####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS110_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS110_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 52 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 60 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 73 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 58 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 88 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 58 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 53 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 83 102 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 19 107 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 69 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 44 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 26 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 31 107 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 30 107 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 107 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 107 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 12 83 120 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 21 52 125 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 8 16 27 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 59 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 70 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 74 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 57 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 12 95 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 103 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 58 92 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 104 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 111 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 82.22 90.37 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.49 0.64 0.75 0.81 0.89 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.97 0.97 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.747 0 0.015 0.015 0.838 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.733 0 0.056 0.218 1.998 81.818 74.747 1.998 LGA W 167 W 167 0.541 0 0.042 0.104 0.738 81.818 85.714 0.513 LGA I 168 I 168 0.942 0 0.097 0.754 3.028 70.000 60.000 3.028 LGA S 169 S 169 1.467 0 0.122 0.454 4.338 70.000 52.121 4.338 LGA G 170 G 170 0.861 0 0.206 0.206 1.301 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.879 0 0.000 1.340 4.417 86.364 66.591 1.165 LGA A 172 A 172 0.422 0 0.039 0.049 0.578 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.351 0 0.023 0.069 0.778 100.000 92.208 0.778 LGA Y 174 Y 174 0.402 0 0.037 0.171 0.848 95.455 87.879 0.848 LGA G 175 G 175 0.124 0 0.057 0.057 0.176 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.094 0 0.032 0.152 0.320 100.000 100.000 0.162 LGA Q 177 Q 177 0.404 0 0.054 0.262 0.953 100.000 93.939 0.799 LGA L 178 L 178 0.395 0 0.078 0.099 0.846 95.455 93.182 0.846 LGA N 179 N 179 0.947 0 0.175 0.617 4.339 66.364 43.182 4.339 LGA K 180 K 180 3.999 0 0.291 0.966 13.726 20.455 9.091 13.726 LGA K 181 K 181 1.303 0 0.352 0.985 7.726 82.273 41.616 7.726 LGA T 182 T 182 0.628 0 0.051 1.105 3.482 77.727 65.714 3.482 LGA S 183 S 183 0.986 0 0.136 0.123 1.309 73.636 70.909 1.201 LGA K 184 K 184 1.069 0 0.055 0.834 2.668 69.545 64.848 2.668 LGA L 185 L 185 0.597 0 0.057 0.074 0.652 81.818 81.818 0.562 LGA D 186 D 186 0.142 0 0.057 0.087 0.557 100.000 95.455 0.557 LGA P 187 P 187 0.455 0 0.015 0.365 1.115 86.818 89.870 0.492 LGA V 188 V 188 0.582 0 0.000 0.024 0.651 81.818 81.818 0.651 LGA E 189 E 189 0.625 0 0.000 0.314 1.517 81.818 78.384 1.517 LGA D 190 D 190 0.593 0 0.028 0.055 0.754 90.909 86.364 0.754 LGA E 191 E 191 0.392 0 0.034 0.073 0.700 95.455 93.939 0.700 LGA A 192 A 192 0.231 0 0.000 0.000 0.325 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.254 0 0.035 0.660 2.785 100.000 83.838 2.542 LGA V 194 V 194 0.236 0 0.027 0.046 0.298 100.000 100.000 0.298 LGA V 195 V 195 0.062 0 0.000 0.000 0.153 100.000 100.000 0.091 LGA Q 196 Q 196 0.230 0 0.023 0.267 1.346 100.000 90.303 1.102 LGA L 197 L 197 0.207 0 0.018 0.052 0.377 100.000 100.000 0.377 LGA I 198 I 198 0.181 0 0.085 0.094 0.396 100.000 100.000 0.282 LGA F 199 F 199 0.276 0 0.047 0.079 0.409 100.000 100.000 0.191 LGA N 200 N 200 0.265 0 0.043 0.779 2.304 100.000 87.727 2.304 LGA I 201 I 201 0.067 0 0.038 0.053 0.147 100.000 100.000 0.118 LGA F 202 F 202 0.144 0 0.000 0.052 0.605 100.000 95.041 0.605 LGA L 203 L 203 0.381 0 0.000 0.065 0.903 100.000 90.909 0.841 LGA N 204 N 204 0.204 0 0.034 0.076 1.202 100.000 88.864 0.923 LGA G 205 G 205 0.526 0 0.052 0.052 0.605 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.808 0 0.017 0.048 1.242 73.636 82.273 0.143 LGA N 207 N 207 1.635 0 0.067 0.265 2.288 54.545 51.136 1.949 LGA G 208 G 208 1.648 0 0.023 0.023 1.815 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.644 0 0.044 0.183 2.396 58.182 48.485 2.379 LGA D 210 D 210 1.425 0 0.070 0.652 1.583 65.455 63.864 1.583 LGA Y 211 Y 211 1.886 0 0.116 0.393 2.074 50.909 48.788 1.639 LGA S 212 S 212 2.353 0 0.689 0.751 5.973 34.545 24.848 5.973 LGA Y 213 Y 213 2.939 0 0.159 1.636 14.888 41.818 14.091 14.888 LGA A 215 A 215 1.005 0 0.210 0.225 1.998 86.818 79.636 - LGA I 216 I 216 0.389 0 0.038 0.184 0.504 100.000 97.727 0.444 LGA A 217 A 217 0.238 0 0.041 0.052 0.346 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.476 0 0.048 0.102 1.303 100.000 91.212 1.303 LGA H 219 H 219 0.208 0 0.021 0.036 0.445 100.000 100.000 0.445 LGA L 220 L 220 0.167 0 0.025 0.090 0.397 100.000 100.000 0.397 LGA T 221 T 221 0.232 0 0.023 0.045 0.402 100.000 100.000 0.304 LGA N 222 N 222 0.266 0 0.036 0.047 0.493 100.000 100.000 0.331 LGA L 223 L 223 0.478 0 0.041 0.053 0.808 100.000 90.909 0.699 LGA Q 224 Q 224 0.574 0 0.027 0.812 4.131 86.364 64.242 4.131 LGA I 225 I 225 0.650 0 0.056 0.140 0.701 81.818 86.364 0.334 LGA P 226 P 226 0.757 0 0.066 0.073 0.885 81.818 81.818 0.845 LGA T 227 T 227 0.173 0 0.034 0.147 0.512 95.455 94.805 0.304 LGA P 228 P 228 0.605 0 0.087 0.089 0.811 95.455 92.208 0.811 LGA S 229 S 229 0.547 0 0.130 0.123 1.175 86.364 82.121 1.175 LGA G 230 G 230 0.430 0 0.073 0.073 1.091 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.837 0 0.104 0.675 3.281 73.636 65.657 3.281 LGA K 232 K 232 0.833 0 0.148 0.870 4.325 77.727 56.566 4.325 LGA R 233 R 233 0.421 0 0.037 1.334 7.731 95.455 50.248 7.731 LGA W 234 W 234 0.220 0 0.058 0.108 0.605 100.000 97.403 0.391 LGA N 235 N 235 0.632 0 0.025 0.862 2.330 86.364 76.591 2.330 LGA Q 236 Q 236 0.503 0 0.034 0.819 3.365 86.364 76.970 0.451 LGA Y 237 Y 237 0.589 0 0.034 0.364 2.205 90.909 71.970 2.205 LGA T 238 T 238 0.392 0 0.012 0.289 0.976 100.000 94.805 0.976 LGA I 239 I 239 0.238 0 0.000 0.080 0.348 100.000 100.000 0.348 LGA K 240 K 240 0.396 0 0.061 0.617 4.039 100.000 75.758 4.039 LGA A 241 A 241 0.430 0 0.053 0.055 0.542 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.312 0 0.047 0.064 0.854 100.000 90.909 0.854 LGA L 243 L 243 0.222 0 0.030 0.124 0.588 95.455 97.727 0.199 LGA Q 244 Q 244 0.303 0 0.000 0.333 1.395 95.455 88.283 1.383 LGA N 245 N 245 0.409 0 0.000 0.098 0.732 100.000 93.182 0.732 LGA E 246 E 246 0.411 0 0.000 0.590 1.847 100.000 88.687 1.373 LGA V 247 V 247 0.292 0 0.021 0.068 0.324 100.000 100.000 0.107 LGA Y 248 Y 248 0.368 0 0.000 0.107 0.999 100.000 89.394 0.999 LGA I 249 I 249 0.319 0 0.079 0.107 0.476 100.000 100.000 0.386 LGA G 250 G 250 0.251 0 0.040 0.040 0.316 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.175 0 0.041 0.050 0.363 100.000 100.000 0.316 LGA V 252 V 252 0.240 0 0.048 0.118 0.627 100.000 97.403 0.627 LGA K 253 K 253 0.415 0 0.015 0.153 0.581 95.455 89.899 0.539 LGA Y 254 Y 254 0.646 0 0.044 0.358 2.656 86.364 69.545 2.656 LGA K 255 K 255 0.830 0 0.064 0.137 0.909 81.818 81.818 0.901 LGA V 256 V 256 0.810 0 0.088 0.100 0.938 81.818 81.818 0.938 LGA R 257 R 257 1.158 0 0.089 1.079 5.856 65.455 44.793 3.625 LGA E 258 E 258 1.175 0 0.049 0.969 4.655 61.818 44.848 4.655 LGA K 259 K 259 1.660 0 0.010 0.187 2.282 54.545 46.869 2.282 LGA T 260 T 260 1.473 0 0.017 0.098 1.876 58.182 61.299 1.376 LGA K 261 K 261 2.050 0 0.018 0.727 6.554 41.364 25.859 6.554 LGA D 262 D 262 1.890 0 0.066 0.703 3.130 50.909 39.773 3.130 LGA G 263 G 263 2.098 0 0.112 0.112 2.415 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.617 0 0.000 0.470 1.801 54.545 59.596 0.493 LGA R 265 R 265 1.527 0 0.087 1.013 3.452 58.182 52.066 3.452 LGA T 266 T 266 1.209 0 0.000 0.109 1.323 65.455 67.792 1.206 LGA I 267 I 267 0.927 0 0.041 0.089 1.140 73.636 75.682 1.010 LGA R 268 R 268 0.591 0 0.000 0.967 2.578 86.364 73.058 2.578 LGA P 269 P 269 0.397 0 0.000 0.007 0.521 100.000 94.805 0.521 LGA E 270 E 270 0.377 0 0.000 0.850 3.128 100.000 74.545 2.169 LGA K 271 K 271 0.392 0 0.042 0.642 3.696 100.000 68.687 3.247 LGA E 272 E 272 0.261 0 0.042 0.060 1.092 100.000 88.283 1.092 LGA Q 273 Q 273 0.370 0 0.016 0.066 0.800 100.000 93.939 0.756 LGA I 274 I 274 0.349 0 0.053 0.070 0.560 100.000 97.727 0.560 LGA V 275 V 275 0.075 0 0.006 0.012 0.287 100.000 100.000 0.287 LGA V 276 V 276 0.220 0 0.000 0.043 0.478 100.000 100.000 0.419 LGA Q 277 Q 277 0.229 0 0.048 0.632 2.981 100.000 79.596 2.981 LGA D 278 D 278 0.232 0 0.026 0.145 0.499 100.000 100.000 0.276 LGA A 279 A 279 0.296 0 0.022 0.045 0.315 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.216 0 0.037 0.238 0.676 100.000 94.545 0.676 LGA A 281 A 281 0.211 0 0.000 0.000 0.287 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.274 0 0.000 0.019 0.461 100.000 100.000 0.461 LGA I 283 I 283 0.446 0 0.046 0.087 0.727 90.909 90.909 0.593 LGA I 284 I 284 0.464 0 0.018 0.093 0.498 100.000 100.000 0.309 LGA D 285 D 285 0.731 0 0.075 0.953 3.550 81.818 65.227 1.510 LGA K 286 K 286 0.664 0 0.004 0.269 1.466 81.818 78.182 1.466 LGA E 287 E 287 0.667 0 0.021 0.296 0.939 81.818 83.838 0.939 LGA Q 288 Q 288 0.453 0 0.000 0.390 1.212 95.455 86.061 0.809 LGA F 289 F 289 0.425 0 0.038 0.122 0.783 100.000 88.430 0.762 LGA Q 290 Q 290 0.619 0 0.000 1.173 3.482 81.818 69.293 3.482 LGA Q 291 Q 291 0.408 0 0.000 0.240 1.072 100.000 92.121 1.072 LGA S 292 S 292 0.264 0 0.065 0.686 2.374 100.000 89.697 2.374 LGA Q 293 Q 293 0.618 0 0.038 0.252 1.034 86.364 80.202 1.034 LGA V 294 V 294 0.775 0 0.008 0.047 0.869 81.818 81.818 0.754 LGA K 295 K 295 0.538 0 0.050 0.175 1.045 77.727 86.061 0.525 LGA I 296 I 296 0.893 0 0.028 0.071 1.438 73.636 77.955 0.646 LGA A 297 A 297 1.514 0 0.111 0.136 2.344 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.405 0 0.053 0.576 2.729 49.091 65.682 1.124 LGA K 299 K 299 3.433 0 0.348 0.972 14.154 40.000 17.778 14.154 LGA V 300 V 300 2.202 0 0.128 0.143 4.684 41.364 25.714 4.684 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.958 0.924 1.863 85.414 79.257 64.064 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.96 94.444 97.375 12.766 LGA_LOCAL RMSD: 0.958 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.958 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.958 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.110280 * X + 0.210292 * Y + 0.971399 * Z + 162.397995 Y_new = 0.912167 * X + -0.409547 * Y + -0.014895 * Z + 159.817642 Z_new = 0.394701 * X + 0.887721 * Y + -0.236987 * Z + 144.215073 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.450481 -0.405743 1.831673 [DEG: 83.1065 -23.2473 104.9471 ] ZXZ: 1.555464 1.810059 0.418373 [DEG: 89.1215 103.7088 23.9710 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS110_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS110_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.96 97.375 0.96 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS110_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 152.982 187.049 153.756 1.00 86.70 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.246 187.773 154.802 1.00 86.98 C ATOM 1347 C GLY 165 150.729 187.570 154.772 1.00 88.37 C ATOM 1348 O GLY 165 149.994 188.331 155.404 1.00 85.88 O ATOM 1349 N LYS 166 150.236 186.562 154.050 1.00 88.15 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.809 186.224 154.016 1.00 87.92 C ATOM 1351 C LYS 166 148.414 185.463 155.289 1.00 88.77 C ATOM 1352 O LYS 166 149.153 184.608 155.771 1.00 86.94 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.456 185.435 152.739 1.00 86.27 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.695 186.224 151.429 1.00 83.10 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.256 185.447 150.177 1.00 79.79 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.468 186.284 148.901 1.00 74.66 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.959 185.637 147.657 1.00 68.01 N ATOM 1358 N TRP 167 147.230 185.748 155.806 1.00 89.31 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.667 185.018 156.949 1.00 89.82 C ATOM 1360 C TRP 167 145.939 183.766 156.470 1.00 89.27 C ATOM 1361 O TRP 167 144.971 183.850 155.721 1.00 86.50 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.743 185.932 157.744 1.00 89.09 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.265 185.315 159.016 1.00 89.25 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.129 184.609 159.184 1.00 86.22 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.952 185.305 160.308 1.00 87.79 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.054 184.170 160.500 1.00 85.96 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.150 184.573 161.215 1.00 87.15 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.164 185.848 160.778 1.00 86.79 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.543 184.376 162.560 1.00 86.59 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.551 185.655 162.110 1.00 84.65 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.746 184.922 162.992 1.00 84.27 C ATOM 1372 N ILE 168 146.398 182.611 156.916 1.00 87.23 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.938 181.300 156.430 1.00 85.57 C ATOM 1374 C ILE 168 145.294 180.466 157.547 1.00 84.54 C ATOM 1375 O ILE 168 144.561 179.512 157.292 1.00 78.31 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.130 180.558 155.778 1.00 82.08 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.797 181.440 154.696 1.00 77.25 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.697 179.222 155.148 1.00 74.40 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.138 180.883 154.236 1.00 70.76 C ATOM 1380 N SER 169 145.561 180.825 158.791 1.00 85.21 N ATOM 1381 CA SER 169 145.022 180.128 159.958 1.00 83.76 C ATOM 1382 C SER 169 143.573 180.528 160.255 1.00 82.55 C ATOM 1383 O SER 169 142.991 181.336 159.543 1.00 76.11 O ATOM 1384 CB SER 169 145.967 180.344 161.136 1.00 80.46 C ATOM 1385 OG SER 169 145.912 179.229 161.985 1.00 75.43 O ATOM 1386 N GLY 170 142.989 179.933 161.296 1.00 80.98 N ATOM 1387 CA 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