####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS110_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS110_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 74 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 71 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 66 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 10 96 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 71 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 71 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 44 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 44 104 124 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 110 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 73 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 28 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 14 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 74 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 71 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 67 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 73 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 57 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 20 99 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 11 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 7 63 93 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 73 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 112 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 82.96 90.37 95.56 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.51 0.61 0.74 0.82 0.85 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 1.00 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.582 0 0.011 0.011 0.672 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.655 0 0.058 0.152 1.392 81.818 76.364 1.392 LGA W 167 W 167 0.494 0 0.040 0.110 0.797 86.364 89.610 0.727 LGA I 168 I 168 0.932 0 0.090 0.754 3.134 70.000 60.000 3.134 LGA S 169 S 169 1.450 0 0.080 0.570 4.021 65.455 50.909 4.021 LGA G 170 G 170 0.838 0 0.102 0.102 0.984 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.795 0 0.000 1.313 4.172 90.909 70.909 0.984 LGA A 172 A 172 0.452 0 0.038 0.041 0.628 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.324 0 0.039 0.336 1.534 100.000 90.390 1.534 LGA Y 174 Y 174 0.424 0 0.036 0.171 0.901 95.455 86.364 0.901 LGA G 175 G 175 0.252 0 0.061 0.061 0.252 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.216 0 0.035 0.151 0.426 100.000 100.000 0.194 LGA Q 177 Q 177 0.493 0 0.055 0.269 1.102 95.455 88.081 0.737 LGA L 178 L 178 0.424 0 0.081 0.105 0.915 95.455 90.909 0.915 LGA N 179 N 179 0.945 0 0.175 0.618 4.420 70.909 45.455 4.420 LGA K 180 K 180 4.210 0 0.293 0.971 13.912 13.182 5.859 13.912 LGA K 181 K 181 1.036 0 0.362 1.002 7.544 82.273 42.626 7.544 LGA T 182 T 182 0.594 0 0.053 1.107 3.379 82.273 68.312 3.379 LGA S 183 S 183 1.044 0 0.143 0.128 1.399 69.545 68.182 1.321 LGA K 184 K 184 1.092 0 0.055 0.814 2.463 69.545 64.444 2.463 LGA L 185 L 185 0.565 0 0.062 0.074 0.592 86.364 90.909 0.466 LGA D 186 D 186 0.077 0 0.059 0.101 0.633 100.000 95.455 0.633 LGA P 187 P 187 0.379 0 0.013 0.364 1.105 86.818 87.273 0.629 LGA V 188 V 188 0.647 0 0.009 0.029 0.771 81.818 81.818 0.771 LGA E 189 E 189 0.733 0 0.000 0.314 1.583 81.818 78.384 1.583 LGA D 190 D 190 0.672 0 0.025 0.053 0.831 86.364 84.091 0.831 LGA E 191 E 191 0.500 0 0.037 0.056 0.772 95.455 89.899 0.772 LGA A 192 A 192 0.306 0 0.000 0.000 0.362 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.334 0 0.030 0.663 2.868 100.000 83.838 2.641 LGA V 194 V 194 0.350 0 0.038 0.046 0.419 100.000 100.000 0.419 LGA V 195 V 195 0.119 0 0.000 0.004 0.227 100.000 100.000 0.147 LGA Q 196 Q 196 0.169 0 0.024 0.267 1.353 100.000 90.303 1.223 LGA L 197 L 197 0.191 0 0.013 0.036 0.416 100.000 100.000 0.374 LGA I 198 I 198 0.258 0 0.084 0.093 0.428 100.000 100.000 0.323 LGA F 199 F 199 0.215 0 0.046 0.076 0.291 100.000 100.000 0.059 LGA N 200 N 200 0.243 0 0.036 0.756 1.791 100.000 89.545 1.791 LGA I 201 I 201 0.120 0 0.034 0.057 0.205 100.000 100.000 0.153 LGA F 202 F 202 0.169 0 0.000 0.049 0.483 100.000 100.000 0.483 LGA L 203 L 203 0.386 0 0.023 0.072 0.885 100.000 93.182 0.822 LGA N 204 N 204 0.233 0 0.033 0.086 1.148 100.000 91.136 0.858 LGA G 205 G 205 0.441 0 0.051 0.051 0.504 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.631 0 0.022 0.035 1.028 77.727 88.864 0.252 LGA N 207 N 207 1.314 0 0.062 0.276 2.189 65.455 58.409 1.620 LGA G 208 G 208 1.340 0 0.000 0.000 1.436 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.437 0 0.033 0.653 1.715 65.455 66.263 1.586 LGA D 210 D 210 1.292 0 0.073 0.785 1.854 69.545 65.909 1.598 LGA Y 211 Y 211 1.715 0 0.126 0.421 1.940 54.545 55.758 1.408 LGA S 212 S 212 2.205 0 0.690 0.762 5.826 36.364 26.061 5.826 LGA Y 213 Y 213 3.007 0 0.153 1.622 14.958 36.364 12.273 14.958 LGA A 215 A 215 1.002 0 0.210 0.225 2.052 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.379 0 0.025 0.182 0.533 100.000 95.455 0.533 LGA A 217 A 217 0.249 0 0.034 0.050 0.354 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.535 0 0.048 0.110 1.384 95.455 88.182 1.384 LGA H 219 H 219 0.217 0 0.011 0.033 0.336 100.000 100.000 0.336 LGA L 220 L 220 0.216 0 0.018 0.083 0.399 100.000 100.000 0.399 LGA T 221 T 221 0.274 0 0.026 0.042 0.414 100.000 100.000 0.315 LGA N 222 N 222 0.318 0 0.036 0.044 0.478 100.000 100.000 0.435 LGA L 223 L 223 0.454 0 0.044 0.053 0.758 100.000 93.182 0.649 LGA Q 224 Q 224 0.558 0 0.034 0.808 4.246 81.818 61.414 4.246 LGA I 225 I 225 0.658 0 0.057 0.138 0.725 81.818 86.364 0.242 LGA P 226 P 226 0.826 0 0.067 0.075 1.000 81.818 79.481 0.993 LGA T 227 T 227 0.176 0 0.038 0.151 0.495 100.000 100.000 0.260 LGA P 228 P 228 0.694 0 0.087 0.089 0.902 90.909 87.013 0.902 LGA S 229 S 229 0.538 0 0.127 0.122 0.944 86.364 84.848 0.944 LGA G 230 G 230 0.575 0 0.066 0.066 1.072 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.796 0 0.113 0.686 3.300 73.636 71.111 3.300 LGA K 232 K 232 0.794 0 0.155 0.870 4.140 77.727 56.566 4.140 LGA R 233 R 233 0.414 0 0.037 1.391 8.236 95.455 50.248 8.236 LGA W 234 W 234 0.195 0 0.061 0.115 0.582 100.000 97.403 0.360 LGA N 235 N 235 0.600 0 0.011 0.807 2.092 86.364 76.591 2.092 LGA Q 236 Q 236 0.531 0 0.030 0.758 3.262 86.364 74.949 0.551 LGA Y 237 Y 237 0.657 0 0.040 0.356 2.478 86.364 67.879 2.478 LGA T 238 T 238 0.474 0 0.025 0.285 0.898 100.000 94.805 0.898 LGA I 239 I 239 0.318 0 0.000 0.079 0.427 100.000 100.000 0.352 LGA K 240 K 240 0.435 0 0.060 0.585 3.832 100.000 74.343 3.832 LGA A 241 A 241 0.496 0 0.055 0.060 0.585 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.402 0 0.046 0.065 0.925 100.000 90.909 0.925 LGA L 243 L 243 0.179 0 0.025 0.134 0.434 100.000 100.000 0.124 LGA Q 244 Q 244 0.184 0 0.010 0.319 1.325 100.000 90.303 1.264 LGA N 245 N 245 0.291 0 0.000 0.095 0.601 100.000 97.727 0.601 LGA E 246 E 246 0.305 0 0.000 0.637 1.968 100.000 88.687 1.441 LGA V 247 V 247 0.220 0 0.018 0.062 0.231 100.000 100.000 0.189 LGA Y 248 Y 248 0.284 0 0.000 0.106 1.087 100.000 89.545 1.087 LGA I 249 I 249 0.257 0 0.078 0.102 0.500 100.000 100.000 0.291 LGA G 250 G 250 0.225 0 0.043 0.043 0.282 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.148 0 0.040 0.041 0.312 100.000 100.000 0.271 LGA V 252 V 252 0.231 0 0.055 0.123 0.575 100.000 97.403 0.575 LGA K 253 K 253 0.518 0 0.015 0.128 0.620 86.364 83.838 0.617 LGA Y 254 Y 254 0.671 0 0.051 0.376 2.645 81.818 66.818 2.645 LGA K 255 K 255 0.782 0 0.060 0.138 1.139 81.818 80.000 1.139 LGA V 256 V 256 0.795 0 0.090 0.104 0.955 81.818 81.818 0.955 LGA R 257 R 257 1.236 0 0.087 1.079 6.226 65.455 42.314 3.934 LGA E 258 E 258 1.287 0 0.056 0.965 4.568 58.182 43.232 4.568 LGA K 259 K 259 1.964 0 0.016 0.092 3.694 50.909 35.152 3.694 LGA T 260 T 260 1.628 0 0.025 0.146 2.153 47.727 53.247 1.463 LGA K 261 K 261 2.337 0 0.019 0.950 8.272 38.636 24.444 8.272 LGA D 262 D 262 2.103 0 0.081 0.186 2.195 38.182 39.773 2.005 LGA G 263 G 263 2.456 0 0.109 0.109 2.785 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.934 0 0.000 0.445 2.066 47.727 51.515 0.536 LGA R 265 R 265 1.797 0 0.097 1.019 3.942 50.909 46.777 3.942 LGA T 266 T 266 1.323 0 0.000 0.106 1.490 65.455 65.455 1.225 LGA I 267 I 267 1.003 0 0.034 0.088 1.256 69.545 69.545 1.256 LGA R 268 R 268 0.493 0 0.000 0.971 2.456 90.909 77.355 2.456 LGA P 269 P 269 0.330 0 0.000 0.009 0.330 100.000 100.000 0.231 LGA E 270 E 270 0.485 0 0.004 0.842 3.218 100.000 74.545 2.197 LGA K 271 K 271 0.550 0 0.044 0.666 4.320 90.909 58.586 3.974 LGA E 272 E 272 0.318 0 0.054 0.064 1.250 100.000 86.465 1.250 LGA Q 273 Q 273 0.145 0 0.033 0.084 0.689 100.000 93.939 0.666 LGA I 274 I 274 0.184 0 0.049 0.068 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA V 275 V 275 0.172 0 0.014 0.016 0.392 100.000 100.000 0.338 LGA V 276 V 276 0.147 0 0.000 0.038 0.422 100.000 100.000 0.355 LGA Q 277 Q 277 0.143 0 0.043 0.636 3.065 100.000 75.960 3.065 LGA D 278 D 278 0.172 0 0.025 0.172 0.445 100.000 100.000 0.404 LGA A 279 A 279 0.247 0 0.018 0.046 0.289 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.190 0 0.042 0.260 0.630 100.000 92.727 0.630 LGA A 281 A 281 0.233 0 0.000 0.000 0.284 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.266 0 0.000 0.022 0.443 100.000 100.000 0.428 LGA I 283 I 283 0.439 0 0.047 0.073 0.766 90.909 90.909 0.505 LGA I 284 I 284 0.392 0 0.008 0.061 0.407 100.000 100.000 0.320 LGA D 285 D 285 0.510 0 0.030 0.145 0.863 95.455 90.909 0.863 LGA K 286 K 286 0.469 0 0.010 0.258 1.395 95.455 88.081 1.395 LGA E 287 E 287 0.653 0 0.029 0.302 0.944 81.818 83.838 0.668 LGA Q 288 Q 288 0.491 0 0.000 0.531 1.512 95.455 82.626 0.993 LGA F 289 F 289 0.287 0 0.034 0.128 0.596 100.000 96.694 0.556 LGA Q 290 Q 290 0.473 0 0.000 1.184 3.475 100.000 74.141 3.475 LGA Q 291 Q 291 0.298 0 0.000 0.227 0.935 100.000 93.939 0.935 LGA S 292 S 292 0.140 0 0.067 0.689 2.279 100.000 89.697 2.279 LGA Q 293 Q 293 0.508 0 0.031 0.241 0.825 86.364 85.859 0.820 LGA V 294 V 294 0.710 0 0.020 0.061 0.789 81.818 81.818 0.717 LGA K 295 K 295 0.536 0 0.049 0.170 1.029 82.273 88.081 0.545 LGA I 296 I 296 0.869 0 0.019 0.070 1.382 73.636 80.000 0.542 LGA A 297 A 297 1.447 0 0.108 0.134 2.298 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.366 0 0.045 0.529 2.588 49.091 65.682 1.253 LGA K 299 K 299 3.427 0 0.351 1.187 14.477 40.000 17.778 14.477 LGA V 300 V 300 2.124 0 0.126 0.142 4.517 41.364 26.234 4.517 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.972 0.937 1.891 85.535 79.706 64.767 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 94.630 97.388 12.597 LGA_LOCAL RMSD: 0.972 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.972 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.972 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.264937 * X + -0.683636 * Y + -0.680037 * Z + 162.117905 Y_new = -0.290348 * X + 0.729066 * Y + -0.619807 * Z + 158.113373 Z_new = 0.919514 * X + 0.033238 * Y + -0.391649 * Z + 146.003098 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.310464 -1.166842 3.056930 [DEG: -132.3798 -66.8551 175.1492 ] ZXZ: -0.831701 1.973220 1.534665 [DEG: -47.6530 113.0572 87.9298 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS110_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS110_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.388 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS110_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.143 186.931 153.751 1.00 87.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.414 187.704 154.764 1.00 87.47 C ATOM 1347 C GLY 165 150.892 187.522 154.745 1.00 88.86 C ATOM 1348 O GLY 165 150.168 188.319 155.340 1.00 86.44 O ATOM 1349 N LYS 166 150.384 186.481 154.072 1.00 88.49 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.952 186.167 154.040 1.00 88.32 C ATOM 1351 C LYS 166 148.538 185.430 155.317 1.00 89.09 C ATOM 1352 O LYS 166 149.259 184.569 155.819 1.00 87.02 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.587 185.375 152.768 1.00 86.74 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.837 186.182 151.473 1.00 83.76 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.494 185.410 150.189 1.00 80.50 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.771 186.300 148.968 1.00 75.46 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.568 185.634 147.653 1.00 68.38 N ATOM 1358 N TRP 167 147.347 185.739 155.829 1.00 90.11 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.763 185.036 156.975 1.00 90.72 C ATOM 1360 C TRP 167 146.029 183.782 156.506 1.00 90.26 C ATOM 1361 O TRP 167 145.076 183.865 155.737 1.00 87.38 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.839 185.968 157.744 1.00 89.83 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.366 185.386 159.037 1.00 89.93 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.231 184.676 159.225 1.00 86.53 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.047 185.420 160.331 1.00 88.26 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.153 184.280 160.555 1.00 86.31 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.243 184.715 161.262 1.00 87.57 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.253 185.985 160.787 1.00 87.02 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.635 184.567 162.615 1.00 86.73 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.636 185.841 162.131 1.00 84.70 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.834 185.135 163.032 1.00 84.37 C ATOM 1372 N ILE 168 146.470 182.620 156.974 1.00 87.43 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.015 181.314 156.472 1.00 85.57 C ATOM 1374 C ILE 168 145.349 180.472 157.567 1.00 84.54 C ATOM 1375 O ILE 168 144.643 179.502 157.281 1.00 78.14 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.217 180.579 155.835 1.00 82.23 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.883 181.454 154.743 1.00 77.39 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.812 179.231 155.214 1.00 74.94 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.262 180.943 154.352 1.00 71.10 C ATOM 1380 N SER 169 145.556 180.823 158.831 1.00 84.61 N ATOM 1381 CA SER 169 145.133 180.006 159.962 1.00 82.99 C ATOM 1382 C SER 169 143.957 180.604 160.728 1.00 81.86 C ATOM 1383 O SER 169 143.989 181.759 161.120 1.00 75.12 O ATOM 1384 CB SER 169 146.329 179.793 160.886 1.00 79.45 C ATOM 1385 OG SER 169 146.068 178.771 161.801 1.00 74.44 O ATOM 1386 N GLY 170 142.950 179.772 160.993 1.00 79.57 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.883 180.010 161.960 1.00 78.82 C ATOM 1388 C GLY 170 141.152 181.352 161.862 1.00 81.46 C ATOM 1389 O GLY 170 141.042 181.958 160.801 1.00 78.06 O ATOM 1390 N LEU 171 140.620 181.787 163.020 1.00 82.99 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.990 183.098 163.167 1.00 82.55 C ATOM 1392 C LEU 171 141.062 184.189 163.133 1.00 83.72 C ATOM 1393 O LEU 171 142.156 184.002 163.669 1.00 81.27 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.198 183.141 164.486 1.00 79.53 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.951 182.236 164.491 1.00 75.22 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.463 182.006 165.914 1.00 69.00 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.803 182.848 163.679 1.00 68.18 C ATOM 1398 N ALA 172 140.716 185.324 162.547 1.00 85.93 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.545 186.517 162.644 1.00 86.21 C ATOM 1400 C ALA 172 141.724 186.921 164.124 1.00 87.27 C ATOM 1401 O ALA 172 140.792 186.742 164.917 1.00 85.01 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.902 187.633 161.816 1.00 84.11 C ATOM 1403 N PRO 173 142.893 187.438 164.519 1.00 88.56 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.100 187.944 165.871 1.00 88.71 C ATOM 1405 C PRO 173 142.179 189.140 166.142 1.00 89.34 C ATOM 1406 O PRO 173 141.789 189.860 165.221 1.00 87.62 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.581 188.312 165.943 1.00 87.19 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.935 188.639 164.494 1.00 83.99 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.060 187.680 163.688 1.00 86.96 C ATOM 1410 N TYR 174 141.838 189.357 167.408 1.00 89.96 N ATOM 1411 CA TYR 174 141.014 190.488 167.822 1.00 90.20 C ATOM 1412 C TYR 174 141.643 191.815 167.388 1.00 90.30 C ATOM 1413 O TYR 174 142.850 191.976 167.505 1.00 88.07 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.820 190.432 169.334 1.00 89.74 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.857 191.467 169.859 1.00 90.60 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.320 192.565 170.601 1.00 84.35 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.479 191.341 169.592 1.00 84.90 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.415 193.527 171.084 1.00 83.78 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.569 192.298 170.066 1.00 83.78 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.041 193.388 170.815 1.00 87.92 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.150 194.323 171.275 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