGA I 274 I 274 0.254 0 0.059 0.073 0.465 100.000 100.000 0.465 LGA V 275 V 275 0.130 0 0.016 0.021 0.422 100.000 100.000 0.422 LGA V 276 V 276 0.269 0 0.000 0.040 0.545 100.000 94.805 0.510 LGA Q 277 Q 277 0.216 0 0.050 0.591 2.462 100.000 80.808 2.462 LGA D 278 D 278 0.201 0 0.022 0.160 0.495 100.000 100.000 0.398 LGA A 279 A 279 0.356 0 0.016 0.045 0.391 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.228 0 0.037 0.260 0.690 100.000 94.545 0.690 LGA A 281 A 281 0.204 0 0.000 0.000 0.299 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.291 0 0.020 0.027 0.495 100.000 100.000 0.485 LGA I 283 I 283 0.442 0 0.036 0.073 0.705 90.909 90.909 0.543 LGA I 284 I 284 0.399 0 0.000 0.058 0.434 100.000 100.000 0.242 LGA D 285 D 285 0.549 0 0.025 0.841 2.497 81.818 76.364 2.497 LGA K 286 K 286 0.542 0 0.000 0.267 1.255 81.818 80.000 1.255 LGA E 287 E 287 0.650 0 0.036 0.154 1.034 81.818 80.000 0.568 LGA Q 288 Q 288 0.498 0 0.000 0.267 1.857 95.455 80.808 1.136 LGA F 289 F 289 0.429 0 0.030 0.114 0.743 100.000 90.083 0.715 LGA Q 290 Q 290 0.623 0 0.000 1.148 3.428 81.818 71.111 3.428 LGA Q 291 Q 291 0.405 0 0.000 0.235 1.149 100.000 90.101 1.149 LGA S 292 S 292 0.255 0 0.067 0.682 2.281 100.000 89.697 2.281 LGA Q 293 Q 293 0.616 0 0.038 0.245 0.987 86.364 83.838 0.968 LGA V 294 V 294 0.798 0 0.003 0.055 0.878 81.818 81.818 0.793 LGA K 295 K 295 0.568 0 0.056 0.160 1.104 77.727 84.040 0.578 LGA I 296 I 296 0.915 0 0.022 0.068 1.446 73.636 75.682 0.587 LGA A 297 A 297 1.498 0 0.111 0.137 2.340 55.000 54.182 - LGA N 298 N 298 1.353 0 0.043 0.583 2.571 49.091 63.636 1.304 LGA K 299 K 299 3.379 0 0.348 1.017 14.218 43.182 19.192 14.218 LGA V 300 V 300 2.198 0 0.178 0.908 4.393 44.545 28.571 4.264 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.023 0.987 1.889 84.680 78.644 62.903 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.704 97.044 12.026 LGA_LOCAL RMSD: 1.023 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.023 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.023 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.231304 * X + -0.077449 * Y + -0.969794 * Z + 162.186722 Y_new = -0.486768 * X + 0.872296 * Y + 0.046435 * Z + 158.536316 Z_new = 0.842351 * X + 0.482805 * Y + -0.239465 * Z + 144.370331 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.014394 -1.001632 2.031229 [DEG: -115.4163 -57.3893 116.3808 ] ZXZ: -1.618641 1.812611 1.050344 [DEG: -92.7413 103.8550 60.1802 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS110_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS110_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.044 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS110_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 152.942 186.918 153.820 1.00 86.20 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.213 187.649 154.867 1.00 86.58 C ATOM 1347 C GLY 165 150.693 187.453 154.845 1.00 88.07 C ATOM 1348 O GLY 165 149.968 188.197 155.503 1.00 85.56 O ATOM 1349 N LYS 166 150.188 186.460 154.101 1.00 87.86 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.761 186.126 154.085 1.00 87.62 C ATOM 1351 C LYS 166 148.381 185.361 155.360 1.00 88.47 C ATOM 1352 O LYS 166 149.135 184.524 155.850 1.00 86.58 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.378 185.347 152.812 1.00 85.87 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.588 186.139 151.500 1.00 82.70 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.051 185.393 150.266 1.00 79.41 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.193 186.225 148.981 1.00 74.23 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.521 185.622 147.792 1.00 67.67 N ATOM 1358 N TRP 167 147.184 185.621 155.880 1.00 88.91 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.643 184.905 157.038 1.00 89.32 C ATOM 1360 C TRP 167 145.950 183.618 156.595 1.00 88.78 C ATOM 1361 O TRP 167 144.953 183.660 155.878 1.00 85.91 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.699 185.812 157.811 1.00 88.69 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.257 185.227 159.112 1.00 88.91 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.141 184.491 159.318 1.00 85.81 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.948 185.292 160.399 1.00 87.46 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.090 184.098 160.648 1.00 85.57 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.177 184.564 161.339 1.00 86.79 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.141 185.894 160.840 1.00 86.41 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.587 184.427 162.684 1.00 86.25 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.543 185.764 162.176 1.00 84.19 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.774 185.029 163.088 1.00 83.80 C ATOM 1372 N ILE 168 146.469 182.479 157.036 1.00 86.63 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.026 181.145 156.591 1.00 84.79 C ATOM 1374 C ILE 168 145.460 180.310 157.747 1.00 83.74 C ATOM 1375 O ILE 168 144.847 179.264 157.543 1.00 77.40 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.193 180.413 155.896 1.00 81.29 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.970 181.338 154.930 1.00 76.71 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.689 179.192 155.107 1.00 73.88 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.292 180.723 154.488 1.00 70.27 C ATOM 1380 N SER 169 145.671 180.758 158.971 1.00 84.41 N ATOM 1381 CA SER 169 145.158 180.113 160.177 1.00 82.97 C ATOM 1382 C SER 169 143.671 180.419 160.396 1.00 81.99 C ATOM 1383 O SER 169 143.043 181.069 159.569 1.00 75.58 O ATOM 1384 CB SER 169 146.020 180.512 161.368 1.00 79.48 C ATOM 1385 OG SER 169 147.336 180.051 161.188 1.00 74.52 O ATOM 1386 N GLY 170 143.105 179.924 161.499 1.00 80.15 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.674 180.018 161.801 1.00 79.52 C ATOM 1388 C GLY 170 141.108 181.438 161.910 1.00 81.95 C ATOM 1389 O GLY 170 141.231 182.245 160.998 1.00 78.65 O ATOM 1390 N LEU 171 140.467 181.734 163.046 1.00 83.17 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.896 183.060 163.299 1.00 82.95 C ATOM 1392 C LEU 171 140.989 184.129 163.287 1.00 84.22 C ATOM 1393 O LEU 171 142.075 183.914 163.831 1.00 82.08 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.152 183.052 164.646 1.00 80.19 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.822 182.281 164.606 1.00 75.91 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.392 181.884 166.010 1.00 69.74 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.705 183.121 163.979 1.00 68.82 C ATOM 1398 N ALA 172 140.673 185.275 162.699 1.00 86.43 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.530 186.449 162.776 1.00 86.61 C ATOM 1400 C ALA 172 141.741 186.865 164.249 1.00 87.59 C ATOM 1401 O ALA 172 140.836 186.681 165.069 1.00 85.50 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.904 187.573 161.947 1.00 84.55 C ATOM 1403 N PRO 173 142.916 187.399 164.599 1.00 88.76 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.147 187.957 165.928 1.00 88.91 C ATOM 1405 C PRO 173 142.171 189.095 166.223 1.00 89.44 C ATOM 1406 O PRO 173 141.724 189.796 165.314 1.00 87.85 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.593 188.459 165.925 1.00 87.41 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.230 187.776 164.724 1.00 84.33 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.079 187.571 163.759 1.00 87.13 C ATOM 1410 N TYR 174 141.861 189.304 167.495 1.00 90.17 N ATOM 1411 CA TYR 174 141.049 190.441 167.916 1.00 90.40 C ATOM 1412 C TYR 174 141.700 191.759 167.486 1.00 90.50 C ATOM 1413 O TYR 174 142.911 191.900 167.597 1.00 88.48 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.857 190.378 169.429 1.00 89.98 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.917 191.435 169.958 1.00 90.80 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.403 192.513 170.719 1.00 84.08 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.538 191.352 169.674 1.00 84.65 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.520 193.492 171.202 1.00 83.78 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.651 192.328 170.149 1.00 83.71 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.145 193.397 170.913 1.00 88.34 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.275 194.352 171.370 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